Análise filogenética e funcional de dois genes de reparo homólogos a AP endonuclease em cana-de-açúcar: ScARP1 e ScARP3

The genome of all organisms constantly suffers the influence of mutagenic factors from endogenous and/or exogenous origin, which may result in damage for the genome. In order to keep the genome integrity there are different DNA repair pathway to detect and correct these lesions. In relation to the plants as being sessile organisms, they are exposed to this damage frequently. The Base Excision DNA Repair (BER) is responsible to detect and repair oxidative lesions. Previous work in sugarcane identified two sequences that were homologous to Arabidopsis thaliana: ScARP1 ScARP3. These two sequences were homologous to AP endonuclease from BER pathway. Then, the aim of this work was to characterize these two sequence using different approaches: phylogenetic analysis, in silico protein organelle localization and by Nicotiana tabacum transgenic plants with overexpression cassette. The in silico data obtained showed a duplication of this sequence in sugarcane and Poaceae probably by a WGD event. Furthermore, in silico analysis showed a new localization in nuclei for ScARP1 protein. The data obtained with transgenic plants showed a change in development and morphology. Transgenic plants had slow development when compared to plants not transformed. Then, these results allowed us to understand better the potential role of this sequence in sugarcane and in plants in general. More work is important to be done in order to confirm the protein localization and protein characterization for ScARP1 and ScARP3

STREAM-AP: um processo para sistematizar a escolha de padrões arquiteturais baseado em requisitos não-funcionais

The importance of non-functional requirements for computer systems is increasing. Satisfying these requirements requires special attention to the software architecture, since an unsuitable architecture introduces greater complexity in addition to the intrinsic complexity of the system. Some studies have shown that, despite requirements engineering and software architecture activities act on different aspects of development, they must be performed iteratively and intertwined to produce satisfactory software systems. The STREAM process presents a systematic approach to reduce the gap between requirements and architecture development, emphasizing the functional requirements, but using the non-functional requirements in an ad hoc way. However, non-functional requirements typically influence the system as a whole. Thus, the STREAM uses Architectural Patterns to refine the software architecture. These patterns are chosen by using non-functional requirements in an ad hoc way. This master thesis presents a process to improve STREAM in making the choice of architectural patterns systematic by using non-functional requirements, in order to guide the refinement of a software architecture

Caracterização de dois cDNAs homológos e uma AP endonuclease em cana-de-açúcar

The genome of all organisms is subject to injuries that can be caused by endogenous and environmental factors. If these lesions are not corrected, it can be fixed generating a mutation which can be lethal to the organisms. In order to prevent this, there are different DNA repair mechanisms. These mechanisms are well known in bacteria, yeast, human, but not in plants. Two plant models Oriza sativa and Arabidopsis thaliana had the genome sequenced and due to this some DNA repair genes have been characterized. The aim of this work is to characterized two sugarcane cDNAs that had homology to AP endonuclease: scARP1 and scARP3. In silico has been done with these two sequences and other from plants. It has been observed domain conservation on these sequences, but the cystein at 65 position that is a characteristic from the redox domain in APE1 protein was not so conservated in plants. Phylogenetic relationship showed two branches, one branch with dicots and monocots sequence and the other branch with only monocots sequences. Another approach in order to characterized these two cDNAs was to construct overexpression cassettes (sense and antisense orientation) using the 35S promoter. After that, these cassettes were transferred to the binary vector pPZP211. Furthermore, previously in the laboratory was obtained a plant from nicotiana tabacum containing the overexpression cassette in anti-sense orientation. It has been observed that this plant had a slow development and problems in setting seeds. After some manual crossing, some seeds were obtained (T2) and it was analyzed the T2 segregation. The third approach used in this work was to clone the promoter region from these two cDNAs by PCR walking. The sequences obtained were analyzed using the program PLANTCARE. It was observed in these sequences some motives that may be related to oxidative stress response

Produtividade em colônias de Polistes (Ap hanilopterus) vers icolor Olivier, 1791 (Hymenoptera: Vespidae, Polis tinae)

From August 2000 to December 2003, 185 colonies of Polistes versicolor were observed at the Bioterio of the Instituto de Biociencias, UNESP, Campus de Rio Claro, SP. In 144 colonies (77,84%) didn't emerge wasps, and of others 41 (22,16%), in 16 it was not possible to obtain the number of meconia, because they were attacked in several degrees of injury by natural enemies such as, ants, birds and parasitic wasps. The colonies productivity was measured through the meconia count in the cells of 25 colonies, which ranged from 1 to 6 meconia by cell.

THE USE OF AMPPD AS AN ALTERNATIVE SUBSTRATE FOR AP-MEDIATED DETECTION OF NONRADIOLABELED DNA PROBES IN EUCALYPTUS-SALIGNA

We present a non-radioactive alternative to Southern's (J. Mol. Biol. 98: 503-517, 1975) DNA-DNA hybridization technique. The use of AMPPD - Disodium 3-(4-Methoxyspiro {1,2-dioxetane-3,2'tricyclo[3.3.1.1(3,7)]decan}-4-yl)phyenyl phosphate as an alternative substrate for AP-mediated detection of digoxigenin-11 dUTP-labeled probes made possible the simple and nonhazardous reuse of blots. We used 0.8 % agarose gels containing 30 mug per lane of Eucalyptus saligna DNA, digested with Eco RI, electrophoresed and blotted on to nylon membranes (Hybond-N, Amersham, UK), using the Southern blotting procedure, and UV irradiated for one minute for DNA fixation. The hybridizations were carried out overnight with digoxigenin labeled random inserts of E. saligna DNA by using the Genius Kit (Boehringer Mannheim). Detection of the DNA-DNA hybrids was performed in the presence of 0.5% blocking agent and the substrates NBT/BCIP were replaced by 0.26 mM AMPPD in the final alkaline assay buffer (50 mul/cm2). After membrane incubation for five minutes at room temperature in a sealed plastic bag, the AMPPD solution was retrieved and stored at 4-degrees-C for reuse. A Kodak X-BRAF QA-S film was pressed firmly onto the bag containing the wet membrane, exposed for two to six hours and then developed. After use, the probes were stripped off and the blots reutilized, three times so far, with the same results.

Emprego da sondagem elétrica vertical com o método da eletroresistividade no estudo do lixão de Macapá-Ap

Vertical electrical soundings using eletroresistivity method were carried out in the public waste landfill in Macapá - AP, having as a goal to investigate the geoelectrical and hidrogeologic characteristics of the ground. The results of geophysics interpretation allowed obtaining a model of five geoelectrical layers until the depth of 14,6 m. This model is correlated to a sedimentary sequence of clay-silt-sandy with laterite. The main flow of the water table, also determined, is concordant to the topographical gradient.

Variabilidade genética de caracteres morfológicos e germinação de Tabebuia caraiba (Mart.) Bur. (Bignoniaceae) no Município de Macapá, AP

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Análise do gene E6 de HPV de baixo risco em papilomatose de laringe

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Políticas de desenvolvimento urbano em espaços segregados: uma análise do PDSA na cidade de Macapá (AP)

O estudo ora apresentado evidencia o debate sobre o tema das políticas públicas voltadas para espaços segregados na cidade de Macapá (AP) sob a gestão do Programa de Desenvolimento Sustentável do Amapá (PDSA). Busca compreender a inter-relação entre as políticas públicas pautadas no discurso do desenvolvimento sustentável e o desenvolvimento urbano da cidade ao longo de dois mandatos governamentais em nível estadual pelo Partido Socialista Brasileiro (PSB) com uma proposta de desenvolvimento pautada na Agenda 21. Procura-se entender o discurso do desenvolvimento sustentável e sua aplicação como programa de governo, de modo a entender seus esforços em aplicar na cidade as diretrizes estabelecidas no âmbito estadual. Os principais resultados da investigação apresentam a dificuldade em ajustar para o espaço urbano um discurso voltado para a preservação dos recursos ambientais, bem como suas limitações às políticas urbanas em áreas segregadas, destacando-se a visão das lideranças comunitárias e do governo acerca do PDSA e de sua relação com o desenvolvimento urbano.

Análise da implementação dos planos de recuperação de áreas degradadas pela mineração em Lourenço (AP)

O estudo teve por objetivo verificar a coerência dos Planos de Recuperação de Áreas Degradadas (PRADs) pela Mineração Novo Astro - MNA no Distrito de Lourenço, Município de Calçoene (AP), a partir do conhecimento do contexto em que se estabeleceram e foram decididas as medidas de recuperação, e quais os atores que influenciaram neste processo de decisão. Foram realizadas entrevistas com membros da população e com representantes da MNA, da Ampla Engenharia (empresa responsável pela recuperação do ambiente degradado), da Cooperativa de Garimpeiros de Lourenço - COOGAL, da Secretaria Especial de Meio Ambiente do Amapá - SEMA, do Departamento Nacional da Produção Mineral - DNPM, do Ministério Público Federal, do governo do Estado, e da prefeitura Municipal de Calçoene. Estes atores influenciaram de forma decisiva para os resultados agora observados no local. A pesquisa envolveu o estudo sobre as medidas de recuperação mais eficazes em voga, a história dos acontecimentos em Lourenço e o contexto socioeconômico, para que fossem compreendidas as possibilidades de êxito das medidas escolhidas para o local. A partir destes dados foi feita a análise da eficácia destes PRADs e tecidas alternativas e direcionamentos futuros para o local, baseados nas características sociais e ambientais de Lourenço. O primeiro PRAD, finalizado em 1995, terminou por apresentar resultados pouco consistentes, de tal forma que o local no qual este foi executado voltou a ser explorado pelos garimpeiros e continuou a estar em condições degradadas. A MNA, por não ter legalizado sua situação, foi responsabilizada pela nova recuperação do local em 2002. O segundo PRAD, parcialmente implementado em 2003, possuiu baixa eficácia, com a morte de mais de 70% das espécies vegetais utilizadas em algumas áreas. A falta de conhecimentos mais profundos, por parte das empresas de mineração e de recuperação ambiental, sobre as características do meio ambiente e do contexto socioeconômico local parecem ter contribuído para os resultados negativos da implementação dos PRADs. Uma alternativa seria buscar a participação da população local nos projetos e políticas criados para a região, como forma de criar soluções que contemplem as características locais e os desejos da população.

Ocupação indígena na foz do rio Tapajós (3260-960 AP): estudo do sítio Porto de Santarém, baixo Amazonas

Na arqueologia Amazônica, o período Formativo (4.000-2.000 AP) é definido pela existência de assentamentos sedentários de povos cuja subsistência baseava-se na agricultura, complementada pela caça, pesca e coleta. Esse período é importante, entre outras razões, porque precede o desenvolvimento de sociedades regionais a partir do início da Era Cristã. Entretanto, é pouco conhecido, seja pela pouca quantidade de sítios identificados, seja pela falta de pesquisas. Esta dissertação apresenta os resultados da investigação de contextos Formativos no sítio Porto de Santarém, no baixo Amazonas, uma região onde a longa sequência de ocupação se inicia no período Paleoíndio. A investigação visou observar essa ocupação no sítio Porto e questionando seu papel na dinâmica de ocupação regional de longo termo. As escavações revelaram evidências de ocupação humana no período pré-histórico tardio (cal. AD 1020 a 1160) conhecido como fase Santarém da Tradição Inciso-Ponteada, possibilitaram o estudo de uma ocupação anterior, localizada na base da camada cultural, que corresponderia cronologicamente ao período Formativo (cal. 3160 a 3090 AP).