Características do genoma humano associadas à integração do HIV – análise bioinformática

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

entrante aa noite

Este trabalho pretende, a partir da análise de textos literários e não literários do português antigo, incluídos no Corpus Informatizado do Português Medieval (CLUNL/FCSH-UNL), descrever e interpretar a distribuição sintática e as propriedades do particípio presente no português antigo, verificando semelhanças e diferenças com outras formas não finitas, principalmente o gerúndio. Procurou-se averiguar o que caracteriza as formas de particípio presente do português antigo e do português europeu contemporâneo e o que as distingue de outras formas não finitas do verbo, no que diz respeito aos contextos em que ocorrem, mas também quanto ao seu funcionamento. Assim, analisando mais detalhadamente as orações em que estes particípios ocorrem com função verbal, investigaram-se algumas das suas propriedades internas (legitimação de sujeitos plenos, identificação e legitimação de sujeitos nulos, ordem de palavras), de modo a poder explicar o seu funcionamento e estrutura. No português antigo, as formas de particípio presente tinham características distintas das do português contemporâneo. No português de hoje, as formas terminadas em -nte, subsistem apenas como nomes (estudante, presidente, pedinte) e adjetivos (minguante, cadente, seguinte). O uso verbal destas formas desapareceu, tendo sido substituído por outras formas não finitas, nomeadamente o gerúndio e o infinitivo. Quando ainda mantinha o seu funcionamento verbal, o particípio presente ocorria nos mesmos contextos sintáticos em que encontramos outras formas não finitas, principalmente o gerúndio. Estas duas formas pareciam funcionar como variantes livres, tendo depois o gerúndio substituído a forma participial na maioria dos contextos. A análise dos dados e a comparação efetuada com as formas de gerúndio que ocorrem no mesmo contexto (adjunção adverbial) permitiram concluir que as estruturas com particípio do português se mostram mais defetivas (ocorrem sem conector, não há casos de negação própria e não há particípios presentes compostos) do que as gerundivas. No entanto, essa defetividade não parece dever-se à própria forma de particípio, pois foi possível encontrar particípios presentes como predicados principais.

Modelação numérica do carregamento de uma estrutura confinada sujeita a uma onda de choque explosiva

A ocorrência de explosões em indústrias e em infraestruturas civis quer acidentais quer devido a ataques terroristas, vêm colocando à engenharia cada vez maiores desafios relativos à conceção de soluções que aumentem a proteção dessas infraestruturas contra os efeitos das explosões. Neste trabalho, utilizou-se um hidrocódigo comercial, o LS-DYNA, no tratamento e simulação de problemas envolvendo ondas de choque explosivas tendo-se realizado um estudo paramétrico do efeito da detonação de um alto explosivo no interior de um compartimento fechado, de geometria prismática retangular, em que as dimensões foram sendo variadas. Foi necessário calibrar previamente o modelo geométrico escolhido bem como os parâmetros utilizados para gerar a onda de choque explosiva, de forma a assegurar a consistência dos resultados, dado que não foi possível a realização de ensaios experimentais. Foi utilizada uma malha multimaterial Arbitrária Lagrangiana-Euleriana (MMALE), com recurso a elementos sólidos com um único ponto de integração, recorrendo ao método das diferenças finitas centrais para as integrações em relação ao tempo, tendo-se utilizado como base de calibração a literatura consultada. Os dados obtidos no estudo paramétrico foram tratados recorrendo a métodos estatísticos de regressão de forma a se obter uma relação fenomenológica para prever as pressões máximas dentro de um compartimento.

Development of a thermoelectric generator for the exhaust of a vehicle

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Mecânica

Modelação numérica de túneis com consideração explícita das heterogeneidades do maciço

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Civil

An integrated model for simulation of construction phasing of arch concrete dams

Dissertação de mestrado integrado em Civil Engineering

A multi–physics approach applied to masonry structures with non–hydraulic lime mortars

Tese de Doutoramento em Engenharia Civil (área de especialização em Engenharia de Estruturas).

EFECTO DE LA TERAPIA FOTODINAMICA SOBRE EL MICROAMBIENTE TUMORAL COMO ESTRATEGIA ANTINEOPLASICA: VALORACION DE LA RESPUESTA INTEGRAL EN MODELOS DE CULTIVO TRIDIMENSIONAL.

El carcinoma colorrectal es una de las neoplasias más comunes y es la segunda causa de muerte por cáncer luego del cáncer de pulmón. La principal causa de muerte de los individuos que padecen esta enfermedad es la metástasis hepática. La angiogénesis está asociada con la progresión y metástasis de dicho cáncer, afectando la supervivencia del paciente, y ocasionando la mayoría de las muertes. El crecimiento de nuevos vasos sanguíneos en relación al crecimiento tumoral, es un proceso complejo. En 1971, Judat Folkman postuló la hipótesis: “el crecimiento tumoral es angiogénesis dependiente y que la inhibición de la angiogénesis podría ser terapéutica”. La Terapia fotodinámica es una modalidad terapéutica que utiliza compuestos fotosensibilizadores (FSs) que se acumulan en tejidos tumorales y una vez excitados por la luz actúan mediante 3 mecanismos principales: muerte directa de la célula tumoral; daño de la vasculatura tumoral; y respuesta inmunológica. La inhibición del proceso angiogénico presenta claras ventajas debido a la casi inexistencia, en individuos adultos, de neovascularización en condiciones fisiológicas normales. El desarrollo de ambientes celulares de arquitectura tridimensional es clave para simular las condiciones que gobiernan en el microambiente tumoral ya que las interacciones célula - célula juegan un papel clave en eventos fisiológicos tal como la angiogénesis. Por lo tanto, postulamos que el impacto de la TFD sobre los componentes del ambiente tumoral permitirá modular el proceso angiogénico como estrategia antitumoral. Los objetivos planteados son: I) Investigar la susceptibilidad individual de las de células endoteliales y tumorales a la TFD en la expresión y alteración de moléculas relevantes en angiogénesis. II) Examinar la respuesta de “células endoteliales fotosensibilizadas” al estímulo tumoral para comprender la regulación del proceso angiogénico 2D y 3D. III) Examinar la respuesta a la TFD vascular y TFD tumoral, determinando la eficacia de la doble terapéutica en revertir el proceso de angiogénesis 2D y 3D. IV) Investigar la capacidad estimulante de las “células tumorales fotosensibilizadas” de inducir angiogénesis en modelos in vivo. Para cumplir con los objetivos se propone evaluar: a) La expresión de factores proangiogénicos, moléculas de adhesión, invasividad y migración de células microendoteliales humanas y de adenocarcinoma de colon, comparando modelos de monocultivos 2D y 3D. b) La capacidad de las células tumorales, con diferente malignidad, de promover en las células endoteliales tratadas con TFD estímulos de: proliferación, migración, formación de tubos y quimiotáxis. c) La capacidad de la TFD en modular la respuesta parácrina que participa en la progresión tumoral. d) La implicancia en la respuesta a la TFD de factores de crecimiento y receptores celulares por siRNA o anticuerpos bloqueantes. e) La respuesta angiogénica in vivo mediante el uso de implantes de matrigel con células tumorales o sobrenadantes tratados con TFD. Este trabajo aportará conocimientos sobre el dialogo tumor-endotelio y la susceptibilidad de ese estímulo a la TFD. Además, se determinarán blancos terapéuticos que incrementen su efectividad en relación al proceso angiogénico. Las interacciones entre las células tumorales y endoteliales son relevantes en la angiogénesis tumoral. Por ello, nuevas y más eficientes terapéuticas involucran estrategias combinadas que se dirigen hacia las células tumorales y su entorno, el cual está compuesto por células endoteliales, perivasculares, y matriz extracelular. El abordaje de esta problemática de manera integrada hace suponer encontrar una solución más específica al tratamiento del cáncer. Se espera, según los resultados obtenidos, poder optimizar y/o modular la intervención terapéutica de la acción fotodinámica sobre blancos moleculares del proceso angiogénico.

Dispositius nanoelectrònics a freqüències de THz : estudi de la propagació electromagnètica en les connexions

Per a altes freqüències, les connexions poden tenir un paper rellevant. Atès que la velocitat de propagació dels senyals electromagnètics, c, en el cable no és infinita, el voltatge i el corrent al llarg del cable varien amb el temps. Per tant, amb l’objectiu de reproduir el comportament elèctric de dispositius nanoelectrònics a freqüències de THz, en aquest treball hem estudiat la regió activa del dispositiu nanoelectrònic i les seves connexions, en un sistema global complex. Per a aquest estudi hem utilitzat un nou concepte de dispositiu anomenat Driven Tunneling Device (DTD). Per a les connexions, hem plantejat el problema a partir de tot el conjunt de les equacions de Maxwell, ja que per a les freqüències i longituds de cable considerats, la contribució del camp magnètic és també important. En particular, hem suposat que la propagació que és dóna en el cable és una propagació transversal electromagnètica (TEM). Un cop definit el problema hem desenvolupat un programa en llenguatge FORTRAN que amb l'algoritme de diferències finites soluciona el sistema global. La solució del sistema global s'ha aplicat a una configuració particular de DTD com a multiplicador de freqüència per tal de discutir quins paràmetres de les connexions permet maximitzar la potència real que pot donar el DTD.

Innovación, frontera tecnológica y capacidad absortiva: un estudio a nivel de países

La principal aportación de este trabajo es poner de manifiesto que la capacidad absortiva de las economías cambia en función de si el país es el líder o es un seguidor. Aunque tampoco olvidamos otras variables como son la I+D interna, la I+D externa, el desarrollo del sistema financiero y las instituciones. Para ello, primero se prueba la presencia de una raíz unitaria y después se asegura una relación de cointegración entre las variables implicadas en el modelo para poder sacar conclusiones a largo plazo. Y por último, para estimar el modelo, se utilizará una técnica econométrica que combina el tratamiento tradicional de los datos de panel con las técnicas de cointegración: los Dynamics Ordinary Least Squares (DOLS). Esta técnica soluciona las limitaciones de los OLS, ya que su distribución no suele ser estándar por la presencia de un sesgo de muestras finitas (causado bien por la endogeneidad de las variables explicativas bien por la correlación serial de la perturbación). Utilizando un panel de datos que comprende 8 países de la OECD entre 1973-2004 y para el Business Sector, se encuentran diversos resultados, entre los que destacamos que la I+D interna, la I+D externa, la frontera tecnológica, la capacidad absortiva y el desarrollo de las instituciones tienen un impacto positivo sobre el nivel de la PTF. En cambio, el desarrollo del sistema financiero tiene un impacto negativo. Palabras claves: fuentes de la I+D, frontera tecnológica, capacidad absortiva, raíces unitarias, cointegración, DOLS.

Cenários prospectivos para o comércio internacional de etanol em 2020

Há crescentes pressões para que sejam adotados hábitos sustentáveis pela sociedade, o que impacta diversos mercados, incluindo os de energia. Combustíveis fósseis são fontes finitas, não renováveis e responsáveis por emissões consideráveis de CO2 na atmosfera. Nesse contexto, o etanol é apontado com umas das alternativas mais viáveis de fornecimento de energia limpa e renovável. O Brasil possui liderança tecnológica no setor devido ao lançamento do Proálcool na década de 1970. Nos anos 2000, o País despontou novamente na produção do biocombustível, passando a enfrentar concorrência maior de players norte-americanos e da União Europeia. Para o futuro, podem ser apontadas diversas incertezas que o setor enfrentará, sendo a prospecção baseada em cenários uma forma de modelar tais incertezas e auxiliar o desenvolvimento de estratégias robustas para as empresas que pretendem investir no setor. O objetivo neste trabalho foi desenvolver quatro cenários para o comércio internacional de etanol em 2020 e discutir as implicações para as estratégias empresariais. Para tanto, foi utilizado o método de elaboração de cenários em uma abordagem exploratória e qualitativa. Os cenários apresentados no estudo podem ser utilizados por empresas e diferentes stakeholders para testar opções estratégicas e de investimentos no setor de etanol.

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy.

In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.

Tissue transglutaminase (TG2) acting as G protein protects hepatocytes against Fas-mediated cell death in mice.

Tissue transglutaminase (TG2) is a protein cross-linking enzyme known to be expressed by hepatocytes and to be induced during the in vivo hepatic apoptosis program. TG2 is also a G protein that mediates intracellular signaling by the alpha-1b-adrenergic receptor (AR) in liver cells. Fas/Fas ligand interaction plays a crucial role in various liver diseases, and administration of agonistic anti-Fas antibodies to mice causes both disseminated endothelial cell apoptosis and fulminant hepatic failure. Here we report that an intraperitoneal dose of anti-Fas antibodies, which is sublethal for wild-type mice, kills all the TG2 knock-out mice within 20 hours. Although TG2-/- thymocytes exposed to anti-Fas antibodies die at the same rate as wild-type mice, TG2-/- hepatocytes show increased sensitivity toward anti-Fas treatment both in vivo and in vitro, with no change in their cell surface expression of Fas, levels of FLIP(L) (FLICE-inhibitory protein), or the rate of I-kappaBalpha degradation, but a decrease in the Bcl-xL expression. We provide evidence that this is the consequence of the impaired AR signaling that normally regulates the levels of Bcl-xL in the liver. In conclusion, our data suggest the involvement of adrenergic signaling pathways in the hepatic regeneration program, in which Fas ligand-induced hepatocyte proliferation with a simultaneous inhibition of the Fas-death pathway plays a determinant role.

Spanning avalanches in the three-dimensional Gaussian random-field Ising model with metastable dynamics: Field dependence and geometrical properties

Spanning avalanches in the 3D Gaussian Random Field Ising Model (3D-GRFIM) with metastable dynamics at T=0 have been studied. Statistical analysis of the field values for which avalanches occur has enabled a Finite-Size Scaling (FSS) study of the avalanche density to be performed. Furthermore, a direct measurement of the geometrical properties of the avalanches has confirmed an earlier hypothesis that several types of spanning avalanches with two different fractal dimensions coexist at the critical point. We finally compare the phase diagram of the 3D-GRFIM with metastable dynamics with the same model in equilibrium at T=0.