New insights into small molecules inhibitors and protein-protein interactions of VirB8 : a critical conserved component of the type IV secretion system.

Les systèmes bactériens de sécrétion de type IV (T4SS) sont constitués d’un ensemble de 8 à 12 protéines conservées. Ces dernières sont utilisées lors de la translocation de protéines, la translocation de complexes ADN-protéines mais aussi pour le transport de ces derniers au travers de la membrane cellulaire. Les T4SS, en tant que facteurs de virulence pour beaucoup de pathogènes comme Brucella suis, sont donc d’excellents modèles cibles pour le développement de médicaments d’antivirulence. Ces médicaments, en privant le pathogène de son facteur essentiel de virulence : le T4SS, constituent une alternative ou encore une amélioration des traitements antibiotiques utilisés actuellement. VirB8, un facteur d’assemblage conservé dans le T4SS, forme des dimères qui sont importants pour la fonction des T4SS dans ces pathogènes. De par ses interactions multiples, VirB8 est un excellent modèle pour l’analyse des facteurs d’assemblage mais aussi en tant que cible de médicaments qui empêcheraient son interaction avec d’autres protéines et qui, in fine, désarmeraient les bactéries en les privant de leur fonctions essentielles de virulence. À ce jour, nous savons qu’il existe un équilibre monomère-dimère et un processus d’homodimerization de VirB8 dont l’importance est vitale pour la fonctionnement biologique des T4SSs. En se basant sur des essais quantitatifs d’interaction, nous avons identifié (i) des sites potentiels d’interaction avec d’autres protéines VirB du T4SS mais aussi (ii) isolé des petites molécules inhibitrices afin de tester la fonction protéique de VirB8. Afin de déterminer les acides aminés importants pour l’hétérodimérization de VirB8 avec VirB10, nous avons effectué des expériences de mutagenèse aléatoire, de phage display et d’arrimage moléculaire in silico. Ces expériences ont démontré l’importance de trois acides aminés localisés sur le feuillet β : R160, S162, T164 et I165. Ces derniers seraient importants pour l’association de VirB8 avec VirB10 étant donné que leur mutagenèse entraine une diminution de la formation du complexe VirB8-VirB10. L’objectif actuel de notre projet de recherche est de pouvoir mieux comprendre mais aussi d’évaluer le rôle de VirB8 dans l’assemblage du T4SS. Grace à un méthode de criblage adaptée à partir de la structure de VirB8, nous avons pu identifié une petite molécule inhibitrice BAR-068, qui aurait un rôle prometteur dans l’inhibition du T4SS. Nous avons utilisé la spectroscopie par fluorescence, l’essai à deux hybrides, le cross-linking et la cristallographie afin de déterminer le mécanisme d'interaction existant entre VirB8 et BAR-068. Ces travaux pourraient permettre de nombreuses avancées, notamment en termes de compréhension des mécanismes d’inhibition du T4SS. Notre objectif ultime est de pouvoir caractériser la séquence d’évènements essentiels à l’assemblage et au fonctionnement du T4SS. De manière globale, notre projet de recherche permettrait de révéler les grands principes d’assemblage des protéines membranaires, les processus de sécrétion de protéines chez les bactéries mais aussi de proposer une nouvelle stratégie lors du développement de drogues antimicrobiennes.

Laser Induced Fluorescence Based Optical Fiber Probe for Analyzing Bacteria

Optical fiber based laser induced fluorescence (LIF) measurements were carried out using Rhodamine B to analyze two different species of bacteria , a Gram-positive bacteria namely Bacillus smithii , and fibrin alginolvticus, a Gram- negative bacteria . The fiber sensor was clearly able to distinguish between the two species of bacteria . Quenching effect of the dye Rhodamine B by Bacillus smithii was observed . The effect of dye on the samples was also studied in detail.

Laser induced fluorescence based optical fiber probe for analyzing bacteria

Optical fiber based laser induced fluorescence (LIF) measurements were carried out using Rhodamine B to analyze two different species of bacteria , a Gram-positive bacteria namely Bacillus .cmithii , and fibrin alginolvticus, a Gram-' negative bacteria . The fiber sensor was clearly able to distinguish between the two species of bacteria . Quenching effect of the dye Rhodamine B by Bacillus smitltii was observed . The effect of dye on the samples was also studied in detail.

lncidence of enterotoxigenic Staphylococcus aureus in relation to the microbial safety of seafood

A detailed study was made on the microbial quality, with special reference to food safety, of the fish and fishery products in the retail trade in Cochin and around. Also, farmed molluscan shellfishes like mussels and oysters were investigated for the microbial quality including the presence of pathogenic bacteria. Special stress has been given to monitor the incidence of coagulase positive as well as coagulase negative Staphylococcus in these products and their relative incidence have been recorded.In the next part, the investigation was centered mainly on toxigenic S.aureus. This is because among the Gram positive toxigenic bacteria, the Saureus with potential to produce thermostable enterotoxins are more relavent in food safety conceming seafoods in comparison with the Gram-negative pathogens like Salmonella and V.cholerae.The incidence, toxigenic potential and conditions of toxin production by S.aureus have been investigated in detail. An attempt has also been made to relate the toxigenisis with the presence of the concerned toxigenic genes in the genomes of S. aureus strains.

Studies on the pathobiology of penaeid larvae and postlarvae

The thesis presents the results of the studies carried out on certain diseases encountered in the larvae and postlarvae of penaeid prawns raised in the hatcheries at Cochin, Madras and Mandapam Camp during September 1985- April 1988. In the preliminary survey carried out to understand the common diseases occurring in the penaeid larvae and postlarvae, seven cases of diseases and abnormalities were encountered. These included ciliate infestation, Nit_zschia closteriurn infestation, parasitic protozoaninfection, parasitic dinoflagellate infection, appendage necrosis, heteromorphic eye and abnormal eggs and deformed nauplii .The clinical signs, seasonal occurrence and incidence of each of the above cases were provided along with the information on environmental factors such as salinity, dissolved oxygen, temperature and pH of the rearing medium. The Thésis is presented in nine chapters. Chapter 1 surveys the literature on the diseases of penaeid larvae, postlarvae and adult prawns from India and abroad. This is followed by a chapter on the material and methods employed during the present investigation. In the third chapter, seven cases of diseases and abnormalities encountered in the larvae and postlarvae of Penaeus indicus and p. semisulcatus during the survey carried out in the hatcheries located at different centres of Central‘ Marine Fisheries Research Institute are presented and discussed .A bacterium responsible for appendage necrosis was isolated and its taxonomy was studied. It was Gram-negative, fermentative and motile rod. It was sensitive to vibriostatic compound, 0/129. This bacterium was found to be a new isolate of vibrio on the basis of its morphological, biological, physiological and biochemical characters and comparison of these characters with those described for other related vibrios. This new isolate of vibrio was deposited in vibro Referrence Laboratory, Centres for Disease Control, Georgia, U.S.A. and coded as vibrio sp. 2448-88.

SPATIOTEMPORAL VARIATION AND ANTIBACTERIAL ACTIVITY OF ACTINOMYCETES ISOLATED FROM HIGH ALTITUDE GRASSLAND SOILS OF TROPICAL MONTANE FOREST – KERALA, INDIA

TThe invention of novel antibiotics and other bioactive microbial metabolites continues to be an important aim in new drug discovery programmes. Actinomycetes have the potential to synthesize lots of diverse biologically vigorous secondary metabolites and in the last decades actinomycetes became the most productive source for antibiotics. Therefore in the present study we analyze the antibacterial activity of the actinomycetes isolated from grassland soil samples of Tropical Montane forest. A total of 33 actinomycete strains isolated were characterized and screened for antibacterial activities using well diffusion method against six specific pathogenic organisms. Identification of the isolates revealed that the majority of them were belonging to Streptomycetes followed by Nocardia, Micromonospora, Pseudonocardia, Streptosporangium, Nocardiopsis and Saccharomonospora. Among the 33 isolates, Gr1 strain showed antagonistic activity against all checked pathogens. Nine strains showed antibacaterial activity against Listeria, Vibrio cholera, Bacillus cereus, Staphylococcus aureus and Salmonella typhi and only 2 strains (Gr1and Gr25) showed antagonism to E. coli. The overall percentage of activity of actinomycetes isolates against each pathogenic bacterium was also calculated. While 63.63% of the actinomycetes were antagoinistic against Listeria, Vibrio cholerae, and Bacillus cereus, 60.6% of them were antagonistic to Staphylococcus aureus. Very few isolates (6.06%) showed antibacterial activity against E. coli. In general most of the actinomycetes isolates were antagonistic to grampositive bacteria such as Listeria, Bacillus and Staphylococcus than Gram-negative bacteria Vibrio cholerae, E. coli and Salmonella

Facilitating folding of outer membrane proteins, roles of the periplasmic chaperone Skp and the outer membrane lipoprotein BamD

This thesis describes several important advancements in the understanding of the assembly of outer membrane proteins of Gram-negative bacteria like Escherichia coli. A first study was performed to identify binding regions in the trimeric chaperone Skp for outer membrane proteins. Skp is known to facilitate the passage of unfolded outer membrane proteins (OMPs) through the periplasm to the outer membrane (OM). A gene construct named “synthetic chaperone protein (scp)” gene was used to express a fusion protein (Scp) into the cytoplasm of E. coli. The scp gene was used as a template to design mutants of Scp suitable for structural and functional studies using site-directed spectroscopy. Fluorescence resonance energy transfer (FRET) was used to identify distances in Skp-OmpA complexes that separate regions in Scp and in outer membrane protein A (OmpA) from E. coli. For this study, single cysteine (Cys) mutants and single Cys - single tryptophan (Trp) double mutants of Scp were prepared. For FRET experiments, the cysteines were labeled with the tryptophan fluorescence energy acceptor IAEDANS. Single Trp mutants of OmpA were used as fluorescence energy donors. In the second part of this thesis, the function of BamD and the structure of BamD-Scp complexes were examined. BamD is an essential component of the β-barrel assembly machinery (BAM) complex of the OM of Gram-negative bacteria. Fluorescence spectroscopy was used to probe the interactions of BamD with lipid membranes and to investigate the interactions of BamD with possible partner proteins from the periplasm and from the OM. A range of single cysteine (Cys) and single tryptophan (Trp) mutants of BamD were prepared. A very important conclusion from the extensive FRET study is that the essential lipoprotein BamD interacts and binds to the periplasmic chaperone Skp. BamD contains tetratrico peptide repeat (TPR) motifs that are suggested to serve as docking sites for periplasmic chaperones such as Skp.

Monitoreo microbiológico de aire, superficies y manos del personal asistencial en entidades de salud : Departamento del Meta 2007

OBJETIVO: Cuantificar Bacterias gram positivas, Bacterias gram negativas y Hongos mediante monitoreo microbiológico de aire, superficies y manos del personal asistencial en cinco entidades de salud del departamento del Meta en el año 2007. MÉTODOS: Estudio ejecutado en cinco entidades, donde se realizó el diagnostico microbiológico del entorno hospitalario, tomando muestras en cada área asistencial de: superficies horizontales antes y después de aplicar el protocolo de limpieza y desinfección de cada institución, manos de personal asistencial antes y después del lavado rutinario de manos y del aire de áreas críticas y no críticas. RESULTADOS: La IPS 3 presentó el Aire de Zona crítica con mayor contaminación bacteriana y la IPS 4 mayor contaminación fúngica. Hospitalización, Urgencias y Apoyo diagnostico evidenciaron las mayores concentraciones microbianas. Se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre la carga microbiana antes respecto a después del lavado de manos (p<0,05) y antes y después de la aplicación del protocolo de limpieza y desinfección de superficies. CONCLUSIONES: Con el presente estudio fue posible demostrar que la capacitación, supervisión y monitorización de los procesos de lavado de manos y limpieza y desinfección de superficies pueden llegar a garantizar la reducción de la biomasa bacteriana y fúngica presente en las entidades de la salud.

Actividad antibacteriana del aceite esencial de la conobea scopariodes frente a cinco cepas bacterianas de interés clínico en Colombia

En Colombia el manejo de pacientes en los diferentes servicios hospitalarios han presentado inconvenientes en el combate de infecciones por bacterias y la resistencia de las mismas; el Staphylococcus aureus Escherichia coli y Pseudomonas aeruginosa, han demostrado evolución en la creación de generaciones resistentes y también han participado junto con la Salmonella y el B.cereus en brotes por ETAS como principales microorganismos causales. En el presente estudio se analizó el aceite esencial de la Conobea scoparioides para evaluar su actividad frente a cinco cepas bacterianas. Se obtuvo el AE y se prepararon las bacterias aplicándose pruebas de sensibilidad y no paramétricas para determinar el porcentaje de inhibición, la evaluación de la MIC y comparar la efectividad del aceite vs la estreptomicina. El aceite esencial presentó actividad principalmente contra el B. cereus con el mayor % de inhibición y una MIC de 3.2 ug/ml, caso diferente presentó P. aeruginosa con un % de crecimiento por encima del 50% presentando una MIC de 16.7 ug/ml. Finalmente podemos concluir que se presentó mayor actividad frente a bacterias gram positivas como el caso del B. cereus que en gram negativas con MIC bajas. Estos resultados permite comparar la actividad de la conobea con estudios recientes bajo la misma modalidad que permiten identificar nuevas plantas con actividad biológica y percibir que la conobea es efectiva en mayor proporción frente a bacterias gram positivas.

Comportamiento epidemiológico de la sepsis nosocomial en la Unidad de Recién Nacidos de la Fundación Cardioinfantil

Objetivo. Se realizó un estudio retrospectivo que describe las características demográficas, la etiología, los factores asociados, la mortalidad, la sensibilidad y la resistencia de los microorganismos a los antibióticos usados en sepsis nosocomial. Diseño del estudio. Se realizó la recolección de datos desde el 2004 hasta el primer trimestre del 2006. Se definió infección nosocomial probada como la infección diagnosticada después de 72 horas de hospitalización y que recibe manejo antibiótico mayor a 3 días. Resultados. Se revisaron 60 historias clínicas, en las cuales los gérmenes Gram negativos fueron los principales causantes de sepsis nosocomial, tanto intra como extrainstitucional; de ellos la k. pneumoniae fue el germen más frecuentemente encontrado. Conclusiones. Los gérmenes Gram negativos son los microorganismos predominantemente causantes de sepsis nosocomial en la Unidad de Recién Nacidos (URN) de la Fundación Cardioinfantil (FCI).

Mediastinitis post revascularización miocárdica: impacto del cambio de profilaxis antibiótica en la fundación Cardioinfantil 2012 - 2013

INTRODUCCIÓN. La mediastinitis posterior a cirugía de revascularización miocárdica es una infección infrecuente, pero potencialmente fatal. En la Fundación Cardioinfantil se ha observado una tendencia al incremento de la misma en los últimos años, obligando a un cambio en las medidas de profilaxis antimicrobiana, pasando de cefalosporinas a vancomicina – gentamicina, sin embargo no se conoce aún el impacto de estas medidas. OBJETIVO: Determinar si el cambio de la profilaxis antibiótica en pacientes sometidos a revascularización miocárdica influye en una disminución de la incidencia de mediastinitis durante los años 2012 – 2013. METODOLOGÍA: Estudio de cohortes retrospectivo, evaluando la incidencia de mediastinitis post revascularización miocárdica, en pacientes expuestos a 2 diferentes tipos de profilaxis antimicrobiana (cefalosporinas vs vancomicina-gentamicina). Se describieron los patrones de susceptibilidad y resistencia de los patógenos encontrados en mediastinitis y la mortalidad de esta patología. RESULTADOS: Los patógenos más frecuentemente aislados en la mediastinitis fueron Staphylococcus aureus y Klebsiella pneumoniae, en la mayoría monomicrobiano. Se encontraron patógenos con perfiles de resistencia como betalactamasas de espectro extendido en Gram negativos y resistencia a la meticilina en cocos Gram positivos. El RR de mediastinitis del grupo expuesto a vancomicina-gentamicina respecto al grupo de cefalosporinas fue de 0,9 con IC 95% 0,28 – 3,28. CONCLUSIÓN: la epidemiologia microbiana de la mediastinitis no difiere de la reportada en otras series. La profilaxis antimicrobiana con vancomicina - gentamicina en pacientes sometidos a revascularización miocárdica, no redujo la incidencia de mediastinitis. Se propone regresar a la terapia de profilaxis con cefalosporinas.

Perfil de resistencia microbiológico en ciudados intensivos adultos en la fundación Santa Fe de Bogotá año 2014

Se realizó un estudio descriptivo, retrospectivo; se usó la base de datos de los aislamientos microbiológicos documentados en las UCI de la Fundación Santa fe de Bogotá para el año 2014. La prevalencia de bacterias resistentes en los aislamientos de la FSFB no es baja, por lo que se requiere una terapia empírica acertada acorde con la flora local. Se requieren estudios analíticos para evaluar factores asociados al desarrollo de gérmenes multi resistentes y mortalidad por sepsis

Tipificación y perfiles de resistencia antibiótica en unidades neonatales de Bogotá durante los años 2008-2012

La sepsis neonatal ha sido un problema en las unidades de cuidado intensivo al rededor del mundo. Su incidencia aumenta diez veces cuando el recién nacido es de muy bajo peso. El aislamiento de gérmenes resistentes en los cultivos tomados a los recién nacidos ha permitido identificar el comportamiento de los antibióticos de uso común. El presente estudio analítico de corte transversal realizado durante los años 2008 al 2012 en diez unidades de cuidados intensivos neonatales de la ciudad de Bogotá analizó la base de datos de los laboratorios de microbiología, obteniendo un total de 22.153 muestras de las cuales 7.132 ( 32.9%) fueron elegibles. Utilizando el software Whonet 5.6 y tomando solo el primer aislamiento por año y por paciente se realizaron análisis descriptivos y de resistencia bacteriana. Los resultados obtenidos fueron similares a los reportados en la literatura donde los gérmenes gran positivos son los más comúnmente aislados con un 53.2%, seguidos en importancia por los gérmenes gran negativos. Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli en conjunto aportan 27.22%, presentando un aumento en el porcentaje de BLEE (Betalactamasa de Espectro Extendido) y aparición de carbapenemasas durante los años de estudio. El Acinetobacter baumannii ha duplicado la resistencia a ampicilina sulbactam llegando al 66.7%. Las candidas fueron aisladas en un porcentaje muy bajo sin documentarse resistencias. El Estafilococo aureus no presenta resistencias que sugiera la aparición de nuevos clones.

Pesquisa das actividades antioxidante e antimicrobiana em extractos de plantas do género Plectranthus

O uso de plantas medicinais é uma tendência generalizada na medicina popular. O género Plectranthus pertence à família das Lamiaceae tal como a salva (Salvia), o manjericão (Ocimum) e a hortelã (Mentha), que apresentam uma grande diversidade de usos etnobotânicos. No presente trabalho, foram avaliadas as atividades antimicrobiana e antioxidante de extractos de cinco espécies do género Plectranthus: P. hadiensis (vd), P. madagascarensis, P. neochilus, P. verticillatus e P. barbatus. Os extractos foram obtidos por diversos métodos: infusão, decocção, ultra-sons, micro-ondas e maceração (10% m/v de planta seca) com dois solventes diferentes (água e acetona). O método de infusão permitiu obter a maior quantidade de extrato seco a partir da planta Plectranthus barbatus (22 ± 1,0 – 33 ± 3,0 mg/mL). A actividade antimicrobiana dos extratos obtidos foi determinada usando o método da difusão em poço e foi testada contra três bactérias Gram-positivas e duas bactérias Gram-negativas. Só os extratos acetónicos de P. madagascarensis, P. verticillatus e P. hadiensis (vd) demonstraram ser ativos e exclusivamente em bactérias Gram-positivas. O extrato de P. madagascarensis demonstrou a maior actividade antibacteriana com halos de inibição entre 23 e 36 mm. A atividade antioxidante dos extratos foi determinada qualitativamente usando o método do radical 2,2-difenil-1-picril-hidrazina (DPPH) em ccd obtiveram-se resultados positivos na maioria dos extractos estudados.