Distribution of excitation energy in photosynthesis: a study of heat loss, photo chemical activity and fluorescence emission in intact calls of cyanobacterium.

Photosynthetic state transitions were investigated in the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 6301 by studying fluorescence emission, heat loss, and PS I activity in intact cells brought to state 1 and state 2. 77K fluorescence emission spectra were modelled with a sum of 6 components corresponding to PBS, PS II, and PS I emissions. The modelled data showed a large decrease in PS II fluorescence accompanied with a small increase in the PS I fluorescence upon transition to state 2 for excitation wavelengths absorbed by both PBS and ChI ll.. The fluorescence changes seen with ChI .a. excitations do not support the predictions of the mobile PBS model of state transition in PBS-containing organisms. Measurements of heat loss from intact cells in the two states were similar for both ChI it. and PBS excitations over three orders of magnitude of laser flash intensity. This suggests that the PBS does not become decoupled from PS II in state 2 as proposed by the PBS detachment model of state transition in PBS-containing organisms. PS I activity measurements done on intact cells showed no difference in the two states, in contrast with the predictions of all of the existing models of state transitions. Based on these results a model for state transition In PBScontaining organisms is proposed, with a PS II photoprotectory function.

Aspects of spatial and habitat ecology of multiple Anopheles species (Diptera: Culicidae): malaria vectors in the highlands and foothills of Ecuador

The resurgence of malaria in highland regions of Africa, Oceania and recently in South America underlines the importance of the study of the ecology of highland mosquito vectors of malaria. Since the incidence of malaria is limited by the distribution of its vectors, the purpose of this PhD thesis was to examine aspects of the ecology of Anopheles mosquitoes in the Andes of Ecuador, South America. A historical literature and archival data review (Chapter 2) indicated that Anopheles pseudopunctipennis transmitted malaria in highland valleys of Ecuador prior to 1950, although it was eliminated through habitat removal and the use of chemical insecticides. Other anopheline species were previously limited to low-altitude regions, except in a few unconfirmed cases. A thorough larval collection effort (n=438 attempted collection sites) in all road-accessible parts of Ecuador except for the lowland Amazon basin was undertaken between 2008 - 2010 (Chapter 3). Larvae were identified morphologically and using molecular techniques (mitochondrial COl gene), and distribution maps indicated that all five species collected (Anopheles albimanus, An. pseudopunctipennis, Anopheles punctimacula, Anopheles oswaldoi s.l. and Anopheles eiseni) were more widespread throughout highland regions than previously recorded during the 1940s, with higher maximum altitudes for all except An. pseudopunctipennis (1541 m, 1930 m, 1906 m, 1233 m and 1873 m, respectively). During larval collections, to characterize species-specific larval habitat, a variety of abiotic and biotic habitat parameters were measured and compared between species-present and species-absent sites using chi-square tests and stepwise binary logistic regression analyses (Chapter 4). An. albimanus was significantly associated with permanent pools with sand substrates and An. pseudopunctipennis with gravel and boulder substrates. Both species were significantly associated with floating cyanobacterial mats and warmer temperatures, which may limit their presence in cooler highland regions. Anopheles punctimacula was collected more often than expected from algae-free, shaded pools with higher-than-average calculated dissolved oxygen. Anopheles oswaldoi s.l., the species occurring on the Amazonian side of the Andes, was associated with permanent, anthropogenic habitats such as roadside ditches and ponds. To address the hypothesis that human land use change is responsible for the emergence of multiple highland Anopheles species by creating larval habitat, common land uses in the western Andes were surveyed for standing water and potential larval habitat suitability (Chapter 5). Rivers and road edges provided large amounts of potentially suitable anopheline habitat in the western Andes, while cattle pasture also created potentially suitable habitat in irrigation canals and watering ponds. Other common land uses surveyed (banana farms, sugarcane plantations, mixed tree plantations, and empty lots) were usually established on steep slopes and had very little standing water present. Using distribution and larval habitat data, a GIS-based larval habitat distribution model for the common western species was constructed in ArcGIS v.l 0 (ESRI 2010) using derived data layers from field measurements and other sources (Chapter 6). The additive model predicted 76.4 - 97.9% of the field-observed collection localities of An. albimanus, An. pseudopunctipennis and An. punctimacula, although it could not accurately distinguish between species-absent and speciespresent sites due to its coarse scale. The model predicted distributional expansion and/or shift of one or more anopheline species into the following highland valleys with climate warming: Mira/Chota, Imbabura province, Tumbaco, Pichincha province, Pallatanga and Sibambe, Chimborazo province, and Yungilla, Azuay province. These valleys may serve as targeted sites of future monitoring to prevent highland epidemics of malaria. The human perceptions of malaria and mosquitoes in relation to land management practices were assessed through an interview-based survey (n=262) in both highlands and lowlands, of male and female land owners and managers of five property types (Chapter 7). Although respondents had a strong understanding of where the disease occurs in their own country and of the basic relationship among standing water, mosquitoes and malaria, about half of respondents in potential risk areas denied the current possibility of malaria infection on their own property. As well, about half of respondents with potential anopheline larval habitat did not report its presence, likely due to a highly specific definition of suitable mosquito habitat. Most respondents who are considered at risk of malaria currently use at least one type of mosquito bite prevention, most commonly bed nets. In conclusion, this interdisciplinary thesis examines the occurrence of Anopheles species in the lowland transition area and highlands in Ecuador, from a historic, geographic, ecological and sociological perspective.

Investigation of clusters of giardiasis using GIS and a spatial scan statistic

Affiliation: Pascal Michel : Département de pathologie et microbiologie, Faculté de médecine vétérinaire

Geographical and temporal distribution of human giardiasis in Ontario, Canada

Affiliation: Pascal Michel : Département de pathologie et microbiologie, Faculté de médecine vétérinaire, Université de Montréal

Patrons de distribution des crustacés planctoniques dans le fleuve Saint-Laurent

La recherche porte sur les patrons de distribution longitudinale (amont-aval) et transversale (rive nord - rive sud) des communautés de crustacés planctoniques qui ont été analysés le long du fleuve Saint-Laurent entre le lac Saint-François et la zone de transition estuarienne, à deux hydropériodes en mai (crue) et en août (étiage). Les données zooplanctoniques et environnementales ont été récoltées à 52 stations réparties sur 16 transects transversaux en 2006. Au chapitre 1, nous présentons les principaux modèles écosystémiques en rivière, une synthèse des facteurs influençant le zooplancton en rivières et les objectifs et hypothèses de recherche. Au chapitre 2, nous décrivons la structure des communautés de zooplancton dans trois zones biogéographiques du fleuve et 6 habitats longitudinaux, ainsi que les relations entre la structure du zooplancton et la distribution spatiale des masses d’eau et les variables environnementales. Au chapitre 3, nous réalisons une partition de la variation des variables spatiales AEM (basées sur la distribution des masses d’eau) et des variables environnementales pour évaluer quelle part de la variation du zooplancton est expliquée par les processus hydrologiques (variables AEM) et les conditions locales (facteurs environnementaux). Le gradient salinité-conductivité relié à la discontinuité fleuve-estuaire a déterminé la distribution à grande échelle du zooplancton. Dans les zones fluviales, la distribution du zooplancton est davantage influencée par la distribution des masses d’eau que par les facteurs environnementaux locaux. La distribution des masses d’eau explique une plus grande partie de la variation dans la distribution du zooplancton en août qu’en mai.

Influence des liens sédimentaires sur la distribution du périphyton et des juvéniles de saumon atlantique (Salmo salar) dans une rivière du Bouclier canadien

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Intellectual Property Protection For Plant Derived Vaccine Technology: Here They Come Are We Ready or Not ?

Il existe une nouvelle catégorie de technologie, les vaccins dérivés de plantes («VDPs»), qui englobe des produits qui ont un grand potentiel pour l’amélioration de la santé à l’échelle globale. Bien qu’ils ne soient pas encore disponibles pour le public, le développement des VDPs a progressé de façon telle qu’ils devraient être prêts à être mis en marché et distribués sous peu. Ainsi, c’est le moment idéal pour lancer un débat sur la meilleure façon de protéger cette nouvelle catégorie de technologie. Vu leur nature, les VDPs ne se qualifient pas parfaitement pour aucune forme de protection de propriété intellectuelle. En effet, un VDP est à la fois une variété de plante, une biotechnologie, un médicament et un produit qui vise spécifiquement les besoins de pays en voie de développement. Chacune de ces caractéristiques soulève ses propres problématiques en ce qui a trait à la propriété intellectuelle. C’est pourquoi il appert difficile d’identifier la forme de protection la plus adéquate et appropriée pour les VDPs. Cet article traite de la nature d’un VDP, des différentes catégories dans lesquelles il pourrait être classé, des différents types de systèmes de protection de propriété intellectuelle auxquels il pourrait être éligible ainsi que des problèmes qui pourraient être soulevés par tous ces éléments. Ces discussions visent à mettre l’accent sur le fait que nous avons affaire à une toute nouvelle catégorie d’innovation technologique. L’auteure est donc d’avis qu’une approche proactive est nécessaire pour discuter d’un système de protection de propriété intellectuelle en relation avec les VDPs. En ce moment, c’est l’inventeur qui choisi comment il protègera son invention. Les moyens employés par ce dernier pourraient être subséquemment modifiés ou annulés par une décision judiciaire mais comme plusieurs autres inventeurs d’une même catégorie de technologie auront probablement déjà adopté une stratégie de protection similaire, ce type de mesures judiciaire, très tard dans le processus, pourra avoir des résultats néfastes sur les détenteurs de droits. Le développement de lignes directrices d’entrée de jeu, avec l’aide d’un panel d’experts de préférence, peut contribuer à éviter les situations de confusion qui ont déjà été vécues avec l’application d’autres nouvelles technologies et qui devraient servir de leçon pour l’encadrement des VDPs.

Distribution spatiale des racines fines, disponibilité de la lumière et rendement dans un système de culture intercalaire avec arbres feuillus en zone tempérée

Les distributions spatiales des racines fines de Quercus rubra L. (CHR), Populus deltoides x nigra (DN3570) (PEH) et d’une culture fourragère (FOUR) ont été étudiées dans un système agroforestier de culture intercalaire (SCI) du sud du Québec (Canada). L’étude ne révèle pas d’enracinement plus profond des arbres en SCI, mais des profils superficiels à l’instar de nombreuses espèces d’arbres en plantations ou en milieu naturel. Une séparation spatiale existe entre les systèmes racinaires du FOUR et des CHR dont la densité relative selon la profondeur est plus faible que celle de la culture de 0 à 10 cm, mais plus élevée de 10 à 30 cm. Les PEH ne présentent pas d’adaptation racinaire et les hautes valeurs de densités de longueur racinaires (FRLD) de surface près du tronc entraînent une diminution de 45 % de la densité racinaire de surface du fourrage, suggérant une forte compétition pour les ressources du sol. L’étude du rendement agricole a d’ailleurs révélé des réductions de biomasse fourragère particulièrement près des PEH. Cependant, les résultats d’une analyse à composantes principales suggèrent un impact secondaire de la compétition racinaire sur le rendement agricole, et une plus grande importance de la compétition pour la lumière. L’impact des PEH à croissance rapide sur la culture est plus grand que celui du CHR. Cependant, ils seront récoltés plus rapidement et l’espace libéré favorisera la croissance de la culture intercalaire. Cet aspect dynamique des SCI les rapproche des écosystèmes naturels et devrait être réfléchi et approfondi pour leur succès futur.

Effet du développement résidentiel sur la distribution et l’abondance des macrophytes submergés dans la région des Laurentides et de Lanaudière

Nous avons cherché des relations empiriques entre l’abondance des macrophytes submergés et le développement résidentiel du bassin versant, les propriétés du lac et la présence de milieux humides dans 34 lacs de la région des Laurentides et de Lanaudière sélectionnés à travers un gradient de développement résidentiel. Les macrophytes submergés ont été échantillonnés par méthode d’échosondage à l’intérieur de la zone littorale. L’abondance moyenne des macrophytes a ensuite été estimée à l’intérieur de quatre zones de croissance optiquement définies (profondeur maximale = 75 %, 100 %, 125 % et 150 % de la profondeur de Secchi) ainsi qu’à l’intérieur de toute la zone littorale. L’occupation humaine a été considérée selon trois échelles spatiales : celle présente 1- dans un rayon de 100 mètres autour du lac, 2- dans la fraction du bassin versant qui draine directement vers le lac et 3- dans le bassin versant en entier. Nous avons aussi testé, lac par lac, l’effet de la pente locale sur l’abondance des macrophytes. Nous avons observé des corrélations positives et significatives entre l’abondance des macrophytes submergés et l’occupation humaine de l’aire de drainage direct (r > 0.51). Toutefois, il n’y a pas de relation entre l’abondance des macrophytes submergés et l’occupation humaine de la bande de 100 mètres entourant le lac et du bassin versant entier. Les analyses de régression multiple suggèrent que l’abondance des macrophytes submergés est faiblement corrélée avec l’aire du lac (+) et avec la présence de milieux humides dans le bassin versant entier (-). Localement, l’abondance des macrophytes est reliée à la pente et à la profondeur qui expliquent 21% de la variance. Les profondeurs de colonisation maximale et optimale des macrophytes submergés sont corrélées positivement au temps de résidence et à la profondeur de Secchi et négativement à l’occupation humaine et à l’importance des milieux humides.

Intervariability of Phosphorus Speciation in Selected Mangrove Ecosystems Around the Greater Cochin

Mangrove forests are best developed on tropical shorelines where there is an extensive intertidal zone, with an abundant supply of fine-grained sediment. It receives a mixture of liable and refractory organic and inorganic phosphorus compounds from the overlying water and the surrounding landmasses. Organic phosphorus is not available for mangrove plant nutrition. While inorganic phosphate represents the largest potential pool of plant-available and which are bound in the form of Ca, Fe and Al phosphate. It deals with the scientific investigations on mangrove systems in the Kerala coastline and to investigate nutrient distribution of mangrove ecosystems of greater Cochin area. It discusses the description of study areas such as Murikkumpadam-Vypeen Island and Aroor. Then it deals with the spatial and seasonal distribution of dissolved ammonia, nitrite, nitrate, inorganic phosphate, organic phosphate and the total phosphorus in surface waters of mangrove fringed creeks. Then it discusses the geochemical compositions of mangrove-fringed sediments and also the chemical speciation of phosphorus in sediment cores.

Spatial and temporal analysis of laser induced plasma from a polymer sample

Spatial and temporal analyses of the spectra of the laser induced plasma from a polytetrafluroethylene (PTFE) target obtained with the 1.06 mu m radiation from a Q-switched Nd:YAG laser have been carried out. The spatially resolved spectra of the plasma emission show that molecular bands of C2 (Swan bands) and CN are very intense in the outer regions of the plasma, whereas higher ionized states of carbon are predominant in the core region of the plasma emission. The vibrational temperature and population distribution in the different vibrational levels have been studied as a function of laser energy. From the time resolved studies, it has been observed that there exist fairly large time delays for the onset of emission from all the species in the outer region of the plasma. The molecular bands in each region exhibit much larger time delays in comparison to the ionic lines in the plasma.

Temporal and spatial evolution of laser ablated plasma from YBa2Cu3O7

YBa2Cu307 target was laser ablated, and the time-of-flight (TOF) distributions of Y, Y+., and YO in the resultant plasma were investigated as functions of distance from the target and laser energy density using emission spectroscopy. Up to a short distance from the target (-1.5 cm), TOF distributions show twin peaks for Y and YO, while only single-peak distribution is observed for Y+. At greater distances (>1.5 cm) all of them exhibit single-peak distribution. The twin peaks are assigned to species corresponding to those generated directly/m the vicinity of target surface and to those generated from collisional/recombination process.

Temporal and spatial evolution of C2 in laser induced plasma from graphite target

Laser ablation of graphite has been carried out using 1.06mm radiation from a Q-switched Nd:YAG laser and the time of flight distribution of molecular C2 present in the resultant plasma is investigated in terms of distance from the target as well as laser fluences employing time resolved spectroscopic technique. At low laser fluences the intensities of the emission lines from C2 exhibit only single peak structure while beyond a threshold laser fluence, emission from C2 shows a twin peak distribution in time. The occurrence of the faster velocity component at higher laser fluences is explained as due to species generated from recombination processes while the delayed peak is attributed to dissociation of higher carbon clusters resulting in the generation of C2 molecule. Analysis of measured data provides a fairly complete picture of the evolution and dynamics of C2 species in the laser induced plasma from graphite.

Spatial analysis of C2 band emission from laser produced plasma

Time and space resolved spectroscopic studies of the molecular band emission from C2 are performed in the plasma produced by irradiating a graphite target with 1:06 m radiation from a Q-switched Nd:YAG laser. High-resolution spectra are recorded from points located at distances up to 15 mm from the target in the presence of ambient helium gas pressure. Depending on the laser irradiance, time of observation and position of the sampled volume of the plasma the features of the emission spectrum are found to change drastically. The vibrational temperature and population distribution in the different vibrational levels of C2 molecules have been evaluated as a function of distance for different time delays and laser irradiance. It is also found that the vibrational temperature of C2 molecules decreases with increasing helium pressure.

Spatial and time resolved analysis of CN bands in the laser induced plasma from graphite

Analysis of the emission bands of the CN molecules in the plasma generated from a graphite target irradiated with 1-06/~m radiation pulses from a Q-switched Nd:YAG laser has been done. Depending on the position of the sampled volume of the plasma plume, the intensity distribution in the emission spectra is found to change drastically. The vibrational temperature and population distribution in the different vibrational levels have been studied as function of distance from the target for different time delays with respect to the incidence of the laser pulse. The translational temperature calculated from time of flight is found to be higher than the observed vibrational temperature for CN molecules and the reason for this is explained.