Flexible management of bandwidth and redundancy in fieldbuses

Os sistemas distribuídos embarcados (Distributed Embedded Systems – DES) têm sido usados ao longo dos últimos anos em muitos domínios de aplicação, da robótica, ao controlo de processos industriais passando pela aviónica e pelas aplicações veiculares, esperando-se que esta tendência continue nos próximos anos. A confiança no funcionamento é uma propriedade importante nestes domínios de aplicação, visto que os serviços têm de ser executados em tempo útil e de forma previsível, caso contrário, podem ocorrer danos económicos ou a vida de seres humanos poderá ser posta em causa. Na fase de projecto destes sistemas é impossível prever todos os cenários de falhas devido ao não determinismo do ambiente envolvente, sendo necessária a inclusão de mecanismos de tolerância a falhas. Adicionalmente, algumas destas aplicações requerem muita largura de banda, que também poderá ser usada para a evolução dos sistemas, adicionandolhes novas funcionalidades. A flexibilidade de um sistema é uma propriedade importante, pois permite a sua adaptação às condições e requisitos envolventes, contribuindo também para a simplicidade de manutenção e reparação. Adicionalmente, nos sistemas embarcados, a flexibilidade também é importante por potenciar uma melhor utilização dos, muitas vezes escassos, recursos existentes. Uma forma evidente de aumentar a largura de banda e a tolerância a falhas dos sistemas embarcados distribuídos é a replicação dos barramentos do sistema. Algumas soluções existentes, quer comerciais quer académicas, propõem a replicação dos barramentos para aumento da largura de banda ou para aumento da tolerância a falhas. No entanto e quase invariavelmente, o propósito é apenas um, sendo raras as soluções que disponibilizam uma maior largura de banda e um aumento da tolerância a falhas. Um destes raros exemplos é o FlexRay, com a limitação de apenas ser permitido o uso de dois barramentos. Esta tese apresentada e discute uma proposta para usar a replicação de barramentos de uma forma flexível com o objectivo duplo de aumentar a largura de banda e a tolerância a falhas. A flexibilidade dos protocolos propostos também permite a gestão dinâmica da topologia da rede, sendo o número de barramentos apenas limitado pelo hardware/software. As propostas desta tese foram validadas recorrendo ao barramento de campo CAN – Controller Area Network, escolhido devido à sua grande implantação no mercado. Mais especificamente, as soluções propostas foram implementadas e validadas usando um paradigma que combina flexibilidade com comunicações event-triggered e time-triggered: o FTT – Flexible Time- Triggered. No entanto, uma generalização para CAN nativo é também apresentada e discutida. A inclusão de mecanismos de replicação do barramento impõe a alteração dos antigos protocolos de replicação e substituição do nó mestre, bem como a definição de novos protocolos para esta finalidade. Este trabalho tira partido da arquitectura centralizada e da replicação do nó mestre para suportar de forma eficiente e flexível a replicação de barramentos. Em caso de ocorrência de uma falta num barramento (ou barramentos) que poderia provocar uma falha no sistema, os protocolos e componentes propostos nesta tese fazem com que o sistema reaja, mudando para um modo de funcionamento degradado. As mensagens que estavam a ser transmitidas nos barramentos onde ocorreu a falta são reencaminhadas para os outros barramentos. A replicação do nó mestre baseia-se numa estratégia líder-seguidores (leaderfollowers), onde o líder (leader) controla todo o sistema enquanto os seguidores (followers) servem como nós de reserva. Se um erro ocorrer no nó líder, um dos nós seguidores passará a controlar o sistema de uma forma transparente e mantendo as mesmas funcionalidades. As propostas desta tese foram também generalizadas para CAN nativo, tendo sido para tal propostos dois componentes adicionais. É, desta forma possível ter as mesmas capacidades de tolerância a falhas ao nível dos barramentos juntamente com a gestão dinâmica da topologia de rede. Todas as propostas desta tese foram implementadas e avaliadas. Uma implementação inicial, apenas com um barramento foi avaliada recorrendo a uma aplicação real, uma equipa de futebol robótico onde o protocolo FTT-CAN foi usado no controlo de movimento e da odometria. A avaliação do sistema com múltiplos barramentos foi feita numa plataforma de teste em laboratório. Para tal foi desenvolvido um sistema de injecção de faltas que permite impor faltas nos barramentos e nos nós mestre, e um sistema de medida de atrasos destinado a medir o tempo de resposta após a ocorrência de uma falta.

Contribuição para o estudo das tipologias documentais na administração municipal portuguesa: a Câmara Municipal de Portalegre

O presente trabalho desenvolve-se em duas partes, a teórica e a prática. Resultando na introdução aos temas da diplomática contemporânea como metodologia para analisar os documentos de um arquivo concreto (a autarquia de Portalegre). Perspectivou-se a metodologia consubstanciada numa abordagem ascendente (Bottom up) sem, no entanto, esquecer o trabalho antecedente que preparou o terreno para a aplicação do método diplomático. Esse trabalho assentou numa consistente caracterização da organização em todos os seus parâmetros, orgânico, funcional, regional, legal, social, documental, que permitiu com segurança o preenchimento das fichas de recolha dos documentos escolhidos. A parte prática revela a aplicação da análise diplomática e sintetiza a sua utilidade nas conclusões e propostas de melhoria nas funções arquivísticas, de classificação e comunicação. Aflorou-se levemente a questão do manual de procedimentos, como subproduto deste tipo de análise, que pode verdadeiramente funcionar como elo de ligação entre o arquivo e a organização. ABSTRACT: This paper develops in two parts, theory and practice. Introduces the theme contemporary diplomatic as a method to analyze the documents for a specific archive (The municipality of Portalegre). Prospect of the methodology reflected in a bottom-up approach, without forgetting the previous work, which paved the way for the application of diplomatic methods. It was based on a consistent characterization of the organization in all of its parameters: organic, functional, regional, legal, social, documentary, allowing safe completion of the characterization form of the chosen documents. A practical application of diplomatic analysis reveals and summarizes the usefulness of the findings and proposals for improvement in archival functions - classification and communication. It was touched lightly the issue of the procedures manual, as a byproduct of this type of analysis, that can truly function as a link between the archive and the organization

Habitat-species interactions in a carnivore community

Na maioria das area protegidas nacionais existe uma considerável falta de informação científica relativa aos mamíferos carnívoros. A Reserva Natural da Serra da Malcata, localizada no centro-este de Portugal, tem vindo a desenvolver, desde os últimos 20 anos, estudos de ecologia e esta tese pretende dar seguimento a esse esforço de monitorização, através do desenvolvimento de métodos simples e eficientes, de monitorização de carnívoros, que possam servir como percursores de trabalhos a longo-prazo em áreas relevantes para a conservação. Através do uso de armadilhagem fotográfica, foram estudadas relações espécies-habitats para 5 espécies: gato-bravo (Felis silvestris), fuinha (Martes foina), raposa (Vulpes vulpes), gineta (Genetta genetta), e sacarrabos (Herpestes ichneumon). Foram desenvolvidos métodos para se determinar a densidade absoluta de raposa e gineta e a população de gato-bravo foi estudada em detalhe. As principais conclusões do estudo foram: 1) a ocupação de raposas é uniforme e parece ser independente de variáveis ambientais; 2) a ocupação de fuinha encontra-se relacionada com variáveis de habitat, estrutura paisagística e presas; 3) a ocupação de gineta está relacionada com a cobertura de folhosas e distribuição de presas; 4) para o sacarrabos verificase que a ocupação é influenciada pelas extensões de habitat arbustivos, 5) a população de gato-bravo sofreu um forte declínio durante o trabalho e requer urgentes medidas de conservação. Metodologicamente foi demonstrada a importância da modelação das probabilidades de detecção para espécies para as quais este parâmetros apresenta valores baixos ou é muito variável. Esta tese também demonstrou a grande importância da Serra da Malcata para a conservação de carnívoros e a necessidade do desenvolvimento de técnicas de monitorização padronizadas para uma correcta gestão adaptativa das áreas protegidas.

Trabalho colaborativo docente na gestão do currículo do ensino básico: do discurso às práticas

A diversidade, complexidade e imprevisibilidade que caracterizam a sociedade actual exigem da Escola uma articulação eficaz entre as aprendizagens e a realidade sociocultural dos alunos, de modo a promover a formação de cidadãos instruídos, competentes, críticos e aptos para aprender a aprender ao longo da vida. Neste sentido, é crucial contextualizar e gerir o currículo, adequando-o à multiplicidade e idiossincrasias dos alunos e seus contextos, assegurando-lhes aprendizagens funcionais e de qualidade. A implementação do processo de Reorganização Curricular do Ensino Básico, consubstanciado através da promulgação do Decreto-Lei n.º 6/2001, de 18 de Janeiro, ambiciona(va) melhorar a eficácia de resposta da escola ao seu mandato social, atribuindo a esta a centralidade na reconceptualização do currículo nacional em função dos contextos com que trabalha. Para tal, a auto-implicação, a negociação e a colaboração são pressupostos indispensáveis a um processo de gestão curricular centrado na escola e operacionalizado no contexto das suas diferentes estruturas. Nesta perspectiva, estruturas de gestão curricular intermédia como o conselho de turma e o departamento curricular, assumem particular ênfase na promoção e desenvolvimento de práticas de colaboração docente fulcrais a processos de gestão curricular. Assim, analisar e aprofundar conhecimento sobre condições facilitadoras, bem como factores de dificultação, do desenvolvimento de práticas de colaboração docente no contexto das referidas estruturas, identificadas na sequência da implementação da orientação de política curricular traduzida no referido decreto-lei constituiu o principal objectivo subjacente a este estudo. Procurou-se relacionar esta análise com dimensões de cultura profissional e organizacional, que a literatura e a investigação revistas documentam como factores relevantes na transformação de práticas curriculares. O presente estudo decorreu em dois momentos: o primeiro, no ano lectivo de 2006/2007, assumiu uma natureza predominantemente quantitativa, privilegiando-se como técnica de recolha de dados o inquérito por questionário aplicado 2718 professores que se encontravam a leccionar Ciências da Natureza, Ciências Naturais ou Ciências Físico-Químicas na rede de escolas públicas com 2º e 3º Ciclos da Direcção Regional de Educação do Norte (DREN) e do Centro de Área Educativa (CAE) de Aveiro, o qual foi complementado com a realização de uma entrevista semi-estruturada a seis professores de Ciências Físicas e Naturais; o segundo momento, realizado no ano lectivo de 2007/2008, adoptou uma metodologia de investigação, essencialmente, qualitativa – estudo de caso – desenvolvido numa escola básica com 2º e 3º ciclos com doze professores pertencentes a um conselho de turma e com oito professores de Ciências Físicas e Naturais afectos ao departamento curricular de Matemática e Ciências Experimentais. Este momento caracterizou-se pela: i) realização de dois percursos formativos, um com professores do conselho de turma e outro com os professores de Ciências Físicas e Naturais; ii) observação de reuniões de trabalho em contexto das estruturas supramencionadas; iii) planificação, implementação e avaliação de uma aula em regime de co-docência, abordando uma temática na perspectiva Ciência, Tecnologia e Sociedade e iv) realização de entrevistas a todos os professores participantes, aos Presidentes do Conselho Executivo e do Conselho Pedagógico e à Coordenadora do Departamento Curricular de Matemática e Ciências Experimentais. O sistema de análise de dados utilizado visou a compreensão das dinâmicas de trabalho docente desenvolvidas no processo de gestão curricular no contexto das estruturas de gestão intermédia em análise. Neste sentido, privilegiaram-se a análise estatística e de conteúdo como técnicas de tratamento dos dados. Os resultados deste estudo apontam para a prevalência de uma cultura docente fortemente individualizada, balcanizada e burocratizada, facto que restringe o desenvolvimento de práticas de gestão curricular e de dinâmicas de trabalho docente sustentadas e adequadas ao contexto e necessidades específicas dos alunos. Sugerem, igualmente, que o desenvolvimento de práticas de colaboração docente não é consequência directa da decisão espontânea e voluntarismo dos professores ou de uma imposição externa não assumida pelos mesmos, mas sim de uma convergência de factores de responsabilização, reconhecimento da utilidade e eficácia da colaboração, e incentivo organizacional que se revelaram pouco significativos no estudo em causa. Por outro lado, indiciam que uma efectiva colaboração docente implica transformações no plano das culturas, que não decorrem dos normativos, e é potenciada por processos de negociação, onde os diferentes actores educativos partilham responsabilidades e uma autonomia cimentada numa visão colectiva e integradora do projecto educativo e curricular da escola. No sentido de contribuir para a consolidação do conhecimento no domínio em estudo, consideramos necessária a realização de outras investigações centradas no mesmo objecto de estudo, mas desenvolvidas em outros contextos escolares.

Sistemas de recepção de imagens de satélite: implementação e aplicações

A presente dissertação pretende focalizar-se sobre algumas aplicações da detecção remota por satélite. Assim, será exposto neste trabalho o resultado do desenvolvimento de sistemas de recepção de imagens obtidas por satélites de órbita polar e geostacionária, assim como um conjunto de três aplicações implementadas: a detecção de focos de incêndio em Portugal com dados do MSG-1, o desenvolvimento de um conjunto de actividades de exploração da Detecção Remota no contexto do 1' Ciclo do Ensino Básico e a validação dos resultados de previsão do modelo de mesoescala MM5 com imagens de satélite. A análise destas imagens desempenha um papel crucial, por exemplo nos estudos sobre tempo e clima. É por essa razão que tanto os Estados Unidos como outros países têm vindo a desenvolver um esforço contínuo para que possam ser lançados novos satélites que permitam uma constante aquisição de conhecimentos sobre os fenómenos meteorológicos. Deste modo, a implementação de sistemas de recepção que possibilitem transformar as medidas disponibilizadas por instrumentos a bordo de satélites em informação constitui um empreendimento de extrema utilidade para as mais diversas áreas do saber (como as Geociências ou a Meteorologia), revestindo-se de inúmeras aplicações de interesse para a Sociedade, nomeadamente nos sectores agrícola, energético, dos transportes e da conservação do meio ambiente.

Ensino da física em cursos de engenharia: percursos colaborativos no ensino superior

A presente investigação insere-se no domínio científico da Didáctica, em particular no da Didáctica da Física no Ensino Superior. Pretende-se, com este trabalho, contribuir para o desenvolvimento do conhecimento Didáctico, nomeadamente sobre o ensino e a aprendizagem da Física no Ensino Superior e, ainda, sobre o trabalho colaborativo entre investigadores em Didáctica e professores da área das Ciências e Engenharias do Ensino Superior. O estudo empírico desenvolvido neste trabalho é constituído por duas partes, designadas por estudo A e estudo B. No estudo A analisa-se o impacto da implementação, em sala de aula, de estratégias de aprendizagem activa num contexto colaborativo entre investigadora e professora. Fá-lo através de um percurso metodológico de investigação-acção, na qual a investigadora actua como consultora. Utilizaram-se diferentes fontes e instrumentos na recolha de informação, nomeadamente notas de campo da investigadora, questionários e entrevistas a estudantes e entrevista à professora colaboradora. Foram implementadas estratégias identificadas na literatura como promotoras de aprendizagem activa dos estudantes, nomeadamente perguntas conceptuais; folhas de dúvidas; feedback; trabalho de grupo com e sem rotação de tarefas; trabalhos para casa e apresentação oral. Os resultados obtidos evidenciam que os estudantes sentiram interesse pela unidade curricular, pois compreenderam a sua utilidade no âmbito do curso que frequentavam, apreciaram positivamente as estratégias implementadas e, segundo a opinião deles, estas contribuíram para a sua aprendizagem. No estudo B procurou-se compreender a colaboração entre investigadores em Didáctica e professores do Ensino Superior, no contexto da Universidade de Aveiro. Este estudo evidenciou que é possível implementar estratégias inovadoras de ensino através de processos de colaboração entre investigadores em Didáctica e professores. Este estudo, de carácter exploratório, foi realizado através de entrevistas aos investigadores e aos professores que com eles colaboraram, procurando melhorar a qualidade das suas práticas de ensino. Através deste estudo chegou-se à conceptualização de uma proposta de Colaboração Disciplinar, uma colaboração entre investigadores em Didáctica e professores do Ensino Superior, em que os investigadores têm formação base nas unidades curriculares onde irão intervir. Esta proposta procura potenciar uma forma de trabalhar problemas complexos, como por exemplo o processo de ensino e aprendizagem, o desenvolvimento profissional dos professores, a articulação entre a investigação em Didáctica e a prática. As principais vantagens identificadas na Colaboração Disciplinar são: a proximidade disciplinar entre o investigador e o professor; a eficácia nas sugestões proporcionadas; o aumento da segurança do professor na implementação das sugestões; o desenvolvimento profissional contextualizado; a aproximação da investigação à prática. Os contributos deste estudo colocam-se a três níveis: ao nível pessoal e profissional da investigadora e da professora colaboradora; ao nível do desenvolvimento de conhecimento na referida área (no caso do primeiro estudo empírico desenvolvido), na medida em que apesar da especificidade do contexto onde o estudo ocorreu – na unidade curricular Elementos de Física do primeiro ano, primeiro semestre de diferentes cursos de Engenharia da Universidade de Aveiro, nos anos lectivos de 2007/08 e 2008/09 – considera-se que este trouxe ensinamentos que, adaptados a outros contextos, podem influenciar outros estudos e práticas; e ao nível do desenvolvimento de conhecimento sobre como dinamizar e potenciar colaborações entre investigadores da área da Didáctica e professores do Ensino Superior.

Essays on energy derivatives pricing and financial risk management

This thesis consists of an introductory chapter (essay I) and five more empirical essays on electricity markets and CO2 spot price behaviour, derivatives pricing analysis and hedging. Essay I presents the structure of the thesis and electricity markets functioning and characteristics, as well as the type of products traded, to be analyzed on the following essays. In the second essay we conduct an empirical study on co-movements in electricity markets resorting to wavelet analysis, discussing long-term dynamics and markets integration. Essay three is about hedging performance and multiscale relationships in the German electricity spot and futures markets, also using wavelet analysis. We concentrate the investigation on the relationship between coherence evolution and hedge ratio analysis, on a time-frequency-scale approach, between spot and futures which conditions the effectiveness of the hedging strategy. Essays four, five and six are interrelated between them and with the other two previous essays given the nature of the commodity analyzed, CO2 emission allowances, traded in electricity markets. Relationships between electricity prices, primary energy fuel prices and carbon dioxide permits are analyzed on essay four. The efficiency of the European market for allowances is examined taking into account markets heterogeneity. Essay five analyzes stylized statistical properties of the recent traded asset CO2 emission allowances, for spot and futures returns, examining also the relation linking convenience yield and risk premium, for the German European Energy Exchange (EEX) between October 2005 and October 2009. The study was conducted through empirical estimations of CO2 allowances risk premium, convenience yield, and their relation. Future prices from an ex-post perspective are examined to show evidence for significant negative risk premium, or else a positive forward premium. Finally, essay six analyzes emission allowances futures hedging effectiveness, providing evidence for utility gains increases with investor’s preference over risk. Deregulation of electricity markets has led to higher uncertainty in electricity prices and by presenting these essays we try to shed new lights about structuring, pricing and hedging in this type of markets.

From genes to population: effects of toxicants on Enchytraeus albidus

Nowadays, a systems biology approach is both a challenge as well as believed to be the ideal form of understanding the organisms’ mechanisms of response. Responses at different levels of biological organization should be integrated to better understand the mechanisms, and hence predict the effects of stress agents, usable in broader contexts. The main aim of this thesis was to evaluate the underlying mechanisms of Enchytraeus albidus responses to chemical stressors. Therefore, there was a large investment on the gene library enrichment for this species, as explained ahead. Overall, effects of chemicals from two different groups (metals and pesticides) were assessed at different levels of biological organization: from genes and biochemical biomarkers to population endpoints. Selected chemicals were: 1) the metals cadmium and zinc; 2) the insecticide dimethoate, the herbicide atrazine and the fungicide carbendazim. At the gene and sub-cellular level, the effects of time and dosage were also adressed. Traditional ecotoxicological tests - survival, reproduction and avoidance behavior - indicated that pesticides were more toxic than metals. Avoidance behaviour is extremely important from an ecological point of view, but not recommended to use for risk assessment purposes. The oxidative stress related experiment showed that metals induced significant effects on several antioxidant enzyme activities and substrate levels, as well as oxidative damage on the membrane cells. To increase the potential of our molecular tool to assess transcriptional responses, the existing cDNA library was enriched with metal and pesticide responding genes, using Suppression Subtractive Hybridization (SSH). With the sequencing information obtained, an improved Agilent custom oligonucleotide microarray was developed and an EST database, including all existing molecular data on E. albidus, was made publicly available as an interactive tool to access information. With this microarray tool, most interesting and novel information on the mechanisms of chemical toxicity was obtained, with the identification of common and specific key pathways affected by each compound. The obtained results allowed the identification of mechanisms of action for the tested compounds in E. albidus, some of which are in line with the ones known for mammals, suggesting across species conserved modes of action and underlining the usefulness of this soil invertebrate as a model species. In general, biochemical and molecular responses were influenced by time of exposure and chemical dosage and these allowed to see the evolution of events. Cellular energy allocation results confirmed the gene expression evidences of an increased energetic expenditure, which can partially explain the decrease on the reproductive output, verified at a later stage. Correlations found throughout this thesis between effects at the different levels of biological organization have further improved our knowledge on the toxicity of metals and pesticides in this species.

Gameful connectivism: social bookmarking no SAPO Campus

A web moderna, ou web 2.0, assenta nos princípios de abertura e participação dos seus utilizadores. A natureza voluntária do uso de serviços da web 2.0, aliada à dependência da participação por parte dos seus utilizadores, leva a uma forte concorrência entre serviços semelhantes na web. Esta concorrência leva à procura de novas formas de diferenciação entre serviços. Neste contexto surge a indústria de gamification, que procura transferir elementos de videojogos a outros contextos para aumentar o envolvimento dos utilizadores. Contudo, o discurso desta indústria recente é alvo de fortes críticas de profissionais de game design. Neste trabalho de investigação apresenta-se tanto o discurso da indústria de gamification como as suas críticas. Assumindo que a abordagem atual da gamification assenta numa compreensão limitada dos videojogos, parte-se para a elaboração de um novo quadro concetual que possa guiar o desenho da interação em ambientes web. Esta abordagem fundamenta-se num levantamento bibliográfico da teoria do game design. O quadro concetual resultante é usado no desenho e desenvolvimento de um serviço de social bookmarking no Sapo Campus UA, uma plataforma de serviços web 2.0 para contextos educativos, com o objetivo explícito de aumentar a participação dos seus utilizadores na aplicação. A utilidade do quadro concetual é avaliada com sessões de teste com utilizadores do público-alvo do serviço. Os resultados obtidos indicam que o game design pode enriquecer o desenho da interação na web através da criação de ciclos de ação com resultado claro e feedback positivo.

Medical information extraction in European Portuguese

The electronic storage of medical patient data is becoming a daily experience in most of the practices and hospitals worldwide. However, much of the data available is in free-form text, a convenient way of expressing concepts and events, but especially challenging if one wants to perform automatic searches, summarization or statistical analysis. Information Extraction can relieve some of these problems by offering a semantically informed interpretation and abstraction of the texts. MedInX, the Medical Information eXtraction system presented in this document, is the first information extraction system developed to process textual clinical discharge records written in Portuguese. The main goal of the system is to improve access to the information locked up in unstructured text, and, consequently, the efficiency of the health care process, by allowing faster and reliable access to quality information on health, for both patient and health professionals. MedInX components are based on Natural Language Processing principles, and provide several mechanisms to read, process and utilize external resources, such as terminologies and ontologies, in the process of automatic mapping of free text reports onto a structured representation. However, the flexible and scalable architecture of the system, also allowed its application to the task of Named Entity Recognition on a shared evaluation contest focused on Portuguese general domain free-form texts. The evaluation of the system on a set of authentic hospital discharge letters indicates that the system performs with 95% F-measure, on the task of entity recognition, and 95% precision on the task of relation extraction. Example applications, demonstrating the use of MedInX capabilities in real applications in the hospital setting, are also presented in this document. These applications were designed to answer common clinical problems related with the automatic coding of diagnoses and other health-related conditions described in the documents, according to the international classification systems ICD-9-CM and ICF. The automatic review of the content and completeness of the documents is an example of another developed application, denominated MedInX Clinical Audit system.

Embryonic and larval ecology and biochemistry of offshore decapods

Understanding the biology of offshore species is hardened by the difficulties of sampling in the deep-sea environment. Additionally, due to the vastness of the open ocean, knowledge of early life histories of pelagic larvae is still relatively scarce. In decapod species with bentho-pelagic lifestyle, the transition from life in the seafloor to the water column not only is associated with drastic morphological metamorphosis, but also with changes in behavior and feeding ecology. The purpose of the present thesis was to investigate physiological, biochemical and behavioral adaptation occurring during early development of such species. The Norway lobster, Nephrops norvegicus, and the crab Monodaeus couchi were used as a model as these two species are encountered off the NE Atlantic shelf at depth greater than 300 m. Chapter 1 introduces the challenges faced by both adult and larvae inhabiting such remote habitats, including the effect of food availability on development and oceanographic processes on dispersal and recruitment. The thesis follows early life histories, starting with within-brood variability in the fatty acid (FA) profile displayed by developing N. norvegicus embryos. There were no differences in the FA composition of embryos sampled from both sides of the brooding chamber in most females. However, all females exhibited significant differences in the FA profiles of embryos sampled from different pleopods. Potential causes for the variations recorded may be differential female investment during oocyte production or shifts in FA catabolism during the incubation period promoted by embryo’s location within the brooding chamber. Next, feeding rates and digestive enzymes activity of the early stage larvae was investigated in N. norvegicus. Both stages were able to maximize food intake when larvae were scarce and showed increased feeding rate following periods of starvation. Amylase activity indicated that carbohydrates are not the primary energy reserve and that feeding may be required soon after hatching to trigger amylase activity. Protease activity indicated that protein reserves are catabolized under starvation. These results indicate that larvae may maximize prey ingestion in the presence of plankton patches with higher food abundance and minimize the deleterious effects induced by previous periods of intermittent starvation or unsuitable prey densities/types. Additionally, changes in enzymatic activity may allow newly hatched N. norvegicus larvae to metabolize protein reserves to overcome short-term starvation. Vertical migration behavior and the influence of oceanographic properties were studied next. All zoeal stages of M. couchi displayed reverse diel vertical migration. Abundance of early stages was correlated with chlorophyll a levels. An ontogenic shift in vertical distribution explained the results; earlier zoeal stages remain in the food-rich upper water column while later stages migrate to the bottom for settlement. This vertical migration behavior is likely to affect horizontal distribution of larvae. Indeed, global current patterns will result in low inter-annual variations in decapod larvae recruitment, but short term variations such as upwelling events will cause deviation from the expected dispersal pattern. Throughout development, from the embryo to metamorphosis into benthic juvenile, offshore decapods face many challenges. For the developing individual survivorship will depend heavily on food availability but also on the reserves passed on by the mother. Even though vertical migration behavior can allow the larvae to take advantage of depth varying currents for transport, the effect of general circulation pattern will superimpose local current and influence feeding conditions and affect dispersal and recruitment.

Biodiversity and molecular evolution of malacostraca

No actual cenário de perda acelerada de biodiversidade, o nosso conhecimento dos ecossistemas marinhos, apesar da sua extensão e complexidade, continua muito inferior ao dos ecossistemas terrestres. A classe Malacostraca (Arthropoda, Crustacea), um grupo dos mais representativos nos ecossistemas marinhos, apresenta um elevado nível de diversidade morfológica e ecológica, mas difícil sua identificação ao nível de espécie requer frequentemente a ajuda de especialistas em taxonomia. A utilização recente do “barcoding” (código de barras do ADN), revelou ser um método rápido e eficaz para a identificação de espécies em diversos grupos de metazoários, incluindo os Malacostraca. No âmbito desta tese foi construída uma base de dados de código de barras de ADN envolvendo 132 espécies de Malacostraca vários locais de amostragem no Atlântico Nordeste e Mediterrâneo. As sequências de ADN mitocondrial provenientes de 601 espécimes formaram, em 95% dos casos, grupos congruentes com as identificações baseadas em características morfológicas. No entanto, foi detectado polimorfismo em seis casos e a divergência intra-específica foi elevada em exemplares pertencentes a duas espécies morfológicas, sugerindo, neste caso, a ocorrência de especiação críptica. Este estudo confirma a utilidade do código de barras de ADN para a identificação de Malacostraca marinhos. Apesar do sucesso obtido, este método apresenta alguns problemas, como por exemplo a possível amplificação de pseudogenes. A ocorrência de pseudogenes e as possíveisabordagens para a detecção e resolução deste tipo de problemas são discutidas com base em casos de estudo: análises dos códigos de barras ADN na espécie Goneplax rhomboides (Crustacea, Decapoda). A análise dos códigos de barras ADN revelou ainda grupos prioritários de decápodes para estudos taxonómicos e sistemáticos, nomeadamente os decápodes dos géneros Plesionika e Pagurus. Neste âmbito são discutidas as relações filogenéticas entre espécies seleccionadas dos géneros Plesionika e Pagurus. Este trabalho aponta para várias questões no âmbito da biodiversidade e evolução molecular da classe Malacostraca que carecem de um maior esclarecimento, podendo ser considerado como a base para estudo futuros. Análises filogenéticas adicionais integrando dados morfológicos e moleculares de um maior número de espécies e de famílias deverão certamente conduzir a uma melhor avaliação da biodiversidade e da evolução dentro da classe.

Measurement and modeling of hyperfine properties in ferroic materials

This thesis presents the results of perturbed angular correlation (PAC) experiments , an experimental technique which measures the hyperfine interaction at probes (radioactive ions implanted in the materials to study), from which one infers local information on an atomic scale. Furthermore, abinitio calculations using density functional theory electronic obtain results that directly complement the experiments, and are also used for theoretical research. These methods were applied in two families of materials. The manganites, with the possible existence of magnetic, charge, orbital and ferroelectric orders, are of fundamental and technological interest. The experimental results are obtained in the alkaline-earth manganites (Ca, Ba, Sr), with special interest due to the structural variety of possible polymorphs. With probes of Cd and In the stability of the probe and its location in a wide temperature range is established and a comparison with calculations allows the physical interpretation of the results. Calculations of hyperfine properties in rare-earth manganites are also presented. The second type of materials in which hyperfine properties were studied are the Manganese pnictides: MnAs, MnSb, and MnBi, compounds in which magnetism is fundamental. The experimental results obtained mainly consider the MnAs compound, whose magneto-structural transition is of great interest. The transition is analyzed in detail with the local resolution characteristic of the technique, obtaining information of the character of the transition also with complementary, more conventional techniques. The last work in this thesis uses only the first principles calculations, continuing the theme of the hyperfine interactions, but this time with respect to ferroelectrics. Several transition metal oxides with perovskite or distorted structures are considered. The electric field gradient which exists due to the quadrupole interaction in nuclei is related to the spontaneous electric polarization, the main quantity measured in ferroelectrics. This study provides a fundamental theoretical basis for previous empirical studies, suggesting new directions for research in ferroelectrics and multiferroics using techniques which measure the electric field gradient.

Micropropagation in elite corck oak trees: a tool for suber production improvement?

Dada a extrema importância económica e ambiental que o montado de sobro tem em Portugal, e dado o declínio deste devido a várias razões (e.g. doença, idade das plantas) é premente desenvolver estratégias de preservação de sobreiros elite e optimizar técnicas para a propagação destes genótipos. No primeiro Capítulo expõe-se uma breve introdução sobre o montado actual e as técnicas actuais de regeneração/propagação do sobreiro. Descreve-se ainda as principais técnicas de preservação e avaliação de estabilidade genética referidas na literatura para sobreiro e outras lenhosas. No Capítulo II é apresentado um estudo de melhoramento das condições actuais de maturação de embriões somáticos de sobreiro com vista a aperfeiçoar o processo de conversão em plantas. Neste capítulo é apresentado um protocolo melhorado em relação ao actual que permite um desenvolvimento dos embriões somáticos dum modo semelhante aos embriões zigóticos em termos de substâncias de reserva. O Capítulo III mostra um estudo efectuado com o objectivo principal de avaliar estabilidade genética durante todo o processo de embriogénese somática. Neste capítulo são apresentados resultados duma análise feita por RAPD em fases distintas da embriogénese somática de sobreiro. Neste estudo mostra-se que não existem diferenças significativas entre plantas de campo, embriões somáticos e plantas regeneradas. No Capítulo VI, pretende-se complementar o estudo anterior. Neste Capítulo descreve-se a dinâmica do ciclo celular durante as primeiras fases de embriogénese somática na presença de reguladores de crescimento. Este trabalho permitiu concluir a importância dos reguladores de crescimento na indução e perceber o peso do factor genótipo durante o processo. Considerando os resultados anteriores, a necessidade de um processo eficiente de preservação de genótipos elite torna-se fundamental. No Capítulo V descreve-se um protocolo de criopreservação eficiente sem recursos a substâncias tóxicas. Nesta secção é ainda feita uma análise de variabilidade genética após criopreservação através de FCM, AFLP e SSR. Todos os resultados obtidos anteriormente são postos a prova no Capítulo VI onde se faz uma monitorização extensiva de 10 genótipos elite, tendo em conta a sua capacidade de produção de cortiça, através do processo de embriogénese somática. Durante esta secção são utilizados os protocolos desenvolvidos anteriormente e avaliados na sua eficiência. Neste capítulo é descrita a integração de vários segmentos deste estudo num só protocolo eficiente de regeneração e preservação de sobreiros através de embriogénese somática. Finalmente, no Capítulo VI são apresentadas as conclusões da presente Tese de Doutoramento, com especial incidência para linhas de investigação futuras a serem tomadas. Discute-se a importância deste novo protocolo na optimização da produção da cortiça e traçam-se possíveis aplicações alternativas.

The notion of space in urban housing markets

O mercado imobiliário tem um papel importante nas economias modernas, tanto a nível macro como a nível micro. Ao nível macro, a construção de habitação representa um sector importante e influente na economia, com efeitos multiplicadores significativos sobre a produção e o emprego. Ao nível micro, uma residência representa o activo mais valioso da maioria dos indivíduos e uma parcela muito relevante da riqueza das famílias. Para estas, o custo e a qualidade das suas habitações influencia directa e indirectamente a sua qualidade de vida. A habitação é por isso mesmo um tema, que avaliado nas suas múltiplas dimensões, se caracteriza por ser bastante complexo, mas também ao mesmo tempo desafiante. De modo a delimitar o objecto de análise do trabalho de investigação, esta tese realça os aspectos de localização e distribuição espacial das habitações urbanas. Será desenvolvido um quadro conceptual e respectiva metodologia para a compreender a estrutura espacial da habitação urbana realçando os três aspectos fundamentais da análise espacial: heterogenidade espacial, dependência espacial e escala espacial. A metodologia, aplicada à área urbana de Aveiro e Ílhavo é baseada numa análise hedónica factorial de preços e na noção não geométrica do espaço. Primeiro, é fixada uma escala territorial e são definidos submercados habitacional. Posteriormente, quer a heterogeneidade quer a dependência espaciais são estudados utilizando métodos econométricos, sem considerar qualquer padrão fixo e conhecido de interações espaciais. Em vez disso, são desenvolvidos novos métodos,tendo como base o modelo hedónico factorial, para inferir sobre os potenciais drivers de difusão espacial no valor de uma habitação. Este modelo, foi aplicado a duas diferentes escalas espaciais, para compreender as preferências dos indivíduos em Aveiro ao escolher os seus locais de residencia, e como estas afectam os preços da habitação. O trabalho empírico, utilizando duas bases de dados de habitação distintas, aplicadas ao mercado de habitação de Aveiro mostram: i) em linha com a literatura, a dificuldade de definir submercados e compreender as inter-relações entre esses mercados; ii) a utilidade de uma abordagem híbrida, combinando análise factorial com regressão; iii) a importância fundamental que o efeito escala espacial desempenha no estudo da heterogeneidade e dos spillovers e, finalmente, iv) uma metodologia inovadora para analisar spillovers sem assumir aprioristicamente uma estrutura espacial específica de difusão espacial. Esta metodologia considera a matriz de pesos espaciais (W) desconhecida e estimatima as interações espaciais dentro e entre submercados habitação.