Características do genoma humano associadas à integração do HIV – análise bioinformática

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina

O vírus da imunodeficiência humana (HIV), para completar o seu ciclo de vida necessita de integrar o seu genoma no genoma humano, sendo que esta integração é feita em locais específicos. Ainda não estão completamente clarificadas as preferências de integração do HIV, por isso o nosso objectivo é estudar estas preferências utilizando as posições de sítios de integração de HIV-1 DNA e HIV-2 DNA isolados de células mononucleadas do sangue periférico (PBMCs) e de HIV-1 DNA isolado de células T Jurkat. As posições dos sítios de integração foram obtidas por recurso a bases de dados. Analisámos se os sítios de integração do HIV coincidiam com as bandas Giemsa claras que, sendo muito activas transcripcionalmente poderiam favorecer a integração. Analisámos também as preferências de integração do HIV relativamente aos sítios frágeis (FSs), alvos preferenciais para a integração de outros vírus. Para este estudo utilizámos dois testes não paramétricos, o dos sinais e de Wilcoxon e uma análise de variância (ANOVA). Os resultados mostraram que o HIV-1 DNA integra com maior intensidade nas bandas Giemsa claras, enquanto que o HIV-2 não apresenta preferências. Já os FSs não constituem alvos preferenciais para a integração deste vírus, integrando o HIV-1 DNA isolado de PBMCs com mais intensidade nas regiões não frágeis. É importante conhecer as preferências de integração do HIV, uma vez que os vectores retrovirais são utilizados em terapia génica, podendo assim contribuir-se para diminuir os riscos associados a esta terapia.