Global change synergies and trade-offs between renewable energy and biodiversity

Funded by Kone Foundation ERC-StG. Grant Number: 260393 Academy of Finland Centre of Excellence Programme 2012–2017

Environmental costs and benefits of growing Miscanthus for bioenergy in the UK

Funded by BBSRC. Grant Number: LK0863 Natural Environment Research Council (NERC) Carbo-BioCrop project. Grant Number: NE/H01067X/1 MAGLUE project

Differences in the oxidative balance of dispersing and non-dispersing individuals : an experimental approach in a passerine bird

Funding This work was supported by grants from the French Ministry of Research (PhD fellowship to CR), the University of Aberdeen (stipend to CR), the CNRS (PICS grant to BD), the L’Oréal Foundation-UNESCO “For Women in Science” program (fellowship to CR), the Région Rhône-Alpes (student mobility grant CMIRA Explora’doc to CR), the Rectors’ Conference of the Swiss Universities (mobility grant to CR), the Fédération de Recherche 41 BioEnvironnement et Santé (training grant to CR), and the Journal of Experimental Biology (travel grant to CR).

Def1 Promotes the Degradation of Pol3 for Polymerase Exchange to Occur During DNA-Damage–Induced Mutagenesis in Saccharomyces cerevisiae

Funding: Wellcome Trust, 070247/Z/03/A. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Species that share traits do not necessarily form distinct and universally applicable functional effect groups

Peer reviewed

Harvested populations are more variable only in more variable environments

Acknowledgments This work was funded by NERC grant NE/C510467/1 (T. G. Benton and S. B. Piertney) and a University of Leeds Faculty Postdoctoral Fellowship (T. C. Cameron). Data Accessibility The original time series and body size data from these experiments are available to download from DRYAD entry number http://dx.doi.org/10.5061/dryad.bq135.

Phylogenomic analysis of natural products biosynthetic gene clusters allows discovery of arseno-organic metabolites in model streptomycetes

We are indebted with Marnix Medema, Paul Straight and Sean Rovito, for useful discussions and critical reading of the manuscript, as well as with Alicia Chagolla and Yolanda Rodriguez of the MS Service of Unidad Irapuato, Cinvestav, and Araceli Fernandez for technical support in high-performance computing. This work was funded by Conacyt Mexico (grants No. 179290 and 177568) and FINNOVA Mexico (grant No. 214716) to FBG. PCM was funded by Conacyt scholarship (No. 28830) and a Cinvestav posdoctoral fellowship. JF and JFK acknowledge funding from the College of Physical Sciences, University of Aberdeen, UK.

The Contribution of Agriculture, Forestry and other Land Use activities to Global Warming, 1990-2012

Date of Acceptance: 16/12/2014 Acknowledgements: This work was carried out with generous funding by the Governments of Germany (GCP/GLO/286/GER) and Norway (GCP/GLO/325/NOR) to the ‘Monitoring and Assessment of GHG Emissions and Mitigation Potential from Agriculture’ Project of the FAO Climate, Energy and Tenure Division. P. Smith is a Royal Society Wolfson Merit Award holder, and his input contributes to the University of Aberdeen Environment and Food Security Theme and to Scotland's ClimateXChange. J. House was funded by a Leverhulme Research Fellowship. The FAO Statistics Division maintains the FAOSTAT Emissions database with regular program funds allocated through Strategic Objective 6. © 2015 John Wiley & Sons Ltd.

Atlantic salmon (Salmo salar) parr as a model to predict the optimum inclusion of air classified faba bean protein concentrate in feeds for seawater salmon

Peer reviewed

Recombinant interleukin-1β dilates steelhead trout coronary microvessels : effect of temperature and role of the endothelium, nitric oxide and prostaglandins

© 2015. Published by The Company of Biologists Ltd. Acknowledgements We thank Wenjuan Xu and Xin Xu (Hein Lab) for their excellent instruction in microvessel techniques, Dr David Heeley (Biochemistry Department, MUN) for assistance with selecting an appropriate (non-vasoactive) protein stabilizer, Dr Zou (SFIRC, Aberdeen) for advice with regards to the use of rIL-1β and Gordon Nash (Gamperl Lab) for his assistance with the rIL-1β purification protocol. Funding This research was supported by a Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada Discovery Grant [RGPIN249926] and Accelerator Supplement [RGPAS412325-2011] to A.K.G. a National Institutes of Health Grant [EY018420] to T.W.H., and a doctoral fellowship from Fundaçã o para a Ciência e a Tecnologia, Portugal [SFRH/BD/27497/2006] to I.A.S.F.C. Deposited in PMC for release after 12 months.

The compensatory potential of increased immigration following intensive American mink population control is diluted by male-biased dispersal

Acknowledgments This research was funded by NERC Grants NE/J01396X/1; NE/E006434/1 to XL. Y. M. was funded by a Marie Curie FP7-PEOPLE-2011-IEF 300288. We profusely thank the Scottish Mink Initiative, staff, funders and multiple mink volunteers for the continued effort, samples and enthusiasm. The Scottish Water Vole Conservation Project was funded by The Tubney Charitable trust, Scottish Natural Heritage, the Cairngorms National Park Authority and the People’s Trust for Endangered Species. We also thank the Associate Editor and two anonymous referees for their thoughtful reviews.

S100B up-regulates macrophage production of IL1β and CCL22 and influences severity of retinal inflammation

Funding: This work was supported by funding awards to Dr Isabel Crane from the National Eye Research Centre, Bristol, UK (Grant ref. SCIAD 058); and NHS Grampian Endowment Trust (Grant ref. 10/16). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Mecanismo de interacción, calcio dependiente, entre Calcineurina y PERK, involucrado en el Estrés de Retículo Endoplásmico

El Estrés de Retículo Endoplásmico (RE) es inducido por la acumulación de proteínas sin plegar en el lumen de la organela. Esto se puede observar en diversas situaciones fisio-patológicas como durante una infección viral o en proceso isquémico. Además, contribuye a la base molecular de numerosas enfermedades ya sea índole metabólico (Fibrosis quística o Diabetes Miellitus) o neurodegenerativas como mal de Alzheimer o Parkinson (Mutat Res, 2005, 569). Para restablecer la homeostasis en la organela se activa una señal de transducción (UPR), cuya respuesta inmediata es la atenuación de la síntesis de proteína debido a la fosforilación de subunidad alpha del factor eucariótico de iniciación de translación (eIF2α) vía PERK. Esta es una proteína de membrana de RE que detecta estrés. Bajo condiciones normales, PERK está inactiva debido a la asociación de su dominio luminar con la chaperona BIP (Nat Cell Biol, 2000, 2: 326). Frente a una situación de estrés, la chaperona se disocia causando desinhibición. Recientemente, (Plos One 5: e11925) se observó, bajo condiciones de estrés, un aumento de Ca2+ citosólico y un rápido incremento de la expresión de calcineurina (CN), una fosfatasa citosólica dependiente de calcio, heterodimérica formada por una subunidad catalítica (CN-A) y una regulatoria (CN-B). Además, CN interacciona, sin intermediarios, con el dominio citosólico de PERK favoreciendo su trans-autofosforilación. Resultados preliminares indican que, astrocitos CNAβ-/- exhibieron, en condiciones basales, un mayor número de células muertas y de niveles de eIF2α fosforilado que los astrocitos CNAα-/-. Hipótesis: CNAβ/B interacciona con PERK cuando el Ca2+ citosólico esta incrementado luego de haberse inducido Estrés de RE, lo cual promueve dimerización y auto-fosforilación de la quinasa, acentuándose así la fosforilación de eIF2α e inhibición de la síntesis de proteínas. Esta activación citosólica de PERK colaboraría con la ya descrita, desinhibición luminal llevada cabo por BIP. Cuando el Ca2+ citosólico retorna a los niveles basales, PERK fosforila a CN, reduciendo su afinidad de unión y disociándose el complejo CN/PERK. Objetivo general: Definir las condiciones por las cuales CN interacciona con PERK y regula la fosforilación de eIF2α e inhibición de la síntesis de proteína. Objetivos específicos: I-Estudiar la diferencia de afinidades y dependencia de Ca2+, de las dos isoformas de CN (α y β) en su asociación con PERK. Además verificar la posible participación de la subunidad B de CN en esta interacción. II-Determinar si la auto-fosforilación de PERK es diferencialmente regulada por las dos isoformas de CN. III-Discernir la relación del estado de fosforilación de CN con su unión a PERK. IV-Determinar efectos fisiológicos de la interacción de CN-PERK durante la respuesta de Estrés de RE. Para llevar a cabo este proyecto se realizarán experimentos de biología molecular, interacción proteína-proteína, ensayos de fosforilación in vitro y un perfil de polisoma con astrocitos CNAβ-/- , CNA-/- y astrocitos controles. Se espera encontrar una mayor afinidad de unión a PERK de la isoforma β de CN y en condiciones donde la concentración de Ca2+ sea del orden micromolar e imite niveles del ión durante un estrés. Con respecto al estado de fosforilación de CN, debido a los resultados preliminares, donde solo se la encontró fosforilada en condiciones basales, se piensa que CN podría interactuar con mayor afinidad con PERK cuando CN se encuentre desfosforilada. Por último, se espera encontrar un aumento de eIF2α fosforilado y una acentuación de la atenuación de la síntesis de proteína como consecuencia de la mayor activación de PERK por su asociación con la isoforma β de CN en astrocitos donde el Estrés de RE se indujo por privación de oxigeno y glucosa. Estos experimentos permitirán avanzar en el estudio de una nueva función citoprotectora de CN recientemente descrita por nuestro grupo de trabajo y sus implicancias en un modelo de isquemia.

CARACTERIZACIÓN FUNCIONAL DE ZEB1 EN CÉLULAS EN DIFERENCIACIÓN Y METASTÁSICAS

IDENTIFICACIÓN ZEB1 (Zinc Finger E-box Binding Homeobox) es un factor de transcripción funcionalmente asociado con la diferenciación de células como miocitos, neuronas, células de sostén y linfocitos T, además de estar involucrado en la Transición Epitelial-Mesenquimatosa (EMT) de los tumores sólidos epiteliales. Aún no se ha revelado en profundidad la participación de ZEB1 en los procesos de proliferación y diferenciación en los que participa. Estamos interesados en los mecanismos de regulación de ZEB1 y los factores que intervienen en los procesos de diferenciación y transformación celular. HIPÓTESIS 1. Las vías de señalamiento regulan el estado de fosforilación y la función de ZEB1 en la célula normal, el cual se desregularía en la célula neoplásica llevando a cambios en la función normal de ZEB1 y consecuentemente a metástasis. 2. IGF-1 es la señal que, en asociación con el supresor de tumores CCN6, juega un rol causal en la regulación de ZEB1 y esto a su vez en la metástasis del cáncer de mama. OBJETIVO GENERAL: establecer el rol funcional de ZEB1, su interrelación con otros factores y su regulación en los procesos de diferenciación y transformación celular. OBJETIVOS ESPECIFICOS (incluye Materiales y Métodos) 1. Estudiar la participación de vías de señalización sobre la función biológica de ZEB1 en células normales y neoplásicas. Analizaremos la participación de señales intracelulares en la fosforilación de ZEB1 por experimentos de ganancia/pérdida de función de la vía (por uso de inhibidores farmacologicos, mutantes silenciadoras y siRNAs), lo cual sera evaluado en EMSAs, ChIP, transfecciones, inmunofluoresc, etc. 2. Estudiar el rol de IGF-1 y CCN6 sobre la expresión y el estado de fosforilación de ZEB1 en tumores mamarios benignos, no invasivos e invasivos y metastatizantes. A) Se estudiará la expresión y localización subcelular de ZEB1 en líneas celulares de cáncer mamario y en xenotransplantes de ratón con variada expresión de CCN6. B) Investigar la relevancia de la fosforilación de ZEB1 mediada por IGF-1 en el EMT por experimentos con ganancia/pérdida de función. RESULTADOS ESPERADOS Esperamos poder delinear la/s vía/s de señalización intracelular que fosforilan ZEB1 y así conocer sobre la regulación del mismo. Podremos establecer algunas bases para entender la biología básica del cáncer de mama e identificar blancos terapéuticos. IMPORTANCIA Un amplio conocimiento de los factores de transcripción y sus vías de señalamiento es necesario para el desarrollo tanto de pruebas diagnósticas como para la identificación de nuevos blancos terapéuticos para neoplasias. De modo que resulta de gran importancia clínica determinar el rol de ZEB1, sus proteínas y vías reguladoras en el proceso de oncogénesis. El desarrollo del proyecto prevé la formación de dos tesistas. Se continuaran colaboraciones con dos grupos extranjeros y se iniciara una tercera.

Evaluación de los mecanismos farmacológicos relacionados a la actividad antitumoral y antibacteriana de compuestos aislados a partir de plantas del centro de Argentina

El uso de plantas para tratar diferentes patologías es tan ancestral como la humanidad misma, constituyendo estas una destacada fuente de drogas terapéuticas. Actualmente, se estima que un 25 % del total de las drogas utilizadas en la clínica corresponden a principios activos aislados de plantas superiores y a drogas semi-sintéticas obtenidas a partir de estos precursores naturales. Sin embargo, a pesar de contar con este importante número de estas entidades farmacológicas, al cual se le suma una abundante cantidad de moléculas sintéticas, aún no se dispone de suficientes fármacos que satisfagan simultáneamente las actuales demandas de la terapéutica relacionadas a efectividad, selectividad y mínimo impacto en el desarrollo de resistencia. Esta ausencia se torna crítica en patologías tales como el cáncer o las infecciones bacterianas en donde el fenómeno de resistencia a la acción del medicamento es frecuente, constituyendo la principal causa de fallas en los tratamientos. Esto ha llevado a los investigadores a recurrir nuevamente al estudio de la extensa cantidad de metabolitos presentes en las plantas que aún restan evaluar, muchos de los cuales exhibirían estructuras desconocidas o novedosos mecanismos de acción. En este contexto, el objetivo general del proyecto es estudiar los mecanismos farmacológicos relacionados a la actividad antitumoral o antibacteriana de metabolitos obtenidos en nuestro laboratorio a partir de plantas pertenecientes a la flora nativa, adventicia y naturalizada de la región central de Argentina con el fin de contar con la información necesaria para su posicionamiento como fármacos. En particular, los trabajos apuntarán a determinar el efecto regulador sobre moléculas constitutivas de las células tumorales a través del cual, dos compuestos previamente identificados en nuestro laboratorio como citotóxico o como inhibidor de la expulsión de quimioterápicos mediado por la bomba de resistencia a multidrogas (MDR) P-glicoproteína (P-gp), ejercen su acción. Por otro lado se propone la obtención de nuevas sustancias con propiedades antibacterianas con especial atención a las moléculas y procesos involucrados en dicha acción. Es importante subrayar, que las sustancias encontradas podrán surgir en el futuro como drogas alternativas per se o como líderes para la síntesis o semi-síntesis de análogos a los fines de ser utilizadas en los tratamientos clínicos o veterinarios. Estos tópicos son de alta prioridad en el campo de la investigación, dada la urgente necesidad de nuevos fármacos selectivos dirigidos contra la célula cancerosa o bacteria patógena.