Systematic analysis of protein complexes involved in the human RNA polymerase II machinery

La transcription, la maturation d’ARN, et le remodelage de la chromatine sont tous des processus centraux dans l'interprétation de l'information contenue dans l’ADN. Bien que beaucoup de complexes de protéines formant la machinerie cellulaire de transcription aient été étudiés, plusieurs restent encore à identifier et caractériser. En utilisant une approche protéomique, notre laboratoire a purifié plusieurs composantes de la machinerie de transcription de l’ARNPII humaine par double chromatographie d’affinité "TAP". Cette procédure permet l'isolement de complexes protéiques comme ils existent vraisemblablement in vivo dans les cellules mammifères, et l'identification de partenaires d'interactions par spectrométrie de masse. Les interactions protéiques qui sont validées bioinformatiquement, sont choisies et utilisées pour cartographier un réseau connectant plusieurs composantes de la machinerie transcriptionnelle. En appliquant cette procédure, notre laboratoire a identifié, pour la première fois, un groupe de protéines, qui interagit physiquement et fonctionnellement avec l’ARNPII humaine. Les propriétés de ces protéines suggèrent un rôle dans l'assemblage de complexes à plusieurs sous-unités, comme les protéines d'échafaudage et chaperonnes. L'objectif de mon projet était de continuer la caractérisation du réseau de complexes protéiques impliquant les facteurs de transcription. Huit nouveaux partenaires de l’ARNPII (PIH1D1, GPN3, WDR92, PFDN2, KIAA0406, PDRG1, CCT4 et CCT5) ont été purifiés par la méthode TAP, et la spectrométrie de masse a permis d’identifier de nouvelles interactions. Au cours des années, l’analyse par notre laboratoire des mécanismes de la transcription a contribué à apporter de nouvelles connaissances et à mieux comprendre son fonctionnement. Cette connaissance est essentielle au développement de médicaments qui cibleront les mécanismes de la transcription.

Factor Analysis of a Large DSGE Model

We study the workings of the factor analysis of high-dimensional data using artificial series generated from a large, multi-sector dynamic stochastic general equilibrium (DSGE) model. The objective is to use the DSGE model as a laboratory that allow us to shed some light on the practical benefits and limitations of using factor analysis techniques on economic data. We explain in what sense the artificial data can be thought of having a factor structure, study the theoretical and finite sample properties of the principal components estimates of the factor space, investigate the substantive reason(s) for the good performance of di¤usion index forecasts, and assess the quality of the factor analysis of highly dissagregated data. In all our exercises, we explain the precise relationship between the factors and the basic macroeconomic shocks postulated by the model.

A zooarchaeological analysis of a late Dorset faunal assemblage from the KcFs-2 site (Nunavik, Quebec).

Ce mémoire consiste en une analyse zooarchéologique d’un assemblage faunique provenant d’un site Dorsétien des Îles Nuvuk dans l’Arctique canadien. Les données fauniques ont été analysées statistiquement en appliquant des indices d’utilité économique et des indices de densité des os. Une étude concernant le niveau de conservation de l’assemblage a révélé peu d’évidence de modification taphonomique des spécimens. Les analyses fauniques ont permis d’identifier une stratégie de subsistance de type généraliste et basée sur l’exploitation de mammifères marins, surtout des phoques annelés, pratiquée par les occupants du site de KcFs-2. Une prédominance d’individus immatures (phoques annelés) dans l’assemblage indique une abondance de ressources marines dans les régions du nord de la Baie d’Hudson et du détroit d’Hudson au moment de l’occupation, ce qui est aussi manifeste dans des études antérieures concernant les économies des peuples du Paléoesquimau tardif pour la période donnée. L’occupation du site de KcFs-2 s’est produite durant la période du Dorsétien récent au Nunavik (1500-800 B.P.), et la séquence est définie comme ayant été multi-saisonnière (de l’hiver à l’été). L’analyse des produits de l’industrie osseuse (têtes de harpons et sculptures en ivoire) a permis de confirmer l’affiliation culturelle des occupants.

Indigo : une approche multi-stratégique et adaptative pour un alignement sémantique intégrant le contexte des données à apparier

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Analyse d’information tridimensionnelle issue de systèmes multi-caméras pour la détection de la chute et l’analyse de la marche

Réalisé en cotutelle avec le laboratoire M2S de Rennes 2

Identification des bases génétiques des myopathies à multi-minicores avec ou sans cardiomyopathie

Thèse réalisée en cotutelle avec l'Université Pierre et Marie Curie, Paris 6(UPMC, Paris, France).

Development of a multi-gene PCR assay for the prediction of the response to hormone therapy in breast cancer

Deux tiers des cancers du sein expriment des récepteurs hormonaux ostrogéniques (tumeur ER-positive) et la croissance de ces tumeurs est stimulée par l’estrogène. Des traitements adjuvant avec des anti-estrogènes, tel que le Tamoxifen et les Inhibiteurs de l’Aromatase peuvent améliorer la survie des patientes atteinte de cancer du sein. Toutefois la thérapie hormonale n’est pas efficace dans toutes les tumeurs mammaires ER-positives. Les tumeurs peuvent présenter avec une résistance intrinsèque ou acquise au Tamoxifen. Présentement, c’est impossible de prédire quelle patiente va bénéficier ou non du Tamoxifen. Des études préliminaires du laboratoire de Dr. Mader, ont identifié le niveau d’expression de 20 gènes, qui peuvent prédire la réponse thérapeutique au Tamoxifen (survie sans récidive). Ces marqueurs, identifié en utilisant une analyse bioinformatique de bases de données publiques de profils d’expression des gènes, sont capables de discriminer quelles patientes vont mieux répondre au Tamoxifen. Le but principal de cette étude est de développer un outil de PCR qui peut évaluer le niveau d’expression de ces 20 gènes prédictif et de tester cette signature de 20 gènes dans une étude rétrospective, en utilisant des tumeurs de cancer du sein en bloc de paraffine, de patients avec une histoire médicale connue. Cet outil aurait donc un impact direct dans la pratique clinique. Des traitements futiles pourraient être éviter et l’indentification de tumeurs ER+ avec peu de chance de répondre à un traitement anti-estrogène amélioré. En conséquence, de la recherche plus appropriée pour les tumeurs résistantes au Tamoxifen, pourront se faire.

An Analysis of Laypeople’s Beliefs Regarding the Origins of Their Worst Nightmare

Essai présenté à la Faculté des Arts et des Sciences en vue de l’obtention du grade de Doctorat en Psychologie Clinique (D. Psy.)

La diversité culturelle entre discours et pratique : une analyse multi-niveaux

Située dans le discours actuel à la mode sur la diversité culturelle, l’objet de cette thèse consiste à comprendre l’orientation pratique d’une organisation internationale en matière de gestion de sa diversité culturelle interne. Il propose que, face aux changements qui ont modifié la configuration sociodémographique de la sphère organisationnelle, il serait intéressant de partir d’une organisation pour laquelle la diversité est une tradition tributaire de son fonctionnement. L’organisation sujet d’étude est internationale, affiliée à l’Unesco. Cette dernière étant reconnue pour son mandat qui valorise et protège les cultures. L’ancrage épistémologique de la thèse est bi-disciplinaire. Il considère deux champs théoriques sur lesquels se construit la diversité culturelle. Le premier est forgé dans les théories de management dites « occidentales » sur la diversité. Le deuxième champ, s’établit sur une approche dynamique de la culture apportée par les « Cross-Cultural Studies ». La méthodologie que nous avons mobilisée pour cette recherche est principalement qualitative. Elle est également diverse puisqu’elle veut identifier trois niveaux d’analyses. D’abord, l’étude historique réalisée se fonde sur l’analyse d’articles choisis tirés des archives de l’« organisation mère » (Unesco). Elle se veut être une étude exhaustive qui révèle l’évolution du discours « global » de cette organisation sur la diversité culturelle depuis sa création. Ensuite, afin de mieux comprendre le discours interne de l’Organisation sur la diversité culturelle, une analyse du contenu d’un « halo » de ses politiques internes a lieu. Elle nous permet de comprendre la valeur que prend la diversité culturelle dans son discours « organisationnel » dans la période de temps que nous traitons. Enfin, les histoires « individuelles » des acteurs de la diversité culturelle, apportent une description riche et, complètent l’analyse avec leurs interprétions des pratiques de gestions mises en place à leur égard. Des éléments de recherche sous adjacentes sont aussi amenés dans la thèse et font également partie du processus de l’analyse de la pratique de la diversité culturelle dans l’Organisation. En effet, la thèse se penche sur le problème conceptuel sur la « diversité culturelle ». Elle apporte des éclaircissements à la terminologie à travers l’analyse de ses différents emplois dans la littérature organisationnelle. Par ailleurs, elle clarifie la notion d’organisation internationale et propose une description du contexte unesquien défini par sa diversité culturelle interne. L’ensemble des niveaux examinés a permis de mettre en évidence une double constatation. D’une part, le paradoxe entre les trois niveaux. D’autre part, la neutralité des pratiques de gestion de la diversité culturelle pour les employés et la demande implicite de reconnaissance de leurs identités culturelles. Des recommandations sont proposées et des suggestions pour de recherches ultérieures sont formulées à la conclusion de la thèse.

Prediction of scoliosis curve type based on the analysis of trunk surface topography

Scoliosis treatment strategy is generally chosen according to the severity and type of the spinal curve. Currently, the curve type is determined from X-rays whose acquisition can be harmful for the patient. We propose in this paper a system that can predict the scoliosis curve type based on the analysis of the surface of the trunk. The latter is acquired and reconstructed in 3D using a non invasive multi-head digitizing system. The deformity is described by the back surface rotation, measured on several cross-sections of the trunk. A classifier composed of three support vector machines was trained and tested using the data of 97 patients with scoliosis. A prediction rate of 72.2% was obtained, showing that the use of the trunk surface for a high-level scoliosis classification is feasible and promising.

Analysis and Testing of a Novel Oadm Based on FBG and Machzehnder Interferometer

A novel optical add-drop multiplexer (OADM) based on the Mach-Zelauler interferometer (MZI) and the fiber Bragg grating (FBG) is proposed for the first tittle to the authors ' knowledge. In the structure, the Mach-Zehnder interferometer acts as an optical switch. The principle of the OADM is analyzed in this paper. The OADM can add/drop one of the multi-input channels or pass the channel directly by adjusting the difference of the two arms of the interferometer. The channel isolation is more than 20 dB

Development and Analysis of Microstrip Antennas For Dual Band Microwave Communication

The thesis explores the outcome of the exhaustive theoretical and experimental investigations performed on Octagonal Microstrip Antenna configurations. Development of the MATLAB TM backed 3D-Conformal Finite Difference Time Domain (CFDTD)Modeller for the numerical computation of the radiation characteristics of the antenna is the theme of the work. The predicted results are verified experimentally and by IE3D TM simulation. The influence of the patch dimensions,feed configurations,feed dimensions and feed positions upon the radiation performance of the antenna is studied in detail. Octagonal Microstrip Antenna configurations suitable for Mobile-Bluetooth application is dealt in detail. A simple design formula for the regular Octagonal geometry is also presented. A compact planar multi band antenna for GPS/DCS/2.4/5.8GHz WLAN application is included as appendix A. Planar near field measurement technique is explained in appendix B.

Some Studies and New Results on Multi Microprocessor Applications

One of the fastest expanding areas of computer exploitation is in embedded systems, whose prime function is not that of computing, but which nevertheless require information processing in order to carry out their prime function. Advances in hardware technology have made multi microprocessor systems a viable alternative to uniprocessor systems in many embedded application areas. This thesis reports the results of investigations carried out on multi microprocessors oriented towards embedded applications, with a view to enhancing throughput and reliability. An ideal controller for multiprocessor operation is developed which would smoothen sharing of routines and enable more powerful and efficient code I data interchange. Results of performance evaluation are appended.A typical application scenario is presented, which calls for classifying tasks based on characteristic features that were identified. The different classes are introduced along with a partitioned storage scheme. Theoretical analysis is also given. A review of schemes available for reducing disc access time is carried out and a new scheme presented. This is found to speed up data base transactions in embedded systems. The significance of software maintenance and adaptation in such applications is highlighted. A novel scheme of prov1d1ng a maintenance folio to system firmware is presented, alongwith experimental results. Processing reliability can be enhanced if facility exists to check if a particular instruction in a stream is appropriate. Likelihood of occurrence of a particular instruction would be more prudent if number of instructions in the set is less. A new organisation is derived to form the basement for further work. Some early results that would help steer the course of the work are presented.

Surface Circulation in the Tropical Indian Ocean Using Multi-Mission Altimeter Data

In the present study the availability of satellite altimeter sea level data with good spatial and temporal resolution is explored to describe and understand circulation of the tropical Indian Ocean. The derived geostrophic circulations showed large variability in all scales. The seasonal cycle described using monthly climatology generated using 12 years SSH data from 1993 to 2004 revealed several new aspects of tropical Indian Ocean circulation. The interannual variability presented in this study using monthly means of SSH data for 12 years have shown large year-to-year variability. The EOF analysis has shown the influence of several periodic signals in the annual and interannual scales where the relative strengths of the signals also varied from year to year. Since one of the reasons for this kind of variability in circulation is the presence of planetary waves. This study discussed the influence of such waves on circulation by presenting two cases one in the Arabian Sea and other in the Bay of Bengal.

Development and Analysis of a Novel Isosceles Trapezoidal Dielectric Resonator Antenna For Wireless Communication

This thesis describes the development and analysis of an Isosceles Trapezoidal Dielectric Resonator Antenna (ITDRA) by realizing different DR orientations with suitable feed configurations enabling it to be used as multiband, dual band dual polarized and wideband applications. The motivation for this work has been inspired by the need for compact, high efficient, low cost antenna suitable for multi band application, dual band dual polarized operation and broadband operation with the possibility of using with MICs, and to ensure less expensive, more efficient and quality wireless communication systems. To satisfy these challenging demands a novel shaped Dielectric Resonator (DR) is fabricated and investigated for the possibility of above required properties by trying out different orientations of the DR on a simple microstrip feed and with slotted ground plane as well. The thesis initially discusses and evaluates recent and past developments taken place within the microwave industry on this topic through a concise review of literature. Then the theoretical aspects of DRA and different feeding techniques are described. Following this, fabrication and characterization of DRA is explained. To achieve the desired requirements as above both simulations and experimental measurements were undertaken. A 3-D finite element method (FEM) electromagnetic simulation tool, HFSSTM by Agilent, is used to determine the optimum geometry of the dielectric resonator. It was found to be useful in producing approximate results although it had some limitations. A numerical analysis technique, finite difference time domain (FDTD) is used for validating the results of wide band design at the end. MATLAB is used for modeling the ITDR and implementing FDTD analysis. In conclusion this work offers a new, efficient and relatively simple alternative for antennas to be used for multiple requirements in the wireless communication system.