Microsatellites from Fosterella christophii (Bromeliaceae) by de novo transcriptome sequencing on the Pacific Biosciences RS platform

• Premise of the study: Microsatellite markers were developed in Fosterella christophii (Bromeliaceae) to investigate the genetic diversity and population structure within the F. micrantha group, comprising F. christophii, F. micrantha, and F. villosula. • Methods and Results: Full-length cDNAs were isolated from F. christophii and sequenced on a Pacific Biosciences RS platform. A total of 1590 high-quality consensus isoforms were assembled into 971 unigenes containing 421 perfect microsatellites. Thirty primer sets were designed, of which 13 revealed a high level of polymorphism in three populations of F. christophii, with four to nine alleles per locus. Each of these 13 loci cross-amplified in the closely related species F. micrantha and F. villosula, with one to six and one to 11 alleles per locus, respectively. • Conclusions: The new markers are promising tools to study the population genetics of F. christophii and to discover species boundaries within the F. micrantha group.

Curriculum sequencing for an e-learning system based on learning styles

This work shows the use of adaptation techniques involved in an e-learning system that considers students' learning styles and students' knowledge states. The mentioned e-learning system is built on a multiagent framework designed to examine opportunities to improve the teaching and to motivate the students to learn what they want in a user-friendly and assisted environment

"Whole-Exome Sequencing Enables Rapid Determination of Xeroderma Pigmentosum Molecular Etiology"

Xeroderma pigmentosum (XP) is a rare autosomal recessive disorder haracterized by extreme sensitivity to actinic pigmentation changes in the skin and increased incidence of skin cancer. In some cases, patients are affected by neurological alterations. XP is caused by mutations in 8 distinct genes (XPA through XPG and XPV). The XP-V (variant) subtype of the disease results from mutations in a gene (XPV, also named POLH) which encodes for Polg, a member of the Y-DNA polymerase family. Although the presence and severity of skin and neurological dysfunctions differ between XP subtypes, there are overlapping clinical features among subtypes such that the sub-type cannot be deduced from the clinical features. In this study, in order to overcome this drawback, we undertook whole-exome sequencing in two XP sibs and their father. We identified a novel homozygous nonsense mutation (c.897T.G, p.Y299X) in POLH which causes the disease. Our results demonstrate that next generation sequencing is a powerful approach to rapid determination of XP genetic etiology.

Polimorfismos del gen Butirilcolinesterasa responsables de reacciones adversas en pacientes consumidores de “cocaína”

La butirilcolinesterasa humana (BChE; EC 3.1.1.8) es una enzima polimórfica sintetizada en el hígado y en el tejido adiposo, ampliamente distribuida en el organismo y encargada de hidrolizar algunos ésteres de colina como la procaína, ésteres alifáticos como el ácido acetilsalicílico, fármacos como la metilprednisolona, el mivacurium y la succinilcolina y drogas de uso y/o abuso como la heroína y la cocaína. Es codificada por el gen BCHE (OMIM 177400), habiéndose identificado más de 100 variantes, algunas no estudiadas plenamente, además de la forma más frecuente, llamada usual o silvestre. Diferentes polimorfismos del gen BCHE se han relacionado con la síntesis de enzimas con niveles variados de actividad catalítica. Las bases moleculares de algunas de esas variantes genéticas han sido reportadas, entre las que se encuentra las variantes Atípica (A), fluoruro-resistente del tipo 1 y 2 (F-1 y F-2), silente (S), Kalow (K), James (J) y Hammersmith (H). En este estudio, en un grupo de pacientes se aplicó el instrumento validado Lifetime Severity Index for Cocaine Use Disorder (LSI-C) para evaluar la gravedad del consumo de “cocaína” a lo largo de la vida. Además, se determinaron Polimorfismos de Nucleótido Simple (SNPs) en el gen BCHE conocidos como responsables de reacciones adversas en pacientes consumidores de “cocaína” mediante secuenciación del gen y se predijo el efecto delos SNPs sobre la función y la estructura de la proteína, mediante el uso de herramientas bio-informáticas. El instrumento LSI-C ofreció resultados en cuatro dimensiones: consumo a lo largo de la vida, consumo reciente, dependencia psicológica e intento de abandono del consumo. Los estudios de análisis molecular permitieron observar dos SNPs codificantes (cSNPs) no sinónimos en el 27.3% de la muestra, c.293A>G (p.Asp98Gly) y c.1699G>A (p.Ala567Thr), localizados en los exones 2 y 4, que corresponden, desde el punto de vista funcional, a la variante Atípica (A) [dbSNP: rs1799807] y a la variante Kalow (K) [dbSNP: rs1803274] de la enzima BChE, respectivamente. Los estudios de predicción In silico establecieron para el SNP p.Asp98Gly un carácter patogénico, mientras que para el SNP p.Ala567Thr, mostraron un comportamiento neutro. El análisis de los resultados permite proponer la existencia de una relación entre polimorfismos o variantes genéticas responsables de una baja actividad catalítica y/o baja concentración plasmática de la enzima BChE y algunas de las reacciones adversas ocurridas en pacientes consumidores de cocaína.

Secuenciamiento de actividades educativas orientado a la reutilización y la auto-organización en tutoría inteligente. ' 'Sequencing of learning activities oriented towards reuse and auto-organization for intelligent tutoring systems' '.

Se pretende la elaboración una plataforma capaz de implementar sistemas de tutoría inteligente, orientada al problema de la adaptación del secuenciamiento; la creación de una herramienta o método que defina secuenciamientos adaptativos de material educativo; el desarrollo, empleando la herramienta anterior, de uno o más tutores y adaptar las técnicas de inteligencia de enjambre al campo de los cursos impartidos a través de Internet, Elearning.. En primer lugar se analiza el estado de la cuestión, destacando los aspectos novedosos. A continuación se presentan las aportaciones de la investigación. Por último, se exponen las conclusiones y las líneas de investigación abiertas. También se incluyen apéndices con información adicional que puede ser relevante para algunos lectores. Se investiga el uso de técnicas de inteligencia de enjambre para obtener sistemas educativos robustos y con capacidad de autoorganización. Las lecciones aprendidas de los sistemas cristalizan en la creación de un módulo para SIT.. Las principales contribuciones son: el diseño de una plataforma para el desarrollo de Sistemas de Tutoría Inteligentes (ITS); se presenta una herramienta para la adaptación de secuencias de unidades de aprendizaje, grafos de secuenciamiento (Sequencing Graphs, SG) y se analizan las iniciativas actuales relacionadas con las técnicas de enjambre en educación. Estas técnicas tienen un interés especial para los sistemas de elearning dada su complejidad. .

Patterns of Activity Sequencing in the Teaching of English as a Foreing Language and Their Effects on Learning : a Quasi-Experimental Study.'Patrones de secuenciación de actividades en la enseñanza del inglés como lengua extranjera y su incidencia en el aprendizaje : estudio cuasi-experimental.

Contrastar el modelo denominado CPM (basado en el desarrollo de los procesos comunicativos) con el modelo de secuenciación de actividades P-P-P (presentación-práctica-producción) que es el utilizado con mayor frecuencia en los libros de texto para la enseñanza de los idiomas, para medir la eficacia diferencial en el aprendizaje lingüístico del inglés como lengua extranjera.. Estudio llevado a cabo en la Escuela Oficial de Idiomas de Murcia con una muestra inicial de 51 sujetos que se redujo a 34 nativos de lengua española de edades comprendidas entre los 16 y 41 años formada mayoritariamente por mujeres. Estudio cuasi-experimental de análisis de medidas repetidas con grupo experimental y grupo de control (factor intersujetos). La variable dependiente es la eficacia de la intervención objeto de estudio o intervención CPM. La variable independiente es el grupo, que consta de dos partes, el que sigue el programa establecido en el centro de enseñanza, versión P-P-P y el grupo experimental (EG) que recibe instrucción basada en el CPM. La aplicación duró 4 meses (enero-mayo 2003) y el total de sesiones fue de 35 para cada uno de los dos grupos. Se utilizó el examen estandarizado internacional Cambridge First Certificate in English (FCE) en su parte: Use of English.. La secuenciación de actividades en general y la basada en el CPM en particular merecen un justo reconocimiento en el ámbito de la investigación en enseñanza de lenguas extranjeras debido no solo a las puntuaciones obtenidas en la investigación sino también a su fundamentación teórica basada en un modelo cognitivo de adquisición de conocimientos ampliamente aplicado en SLA y a su flexibilidad en cuanto a las vías de aprendizaje propuestas, su atención al concepto script y su afinidad con los enfoques didácticos actuales (integración de destrezas, relevancia e interés para el alumno, variedad en la instrucción)..

Multivariate Statistical Process Control and Case-Based Reasoning for situation assessment of Sequencing Batch Reactors

ABSRACT This thesis focuses on the monitoring, fault detection and diagnosis of Wastewater Treatment Plants (WWTP), which are important fields of research for a wide range of engineering disciplines. The main objective is to evaluate and apply a novel artificial intelligent methodology based on situation assessment for monitoring and diagnosis of Sequencing Batch Reactor (SBR) operation. To this end, Multivariate Statistical Process Control (MSPC) in combination with Case-Based Reasoning (CBR) methodology was developed, which was evaluated on three different SBR (pilot and lab-scales) plants and validated on BSM1 plant layout.

Plant U13 orthologues and orphan snoRNAs identified by RNomics of RNA from Arabidopsis nucleoli

Small nucleolar RNAs (snoRNAs) and small Cajal body-specific RNAs (scaRNAs) are non-coding RNAs whose main function in eukaryotes is to guide the modification of nucleotides in ribosomal and spliceosomal small nuclear RNAs, respectively. Full-length sequences of Arabidopsis snoRNAs and scaRNAs have been obtained from cDNA libraries of capped and uncapped small RNAs using RNA from isolated nucleoli from Arabidopsis cell cultures. We have identified 31 novel snoRNA genes (9 box C/D and 22 box H/ACA) and 15 new variants of previously described snoRNAs. Three related capped snoRNAs with a distinct gene organization and structure were identified as orthologues of animal U13snoRNAs. In addition, eight of the novel genes had no complementarity to rRNAs or snRNAs and are therefore putative orphan snoRNAs potentially reflecting wider functions for these RNAs. The nucleolar localization of a number of the snoRNAs and the localization to nuclear bodies of two putative scaRNAs was confirmed by in situ hybridization. The majority of the novel snoRNA genes were found in new gene clusters or as part of previously described clusters. These results expand the repertoire of Arabidopsis snoRNAs to 188 snoRNA genes with 294 gene variants.

A simple and rapid method for preserving RNA of aquatic invertebrates for ecotoxicogenomics

Here we describe a novel, inexpensive and simple method for preserving RNA that reduces handling stress in aquatic invertebrates following ecotoxicogenomic experimentation. The application of the method is based on transcriptomic experiments conducted on Daphnia magna, but may easily be applied on a range of other aquatic organisms of a particular size with e.g. amphipod Gammarus pulex representing an upper size limit. We explain in detail how to apply this new method, named the "Cylindrical Sieve (CS) system", and highlight its advantages and disadvantages.