Symmetry in biology: from genetic code to stochastic gene regulation

Mathematical models, as instruments for understanding the workings of nature, are a traditional tool of physics, but they also play an ever increasing role in biology - in the description of fundamental processes as well as that of complex systems. In this review, the authors discuss two examples of the application of group theoretical methods, which constitute the mathematical discipline for a quantitative description of the idea of symmetry, to genetics. The first one appears, in the form of a pseudo-orthogonal (Lorentz like) symmetry, in the stochastic modelling of what may be regarded as the simplest possible example of a genetic network and, hopefully, a building block for more complicated ones: a single self-interacting or externally regulated gene with only two possible states: ` on` and ` off`. The second is the algebraic approach to the evolution of the genetic code, according to which the current code results from a dynamical symmetry breaking process, starting out from an initial state of complete symmetry and ending in the presently observed final state of low symmetry. In both cases, symmetry plays a decisive role: in the first, it is a characteristic feature of the dynamics of the gene switch and its decay to equilibrium, whereas in the second, it provides the guidelines for the evolution of the coding rules.

Bioluminescent sensor for naphthalene in air: Cell immobilization and evaluation with a dynamic standard atmosphere generator

A dynamic atmosphere generator with a naphthalene emission source has been constructed and used for the development and evaluation of a bioluminescence sensor based on the bacteria Pseudomonas fluorescens HK44 immobilized in 2% agar gel (101 cell mL(-1)) placed in sampling tubes. A steady naphthalene emission rate (around 7.3 nmol min(-1) at 27 degrees C and 7.4 mLmin(-1) of purified air) was obtained by covering the diffusion unit containing solid naphthalene with a PTFE filter membrane. The time elapsed from gelation of the agar matrix to analyte exposure (""maturation time"") was found relevant for the bioluminescence assays, being most favorable between 1.5 and 3 h. The maximum light emission, observed after 80 min, is dependent on the analyte concentration and the exposure time (evaluated between 5 and 20 min), but not on the flow rate of naphthalene in the sampling tube, over the range of 1.8-7.4 nmol min(-1). A good linear response was obtained between 50 and 260 nmol L-1 with a limit of detection estimated in 20 nmol L-1 far below the recommended threshold limit value for naphthalene in air. (c) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.

The Translation of the -ing form in the Novel The Da Vinci Code

This essay deals with the translation into Swedish of the ing-form in the popular novel The Da Vinci Code. The reason for looking at the -ing form is that it is a grammatical structure which is difficult to render in Swedish since there is no exact equivalent, at least not one which is used in the same manner as the English. The aim is to find out how the translator has dealt with the ing-form and also to find out whether there are any instances where the context has been altered due to the manner in which the translation has been carried out.

The Da Vinci Code : En arketypisk saga : En djupstrukturell studie med didaktisk inriktning

Syftet med uppsatsen är att visa på likheten mellan Dan Browns The Da Vinci Code och sagans struktur, aktörer och handling, samt att påvisa romanens didaktiska möjligheter. Utifrån Vladimir Propps sagoteori och Northrop Fryes arketyper och historiska kategorisering samt ett studium av populärromanens likheter med sagan utifrån Ulla Lundqvists undersökning görs en strukturalistisk analys. Vidare har en mindre enkätundersökning gjorts för att skapa en uppfattning om hur en grupp elever på en gymnasieskolan uppfattat romanens didaktiska möjligheter. Resultatet visar att The Da Vinci Code innehåller sagans struktur, med endast några få avvikelser från den kronologiska ordningen, samt att romanens aktörer överrensstämmer med Propps teori och Fryes arketyper. Handlingen uppvisar tydliga inslag från sagan, och överrensstämmer med de sagoelement som Lundqvists undersökning visar, så som exempelvis dualism, magi, i överförd bemärkelse, och ett lyckligt slut. Den didaktiska undersökningen visar att eleverna uppfattar att romanen, trots kritiken kring dess fiktion, kan bidra till att ge kunskaper i ämnen som historia, religion och språk.

A Unified Load Generator for Geographically Distributed Generation ofNetwork Traffic

During the last decade, the Internet usage has been growing at an enormous rate which has beenaccompanied by the developments of network applications (e.g., video conference, audio/videostreaming, E-learning, E-Commerce and real-time applications) and allows several types ofinformation including data, voice, picture and media streaming. While end-users are demandingvery high quality of service (QoS) from their service providers, network undergoes a complex trafficwhich leads the transmission bottlenecks. Considerable effort has been made to study thecharacteristics and the behavior of the Internet. Simulation modeling of computer networkcongestion is a profitable and effective technique which fulfills the requirements to evaluate theperformance and QoS of networks. To simulate a single congested link, simulation is run with asingle load generator while for a larger simulation with complex traffic, where the nodes are spreadacross different geographical locations generating distributed artificial loads is indispensable. Onesolution is to elaborate a load generation system based on master/slave architecture.

Studie av subsynkron interaktion (SSTI) mellan ett HVDC system med spänningsstyva strömriktare och en närliggande generator

Syftet med examensarbetet är att studera den subsynkrona interaktionen (subsynchronous torsional interaktion, SSTI) mellan ett HVDC system med spänningsstyva strömriktare och en närliggande generator. Studien utförs med hjälp av datorsimuleringar och fokuserar på att studera dämpkaraktäristiken för SSTI. Studien ska visa hur faktorer såsom den överförda effektens storlek och riktning, vald driftmod och kraftsystemets kortslutningseffekt påverkar dämpkaraktäristiken. Rapporten beskriver subsynkron oscillation (SSO) och tillvägagångssättet vid en SSTI undersökning. En kort introduktion till HVDC Light ges. Studien visar att HVDC Light ökar dämpningen för det frekvensområde som är intressant. Resultaten presenteras som diagram med beräknad dämpkaraktäristik.

Clean Code vs Dirty Code : Ett fältexperiment för att förklara hur Clean Code påverkar kodförståelse

Stora och komplexa kodbaser med bristfällig kodförståelse är ett problem som blir allt vanligare bland företag idag. Bristfällig kodförståelse resulterar i längre tidsåtgång vid underhåll och modifiering av koden, vilket för ett företag leder till ökade kostnader. Clean Code anses enligt somliga vara lösningen på detta problem. Clean Code är en samling riktlinjer och principer för hur man skriver kod som är enkel att förstå och underhålla. Ett kunskapsglapp identifierades vad gäller empirisk data som undersöker Clean Codes påverkan på kodförståelse. Studiens frågeställning var: Hur påverkas förståelsen vid modifiering av kod som är refaktoriserad enligt Clean Code principerna för namngivning och att skriva funktioner? För att undersöka hur Clean Code påverkar kodförståelsen utfördes ett fältexperiment tillsammans med företaget CGM Lab Scandinavia i Borlänge, där data om tidsåtgång och upplevd förståelse hos testdeltagare samlades in och analyserades. Studiens resultat visar ingen tydlig förbättring eller försämring av kodförståelsen då endast den upplevda kodförståelsen verkar påverkas. Alla testdeltagare föredrar Clean Code framför Dirty Code även om tidsåtgången inte påverkas. Detta leder fram till slutsatsen att Clean Codes effekter kanske inte är omedelbara då utvecklare inte hunnit anpassa sig till Clean Code, och därför inte kan utnyttja det till fullo. Studien ger en fingervisning om Clean Codes potential att förbättra kodförståelsen.