Palinostratigrafia e isótopos estáveis do Jurássico da Bacia Algarvia e da Carrapateira

A biostratigrafia de dinoflagelados, do Jurássico da Bacia Algarvia e do Afloramento Mesozoico da Carrapateira, foi efetuada com base no estudo palinológico de 482 amostras, provenientes de quinze sucessões margo-calcárias da sub-bacia ocidental, sub-bacia oriental e de duas sondagens offshore da Bacia Algarvia, e da Baía das Três Angras no Afloramento Mesozoico da Carrapateira. As amostras recolhidas do Jurássico Inferior revelaram-se pobres em palinomorfos devido, principalmente, à natureza dolomítica destas sucessões carbonatadas. Os resíduos orgânicos das amostras pertencentes ao Jurássico Médio e Superior são, geralmente, abundantes e possuem palinomorfos bem preservados. Foram identificadas 57 espécies de quistos de dinoflagelados, 5 espécies de esporos, 9 espécies de pólenes, 1 género de acritarcas e 1 género de algas. Os novos dados palinostratigráficos, com base em quistos de dinoflagelados, são consistentes com as Cronozonas de amonites descritas para estas sucessões. As palinofloras de dinoflagelados revelam afinidades com a província do Tétis. Na Bacia Algarvia não foi registada a presença das principais formas marcadoras das biozonas do NW da Europa e as associações recuperadas revelaram-se significativamente menos diversas do que associações contemporâneas conhecidas noutros locais. Este facto estará relacionado com fatores paleogeográficos e com as condições restritas que prevaleceram na Bacia Algarvia durante o Jurássico. A partir da análise de palinofácies verificou-se a existência de uma grande similaridade entre os ambientes deposicionais em todas as sucessões analisadas, verificando-se a existência de uma variação entre ambientes de plataforma proximal a intermédia, sempre com forte influência continental. Os perfis quimiostratigráficos,de δ13C e δ18O, obtidos da análise de rocha total, das sucessões carbonatadas do Bajociano superior - Kimmeridgiano inferior, mostram uma tendência geral semelhante às curvas δ13C e δ18O globais para este intervalo, no domínio tetisiano. Excursões negativas de δ13C foram observadas em Benaçoitão e na Baía das Três Angras. No entanto, estes terão sido eventos locais, que não têm relação com a curva global δ13C, tendo sido interpretados como o resultado da entrada de grande quantidade de 12C para a bacia, cuja origem pode estar associada à degradação e oxidação da matéria orgânica e/ou meteorização das áreas continentais em consequência de variações do nível do mar.

Caracterização dos ambientes intermareais nos deltas de enchente das barras da Ria Formosa recorrendo à aplicação de SIGS. Análise geomorfológica, sedimentar e hidrodinâmica

Um delta de enchente de uma barra pode-se definir como sendo um banco arenoso que resulta da acumulação de sedimentos marinhos imediatamente a montante da barra por processos hidrodinâmicos essencialmente controlados pela maré e pela fisiografia do sistema. Este trabalho teve como principal objetivo fazer uma caracterização dos vários ambientes intermareais nos seis deltas de enchente da Ria Formosa. Para esta caracterização recorreu-se a levantamentos batimétricos efetuados por um ROV, à identificação e caracterização in situ de vários ambientes intermareais, e por fim, a ferramentas SIG. Das principais conclusões deste trabalho realçam-se a caracterização dos deltas de enchente pela presença de megadunas de enchente, áreas de dunas, ripples e estrias de enchente, áreas de dunas de enchente parcialmente erodidas por dunas de vazante e por frentes de progradação de enchente. Realça-se também, que nos ambientes intermareais em estudo, associados às barras de São Luís e de Tavira, constataram-se taxas médias mensais de erosão da ordem dos 7206 m3/mês e dos 291 m3/mês, enquanto na Barra de Faro-Olhão, verificou-se uma tendência inversa, com uma taxa média mensal de sedimentação na ordem dos 57,7 m3/mês.

Produção integrada em tanques de terra: "estudo comparativo da produção integrada de cinco espécies de Sparideos em sistema de policultivo simples e em sistema integrado com ostras e holotúrias" e "abordagem teórica de um estudo económico para IMTA"

O presente trabalho teve como objetivo avaliar a produção de peixes em dois diferentes sistemas de cultivo, policultivo e aquacultura multi-trófica integrada, tomando como referência o crescimento das espécies, o estudo patológico das brânquias e análise de conteúdo estomacal das espécies envolvidas no ensaio (Sparus aurata, Diplodus cervinus, D. puntazzo, D. sargus e D. vulgaris), e por fim foi feita uma abordagem teórica para identificar os custos envolvidos no sistema. Para realização do ensaio foram usados seis tanques, sendo dois tratamentos, em regime triplicado. Os resultados indicam uma boa adaptação dos peixes em ambos os sistemas. A biomassa inicial foi de 0,12 Kg.mˉ3, sendo formada por: 12% Sparus aurata (119,5g), 33% Diplodus puntazzo (134,7g), 45% D. sargus (90,3g), 3% D. cervinus (37,6g) e 7% D. vulgaris (93,1g) e em três tanques também com 42 Kg de Holoturia tubulosa, pepinos do mar, e 75 Kg de Crassostrea angulata, ostras. D. cervinus, D. vulgaris e D. sargus apresentaram baixa taxa de crescimento, ≤ 0,7g/dia, ambas as espécies, e Diplodus cervinus apresentou baixa taxa de sobrevivência em ambos os sistemas (57,8% poli cultivo e 73,3% IMTA). Diplodus puntazzo foi a espécie que melhor se adaptou ao sistema de policultivo simples. Sparus aurata foi a espécie que apresentou melhor taxa de crescimento e melhor taxa de sobrevivência nos dois sistemas. Os conteúdos alimentares apresentaram semelhança entre Diplodus cervinus, D. vulgaris e Sparus aurata, semelhantes também foram os itens alimentares identificados em D. sargus e D. puntazzo, entretanto a preferência alimentar das últimas espécies citadas são opostas as das três primeiras. S. aurata e D. puntazzo que apresentaram maior peso médio foram preferencialmente infestadas por Lamellodiscus spp.. Nas espécies com pesos médios inferiores, como D. cervinus, D. sargus e D. vulgaris foram maiores as infestações por Microcotyle spp.

Calibração de um modelo hidrológico SWAT para a bacia hidrográfica da Ribeira de Quarteira

O Algarve é uma região que apresenta algumas particularidades no que toca às necessidades hídricas e respetiva disponibilidade. O consumo de água é relativamente elevado e as necessidades hídricas são mais elevadas nos meses de Verão quando a precipitação é escassa. Deste modo é de grande importância a realização de uma boa gestão dos recursos hídricos de modo a garantir a sustentabilidade dos recursos naturais. Neste âmbito surge a aplicação de softwares de modelação hidrológica que permitem realizar prognósticos simulando as condições a que o meio está sujeito. Na presente dissertação pretende-se aplicar o modelo SWAT para modelar as condições atuais registadas na bacia hidrográfica da Ribeira de Quarteira. Pretende-se também realizar a modelação de cenários de alterações climáticas previstas para dois períodos futuros: 2020-2050 e 2069-2099. A construção do modelo foi realizada em ArcSWAT, a análise de outputs foi feita em SWAT_Check e para a calibração e validação do modelo utilizou-se o software SWAT-CUP4. Os resultados obtidos na calibração e validação são relativamente satisfatórios tendo em conta a fraca qualidade e quantidade dos dados de entrada disponíveis e considerando-se o meio geológico cársico onde se pretendeu realizar a modelação. Os cenários simulados tiveram como base dois modelos climáticos realizados no âmbito do projeto CLIMWAT (ICTP-REGCM3 e CNRM-RM5.1). Os resultados de ambos modelos apontam para um aumento de temperatura e diminuição generalizada de precipitação que têm como consequência um aumento significativo de evapotranspiração real e uma diminuição muito grande de recarga profunda e do caudal instantâneo. Um dos modelos aponta para, no período 2020-2050, um aumento de eventos extremos (secas e cheias). Estas previsões vêm reforçar a grande necessidade de uma boa gestão dos recursos hídricos.

Estrutura de comunidades de peixes, amostradas por SVSI - sistema de vídeo subaquático iscado, na Costa Sul de Portugal

Desenvolveu-se um Sistema de Vídeo Submerso Iscado (SVSI) viavelmente adaptado para caracterizar comunidades de peixes do substrato rochoso subtidal (forma não-destrutiva e não-invasiva), entre 5 e 50 metros, na costa sul de Portugal (Algarve). Entre Junho e Julho de 2013, amostraram-se 15 pontos na zona Greta (Praia de Faro), divididos em 3 Amostragens (A1, A2, A3) com isco sardinha, mexilhão e sem isco. Captaram-se foto-sequências de intervalo 1 segundo durante 60 minutos e as imagens resultantes processadas qualitativa e quantitativamente para obtenção de resultados. Registaram-se 32 espécies no total. Os tempos de entrada do 1º indivíduo de cada espécie permitiram aferir 30 minutos máximos de filmagem SVSIs para resultados viáveis, enquanto abundâncias por número de indivíduos comprovaram o isco sardinha como mais eficaz e com maior poder atrativo (do que mexilhão). As espécies Coris julis, Diplodus vulgaris, Diplodus cervinus, Diplodus sargus e Serranus cabrilla foram as mais interventivas no estudo, cujo intervalo de tempo entre contagens se adequou em 30 segundos. O estudo de índices de abundâncias e Nmax mostraram não existirem diferenças entre as comunidades ictiológicas de cada tipo de iscagem, contudo existem diferenças dentro da comunidade geral em si do substrato rochoso. A análise alimentar pelo menor tempo de 1ª alimentação indicou Coris julis, Diplodus vulgaris, Serranus cabrilla e Octopus vulgaris como as espécies mais rápidas a morder os iscos. No geral, 69% das espécies preferiram isco sardinha. Comportamentos como a passagem esporádica, territorialidade e interações com a câmara foram as ações dominantes na análise comportamental. Esta técnica e respetiva metodologia foram o primeiro estudo do género nesta região, que de forma simples, se mostrou uma boa ferramenta metodológica para estudos marinhos sobre comunidades, suas preferências alimentares, abundâncias e tempos de reação, aconselhando-se o seu desenvolvimento tecnológico e melhoramento metodológico analítico dos resultados no futuro.

Spatial variability of macroinvertebrate assemblages and the influence of hydrological and environmental variables along the Sigi River, Tanzania-East Africa

The study of investigating the spatial and temporal variability of macroinvertebrate and their relation to hydrology, hydraulic and environmental factors was done along the Sigi River during two sampling periods in the dry (March) and wet (May) periods of 2012. The river was demarcated based on slope ranges and five river zones were identified as mountains streams (MS), upper foothills (UF), lower foothills (LF), rejuvenated foothills (REJ) and mature lower river (MR). Samples of macroinvertebrate were collected from the five river zones and measurements of hydrological (discharge), hydraulics (Depth, velocity and Froude number) and Environmental (pH, Temperature, substrate, conductivity) parameters were done in each zone. In characterizing the macroinvertebrate assemblages along the Sigi River diversity indices (number of taxa, total abundances, Margalef richness index and ShannonWiener index) were calculated and the most representative species for the spatial and temporal variation were identified. Melanoides and Afronurous showed differences in abundance in two samplings periods while Cleopatra, Potamonautes, Ephemerythus, Neoperla, Caenis, Ceratogomphus and Cheumatopsyche showed significant difference among the river zones. Spearman rank correlation and Distance Linear Model (DistLM) used to revealed physical factors governing the macroinvertebrate assemblages distribution. The study demonstrated that the variation of physical factors like discharge, temperature, conductivity and pH have an important role in the spatial distribution of macroinvertebrate assemblages along the river and the life cycle of macroinvertebrate (Afronurus) is important in determining the temporal variability.

The effect of conservation measures on the spatial and temporal variation of rocky fish assemblages in the Arrábida Marine Park

Marine protected areas (MPAs) have been widely proposed for conservation purposes and as a tool for fisheries management. The Arrábida Marine Park is the first MPA in continental Portugal having a management plan, fully implemented since 2009. The main objective of this study was to evaluate the effect of protection measures on rocky reef fish assemblages and target invertebrates through before-after and control-effect (no-take vs. fished areas) underwater visual surveys and analysis of landings trends. Second, we used surveys before, during and after implementation of the management plan to understand fishers‟ preferences for fishing grounds and adaptation to the new rules, and evaluated the reserve effect through analysis of both ecological responses and fishing effort density. Third, we identified the main oceanographic drivers influencing the structure of reef fish assemblages and predicted the community structure for the last 50 years, in light of climatic change. Overall results suggest positive responses in biomass but not yet in numbers of some commercial species, with no effects on non-target species. The reserve effect is reinforced by the increase in landings of commercial species, despite increased fishing effort density in some areas, especially with octopus traps. Fishing grounds are mainly chosen based on the distribution of target species and associated habitats, but distance to port, weather conditions and safety also influence fishers‟ choices. Moreover, different fisheries respond differently to the protection measures, and within each fishery, individual fishers show distinct strategies, with some operating in a broader area whereas others keep preferred territories. Our results also show that wind stress and temperature are the main oceanographic drivers for rocky reef fish assemblages, with tropicalization of assemblages and polewards movements of species over the last 50 years consistent with temperature trends. We believe this study provides significant lessons for marine conservation and management of coastal systems.

On the solvation in lipid bilayers measured by pyrene fluorescence: thermal and molecular composition influence on equivalent polarity in lipidic mixtures

Phosphatidylcholine (PC), sphingomyelin (SM) and cholesterol (CHOL) are major constituents of mammalian cell membranes. DPPC/CHOL and DPPC/DMPC are well-known binary mixtures. POPC/CHOL, DOPC/CHOL, egg-SM/CHOL, egg-SM/POPC and egg-SM/DOPC are less studied, but also important for the comprehension of the POPC/egg-SM/CHOL mixtures. These provide complex media for which polarity is hard to access. It is mainly determined by the water penetrating the bilayer (unevenly distributed creating a polarity gradient), though the influence of the dipoles from phospholipids (e.g. –PO, –CO, –OH) and the double bond in the steroid ring of CHOL cannot be neglected. CHOL derivatives are an interesting tool to verify the influence of the double bonds in the polarization of its surroundings. Pyrene fluorescence was used to access an equivalent polarity (associated to the dielectric constant) near the lipid/water interface of lipid bilayers. POPC/CHOL and DOPC/CHOL have similar thermal behavior and variation with CHOL content, though for lower CHOL content the equivalent polarity is higher for the DOPC/CHOL mixtures. The studies with DPPC and DMPC showed that pyrene does not seem to have a marked preference for either ordered or disordered phases. For DPPC/CHOL and egg-SM/CHOL the highlight goes to the behavior of the mixtures at higher CHOL amounts, where there is a substantial change in the thermal behavior and polarity values especially for the egg-SM/CHOL mixture. Egg-SM/POPC and egg-SM/DOPC show different behavior depending on which phospholipid has a higher molar proportion. The ternary mixtures analyzed do not exhibit significant differences, though there is the indication of the existence of a more ordered environment at lower temperatures and a less ordered environment for higher temperatures. The presence of 7DHC or DCHOL in egg-SM bilayers showed a tendency for the same behavior detected upon mixing higher amounts of CHOL.

Marine foundation species shifting ranges and genetic baselines

This thesis revealed the most importance factors shaping the distribution, abundance and genetic diversity of four marine foundation species. Environmental conditions, particularly sea temperatures, nutrient availability and ocean waves, played a primary role in shaping the spatial distribution and abundance of populations, acting on scales varying from tens of meters to hundreds of kilometres. Furthermore, the use of Species Distribution Models (SDMs) with biological records of occurrence and high-resolution oceanographic data, allowed predicting species distributions across time. This approach highlighted the role of climate change, particularly when extreme temperatures prevailed during glacial and interglacial periods. These results, when combined with mtDNA and microsatellite genetic variation of populations allowed inferring for the influence of past range dynamics in the genetic diversity and structure of populations. For instance, the Last Glacial Maximum produced important shifts in species ranges, leaving obvious signatures of higher genetic diversities in regions where populations persisted (i.e., refugia). However, it was found that a species’ genetic pool is shaped by regions of persistence, adjacent to others experiencing expansions and contractions. Contradicting expectations, refugia seem to play a minor role on the re(colonization) process of previously eroded populations. In addition, the available habitat area for expanding populations and the inherent mechanisms of species dispersal in occupying available habitats were also found to be fundamental in shaping the distributions of genetic diversity. However, results suggest that the high levels of genetic diversity in some populations do not rule out that they may have experienced strong genetic erosion in the past, a process here named shifting genetic baselines. Furthermore, this thesis predicted an ongoing retraction at the rear edges and extinctions of unique genetic lineages, which will impoverish the global gene pool, strongly shifting the genetic baselines in the future.

Differential regulation of hippocampal neurogenesis by nitric oxide following seizures

The fact that the adult brain is able to produce new neurons or glial cells from neural stem cells (NSC) became one of the most interesting and challenging fields of research in neuroscience. Endogenous adult neurogenesis occurs in two main regions of the brain: the subventricular zone (SVZ) of the lateral ventricles and the subgranular zone (SGZ) in the dentate gyrus. Brain injury may be accompanied by increased neurogenesis, although neuroinflammation promotes the activation of microglial cells that can be detrimental to the neurogenic process. Nitric oxide (NO) is one of the factors released by microglia that can be proneurogenic. The mechanism by which NO promotes the proliferation of NSCs has been intensively studied. However, little is known about the role of NO in migration, survival and differentiation of the newborn cells. The aim of this work was to investigate the role of NO from inflammatory origin in proliferation, migration, differentiation and survival of NSCs from the dentate gyrus in a mouse model of status epilepticus. We also assessed neuroinflammation in the same injury model. Our work showed that NO increased proliferation of the early-born cells after seizures, but is detrimental for their survival. NO also increased migration of neuroblasts. Moreover, NO was important to maintain long-term neuroinflammation. Taken together, these results show that NO may be a good target to promote proliferation and migration of NSCs following seizures, but compromises survival of early-born cells.

Molecular characterization of Gla-rich protein (GRP) gene expression and function

Gla-rich protein (GRP) is a vitamin K-dependent protein related to bone and cartilage recently described. This protein is characterized by a large number of Gla (γ-carboxyglutamic acid) residues being the protein with the highest Gla content of any known protein. It was found in a widely variety of tissues but highest levels was found in skeletal and cartilaginous tissues. This small secreted protein was also expressed and accumulated in soft tissues and it was clearly associated with calcification pathologies in the same tissues. Although the biological importance of GRP remains to be elucidated, it was suggested a physiological role in cartilage development and calcification process during vertebrate skeleton formation. Using zebrafish, an accepted model to study skeletal development, we have described two grp paralog genes, grp1 and grp2, which exhibited distinct patterns of expression, suggesting different regulatory pathways for each gene. Gene synteny analysis showed that grp2 gene is more closely related to tetrapod grp, although grp1 gene was proposed to be the vertebrate ortholog by sequence comparison. In addition, we identified a functional promoter of grp2 gene and using a functional approach we confirmed the involvement of transcription factors from Sox family (Sox9b and Sox10) in the regulation of grp2 expression. In an effort to provide more information about the function of grp isoforms, we generated two zebrafish transgenic lines capable to overexpress conditionally grp genes and possible roles in the skeleton development were studied. To better understand GRP function a mammalian system was used and the analysis of knockout mice showed that GRP is involved in chondrocyte maturation and the absence of GRP is associated to proteoglycans loss in calcified articular cartilage. In addition, we detected differences in chondrogenesis markers in articular chondrocyte primary culture. Overall, our data suggest a main role for GRP on chondrocyte differentiation.

Molecular structure and functional analysis of runx3 in zebrafish

Tese de doutoramento, Ciências Biomédicas, Universidade do Algarve, Departamento de Ciências Biomédicas e Medicina, 2014

Predicting intention to work with social robots

The growing number of robotic solutions geared to interact socially with humans, social robots, urge the study of the factors that will facilitate or hinder future human robot collaboration. Hence the research question: what are the factors that predict intention to work with a social robot in the near future. To answer this question the following socio-cognitive models were studied, the theory of reasoned action, the theory of planned behavior and the model of goal directed behavior. These models purport that all the other variables will only have an indirect effect on behavior. That is, through the variables of the model. Based on the research on robotics and social perception/ cognition, social robot appearance, belief in human nature uniqueness, perceived warmth, perceived competence, anthropomorphism, negative attitude towards robots with human traits and negative attitudes towards interactions with robots were studied for their effects on attitude towards working with a social robot, perceived behavioral control, positive anticipated emotions and negative anticipated emotions. Study 1 identified the social representation of robot. Studies 2 to 5 investigated the psychometric properties of the Portuguese version of the negative attitude towards robots scale. Study 6 investigated the psychometric properties of the belief in human nature uniqueness scale. Study 7 tested the theory of reasoned action and the theory of planned behavior. Study 8 tested the model of goal directed behavior. Studies 7 and 8 also tested the role of the external variables. Study 9 tested and compared the predictive power of the three socio-cognitive models. Finally conclusion are drawn from the research results, and future research suggestions are offered.

Estudo de alguns aspectos da biologia reprodutiva da espécie Sepia officinallis (Linnaeus, 1758) na Ria Formosa

Dissertação de Mestrado, Recursos Biológicos do Mar, Unidade de Ciências e Tecnologias dos Recursos Aquáticos, Universidade do Algarve, 1998

Um modelo bioeconómico para a gestão sustentável das florestas mediterrâneas

Tese de doutoramento, Ciências Agrárias (Território e Ambiente), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2013