A modular approach for integrative analysis of large-scale gene-expression and drug-response data

High-throughput technologies are now used to generate more than one type of data from the same biological samples. To properly integrate such data, we propose using co-modules, which describe coherent patterns across paired data sets, and conceive several modular methods for their identification. We first test these methods using in silico data, demonstrating that the integrative scheme of our Ping-Pong Algorithm uncovers drug-gene associations more accurately when considering noisy or complex data. Second, we provide an extensive comparative study using the gene-expression and drug-response data from the NCI-60 cell lines. Using information from the DrugBank and the Connectivity Map databases we show that the Ping-Pong Algorithm predicts drug-gene associations significantly better than other methods. Co-modules provide insights into possible mechanisms of action for a wide range of drugs and suggest new targets for therapy

Modular analysis of gene expression data with R.

SUMMARY: Large sets of data, such as expression profiles from many samples, require analytic tools to reduce their complexity. The Iterative Signature Algorithm (ISA) is a biclustering algorithm. It was designed to decompose a large set of data into so-called 'modules'. In the context of gene expression data, these modules consist of subsets of genes that exhibit a coherent expression profile only over a subset of microarray experiments. Genes and arrays may be attributed to multiple modules and the level of required coherence can be varied resulting in different 'resolutions' of the modular mapping. In this short note, we introduce two BioConductor software packages written in GNU R: The isa2 package includes an optimized implementation of the ISA and the eisa package provides a convenient interface to run the ISA, visualize its output and put the biclusters into biological context. Potential users of these packages are all R and BioConductor users dealing with tabular (e.g. gene expression) data. AVAILABILITY: http://www.unil.ch/cbg/ISA CONTACT: sven.bergmann@unil.ch

PICTour : aplicació modular per a la gestió d'imatges geoetiquetades mitjançant serveis en línea independents basada en tecnologia .NET

Aplicació realitzada emprant diverses tecnologies de la plataforma .NET i capaç d'adaptar-se a l'escenari canviant de la web 2.0 i aprofitar les eines que ofereix.

Mutations in the SPARC-Related Modular Calcium-Binding Protein 1 Gene, SMOC1, Cause Waardenburg Anophthalmia Syndrome.

Waardenburg anophthalmia syndrome, also known as microphthalmia with limb anomalies, ophthalmoacromelic syndrome, and anophthalmia-syndactyly, is a rare autosomal-recessive developmental disorder that has been mapped to 10p11.23. Here we show that this disease is heterogeneous by reporting on a consanguineous family, not linked to the 10p11.23 locus, whose two affected children have a homozygous mutation in SMOC1. Knockdown experiments of the zebrafish smoc1 revealed that smoc1 is important in eye development and that it is expressed in many organs, including brain and somites.

Anàlisi i disseny d'un programari de Gestió Remota d'un Parc Modular d'Energia Solar

Anàlisi i disseny d'una aplicació per gestionar de manera remota l'activitat d'un parc d'energia solar fotovoltaica.

Les tecnologies de la comunicació al servei de la gent gran

Aquest informe mira de documentar el projecte GeriaTic, que desenvolupa l'Ajuntament de Barcelona al districte 22@. L'informe fa una anàlisi de la situació de la gent gran en relació amb les tecnologies de la informació i la comunicació en el sector de la salut, el control de l'entorn i el lleure. L'anàlisi de la documentació trobada i la informació extreta d'un grup de discussió amb persones grans usuàries de les TIC permeten identificar el mercat existent, els productes i serveis, les necessitats no cobertes i les bones pràctiques relacionades amb els tres sectors estudiats. Les conclusions de l'estudi assenyalen tres aspectes clau: la necessitat que la tecnologia s'incorpori a la vida quotidiana de les persones, perquè aparegui com a quelcom necessari i útil; la cura en cercar un disseny modular, escalable i integrat de la tecnologia que acompanyi les característiques específiques de la persona i els canvis al llarg del seu cicle vital, i, finalment, la consideració que la incorporació de les TIC en l'àmbit de la gent gran no tan sols involucra la persona, sinó també el conjunt de professionals i la societat en general. Aquests tres aspectes permeten plantejar l'exigència que la incorporació de la tecnologia en la vida de la gent gran abandoni el model assistencial i es presenti a la persona i a la societat com una font de noves possibilitats i una oportunitat per al canvi.

Reconstrucció del clima durant el viatge de Fa Xian : influències climatològiques en la introducció del budisme a la Xina

S'examinen les possibles influències del canvi climàtic sobre les motivacions i les condicions d'un dels grans pelegrins budistes xinesos del segle quart, en el seu viatge cap a la Índia a la recerca de texts sagrats.

La conveniència d'ampliar la competència del TSJC pel que fa al coneixement de la revisió civil de la sentència ferma

Anàlisi de la regulació estatal i autonòmica, així com la jurisprudència del Tribunal Suprem i els tribunals superiors de justícia, per tal d’examinar la necessària ampliació de la competència de la Sala Civil i Penal del Tribunal Superior de Catalunya pel que fa al coneixement de la revisió de la sentència ferma.

Correcció d'exercicis de lògica per l'ACME

La Universitat de Girona, i més concretament el Departament d’Informàtica i Matemàtica Aplicada, ja fa uns anys que ha posat en marxa el Projecte Avaluació Continuada i Millora de l’Ensenyament, també anomenat ACME. Aquest projecte és una plataforma d'e-learning, és a dir, un sistema d’aprenentatge a través de la xarxa que potencia la col•laboració digital i el bescanvi d’informació entre alumne i professor. El creixement que ha experimentat la plataforma, ha estat possible gràcies al disseny modular de l’aplicació, on cada nova funcionalitat que estava essent desenvolupada evolucionava de manera independent a la resta de la plataforma i sense comprometre’n el funcionament. Per afegir un nou mòdul a l’ACME, s’utilitzen els mòduls de base que confereixen l'estructura a la plataforma i les eines per incorporar nous mòduls, amb el que la implantació d’aquests a la plataforma és d’elevada senzillesa. Actualment, la majoria de les assignatures de primer del Grau d’Informàtica ja disposen d’exercicis adaptats a la plataforma, el que dóna una uniformitat en les eines i plataformes que utilitzen els alumnes en la seva formació. Però no hi són totes les assignatures, falta incloure l’assignatura de Lògica a la plataforma. D’aquesta manera, tant els alumnes com els professors de l’assignatura, podran treure profit dels beneficis esmentats que aporta l’ACME. Concretament, a l’assignatura de Lògica es disposava d’uns aplicatius a la plataforma Moodle de la Universitat de Girona on es guiava a l’alumne en la resolució dels exercicis. Aquest mètode és molt interessant com a mètode pedagògic per a l’aprenentatge inicial de l’assignatura, però no representa un repte real on els alumnes hagin d’aplicar els seus coneixements per a la seva realització. Els alumnes també disposaven d’un dossier on se’ls proposava uns exercicis molt complets, i a les pàgines finals d’aquest se’ls donava la solució. Aleshores, de manera voluntària els alumnes realitzaven els exercicis i comprovaven amb la solució si havien aprés a resoldre’ls. Per tant, tant els responsables de l'assignatura de Lògica com els responsables de la plataforma ACME van veure que es podrien desenvolupar eines a l'ACME per tal de corregir de forma automàtica els exercicis de l'assignatura. Incorporar l’assignatura de Lògica a l’ACME permet que els alumnes es vegin més involucrats a fer exercicis durant els curs de manera continuada, gràcies als terminis d’entrega, i facilita als professors la seva tasca deslliurant-los de les correccions i oferint-los-hi eines de seguiment

Desenvolupament d'un sistema d'adquisició i gestió de dades integrat en una arquitectura modular en xarxa (orientat a la ramaderia de precisió)

Desenvolupament d'un sistema d'adquisició, filtrat, emmagatzetmament i gestió de dades provinents d'un sistema de control de subministrament d'aliment d'una explotació porcina. D'altra banda, l'eina informàtica incorporarà dos bases de dades (bruta i neta) les quals es podran consultar amb un VI específic, tant de manera local com remota amb l'ajuda del webserver de labview, també conté un VI específic de generació d'informes (via internet) que facilita la inspecció de dades. Tots els programes estan implementats en labview i connectats en xarxa.

Sistema modular de presentación de información para la plataforma de web semántica Rhizomer

Aquest projecte es basa en la idea de redefinir la web actual sota el marc de la web semàntica a través de la plataforma rhizomer. Intentant explotar les possibilitats d'indexació semàntica de continguts àudiovisuals. L'objectiu d'aquest treball es generar un sistema de presentació de dades utilitzant els diferents tipus de contingut àudiovisual que ens ofereix el grup de comunicació Segre. Fonamentalment, es desenvoluparan tres sistemes de presentació d'informació diferents: vista geogràfica, vista línia temporal, transcripció i reproducció d'àudio.

Evaluación de la Estructura Modular en la Escuela Superior Universitaria Politécnica. Primera aproximación

En esta comunicación se plasman los resultados obtenidos de la evaluación llevada a cabo respecto la iniciativa tomada por parte del profesorado de la Escuela Superior Politécnica de la Universidad Pompeu Fabra en cuanto a la construcción de una estructura modular sólida y eficaz para la coordinación y gestión de las asignaturas del actual y futuro plan de estudios. Esta nueva estructura de módulos resulta una iniciativa innovadora que, a su vez, potencia y enfatiza la calidad de los estudios. En concreto la comunicación presenta los resultados de la evaluación piloto de uno de los módulos. Estos resultados nos ofrecen información sobre el punto en el que estamos actualmente así como nos orientan hacia nuevasacciones a desarrollar para optimizar la estructura modularsobre la que se basan los nuevos Grados mejorando los procesosque de ella se desprenden.

Congruences between modular forms and lowering the level mod l^n

In this article we study the behavior of inertia groups for modularGalois mod l^n representations and in some cases we give a generalizationof Ribet s lowering the level result (cf. [Rib90]).