Using genomics for drug discovery in medulloblastoma

Tese de doutoramento, Medicina (Neurocirurgia), Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2014

HG 216.35-216.45

Brown, coarse grained sample. Clasts range from small to medium in size and sub-angular to angular. Patched of clay rich domains can be seen throughout the sample. Rotation with and without a central grain can be seen throughout the sample. Edge-to-edge grain crushing and grain stacking can be seen throughout the sample.

The importance of the Hedgehog signaling pathway at the level of the blood-brain barrier

La barrière hémato-encéphalique (BHE) protège le système nerveux central (SNC) en contrôlant le passage des substances sanguines et des cellules immunitaires. La BHE est formée de cellules endothéliales liées ensemble par des jonctions serrées et ses fonctions sont maintenues par des astrocytes, celles ci sécrétant un nombre de facteurs essentiels. Une analyse protéomique de radeaux lipidiques de cellules endothéliales de la BHE humaine a identifié la présence de la voie de signalisation Hedgehog (Hh), une voie souvent liées à des processus de développement embryologique ainsi qu’au niveau des tissus adultes. Suite à nos expériences, j’ai déterminé que les astrocytes produisent et secrètent le ligand Sonic Hh (Shh) et que les cellules endothéliales humaines en cultures primaires expriment le récepteur Patched (Ptch)-1, le co-récepteur Smoothened (Smo) et le facteur de transcription Gli-1. De plus, l’activation de la voie Hh augmente l’étanchéité des cellules endothéliales de la BHE in vitro. Le blocage de l’activation de la voie Hh en utilisant l’antagoniste cyclopamine ainsi qu’en utilisant des souris Shh déficientes (-/-) diminue l’expression des protéines de jonctions serrées, claudin-5, occcludin, et ZO-1. La voie de signalisation s’est aussi montrée comme étant immunomodulatoire, puisque l’activation de la voie dans les cellules endothéliales de la BHE diminue l’expression de surface des molécules d’adhésion ICAM-1 et VCAM-1, ainsi que la sécrétion des chimiokines pro-inflammatoires IL-8/CXCL8 et MCP-1/CCL2, créant une diminution de la migration des lymphocytes CD4+ à travers une monocouche de cellules endothéliales de la BHE. Des traitements avec des cytokines pro-inflammatoires TNF-α and IFN-γ in vitro, augmente la production de Shh par les astrocytes ainsi que l’expression de surface de Ptch-1 et de Smo. Dans des lésions actives de la sclérose en plaques (SEP), où la BHE est plus perméable, les astrocytes hypertrophiques augmentent leur expression de Shh. Par contre, les cellules endothéliales de la BHE n’augmentent pas leur expression de Ptch-1 ou Smo, suggérant une dysfonction dans la voie de signalisation Hh. Ces résultats montrent que la voie de signalisation Hh promeut les propriétés de la BHE, et qu’un environnement d’inflammation pourrait potentiellement dérégler la BHE en affectant la voie de signalisation Hh des cellules endothéliales.

The Quadric Reference Surface: Theory and Applications

The conceptual component of this work is about "reference surfaces'' which are the dual of reference frames often used for shape representation purposes. The theoretical component of this work involves the question of whether one can find a unique (and simple) mapping that aligns two arbitrary perspective views of an opaque textured quadric surface in 3D, given (i) few corresponding points in the two views, or (ii) the outline conic of the surface in one view (only) and few corresponding points in the two views. The practical component of this work is concerned with applying the theoretical results as tools for the task of achieving full correspondence between views of arbitrary objects.

El problema de Alhacén

El presente documento es un estudio detallado del problema conocido bajo el título de Problema de Alhacén. Este problema fue formulado en el siglo X por el filósofo y matemático árabe conocido en occidente bajo el nombre de Alhacén. El documento hace una breve presentación del filósofo y una breve reseña de su trascendental tratado de óptica Kitab al-Manazir. A continuación el documento se detiene a estudiar cuidadosamente los lemas requeridos para enfrentar el problema y se presentan las soluciones para el caso de los espejos esféricos (convexos y cóncavos), cilíndricos y cónicos. También se ofrece una conjetura que habría de explicar la lógica del descubrimiento implícita en la solución que ofreció Alhacén. Tanto los lemas como las soluciones se han modelado en los software de geometría dinámica Cabri II-Plus y Cabri 3-D. El lector interesado en seguir dichas modelaciones debe contar con los programas mencionados para adelantar la lectura de los archivos. En general, estas presentaciones constan de tres partes: (i) formulación del problema (se formula en forma concisa el problema); (ii) esquema general de la construcción (se presentan los pasos esenciales que conducen a la construcción solicitada y las construcciones auxiliares que demanda el problema), esta parte se puede seguir en los archivos de Cabri; y (iii) demostración (se ofrece la justificación detallada de la construcción requerida). Los archivos en Cabri II plus cuentan con botones numerados que pueden activarse haciendo “Click” sobre ellos. La numeración corresponde a la numeración presente en el documento. El lector puede desplazar a su antojo los puntos libres que pueden reconocerse porque ellos se distinguen con la siguiente marca (º). Los puntos restantes no pueden modificarse pues son el resultado de construcciones adelantadas y ajustadas a los protocolos recomendados en el esquema general.

Spectral analysis and the Aharonov-Bohm\~ effect on certain almost-Riemannian manifold

We study spectral properties of the Laplace-Beltrami operator on two relevant almost-Riemannian manifolds, namely the Grushin structures on the cylinder and on the sphere. This operator contains first order diverging terms caused by the divergence of the volume. We get explicit descriptions of the spectrum and the eigenfunctions. In particular in both cases we get a Weyl's law with leading term Elog E. We then study the drastic effect of Aharonov-Bohm magnetic potentials on the spectral properties. Other generalised Riemannian structures including conic and anti-conic type manifolds are also studied. In this case, the Aharonov-Bohm magnetic potential may affect the self-adjointness of the Laplace-Beltrami operator.

Potassium Current in Mature Bovine Spermatozoa

Ion channels have been assigned a pivotal importance in various sperm functions and are therefore promising targets for contraceptive development. The lack of data on channel functionality and pharmacology has hampered this goal. This is a consequence of technical problems of applying electrophysiological techniques to spermatozoa due to their small size and form. By using a laminin coating to increase adherence of spermatozoa and nystatin in the patch pipette for pore formation, we have adapted the whole-cell recording technique to study currents in mature uncapacitated bovine spermatozoa. Employing these conditions, in the head region, patched spermatozoa could be transferred into the whole-cell configuration. For the first time we document an outward rectifying current in mature bovine spermatozoa was blocked by tetraethyl ammonium (TEA) chloride. The observation of a shift in the reversal potential as a response to changes in the extracellular concentration of K+ ions allowed us to identify this current as K+ selective. This result shows that K+ channels in the head region of mature uncapacitated bovine spermatozoa can be suitably investigated using the whole-cell recording patch-clamp technique.

Morfologia e avaliação do crescimento inicial de plântulas de Bactris gasipaes Kunth. (arecaceae) em diferentes substratos

Este trabalho teve por objetivos descrever a morfologia dos diásporos, as fases da germinação e determinar o substrato mais adequado para o crescimento inicial de plântulas de pupunha. Periodicamente, unidades representativas de cada fase de germinação foram retiradas para a descrição da seqüência dos eventos morfológicos. Os substratos usados para o crescimento inicial foram Plantmax HT, areia, terra (latossolo roxo) e outro com proporções iguais de terra, areia e esterco (TAE). Avaliou-se o crescimento inicial das plântulas aos 101 dias após o transplante, com base na sua altura, número de folhas, comprimento e largura das folhas. Observou-se que as sementes são albuminosas, com endosperma oleaginoso e de consistência relativamente dura. O embrião é lateral, periférico e relativamente indiferenciado, de forma cônica. A germinação inicia-se com o desenvolvimento de uma massa de células indiferenciadas na depressão micropilar. Posteriormente, esta massa de células torna-se cilíndrica, com a diferenciação dos primórdios caulinar e radicular. O primórdio caulinar é constituído por três bainhas envolvendo a primeira folha. Estas se abrem sucessivamente, permitindo a emergência da folha primária. Entre os substratos testados, de acordo com os parâmetros avaliados, os mais adequados para crescimento inicial de mudas de Bactris gasipaes Kunth foram o TAE e o Plantmax.

Declínio dos citros: algo a ver com o sistema de produção de mudas cítricas?

Na atualidade, a citricultura paulista enfrenta sérios problemas com o surgimento de novas enfermidades limitantes ao processo produtivo. Uma das alternativas para prevenir essas enfermidades é, seguramente, a produção de mudas certificadas, com borbulhas e sementes de assegurada qualidade genética e sanitária, produzidas em containers ou sacos plásticos, sob fiscalização dos órgãos competentes, garantindo-se, assim, a sanidade das mesmas. No entanto, tem-se verificado que grande parte do processo operacional de produção de mudas cítricas foi parcialmente adaptado da produção de essências florestais (eucalipto), onde se insere, principalmente, o emprego de tubetes com comprimento de 12 cm. Tal prática desencadeia uma grave deformidade morfológica no sistema radical das mudas cítricas, reduzindo o seu potencial de crescimento, quando são plantadas a campo, em local definitivo. Como a principal causa desencadeadora do declínio dos citros parece ser o estresse hídrico, plantas oriundas desse sistema de produção de mudas, mostram-se muito mais vulneráveis ao estresse e, conseqüentemente, a esta anomalia. Como atualmente todas as mudas produzidas no Estado de São Paulo provêm desse sistema de produção, seguramente o declínio dos citros tenderá a ser, futuramente, muito mais freqüente e severo nos casos de combinações vulneráveis à sua ocorrência.

Canibalismo em larvas de matrinxã, Brycon cephalus, após imersão dos ovos à diferentes concentrações de triiodotironina (T3)

The present work evaluated larvae cannibalism of matrinxa, Brycon cephalus, originated from eggs exposed to triiodothyronine, in the period of 36 to 72 hours after hatching. Observed parameters were: weight and length of larvae, stomach content, presence of cannibalism and type of attacks. This study was carried out at Centro de Pesquisa e Gestao de Recursos Pesqueiros Continentais (CEPTA/IBAMA), Pirassununga-SP, in November 2004. Three females were hormonally induced to spawn and pooled oocytes were fertilized and separated into four batches that constituted the treatments: L-1 (control - water); L-2 (0.01 ppm T-3); L-3 (0.05 ppm T-3) and L-4 (0.1 ppm T-3). Eggs were exposed during 15 minutes to water or to solutions containing the different concentrations of T3. Eggs were distributed in 12 conic incubators (60 L), with three replicates per treatment. There was stocked 500 mL of eggs per incubator and hatched larvae were counted. Samples of 30 larvae per treatment were colleted during occurrence of cannibalism (36, 48, 60 and 72 hours post hatching). Predator larvae (with rests of larvae in the stomach) were 50% of the total number of larvae and they presented weight 50% higher compared to that of non predator larvae (without rests of larvae in the stomach) and 9% higher regarding length. Coefficient of variation of weight and length did not differ among treatments, showing similarity in relation to the size. The stomach content revealed that cannibalism occurred in around 50-60 % of larvae, regardless the exposure to the triiodothyronine, and attacks were characterized as head-tail and tail-head attacks.

Aporte e decomposição de serapilheira em áreas de cerradão e mata mesofítica na Estação Ecológica de Pirapitinga - MG

This study aimed to quantify the litter and nutrients amount and to estimate the decomposition rate in areas of mesophytic forest and 'Cerradao' in the Ecological Station of Pirapitinga. To evaluate litter and nutrients devolution 10 conic litter traps were randomly distributed in an area 0.1 ha in each area of study, with monthly evaluations. The litter decomposition in the areas of study was evaluated by using litter bags. The total production of litter was 2.50 and 2.92 Mg ha(-1) yr(-1) for mesophytic forest and 'Cerradao' areas, respectively. The nutrients devolution importance order was nitrogen> potassium> phosphorus. The mesophytic forest showed more homogeneous distribution of litter fall over the year and higher values of total annual litter and nutrients, the highest values were observed at the dry season. The half-life decomposition of leaf litter was equivalent between areas, about 161 days in the mesophytic forest area and 173 in 'Cerradao' area.

Velocidade do fluxo de ar em barra de pulverização no controle químico de Anticarsia gemmatalis, Hübner e percevejos na cultura da soja

A lagarta Anticarsia gemmatalis (Hübner) e os percevejos fitófagos são pragas importantes na cultura da soja no Brasil. Este trabalho objetivou avaliar o controle desses insetos após o tratamento com inseticidas, sob diferentes velocidades do fluxo de ar junto à barra de pulverização nessa cultura. O experimento foi desenvolvido em Botucatu, na cultura da soja [Glycine max (L.) Merrill], var. Conquista (safra 2007/08), no delineamento experimental de blocos ao acaso (quatro velocidades do fluxo de ar: 0, 9, 11 e 29 km h-1), mais testemunha, totalizando cinco tratamentos e quatro repetições. No estádio de desenvolvimento vegetativo (V10) realizou uma aplicação do inseticida deltametrina na dosagem de 6,5 g do i.a. ha-1 para o controle de lagartas e no estádio de desenvolvimento reprodutivo (R6) aplicou o inseticida tiametoxam associado com lambda-cialotrina na dosagem de 25,38 + 19,08 g do i.a. ha-1 para o controle de percevejos. A aplicação foi feita com um pulverizador Advanced Vortex 2000, com pontas de pulverização jato cônico JA2, conferindo um volume de calda de 200 L ha-1. As avaliações antes e após a aplicação foram realizadas pelo método de batidas no pano. Avaliaram-se os danos causados por percevejos, considerando-se a porcentagem de danos às sementes, ao poder germinativo e à produtividade. No geral, o número médio de lagartas e percevejos foram significativamente menores nas parcelas tratadas em relação ao obtido na testemunha. Não houve diferença de produtividade entre os tratamentos. A porcentagem de emergência e sementes picadas por percevejos foram significativamente menores nos tratamentos que receberam o controle em comparação à testemunha.

Contribuições da investigação em sala de aula para uma aprendizagem das secções cônicas com significado

In this work, the didactical possibilities of investigation use in classroom, through an experience with high school students from Federal Center of Technological Education of Paraíba, as well as the study of conic sections were analysed. In order to fulfill our goals the theoretical conceptions concerning the meaninful learning in conection with the investigation of mathematics history were taken into account. The classroom research occurred by means of activities which encouraged the learner to investigate his own concepts on the conic sections. The results of the proposed activities showed the effectiveness and the efficiency of such a methodology as regards the making up of the required knowledge. They also reveal that the investigation in the classroom guides the ones involved, in this process, to have a wider look at the origins, the methods used and the several representations presented by mathematics that certainly lead, specially the students, to a meaninful learning

Epidemiologia do carcinoma basocelular

O carcinoma basocelular é a neoplasia maligna mais comum em humanos e sua incidência vem aumentando nas últimas décadas. Sua grande frequência gera significativo ônus ao sistema de saúde, configurando problema de saúde pública. Apesar das baixas taxas de mortalidade e de rara ocorrência de metástases, o tumor pode apresentar comportamento invasivo local e recidivas após o tratamento, provocando importante morbidade. Exposição à radiação ultravioleta representa o principal fator de risco ambiental associado a sua gênese. Entretanto, descrevem-se outros elementos de risco: fotótipos claros, idade avançada, história familiar de carcinomas de pele, olhos e cabelos claros, sardas na infância e imunossupressão, além de aspectos comportamentais, como exercício profissional exposto ao sol, atividade rural e queimaduras solares na juventude. Entre 30% e 75% dos casos esporádicos estão associados à mutação do gene patched hedgehog, mas outras alterações genéticas são ainda descritas. A neoplasia é comumente encontrada concomitantemente com lesões cutâneas relacionadas à exposição solar crônica, tais como: queratoses actínicas, lentigos solares e telangiectasias faciais. A prevenção do carcinoma basocelular se baseia no conhecimento de fatores de risco, no diagnóstico e tratamento precoces e na adoção de medidas específicas, principalmente, nas populações susceptíveis. Os autores apresentam uma revisão da epidemiologia do carcinoma basocelular.

Digestibilidade de alimentos protéicos e energéticos para fêmeas de beta

Foram avaliados os coeficientes de digestibilidade aparente de MS, PB, energia bruta (EB) e EE de alimentos protéicos (farelo de soja e farinha de peixe) e energéticos (fubá de milho e farelo de trigo) para beta (Betta splendens). Fêmeas adultas foram alojadas em gaiolas e mantidas em dois aquários de fibra de vidro (30 peixes/aquário) para alimentação e dois para coleta de fezes, ambos de formato cônico e com capacidade para 30 L. Os resultados dos coeficientes de digestibilidade aparente de MS, PB, EB e EE foram, respectivamente, de 69,43; 72,52; 67,91 e 55,50% para farelo de soja; 60,67; 51,15; 75,55 e 58,26% para farinha de peixe; 63,88; 87,16; 77,61 e 50,40% para fubá de milho; e 61,06; 93,37; 58,17 e 65,51% para farelo de trigo. Os resultados obtidos neste estudo permitem otimizar a formulação de dietas práticas balanceadas, economicamente viáveis para a espécie.