Distinct intron DNA structures in simian virus 40 T-antigen and adenovirus 2 E1A genes

Distinct structures delineating the introns of Simian Virus 40 T-antigen and Adenovirus 2 E1A genes have been discovered. The structures, which are centered around the branch points of the genes inserted in supercoiled double-stranded plasmids, are specifically targeted through photoactivated strand cleavage by the metal complex tris(4,7-diphenyl-1,10-phenanthroline)rhodium(III). The DNA sites that are recognized lack sequence homology but are similar in demarcating functionally important sites on the RNA level. The single-stranded DNA fragments corresponding to the coding strands of the genes were also found to fold into a structure apparently identical to that in the supercoiled genes based on the recognition by the metal complex. Further investigation of different single-stranded DNA fragments with other structural probes, such as another metal complex bis(1,10-phenanthroline)(phenanthrenequinone diimine)rhodium(III), AMT (4'aminomethyl-4,5',8 trimethylpsoralen), restriction enzyme Mse I, and mung bean nuclease, showed that the structures require the sequ ences at both ends of the intron plus the flanking sequences but not the middle of the intron. The two ends form independent helices which interact with each other to form the global tertiary structures. Both of the intron structures share similarities to the structure of the Holliday junction, which is also known to be specifically targeted by the former metal complex. These structures may have arisen from early RNA intron structures and may have been used to facilitate the evolution of genes through exon shuffling by acting as target sites for recombinase enzymes.

Use of Freely-Available Weebly in Creating Quick and Easy Web Pages: poster presentation

Weebly is a freely-available software for creating Web pages without having to know HTML. It is easy to use, with its drag and drop editor, and offers the ability to add documents, Web links, videos, slideshows, audio, forms, polls, etc. It is hosted by Weebly and has no limits on storage space. Many templates are available for Web page design. One can publish and update almost immediately. Combined with usage of the freely-available Google Analytics, for example, it is possible to gather usage statistics. The site can be password protected, if need be. Weebly for Education is a special version for teachers and schools.

The Marine Science Library, Resource Center : poster presentation

The first concept of a new library was introduced in 2001 by a faculty member at the University of Texas Marine Science Institute. The suggestion for the construction of a new library was based on two specific reasons: existing library is located in one of the most vulnerable buildings to hurricane damage and the library has outgrown its current space. This presentation provides a general overview of the current status and changing needs of the Marine Science Library and how the idea of a new library finally became a reality

Not just another pretty reef: the Gainesville Florida Reef, a satellite of the worldwide Hyperbolic Crochet Coral Reef project: poster presentation

The Gainesville Florida Reef, a satellite of the Worldwide Hyperbolic Crochet Coral Reef, project not only shows the beauty of reefs but serves to: • Foster scientific communication through the visual arts • Raise awareness of the fragility of our coral reefs and the entire ecosystem • Support learning by creating physical models of geometric principles • Connect several areas on campus, including fine arts, mathematics and ecology and environmental sciences through collaboration and mutual interest • Encourage local community and alumni involvement through creating, observing and learning

Estudio comparativo entre tumor primario y metastásico de la trimetilación de la Histona H3 en el modelo in vivo de metástasis hepática de cáncer colorrectal murino.

Los mecanismos epigenéticos, entre los que está implicada la modificación covalente de histonas, son esenciales para el mantenimiento estable de la actividad génica en las células. Estos mecanismos también están implicados en la aparición de enfermedades como el cáncer colorrectal (CCR), siendo la metástasis hepática una de las formas más agresivas de la misma al producir una drástica disminución de la esperanza de vida del enfermo. Las modificaciones en las histonas, conocidas recientemente como código histónico, afectan a la estructura de la cromatina y juegan un papel importante en el desarrollo de la tumorogénesis. Sin embargo, se sabe poco acerca de aquellas células que adquieren la capacidad de metastatizar, y es por ello que en el presente trabajo se estudian las diferencias epigenéticas entre células tumorales primarias y células tumorales metastásicas para el patrón de trimetilación de la histona H3 en tres residuos diferentes del aminoácido lisina: lisina 4 (H3K4me3), lisina 9 (H3K9me3) y lisina 27 (H3K27me3).

O papel da proteína supressora de tumor p53 na indução de ciclooxigenase-2 em Carcinoma de Pulmão de Células Não Pequenas: aspectos moleculares e clínicos

O Carcinoma de Pulmão de Células Não Pequenas (NSCLC) é uma doença freqüentemente letal e altamente resistente à terapia oncológica convencional, como por exemplo, o tratamento quimioterápico com cisplatina e paclitaxel. A superexpressão de Ciclooxigenase-2 (COX-2) é constantemente observada em pacientes com NSCLC, estando associada ao prognóstico ruim destes pacientes. Acredita-se que a alta expressão de COX-2 produz efeitos anti-apoptóticos, porém pouco é conhecido sobre os mecanismos de regulação desta enzima. Muitos sinais capazes de ativar COX-2 também induzem a proteína supressora de tumor p53, conhecida pelo seu papel fundamental no controle da proliferação celular e apoptose. Dados recentes indicam que a proteína p53 é um importante regulador da expressão de COX-2. O objetivo desta dissertação foi avaliar os efeitos da quimioterapia na expressão da enzima COX-2 em linhagens celulares com diferente status do gene TP53, e ainda, correlacionar a expressão de COX-2 e o status mutacional de TP53, com as características clínico-patológicas de pacientes com NSCLC. Como ferramentas experimentais foram usadas técnicas de biologia celular e molecular como interferência de RNA, PCR em tempo real, análise mutacional e imuno-histoquímica. Com os resultados obtidos, observamos que as linhagens celulares de câncer de pulmão que apresentam p53 na sua forma selvagem, quando expostas ao tratamento com cisplatina, apresentaram indução da expressão de COX-2 (RNAm e proteína), em adição ao aumento da síntese de Prostaglandina E2 (PGE2). Em contrapartida, a expressão de COX-2 não foi alterada após o tratamento com cisplatina nas linhagens celulares que apresentavam mutação no gene TP53. Ao avaliar o tratamento com paclitaxel, foi observado um aumento da expressão de COX-2 nas linhagens A549 e H460 (linhagens celulares do tipo selvagem para p53), entretanto não foi observada alteração nos níveis de PGE2. Em adição, o tratamento com paclitaxel induziu um aumento da expressão de COX-2 na linhagem com deleção em TP53, ACC LC-319. Em seguida, após silenciamento de p53 na linhagem celular A549, por interferência de RNA, a cisplatina passou a não ser mais capaz de induzir o aumento da expressão de COX-2. No tratamento com paclitaxel, o silenciamento de TP53 não mudou a expressão de COX-2, indicando assim um efeito independente de p53. Dessa maneira, sugerimos que a indução de COX-2, por cisplatina, em linhagens celulares NSCLC é dependente de p53. Na análise dos pacientes NSCLC, os resultados demonstram que 54% dos pacientes apresentam expressão positiva de COX-2. Mutações em TP53 foram observadas em 57% dos pacientes, incluindo 56% de fumantes correntes e 37% de ex-fumantes. Uma associação entre a expressão de COX-2 e o status selvagem de TP53 foi observada, entre os pacientes que apresentaram expressão positiva de COX-2, 80% apresentaram TP53 selvagem. Um número maior de pacientes é necessário para aumentar o poder estatístico e confirmar as tendências observadas nesse estudo

Avaliação de alterações histopatológicas da próstata e séricas do PSA em ratos tratados com N-Metil-N-Nitrosureia e testosterona

A testosterona tem sido cada vez mais usada em homens na fase do envelhecimento como prevenção e tratamento de doenças metabólicas, melhora do desempenho sexual, proteção cardiovascular e manutenção da cognição. Porém ainda há conflito sobre seus efeitos na próstata com relação às doenças benignas e malignas. O presente estudo avaliou o efeito do tratamento com duas formas de testosterona sobre carcinoma de próstata induzido por N-Metil-N-Nitrosureia (NMU) a partir de análises histopatológicas e séricas do antígeno prostático específico (PSA). Para tal foram utilizados 80 ratos Wistar jovens, sadios, divididos em dois grupos (40 animais cada) tratados ou não com NMU intraperitoneal. Cada grupo foi dividido em quatro subgrupos iguais e tratados durante 16 semanas: 1) tratado com cipionato de testosterona a cada sete dias via intramuscular; 2) tratado com cipionato de testosterona a cada 14 dias via intramuscular; 3) tratado com undecanoato de testosterona oral diariamente; 4) tratado com óleo mineral. Após 16 semnanas e tratamento, os níveis do PSA não alteraram em nenhum grupo ou subgrupo e não houve desenvolvimento de tumores em nenhum deles. Portanto, as duas formas distintas de testosterona associada ao uso de NMU em curto espaço de tempo por via intraperitoneal não alteraram as dosagens séricas do PSA e não induziram a formação de tumores na próstata em ratos Wistar jovens e saudáveis. As alterações histopatológicas acinares encontradas nas próstatas foram projeção, secreção, congestão e inflamação, e as epiteliais foram: epitélio normal, redução do epitélio e redução na altura do mesmo. Tais achados colaboram para que outros estudos sejam realizados de maneira a orientar o uso de testosterona na prática clinica diária sem receio de indução do câncer na próstata.

Caracterización celular y funcional del receptor para colágeno DDR1 en la respuesta del microambiente al tumor metastásico.

El cáncer se ha considerado una enfermedad definida y dirigida por la inestabilidad genómica, las alteraciones cromosómicas y las mutaciones genéticas. Sin embargo, en la actualidad, la influencia de las células estromales no malignas del microambiente tumoral está claramente establecida. Los tumores son tejidos complejos, compuestos no sólo por las células malignas, sino también, por células estromales genéticamente estables, incluyendo a fibroblastos y macrófagos además de la matriz extracelular que producen. Al igual que en órganos sanos, estos compartimentos del microambiente no son meros espectadores, sino que regulan críticamente la iniciación tumoral, la progresión maligna y la metástasis. Más aún, los diferentes tipos estromales en diferentes contextos pueden exhibir capacidades promotoras u opuestas al tumor.

Streptococcus pyogenes Pneumonia in Adults: Clinical Presentation and Molecular Characterization of Isolates 2006-2015

Introduction In the preantibiotic era Streptococcus pyogenes was a common cause of severe pneumonia but currently, except for postinfluenza complications, it is not considered a common cause of community-acquired pneumonia in adults. Aim and Material and Methods This study aimed to identify current clinical episodes of S. pyogenes pneumonia, its relationship with influenza virus circulation and the genotypes of the involved isolates during a decade in a Southern European region (Gipuzkoa, northern Spain). Molecular analysis of isolates included emm, multilocus-sequence typing, and superantigen profile determination. Results Forty episodes were detected (annual incidence 1.1 x 100,000 inhabitants, range 0.29-2.29). Thirty-seven episodes were community-acquired, 21 involved an invasive infection and 10 developed STSS. The associated mortality rate was 20%, with half of the patients dying within 24 hours after admission. Influenza coinfection was confirmed in four patients and suspected in another. The 52.5% of episodes occurred outside the influenza seasonal epidemic. The 67.5% of affected persons were elderly individuals and adults with severe comorbidities, although 13 patients had no comorbidities, 2 of them had a fatal outcome. Eleven clones were identified, the most prevalent being emm1/ST28 (43.6%) causing the most severe cases. Conclusions S. pyogenes pneumonia had a continuous presence frequently unrelated to influenza infection, being rapidly fatal even in previously healthy individuals.

Sobrevida e fatores prognósticos em uma coorte hospitalar de pacientes com câncer de próstata localizado

O câncer de próstata é a neoplasia mais incidente entre os homens brasileiros. Atualmente, grande parte destes tumores é confinada à próstata no momento do diagnóstico. No entanto, muitos tumores clinicamente classificados como localizados não o são de fato, levando a indicações terapêuticas curativas não efetivas. Por outro lado, muitos pacientes com câncer sem significância clínica são tratados desnecessariamente em função da limitação prognóstica do estadiamento clínicos (pré-tratamento) de pacientes com diagnóstico histológico de adenocarcinoma de próstata localizado (estágios I e II), em coorte hospitalar composta por pacientes tratados no Instituto Nacional de Câncer, Rio de Janeiro, matriculados entre 1990 a 1999. As funções de sobrevida foram calculadas empregando-se o estimados de Kaplan-Meier tomando-se como início a data do diagnóstico histológico e como eventos os óbitos cuja causa básica foi o câncer de próstata. Para avaliação dos fatores prognósticos clínicos foram calculadas as hazard ratios (HR), com intervalos de confiança de 95%, seguindo-se o modelo de riscos proporcionais de Cox. Foram analisadas como fatores prognósticos independentes as variáveis: idade, cor, grau de instrução, data do primeiro tratamento, grau de diferenciação celular d o tumor primário biopsiado (Gleason), estadiamento clínico e PSA total pré-tratamento. O pressuposto dos riscos proporcionais foi avaliado pela análise dos resíduos de Schoenfeld e a influência de valores aberrantes pelos resíduos martingale e escore. Foram selecionados 258 pacientes pelos critérios de elegibilidade do estudo, dos quais 46 foram a óbito durante o período de seguimento. A sobrevida global foi de 88% em 5 anos e de 71% em 10 anos. Idade maior que 80 anos, classificação de Gleason maior que 6, PSA maior que 40ng/ml, estádio B2 e cor branca foram marcadores independentes de pior prognóstico. Fatores prognósticos clássicos na literatura foram úteis na estimativa do prognóstico nesta coorte hospitalar. Os resultados mostram que para pacientes diagnosticados em fases iniciais, os fatores sócio-econômico analisados, não influenciaram o prognóstico. Outros estudos devem ser conduzidos no país para investigar as diferenças no prognóstico em relação à etnia.