Integrating CDS/ISIS Databases with Greenstone Digital Library Software (GSDL)

CDS/ISIS is an advanced non-numerical information storage and retrieval software developed by UNESCO since 1985 to satisfy the need expressed by many institutions, especially in developing countries, to be able to streamline their information processing activities by using modern (and relatively inexpensive) technologies [1]. CDS/ISIS is available for MS-DOS, Windows and Unix operating system platforms. The formatting language of CDS/ISIS is one of its several strengths. It is not only used for formatting records for display but is also used for creating customized indexes. CDS/ISIS by itself does not facilitate in publishing its databases on the Internet nor does it facilitate in publishing on CD-ROMs. However, numbers of open source tools are now available, which enables in publishing CDS/ISIS databases on the Internet and also on CD-ROMs. In this paper, we have discussed the ways and means of integrating CDS/ISIS databases with GSDL, an open source digital library (DL) software.

A Tutorial on Integrating CDS/ISIS Databases with the World Wide Web

With the emergence of Internet, the global connectivity of computers has become a reality. Internet has progressed to provide many user-friendly tools like Gopher, WAIS, WWW etc. for information publishing and access. The WWW, which integrates all other access tools, also provides a very convenient means for publishing and accessing multimedia and hypertext linked documents stored in computers spread across the world. With the emergence of WWW technology, most of the information activities are becoming Web-centric. Once the information is published on the Web, a user can access this information from any part of the world. A Web browser like Netscape or Internet Explorer is used as a common user interface for accessing information/databases. This will greatly relieve a user from learning the search syntax of individual information systems. Libraries are taking advantage of these developments to provide access to their resources on the Web. CDS/ISIS is a very popular bibliographic information management software used in India. In this tutorial we present details of integrating CDS/ISIS with the WWW. A number of tools are now available for making CDS/ISIS database accessible on the Internet/Web. Some of these are 1) the WAIS_ISIS Server. 2) the WWWISIS Server 3) the IQUERY Server. In this tutorial, we have explained in detail the steps involved in providing Web access to an existing CDS/ISIS database using the freely available software, WWWISIS. This software is developed, maintained and distributed by BIREME, the Latin American & Caribbean Centre on Health Sciences Information. WWWISIS acts as a server for CDS/ISIS databases in a WWW client/server environment. It supports functions for searching, formatting and data entry operations over CDS/ISIS databases. WWWISIS is available for various operating systems. We have tested this software on Windows '95, Windows NT and Red Hat Linux release 5.2 (Appolo) Kernel 2. 0. 36 on an i686. The testing was carried out using IISc's main library's OPAC containing more than 80,000 records and Current Contents issues (bibliographic data) containing more than 25,000 records. WWWISIS is fully compatible with CDS/ISIS 3.07 file structure. However, on a system running Unix or its variant, there is no guarantee of this compatibility. It is therefore safe to recreate the master and the inverted files, using utilities provided by BIREME, under Unix environment.

CLAP: A web-server for automatic classification of proteins with special reference to multi-domain proteins

Background: The function of a protein can be deciphered with higher accuracy from its structure than from its amino acid sequence. Due to the huge gap in the available protein sequence and structural space, tools that can generate functionally homogeneous clusters using only the sequence information, hold great importance. For this, traditional alignment-based tools work well in most cases and clustering is performed on the basis of sequence similarity. But, in the case of multi-domain proteins, the alignment quality might be poor due to varied lengths of the proteins, domain shuffling or circular permutations. Multi-domain proteins are ubiquitous in nature, hence alignment-free tools, which overcome the shortcomings of alignment-based protein comparison methods, are required. Further, existing tools classify proteins using only domain-level information and hence miss out on the information encoded in the tethered regions or accessory domains. Our method, on the other hand, takes into account the full-length sequence of a protein, consolidating the complete sequence information to understand a given protein better. Results: Our web-server, CLAP (Classification of Proteins), is one such alignment-free software for automatic classification of protein sequences. It utilizes a pattern-matching algorithm that assigns local matching scores (LMS) to residues that are a part of the matched patterns between two sequences being compared. CLAP works on full-length sequences and does not require prior domain definitions. Pilot studies undertaken previously on protein kinases and immunoglobulins have shown that CLAP yields clusters, which have high functional and domain architectural similarity. Moreover, parsing at a statistically determined cut-off resulted in clusters that corroborated with the sub-family level classification of that particular domain family. Conclusions: CLAP is a useful protein-clustering tool, independent of domain assignment, domain order, sequence length and domain diversity. Our method can be used for any set of protein sequences, yielding functionally relevant clusters with high domain architectural homogeneity. The CLAP web server is freely available for academic use at http://nslab.mbu.iisc.ernet.in/clap/.

Metadata Federation of PICES Member Countries

(Document pdf contains 193 pages) Executive Summary (pdf, < 0.1 Mb) 1. Introduction (pdf, 0.2 Mb) 1.1 Data sharing, international boundaries and large marine ecosystems 2. Objectives (pdf, 0.3 Mb) 3. Background (pdf, < 0.1 Mb) 3.1 North Pacific Ecosystem Metadatabase 3.2 First federation effort: NPEM and the Korea Oceanographic Data Center 3.2 Continuing effort: Adding Japan’s Marine Information Research Center 4. Metadata Standards (pdf, < 0.1 Mb) 4.1 Directory Interchange Format 4.2 Ecological Metadata Language 4.3 Dublin Core 4.3.1. Elements of DC 4.4 Federal Geographic Data Committee 4.5 The ISO 19115 Metadata Standard 4.6 Metadata stylesheets 4.7 Crosswalks 4.8 Tools for creating metadata 5. Communication Protocols (pdf, < 0.1 Mb) 5.1 Z39.50 5.1.1. What does Z39.50 do? 5.1.2. Isite 6. Clearinghouses (pdf, < 0.1 Mb) 7. Methodology (pdf, 0.2 Mb) 7.1 FGDC metadata 7.1.1. Main sections 7.1.2. Supporting sections 7.1.3. Metadata validation 7.2 Getting a copy of Isite 7.3 NSDI Clearinghouse 8. Server Configuration and Technical Issues (pdf, 0.4 Mb) 8.1 Hardware recommendations 8.2 Operating system – Red Hat Linux Fedora 8.3 Web services – Apache HTTP Server version 2.2.3 8.4 Create and validate FGDC-compliant Metadata in XML format 8.5 Obtaining, installing and configuring Isite for UNIX/Linux 8.5.1. Download the appropriate Isite software 8.5.2. Untar the file 8.5.3. Name your database 8.5.4. The zserver.ini file 8.5.5. The sapi.ini file 8.5.6. Indexing metadata 8.5.7. Start the Clearinghouse Server process 8.5.8. Testing the zserver installation 8.6 Registering with NSDI Clearinghouse 8.7 Security issues 9. Search Tutorial and Examples (pdf, 1 Mb) 9.1 Legacy NSDI Clearinghouse search interface 9.2 New GeoNetwork search interface 10. Challenges (pdf, < 0.1 Mb) 11. Emerging Standards (pdf, < 0.1 Mb) 12. Future Activity (pdf, < 0.1 Mb) 13. Acknowledgments (pdf, < 0.1 Mb) 14. References (pdf, < 0.1 Mb) 15. Acronyms (pdf, < 0.1 Mb) 16. Appendices 16.1. KODC-NPEM meeting agendas and minutes (pdf, < 0.1 Mb) 16.1.1. Seattle meeting agenda, August 22–23, 2005 16.1.2. Seattle meeting minutes, August 22–23, 2005 16.1.3. Busan meeting agenda, October 10–11, 2005 16.1.4. Busan meeting minutes, October 10–11, 2005 16.2. MIRC-NPEM meeting agendas and minutes (pdf, < 0.1 Mb) 16.2.1. Seattle Meeting agenda, August 14-15, 2006 16.2.2. Seattle meeting minutes, August 14–15, 2006 16.2.3. Tokyo meeting agenda, October 19–20, 2006 16.2.4. Tokyo, meeting minutes, October 19–20, 2006 16.3. XML stylesheet conversion crosswalks (pdf, < 0.1 Mb) 16.3.1. FGDCI to DIF stylesheet converter 16.3.2. DIF to FGDCI stylesheet converter 16.3.3. String-modified stylesheet 16.4. FGDC Metadata Standard (pdf, 0.1 Mb) 16.4.1. Overall structure 16.4.2. Section 1: Identification information 16.4.3. Section 2: Data quality information 16.4.4. Section 3: Spatial data organization information 16.4.5. Section 4: Spatial reference information 16.4.6. Section 5: Entity and attribute information 16.4.7. Section 6: Distribution information 16.4.8. Section 7: Metadata reference information 16.4.9. Sections 8, 9 and 10: Citation information, time period information, and contact information 16.5. Images of the Isite server directory structure and the files contained in each subdirectory after Isite installation (pdf, 0.2 Mb) 16.6 Listing of NPEM’s Isite configuration files (pdf, < 0.1 Mb) 16.6.1. zserver.ini 16.6.2. sapi.ini 16.7 Java program to extract records from the NPEM metadatabase and write one XML file for each record (pdf, < 0.1 Mb) 16.8 Java program to execute the metadata extraction program (pdf, < 0.1 Mb) A1 Addendum 1: Instructions for Isite for Windows (pdf, 0.6 Mb) A2 Addendum 2: Instructions for Isite for Windows ADHOST (pdf, 0.3 Mb)

Implantação do Microsoft Project Server na Câmara dos Deputados : um estudo de caso e lições aprendidas

Atualmente não é possível pensar em gestão de projetos sem uma boa ferramenta apoiada em Tecnologia da Informação. Este trabalho estudou o processo de implantação e personalização do Microsoft Project Server na Câmara dos Deputados com o objetivo de avaliar se essa implantação se deu de maneira adequada segundo as melhores práticas de gestão de projetos, além de levantar as principais lições aprendidas no processo. Para tanto foi realizada uma pesquisa documental, em que, na primeira parte fez-se um apanhado em nível teórico das melhores práticas de gestão de projetos, notadamente PMBOK do PMI e a consulta a autores relevantes no contexto da gestão de projetos e da aprendizagem organizacional. Em um segundo momento foram pesquisados documentos relacionados ao processo de implantação como o edital de licitação, atas de reunião, atos normativos, dentre outros. Dos dados levantados foram identificadas falhas por parte da Câmara dos Deputados tais como elevado número de exigências de personalizações no ambiente e conhecimento limitado, a priori, da ferramenta, de suas capacidades e limitações. Por parte da contratada, observou-se falhas como desorganização, planejamento ruim, descumprimento de prazos, pendências, grandes atrasos e mudanças na equipe técnica do projeto. Pela análise dessas falhas, levantaram-se diversas lições aprendidas no processo. Por fim, concluiu-se que o processo de implantação do Microsoft Project Server na Câmara dos Deputados foi parcialmente adequado, pois apesar de ao final estar implantado de acordo com o escopo requerido, o processo como um todo apresentou muitas falhas.

PAnalyzer: A software tool for protein inference in shotgun proteomics

Background Protein inference from peptide identifications in shotgun proteomics must deal with ambiguities that arise due to the presence of peptides shared between different proteins, which is common in higher eukaryotes. Recently data independent acquisition (DIA) approaches have emerged as an alternative to the traditional data dependent acquisition (DDA) in shotgun proteomics experiments. MSE is the term used to name one of the DIA approaches used in QTOF instruments. MSE data require specialized software to process acquired spectra and to perform peptide and protein identifications. However the software available at the moment does not group the identified proteins in a transparent way by taking into account peptide evidence categories. Furthermore the inspection, comparison and report of the obtained results require tedious manual intervention. Here we report a software tool to address these limitations for MSE data. Results In this paper we present PAnalyzer, a software tool focused on the protein inference process of shotgun proteomics. Our approach considers all the identified proteins and groups them when necessary indicating their confidence using different evidence categories. PAnalyzer can read protein identification files in the XML output format of the ProteinLynx Global Server (PLGS) software provided by Waters Corporation for their MSE data, and also in the mzIdentML format recently standardized by HUPO-PSI. Multiple files can also be read simultaneously and are considered as technical replicates. Results are saved to CSV, HTML and mzIdentML (in the case of a single mzIdentML input file) files. An MSE analysis of a real sample is presented to compare the results of PAnalyzer and ProteinLynx Global Server. Conclusions We present a software tool to deal with the ambiguities that arise in the protein inference process. Key contributions are support for MSE data analysis by ProteinLynx Global Server and technical replicates integration. PAnalyzer is an easy to use multiplatform and free software tool.

Herramienta software para el análisis de rendimiento de redes 4G

[ES]El objetivo de este proyecto ha sido desarrollar una herramienta software que permita medir el rendimiento de redes con tecnología móvil 4G, también conocida como LTE. Para ello se ha creado un sistema software que está compuesto por una aplicación móvil y un servidor de aplicaciones. El sistema en conjunto realiza la función de recoger indicadores de calidad de la red móvil de diversa índole, que posteriormente son procesados utilizando herramientas software matemáticas, para así obtener gráficas y mapas que permiten analizar la situación y el rendimiento de una red 4G concreta. El desarrollo del software ha llegado a nivel de prototipo y se han realizado pruebas reales con él obteniendo resultados positivos de funcionamiento.

Disseminação de dados estatísticos georeferenciados através de WEB services e software livre.

Diferentes organizações públicas e privadas coletam e disponibilizam uma massa de dados sobre a realidade sócio-econômica das diferentes nações. Há hoje, da parte do governo brasileiro, um interesse manifesto de divulgar uma gama diferenciada de informações para os mais diversos perfis de usuários. Persiste, contudo, uma série de limitações para uma divulgação mais massiva e democrática, entre elas, a heterogeneidade das fontes de dados, sua dispersão e formato de apresentação pouco amigável. Devido à complexidade inerente à informação geográfica envolvida, que produz incompatibilidade em vários níveis, o intercâmbio de dados em sistemas de informação geográfica não é problema trivial. Para aplicações desenvolvidas para a Web, uma solução são os Web Services que permitem que novas aplicações possam interagir com aquelas que já existem e que sistemas desenvolvidos em plataformas diferentes sejam compatíveis. Neste sentido, o objetivo do trabalho é mostrar as possibilidades de construção de portais usando software livre, a tecnologia dos Web Services e os padrões do Open Geospatial Consortium (OGC) para a disseminação de dados espaciais. Visando avaliar e testar as tecnologias selecionadas e comprovar sua efetividade foi desenvolvido um exemplo de portal de dados sócio-econômicos, compreendendo informações de um servidor local e de servidores remotos. As contribuições do trabalho são a disponibilização de mapas dinâmicos, a geração de mapas através da composição de mapas disponibilizados em servidores remotos e local e o uso do padrão OGC WMC. Analisando o protótipo de portal construído, verifica-se, contudo, que a localização e requisição de Web Services não são tarefas fáceis para um usuário típico da Internet. Nesta direção, os trabalhos futuros no domínio dos portais de informação geográfica poderiam adotar a tecnologia Representational State Transfer (REST).

Sistema de classificação da gestão ambiental pública municipal baseado em lógica nebulosa

A partir da Lei n. 6.938 de 31 de agosto de 1981, que constituiu o Sistema Nacional do Meio Ambiente, criou-se o Conselho Nacional do Meio Ambiente e instituiu-se o Cadastro Técnico Federal de Atividades e Instrumentos de Defesa Ambiental, a gestão ambiental pública ganhou um espaço cada vez maior nas administrações municipais, com a implementação de instrumentos de gestão ambiental propiciando aos municípios a possibilidade de ações efetivas que contribuam para uma melhor qualidade de vida a população. Esse trabalho propõe a criação de um método de classificação municipal que indicará qual o nível da gestão ambiental do município. Verificando o número de instrumentos de gestão ambiental constituído e o número de problemas ambientais ocorridos em cada município na visão do gestor local nos anos de 2006/2008. E ainda qual a influência do IDH tanto na implementação de tais instrumentos de gestão ambiental, como nas ocorrências dos problemas ambientais. Tal classificação tem a intenção de verificar se o município encontra-se bem aparelhado no que se refere à gestão ambiental, auxiliando para futuras decisões nas ações da política ambiental local. O foco desse trabalho serão os municípios dos estados de Minas Gerais, Piauí e Rio de Janeiro. Os resultados serão processados via o software MATLAB utilizando lógica nebulosa (fuzzy) e apresentados em um website utilizando as linguagens de programação JSP, HTML, JavaScript e esse website armazenado em um servidor TomCat e tais resultados serão apresentados nas formas de valores alfanuméricos em tabelas e espaciais através de mapas temáticos em uma solução sig-web. Os dados estão armazenados em um Sistema Gerenciador de Banco de Dados PostgreSQL com sua extensão espacial PostGIS, e o acesso aos mapas será feito através do servidor de mapas MapServer.

The software for oceanographic data management: VODC for PC 2.0

To manage and process a large amount of oceanographic data, users must have powerful tools that simplify these tasks. The VODC for PC is software designed to assist in managing oceanographic data. It based on 32 bits Windows operation system and used Microsoft Access database management system. With VODC for PC users can update data simply, convert to some international data formats, combine some VODC databases to one, calculate average, min, max fields for some types of data, check for valid data…

GYGAX: Multi-Sensor Software Platform API

CLI .NET 4.0 research prototype platform coded in C# and Windows Presentation Foundation (WPF)

应用软件发布与恢复机制研究

在传统的软件开发过程中，开发者更关注软件开发生命周期的管理，而对软 件开发后生命周期的管理并不热心。随着信息技术和互联网技术的快速发展，软 件产业发生了重大变革。新的软件运营模式要求对软件开发后生命周期管理提供 完善的支持。 本文首先回顾了传统的软件发布技术。PXE技术提供了网络远程引导功能， 该技术结合网络远程唤醒技术Wake-on-LAN使得通过网络远程控制客户机安装 操作系统成为可能。网络安装软件有基于网络克隆的Symantec Ghost和Windows Server 2003 RIS；有基于脚本的Kickstart；有基于镜像的SystemImager suite。在 开源系统中，APT是最为著名的包管理工具，它较为完善地解决了软件包之间的 依赖关系。网络更新技术则提供了更多的功能，目前的更新软件有：通用产品更 新器Install Shield, Power Update, Software Dock, Marimba等；以及供应商产品更 新器Microsoft Update, Windows Update, Microsoft SUS, Microsoft SMS, Norton AntiVirus LiveUpate等。 美国Colorado大学为软件开发后生命周期建立了一个体系结构Software Dock，并实现了一个粗略的原型系统。本研究侧重分析了应用软件的发布和恢 复机制，提出以用户的角度看待软件开发后生命周期管理的思想，建立了一个软 件发布机制体系结构，试图解决如下问题：系统重装后的运行态恢复，即系统崩 溃后如何快速而灵活地恢复到指定状态点并且重建该状态点的运行状态(即运行 态恢复)；应用软件恢复透明化和即点即用。

基于AJAX和Server Push的Web树组件设计与实现

树组件[1]的功能简单、界面表现力较差,而且组件效率较低,难以满足复杂的应用需求.基于目前流行的AJAX技术,给出一个具有较强的可扩展性的Web树组件的设计和实现.组件在Web上为用户提供了类似于在Windows资源管理器中对目录树操作的基本功能和用户体验.另外,还采用ServerPush技术对树组件进行了改进,解决了AJAX应用中可能出现的数据不一致的问题.

基于Windows平台的开放式并联机床数控系统

以5坐标并联机床为依托,面向不同构型并联机床,采用“PMAC+IPC”双CPU为硬件平台、VisualC++6.0为软件平台,开发了基于Windows操作平台的开放式并联机床数控系统。本文介绍了本数控系统的硬件结构、软件构成,并对数控软件开发的关键技术进行了阐述。

Windows环境下用软件CODEC实现数字视频实时通信

讨论了Ｗｉｎｄｏｗｓ环境下利用软件编解码器实现视频压缩的方法和技巧，结合视频捕获和视频传输，以网络环境下机器人遥操作的实际应用为背景，给出了数字视频实时通信的编程实例。