Analysing artefacts dependencies to evolving software systems

Les logiciels sont en constante évolution, nécessitant une maintenance et un développement continus. Ils subissent des changements tout au long de leur vie, que ce soit pendant l'ajout de nouvelles fonctionnalités ou la correction de bogues. Lorsque les logiciels évoluent, leurs architectures ont tendance à se dégrader et deviennent moins adaptables aux nouvelles spécifications des utilisateurs. En effet, les architectures de ces logiciels deviennent plus complexes et plus difficiles à maintenir à cause des nombreuses dépendances entre les artefacts. Par conséquent, les développeurs doivent comprendre les dépendances entre les artefacts des logiciels pour prendre des mesures proactives qui facilitent les futurs changements et ralentissent la dégradation des architectures des logiciels. D'une part, le maintien d'un logiciel sans la compréhension des les dépendances entre ses artefacts peut conduire à l'introduction de défauts. D'autre part, lorsque les développeurs manquent de connaissances sur l'impact de leurs activités de maintenance, ils peuvent introduire des défauts de conception, qui ont un impact négatif sur l'évolution du logiciel. Ainsi, les développeurs ont besoin de mécanismes pour comprendre comment le changement d'un artefact impacte le reste du logiciel. Dans cette thèse, nous proposons trois contributions principales : La spécification de deux nouveaux patrons de changement et leurs utilisations pour fournir aux développeurs des informations utiles concernant les dépendances de co-changement. La spécification de la relation entre les patrons d'évolutions des artefacts et les fautes. La découverte de la relation entre les dépendances des anti-patrons et la prédisposition des différentes composantes d'un logiciel aux fautes.

Molecular characterization of the contribution of autophagy to antigen presentation using quantitative proteomics

L’autophagie est une voie hautement conservée de dégradation lysosomale des constituants cellulaires qui est essentiel à l’homéostasie cellulaire et contribue à l’apprêtement et à la présentation des antigènes. Les rôles relativement récents de l'autophagie dans l'immunité innée et acquise sous-tendent de nouveaux paradigmes immunologiques pouvant faciliter le développement de nouvelles thérapies où la dérégulation de l’autophagie est associée à des maladies auto-immunes. Cependant, l'étude in vivo de la réponse autophagique est difficile en raison du nombre limité de méthodes d'analyse pouvant fournir une définition dynamique des protéines clés impliquées dans cette voie. En conséquence, nous avons développé un programme de recherche en protéomique intégrée afin d’identifier et de quantifier les proteines associées à l'autophagie et de déterminer les mécanismes moléculaires régissant les fonctions de l’autophagosome dans la présentation antigénique en utilisant une approche de biologie des systèmes. Pour étudier comment l'autophagie et la présentation antigénique sont activement régulés dans les macrophages, nous avons d'abord procédé à une étude protéomique à grande échelle sous différentes conditions connues pour stimuler l'autophagie, tels l’activation par les cytokines et l’infection virale. La cytokine tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha) est l'une des principales cytokines pro-inflammatoires qui intervient dans les réactions locales et systémiques afin de développer une réponse immune adaptative. La protéomique quantitative d'extraits membranaires de macrophages contrôles et stimulés avec le TNF-alpha a révélé que l'activation des macrophages a entrainé la dégradation de protéines mitochondriales et des changements d’abondance de plusieurs protéines impliquées dans le trafic vésiculaire et la réponse immunitaire. Nous avons constaté que la dégradation des protéines mitochondriales était sous le contrôle de la voie ATG5, et était spécifique au TNF-alpha. En outre, l’utilisation d’un nouveau système de présentation antigènique, nous a permi de constater que l'induction de la mitophagie par le TNF-alpha a entrainée l’apprêtement et la présentation d’antigènes mitochondriaux par des molécules du CMH de classe I, contribuant ainsi la variation du répertoire immunopeptidomique à la surface cellulaire. Ces résultats mettent en évidence un rôle insoupçonné du TNF-alpha dans la mitophagie et permet une meilleure compréhension des mécanismes responsables de la présentation d’auto-antigènes par les molécules du CMH de classe I. Une interaction complexe existe également entre infection virale et l'autophagie. Récemment, notre laboratoire a fourni une première preuve suggérant que la macroautophagie peut contribuer à la présentation de protéines virales par les molécules du CMH de classe I lors de l’infection virale par l'herpès simplex virus de type 1 (HSV-1). Le virus HSV1 fait parti des virus humains les plus complexes et les plus répandues. Bien que la composition des particules virales a été étudiée précédemment, on connaît moins bien l'expression de l'ensemble du protéome viral lors de l’infection des cellules hôtes. Afin de caractériser les changements dynamiques de l’expression des protéines virales lors de l’infection, nous avons analysé par LC-MS/MS le protéome du HSV1 dans les macrophages infectés. Ces analyses nous ont permis d’identifier un total de 67 protéines virales structurales et non structurales (82% du protéome HSV1) en utilisant le spectromètre de masse LTQ-Orbitrap. Nous avons également identifié 90 nouveaux sites de phosphorylation et de dix nouveaux sites d’ubiquitylation sur différentes protéines virales. Suite à l’ubiquitylation, les protéines virales peuvent se localiser au noyau ou participer à des événements de fusion avec la membrane nucléaire, suggérant ainsi que cette modification pourrait influer le trafic vésiculaire des protéines virales. Le traitement avec des inhibiteurs de la réplication de l'ADN induit des changements sur l'abondance et la modification des protéines virales, mettant en évidence l'interdépendance des protéines virales au cours du cycle de vie du virus. Compte tenu de l'importance de la dynamique d'expression, de l’ubiquitylation et la phosphorylation sur la fonction des proteines virales, ces résultats ouvriront la voie vers de nouvelles études sur la biologie des virus de l'herpès. Fait intéressant, l'infection HSV1 dans les macrophages déclenche une nouvelle forme d'autophagie qui diffère remarquablement de la macroautophagie. Ce processus, appelé autophagie associée à l’enveloppe nucléaire (nuclear envelope derived autophagy, NEDA), conduit à la formation de vésicules membranaires contenant 4 couches lipidiques provenant de l'enveloppe nucléaire où on retrouve une grande proportion de certaines protéines virales, telle la glycoprotéine B. Les mécanismes régissant NEDA et leur importance lors de l’infection virale sont encore méconnus. En utilisant un essai de présentation antigénique, nous avons pu montrer que la voie NEDA est indépendante d’ATG5 et participe à l’apprêtement et la présentation d’antigènes viraux par le CMH de classe I. Pour comprendre l'implication de NEDA dans la présentation des antigènes, il est essentiel de caractériser le protéome des autophagosomes isolés à partir de macrophages infectés par HSV1. Aussi, nous avons développé une nouvelle approche de fractionnement basé sur l’isolation de lysosomes chargés de billes de latex, nous permettant ainsi d’obtenir des extraits cellulaires enrichis en autophagosomes. Le transfert des antigènes HSV1 dans les autophagosomes a été determine par protéomique quantitative. Les protéines provenant de l’enveloppe nucléaire ont été préférentiellement transférées dans les autophagosome lors de l'infection des macrophages par le HSV1. Les analyses protéomiques d’autophagosomes impliquant NEDA ou la macroautophagie ont permis de decouvrir des mécanismes jouant un rôle clé dans l’immunodominance de la glycoprotéine B lors de l'infection HSV1. Ces analyses ont également révélées que diverses voies autophagiques peuvent être induites pour favoriser la capture sélective de protéines virales, façonnant de façon dynamique la nature de la réponse immunitaire lors d'une infection. En conclusion, l'application des méthodes de protéomique quantitative a joué un rôle clé dans l'identification et la quantification des protéines ayant des rôles importants dans la régulation de l'autophagie chez les macrophages, et nous a permis d'identifier les changements qui se produisent lors de la formation des autophagosomes lors de maladies inflammatoires ou d’infection virale. En outre, notre approche de biologie des systèmes, qui combine la protéomique quantitative basée sur la spectrométrie de masse avec des essais fonctionnels tels la présentation antigénique, nous a permis d’acquérir de nouvelles connaissances sur les mécanismes moléculaires régissant les fonctions de l'autophagie lors de la présentation antigénique. Une meilleure compréhension de ces mécanismes permettra de réduire les effets nuisibles de l'immunodominance suite à l'infection virale ou lors du développement du cancer en mettant en place une réponse immunitaire appropriée.

Caractérisation structurale et thermodynamique de la reconnaissance du substrat par le ribozyme VS de Neurospora

Les interactions ARN/ARN de type kissing-loop sont des éléments de structure tertiaire qui jouent souvent des rôles clés chez les ARN, tant au niveau fonctionnel que structural. En effet, ce type d’interaction est crucial pour plusieurs processus dépendant des ARN, notamment pour l’initiation de la traduction, la reconnaissance des ARN antisens et la dimérisation de génome rétroviral. Les interactions kissing-loop sont également importantes pour le repliement des ARN, puisqu’elles permettent d’établir des contacts à longue distance entre différents ARN ou encore entre les domaines éloignés d’un même ARN. Ce type d’interaction stabilise aussi les structures complexes des ARN fonctionnels tels que les ARNt, les riborégulateurs et les ribozymes. Comme d’autres ARN fonctionnels, le ribozyme VS de Neurospora contient une interaction kissing-loop importante. Celle-ci est impliquée dans la reconnaissance du substrat et se forme entre la tige-boucle I (stem-loop I, SLI) du substrat et la tige-boucle V (stem-loop V, SLV) du domaine catalytique. Des études biochimiques ont démontré que l’interaction kissing-loop I/V, dépendante du magnésium, implique trois paires de bases Watson-Crick (W-C). De plus, cette interaction est associée à un réarrangement de la structure du substrat, le faisant passer d’une conformation inactive dite unshifted à une conformation active dite shifted. Les travaux présentés dans cette thèse consistent en une caractérisation structurale et thermodynamique de l’interaction kissing-loop I/V du ribozyme VS, laquelle est formée de fragments d’ARN représentant les tige-boucles I et V dérivées du ribozyme VS (SLI et SLV). Cette caractérisation a été réalisée principalement par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) et par titrage calorimétrique isotherme (isothermal titration calorimetry, ITC) en utilisant différents complexes SLI/SLV dans lesquels l’ARN SLV est commun à tous les complexes, alors que différentes variations de l’ARN SLI ont été utilisées, soit en conformation shiftable ou preshifted. Les données d’ITC ont permis de démontrer qu’en présence d’une concentration saturante de magnésium, l’affinité d’un substrat SLI preshifted pour SLV est extrêmement élevée, rendant cette interaction plus stable que ce qui est prédit pour un duplexe d’ARN équivalent. De plus, l’étude effectuée par ITC montre que des ARN SLI preshifted présentent une meilleure affinité pour SLV que des ARN SLI shiftable, ce qui a permis de calculer le coût énergétique associé au réarrangement de structure du substrat. En plus de confirmer la formation des trois paires de bases W-C prédites à la jonction I/V, les études de RMN ont permis d’obtenir une preuve structurale directe du réarrangement structural des substrats SLI shiftable en présence de magnésium et de l’ARN SLV. La structure RMN d’un complexe SLI/SLV de grande affinité démontre que les boucles terminales de SLI et SLV forment chacune un motif U-turn, ce qui facilite l’appariement W-C intermoléculaire. Plusieurs autres interactions ont été définies à l’interface I/V, notamment des triplets de bases, ainsi que des empilements de bases. Ces interactions contribuent d’ailleurs à la création d’une structure présentant un empilement continu, c’est-à-dire qui se propage du centre de l’interaction jusqu’aux bouts des tiges de SLI et SLV. Ces études de RMN permettent donc de mieux comprendre la stabilité exceptionnelle de l’interaction kissing-loop I/V au niveau structural et mènent à l’élaboration d’un modèle cinétique de l’activation du substrat par le ribozyme VS. En considérant l’ensemble des données d’ITC et de RMN, l’étonnante stabilité de l’interaction I/V s’explique probablement par une combinaison de facteurs, dont les motifs U-turn, la présence d’un nucléotide exclu de la boucle de SLV (U700), la liaison de cations magnésium et l’empilement de bases continu à la jonction I/V.

Adaptations de la méthode de purification d’ARN par affinité avec l’étiquette ARiBo

Dans les dernières années, une explosion de la recherche sur les ARN a eu lieue à cause de nombreuses découvertes démontrant l’importance de l’ARN dans plusieurs processus biologiques. Ainsi, de grandes quantités d’ARN sont devenues indispensables au bon déroulement de plusieurs études, notamment pour la biologie structurale et la caractérisation fonctionnelle. Cependant, il existe encore peu de méthodes de purification simples, efficaces, fiables et produisant un ARN sous forme native. Dans les dernières années, le laboratoire Legault a mis au point une méthode de purification par affinité utilisant une étiquette ARiBo pour la purification d’ARN transcrits in vitro par la polymérase à ARN du phage T7. Cette méthode de purification d’ARN a été spécifiquement développée pour maximiser la pureté et le rendement. De plus, elle est très rapide et fonctionne avec plusieurs types d’ARN. Cependant, comme plusieurs autres méthodes de purification, cette méthode produit des ARN avec des extrémités 5′ hétérogènes. Dans ce mémoire, des solutions sont proposées pour remédier au problème d’hétérogénéité en 5ʹ′ des ARN transcrits avec la polymérase à ARN du phage T7 et purifiés par la méthode ARiBo. La première solution consiste à choisir la séquence en 5′ parmi celles des 32 séquences testées qui ne présentent pas d’hétérogénéité en 5ʹ′. La seconde solution est d’utiliser une étiquette clivable en 5ʹ′ de l’ARN d’intérêt, tel que le ribozyme hammerhead, déjà utilisée pour ce genre d’application, ou le système CRISPR/Cse3 que nous proposons dans l’article présenté dans ce mémoire. De plus, nous avons adapté la méthode ARiBo pour rendre possible la purification d’un long ARN de 614 nt, le polycistron miR-106b-25. Nous avons également démontré la possibilité d’utiliser la méthode ARiBo pour l’isolation de protéines qui se lient à un ARN donné, le précurseur de miRNA pre-miR-153-2. En conclusion, ce mémoire démontre la possibilité d’adapter la méthode ARiBo à plusieurs applications.

Inflammation intestinale associée à la fibrose kystique : rôle du CFTR et propriétés anti-inflammatoires de la vitamine D

Les patients fibrose kystique (FK) souffrent de complications digestives qui incluent une inflammation intestinale modérée dont l’étiologie est méconnue. Les personnes atteintes de FK présentent également une malabsorption des vitamines liposolubles, telles la vitamine D. Or, la vitamine D possède des propriétés immunomodulatrices et anti-inflammatoires. Le présent projet vise à investiguer le rôle du CFTR, dont le gène est muté dans la FK, dans l’étiologie de cette inflammation intestinale et à étudier le potentiel anti-inflammatoire de la vitamine D sur celle-ci. Le CFTR a été invalidé génétiquement par la méthode des ARN interférents (shRNAi) et/ou inhibé pharmacologiquement par l’utilisation d’un antagoniste inhibiteur spécifique (CFTRinh-172). Un état inflammatoire a été induit par les cytokines pro-inflammatoires TNF-α et IL-1β. Afin d’évaluer le rôle anti-inflammatoire de la vitamine D, les cellules ont été pré-traitées avec la forme bioactive de la vitamine D, la 1,25(OH)2D3. La sécrétion et l’expression génique d’interleukine-8, ainsi que l’activation de la voie de signalisation p38MAPK et du facteur de transcription NFκB ont été évaluées. Pour explorer la voie par laquelle la vitamine D exerce ses actions anti-inflammatoires, les cellules ont été pré-incubées avec le BIRB796 pour inhiber la voie p38MAPK. Finalement l’expression génique du récepteur nucléaire de la vitamine D et des hydroxylases intestinales impliquées dans son métabolisme a été déterminée. Nos résultats suggèrent que le CFTR a un rôle dans l’étiologie de l’inflammation intestinale associée à la FK. De plus, la vitamine D semble moduler à la baisse la réponse inflammatoire de la cellule intestinale dont le CFTR a été génétiquement invalidé.

Étude de la fonction de la protéine RPAP4 et de son association avec l’ARN polymérase II

L’ARN polymérase II (ARNPII), l’enzyme responsable de la transcription des ARN messagers, procède au décodage du génome des organismes vivants. Cette fonction requiert l’action concertée de plusieurs protéines, les facteurs généraux de la transcription, par exemple, formant un réseau d’interactions protéine-protéine, plusieurs étant impliquées dans la régulation de l’ARNPII à différents niveaux. La régulation de la transcription a été largement étudiée durant les quatre dernières décennies. Néanmoins, nous en connaissons peu sur les mécanismes qui régulent l’ARNPII avant ou après la transcription. Dans la première partie de cette thèse, nous poursuivons la caractérisation du réseau d’interactions de l’ARNPII dans la fraction soluble de la cellule humaine, travail qui a débuté précédemment dans notre laboratoire. Ce réseau, développé à partir de la méthode de la purification d’affinité en tandem couplée à la spectrométrie de masse (AP-MS) et à des méthodes d’analyses bioinformatiques, nous amène une foule d’informations concernant la régulation de l’ARNPII avant et après son interaction avec la chromatine. Nous y identifions des protéines qui pourraient participer à l’assemblage de l’ARNPII telles des chaperonnes et les protéines du complexe R2TP/prefoldin-like ainsi que des protéines impliquées dans le transport nucléocytoplasmique. Au centre de ce réseau se trouvent RPAP4, une GTPase qui semble se positionner à l’interface entre ces protéines régulatrices et l’ARNPII. Nous avons donc entamé l’étude la fonction de RPAP4, ce qui nous a menés à la conclusion que RPAP4 est essentielle à l’import nucléaire de l’ARNPII au noyau, où elle exerce sa fonction. Nous avons également montré que les motifs G et GPN sont essentiels à la fonction de RPAP4. Le traitement des cellules avec le bénomyl nous montre aussi que la fonction de RPAP4 et l’import nucléaire de l’ARNPII requièrent l’action des microtubules. La deuxième partie de la thèse s’intéresse à une autre protéine positionnée au centre du réseau, RPAP2. Cette dernière partage plusieurs interactions avec RPAP4. Elle est aussi essentielle à la localisation nucléaire de l’ARNPII et interagit directement avec celle-ci. RPAP4 et RPAP2 étant toutes deux des protéines cytoplasmiques qui font la navette entre le noyau et le cytoplasme, nous présentons des évidences que RPAP4 est impliquée dans l’export nucléaire de RPAP2 pour permettre à celle-ci d’être disponible dans le cytoplasme pour l’import de l’ARNPII dans le noyau. Dans la troisième partie de la thèse, nous étudions plus en profondeur les modifications post-traductionnelles de RPAP4, ce qui nous aide à mieux comprendre sa propre régulation et sa fonction auprès de l’ARNPII. RPAP4 est phosphorylée en mitose par la MAP kinase ERK5. Cette phosphorylation favorise l’interaction entre RPAP4 et RPAP2, ce qui empêche RPAP2 d’interagir avec l’ARNPII pendant la mitose, prévenant du même coup, son interaction avec la chromatine pendant cette phase du cycle cellulaire où la transcription est presque inexistante.

Le rôle d’Akt dans la réponse cellulaire aux dommages à l’ADN induits par les ultraviolets dans les cellules de mélanomes humains

Le mélanome malin est l’un des cancers les plus mortels dont l’incidence continue à augmenter chaque année avec peu de traitement efficace à long terme. Il est causé et initié principalement par l’exposition excessive aux rayons ultraviolets engendrant des photoproduits hautement génotoxiques. Il est bien connu que la cascade de signalisation PI3K/Akt joue un rôle crucial dans la régulation des processus qui sont généralement dérégulés durant le développement tumoral comme la prolifération, le contrôle du cycle cellulaire et l’apoptose. Néanmoins, l’implication de cette voie moléculaire dans la réponse aux dommages à l’ADN est peu caractérisée. Chez les mammifères, trois isoformes de la protéine kinase Akt ont été identifiées: Akt1, Akt2 et Akt3. Bien qu’elles soient très homologues en termes de séquence, plusieurs études ont montré que ces isoformes ont des fonctions biologiques distinctes, et nous suggérons qu’elles puissent contribuer différemment à la régulation de la réponse génotoxique. Les objectifs de ce projet étaient de: (i) évaluer l’activation d’Akt dans les cellules de mélanomes (ii) déterminer l’impact de l’inhibition de cette activité sur la régulation de la réponse cellulaire aux UV (iii) vérifier si la perte d’expression de l’un ou de l’autre des isoformes d’Akt peut réguler la réponse aux UV. Nous avons démontré qu’Akt est transitoirement hyperactivée par phosphorylation suite aux irradiations UV dans les lignées cellulaires de mélanomes. Afin de déterminer l'importance de cette activation dans la réponse cellulaire aux UV, notre approche était de diminuer (i) la phosphorylation d’Akt par l’usage d’inhibiteurs pharmacologiques ou (ii) l’expression de chaque isoforme d’Akt par l’approche des ARN interférents. Nous avons montré que l’inhibition de la phosphorylation d’Akt amène à l’augmentation du taux de l’apoptose induit par les UV d’une manière isoforme spécifique, alors qu’elle n’a aucun effet sur la régulation de la voie de réparation par excision de nucléotides (NER), qui est la seule voie humaine pour éliminer les dommages à l’ADN induits par les UV. En somme, notre étude constitue un nouvel aspect qui permet de mieux comprendre les mécanismes moléculaires du développement de mélanomes malins suites aux irradiations ultraviolettes.

Études structurales par résonance magnétique nucléaire du ribozyme VS de Neurospora

Le ribozyme VS de Neurospora catalyse des réactions de clivage et de ligation d’un lien phosphodiester spécifique essentielles à son cycle de réplication. Il est formé de six régions hélicales (I à VI), qui se divisent en deux domaines, soit le substrat (SLI) et le domaine catalytique (tiges II à VI). Ce dernier comprend deux jonctions à trois voies qui permettent de reconnaître le substrat en tige-boucle de façon spécifique. Ce mode de reconnaissance unique pourrait être exploité pour cibler des ARN repliés pour diverses applications. Bien que le ribozyme VS ait été caractérisé biochimiquement de façon exhaustive, aucune structure à haute résolution du ribozyme complet n’a encore été publiée, ce qui limite la compréhension des mécanismes inhérents à son fonctionnement. Précédemment, une approche de divide-and-conquer a été initiée afin d’étudier la structure des sous-domaines importants du ribozyme VS par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) mais doit être complétée. Dans le cadre de cette thèse, les structures de la boucle A730 et des jonctions III-IV-V et II-III-VI ont été déterminées par spectroscopie RMN hétéronucléaire. De plus, une approche de spectroscopie RMN a été développée pour la localisation des ions divalents, tandis que diverses approches de marquage isotopique ont été implémentées pour l’étude d’ARN de plus grandes tailles. Les structures RMN de la boucle A730 et des deux jonctions à trois voies révèlent que ces sous-domaines sont bien définis, qu’ils sont formés de plusieurs éléments structuraux récurrents (U-turn, S-turn, triplets de bases et empilement coaxial) et qu’ils contiennent plusieurs sites de liaison de métaux. En outre, un modèle du site actif du ribozyme VS a été construit sur la base des similarités identifiées entre les sites actifs des ribozymes VS et hairpin. Dans l’ensemble, ces études contribuent de façon significative à la compréhension de l’architecture globale du ribozyme VS. De plus, elles permettront de construire un modèle à haute résolution du ribozyme VS tout en favorisant de futures études d’ingénierie.

Identification et étude de mécanismes régulant l’expression de MAPK

Les fichiers accompagnant le document sont en format Microsoft Excel 2010.

Effets cellulaires de l’activation de ligases de l’ubiquitine par la protéine lysosomale LITAF

LITAF (lipopolysaccharide-induced tumor necrosis factor-alpha factor), une protéine lysosomale, possède deux motifs PPXY capables d’interagir avec les domaines WW d’un sous-groupe spécifique de trois ligases de l’ubiquitine. Ces ligases sont impliquées dans l’ubiquitylation ainsi que la dégradation de diverses protéines cellulaires aux lysosomes et aux protéasomes. Les travaux menés dans le cadre de cette étude visaient à démontrer que LITAF active ces ligases et à déterminer les conséquences de cette activation sur les substrats de ces ligases. Pour y parvenir, des expériences d’ubiquitylation in vivo et in vitro ont été menées en présence de LITAF ainsi que des ligases et des substrats appropriés. L’activation des ligases a été mesurée par leur taux d’autoubiquitylation et celle de leurs substrats par leur taux d’ubiquitylation et de dégradation. Les résultats obtenus montrent que l’activité des ligases est augmentée en présence de LITAF et que l’ubiquitylation et la dégradation des substrats de ces ligases sont partiellement augmentées. LITAF semble donc jouer un rôle de régulateur des ligases de l’ubiquitine. L’importance de ces résultats réside dans le fait que l'expression et la localisation intracellulaire de LITAF sont affectées dans plusieurs pathologies. Nos résultats amènent un éclairage nouveau sur le rôle physiologique de cette protéine et pourraient expliquer en partie comment l'altération de l'expression de LITAF affecte l'équilibre cellulaire.

L'Amérique Latine et les Caraïbes au seuil du troisième millénaire

Avant-proposParfois pour le meilleur et parfois pour le pire, notre monde est un monde globalisé.Nous connaissons actuellement une profonde crise financière à l'échelle planétaire. Fin octobre 2008, le Conseil des chefs de secrétariat des organismes des Nations unies pour la coordination (CEB) déclarait que «la crise que nous traversons aujourd'Hui va avoir des répercussions sur tous les pays, développés et en développement, mais les effets les plus graves seront ressentis essentiellement par ceux qui ne sont pour rien dans le déclenchement de cette crise, à savoir les pauvres des pays en développement».Avant que cette crise n'éclate, Alain Rouquié1 affirmait déjà : «l'état est de retour. Son rôle économique et social pour atténuer les chocs extérieurs et l'impact d'une concurrence sans frontières est à l'ordre du jour».Selon Rouquié, l'ouverture et les réformes structurelles des années quatre-vingt, aussi douloureuses qu'elles aient été, ont eu une utilité fonctionnelle durable. Le problème, dit-il, est que ces réformes ont été accompagnées d'une idéologie opportuniste qui absolutisait le recours à la «main invisible» du marché dans tous les domaines. Ainsi, au nom des nécessités d'une économie mondialisée, l'état, était dénoncé comme un obstacle à la croissance et au progrès. Le fondamentalisme dogmatique et anti-étatique de marché imposait une recette universelle, non discutable et anti-démocratique.L'histoire récente nous démontre qu'il n'existe pas une façon unique de s'intégrer aux courants mondiaux des biens et des capitaux et que l'ensemble des réformes (ouverture, privatisations, dérégulation) considéré à un moment donné comme la seule modalité d'intégration à l'économie mondiale, a été à l'origine d'une série de crises successives en Amérique latine et dans les Caraïbes dont le bilan est étique en termes de réalisations et lourd en frustrations; par ailleurs, les voies hétérodoxes vers la globalisation empruntées par la Chine et par l'inde, par exemple, fortement teintées de caractéristiques idiosyncrasiques en matière de politique économique et dont la direction est restée aux mains des états nationaux affichent des résultats plus positifs.Ce document rend compte des idées centrales de publications récentes de la Commission économique pour l'Amérique latine et les Caraïbes (CEPALC). Les principales sources des thèses dans lesquelles s'inscrivent les idées développées dans les pages qui suivent sont: Mondialisation et développement2, publié en 2002, et Desarrollo productivo en economías abiertas3, publié en 2004. l'information quantitative plus conjoncturelle et les analyses à court terme ont été extraites de différentes éditions des publications annuelles : Balance preliminar de las economías de América Latina y el Caribe, et Estudio económico de América Latina y el Caribe.l'Amérique latine et les Caraïbes a été la région du monde en développement qui a le plus misé sur le programme d'internationalisation et de libéralisation économiques, cristallisé dans ce qui a été connu comme le Consensus de Washington. Les années 1990 ont été marquées par une vague de réformes en ce sens dans tout le continent, dont les résultats, cependant, ont été maigres. Au bilan, certes, des aspects favorables comme l'Atténuation des déséquilibres budgétaires, la fin des processus chroniques d'Hyperinflation qui sévissait dans la région, la modernisation de secteurs spécifiques de l'Appareil de production et l'essor des exportations. Mais dans la colonne des éléments négatifs, on ne peut manquer d'inscrire un taux de croissance faible et volatil, le démantèlement de l'Appareil de production, la hausse du chômage, de l'informalité et de l'inégalité, l'Accroissement de la vulnérabilité extérieure et la dégradation des relations macroéconomiques clés.La région de l'Amérique latine et des Caraïbes est sortie du marasme qui a caractérisé la fin des années 90 et le début de la présente décennie et a retrouvé la voie de la croissance. En effet, l'Année 2007 a été la cinquième année consécutive d'augmentation du produit et, en raison des projections positives pour l'Année 2008, le taux moyen d'augmentation du PIB par habitant pour la période 2003 - 2008 devrait être légèrement supérieur à 3 %, ce qui en ferait la période de croissance la plus marquée et la plus longue depuis 1980.Cette évolution positive a été favorisée par un contexte international propice. l'Augmentation du produit mondial ainsi que l'essor du commerce international, le relèvement du cours international de nombreux produits de base exportés par la région et le faible niveau des taux d'intérêt (situation qui a commencé à se modifier vers le milieu de l'Année 2004 avec le changement de signede la politique monétaire adopté par la Réserve fédérale des états-Unis) se sont avérés favorables à la croissance du PIB ainsi qu'à l'Apparition de caractéristiques inédites dans un processus de croissance soutenue dans la région. C'est ainsi que les pays ont pu mettre fin à la contrainte extérieure, grâce à un excédent continu sur le compte courant résultant à son tour de l'évolution favorable des termes de l'échange, de l'Accélération de la tendance à long terme à la hausse du taux de croissance des exportations et à la forte augmentation des fonds envoyés par les émigrants.Dans le passé, néanmoins, des conjonctures tout aussi positives sur les marchés internationaux n'avaient pas été accompagnées d'une bonne performance régionale. En l'occurrence, l'orientation adoptée en matière de politique économique par de nombreux états de l'Amérique latine et des Caraïbes a joué un rôle déterminant pour tirer parti de facteurs qui, dans un autre contexte, n'auraient pu constituer qu'une autre opportunité perdue. l'obtention d'excédents primaires réitérés dans les comptes publics (grâce à un recouvrement accru et à une attitude prudente dans la gestion des dépenses) ainsi que la volonté de maintenir un taux de change réel compétitif sont des mesures qui, dans le cadre de ce scénario international propice, autorisent un optimisme modéré quant à l'évolution à moyen terme de la région.Cependant, dans un monde en pleine croissance, une gestion macroéconomique ordonnée n'est pas suffisante pour asseoir un processus de développement. l'un des héritages des années 90 est L'hétérogénéité croissante de la structure de production qui s'est traduite par l'exclusion massive de certains agents économiques alors que d'autres progressaient vers la modernisation productive.On peut distinguer aujourd'Hui, dans l'économie latino-américaine, trois grands groupes d'unités productives en fonction de leur degré de formalisation et de leur taille. Le premier groupe est celui composé par les grandes entreprises, dont beaucoup sont transnationales et dont les niveaux de productivité sont proches de la barre internationale mais qui, dans le même temps, n'ont guère de liens avec l'économie locale et présentent une très faible capacité endogène de générer des innovations. Le deuxième groupe englobe les petites et moyennes entreprises du secteur formel qui éprouvent généralement de grandes difficultés d'accès à certains marchés, en particulier au marché financier et à celui des services technologiques, et qui présentent surtout une faible capacité d'articulation productive au sein même du groupe et avec les plus grandes entreprises. Le dernier groupe est celui des micro et petites entreprises du secteur informel qui, en raison de leur structure et de leurs capacités, affichent la productivité relative la plus faible et fonctionnent dans un contexte qui les prive de toute possibilité de développement et d'apprentissage. En outre, les travailleurs salariés et les chefs de micro-entreprises de ce secteur n'ont aucune forme de protection sociale contre les risques qui les menacent, incluant la perte d'emploi ou de revenus.Le développement productif de cette véritable économie à trois vitesses passe par l'Adoption de politiques publiques volontaristes propres à niveler le terrain de jeu grâce à une structure différenciée d'aides et d'incitations.l'Administration de la macroéconomie et les politiques productives ne représentent toutefois qu'une partie des initiatives nécessaires pour jeter les bases d'un processus de développement économique à long terme. Il est indispensable de réparer la déchirure du tissu social qui est l'un des effets secondaires les plus graves de l'expérience de politique mise en oeuvre dans les années 90. l'Aggravation de L'hétérogénéité productive et de l'inégalité, ainsi que l'Augmentation de l'informalité et du chômage ne se traduisent pas seulement en pertes statiques et dynamiques en termes de niveau du produit et de taux de croissance à long terme; elles constituent également une menace latente à la cohabitation démocratique et à l'unité des perspectives et d'objectifs qui doit accompagner les processus de changement historique inévitablement impliqués dans le développement économique.C'est pourquoi la CEPALC a proposé la création d'un pacte de cohésion sociale fondé sur l'Adoption d'engagements réciproques entre les différents secteurs sociaux et l'état afin de jeter les bases d'un avenir inclusif du point de vue social dans la région. Ce pacte repose sur plusieurs piliers: la cohérence vis-à-vis des fondements de la politique économique, la création d'emplois, la protection sociale, ainsi que l'éducation et la formation professionnelle pour l'ensemble de la population.Depuis l'époque de Celso Furtado et Raúl Prebisch, des concepts comme le schéma centre - périphérie et l'étude des tendances à long terme des termes de l'échange, l'importance de la contrainte extérieure pour la stabilité macroéconomique des économies moins développées, la nécessité de promouvoir, à partir de l'état, la croissance de certaines activités ou de certains secteurs productifs considérés comme stratégiques ainsi que le lien entre le phénomène inflationniste et l'Action distributive ont nourri le débat intellectuel dans le continent et inspiré les responsables de la prise de décision de différents gouvernements et à différentes périodes.La synthèse de documents récents présentée ici prétend suivre cette même voie de construction d'une pensée locale qui se découvre universelle en révélant les particularités de son contexte et qui trouve sa justification dans la volonté de contribuer à l'émergence d'acteurs sociaux et de réalités nationales souvent oubliés.Devant la profondeur de la crise d'origine financière qui touche toute la planète et dont les répercussions les plus graves seront ressenties par les pauvres des pays en développement, nous rejoignons Rouquié pour dire, au sens vertueux, que l'état est de retour pour s'acquitter des tâches que le marché a été, à lui seul, incapable de réaliser.Alicia BárcenaSecrétaire exécutiveCommission économique pour l'Amériquelatine et les Caraïbes (CEPALC)RésuméCe livre de la CEPALC est publié conjointement avec la Coopération française et contient deux essais sur l'Amérique latine et les Caraïbes où sont essentiellement abordés les défis qui se posent à la région au seuil de ce millénaire. Ces premières années du millénaire se caractérisent d'ores et déjà par une conjoncture économique difficile dont il est encore difficile de mesurer les conséquences.Le premier article rédigé par des experts de la CEPALC rend compte des idées centrales de publications récentes de la Commission. Les thèses dans lesquelles s'inscrivent les idées développées dans les pages qui suivent émanent des publications ci-après: Mondialisation et développement, publié en 2002, et Desarrollo productivo en economías abiertas, publié en 2004. l'information quantitative plus conjoncturelle et les analyses à court terme ont été extraites de différentes éditions des publications annuelles: Balance preliminar de las economías de América Latina y el Caribe, et Estudio económico de América Latina.Le deuxième article, rédigé par Alain Rouquié, expert en questions latino-américaines et président de la Maison de l'Amérique latine à Paris, propose, selon les propres dires de l'Auteur, une série de réflexions libres sur l'Amérique latine.La publication conjointe de ces deux essais met en relief une complémentarité de perspectives issues des deux hémisphères du globe, ce qui confère à cet ouvrage un intérêt tout particulier.

Pauvrete et strategies de survie dans les quartiers precaires de l'Aire Metropolitaine de Port-au-Prince: rapport final

Inclut la bibliographie

Efecto del tiempo de maceración sobre el color, la composición tánica y la astringencia de vinos Cabernet Sauvignon y Malbec

El objetivo del trabajo fue estudiar el efecto del tiempo de maceración sobre la composición tánica, el color y la astringencia de vinos Cabernet Sauvignon y Malbec, provenientes de la Zona Alta del Río Mendoza y saber qué tiempo de maceración permite una mayor expresión del color y del cuerpo del vino. A partir de dos vinificaciones industriales, se realizaron muestreos para determinar las curvas de extracción de los componentes fenólicos y del color. Además, se llevaron a cabo dos experimentos probando un tiempo de maceración corto, de 5 días, uno “clásico" en la región, de 10 días, y uno largo, de 20 días. En los vinos resultantes se determinó el perfil fenólico, discriminando los componentes tánicos y del color, durante el primer año de conservación en vasijas de vidrio. Se utilizaron técnicas de espectrometría VIS y UV y los vinos fueron evaluados por un panel de expertos degustadores. La variedad Cabernet S. siguió un patrón de extracción de antocianos y taninos durante la maceración acorde con lo que indica la bibliografía. La magnitud del color rojo alcanzó un máximo cerca del 10º día y luego sufrió una caída que, en la maceración de 20 días, significó una pérdida de alrededor de un 10%. Los taninos aumentaron rápidamente hasta el 10º día y luego continuaron creciendo muy lentamente. Los vinos Cabernet S. obtenidos con maceración de 10 días y de 20 días resultaron muy superiores en cuanto a los contenidos de antocianos, color polimérico y taninos. También provocaron sensaciones de concentración y untuosidad mayores. Además resultaron más ásperos, astringentes y secantes que los de 5 días, pero estas sensaciones fueron moderadas. Los vinos de 20 días fueron similares a los de 10 días salvo en que alcanzaron un contenido mayor de polifenoles totales y de taninos no astringentes. La variedad Malbec siguió un patrón de extracción de antocianos y taninos similar al Cabernet S. hasta el 10º día, pero luego ambos mostraron una caída pronunciada, como consecuencia de un deterioro oxidativo. La maceración de 10 días resultó óptima y los vinos se destacaron por su mayor contenido en polifenoles totales, antocianos, color polimérico y taninos. Estos atributos provocaron sensaciones de concentración y untuosidad destacadas y similares a las de los Cabernet S. de 10 y 20 días. Las sensaciones de secante, áspero y astringente fueron menores que en los Cabernet. Los Malbec de 5 días resultaron muy pobres en atributos y los de 20 días con característics intermedias entre los de 5 y los de 10 días. En ambas variedades la pérdida en los contenidos de antocianos copigmentados se acompañó de un aumento proporcional en los contenidos de antocianos polimerizados. Durante el estacionamiento todos los vinos Cabernet S. y Malbec sufrieron una degradación de polifenoles totales, antocianos y taninos. El ritmo de degradación de cada compuesto fue similar para los distintos vinos, sin importar las concentraciones iniciales del compuesto. En ambas variedades los polifenoles totales y los taninos se correlacionaron positivamente con la aspereza, la astringencia, lo secante, la untuosidad y la concentración. Lo secante se asoció negativamente con la proporción de taninos no precipitables con gelatina. La espectrometría VIS y UV, como método instrumental de análisis, resultó suficientemente potente como para permitir una la apreciación del perfil fenólico y diferenciar los vinos Cabernet S. de los Malbec, independientemente del tiempo de maceración con que fueron elaborados.

Development of Imaging Mass Spectrometry Analysis of Lipids in Biological and Clinically Relevant Applications

La spectrométrie de masse mesure la masse des ions selon leur rapport masse sur charge. Cette technique est employée dans plusieurs domaines et peut analyser des mélanges complexes. L’imagerie par spectrométrie de masse (Imaging Mass Spectrometry en anglais, IMS), une branche de la spectrométrie de masse, permet l’analyse des ions sur une surface, tout en conservant l’organisation spatiale des ions détectés. Jusqu’à présent, les échantillons les plus étudiés en IMS sont des sections tissulaires végétales ou animales. Parmi les molécules couramment analysées par l’IMS, les lipides ont suscité beaucoup d'intérêt. Les lipides sont impliqués dans les maladies et le fonctionnement normal des cellules; ils forment la membrane cellulaire et ont plusieurs rôles, comme celui de réguler des événements cellulaires. Considérant l’implication des lipides dans la biologie et la capacité du MALDI IMS à les analyser, nous avons développé des stratégies analytiques pour la manipulation des échantillons et l’analyse de larges ensembles de données lipidiques. La dégradation des lipides est très importante dans l’industrie alimentaire. De la même façon, les lipides des sections tissulaires risquent de se dégrader. Leurs produits de dégradation peuvent donc introduire des artefacts dans l’analyse IMS ainsi que la perte d’espèces lipidiques pouvant nuire à la précision des mesures d’abondance. Puisque les lipides oxydés sont aussi des médiateurs importants dans le développement de plusieurs maladies, leur réelle préservation devient donc critique. Dans les études multi-institutionnelles où les échantillons sont souvent transportés d’un emplacement à l’autre, des protocoles adaptés et validés, et des mesures de dégradation sont nécessaires. Nos principaux résultats sont les suivants : un accroissement en fonction du temps des phospholipides oxydés et des lysophospholipides dans des conditions ambiantes, une diminution de la présence des lipides ayant des acides gras insaturés et un effet inhibitoire sur ses phénomènes de la conservation des sections au froid sous N2. A température et atmosphère ambiantes, les phospholipides sont oxydés sur une échelle de temps typique d’une préparation IMS normale (~30 minutes). Les phospholipides sont aussi décomposés en lysophospholipides sur une échelle de temps de plusieurs jours. La validation d’une méthode de manipulation d’échantillon est d’autant plus importante lorsqu’il s’agit d’analyser un plus grand nombre d’échantillons. L’athérosclérose est une maladie cardiovasculaire induite par l’accumulation de matériel cellulaire sur la paroi artérielle. Puisque l’athérosclérose est un phénomène en trois dimension (3D), l'IMS 3D en série devient donc utile, d'une part, car elle a la capacité à localiser les molécules sur la longueur totale d’une plaque athéromateuse et, d'autre part, car elle peut identifier des mécanismes moléculaires du développement ou de la rupture des plaques. l'IMS 3D en série fait face à certains défis spécifiques, dont beaucoup se rapportent simplement à la reconstruction en 3D et à l’interprétation de la reconstruction moléculaire en temps réel. En tenant compte de ces objectifs et en utilisant l’IMS des lipides pour l’étude des plaques d’athérosclérose d’une carotide humaine et d’un modèle murin d’athérosclérose, nous avons élaboré des méthodes «open-source» pour la reconstruction des données de l’IMS en 3D. Notre méthodologie fournit un moyen d’obtenir des visualisations de haute qualité et démontre une stratégie pour l’interprétation rapide des données de l’IMS 3D par la segmentation multivariée. L’analyse d’aortes d’un modèle murin a été le point de départ pour le développement des méthodes car ce sont des échantillons mieux contrôlés. En corrélant les données acquises en mode d’ionisation positive et négative, l’IMS en 3D a permis de démontrer une accumulation des phospholipides dans les sinus aortiques. De plus, l’IMS par AgLDI a mis en évidence une localisation différentielle des acides gras libres, du cholestérol, des esters du cholestérol et des triglycérides. La segmentation multivariée des signaux lipidiques suite à l’analyse par IMS d’une carotide humaine démontre une histologie moléculaire corrélée avec le degré de sténose de l’artère. Ces recherches aident à mieux comprendre la complexité biologique de l’athérosclérose et peuvent possiblement prédire le développement de certains cas cliniques. La métastase au foie du cancer colorectal (Colorectal cancer liver metastasis en anglais, CRCLM) est la maladie métastatique du cancer colorectal primaire, un des cancers le plus fréquent au monde. L’évaluation et le pronostic des tumeurs CRCLM sont effectués avec l’histopathologie avec une marge d’erreur. Nous avons utilisé l’IMS des lipides pour identifier les compartiments histologiques du CRCLM et extraire leurs signatures lipidiques. En exploitant ces signatures moléculaires, nous avons pu déterminer un score histopathologique quantitatif et objectif et qui corrèle avec le pronostic. De plus, par la dissection des signatures lipidiques, nous avons identifié des espèces lipidiques individuelles qui sont discriminants des différentes histologies du CRCLM et qui peuvent potentiellement être utilisées comme des biomarqueurs pour la détermination de la réponse à la thérapie. Plus spécifiquement, nous avons trouvé une série de plasmalogènes et sphingolipides qui permettent de distinguer deux différents types de nécrose (infarct-like necrosis et usual necrosis en anglais, ILN et UN, respectivement). L’ILN est associé avec la réponse aux traitements chimiothérapiques, alors que l’UN est associé au fonctionnement normal de la tumeur.