Archiving primary data: Solutions for long-term studies

The recent trend for journals to require open access to primary data included in publications has been embraced by many biologists, but has caused apprehension amongst researchers engaged in long-term ecological and evolutionary studies. A worldwide survey of 73 principal investigators (Pls) with long-term studies revealed positive attitudes towards sharing data with the agreement or involvement of the PI, and 93% of PIs have historically shared data. Only 8% were in favor of uncontrolled, open access to primary data while 63% expressed serious concern. We present here their viewpoint on an issue that can have non-trivial scientific consequences. We discuss potential costs of public data archiving and provide possible solutions to meet the needs of journals and researchers.

Risk analysis of prostate cancer in PRACTICAL, a multinational consortium, using 25 known prostate cancer susceptibility loci

Background Genome-wide association studies have identified multiple genetic variants associated with prostate cancer risk which explain a substantial proportion of familial relative risk. These variants can be used to stratify individuals by their risk of prostate cancer. Methods We genotyped 25 prostate cancer susceptibility loci in 40,414 individuals and derived a polygenic risk score (PRS).We estimated empirical odds ratios (OR) for prostate cancer associated with different risk strata defined by PRS and derived agespecific absolute risks of developing prostate cancer by PRS stratum and family history. Results The prostate cancer risk for men in the top 1% of the PRS distribution was 30.6 (95% CI, 16.4-57.3) fold compared with men in the bottom 1%, and 4.2 (95% CI, 3.2-5.5) fold compared with the median risk. The absolute risk of prostate cancer by age of 85 years was 65.8% for a man with family history in the top 1% of the PRS distribution, compared with 3.7% for a man in the bottom 1%. The PRS was only weakly correlated with serum PSA level (correlation = 0.09). Conclusions Risk profiling can identify men at substantially increased or reduced risk of prostate cancer. The effect size, measured by OR per unit PRS, was higher in men at younger ages and in men with family history of prostate cancer. Incorporating additional newly identified loci into a PRS should improve the predictive value of risk profiles. Impact:We demonstrate that the risk profiling based on SNPs can identify men at substantially increased or reduced risk that could have useful implications for targeted prevention and screening programs.

When film, fashion & interiors collide: Designing the After Darkly Graduate Fashion Show

In 2013 QUT Interior Design and Fashion Disciplines partnered to design the Catwalk for the QUT After Darkly Graduate Fashion Show. The ephemeral work (catwalk canopy and cinematic affects) was developed through collaboration between the authors based upon an undergraduate interior design unit ‘Filmic Interiors’ in which students were tasked with designing a fashion show. Filmic Interiors exploited the potential of film to influence, understand, and develop novel interior spaces through consideration of mise-en-scene, cinematic effects and atmospheric design strategies engaged by key film directors Jean Pierre Jeunet and Darren Aronofsky. The design outcome represents a hybridisation of student design proposals, contemplating both film and emerging collections from graduate fashion students. The work explored a number of iterations each testing material qualities and immaterial cinematic affects, as a means to develop new space. The process was led by experimentation undertaken by the designers through previous studio explorations surrounding the theme of ‘Strange Space’ and design practice ‘Making Strange’(Lindquist & Pytel, 2012). In doing so, the work paralleled the material formations of ‘obsessive collections’ and ‘making do’ evident in Jeunet’s scenography, rendering uncanny hybrid space (Ezra, 2008). Evocation of the immaterial found in much of director Aronofsky’s work, also became critical in the atmospheric experience intended for the show. This paper explores the process of collaboration and material experimentation in design, approached through a filmic lens. It provides insight into what happens when one enters into what can be termed an ‘ecology of production’, whereby the experimental making becomes the collaborative agent between designers, disciplines, and between stage and spectators. Finally it underlines the importance of ‘finding the work’ through material making and testing rather than through more controlled formalistic responses.

Aineellista ja aineetonta turvaa : Ruokakunnat, ekologis-taloudelliset resurssit ja kontaktinmuodostus Valkealassa 1630 1750

Material and immaterial security. Households, ecological and economic resources and formation of contacts in Valkeala parish from the 1630s to the 1750s. The geographical area of the thesis, Valkeala parish in the region of Kymenlaakso, is a very interesting area owing to its diversity, both in terms of natural setting and economic and cultural structure. The study begins by outlining the ecological and economic features of Valkeala and by analysing household structures. The main focus of the research lies in the contacts of the households with the outside world. The following types of contacts are chosen as indicators of the interaction: trade and credit relations, guarantees, co-operation, marriages and godparentage. The main theme of the contact analysis is to observe the significance of three factors, namely geographical extent, affluence level and kinship, to the formation of contacts. It is also essential to chart the interdependencies between ecological and economic resources, changes in the structure of households and the formation of contacts during the period studied. The time between the 1630s and the 1750s was characterized by wars, crop losses and population changes, which had an effect on the economic framework and on the structural variation of households and contact fields. In the 17th and 18th centuries Valkeala could be divided, economically, into two sections according to the predominant cultivation technique. The western area formed the field area and the eastern and northern villages the swidden area. Multiple family households were dominant in the latter part of the 17th century, and for most of the study period, the majority of people lived in the more complex households rather than in simple families. Economic resources had only a moderate impact on the structure of contacts. There was a clear connection between bigger household size and the extent and intensity of contacts. The jurisdictional boundary that ran across Valkeala from the northwest to the southeast and divided the parish into two areas influenced the formation of contacts more than the parish boundaries. Support and security were offered largely by the primary contacts with one s immediate family, neighbours and friends. Economic support was channelled from the wealthier to the less well off by credits. Cross-marriages, cross-godparentage and marital networks could be seen as manifestations of an aim towards stability and the joining of resources. It was essential for households both to secure the workforce needed for a minimum level of subsistence and to ensure the continuation of the family line. These goals could best be reached by complex households that could adapt to the prevailing circumstances and also had wider and more multi-layered contacts offering material and immaterial security.

Tuuleen piirrän nimeni : Daniel Urwindin fragmentaarinen omaelämäkerta Bo Carpelanin romaanissa Alkutuuli

Tutkielma käsittelee Bo Carpelanin romaania Alkutuuli (Urwind 1993) päähenkilö Daniel Urwindin fragmentaarisesti kerrottuna elämäntarinana. Kyse on kahdella aikatasolla etenevästä fiktiivisestä omaelämäkerrasta, joka perustuu viikottaisiin päiväkirjamerkintöihin. Daniel hahmottaa identiteettiään tilaan kytkeytyneiden muistojen sekä oman nimensä avulla leikaten samalla kerronnan jatkuvuuden. Tutkimusongelmana on hahmottaa Danielin kerronnan tavat, kirjoittamisen syyt sekä prosessiin lopputulos. Menneisyyteen kohdistuvan minä-kerronnan analyysi perustuu Dorrit Cohnin Transparent minds -teoksen käsitteistöön. Alkutuulessa esiintyy muistikerronnan ja muistimonologin epäsäännöllistä vuorottelua. Niiden osana on edesmenneiden läheisten upotettuja monologeja, joiden takaa kuultaa Danielin ääni: monologit ovat Danielin kuvittelemia tai referoimia puheita ja ajatuksia, joiden esittäjä on hänen yksinäisen keskustelunsa toinen osapuoli. Omaelämäkertaa käsittelevinä teoreettisina lähteinä ovat ensisijaisesti Päivi Kososen artikkelit sekä hänen tutkimuksensa Elämät sanoissa. Tutkielman tulkinnan kannalta keskeisessä asemassa ovat Bo Carpelanin essee- ja kaunokirjallinen tuotanto. Kirjoittamisen lähtökohtana on päähenkilön identiteettiä horjuttava elämänvaihe. Vaimo Marian lähdettyä vuodeksi Amerikkaan Daniel pyrkii löytämään oman kielensä ja luomaan muistojensa avulla eheämmän kuvan itsestään. Prosessiin kytkeytyy keskeisesti tila - Danielin kulkiessa talossaan, joka on hänen lapsuudenkotinsa, aistitodellisuus toimii mieleenpalauttajana: äänet ja tuoksut johdattavat hänet elämään menneisyyden muistoja uudelleen nykyhetkessä. Samalla talo ja huoneet personifioituvat ja minuus alkaa rakentua tilan kaltaiseksi. Uusien ovien ja huoneiden löytyminen symboloi Danielin muistojen selkeytymistä ja itseymmärryksen syvenemistä. Kirjoittamisen voi tulkita olevan psykoanalyyttinen prosessi, jossa omaelämäkerran minä keskustelee menneisyyden minänsä kanssa. Puhuja odottaa vastausta toiselta, vaikka vastaus löytyy paradoksaalisesti itsestä. Omaelämäkerran moniäänisyyttä korostavat edesmenneiden läheisten läsnäolo, Danielin eri ikävaiheiden identiteetit ja kaksoisolentojen hahmoissa esiintyvät minuudet. Kirjoittamisen avulla Daniel pyrkii pääsemään etäämmälle itsestään ja saavuttamaan minättömyyden tilan, jota käsitellään John Keatsilta peräisin olevan käsitteen "negatiivinen kyky" avulla. Alkutuuli on taiteilijaromaani, jossa taiteilijuutta edustavat siivet ja lentäminen kytkeytyvät mielikuvitukseen ja uusiutumiseen. Danielin tie taiteilijuutta edeltävään minättömyyteen on kuitenkin vaikea ja monet merkit viittaavat diletantin kohtaloon. Unenomaisen logiikan omaavan, fragmentaarisen kerronnan takaa on hahmotettavissa myös lainalaisuuksia. Muiden henkilöiden lyhyet elämäkerrat ovat heidän haavansa paljastavia episodeja, jotka muuttuvat osaksi Danielin elämäntarinaa. Danielin kirjallinen omakuva on montaasi, jossa eri tasossa olevat elementit, nykyhetki ja menneisyys, mielikuvitus, unet ja upotetut monologit rinnastuvat samaan tasoon. Daniel peilaa elettyä ja koettua koomisen peilirakenteen avulla, jossa hänen elämäänsä osallisena olleet menneisyyden henkilöt kulkevat narrikulkueen mukana. Toive eheästä minäkuvasta osoittautuu kuitenkin mahdottomaksi merkityssulkeuman todenvastaisuuden vuoksi. Urwind-nimen pohdinnasta liikkeelle lähtenyt omaelämäkerta päättyy syklistä liikettä mukaillen tilanteeseen, jossa päähenkilö hyväksyy elämän käsittämättömyyden ja luottaa omassa nimessään piilevään voimaan, tuuleen, viitaten samalla myös romaanin nimeen. Avainsanat: Bo Carpelan - muistot - tila - fragmentaarisuus - fiktiivinen omaelämäkerta

Rajamerkkien vartijat : Maariidat Helsingin ja Sipoon pitäjissä 1630 - 1669

Tutkielman aiheena ovat säätyläisten ja talonpoikien maariidat Helsingin ja Sipoon pitäjissä 1600-luvun puolessa välissä. Historiallisen kriminologian tutkijat ovat pitäneet kiinteään maaomaisuuteen liittyneitä maariitoja keskeisenä syynä 1500-luvun korkeaan väkivallan tasoon. 1600-luvulla väkivalta kutistui pieneksi rikosryhmäksi alioikeuksien alkaessa toimia. Enää talonpoikien ei tarvinnut turvautua väkivaltaan omaisuutta puolustaessaan, vaan riidat saatiin päätökseen käräjillä. Tässä työssä selvitän Helsingin ja Sipoon tuomiokirjojen avulla, mitä tapahtui maariidoille 1600-luvulla, sillä itse maariidat ovat jääneet väkivaltatutkimuksen varjoon historiallisessa kriminologiassa. Arvioin maariitoja kvantitatiivisesti ja kvalitatiivisesti syventyen erityisesti niiden yleisyyteen, osapuoliin, maariitojen rooliin talonpoikien ja säätyläisten elämässä sekä maariitojen 1600-luvulle tyypillisiin piirteisiin. Lahjoitusmaat lisääntyivät etenkin 1630- ja 1640-luvuilla voimakkaasti Suomessa. Myös pienaatelin asuttamissa Sipoon ja Helsingin pitäjissä aateliset laajensivat maaomistuksiaan talonpoikaismaan kustannuksella. Baltiasta ja Keski-Euroopasta Suomeen saapuneet feodaaliset omistuskäsitykset asettivat aateliset ja talonpojat törmäyskurssille. Maariitojen käsittely oikeudessa oli siviiliprosessi, jossa periaatteessa tasa-arvoiset osapuolet ottivat yhteen riita-asiassa. Omaisuusriitojen käsittelyssä säilyi huomattavan pitkään perinteisiä, paikallisia, tapaoikeuden piirteitä, joita kruunu oli pyrkinyt karsimaan pois muista rikosasioiden käsittelyistä. Perinteiset oikeustavat eivät kuuluneet modernisoituvan ja keskittyvän valtion oikeusjärjestelmään. Ne säilyivät kuitenkin omaisuusoikeuteen liittyvissä maariidoissa huomattavan pitkään, koska riidanratkaisun auktoriteetti oli laajalla alalla käräjäyhteisössä. Maariidat olivat Helsingin ja Sipoon pitäjissä 4. suurin rikosryhmä 1600-luvun puolessa välissä. Niitä voidaankin pitää agraarisen yhteiskunnan tyyppirikoksena. Säätyläisten suuri määrä osapuolten joukossa oli 1600-luvun maariidoille tyypillinen piirre. Oikeus oli tasapuolinen säätyjä kohtaan arvioidessaan tapausten syyllisyyskysymystä, mutta asettui selvästi säätyläisten puolelle jaellessaan rangaistuksia. Säätyläisiä rangaistiin maariidoissa lievällä vahingonkorvauksella ja talonpoikia yleensä ankarammalla sakolla. Väkivallalla oli maariidoissa keskeinen rooli myös 1600-luvulla. Etenkin 1630-luvulla väkivaltaa esiintyi lähes kaikissa maariidoissa. 1640-luvulla oikeus vakiinnutti asemansa maariitojen ratkaisuareenana väkivallan sijaan ja riidat ratkaistiin käräjätuvassa. Silti väkivallan rooli maariitojen taustalla säilyi. Joka viidennen maariidan taustalla oli väkivaltaa. Tyypillisintä se oli talonpoikien välisissä maariidoissa. Väkivalta sai hyvin raakojakin piirteitä maariitojen yhteydessä. Lievästä väkivallasta oli kyse vain harvoin. Vuosikausia kestäneet maariitojen kierteet saivat päätöksensä 1600-luvun puolessa välissä oikeuden saavuttaessa riittävästi valtaa pitääkseen annetut tuomiot voimassa myös maariidoissa. Suurimmassa osassa Helsingin ja Sipoon pitäjien maariidoista saatiin päätös ensimmäisellä käräjäkerralla tai alle vuoden kuluessa riidan puhkeamisesta. Kuitenkin 17 prosenttia riidoista oli pitkään jatkuneita riitoja, joista oli riidelty yli vuosi. Oikeuteen luotettiin enemmän ja se pystyi pitämään tuomiot voimassa toisin kuin vielä 1500-luvulla. Talonpojat yhdistivät usein voimansa aatelisia vastaan käydyissä maariidoissa. Heidän keskuuteensa vaikutti syntyneen moraalinen yhteisö aatelin talonpoikaiselle maanomistukselle muodostamaa uhkaa vastaan. Toisiaan vastaan riidellessä solidaarisuus oli tiessään. Tasavahvojen osapuolten oli tultava toimeen omillaan. Säätyläiset turvautuivat maariitoihin lähinnä taloudellisten syiden vuoksi. Kun kartano ei kannattanut, alustalaisten tai rajapiiritilojen maita saattoi yrittää saada haltuunsa viemällä riita käräjille jopa tekaistun syyn varjolla. Kyseenalaistamalla vanhat rajat heillä oli tarkoitus saada omiin maihin lisää alaa ja siten saada uutta maata rälssiksi. Etenkin oman rälssimaan rajojen sisäpuolella aatelisilla oli vahva usko oikeudestaan toimia tahtonsa mukaan omistuksillaan huolimatta siitä, oliko kyseessä perintötila vai lampuodin tila.

Francine and Jean-Pierre Durand at Aenny Catzenstein's 80th birthday; London Portraits Family

Digital Image

Jean-Pierre Durand, Patrick Matthiesen, unidentified woman and Serge Donabedian working on a puzzle at Aenny's 80th birthday; London.

Digital Image

Tombstone of Meta Levy nee Daniel; Strangriede Cemetery; Hannover Cemeteries Tombs

Digital Image

Tombstone of Meta Levy nee Daniel; Strangriede Cemetery; Hannover Cemeteries Tombs

Digital Image

Solutions for archiving data in long-term studies: A reply to Whitlock et al.

In our recent paper [1], we discussed some potential undesirable consequences of public data archiving (PDA) with specific reference to long-term studies and proposed solutions to manage these issues. We reaffirm our commitment to data sharing and collaboration, both of which have been common and fruitful practices supported for many decades by researchers involved in long-term studies. We acknowledge the potential benefits of PDA (e.g., [2]), but believe that several potential negative consequences for science have been underestimated [1] (see also 3 and 4). The objective of our recent paper [1] was to define practices to simultaneously maximize the benefits and minimize the potential unwanted consequences of PDA.

Francine and Jean-Pierre Durand at Aenny Catzenstein's 80th birthday; London Portraits Family

Digital Image

Jean-Pierre Durand, Patrick Matthiesen, unidentified woman and Serge Donabedian working on a puzzle at Aenny's 80th birthday; London.

Digital Image

Tombstone of Meta Levy nee Daniel; Strangriede Cemetery; Hannover Cemeteries Tombs

Digital Image