Legal regulation of the software "patentable subject matter" requirement in the US and in Europe: The need for certainty, predictability and uniformity

This thesis critically investigates the divergent international approaches to the legal regulation of the patentability of computer software inventions, with a view to identifying the reforms necessary for a certain, predictable and uniform inter-jurisdictional system of protection. Through a critical analysis of the traditional and contemporary US and European regulatory frameworks of protection for computer software inventions, this thesis demonstrates the confusion and legal uncertainty resulting from ill-defined patent laws and inconsistent patent practices as to the scope of the “patentable subject matter” requirement, further compounded by substantial flaws in the structural configuration of the decision-making procedures within which the patent systems operate. This damaging combination prevents the operation of an accessible and effective Intellectual Property (IP) legal framework of protection for computer software inventions, capable of securing adequate economic returns for inventors whilst preserving the necessary scope for innovation and competition in the field, to the ultimate benefit of society. In exploring the substantive and structural deficiencies in the European and US regulatory frameworks, this thesis develops to ultimately highlight that the best approach to the reform of the legal regulation of software patentability is two-tiered. It demonstrates that any reform to achieve international legal harmony first requires the legislature to individually clarify (Europe) or restate (US) the long-standing inadequate rules governing the scope of software “patentable subject matter”, together with the reorganisation of the unworkable structural configuration of the decision-making procedures. Informed by the critical analysis of the evolution of the “patentable subject matter” requirement for computer software in the US, this thesis particularly considers the potential of the reforms of the European patent system currently underway, to bring about certainty, predictability and uniformity in the legal treatment of computer software inventions.

Planning a portfolio of controls for software development

A growing number of software development projects successfully exhibit a mix of agile and traditional software development methodologies. Many of these mixed methodologies are organization specific and tailored to a specific project. Our objective in this research-in-progress paper is to develop an artifact that can guide the development of such a mixed methodology. Using control theory, we design a process model that provides theoretical guidance to build a portfolio of controls that can support the development of a mixed methodology for software development. Controls, embedded in methods, provide a generalizable and adaptable framework for project managers to develop their mixed methodology specific to the demands of the project. A research methodology is proposed to test the model. Finally, future directions and contributions are discussed.

The Multiscale Systems Immunology project: software for cell-based immunological simulation.

BACKGROUND: Computer simulations are of increasing importance in modeling biological phenomena. Their purpose is to predict behavior and guide future experiments. The aim of this project is to model the early immune response to vaccination by an agent based immune response simulation that incorporates realistic biophysics and intracellular dynamics, and which is sufficiently flexible to accurately model the multi-scale nature and complexity of the immune system, while maintaining the high performance critical to scientific computing. RESULTS: The Multiscale Systems Immunology (MSI) simulation framework is an object-oriented, modular simulation framework written in C++ and Python. The software implements a modular design that allows for flexible configuration of components and initialization of parameters, thus allowing simulations to be run that model processes occurring over different temporal and spatial scales. CONCLUSION: MSI addresses the need for a flexible and high-performing agent based model of the immune system.

Implementation of customer relationship management and inventory control software: a multiple case study of small retailers

Gemstone Team Small Business Solutions

Validation of ICDPIC software injury severity scores using a large regional trauma registry.

BACKGROUND: Administrative or quality improvement registries may or may not contain the elements needed for investigations by trauma researchers. International Classification of Diseases Program for Injury Categorisation (ICDPIC), a statistical program available through Stata, is a powerful tool that can extract injury severity scores from ICD-9-CM codes. We conducted a validation study for use of the ICDPIC in trauma research. METHODS: We conducted a retrospective cohort validation study of 40,418 patients with injury using a large regional trauma registry. ICDPIC-generated AIS scores for each body region were compared with trauma registry AIS scores (gold standard) in adult and paediatric populations. A separate analysis was conducted among patients with traumatic brain injury (TBI) comparing the ICDPIC tool with ICD-9-CM embedded severity codes. Performance in characterising overall injury severity, by the ISS, was also assessed. RESULTS: The ICDPIC tool generated substantial correlations in thoracic and abdominal trauma (weighted κ 0.87-0.92), and in head and neck trauma (weighted κ 0.76-0.83). The ICDPIC tool captured TBI severity better than ICD-9-CM code embedded severity and offered the advantage of generating a severity value for every patient (rather than having missing data). Its ability to produce an accurate severity score was consistent within each body region as well as overall. CONCLUSIONS: The ICDPIC tool performs well in classifying injury severity and is superior to ICD-9-CM embedded severity for TBI. Use of ICDPIC demonstrates substantial efficiency and may be a preferred tool in determining injury severity for large trauma datasets, provided researchers understand its limitations and take caution when examining smaller trauma datasets.

Automatic verification of linear controller software

© 2015 IEEE.We consider the problem of verification of software implementations of linear time-invariant controllers. Commonly, different implementations use different representations of the controller's state, for example due to optimizations in a third-party code generator. To accommodate this variation, we exploit input-output controller specification captured by the controller's transfer function and show how to automatically verify correctness of C code controller implementations using a Frama-C/Why3/Z3 toolchain. Scalability of the approach is evaluated using randomly generated controller specifications of realistic size.

CPAG: software for leveraging pleiotropy in GWAS to reveal similarity between human traits links plasma fatty acids and intestinal inflammation.

Meta-analyses of genome-wide association studies (GWAS) have demonstrated that the same genetic variants can be associated with multiple diseases and other complex traits. We present software called CPAG (Cross-Phenotype Analysis of GWAS) to look for similarities between 700 traits, build trees with informative clusters, and highlight underlying pathways. Clusters are consistent with pre-defined groups and literature-based validation but also reveal novel connections. We report similarity between plasma palmitoleic acid and Crohn's disease and find that specific fatty acids exacerbate enterocolitis in zebrafish. CPAG will become increasingly powerful as more genetic variants are uncovered, leading to a deeper understanding of complex traits. CPAG is freely available at www.sourceforge.net/projects/CPAG/.

Inundaciones y su relación con el clima y la hidrología subterránea en el Noroeste de Buenos Aires (1980-2010) : aplicación de percepción remota

Gran parte de la llanura pampeana Argentina presenta una escasa red de drenaje superficial y niveles freáticos cercanos a la superficie que, junto a los excesos hídricos, producen a menudo inundaciones provocando un fuerte impacto sobre los ecosistemas naturales y modificados. En esta tesis, mediante la utilización de sensores remotos, caractericé el área inundada y su relación con condicionantes climáticos, hidrológicos y de uso de la tierra para el período 1980-2010 en una superficie de 24.000 km2 en el noroeste de la provincia de Buenos Aires. La estimación de la fracción del área inundada mediante una clasificación con umbral en la banda 5 de imágenes Landsat presentó alta confiabilidad cuando se la comparó con un método más complejo de clasificación preexistente (r2=0,99, EEest = 1 por ciento, n = 10). Se observaron fuertes oscilaciones de la superficie inundada lo largo del período de estudio con valores extremos de 0,96 y 27,7 por ciento. Se identificaron claramente dos grandes ciclos completos de inundación en 1987 y 2001, los que llegaron a cubrir el 22,5 y 27,7 por ciento del territorio respectivamente y retrayéndose a niveles menor a 5 por ciento en los siguientes dos años en ambos episodios. La utilización del producto MOD13Q1 del sensor MODIS para estimar el área inundada empleando la técnica de Análisis Lineal de Mezclas Espectrales presentó altos niveles de error cuando se lo comparó con las estimaciones realizadas con Landsat. El análisis que vinculó al área inundada con la precipitación (PPT), el nivel freático absoluto y sus variaciones, la evapotranspiración potencial (ETP) y el balance hídrico, mostró que la precipitación fue el factor que más estuvo asociado a los eventos de inundación aún con períodos largos de integración de 24 y 36 meses. La inclusión de la evapotranspiración en el análisis, tanto en forma directa como a través del balance PPT-ETP, no mejoró en forma apreciable la explicación de las inundaciones. El nivel freático absoluto mostró una asociación alta con el área inundada (mayor inundación con niveles más superficiales) a la escala de 3 meses, perdiendo peso como variable explicativa en períodos más extensos. Ante la posibilidad de que se desarrollen nuevos eventos de inundación masiva en la llanura pampeana es trascendental avanzar en el conocimiento de las interacciones entre la hidrología, el clima y el uso del suelo a fin de compatibilizar estrategias agrícolas con estrategias de ordenamiento hidrológico del territorio para reducir el impacto de dichos eventos

Estudio de la diferenciación y madurez sexual en la langosta de agua dulce, Cherax quadricarinatus (Decapoda, Astacidea, Parastacidae) y su aplicación en acuicultura

Cherax quadricarinatus, es una especie de langosta de agua dulce nativa de Australia y Papua Nueva Guinea que se cultiva en varios países incluyendo Argentina, por lo que las investigaciones acerca de su biología reproductiva están orientadas a conocer las condiciones óptimas de cultivo, y desarrollar técnicas para su reproducción y crecimiento. El objetivo general fue determinar el momento del desarrollo en que ocurre la diferenciación sexual y el posible rol regulador de la temperatura, caracterizar el proceso de diferenciación gonadal y madurez sexual, y los cambios morfométricos asociados. Los resultados indicaron que la diferenciación sexual secundaria ocurre a partir de los 0,23 g aproximadamente, correspondiente al estadio juvenil VI ó VII. La temperatura no ejerció un claro efecto sobre la diferenciación sexual. Las hembras, desde la diferenciación gonadal hasta su maduración, presentaron tres morfotipos ováricos. En función de la coloración ovárica, la estructura histológica y la proporción de los distintos tipos celulares se distinguieron cuatro estadios de desarrollo ovárico: I (blanco-transparente), II (crema pálido-naranja pálido), III (naranja con oocitos verdes) y IV (verde oliva). En los machos se identificaron tres estadios de desarrollo y dos tipos de appendices masculinae ó papilas fálicas. Se reconocieron diferentes patrones de intersexualidad y cuatro posibles combinaciones de aberturas genitales que permitieron definir cuatro tipos de intersexo: intersexo hembra (I), intersexo macho (II), y dos tipos de intersexo macho-hembra (III y IV). Los resultados del análisis morfométrico mostraron que los intersexos hembras representan un tipo sexual morfométricamente diferenciado de las hembras y los machos, aunque desde el punto de vista funcional son hembras. Los cambios en las relaciones morfométricas de las dimensiones de los quelípedos se vincularon con el inicio de la la madurez sexual desde el punto de vista histológico en los machos e intersexos hembra.

Efecto de la aplicación de abonos orgánicos sobre las características físico-químicas y microbiológicas de suelos bajo cultivo de vid de la provincia de Mendoza

El efecto de los abonos orgánicos sobre las características químicas y microbiológicas del suelo depende del cultivo, tipo de abono, dosis, frecuencia y forma de aplicación. En el caso de la vid, algunos estudios sobre la aplicación de abonos orgánicos (AAO) han reportado incrementos en los nutrientes del suelo y planta. Considerando la escasa información sobre el manejo de compost y vermicompost en suelos de viñedos de Mendoza, el objetivo de esta tesis fue evaluar el efecto de abonos orgánicos en algunas características del suelo y del cultivo. Para ello, en un viñedo ubicado en Mendoza se evaluaron los efectos de una y dos aplicaciones, superficial y enterrada, de compost y vermicompost sobre las características químicas y microbiológicas del suelo, crecimiento y rendimiento de la vid. La duración del ensayo fue de 2 años y la dosis anual fue 8 Mg ha-1. Luego de 360 días, todos los microorganismos evaluados fueron afectados por la AAO. El número de microorganismos celulolíticos fue mayor en las parcelas que recibieron compost (3,08 log10UFC g-1) que en aquellas que recibieron vermicompost (2,66 log10UFC g-1). También fue mayor cuando la aplicación fue superficial (3,07 log10UFC g-1) que cuando fue enterrada (2,67 log10UFC g-1), independientemente del tipo de abono. La AAO no afectó la salinidad del suelo. El fósforo disponible y potasio intercambiable incrementaron 237 por ciento y 28 por ciento en suelos abonados respecto de suelos al inicio del ensayo. El contenido de potasio total en pecíolo incrementó 15 por ciento en parcelas que recibieron abono orgánico respecto de las que no recibieron. La AAO en suelos de regadío de la zona árida de Mendoza se considera una alternativa promisoria por su impacto en algunas poblaciones microbianas, su efecto sobre el contenido de nutrientes en suelo y propiedades que hacen a la salinidad edáfica.

Aplicación anticipada de fósforo : efectos sobre la disponibilidad del nutriente, eficiencia de uso y rendimiento.

Tradicionalmente el P es colocado en la línea de siembra, aunque las cantidades que pueden agregarse son relativamente bajas por razones operativas y riesgos de fitotoxicidad. Las aplicaciones al voleo podrían presentar una menor eficiencia, pero permiten agregar mayores dosis. Localmente existen experiencias que comparan aplicaciones en línea y anticipadas al voleo con una única dosis, pero no hay estudios que evalúen comparativamente las aplicaciones al voleo a la siembra y antes de la siembra con un rango de dosis. El tiempo prolongado de contacto entre el nutriente y el suelo incrementaría los procesos de fijación, aunque esto podría ser compensado por una mayor incorporación. Los objetivos de este trabajo fueron evaluar cambios del P disponible a inicios del ciclo del cultivo de maíz, las respuestas y eficiencias agronómicas y de recuperación del P para las distintas dosis, momentos y formas de aplicación de fertilizante fosforado. Para responder a los objetivos se realizaron tres ensayos de campo en Hapludoles del Partido de Junín y se evaluaron 9 tratamientos: del 0 a 8 corresponden a un factorial con cuatro dosis (10, 20, 30 y 40 kg P ha -1) aplicados al voleo y dos momentos (anticipado -90 días antes de la siembra del maíz- y al momento de la siembra), un testigo y un tratamiento con P en línea (con la dosis de 20 kg P ha-1). Se midieron: contenido de P disponible, biomasa aérea, contenido de P absorbido y rendimiento de maíz. Con la fertilización anticipada hubo una tendencia a menores contenidos de P de 0-5 cm a inicios del ciclo del cultivo, pero no se observaron diferencias en crecimiento de maíz en ningún estado fenológico. No se detectaron diferencias en rendimiento, sin embargo se observó una tendencia a respuestas superiores con las aplicaciones a la siembra sólo con las dosis más altas. Se registraron efectos de las dosis sobre la producción de biomasa aérea, el rendimiento en grano y el contenido de P disponible. Las eficiencias de recuperación (ERP) y eficiencias agronómicas (AE) no difirieron entre momentos de aplicación, sin embargo las EA fueron un 26 por ciento superiores con las aplicaciones a la siembra. Las ERP medias halladas, por el método de la diferencia, fueron de 6,5 por ciento con el cultivo en sexta hoja (V6) y 3,2 por ciento en madurez fisiológica (MF). No se detectaron diferencias según el método de ubicación del P.

La aplicación de herbicidas sistémicos de amplio espectro en pastizales naturales : efectos sobre los atributos y procesos del ecosistema

Esta tesis analiza los efectos de la aplicación de un herbicida sistémico no selectivo, el glifosato, sobre atributos estructurales y funcionales de pastizales naturales pastoreados por herbívoros domésticos. Se realizaron experimentos en un establecimiento ganadero de la Pampa Deprimida, donde la pulverización recurrente de pastizales con glifosato a fin de verano para incrementar la oferta de forraje invernal se ha difundido ampliamente. La pulverización de glifosato produjo un drástico cambio de la composición florística de la vegetación y del banco de semillas, aumentando la contribución de pastos anuales invernales y disminuyendo la de pastos perennes invernales, estivales y leguminosas, redujo la riqueza y la diversidad y disminuyó la cobertura y la calidad forrajera estival. Estos cambios en la vegetación modificaron atributos funcionales, ya que la pulverización incrementó la absorción de radiación y la productividad primaria neta aérea del pastizal en invierno-primavera y las redujo en verano, pero el incremento invierno-primaveral no compensó la disminución estival. La menor producción primaria anual podría relacionarse con el menor contenido de materia orgánica y de fósforo edáfico en los lotes pulverizados. Mediante experimentos en condiciones controladas investigué la respuesta de mecanismos biológicos claves, la regeneración vegetativa y la emergencia y crecimiento de plántulas, a la aplicación de glifosato, de Paspalum dilatatum, Schedonorus arundinaceus, Lotus tenuis y Trifolium repens, principales miembros de los grupos funcionales más afectados. El glifosato provocó la muerte de todos los tejidos, impidiendo la regeneración vegetativa, y redujo la emergencia y el establecimiento de plántulas cuando se pulverizó sobre vegetación pre-existente hasta sesenta días antes de la germinación. Estos mecanismos explican, en gran medida los cambios en la composición de la vegetación y del banco de semillas. Los resultados sugieren que los drásticos cambios que la aplicación de glifosato causa en el pastizal pueden ser irreversibles, poniendo en riesgo la integridad del ecosistema y su sustentabilidad como recurso forrajero

Control de avena negra (Avena fatua L.) con aplicación de trifluralina en cultivos de cebada cervecera (Hordeum vulgare L.)

p.149-156

Control del crecimiento de tecoma stans var stans en función de la densidad de cultivos y la aplicación de fitoreguladores

p.45-51

Aplicación del análisis de correspondencia en la evaluación BLUP de reproductores para caracteres discretos

p.47-53