Enhancing iDynoMiCS framework with a plasmid conjugation module

Actualmente existen aplicaciones que permiten simular el comportamiento de bacterias en distintos hábitats y los procesos que ocurren en estos para facilitar su estudio y experimentación sin la necesidad de un laboratorio. Una de las aplicaciones de software libre para la simulación de poblaciones bacteriológicas mas usada es iDynoMiCS (individual-based Dynamics of Microbial Communities Simulator), un simulador basado en agentes que permite trabajar con varios modelos computacionales de bacterias en 2D y 3D. Este simulador permite una gran libertad al configurar una numerosa cantidad de variables con respecto al entorno, reacciones químicas y otros detalles importantes. Una característica importante es el poder simular de manera sencilla la conjugación de plásmidos entre bacterias. Los plásmidos son moléculas de ADN diferentes del cromosoma celular, generalmente circularles, que se replican, transcriben y conjugan independientemente del ADN cromosómico. Estas están presentes normalmente en bacterias procariotas, y en algunas ocasiones en eucariotas, sin embargo, en este tipo de células son llamados episomas. Dado el complejo comportamiento de los plásmidos y la gama de posibilidades que estos presentan como mecanismos externos al funcionamiento básico de la célula, en la mayoría de los casos confiriéndole distintas ventajas evolutivas, como por ejemplo: resistencia antibiótica, entre otros, resulta importante su estudio y subsecuente manipulación. Sin embargo, el marco operativo del iDynoMiCS, en cuanto a simulación de plásmidos se refiere, es demasiado sencillo y no permite realizar operaciones más complejas que el análisis de la propagación de un plásmido en la comunidad. El presente trabajo surge para resolver esta deficiencia de iDynomics. Aquí se analizarán, desarrollarán e implementarán las modificaciones necesarias para que iDynomics pueda simular satisfactoriamente y mas apegado a la realidad la conjugación de plásmidos y permita así mismo resolver distintas operaciones lógicas, como lo son los circuitos genéticos, basadas en plásmidos. También se analizarán los resultados obtenidos de acuerdo a distintos estudios relevantes y a la comparación de los resultados obtenidos con el código original de iDynomics. Adicionalmente se analizará un estudio comparando la eficiencia de detección de una sustancia mediante dos circuitos genéticos distintos. Asimismo el presente trabajo puede tener interés para el grupo LIA de la Facultad de Informática de la Universidad Politécnica de Madrid, el cual está participando en el proyecto europeo BACTOCOM que se centra en el estudio de la conjugación de plásmidos y circuitos genéticos. --ABSTRACT--Currently there are applications that simulate the behavior of bacteria in different habitats and the ongoing processes inside them to facilitate their study and experimentation without the need for an actual laboratory. One of the most used open source applications to simulate bacterial populations is iDynoMiCS (individual-based Dynamics of Microbial Communities Simulator), an agent-based simulator that allows working with several computer models of 2D and 3D bacteria in biofilms. This simulator allows great freedom by means of a large number of configurable variables regarding environment, chemical reactions and other important details of the simulation. Within these characteristics there exists a very basic framework to simulate plasmid conjugation. Plasmids are DNA molecules physically different from the cell’s chromosome, commonly found as small circular, double-stranded DNA molecules that are replicated, conjugated and transcribed independently of chromosomal DNA. These bacteria are normally present in prokaryotes and sometimes in eukaryotes, which in this case these cells are called episomes. Plasmids are external mechanisms to the cells basic operations, and as such, in the majority of the cases, confer to the host cell various evolutionary advantages, like antibiotic resistance for example. It is mperative to further study plasmids and the possibilities they present. However, the operational framework of the iDynoMiCS plasmid simulation is too simple, and does not allow more complex operations that the analysis of the spread of a plasmid in the community. This project was conceived to resolve this particular deficiency in iDynomics, moreover, in this paper is discussed, developed and implemented the necessary changes to iDynomics simulation software so it can satisfactorily and realistically simulate plasmid conjugation, and allow the possibility to solve various ogic operations, such as plasmid-based genetic circuits. Moreover the results obtained will be analyzed and compared with other relevant studies and with those obtained with the original iDynomics code. Conjointly, an additional study detailing the sensing of a substance with two different genetic circuits will be presented. This work may also be relevant to the LIA group of the Faculty of Informatics of the Polytechnic University of Madrid, which is participating in the European project BACTOCOM that focuses on the study of the of plasmid conjugation and genetic circuits.

Modelo de gestión de la responsabilidad social para las empresas del sector petrolero venezolano

El presente trabajo tiene como objetivo diseñar un modelo de gestión de responsabilidad social sustentado en estándares internacionales para las empresas del sector petrolero venezolano. Esta investigación no se suscribe a un modelo epistémico en particular, como forma parcializada de ver la realidad. Por el contrario, se realizó un abordaje holístico de la investigación, entendiendo el evento de estudio, la gestión de la responsabilidad social, como un evento integrado por distintas visiones de la relación empresa – sociedad. La holística se refiere a una tendencia que permite entender la realidad desde el punto de vista de las múltiples interacciones que la caracterizan. Corresponde a una actitud integradora como también a una teoría explicativa que se orienta hacia una comprensión contextual de los procesos, de los protagonistas y de los eventos. Desde la concepción holística se determinó que la investigación es de tipo proyectiva. Este tipo de investigación propone soluciones a una situación determinada a partir de un proceso de indagación. Implica describir, comparar, explicar y proponer alternativas de cambios, lo que da lugar a los estadios de investigación. En cuanto al diseño de la investigación, aplicando el ciclo holístico, se tiene un diseño que es univariable, transeccional contemporáneo y de fuente mixta. Univariable, porque se enfoca en la gestión de responsabilidad social. Transeccional contemporáneo, porque el evento se estudia en la actualidad y se realiza una sola medición de los datos. De fuente mixta, porque en los estadios descriptivo y explicativo se aplica un diseño de campo, al recolectar los datos directamente en las empresas objeto de estudio, mientras que para los estadios analítico y comparativo se aplica un diseño documental. Las técnicas de recolección de la información estuvieron constituidas por fuentes primarias provenientes de la observación directa, la revisión documental y la aplicación de un cuestionario estructurado tipo escala Likert. El análisis de los datos comprendió el análisis estadístico descriptivo, la estimación de la fiabilidad y el análisis de coeficientes de correlación y análisis de ruta, a través del software estadístico SPSS v.19.0 y AMOS v.20. En los estadios descriptivo y explicativo se estudió la gestión de la responsabilidad social en las empresas del sector petrolero. Los resultados indicaron que las empresas del sector petrolero actúan bajo los lineamientos trazados en el Plan de Desarrollo Nacional y de acuerdo con las políticas, directrices, planes y estrategias para el sector de los hidrocarburos, dictadas por el Ministerio de Energía y Petróleo. También incluyen el compromiso social y la política ambiental en su filosofía de gestión. Tienen en su estructura organizacional una gerencia de desarrollo social que gestiona la responsabilidad social. Las actividades de inversión social se presentan poco estructuradas y en ocasiones se improvisan ya que atienden a los lineamientos políticos del Estado y no a una política interna de sostenibilidad del negocio petrolero. En cuanto a la integralidad de la gestión las empresas no consideran la responsabilidad social en todas las áreas, por lo que deben ampliar su concepción de una gestión responsable, redefiniendo estructuras, estrategias y procesos, con una orientación hacia una gestión sustentable. En cuanto a los estadios analítico y comparativo aplicados al estudio de las guías y estándares internacionales de responsabilidad social, se determinó que en términos de la integralidad de la gestión las iniciativas que destacan son: en cuanto a los principios, las directrices para empresas multinacionales según la OCDE y el Libro Verde de la Unión Europea. En relación con las guías de implementación y control, el Global Reporting Initiative y la norma ISO 26000. Y en cuanto a los sistemas de gestión el Sistema de Gestión Ética y Responsable (SGE 21) y el Sistema de Gestión de Responsabilidad Social IQNET SR10. Finalmente se diseñó una estructura para la gestión integral de responsabilidad social basada en los estándares internacionales y en el concepto de desarrollo sostenible. Por tanto abarca el desarrollo social, el equilibrio ecológico y el crecimiento económico, lo que permite un desarrollo sinérgico. La originalidad del enfoque consistió en la comprensión de la investigación desde una concepción holística, que permitió la integración de las teorías que tratan el tema de la responsabilidad social a través de un abordaje estructurado. ABSTRACT The present research aims to design a model of social responsibility management underpinned by international standards for companies in the Venezuelan oil sector. This research is not framed in a particular epistemic model as a biased way of looking at reality. Instead, a holistic approach to the research was conducted, understanding the event under study, the management of social responsibility as an event composed of different views of the relationship between corporation and society. The term holistic refers to a trend in understanding the reality from the point of view of the multiple interactions that characterize it. It corresponds to an integrative as well as an explanatory theory that is oriented towards a contextual understanding of the processes, of the participants and of the events. From the holistic conception it was determined that this research is of a projective type. The research proposes solutions to a given situation from a process of inquiry. It implies describing, comparing, explaining and proposing alternative changes, which results in the different research stages. Regarding the research design, applying the holistic cycle, an univariate, contemporary cross-sectional and mixed source design is obtained. It is univariate, because it focuses on the management of social responsibility. It is contemporary cross-sectional, because the event is studied in the present time and a single measurement of data is performed. It relies on mixed source, because in the descriptive and explanatory stages a field design is applied when collecting data directly from the companies under study, while for the analytical and comparative stages applies a documentary design is applied. The data collection techniques were constituted by primary sources from direct observation, document review and the implementation of a structured Likert scale questionnaire. The data analysis comprised descriptive statistical analysis, reliability estimates and analysis of correlation and the path analysis through the SPSS v.19.0 and AMOS V.20 statistical software. In the descriptive and explanatory stages social responsibility management in the oil sector companies was studied. The results indicated that the oil companies operate under the guidelines outlined in the National Development Plan and in accordance with the policies, guidelines, plans and strategies for the hydrocarbons sector, issued by the Ministry of Energy and Petroleum. They also include the social commitment and the environmental policy in their management philosophy. They have in their organizational structure a social development management which deals with social responsibility. Corporate social investment is presented poorly structured and is sometimes improvised since they follow the policy guidelines of the state and not the internal sustainability policy of the oil business. As for the integrity of management companies they do not consider social responsibility in all areas, so they need to expand their conception of responsible management, redefining structures, strategies and processes, with a focus on sustainable management. As for the analytical and comparative stages applied to the study of international guidelines and standards of social responsibility, it was determined that, in terms of the comprehensiveness of management, the initiatives that stand out are the following: With respect to principles, the guidelines for multinational enterprises as indicated by OECD and the Green Paper of the European Union. Regarding the implementation and control guides, the Global Reporting Initiative and the ISO 26000 standard are relevant. And as for management systems the Ethics and Responsible Management System (SGE 21) and the IQNet SR10 Social responsibility management system have to be considered. Finally a framework for the comprehensive management of social responsibility based on international standards and the concept of sustainable development was designed. Hence, social development, ecological balance and economic growth are included allowing therefore a synergistic development. The originality of this approach is the understanding of research in a holistic way, which allows the integration of theories that address the issue of social responsibility through a structured approximation.

Agile Product Inception: Framework Analysis and Support

In this dissertation, after testing that neither the definition of Agile methodologies, nor the current tools that support them, such as Scrum or XP, gave guidance for stages of software development prior to the definition of the first interaction of development; we proceeded to study the state of the art of Inception techniques, that is, techniques to deal with this early phase of the project, that would help guide its development. From the analysis of these Inception techniques, we defined what we considered as the essential properties of an Inception framework. With that list at hand, it was found that no current Inception framework supported all the features, also, we found that it did not exist, either, any software application on the market that did it. Finally, after checking the above gaps, we defined the Inception framework "Agile Incepti-ON", with all the practices necessary to meet the requirements specified above. In addition to this, a software application was developed to support the practices defined in the Inception framework, called "Agile Dojo".

Diseño de una metodología para la normalización del paisaje en España a partir del análisis de normas y de estudios cienciométricos: Aplicación al impacto paisajístico de las infraestructuras de transporte

La presente tesis se enmarca dentro de los trabajos realizados en el Proyecto CENIT OASIS (Operación de Autopistas Seguras Inteligentes y Sostenibles) sobre el impacto y la integración paisajística de las autopistas, y en los trabajos realizados por el grupo de trabajo GT 13 (paisaje) dentro del comité técnico nacional CTN 157 (proyectos) para normalización del Paisaje en España, del que la doctoranda es secretaria técnica. El objetivo principal de esta tesis es desarrollar una Metodología que permita la normalización del paisaje en España. Por ello, establece las bases para el desarrollo científico y profesional en el ámbito del paisaje, a través de la caracterización de la actividad científica y de la actividad normalizadora internacional. Para después elaborar una propuesta de documentos normativos para su regulación en España. Por último, se pone en práctica la única de las normas aplicables a un caso real, concretamente en la AP-7 a su paso por la provincia de Gerona. La caracterización de la actividad científica en el ámbito del paisaje proporciona una visión global que sirve de referencia a las futuras investigaciones en la materia, no existente hasta la fecha. Entre los múltiples resultados, se identifican las áreas de conocimiento y disciplinas afines desde las que se aborda el paisaje, se analiza la evolución de las temáticas y líneas de investigación en el campo, se determina la distribución e impacto de la producción científica, destacando los países y centros de investigación punteros y sus colaboraciones, y se determinan las publicaciones más destacadas en la materia. La caracterización de la actividad normativa internacional hasta la fecha supone un referente en este campo, habiendo traducido, analizado y clasificado decenas de documentos sobre temas como la terminología, la profesión de paisajista, las reglas generales para las intervenciones en el paisaje, las normas para la protección del paisaje y normas para la evaluación del impacto paisajístico. La tesis desarrolla tres documentos normativos, que se espera sean el germen de los futuros documentos legales para normalización del Paisaje en España. El principal objetivo de la normalización es dotar a los profesionales de las herramientas necesarias para desarrollar sus intervenciones en el paisaje. Para ello, se ha elaborado un documento normativo sobre terminología del concepto clave y los términos asociados en castellano, que sirva de referencia para un futuro documento normativo; un documento normativo que regule los estudios de integración e impacto paisajístico en España, definiendo una serie de pautas que ayuden a los profesionales a desarrollar los proyectos de intervención en el paisaje; un documento que regule y defina la profesión de arquitecto paisajista, identificando sus capacidades, formaciones y competencias. Por último, el documento de impacto e integración paisajística se aplica a un caso concreto de infraestructuras del transporte, dentro del proyecto OASIS, sirviendo como ejemplo a los profesionales de la materia para desarrollar futuras intervenciones. El enfoque de este documento coincide con el de paisaje ecológico, el análisis del paisaje se aborda desde lo visible (fenosistema) y desde los procesos que lo conforman (criptosistema). Y las medidas de integración pretenden conseguir que la infraestructura forme parte del paisaje y de los procesos que ocurren en él, lo que en la tesis se define como Infraestructuras Verdes. ABSTRACT The thesis is within the framework of the CENIT OASIS Project (Operation of Safe, Intelligent and Sustainable Highways) about the landscape impact and integration of highways, and the work done by the working group GT 13 (landscape) in the national technical committee CTN 157 (projects) for landscape standardization in Spain, of which the PhD is technical secretary. The main objective of this thesis is to develop a Methodology that allows the landscape standardization in Spain. Therefore, it establishes the basis for the scientific and professional development in the landscape field, through the characterization of scientific and international normalizing activity. It concludes with the proposal of regulatory documents for its use in Spain. Finally, it implements the only of the rules applicable to a real case, specifically in the AP- 7 passing through the Gerona province. The characterization of scientific activity in the landscape field provides an overview that is a reference in the researches in this field, non-existent to date. Among the many results, the areas of knowledge and related disciplines, from which the landscape is addressed, are identified; the evolution of topics and lines of research in the field are analyzed; the distribution and impact of scientific production is determined, highlighting the countries and leading research centers and collaborations; and the leading publications in the field are determined. The characterization of the international regulatory activity to date is a model in this field, having translated, analyzed and classified dozens of papers about terminology, the landscapist profession, general rules for intervention in the landscape, standards for the landscape protection and rules for the assessment of landscape impact. The thesis develops three normative documents, which are expected to be the germ of future legal documents for standardization landscape in Spain. The main objective of standardization is to provide the necessary tools for professionals who work developing interventions in the landscape. To do this, it has been developed a normative document about terminology on the key concept and the associated terms in Castilian, as a reference for a future normative document; a normative document that regulates studies of landscape integration and impact in Spain, defining a set of guidelines to help professionals to develop intervention projects in the landscape; a document to regulate and define the activities developed by the professionals, defining the profession of landscape architect, their capabilities and competencies. Finally, the document of landscape impact and integration is applied to a particular case of transport infrastructures within the OASIS project, serving as an example to professionals in the field to develop future interventions. The focus of this document coincides with the ecological landscape; the landscape analysis is approached from the visible (fenosystem) and from the processes that shape it (cryptosystem); and integration measures aim to achieve that the infrastructure take part of the landscape and its existing processes, which in this thesis is defined as Green Infrastructures.

Evaluación de los co-beneficios sobre el desarrollo sostenible y la reducción de la pobreza de proyectos de mitigación del cambio climático en Brasil

El cambio climático y los diferentes aspectos del concepto de “desarrollo” están intrínsecamente interconectados. Por un lado, el desarrollo económico de nuestras sociedades ha contribuido a un aumento insostenible de las emisiones de gases de efecto invernadero, las cuales están desestabilizando el sistema climático global, generando al mismo tiempo una distribución desigual de la capacidad de las personas para hacer frente a estos cambios. Por otro lado, en la actualidad existe un amplio consenso sobre que el cambio climático impacta directamente y de manera negativa sobre el denominando desarrollo sostenible. De igual manera, cada vez existe un mayor consenso de que el cambio climático va a desafiar sustancialmente nuestra capacidad de erradicar la pobreza a medio y largo plazo. Ante esta realidad, no cabe duda de que las estrategias de adaptación son esenciales para mantener el desarrollo. Es por esto que hasta el momento, los mayores esfuerzos realizados por unir las agendas globales de la lucha contra la pobreza y del cambio climático se han dado en el entorno de la adaptación al cambio climático. Sin embargo, cada vez son más los actores que defienden, desde distintos escenarios, que existen sinergias entre la mitigación de emisiones y la mejora de las condiciones de vida de las poblaciones más vulnerables, favoreciendo así un “desarrollo sostenible” sin disminuir los recursos financieros destinados a la adaptación. Para hacer efectivo este potencial, es imprescindible identificar diseños de estrategias de mitigación que incrementen los resultados de desarrollo, contribuyendo al desarrollo sostenible al mismo tiempo que a reducir la pobreza. En este contexto se sitúa el objetivo principal de esta investigación, consistente en analizar los co-beneficios locales, para el desarrollo sostenible y la reducción la pobreza, de proyectos de mitigación del cambio climático que se implementan en Brasil. Por co-beneficios se entienden, en el lenguaje de las discusiones internacionales de cambio climático, aquellos beneficios que van más allá de la reducción de emisiones de Gases de Efecto Invernadero (GEI) intrínsecas por definición a los proyectos de mitigación. Los proyectos de mitigación más relevantes hasta el momento bajo el paraguas de la Convención Marco de las Naciones Unidas para el Cambio Climático (CMNUCC), son los denominados Mecanismos de Desarrollo Limpio (MDL) del Protocolo de Kioto. Sin embargo, existen alternativas de proyectos de mitigación (tales como los denominados “estándares adicionales” a los MDL de los Mercados Voluntarios de Carbono y las Tecnologías Sociales), que también serán tenidos en cuenta en el marco de este estudio. La elección del tema se justifica por la relevancia del mismo en un momento histórico en el que se está decidiendo el futuro del régimen climático a partir del año 2020. Aunque en el momento de redactar este documento, todavía no se ha acordado la forma que tendrán los futuros instrumentos de mitigación, sí que se sabe que los co-beneficios de estos instrumentos serán tan importantes, o incluso más, que las reducciones de GEI que generan. Esto se debe, principalmente, a las presiones realizadas en las negociaciones climáticas por parte de los países menos desarrollados, para los cuales el mayor incentivo de formar parte de dichas negociaciones se basa principalmente en estos potenciales co-beneficios. Los resultados de la tesis se estructuran alrededor de tres preguntas de investigación: ¿cómo están contribuyendo los MDL implementados en Brasil a generar co-beneficios que fomenten el desarrollo sostenible y reduzcan la pobreza?; ¿existen proyectos de mitigación en Brasil que por tener compromisos más exigentes en cuanto a su contribución al desarrollo sostenible y/o la reducción de la pobreza que los MDL estén siendo más eficientes que estos en relación a los co-beneficios que generan?; y ¿qué características de los proyectos de mitigación pueden resultar críticas para potenciar sus co-beneficios en las comunidades en las que se implementan? Para dar respuesta a estas preguntas, se ha desarrollado durante cuatro años una labor de investigación estructurada en varias fases y en la que se combinan diversas metodologías, que abarcan desde el desarrollo de un modelo de análisis de cobeneficios, hasta la aplicación del mismo tanto a nivel documental sobre 194 documentos de diseño de proyecto (denominado análisis ex-ante), como a través de 20 casos de estudio (denominado análisis ex-post). Con la realización de esta investigación, se ha confirmado que los requisitos existentes hasta el momento para registrar un proyecto como MDL bajo la CMNUCC no favorecen sustancialmente la generación de co-beneficios locales para las comunidades en las que se implementan. Adicionalmente, se han identificado prácticas y factores, que vinculadas a las actividades intrínsecas de los proyectos de mitigación, son efectivas para incrementar sus co-beneficios. Estas prácticas y factores podrán ser tenidas en cuenta tanto para mejorar los requisitos de los actuales proyectos MDL, como para apoyar la definición de los nuevos instrumentos climáticos. ABSTRACT Climate change and development are inextricably linked. On the one hand, the economic development of our societies has contributed to the unsustainable increase of Green House Gases emissions, which are destabilizing the global climate system while fostering an unequal distribution of people´s ability to cope with these changes. On the other hand, there is now a consensus that climate change directly impacts the so-called sustainable development. Likely, there is a growing agreement that climate change will substantially threaten our capacity to eradicate poverty in the medium and long term. Given this reality, there is no doubt that adaptation strategies are essentials to keep development. This is why, to date, much of the focus on poverty in the context of climate change has been on adaptation However, without diverting resources from adaptation, there may exist the potential to synergize efforts to mitigate emissions, contribute to sustainable development and reduce poverty. To fulfil this potential, it is key identifying how mitigation strategies can also support sustainable development and reduce poverty. In this context, the main purpose of this investigation is to explore the co-benefits, for sustainable development and for poverty reduction, of climate change mitigation projects being implemented in Brazil. In recent years the term co-benefits, has been used by policy makers and academics to refer the potentially large and diverse range of collateral benefits that can be associated with climate change mitigation policies in addition to the direct avoided climate impact benefits. The most relevant mitigation projects developed during the last years under the United Nations Framework Convention on Climate Change (UNFCCC) are the so-called Clean Development Mechanisms (CDM) of the Kyoto Protocol. Thus, this research will analyse this official mechanism. However, there are alternatives to the mitigation projects (such as the "add-on standards" of the Voluntary Carbon Markets, and the Social Technologies) that will also be assessed as part of the research. The selection of this research theme is justified because its relevance in a historic moment in which proposals for a future climate regime after 2020 are being negotiated. Although at the moment of writing this document, there is not a common understanding on the shape of the new mitigation instruments, there is a great agreement about the importance of the co-benefits of such instruments, which may be even more important for the Least Developed Countries that their expected greenhouse gases emissions reductions. The results of the thesis are structured around three research questions: how are the CDM projects being implemented in Brazil generating local co-benefits that foster sustainable development and poverty reduction?; are other mitigation projects in Brazil that due to their more stringent sustainable development and/o poverty reduction criteria, any more successful at delivering co-benefits than regular CDM projects?; and what are the distinguishing characteristics of mitigation projects that are successful at delivering co-benefits? To answer these research questions, during four years it has been developed a research work structured in several phases and combining various methodologies. Those methodologies cover from the development of a co-benefits assessment model, to the application of such model both to a desktop analysis of 194 project design documents, and to 20 case studies using field data based on site visits to the project sites. With the completion of this research, it has been confirmed that current requirements to register a CDM project under the UNFCCC not substantially favour co-benefits at the local level. In addition, some practices and factors enablers of co-benefits have been identified. These characteristics may be taken into consideration to improve the current CDM and to support the definition of the new international market mechanisms for climate mitigation.

A framework for goal-oriented discovery of resources in the RESTful architecture

One of the challenges facing the current web is the efficient use of all the available information. The Web 2.0 phenomenon has favored the creation of contents by average users, and thus the amount of information that can be found for diverse topics has grown exponentially in the last years. Initiatives such as linked data are helping to build the Semantic Web, in which a set of standards are proposed for the exchange of data among heterogeneous systems. However, these standards are sometimes not used, and there are still plenty of websites that require naive techniques to discover their contents and services. This paper proposes an integrated framework for content and service discovery and extraction. The framework is divided into several layers where the discovery of contents and services is made in a representational stateless transfer system such as the web. It employs several web mining techniques as well as feature-oriented modeling for the discovery of cross-cutting features in web resources. The framework is used in a scenario of electronic newspapers. An intelligent agent crawls the web for related news, and uses services and visits links automatically according to its goal. This scenario illustrates how the discovery is made at different levels and how the use of semantics helps implement an agent that performs high-level tasks.

A digital framework to build, visualize and analyze a gene expression atlas with cellular resolution in zebrafish early embryogenesis

A gene expression atlas is an essential resource to quantify and understand the multiscale processes of embryogenesis in time and space. The automated reconstruction of a prototypic 4D atlas for vertebrate early embryos, using multicolor fluorescence in situ hybridization with nuclear counterstain, requires dedicated computational strategies. To this goal, we designed an original methodological framework implemented in a software tool called Match-IT. With only minimal human supervision, our system is able to gather gene expression patterns observed in different analyzed embryos with phenotypic variability and map them onto a series of common 3D templates over time, creating a 4D atlas. This framework was used to construct an atlas composed of 6 gene expression templates from a cohort of zebrafish early embryos spanning 6 developmental stages from 4 to 6.3 hpf (hours post fertilization). They included 53 specimens, 181,415 detected cell nuclei and the segmentation of 98 gene expression patterns observed in 3D for 9 different genes. In addition, an interactive visualization software, Atlas-IT, was developed to inspect, supervise and analyze the atlas. Match-IT and Atlas-IT, including user manuals, representative datasets and video tutorials, are publicly and freely available online. We also propose computational methods and tools for the quantitative assessment of the gene expression templates at the cellular scale, with the identification, visualization and analysis of coexpression patterns, synexpression groups and their dynamics through developmental stages.

Guidelines for the design of an environmental flow regime program at the regional scale: Application of the ELOHA framework in the Ebro River basin

La gestión de los recursos hídricos se convierte en un reto del presente y del futuro frente a un panorama de continuo incremento de la demanda de agua debido al crecimiento de la población, el crecimiento del desarrollo económico y los posibles efectos del calentamiento global. La política hidráulica desde los años 60 en España se ha centrado en la construcción de infraestructuras que han producido graves alteraciones en el régimen natural de los ríos. Estas alteraciones han provocado y acrecentado los impactos sobre los ecosistemas fluviales y ribereños. Desde los años 90, sin embargo, ha aumentado el interés de la sociedad para conservar estos ecosistemas. El concepto de caudales ambientales consiste en un régimen de caudales que simula las características principales del régimen natural. Los caudales ambientales están diseñados para conservar la estructura y funcionalidad de los ecosistemas asociados al régimen fluvial, bajo la hipótesis de que los elementos que conforman estos ecosistemas están profundamente adaptados al régimen natural de caudales, y que cualquier alteración del régimen natural puede provocar graves daños a todo el sistema. El método ELOHA (Ecological Limits of Hydrological Alteration) tiene como finalidad identificar las componentes del régimen natural de caudales que son clave para mantener el equilibrio de los ecosistemas asociados, y estimar los límites máximos de alteración de estas componentes para garantizar su buen estado. Esta tesis presenta la aplicación del método ELOHA en la cuenca del Ebro. La cuenca del Ebro está profundamente regulada e intervenida por el hombre, y sólo las cabeceras de los principales afluentes del Ebro gozan todavía de un régimen total o cuasi natural. La tesis se estructura en seis capítulos que desarrollan las diferentes partes del método. El primer capítulo explica cómo se originó el concepto “caudales ambientales” y en qué consiste el método ELOHA. El segundo capítulo describe el área de estudio. El tercer capítulo realiza una clasificación de los regímenes naturales de la cuenca (RNC) del Ebro, basada en series de datos de caudal mínimamente alterado y usando exclusivamente parámetros hidrológicos. Se identificaron seis tipos diferentes de régimen natural: pluvial mediterráneo, nivo-pluvial, pluvial mediterréaneo con una fuerte componente del caudal base, pluvial oceánico, pluvio-nival oceánico y Mediterráneo. En el cuarto capítulo se realiza una regionalización a toda la cuenca del Ebro de los seis RNC encontrados en la cueca. Mediante parámetros climáticos y fisiográficos se extrapola la información del tipo de RNC a puntos donde no existen datos de caudal inalterado. El patrón geográfico de los tipos de régimen fluvial obtenido con la regionalización resultó ser coincidente con el patrón obtenido a través de la clasificación hidrológica. El quinto capítulo presenta la validación biológica de los procesos de clasificación anteriores: clasificación hidrológica y regionalización. La validación biológica de los tipos de regímenes fluviales es imprescindible, puesto que los diferentes tipos de régimen fluvial van a servir de unidades de gestión para favorecer el mantenimiento de los ecosistemas fluviales. Se encontraron diferencias significativas entre comunidades biológicas en cinco de los seis tipos de RNC encontrados en la cuenca. Finalmente, en el sexto capítulo se estudian las relaciones hidro-ecológicas existentes en tres de los seis tipos de régimen fluvial encontrados en la cuenca del Ebro. Mediante la construcción de curvas hidro-ecológicas a lo largo de un gradiente de alteración hidrológica, se pueden sugerir los límites de alteración hidrológica (ELOHAs) para garantizar el buen estado ecológico en cada uno de los tipos fluviales estudiados. Se establecieron ELOHAs en tres de los seis tipos de RNC de la cuenca del Ebro Esta tesis, además, pone en evidencia la falta de datos biológicos asociados a registros de caudal. Para llevar a cabo la implantación de un régimen de caudales ambientales en la cuenca, la ubicación de los puntos de muestreo biológico cercanos a estaciones de aforo es imprescindible para poder extraer relaciones causa-efecto de la gestión hidrológica sobre los ecosistemas dependientes. ABSTRACT In view of a growing freshwater demand because of population raising, improvement of economies and the potential effects of climate change, water resources management has become a challenge for present and future societies. Water policies in Spain have been focused from the 60’s on constructing hydraulic infrastructures, in order to dampen flow variability and granting water availability along the year. Consequently, natural flow regimes have been deeply altered and so the depending habitats and its ecosystems. However, an increasing acknowledgment of societies for preserving healthy freshwater ecosystems started in the 90’s and agreed that to maintain healthy freshwater ecosystems, it was necessary to set environmental flow regimes based on the natural flow variability. The Natural Flow Regime paradigm (Richter et al. 1996, Poff et al. 1997) bases on the hypothesis that freshwater ecosystems are made up by elements adapted to natural flow conditions, and any change on these conditions can provoke deep impacts on the whole system. Environmental flow regime concept consists in designing a flow regime that emulates natural flow characteristics, so that ecosystem structure, functions and services are maintained. ELOHA framework (Ecological Limits of Hydrological Alteration) aims to identify key features of the natural flow regime (NFR) that are needed to maintain and preserve healthy freshwater and riparian ecosystems. Moreover, ELOHA framework aims to quantify thresholds of alteration of these flow features according to ecological impacts. This thesis describes the application of the ELOHA framework in the Ebro River Basin. The Ebro River basin is the second largest basin in Spain and it is highly regulated for human demands. Only the Ebro headwaters tributaries still have completely unimpaired flow regime. The thesis has six chapters and the process is described step by step. The first chapter makes an introduction to the origin of the environmental flow concept and the necessity to come up. The second chapter shows a description of the study area. The third chapter develops a classification of NFRs in the basin based on natural flow data and using exclusively hydrological parameters. Six NFRs were found in the basin: continental Mediterranean-pluvial, nivo-pluvial, continental Mediterranean pluvial (with groundwater-dominated flow pattern), pluvio-oceanic, pluvio-nival-oceanic and Mediterranean. The fourth chapter develops a regionalization of the six NFR types across the basin by using climatic and physiographic variables. The geographical pattern obtained from the regionalization process was consistent with the pattern obtained with the hydrologic classification. The fifth chapter performs a biological validation of both classifications, obtained from the hydrologic classification and the posterior extrapolation. When the aim of flow classification is managing water resources according to ecosystem requirements, a validation based on biological data is compulsory. We found significant differences in reference macroinvertebrate communities between five over the six NFR types identified in the Ebro River basin. Finally, in the sixth chapter we explored the existence of significant and explicative flow alteration-ecological response relationships (FA-E curves) within NFR types in the Ebro River basin. The aim of these curves is to find out thresholds of hydrological alteration (ELOHAs), in order to preserve healthy freshwater ecosystem. We set ELOHA values in three NFR types identified in the Ebro River basin. During the development of this thesis, an inadequate biological monitoring in the Ebro River basin was identified. The design and establishment of appropriate monitoring arrangements is a critical final step in the assessment and implementation of environmental flows. Cause-effect relationships between hydrology and macroinvertebrate community condition are the principal data that sustain FA-E curves. Therefore, both data sites must be closely located, so that the effects of external factors are minimized. The scarce hydro-biological pairs of data available in the basin prevented us to apply the ELOHA method at all NFR types.

A proposal for a Business Framework targeted at emerging business services and applications

Un Service Business Framework consiste en una serie de componentes interrelacionados que permiten la gestión de servicios de negocio a través de su ciclo de vida, desde su creación, descubrimiento y comparación, hasta su monetización (incluyendo un posible reparto de beneficios). De esta manera, el denominado FIWARE Business Framework trata de permitir a los usuarios de la plataforma FIWARE mejorar sus productos con funcionalidades de búsqueda, describrimiento, comparación, monetización y reparto de beneficios. Para lograr este objetivo, el Business Framework de FIWARE proporciona la especificación abierta y las APIs de una serie de components (denominados \Generic Enablers" en terminología FIWARE), junto con una implementación de referencia de las mismas pueden ser facilmente integradas en los sitemas existentes para conseguir aplicaciones con valor a~nadido. Al comienzo de este trabajo de fin de master, el Business Framework de FIWARE no era lo suficientemente maduro como para cubrir los requisitos de sus usuarios, ya que ofrecía modelos demasiado generales y dejaba algunas funcionalidades clave para ser implementadas por los usuarios. Para solucionar estos problemas, el principal objectivo desarrollado en el contexto de este trabajo de fin de master ha consistido en mejorar y evolucionar el Business Framework de FIWARE para dar respuesta a las demandas de sus usuarios. Para alcanzar el pricipal objetivo propuesto, el Business Framework de FIWARE ha sido evaluado usando la información proporcionada por los usuarios de la plataforma, principalmente PyMEs y start-ups que usan este framework en sus soluciones, con el objetivo de obtener una lista de requisitos y de dise~nar a partir de éstos un roadmap de evolución a 6 meses. Después, los diferentes problemas identificados se han tratado uno por uno dando en cada caso una solución capaz de cubrir los requisitos de los usuarios. Finalmente, se han evaluado los resultados obtenidos en el proyecto integrando el Business Framework desarrollado con un sistema existente para la gestión de datos de consusmo energético, construyendo lo que se ha denominado Mercado de Datos de Consumo Energético. Esto además ha permitido demostrar la utilidad del framework propuesto para evolucionar una plataforma de datos abiertos bien conocida como es CKAN a un verdadero mercado de datos.---ABSTRACT---Service Business Frameworks consist on a number of interrelated components that support the management of business services across their whole lifecycle, from their creation, publication, discovery and comparison, to their monetization (possibly including revenue settlement and sharing). In this regard, the FIWARE Business Framework aims at allowing FIWARE users to enhance their solutions with search, discovery, comparison, monetization and revenue settlement and sharing features. To achieve this objective, the FIWARE Business Framework provides the open specification and APIs of a comprehensive set of components (called Generic Enablers in FIWARE terminology), along with a reference implementation of these APIs,, that can be easily integrated with existing systems in order to create value added applications. At the beginning of the current Master's Thesis, the FIWARE Business Framework was not mature enough to cover the requirements of the its users, since it provided too general models and leaved some key functionality to be implemented by those users. To deal with these issues, the main objective carried out in the context of this Master's Thesis have been enhancing and evolving the FIWARE Business Framework to accomplish with the demands of its users. For achieving the main objective of this Master's Thesis, the FWARE Business Framework has been evaluated using the feedback provided by FIWARE users, mainly SMEs and start-ups, actually using the framework in their solutions, in order to determine a list of requirements and to design a roadmap for the evolution and improvement of the existing framework in the next 6 months. Then, the diferent issues detected have been tackle one by one enhancing them, and trying to give a solution able to cover users requirements. Finally, the results of the project have been evaluated by integrating the evolved FIWARE Business Framework with an existing system in charge of the management of energy consumption data, building what has been called the Energy Consumption Data Market. This has also allowed demonstrating the usefulness of the proposed business framework to evolve CKAN, a renowned open data platform, into an actual, fully- edged data market.

Propuesta de un marco conceptual para el análisis comparativo de las redes de distribución de dos supermercados online = Proposal of a conceptual framework for the comparative analysis of the distribution networks of two online supermarkets

In this article the network configuration for fulfillment and distribution of online orders of two British retailers is analyzed and compared. For this purpose, it is proposed a conceptual framework that consists of the key following aspects: network configuration, transportation management and location of demand. As a result is not obvious to determine the ideal centralization degree in each case. Finally, it is suggested the future development of an analytic tool that helps to choose the most appropriate model.

Implementing a term rewriting engine for the EasyCrypt framework

La sociedad depende hoy más que nunca de la tecnología, pero la inversión en seguridad es escasa y los sistemas informáticos siguen estando muy lejos de ser seguros. La criptografía es una de las piedras angulares de la seguridad en este ámbito, por lo que recientemente se ha dedicado una cantidad considerable de recursos al desarrollo de herramientas que ayuden en la evaluación y mejora de los algoritmos criptográficos. EasyCrypt es uno de estos sistemas, desarrollado recientemente en el Instituto IMDEA Software en respuesta a la creciente necesidad de disponer de herramientas fiables de verificación formal de criptografía. En este trabajo se abordará la implementación de una mejora en el reductor de términos de EasyCrypt, sustituyéndolo por una máquina abstracta simbólica. Para ello se estudiarán e implementarán previamente dos máquinas abstractas muy conocidas, la Máquina de Krivine y la ZAM, introduciendo variaciones sobre ellas y estudiando sus diferencias desde un punto de vista práctico.---ABSTRACT---Today, society depends more than ever on technology, but the investment in security is still scarce and using computer systems are still far from safe to use. Cryptography is one of the cornerstones of security, so there has been a considerable amount of effort devoted recently to the development of tools oriented to the evaluation and improvement of cryptographic algorithms. One of these tools is EasyCrypt, developed recently at IMDEA Software Institute in response to the increasing need of reliable formal verification tools for cryptography. This work will focus on the improvement of the EasyCrypt’s term rewriting system, replacing it with a symbolic abstract machine. In order to do that, we will previously study and implement two widely known abstract machines, the Krivine Machine and the ZAM, introducing some variations and studying their differences from a practical point of view.

Utilizing the Internet of Things to promote energy awareness and efficiency at discrete production processes: Practices and methodology

El actual contexto de fabricación, con incrementos en los precios de la energía, una creciente preocupación medioambiental y cambios continuos en los comportamientos de los consumidores, fomenta que los responsables prioricen la fabricación respetuosa con el medioambiente. El paradigma del Internet de las Cosas (IoT) promete incrementar la visibilidad y la atención prestada al consumo de energía gracias tanto a sensores como a medidores inteligentes en los niveles de máquina y de línea de producción. En consecuencia es posible y sencillo obtener datos de consumo de energía en tiempo real proveniente de los procesos de fabricación, pero además es posible analizarlos para incrementar su importancia en la toma de decisiones. Esta tesis pretende investigar cómo utilizar la adopción del Internet de las Cosas en el nivel de planta de producción, en procesos discretos, para incrementar la capacidad de uso de la información proveniente tanto de la energía como de la eficiencia energética. Para alcanzar este objetivo general, la investigación se ha dividido en cuatro sub-objetivos y la misma se ha desarrollado a lo largo de cuatro fases principales (en adelante estudios). El primer estudio de esta tesis, que se apoya sobre una revisión bibliográfica comprehensiva y sobre las aportaciones de expertos, define prácticas de gestión de la producción que son energéticamente eficientes y que se apoyan de un modo preeminente en la tecnología IoT. Este primer estudio también detalla los beneficios esperables al adoptar estas prácticas de gestión. Además, propugna un marco de referencia para permitir la integración de los datos que sobre el consumo energético se obtienen en el marco de las plataformas y sistemas de información de la compañía. Esto se lleva a cabo con el objetivo último de remarcar cómo estos datos pueden ser utilizados para apalancar decisiones en los niveles de procesos tanto tácticos como operativos. Segundo, considerando los precios de la energía como variables en el mercado intradiario y la disponibilidad de información detallada sobre el estado de las máquinas desde el punto de vista de consumo energético, el segundo estudio propone un modelo matemático para minimizar los costes del consumo de energía para la programación de asignaciones de una única máquina que deba atender a varios procesos de producción. Este modelo permite la toma de decisiones en el nivel de máquina para determinar los instantes de lanzamiento de cada trabajo de producción, los tiempos muertos, cuándo la máquina debe ser puesta en un estado de apagada, el momento adecuado para rearrancar, y para pararse, etc. Así, este modelo habilita al responsable de producción de implementar el esquema de producción menos costoso para cada turno de producción. En el tercer estudio esta investigación proporciona una metodología para ayudar a los responsables a implementar IoT en el nivel de los sistemas productivos. Se incluye un análisis del estado en que se encuentran los sistemas de gestión de energía y de producción en la factoría, así como también se proporcionan recomendaciones sobre procedimientos para implementar IoT para capturar y analizar los datos de consumo. Esta metodología ha sido validada en un estudio piloto, donde algunos indicadores clave de rendimiento (KPIs) han sido empleados para determinar la eficiencia energética. En el cuarto estudio el objetivo es introducir una vía para obtener visibilidad y relevancia a diferentes niveles de la energía consumida en los procesos de producción. El método propuesto permite que las factorías con procesos de producción discretos puedan determinar la energía consumida, el CO2 emitido o el coste de la energía consumida ya sea en cualquiera de los niveles: operación, producto o la orden de fabricación completa, siempre considerando las diferentes fuentes de energía y las fluctuaciones en los precios de la misma. Los resultados muestran que decisiones y prácticas de gestión para conseguir sistemas de producción energéticamente eficientes son posibles en virtud del Internet de las Cosas. También, con los resultados de esta tesis los responsables de la gestión energética en las compañías pueden plantearse una aproximación a la utilización del IoT desde un punto de vista de la obtención de beneficios, abordando aquellas prácticas de gestión energética que se encuentran más próximas al nivel de madurez de la factoría, a sus objetivos, al tipo de producción que desarrolla, etc. Así mismo esta tesis muestra que es posible obtener reducciones significativas de coste simplemente evitando los períodos de pico diario en el precio de la misma. Además la tesis permite identificar cómo el nivel de monitorización del consumo energético (es decir al nivel de máquina), el intervalo temporal, y el nivel del análisis de los datos son factores determinantes a la hora de localizar oportunidades para mejorar la eficiencia energética. Adicionalmente, la integración de datos de consumo energético en tiempo real con datos de producción (cuando existen altos niveles de estandarización en los procesos productivos y sus datos) es esencial para permitir que las factorías detallen la energía efectivamente consumida, su coste y CO2 emitido durante la producción de un producto o componente. Esto permite obtener una valiosa información a los gestores en el nivel decisor de la factoría así como a los consumidores y reguladores. ABSTRACT In today‘s manufacturing scenario, rising energy prices, increasing ecological awareness, and changing consumer behaviors are driving decision makers to prioritize green manufacturing. The Internet of Things (IoT) paradigm promises to increase the visibility and awareness of energy consumption, thanks to smart sensors and smart meters at the machine and production line level. Consequently, real-time energy consumption data from the manufacturing processes can be easily collected and then analyzed, to improve energy-aware decision-making. This thesis aims to investigate how to utilize the adoption of the Internet of Things at shop floor level to increase energy–awareness and the energy efficiency of discrete production processes. In order to achieve the main research goal, the research is divided into four sub-objectives, and is accomplished during four main phases (i.e., studies). In the first study, by relying on a comprehensive literature review and on experts‘ insights, the thesis defines energy-efficient production management practices that are enhanced and enabled by IoT technology. The first study also explains the benefits that can be obtained by adopting such management practices. Furthermore, it presents a framework to support the integration of gathered energy data into a company‘s information technology tools and platforms, which is done with the ultimate goal of highlighting how operational and tactical decision-making processes could leverage such data in order to improve energy efficiency. Considering the variable energy prices in one day, along with the availability of detailed machine status energy data, the second study proposes a mathematical model to minimize energy consumption costs for single machine production scheduling during production processes. This model works by making decisions at the machine level to determine the launch times for job processing, idle time, when the machine must be shut down, ―turning on‖ time, and ―turning off‖ time. This model enables the operations manager to implement the least expensive production schedule during a production shift. In the third study, the research provides a methodology to help managers implement the IoT at the production system level; it includes an analysis of current energy management and production systems at the factory, and recommends procedures for implementing the IoT to collect and analyze energy data. The methodology has been validated by a pilot study, where energy KPIs have been used to evaluate energy efficiency. In the fourth study, the goal is to introduce a way to achieve multi-level awareness of the energy consumed during production processes. The proposed method enables discrete factories to specify energy consumption, CO2 emissions, and the cost of the energy consumed at operation, production and order levels, while considering energy sources and fluctuations in energy prices. The results show that energy-efficient production management practices and decisions can be enhanced and enabled by the IoT. With the outcomes of the thesis, energy managers can approach the IoT adoption in a benefit-driven way, by addressing energy management practices that are close to the maturity level of the factory, target, production type, etc. The thesis also shows that significant reductions in energy costs can be achieved by avoiding high-energy price periods in a day. Furthermore, the thesis determines the level of monitoring energy consumption (i.e., machine level), the interval time, and the level of energy data analysis, which are all important factors involved in finding opportunities to improve energy efficiency. Eventually, integrating real-time energy data with production data (when there are high levels of production process standardization data) is essential to enable factories to specify the amount and cost of energy consumed, as well as the CO2 emitted while producing a product, providing valuable information to decision makers at the factory level as well as to consumers and regulators.

Real-Time Adaptive Multi-Classifier Multi-Resolution Visual Tracking Framework for Unmanned Aerial Vehicles

This paper presents a novel robust visual tracking framework, based on discriminative method, for Unmanned Aerial Vehicles (UAVs) to track an arbitrary 2D/3D target at real-time frame rates, that is called the Adaptive Multi-Classifier Multi-Resolution (AMCMR) framework. In this framework, adaptive Multiple Classifiers (MC) are updated in the (k-1)th frame-based Multiple Resolutions (MR) structure with compressed positive and negative samples, and then applied them in the kth frame-based Multiple Resolutions (MR) structure to detect the current target. The sample importance has been integrated into this framework to improve the tracking stability and accuracy. The performance of this framework was evaluated with the Ground Truth (GT) in different types of public image databases and real flight-based aerial image datasets firstly, then the framework has been applied in the UAV to inspect the Offshore Floating Platform (OFP). The evaluation and application results show that this framework is more robust, efficient and accurate against the existing state-of-art trackers, overcoming the problems generated by the challenging situations such as obvious appearance change, variant illumination, partial/full target occlusion, blur motion, rapid pose variation and onboard mechanical vibration, among others. To our best knowledge, this is the first work to present this framework for solving the online learning and tracking freewill 2D/3D target problems, and applied it in the UAVs.

A framework for implementing outsourcing schemes

En esta tesis se aborda el problema de la externalización segura de servicios de datos y computación. El escenario de interés es aquel en el que el usuario posee datos y quiere subcontratar un servidor en la nube (“Cloud”). Además, el usuario puede querer también delegar el cálculo de un subconjunto de sus datos al servidor. Se presentan dos aspectos de seguridad relacionados con este escenario, en concreto, la integridad y la privacidad y se analizan las posibles soluciones a dichas cuestiones, aprovechando herramientas criptográficas avanzadas, como el Autentificador de Mensajes Homomórfico (“Homomorphic Message Authenticators”) y el Cifrado Totalmente Homomórfico (“Fully Homomorphic Encryption”). La contribución de este trabajo es tanto teórica como práctica. Desde el punto de vista de la contribución teórica, se define un nuevo esquema de externalización (en lo siguiente, denominado con su término inglés Outsourcing), usando como punto de partida los artículos de [3] y [12], con el objetivo de realizar un modelo muy genérico y flexible que podría emplearse para representar varios esquemas de ”outsourcing” seguro. Dicho modelo puede utilizarse para representar esquemas de “outsourcing” seguro proporcionando únicamente integridad, únicamente privacidad o, curiosamente, integridad con privacidad. Utilizando este nuevo modelo también se redefine un esquema altamente eficiente, construido en [12] y que se ha denominado Outsourcinglin. Este esquema permite calcular polinomios multivariados de grado 1 sobre el anillo Z2k . Desde el punto de vista de la contribución práctica, se ha construido una infraestructura marco (“Framework”) para aplicar el esquema de “outsourcing”. Seguidamente, se ha testado dicho “Framework” con varias implementaciones, en concreto la implementación del criptosistema Joye-Libert ([18]) y la implementación del esquema propio Outsourcinglin. En el contexto de este trabajo práctico, la tesis también ha dado lugar a algunas contribuciones innovadoras: el diseño y la implementación de un nuevo algoritmo de descifrado para el esquema de cifrado Joye-Libert, en colaboración con Darío Fiore. Presenta un mejor comportamiento frente a los algoritmos propuestos por los autores de [18];la implementación de la función eficiente pseudo-aleatoria de forma amortizada cerrada (“amortized-closed-form efficient pseudorandom function”) de [12]. Esta función no se había implementado con anterioridad y no supone un problema trivial, por lo que este trabajo puede llegar a ser útil en otros contextos. Finalmente se han usado las implementaciones durante varias pruebas para medir tiempos de ejecución de los principales algoritmos.---ABSTRACT---In this thesis we tackle the problem of secure outsourcing of data and computation. The scenario we are interested in is that in which a user owns some data and wants to “outsource” it to a Cloud server. Furthermore, the user may want also to delegate the computation over a subset of its data to the server. We present the security issues related to this scenario, namely integrity and privacy and we analyse some possible solutions to these two issues, exploiting advanced cryptographic tools, such as Homomorphic Message Authenticators and Fully Homomorphic Encryption. Our contribution is both theoretical and practical. Considering our theoretical contribution, using as starting points the articles of [3] and [12], we introduce a new cryptographic primitive, called Outsourcing with the aim of realizing a very generic and flexible model that might be employed to represent several secure outsourcing schemes. Such model can be used to represent secure outsourcing schemes that provide only integrity, only privacy or, interestingly, integrity with privacy. Using our new model we also re-define an highly efficient scheme constructed in [12], that we called Outsourcinglin and that is a scheme for computing multi-variate polynomials of degree 1 over the ring Z2k. Considering our practical contribution, we build a Framework to implement the Outsourcing scheme. Then, we test such Framework to realize several implementations, specifically the implementation of the Joye-Libert cryptosystem ([18]) and the implementation of our Outsourcinglin scheme. In the context of this practical work, the thesis also led to some novel contributions: the design and the implementation, in collaboration with Dario Fiore, of a new decryption algorithm for the Joye-Libert encryption scheme, that performs better than the algorithms proposed by the authors in [18]; the implementation of the amortized-closed-form efficient pseudorandom function of [12]. There was no prior implementation of this function and it represented a non trivial work, which can become useful in other contexts. Finally we test the implementations to execute several experiments for measuring the timing performances of the main algorithms.

A framework for adaptive e-learning for continuum mechanics and structural analysis

This paper presents a project for providing the students of Structural Engineering with the flexibility to learn outside classroom schedules. The goal is a framework for adaptive E-learning based on a repository of open educational courseware with a set of basic Structural Engineering concepts and fundamentals. These are paramount for students to expand their technical knowledge and skills in structural analysis and design of tall buildings, arch-type structures as well as bridges. Thus, concepts related to structural behaviour such as linearity, compatibility, stiffness and influence lines have traditionally been elusive for students. The objective is to facilitate the student a teachinglearning process to acquire the necessary intuitive knowledge, cognitive skills and the basis for further technological modules and professional development in this area. As a side effect, the system is expected to help the students improve their preparation for exams on the subject. In this project, a web-based open-source system for studying influence lines on continuous beams is presented. It encompasses a collection of interactive user-friendly applications accessible via Web, written in JavaScript under JQuery and Dygraph Libraries, taking advantage of their efficiency and graphic capabilities. It is performed in both Spanish and English languages. The student is enabled to set the geometric, topologic, boundary and mechanic layout of a continuous beam. While changing the loading and the support conditions, the changes in the beam response prompt on the screen, so that the effects of the several issues involved in structural analysis become apparent. This open interaction with the user allows the student to simulate and virtually infer the structural response. Different levels of complexity can be handled, whereas an ongoing help is at hand for any of them. Students can freely boost their experiential learning on this subject at their own pace, in order to further share, process, generalize and apply the relevant essential concepts of Structural Engineering analysis. Besides, this collection is being added to the "Virtual Lab of Continuum Mechanics" of the UPM, launched in 2013 (http://serviciosgate.upm.es/laboratoriosvirtuales/laboratorios/medios-continuos-en-construcci%C3%B3n)