High-Content Analysis of Breast Cancer Using Single-Cell Deep Transfer Learning

High-content analysis has revolutionized cancer drug discovery by identifying substances that alter the phenotype of a cell, which prevents tumor growth and metastasis. The high-resolution biofluorescence images from assays allow precise quantitative measures enabling the distinction of small molecules of a host cell from a tumor. In this work, we are particularly interested in the application of deep neural networks (DNNs), a cutting-edge machine learning method, to the classification of compounds in chemical mechanisms of action (MOAs). Compound classification has been performed using image-based profiling methods sometimes combined with feature reduction methods such as principal component analysis or factor analysis. In this article, we map the input features of each cell to a particular MOA class without using any treatment-level profiles or feature reduction methods. To the best of our knowledge, this is the first application of DNN in this domain, leveraging single-cell information. Furthermore, we use deep transfer learning (DTL) to alleviate the intensive and computational demanding effort of searching the huge parameter's space of a DNN. Results show that using this approach, we obtain a 30% speedup and a 2% accuracy improvement.

A learning approach to swarm-based path detection and tracking

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Translation encoding for OGC services

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

A Metrologia na Indústria Aeronáutica

O presente relatório é um dos elementos que contribuirão para a concretização da avaliação individual da Unidade Curricular de Dissertação/Projeto/Estágio Profissional, inserida no plano de estudos do Mestrado em Engenharia de Instrumentação e Metrologia e traduz o trabalho realizado na empresa Caetano Aeronautic. O estágio, com a duração de sete meses, permitiu a concretização de finalidades e objetivos que deram suporte ao desenvolvimento das aprendizagens e mobilização dos saberes científicos relativos a domínios e conteúdos curriculares, nomeadamente inseridos nas áreas da Metrologia e Qualidade. A Metrologia é circunscrita como a ciência da medição. A medição é uma operação de extrema relevância em diversas atividades, porque é através da Metrologia que se garante um elevado nível de qualidade pretendido para a conceção, fabricação e utilização de serviços ou produtos. Face à indústria aeronáutica envolver um elevado conjunto de processos, de normas e documentação, foi necessário inicialmente um envolvimento integrado com o Sistema de Gestão da Qualidade da Caetano Aeronautic e com as operações inerentes, nomeadamente de melhoria contínua. Foram desenvolvidas, dentro do possível, propostas de melhoria no processo de inspeção dos componentes aeronáuticos. Dentro das mesmas destacam-se a alteração dos registos de medição, o estudo e posterior proposta de aquisição de ferramentas adicionais para equipamentos de medição. O fluxo de medição tornou-se mais fluído através da concretização da proposta de alteração do layout do laboratório. De salientar o trabalho desenvolvido na área da Engenharia da Qualidade, nomeadamente no tratamento de não conformidades, o que contribuiu para que o processo se encontre atualmente bastante simplificado na empresa.

Parallelization of web processing services on cloud computing: A case study of Geostatistical Methods

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Hypermedia-based Web Services as System Integrators

As we move more closely to the practical concept of the Internet of Things and, our reliance on public and private APIs increases, web services and their related topics have become utterly crucial to the informatics community. However, the question about which style of web services would best solve a particular problem, can raise signi cant and multifarious debates. There can be found two implementation styles that highlight themselves: the RPC-oriented style represented by the SOAP protocol’s implementations and the hypermedia style, which is represented by the REST architectural style’s implementations. As we search examples of already established web services, we can nd a handful of robust and reliable public and private SOAP APIs, nevertheless, it seems that RESTful services are gaining popularity in the enterprise community. For the current generation of developers that work on informatics solutions, REST seems to represent a fundamental and straightforward alternative and even, a more deep-rooted approach than SOAP. But are they comparable? Do both approaches have each speci c best suitable scenarios? Such study is brie y carried out in the present document’s chapters, starting with the respective background study, following an analysis of the hypermedia approach and an instantiation of its architecture, in a particular case study applied in a BPM context.

Learning networks and moodle use in online courses: a social network analysis study

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Ciências da Educação Especialidade em Tecnologias, Redes e Multimédia na Educação e Formação

Proposta e avaliação de modelo de formação em e-learning para profissionais de saúde

Trabalho de projecto de Mestrado em Gestão de Sistemas de E-Learning

Estimating demand for primary health care services

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Economics from the NOVA – School of Business and Economics

A communication strategy for Continente: Proposals to improve the online services

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

An approach to teach Calculus/Mathematical Analysis (for engineering students) using computers and active learning – its conception, development of materials and evaluation

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Ciências da Educação

Balanced scorecard como metodologia utilizada no planeamento estratégico de um laboratório de patologia clínica

RESUMO - O título do presente trabalho de projeto é: “Balanced Scorecard como metodologia utilizada no planeamento estratégico de um Laboratório de Patologia Clínica”. Atualmente a qualidade dos serviços prestados na área da saúde constitui uma questão que preocupa todos os stakeholders envolvidos. Neste âmbito, a escolha desta temática prende-se com a necessidade urgente de mudança no sentido de melhorar a performance do Laboratório de Patologia Clínica. Melhorar a qualidade dos serviços prestados garantindo a eficiência e sustentabilidade do serviço constitui a grande máxima de qualquer organização. Os objetivos deste trabalho de projeto são, entre outros: analisar as implicações da avaliação da qualidade de gestão utilizando o Balanced Scorecard como metodologia; destacar a importância do uso desta metodologia num Laboratório de Patologia Clínica no que diz respeito à melhoria da qualidade, da efetividade e da eficiência e apresentar uma proposta de aplicação desta metodologia a um serviço de Patologia Clínica. A filosofia do Balanced Scorecard assenta em 4 perspetivas, financeira, dos clientes, dos processos internos e a perspetiva crescimento e aprendizagem, que funcionam de forma integrada permitindo uma avaliação da qualidade de gestão. Em cada uma destas perspetivas são definidos objetivos e indicadores que têm de funcionar de forma integrada estabelecendo relações causa-efeito entre elas. Qualquer falha decorrente de objetivos não atingidos numa das perspetivas origina o desequilíbrio de todo o sistema desencadeando desvios no percurso estratégico, no cumprimento da missão e da visão da organização. A metodologia utilizada consiste essencialmente na recolha de dados resultantes da entrevista, pesquisa bibliográfica e análise documental do serviço de Patologia Clínica, que contribuíram para a elaboração de uma proposta de implementação. A aplicação de um sistema de medição da qualidade é essencial e a metodologia Balanced Scorecard pode constituir uma ferramenta fundamental neste sentido, facilitando a gestão de organizações de saúde.

Marketing plan for Comet Consular Services

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Telefonica: Telecommunication services: Equity Investment Report

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Finance from the NOVA – School of Business and Economics