Phylogenetic inference's algorithms

Phylogenetic inference consist in the search of an evolutionary tree to explain the best way possible genealogical relationships of a set of species. Phylogenetic analysis has a large number of applications in areas such as biology, ecology, paleontology, etc. There are several criterias which has been defined in order to infer phylogenies, among which are the maximum parsimony and maximum likelihood. The first one tries to find the phylogenetic tree that minimizes the number of evolutionary steps needed to describe the evolutionary history among species, while the second tries to find the tree that has the highest probability of produce the observed data according to an evolutionary model. The search of a phylogenetic tree can be formulated as a multi-objective optimization problem, which aims to find trees which satisfy simultaneously (and as much as possible) both criteria of parsimony and likelihood. Due to the fact that these criteria are different there won't be a single optimal solution (a single tree), but a set of compromise solutions. The solutions of this set are called "Pareto Optimal". To find this solutions, evolutionary algorithms are being used with success nowadays.This algorithms are a family of techniques, which aren’t exact, inspired by the process of natural selection. They usually find great quality solutions in order to resolve convoluted optimization problems. The way this algorithms works is based on the handling of a set of trial solutions (trees in the phylogeny case) using operators, some of them exchanges information between solutions, simulating DNA crossing, and others apply aleatory modifications, simulating a mutation. The result of this algorithms is an approximation to the set of the “Pareto Optimal” which can be shown in a graph with in order that the expert in the problem (the biologist when we talk about inference) can choose the solution of the commitment which produces the higher interest. In the case of optimization multi-objective applied to phylogenetic inference, there is open source software tool, called MO-Phylogenetics, which is designed for the purpose of resolving inference problems with classic evolutionary algorithms and last generation algorithms. REFERENCES [1] C.A. Coello Coello, G.B. Lamont, D.A. van Veldhuizen. Evolutionary algorithms for solving multi-objective problems. Spring. Agosto 2007 [2] C. Zambrano-Vega, A.J. Nebro, J.F Aldana-Montes. MO-Phylogenetics: a phylogenetic inference software tool with multi-objective evolutionary metaheuristics. Methods in Ecology and Evolution. En prensa. Febrero 2016.

Avaliação da disponibilidade de espaços verdes públicos no contexto urbano e a sua relação com a perceção dos residentes. Um estudo para a cidade de Bragança

Os espaços verdes públicos urbanos são muito importantes no contexto urbano. Influenciam de diversas formas na qualidade de vida das populações, proporcionando benefícios ambientais, sociais e econômicos. A fim de avaliar a disponibilidade destes espaços na cidade de Bragança, foram realizadas análises utilizando indicadores, com apoio dos software ArcGIS 9.3 e QGis 2.14.0-Essen, que permitiram avaliar a oferta destes espaços nas suas diferentes tipologias e categorias dimensionais. Para o efeito foram aplicados os indicadores: Percentagem de espaços verdes, Espaços verdes per capita, Distância média, Índice de Área Verde por Área de Implantação e Índice de Área Verde por Área Coberta. Posteriormente, procedeu-se à aplicação de inquéritos a fim de avaliar as perceções e atitudes de uma amostra da população de Bragança, realizando análises descritivas e estatísticas, com recurso ao software SPSS17, buscando descrever a atual relação com os espaços verdes e usando testes não paramétricos para identificar diferenças entre subgrupos da amostra, numa análise centrada em dois níveis: a escala urbana e a escala de Bairro. Procurando avaliar possíveis alterações futuras, foram testados cenários realistas, um correspondendo à introdução de espaços verdes em terrenos na posse da Autarquia e outro considerando a ampliação das áreas verdes previstas no Plano de Urbanização de Bragança de 2010. Os Resultados permitiram identificar diferenças relevantes na oferta de espaços verdes da cidade. Aplicando os indicadores foi possível verificar que existe a concentração de espaços verdes de maior dimensão na zona central da cidade, denotando um claro desequilíbrio na introdução de novos espaços em zonas de expansão urbana. Os inquéritos aplicados possibilitaram constatar que os inquiridos que possuem maior disponibilidade de espaços verdes em seu bairro de residência apresentam respostas mais satisfatórias em relação a acessibilidade e a aparência visual e paisagística dos bairros. Da análise de cenários resulta que com a implantação de novos espaços verdes, para as duas análises, ocorreria uma melhoria da oferta e distribuição dos espaços verdes na cidade permitindo um maior reequilíbrio face à concentração na zona central, melhorando a acessibilidade para toda a população.

Estrutura de populações de Rhodnius neglectus Lent e Psammolestes tertius Lent & Jurberg (Hemiptera, Reduviidae) em ninhos de pássaros (Furnariidae) presentes na palmeira Mauritia flexuosa no Distrito Federal, Brasil

Rhodnius neglectus Lent, 1954 {Rn}e Psammolestes tertius Lent & Jurberg, 1965 {Pt} são triatomíneos que ocorrem em ninhos de aves, principalmente da família Furnariidae. O ciclo biológico dessas espécies é conhecido em condições de laboratório, sendo poucos estudos em ecótopos silvestres. Para analisar a infestação e estrutura de populações de Rn e Pt em ninhos de aves presentes na palmeira Mauritia flexuosa Linnaeus, em duas estações climáticas do Brasil Central, foram amostradas 41 palmeiras com evidências de nidificação dePhacellodomus ruber Vieillot, 1817 (22 na estação chuvosa e 19 na estação seca) em quatro áreas do Distrito Federal. Os insetos foram capturados usando-se coleta manual na copa da palmeira, identificados morfologicamente, separados por sexo e estádio ninfal. Fezes e glândulas salivares de Rn foram examinadas para verificar infecção por Trypanosoma cruzi Chagas, 1909 e/ou T. rangeli Tejera, 1920. Trinta e cinco palmeiras com ninhos de P. ruber estavam infestadas por Rn (85%) e 22 por Pt (53%). 442 indivíduos foram coletados na estação seca (200 Rn e 242 Pt) e 267 na estação chuvosa (136 Rn e 131 Pt). O único fator relacionado significativamente com a densidade de triatomíneos nas palmeiras foi a área. A estrutura etária das populações mostrou: a) maior abundância de adultos nas populações de Pt, b) maior abundância de machos em ambas as espécies e c) presença de fêmeas ovipondo em ambas as estações. Nenhum dos 177 triatomíneos examinados estava infectado por T. cruzi ou T. rangeli. A estrutura etária das populações de Rn e Pt não diferiu significativamente entre as estações amostradas, indicando ausência de marcada sazonalidade para essas espécies. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT

Vegetação arbustivo-arbórea em áreas de cerrado rupestre na Cadeia do Espinhaço

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Florestal, Programa de Pós-Graduação em Ciências Florestais, 2016.

Jovens terena na cidade de Campo Grande (MS): política e geração

Research with indigenous in urban context are gaining steam in recent years, particularly with the intensification of migration resulting from problems such as lack of land for subsistence. However, in relation to Terena, subjects in this study, the contemporary anthropological research aimed at residents in cities still are not privileged, especially to youth. Thus, the dissertation has as main objective the discussion around some axes, among them indigenous youth Terena ethnicity politics, - indigenous movement - and racism. These themes appeared during fieldwork where privileged six trajectories of young Terena who migrated to Campo Grande (MS) and have different ways to mean the city and experiencing everyday life

Espaços especiais em Natal (moradia e meio ambiente): um necessário diálogo entre direitos e espaços na perspectiva de proteção aos direitos fundamentais na cidade contemporânea

Some protected special spaces on behalf of fundamental rights to the environment and the housing at the city of Natal are fragile by facing actions and attempts to suppress and changing (or omission in the implementation) of standards in furtherance of those rights at the local level, which seems to reflect a situation that goes beyond the context of the city. Based on integrated approach of the housing rights and the environment and its protection of special spaces on the field of fundamental rights, the thesis seeks to understand the weaknesses that affect the legal state duty under the realization/implementation of fundamental rights to the environment and housing in cities, focusing on the issues of flexibility of the founding legislation of special spaces to the detriment of the attributes they protected and the lack of implementation of the legal system that allows their effectiveness. So, it looks initially to understand the environment and housing rights and their special protected areas in the brazilian legal system, looking forward the evolution of its legal protection, as well as the weaknesses that emerge in the field of their effectiveness. Analyzing the trajectory of the environment and housing rights and their special protected areas in Natal, considering its standards, attributes, protection indicators, weaknesses and negative evidence within its legal protections and their enforcement by state entity, this thesis proposes to verify the existence of forms to confronting the weaknesses founded in the maintenance of legal protection and its implementation. At this point it discusses the legal basis and safeguard instruments of protection, especially within the juridical field, as part of a (re)discussion about issues of legislative and administrative discretion in the face of objective legal state duty to realization/implementation of fundamental rights in the urban space. With all these issues together the thesis does not ignore the scenario where the dividing line between public and private (economic) are becoming ever more tenuous in the field of state action and where the city stands as a special commodity to the reproduction of real estate, according to the interests of capitalist logic

De repente, tudo mudou de lugar: refletindo sobre metamorfose urbana e gentrificação em Mossoró-RN

This study aims at solidifying the theoretical bases to provide, above all, an explanation for this phenomenon which currently happens, with a scenario of social, political, economic and cultural transformations worldwide in medium cities. Nevertheless, because it has different dimensions from its transformation axes, gentrification comes with change, but also with the introduction of a new purpose in the space using and occupation, outlining in this context the identity of places from the formation of centralities with the presence of flows with social and economic dynamicsThe current forms of geographic space appropriation show the directions of the senses and ideological profile which recreates the meanings and uses of content and materials from descriptions of a historical past. However, today there is an economic context in the urban space which refers to a search of strategies for change, i.e., the acquisition of parameter aimed at meeting the demands of the relationship between capital and labor, which ends up overriding some actions for the specification of the transformation methods within the urban space to be explained by new needs and also by the agents from the value adding to their interests and investments. Thus, we assume that the appreciation/gentrification of urban spaces may or may not result from the building of a public space, since the dialogic structure as a place of political interaction externalize conflicts and disagreements in general; it keeps segregating spaces. As new spaces are transformed, the access to them tends to happen with particular restriction, whereas some places like parks, shopping malls, high-rise and horizontal condos are the scene for major professional and family events. In this context, the gentrification process is used to designate interventions in the urban environment, in certain city spaces which are considered central to public and private investments. A historical place is permitted to be presented as a scenario, a stage full of attractions, through the transformation process. Studying gentrification consists of an analysis of the underlying interests in the transformation of these areas, and especially of the assessment of the interest level in the private sector to partner in order to modify the landscape. Gentrification results from the transformation processes of capital, which influences the efforts and investments application in order to establish and achieve optimal economic growth, focusing on a location socio-culturally centered in the urban space. Thus, the urban social structure develops in the light of some questions that relate not only the cities growth but also environmental conditions it provides in cities like Mossoro, State of Rio Grande do Norte, Brazil 2005 a 2011.

Estudio y optimización de las infraestructuras de los carriles para bicicletas

La necesidad cotidiana de los ciudadanos de desplazarse para realizar diferentes actividades, sea cual fuere su naturaleza, se ha visto afectada en gran medida por los cambios producidos. Las ventajas generadas por la inclusión de la bicicleta como modo de transporte y la proliferación de su uso entre la ciudadanía son innumerables y se extienden tanto en el ámbito de la movilidad urbana como del desarrollo sostenible. En la actualidad, hay multitud de programas para la implantación, fomento o aumento de la participación ciudadana relacionado con la bicicleta en las ciudades. Pero en definitiva, todos y cada uno de estas iniciativas tienen la misma finalidad, crear una malla de vías cicladles eficaz y útil. Capaces de permitir el uso de la bicicleta en vías preferentes con unas garantías de seguridad altas, incorporando la bicicleta en el modelo de intermodalidad del transporte urbano. Con la progresiva implantación del carril bici, muchas personas han empezado a utilizarlas para moverse por la ciudad. Pero todo lo nuevo necesita un periodo de adaptación. Y, la realidad es que la red de viales destinados para estos vehículos está repleta de obstáculos para el ciclista. La actual situación ha llevado a cuestionar qué cantidad de kilómetros de carriles bici son necesarios para abastecer la demanda existente de este modo de transporte y, si las obras ejecutadas y proyectadas son las correctas y suficientes. En este trabajo se presenta una herramienta, basada en un modelo de programación matemática, para el diseño óptimo de una red destinada a los ciclistas. En concreto, el sistema determina una infraestructura para la bicicleta adaptada a las características de la red de carreteras existentes, con base en criterios de teoría de grafos ponderados. Como una aplicación del modelo propuesto, se ofrece el resultado de estos experimentos, obteniéndose un número de conclusiones útiles para la planificación y el diseño de redes de carriles bici desde una perspectiva social. Se realiza una aplicación de la metodología desarrollada para el caso real del municipio de Málaga (España). Por último se produce la validación del modelo de optimización presentado y la repercusión que tiene éste sobre el resultado final y la importancia o el peso del total de variables capaces de condicionar el resultado final de la red ciclista. Se obtiene, por tanto, una herramienta destinada a la mejora de la planificación, diseño y gestión de las diferentes infraestructuras para la bicicleta, con capacidad de interactuar con el modelo de red vial actual y con el resto de los modos de transportes existentes en el entramado urbano de las ciudades.

O esverdeamento da economia e os tributos verdes : um duro caminho rumo à sustentabilidade da gestão dos resíduos sólidos urbanos (RSU)

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Centro de Desenvolvimento Sustentável, 2013.

No limite entre a cidade e o parque urbano

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Arquitectura, apresentada na Universidade de Lisboa - Faculdade de Arquitetura.

O património industrial na cidade de Lisboa

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Arquitetura, apresentada na Universidade de Lisboa - Faculdade de Arquitetura.

The Early Intestinal Microbiota of Healthy Korean Newborns

Background: The microflora hypothesis may be the underlying explanation for the growth of inflammatory disease. In addition to many known affecting factors, knowing the gut microbiota of healthy newborns can help to understand the gut immunity and modulate it. Objectives: This study examined the microbiota of healthy newborns from urban regions. Patients and Methods: We enrolled 128 full-term newborns, born at Seoul St. Mary and St. Paul hospital from January 2009 to February 2010. All 143 samples of feces were cultivated in six culture plates to determine the amounts of total bacteria, anaerobes, gram-positive bacteria, coliforms, lactobacilli, and bifidobacteria. The samples were evaluated with a bivariate correlation between coliforms and lactobacilli. Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis with HhaI and MspI and a clustering analysis were performed for determination of diversity. Results: Bacteria were cultured in 61.5% of feces in the following order: anaerobes, gram-positive bacteria, lactobacilli, coliform, and bifidobacteria. The growth of total bacteria and lactobacilli increased in feces defecated after 24 hours of birth (P < 0.001, P = 0.008) and anaerobes decreased (P = 0.003). A negative correlation between the growth of lactobacilli and coliforms was found (r = -463, P < 0.001). Conclusions: This study confirms that bacterial colonization of healthy newborns born in cities is non-sterile, but has early diversification and inter-individuality.

Análisis de alternativas de mejoramiento de la zona de tolerancia de la ciudad de Cuenca

Para la realización de este trabajo de tesis se plantea un proceso de estudio conformado por 4 capítulos los cuales son: Se inicia con el capítulo de estudio de casos en el cual se analizará las propuestas de mejoramiento de Zonas de Tolerancia que se han llevado acabado en ciudades del Ecuador y otros países, con el objetivo de conocer los procesos y los resultados alcanzados con estos proyectos e identificar parámetros y lineamentos que pueden ser necesarios en esta tesis. En el segundo capítulo se realizará los diagnósticos del lugar para obtener y analizar toda la información necesaria sobre el área de estudio, enfatizando en la Zona de Tolerancia. En el tercer capítulo mediante la información obtenida en los diagnósticos se identificará la problemática existente en sitio la cual estará enfocados en los conflictos existentes en el contexto urbano debido al funcionamiento de usos de suelo. En el cuarto capítulo se realizará la propuesta urbano arquitectónica de mejoramiento de la Zona de Tolerancia que parte de la realización de una imagen objetivo en la que se establecerá los objetivos y estrategias para el mejoramiento de este espacio, además se analizará la alternativa seleccionada para solucionar los problemas existentes en el área de estudio, dentro de este capítulo también se establecerán las determinaciones de usos de suelo, de equipamientos y de vialidad, finalmente se elaborará una propuesta urbano arquitectónica a nivel de prefactibilidad.

Dinâmica de uma floresta tropical manejada na Amazônia oriental

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Florestal, 2016.

La prise en compte de l’adaptation au changement climatique dans les politiques publiques de verdissement (2005-2015) : le cas de Montréal

Les connaissances scientifiques sur le changement climatique (CC) évoluent rapidement. Toutefois, des incertitudes persistent sur l’étendue de ses conséquences, particulièrement dans les milieux urbains, qui subiront des impacts différents de ceux vécus par les milieux ruraux. Les autorités publiques ont récemment commencé à élaborer des politiques publiques d’adaptation au changement climatique (ACC) qui visent à en limiter les conséquences indésirables. En milieu urbain, la littérature suggère qu’un des outils que devraient privilégier ces politiques est le verdissement. Des auteurs signalent que les actions visant l’ACC peuvent se greffer dans des politiques existantes. L’ACC, comme enjeu public, peut donc être réalisée par l’entremise de sa prise en compte dans les politiques publiques de verdissement. Cette prise en compte devrait affecter le contenu (quoi?) et le pilotage (comment?) des différentes étapes des politiques. Le cas de la politique publique de verdissement de la Ville de Montréal, au Québec, nous a permis d’étudier cette prise en compte. En utilisant un cadre d’analyse des politiques publiques développé par Knoepfel et al. (2015), qui porte entre autres sur la mobilisation des ressources par différents acteurs concernés par ces politiques, nous montrons que cette dernière s’est opérée de quelques façons. Premièrement, il y a eu un changement dans l’argumentaire pour le verdissement, outil qui vise à lutter contre les îlots de chaleur urbains et assurer une meilleure gestion des eaux pluviales. Ensuite, le choix de l’échelle d’agglomération pour la prise en compte de l’ACC a entraîné un changement d’échelle dans la gestion du verdissement. La publication d’un plan d’action majeur de verdissement urbain pour l’agglomération, et dont le leitmotiv est l’ACC, le démontre. Quelques modifications réglementaires et l’inclusion de nouveaux acteurs dans la politique témoignent aussi que la prise en compte a eu lieu. Finalement, le plan d’action fournit un cadre pour la mise en œuvre du verdissement dans les zones les plus vulnérables au CC en plus d’une structure de partage des coûts. Cependant, la mise en oeuvre du verdissement dans une visée d’ACC n'a pas été évaluée dans la présente étude. Nous avons aussi noté que la biodiversité est un enjeu d’importance qui va de pair avec l’ACC dans la politique de verdissement. Il y a donc une prise en compte, partielle, de l’ACC dans la politique publique de verdissement à Montréal (avec certains écueils). Nous arguons que l’enjeu de l’ACC sert peut-être d’argument supplémentaire pour verdir la ville plutôt que d’être un véritable moteur de transformation de la politique de verdissement.