Analytical strategies for the comprehensive profiling of histone post translational modifications by mass spectrometry and implications for functional analyses

Le long bio-polymère d'ADN est condensé à l’intérieur du noyau des cellules eukaryotes à l'aide de petites protéines appelées histones. En plus de leurs fonctions condensatrices,ces histones sont également la cible de nombreuses modifications post-traductionnelles(MPT), particulièrement au niveau de leur section N-terminale. Ces modifications réversibles font partie d’un code d’histones épi-génétique transmissible qui orchestre et module dynamiquement certains événements impliquant la chromatine, tels l’activation et la désactivation de gènes ainsi que la duplication et la réparation d’ADN. Ces modifications sont impliquées subséquemment dans la signalisation et la progression de cancers, tels que la leucémie. En conséquence, l'élucidation des modifications d’histones est importante pour comprendre leurs fonctions biologiques. Une méthodologie analytique a été mise au point en laboratoire pour isoler, détecter, et quantifier les MPT d’histones en utilisant une approche rapide à deux volets à l’aide d’outils bioinformatiques spécialisés. La méthodologie développée en laboratoire a été validée en utilisant des histones de souche sauvage ainsi que deux types d’histones mutants déficients en enzymes acétyltransferase. Des trois sources d’histones utilisées, la seule MPT qui a démontré un changement significatif est l’acétylation de l’histone H3 à lysine 56 (H3K56ac). L’expression et la stoechiométrie de cette MPT, issue de cellules de souche sauvage et de cellules mutantes, ont été déterminées avec précision et comparées. Les fonctions de balayage polyvalentes d'un instrument à trappe ionique quadrupôle linéaire hybride ont été utilisées pour améliorer la détection de protéines intactes. Le mode de balayage « enhanced multiply charged » (EMC) a été modifié pour contenir et détecter les ions de protéines intactes situées dans la trappe ionique linéaire. Ce mode de balayage nommé « targeted EMC » (tEMC) a permis de quadrupler le niveau de sensibilité (signal/interférence), et quintupler la résolution du mode de balayage conventionnel. De plus, la capacité de séparation des charges du tEMC a réduit de façon significative les effets de « space charge » dans la trappe ionique linéaire. La résolution supérieure du mode tEMC a permis de différencier plusieurs isoformes modifiées, particulièrement pour l’histone H3. L’analyse des peptides d’histones trypsiques à l’aide du mode de balayage « MRM » a permis le séquençage et la quantification de MPT avec un haut degré de précision. La seule MPT qui était sous-exprimée entre l’histone de souche sauvage et le mutant DOT1L fut la méthylation de l’histone H3 lysine 79(H3K79me1). Les effets de deux inhibiteurs d’enzymes HDAC (HDACi) sur l’expression de MPT d’histone ont été évalués en utilisant la méthodologie analytique mentionnée. Les histones extraites de cellules normales et cancéreuses ont été exposées à du Vorinostat(SAHA) ou du Entinostat (MS-275) pour une période de 24 à 72 heures. Deux histones furent principalement affectées, soit H3 et H4. Étonnamment, les mêmes effets n'ont pas été détectés lorsque les cellules normales ont été traitées avec le HDACi pour une période de 48 à 72 heures. Une méthode absolue de quantification avec une courbe d’étalonnage a été développée pour le peptide H3K56ac. Contrairement à certaines publications, nos résultats démontrent que cette MPT est présente dans les cellules mammifères avec une stoechiométrie très basse (< 0,1%) et n'est pas surexprimée de façon significative après le traitement au HDACi.

Demand-driven type analysis for dynamically-typed functional languages

Thèse diffusée initialement dans le cadre d'un projet pilote des Presses de l'Université de Montréal/Centre d'édition numérique UdeM (1997-2008) avec l'autorisation de l'auteur.

Inhibition of respiratory syncytial virus by nasally administered siRNA modified with F-ANA

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Social Movement Casework and the Law and Organizing Ideal : Toward a modified law and organizing model

En Amérique du Nord, les militants et les juristes ont longtemps cru que les avocats progressistes pourraient offrir des avantages tactiques importants aux mouvements sociaux. Cette perspective optimiste a cédé la place pendant les années 1970 à une attitude critique à l'égard des avocats et des litiges. Les chercheurs se sont interrogés sur l’efficacité d’assimiler les revendications politiques à des atteintes aux droits individuels, pour être ensuite présentées devant les tribunaux. Le litige était perçu comme source d’une influence négative qui favorise l’isolement et l’individualisme. De plus, les chercheurs ont remarqué qu’il y avait le potentiel pour les avocats militants – bien qu’ils soient bien intentionnés – d’exercer leur profession d’une manière qui pourrait donner un sentiment d’impuissance aux autres participants du mouvement social. Les premières versions de cette critique vont souvent assimiler la « stratégie juridique » avec le litige présenté devant les tribunaux judiciaires et géré par les avocats. Une réponse inspirante à cette critique a développée au début des années 2000, avec l'émergence d’un modèle de pratique que les chercheurs aux États-Unis ont nommé « law and organizing ». Des études normatives sur ce modèle offrent des arguments nuancés en faveur d’une pratique militante interdisciplinaire, partagée entre les avocats et les organisateurs. Ces études continuent à attribuer les risques d’individualisation et d’impuissance aux avocats et aux litiges. Selon ce modèle, au lieu de diriger la stratégie, les avocats travaillent en collaboration avec les travailleurs sociaux, les organisateurs et les citoyens pour planifier la stratégie du mouvement social, tout en favorisant l'autonomisation et la mobilisation de la collectivité. La présente thèse offre un examen critique de ce modèle, à travers l'une de ses tactiques bien connues: le traitement des problèmes juridiques individuels par les organisations militantes. La thèse examine les hypothèses fondatrices du modèle « law and organizing », en réinterprétant les problèmes d’individualisation et d’impuissance comme étant des enjeux reconnus dans de multiples disciplines, partout où les acteurs font de l’intervention sur une base individuelle afin de provoquer un changement systémique. La thèse soutient qu’un modèle de la pratique engagée du droit qui associe l'individualisation et l'impuissance exclusivement à la profession d'avocat risque de répondre de façon inadéquate aux deux problèmes. La recherche propose un modèle modifié qui met l'accent sur les options juridiques accessibles aux militants, tout en reconnaissant que la mobilisation et l'autonomisation sont des priorités qui sont partagées entre plusieurs disciplines, même si elles peuvent être traitées de façon particulière à l’intérieur de la profession juridique.

Modified Large Margin Nearest Neighbor Metric Learning for Regression

The main objective of this letter is to formulate a new approach of learning a Mahalanobis distance metric for nearest neighbor regression from a training sample set. We propose a modified version of the large margin nearest neighbor metric learning method to deal with regression problems. As an application, the prediction of post-operative trunk 3-D shapes in scoliosis surgery using nearest neighbor regression is described. Accuracy of the proposed method is quantitatively evaluated through experiments on real medical data.

FosteraTM PRRS modified live vaccine efficacy against a Canadian heterologous virulent field strain of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV).

Vaccination is a useful option to control infection with porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV), and several modified live-PRRSV vaccines have been developed. These vaccines have shown some efficacy in reducing the incidence and severity of clinical disease as well as the duration of viremia and virus shedding but have failed to provide sterilizing immunity. The efficacy of modified live-virus (MLV) vaccines is greater against a homologous strain compared with heterologous PRRSV strains. The objective of this study was to evaluate the efficacy of Fostera PRRS MLV vaccine in protecting against challenge with a heterologous field strain widely circulating in the swine herds of eastern Canada. Forty-six piglets were divided into 4 groups: nonvaccinated-nonchallenged; nonvaccinated-challenged; vaccinated-challenged; and vaccinated-nonchallenged. The animals were vaccinated at 23 d of age with Fostera PRRS and challenged 23 d later with a heterologous field strain of PRRSV (FMV12-1425619). Overall, the vaccine showed some beneficial effects in the challenged animals by reducing the severity of clinical signs and the viral load. A significant difference between nonvaccinated and vaccinated animals was detected for some parameters starting 11 to 13 d after challenge, which suggested that the cell-mediated immune response or other delayed responses could be more important than pre-existing PRRSV antibodies in vaccinated animals within the context of protection against heterologous strains.

Modified Circular Patch Antenna

A circular miqrostrip antenna with a modified structure is presented. By adjusting the feed location along the circumference of the patch it is possible to match the antenna with a C microstrip line of any impedance. The impedance bandwidth and radiation characteristics are unaffected by this structural V modification.

Singlet Oxygen in Microporous Silica Xerogel:Quantum Yield and Oxidation at the Gas–Solid Interface

The quantum yields of singlet oxygen production and lifetimes at the gas–solid interface in silica gel material are determined. Different photosensitizers (PS) are encapsulated in parallelepipedic xerogel monoliths (PS-SG). PS were chosen according to their known photooxidation properties: 9,10-dicyanoanthracene (DCA), 9,10-anthraquinone (ANT), and a benzophenone derivative, 4-benzoyl benzoic acid (4BB). These experiments are mainly based on time-resolved 1O2 phosphorescence detection, and the obtained FD and tD values are compared with those of a reference sensitizer for production, 1H-phenalen-1- one (PN), included in the same xerogel. The trend between their ability to oxidize organic pollutants in the gas phase and their efficiency for production is investigated through photooxidation experiments of a test pollutant dimethylsulfide (DMS). The FD value is high for DCA-SG relative to the PN reference, whereas it is slightly lower for 4BB-SG and for ANT-SG. FD is related to the production of sulfoxide and sulfone as the main oxidation products for DMS photosensitized oxidation. Additional mechanisms, leading to C!S bond cleaveage, appear to mainly occur for the less efficient singlet oxygen sensitizers 4BB-SG and ANTSG.

A Novel Accelerator Combination for the Low Temperature Curing of Silica-Filled NBR Compounds

Zinc salts of ethyl, isopropyl, and butyl xanthates were prepared in the laboratory. The effect of these xanthates in combination with zinc diethyldithiocarbamate (ZDC) on the vulcanization of silica-filled NBR compounds has been studied at different temperatures. The cure times of these compounds were compared with that of NBR compounds containing tetramethylthiuram disulphide/dibenzthiazyl disulphide. The rubber compounds with the xanthates and ZDC were cured at various temperatures from 60 to 150°C. The sheets were molded and properties such as tensile strength, tear strength, crosslink density, elongation at break, compression set, abrasion resistance, flex resistance, heat buildup, etc. were evaluated. The properties showed that zinc salt of xanthate/ZDC combination has a positive synergistic effect on the cure rate and mechanical properties of NBR compounds.

Studies on Modified Atmosphere Packaging of Pearl Spot (Etroplussuratensis) With Special Emphasis to Biochemical and Microbiological Parameters

A modified atmosphere may be defined as a packaging or storage of a perishable product in an atmosphere other than that of air. A modified atmosphere (MA) applies to food packaged products changes continuously throughout the storage period. The pearl spot (Etroplus suratensis) is an important brackish water fish belonging to the family Cichlidae. The present work was carried out to see the effect of modified atmosphere packaging on the shelf life fresh pearl spot stored in ice to extent the shelf life. The objectives of the present study are to study the suitability of Thermoformed Trays for modified atmosphere packaging, to standardize the most suitable gas mixture for modified atmosphere packaging pearl spot based on sensory evaluation, to find out the effect of modified atmosphere packaging in comparison to air packaging, to study the biochemical, microbiological, sensory and textural characteristics during storage, to study the safety concern regarding the Clostridium botulinum during modified atmosphere packaging, to find out the most suitable chemical quality indices for modified atmosphere stored pearl spot

Broadband Cylindrical Dielectric Resonator Antenna Excited by Modified Microstrip Line

The impedance bandwidth of a high permittivity cylindrical dielectric resonator antenna excited by a micro strip line was significantly improved by modifying the feed geometry. The 10 dB return loss bandwidth is enhanced from 12 to 26% without much affecting the gain and other radiation properties of the antenna. Good agreement has been observed between the predicted and measured results

An analytical study of the power distribution pattterns of silica waveguides with high paraboloic cylindrical deformation

An attempt is made to determine the relative power distribution in a step-index parabolic cylindrical waveguide (PCW) with high deformation across the direction of propagation. The guide is assumed to be made of silica. The scalar field approximation is employed for the analysis under which a vanishing refractive-index (RI) difference in the waveguide materials is considered. Further, no approximation for folds- is used in the analytical treatment. Due to the geometry of such waceguides, PCWs lose the well-defined modal discreteness, and a kind of mode bunching is observed instead, which becomes much more prominent in PCWs with high bends. However, with the increase in cross-sectional size, the mode-bunching tendency is slightly reduced. The general expressions for power in the guiding and nonguiding sections are obtained, and the fractional power patterns in all of the sections are presented for PCWs of various cross-sectional dimensions. It is observed that the confinement of power in the core section is increased for PCWs of larger cross-sectional size. Moreover, a fairly uniform distribution of power is seen over the modes having intermediate values of propagation constants

Broadband Cylindrical Dielectric Resonator Antenna Excited by Modified Microstrip Line

The impedance bandwidth of a high permittivity cylindrical dielectric resonator antenna excited by a micro strip line was significantly improved by modifying the feed geometry. The 10 dB return loss bandwidth is enhanced from 12 to 26% without much affecting the gain and other radiation properties of the antenna. Good agreement has been observed between the predicted and measured results