Indices de vegetação na mensuração do estoque de carbono em áreas com cana-de-açúcar

Pós-graduação em Agronomia (Energia na Agricultura) - FCA

Análise ambiental e morfométrica da bacia hidrográfica do Córrego Santo Antônio - São Francisco Xavier (SP)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Graph algorithms for bioinformatics

Biological data are inherently interconnected: protein sequences are connected to their annotations, the annotations are structured into ontologies, and so on. While protein-protein interactions are already represented by graphs, in this work I am presenting how a graph structure can be used to enrich the annotation of protein sequences thanks to algorithms that analyze the graph topology. We also describe a novel solution to restrict the data generation needed for building such a graph, thanks to constraints on the data and dynamic programming. The proposed algorithm ideally improves the generation time by a factor of 5. The graph representation is then exploited to build a comprehensive database, thanks to the rising technology of graph databases. While graph databases are widely used for other kind of data, from Twitter tweets to recommendation systems, their application to bioinformatics is new. A graph database is proposed, with a structure that can be easily expanded and queried.

Entwicklung einer Methodik zur Generierung einer Datenbasis für Optimierungssysteme in der maritimen Leercontainerlogistik

Dieser Beitrag stellt ein Vorgehen zur Entwicklung einer Methodik zur Generierung einer praxisnahen Datenbasis für numerische Untersuchungen im Rahmen der maritimen Leercontainerlogistik vor. Das Vorgehen wird an einem exemplarischen Anwendungsfall verdeutlicht. Die Resultate sollen Testläufe für Szenarien der Leercontainerlogistik unterstützen und somit eine Basis für die Entwicklung und Bewertung organisatorischer Verbesserungsansätze, mathematischer Optimierungsmodelle, entsprechender Lösungsalgorithmen und praxisnaher Simulationsumgebungen bilden.

Forest regeneration capacity and its enhancement by forest management and silviculture in Cabo Delgado

SDC has been involved in rural development in Cabo Delgado for more than 30 years. Shortly after the independence of Mozambique, projects in water supply and integrated rural development were initiated. The silvoagropastoral project FO9 based in Mueda was a very early experience in forestry in Cabo Delgado. Andreas Kläy was responsible for the forestry sector in FO9 for 3 years in the early 1980s and had an opportunity to initiate an exchange of ideas and experience in rural development theory and approaches with Yussuf Adam, who was doing research in human anthropology and history in the province. 25 years later, the current situation of forest management in Cabo Delgado was reassessed, with a specific focus on concessions in the North. The opportunity for a partnership between the MITI SA, the University of Eduardo Mondlane, and CDE was created on the basis of this preliminary study1. The aim of this partnership is to generate knowledge and develop capacity for sustainable forest management. The preliminary study showed that “…we have to face weaknesses and would like to start a learning process with the main institutions, organisations, and stakeholder groups active in forest management and research in the North of Cabo Delgado. This learning process will involve studies supported by competent research institutions and workshops …” The specific objectives of ESAPP project Q804 are the following: 1. Contribute to understanding of the forestry sector; 2. Capacity development for professionals and academics; 3. Support for the private sector and the local forest service; 4. Support data generation at Cabo Delgado's Provincial Service; 5. Capacity development for Swiss academic institutions (CDE and ETHZ). A conceptual planning platform was elaborated as a basis for cooperation and research in the partnership (cf. Annex 1). The partners agreed to work on two lines of research: biophysical and socio-economic. In order to ensure a transdisciplinary approach, disciplinary research is anchored in common understanding in workshops based on the LforS methods. These workshops integrate the main stakeholders in the local context of the COMADEL concession in Nangade District managed by MITI SA, and take place in the village of Namiune. The research team observed that current management schemes consist mainly of strategies of nature mining by most stakeholders involved. Institutional settings - formal and informal - have little impact due to weak capacity at the local level and corruption. Local difficulties in a remote rural area facilitate external access to resources and are perpetuated by the loss of benefits. The benefits of logging remain at the top level (economic and political elites). The interests of the owners of the concession in stopping the loss of resources caused by this regime offers a unique opportunity to intervene in the logic of resource degradation and agony in rural development and forest management.

A full pedigree based method for the statistical assessment of genetic anticipation

Genetic anticipation is defined as a decrease in age of onset or increase in severity as the disorder is transmitted through subsequent generations. Anticipation has been noted in the literature for over a century. Recently, anticipation in several diseases including Huntington's Disease, Myotonic Dystrophy and Fragile X Syndrome were shown to be caused by expansion of triplet repeats. Anticipation effects have also been observed in numerous mental disorders (e.g. Schizophrenia, Bipolar Disorder), cancers (Li-Fraumeni Syndrome, Leukemia) and other complex diseases. ^ Several statistical methods have been applied to determine whether anticipation is a true phenomenon in a particular disorder, including standard statistical tests and newly developed affected parent/affected child pair methods. These methods have been shown to be inappropriate for assessing anticipation for a variety of reasons, including familial correlation and low power. Therefore, we have developed family-based likelihood modeling approaches to model the underlying transmission of the disease gene and penetrance function and hence detect anticipation. These methods can be applied in extended families, thus improving the power to detect anticipation compared with existing methods based only upon parents and children. The first method we have proposed is based on the regressive logistic hazard model. This approach models anticipation by a generational covariate. The second method allows alleles to mutate as they are transmitted from parents to offspring and is appropriate for modeling the known triplet repeat diseases in which the disease alleles can become more deleterious as they are transmitted across generations. ^ To evaluate the new methods, we performed extensive simulation studies for data simulated under different conditions to evaluate the effectiveness of the algorithms to detect genetic anticipation. Results from analysis by the first method yielded empirical power greater than 87% based on the 5% type I error critical value identified in each simulation depending on the method of data generation and current age criteria. Analysis by the second method was not possible due to the current formulation of the software. The application of this method to Huntington's Disease and Li-Fraumeni Syndrome data sets revealed evidence for a generation effect in both cases. ^

Herramienta basada en vistas para la generación automática de anotaciones de fuentes RDF

Durante los últimos años, el imparable crecimiento de fuentes de datos biomédicas, propiciado por el desarrollo de técnicas de generación de datos masivos (principalmente en el campo de la genómica) y la expansión de tecnologías para la comunicación y compartición de información ha propiciado que la investigación biomédica haya pasado a basarse de forma casi exclusiva en el análisis distribuido de información y en la búsqueda de relaciones entre diferentes fuentes de datos. Esto resulta una tarea compleja debido a la heterogeneidad entre las fuentes de datos empleadas (ya sea por el uso de diferentes formatos, tecnologías, o modelizaciones de dominios). Existen trabajos que tienen como objetivo la homogeneización de estas con el fin de conseguir que la información se muestre de forma integrada, como si fuera una única base de datos. Sin embargo no existe ningún trabajo que automatice de forma completa este proceso de integración semántica. Existen dos enfoques principales para dar solución al problema de integración de fuentes heterogéneas de datos: Centralizado y Distribuido. Ambos enfoques requieren de una traducción de datos de un modelo a otro. Para realizar esta tarea se emplean formalizaciones de las relaciones semánticas entre los modelos subyacentes y el modelo central. Estas formalizaciones se denominan comúnmente anotaciones. Las anotaciones de bases de datos, en el contexto de la integración semántica de la información, consisten en definir relaciones entre términos de igual significado, para posibilitar la traducción automática de la información. Dependiendo del problema en el que se esté trabajando, estas relaciones serán entre conceptos individuales o entre conjuntos enteros de conceptos (vistas). El trabajo aquí expuesto se centra en estas últimas. El proyecto europeo p-medicine (FP7-ICT-2009-270089) se basa en el enfoque centralizado y hace uso de anotaciones basadas en vistas y cuyas bases de datos están modeladas en RDF. Los datos extraídos de las diferentes fuentes son traducidos e integrados en un Data Warehouse. Dentro de la plataforma de p-medicine, el Grupo de Informática Biomédica (GIB) de la Universidad Politécnica de Madrid, en el cuál realicé mi trabajo, proporciona una herramienta para la generación de las necesarias anotaciones de las bases de datos RDF. Esta herramienta, denominada Ontology Annotator ofrece la posibilidad de generar de manera manual anotaciones basadas en vistas. Sin embargo, aunque esta herramienta muestra las fuentes de datos a anotar de manera gráfica, la gran mayoría de usuarios encuentran difícil el manejo de la herramienta , y pierden demasiado tiempo en el proceso de anotación. Es por ello que surge la necesidad de desarrollar una herramienta más avanzada, que sea capaz de asistir al usuario en el proceso de anotar bases de datos en p-medicine. El objetivo es automatizar los procesos más complejos de la anotación y presentar de forma natural y entendible la información relativa a las anotaciones de bases de datos RDF. Esta herramienta ha sido denominada Ontology Annotator Assistant, y el trabajo aquí expuesto describe el proceso de diseño y desarrollo, así como algunos algoritmos innovadores que han sido creados por el autor del trabajo para su correcto funcionamiento. Esta herramienta ofrece funcionalidades no existentes previamente en ninguna otra herramienta del área de la anotación automática e integración semántica de bases de datos. ---ABSTRACT---Over the last years, the unstoppable growth of biomedical data sources, mainly thanks to the development of massive data generation techniques (specially in the genomics field) and the rise of the communication and information sharing technologies, lead to the fact that biomedical research has come to rely almost exclusively on the analysis of distributed information and in finding relationships between different data sources. This is a complex task due to the heterogeneity of the sources used (either by the use of different formats, technologies or domain modeling). There are some research proyects that aim homogenization of these sources in order to retrieve information in an integrated way, as if it were a single database. However there is still now work to automate completely this process of semantic integration. There are two main approaches with the purpouse of integrating heterogeneous data sources: Centralized and Distributed. Both approches involve making translation from one model to another. To perform this task there is a need of using formalization of the semantic relationships between the underlying models and the main model. These formalizations are also calles annotations. In the context of semantic integration of the information, data base annotations consist on defining relations between concepts or words with the same meaning, so the automatic translation can be performed. Depending on the task, the ralationships can be between individuals or between whole sets of concepts (views). This paper focuses on the latter. The European project p-medicine (FP7-ICT-2009-270089) is based on the centralized approach. It uses view based annotations and RDF modeled databases. The data retireved from different data sources is translated and joined into a Data Warehouse. Within the p-medicine platform, the Biomedical Informatics Group (GIB) of the Polytechnic University of Madrid, in which I worked, provides a software to create annotations for the RDF sources. This tool, called Ontology Annotator, is used to create annotations manually. However, although Ontology Annotator displays the data sources graphically, most of the users find it difficult to use this software, thus they spend too much time to complete the task. For this reason there is a need to develop a more advanced tool, which would be able to help the user in the task of annotating p-medicine databases. The aim is automating the most complex processes of the annotation and display the information clearly and easy understanding. This software is called Ontology Annotater Assistant and this book describes the process of design and development of it. as well as some innovative algorithms that were designed by the author of the work. This tool provides features that no other software in the field of automatic annotation can provide.

Propuesta de un modelo de sistema de información interorganizacional: aplicación en el sector de la domótica para la gestión de servicios del hogar digital

El sector de la edificación es uno de los principales sectores económicos en España y, además, es un componente básico de la actividad económica y social, debido a su importante papel como generador de empleo, proveedor de bienes e incentivador del crecimiento. Curiosamente, es uno de los sectores con menos regulación y organización y que, además, está formado mayoritariamente por empresas de pequeña y mediana dimensión (pymes) que, por su menor capacidad, a menudo, se quedan detrás de las grandes empresas en términos de adopción de soluciones innovadoras. La complejidad en la gestión de toda la información relacionada con un proyecto de edificación ha puesto de manifiesto claras ineficiencias que se traducen en un gasto innecesario bastante representativo. La información y los conocimientos aprendidos rara vez son transmitidos de una fase a otra dentro del proyecto de edificación y, mucho menos, reutilizados en otros proyectos similares. De este modo, no sólo se produce un gasto innecesario, sino que incluso podemos encontrar información contradictoria y obsoleta y, por tanto, inútil para la toma de decisiones. A lo largo de los años, esta situación ha sido motivada por la propia configuración del sector, poniendo de manifiesto la necesidad de una solución que pudiera solventar este reto de gestión interorganizacional. Así, la cooperación interorganizacional se ha convertido en un factor clave para mejorar la competitividad de las organizaciones, típicamente pymes, que componen el sector de la edificación. La información es la piedra angular de cualquier proceso de negocio. Durante la última década, una amplia gama de industrias han experimentado importantes mejoras de productividad con la aplicación eficiente de las TIC, asociadas, principalmente, a incrementos en la velocidad de proceso de información y una mayor coherencia en la generación de datos, accesibilidad e intercambio de información. La aplicación eficaz de las TIC en el sector de la edificación requiere una combinación de aspectos estratégicos y tácticos, puesto que no sólo se trata de utilizar soluciones puntuales importadas de otros sectores para su aplicación en diferentes áreas, sino que se buscaría que la información multi-agente estuviera integrada y sea coherente para los proyectos de edificación. El sector de la construcción ha experimentado un descenso significativo en los últimos años en España y en Europa como resultado de la crisis financiera que comenzó en 2007. Esta disminución está acompañada de una baja penetración de las TIC en la interorganizacionales orientadas a los procesos de negocio. El descenso del mercado ha provocado una desaceleración en el sector de la construcción, donde sólo las pymes flexibles han sido capaces de mantener el ritmo a pesar de la especialización y la innovación en los servicios adaptados a las nuevas demandas del mercado. La industria de la edificación está muy fragmentada en comparación con otras industrias manufactureras. El alto grado de esta fragmentación está íntimamente relacionado con un impacto significativo en la productividad y el rendimiento. Muchos estudios de investigación han desarrollado y propuesto una serie de modelos de procesos integrados. Por desgracia, en la actualidad todavía no se está en condiciones para la formalización de cómo debe ser la comunicación y el intercambio de información durante el proceso de construcción. El paso del proceso secuencial tradicional a los procesos de interdependencia recíproca sin lugar a duda son una gran demanda asociada a la comunicación y el flujo de información en un proyecto de edificación. Recientemente se está poniendo mucho énfasis en los servicios para el hogar como un primer paso hacia esta mejora en innovación ya que la industria de los servicios digitales interactivos tiene un alto potencial para generar innovación y la ventaja estratégica para las empresas existentes. La multiplicidad de servicios para el hogar digital (HD) y los proveedores de servicios demandan, cada vez más, la aparición de una plataforma capaz de coordinar a todos los agentes del sector con el usuario final. En consecuencia, las estructuras organizacionales tienden a descentralizarse en busca de esa coordinación y, como respuesta a esta demanda, se plantea, también en este ámbito, el concepto de cooperación interorganizacional. Por lo tanto, ambos procesos de negocio -el asociado a la construcción y el asociado a la provisión de servicios del hogar digital, también considerado como la propia gestión de ese hogar digital o edificio, inteligente o no- deben de ser vistos en su conjunto mediante una plataforma tecnológica que les dé soporte y que pueda garantizar la agregación e integración de los diversos procesos, relacionados con la construcción y gestión, que se suceden durante el ciclo de vida de un edificio. Sobre esta idea y atendiendo a la evolución permanente de los sistemas de información en un entorno de interrelación y cooperación daría lugar a una aplicación del concepto de sistema de información interorganizacional (SIIO). El SIIO proporciona a las organizaciones la capacidad para mejorar los vínculos entre los socios comerciales a lo largo de la cadena de suministro, por lo que su importancia ha sido reconocida por organizaciones de diversos sectores. Sin embargo, la adopción de un SIIO en diferentes ámbitos ha demostrado ser complicada y con una alta dependencia de las características particulares de cada sector, siendo, en este momento, una línea de investigación abierta. Para contribuir a esta línea de investigación, este trabajo pretende recoger, partiendo de una revisión de la literatura relacionada, un enfoque en un modelo de adopción de un SIIO para el objeto concreto de esta investigación. El diseño de un SIIO está basado principalmente, en la identificación de las necesidades de información de cada uno de sus agentes participantes, de ahí la importancia en concretar un modelo de SIIO en el ámbito de este trabajo. Esta tesis doctoral presenta el modelo de plataforma virtual de la asociación entre diferentes agentes del sector de la edificación, el marco de las relaciones, los flujos de información correspondientes a diferentes procesos y la metodología que subyace tras el propio modelo, todo ello, con el objeto de contribuir a un modelo unificado que dé soporte tanto a los procesos relacionados con la construcción como con la gestión de servicios en el hogar digital y permitiendo cubrir los requisitos importantes que caracterizan este tipo de proyectos: flexibilidad, escalabilidad y robustez. El SIIO se ha convertido en una fuente de innovación y una herramienta estratégica que permite a las pymes obtener ventajas competitivas. Debido a la complejidad inherente de la adopción de un SIIO, esta investigación extiende el modelo teórico de adopción de un SIIO de Kurnia y Johnston (2000) con un modelo empírico para la caracterización de un SIIO. El modelo resultante tiene como objetivo fomentar la innovación de servicios en el sector mediante la identificación de los factores que influyen en la adopción de un SIIO por las pymes en el sector de la edificación como fuente de ventaja competitiva y de colaboración. Por tanto, esta tesis doctoral, proyectada sobre una investigación empírica, proporciona un enfoque para caracterizar un modelo de SIIO que permita dar soporte a la gestión integrada de los procesos de construcción y gestión de servicios para el hogar digital. La validez del modelo de SIIO propuesto, como fuente y soporte de ventajas competitivas, está íntimamente relacionada con la necesidad de intercambio de información rápido y fiable que demandan los agentes del sector para mejorar la gestión de su interrelación y cooperación con el fin de abordar proyectos más complejos en el sector de la edificación, relacionados con la implantación del hogar digital, y contribuyendo, así a favorecer el desarrollo de la sociedad de la información en el segmento residencial. ABSTRACT The building industry is the largest industry in the world. Land purchase, building design, construction, furnishing, building equipment, operations maintenance and the disposition of real estate have an unquestionable prominence not only at economic but also at social level. In Spain, the building sector is one of the main drivers of economy and also a basic component of economic activity and its role in generating employment, supply of goods or incentive for growth is crucial in the evolution of the economy. Surprisingly, it is one of the sectors with less regulation and organization. Another consistent problem is that, in this sector, the majority of companies are small and medium (SMEs), and often behind large firms in terms of their adoption of innovative solutions. The complexity of managing all information related to this industry has lead to a waste of money and time. The information and knowledge gathered is frequently stored in multiple locations, involving the work of thousands of people, and is rarely transferred on to the next phase. This approach is inconsistent and makes that incorrect information is used for decisions. This situation needs a viable solution for interorganizational information management. So, interorganizational co-operation has become a key factor for organization competitiveness within the building sector. Information is the cornerstone of any business process. Therefore, information and communication technologies (ICT) offer a means to change the way business is conducted. During the last decade, significant productivity improvements were experienced by a wide range of industries with ICT implementation. ICT has provided great advantages in speed of operation, consistency of data generation, accessibility and exchange of information. The wasted money resulting from reentering information, errors and omissions caused through poor decisions and actions, and the delays caused while waiting for information, represent a significant percentage of the global benefits. The effective application of ICT in building construction sector requires a combination of strategic and tactical developments. The building sector has experienced a significant decline in recent years in Spain and in Europe as a result of the financial crisis that began in 2007. This drop goes hand in hand with a low penetration of ICT in inter-organizational-oriented business processes. The market decrease has caused a slowdown in the building sector, where only flexible SMEs have been able to keep the pace though specialization and innovation in services adapted to new market demands. The building industry is highly fragmented compared with other manufacturing industries. This fragmentation has a significant negative impact on productivity and performance. Many research studies have developed and proposed a number of integrated process models. Unfortunately, these studies do not suggest how communication and information exchange within the construction process can be achieved, without duplication or lost in quality. A change from the traditional sequential process to reciprocal interdependency processes would increase the demand on communication and information flow over the edification project. Focusing on home services, the digital interactive service industry has the potential to generate innovation and strategic advantage for existing business. Multiplicity of broadband home services (BHS) and suppliers suggest the need for a figure able to coordinate all the agents in sector with the final user. Consequently, organizational structures tend to be decentralized. Responding to this fact, the concept of interorganizational co-operation also is raising in the residential market. Therefore, both of these business processes, building and home service supply, must be complemented with a technological platform that supports these processes and guarantees the aggregation and integration of the several services over building lifecycle. In this context of a technological platform and the permanent evolution of information systems is where the relevance of the concept of inter-organizational information system (IOIS) emerges. IOIS improves linkages between trading partners along the supply chain. However, IOIS adoption has proved to be difficult and not fully accomplished yet. This research reviews the literature in order to focus a model of IOIS adoption. This PhD Thesis presents a model of virtual association, a framework of the relationships, an identification of the information requirements and the corresponding information flows, using the multi-agent system approach. IOIS has become a source of innovation and a strategic tool for SMEs to obtain competitive advantage. Because of the inherent complexity of IOIS adoption, this research extends Kurnia and Johnston’s (2000) theoretical model of IOIS adoption with an empirical model of IOIS characterization. The resultant model aims to foster further service innovation in the sector by identifying the factors influencing IOIS adoption by the SMEs in the building sector as a source of competitive and collaborative advantage. Therefore, this PhD Thesis characterizes an IOIS model to support integrated management of building processes and home services. IOIS validity, as source and holder of competitive advantages, is related to the need for reliable information interchanges to improve interrelationship management. The final goal is to favor tracking of more complex projects in building sector and to contribute to consolidation of the information society through the provision of broadband home services and home automation.

Sistema para integrar automáticamente datos públicos del NCBI en la plataforma de medicina personalizada p-medicine

En los últimos años ha habido un gran aumento de fuentes de datos biomédicos. La aparición de nuevas técnicas de extracción de datos genómicos y generación de bases de datos que contienen esta información ha creado la necesidad de guardarla para poder acceder a ella y trabajar con los datos que esta contiene. La información contenida en las investigaciones del campo biomédico se guarda en bases de datos. Esto se debe a que las bases de datos permiten almacenar y manejar datos de una manera simple y rápida. Dentro de las bases de datos existen una gran variedad de formatos, como pueden ser bases de datos en Excel, CSV o RDF entre otros. Actualmente, estas investigaciones se basan en el análisis de datos, para a partir de ellos, buscar correlaciones que permitan inferir, por ejemplo, tratamientos nuevos o terapias más efectivas para una determinada enfermedad o dolencia. El volumen de datos que se maneja en ellas es muy grande y dispar, lo que hace que sea necesario el desarrollo de métodos automáticos de integración y homogeneización de los datos heterogéneos. El proyecto europeo p-medicine (FP7-ICT-2009-270089) tiene como objetivo asistir a los investigadores médicos, en este caso de investigaciones relacionadas con el cáncer, proveyéndoles con nuevas herramientas para el manejo de datos y generación de nuevo conocimiento a partir del análisis de los datos gestionados. La ingestión de datos en la plataforma de p-medicine, y el procesamiento de los mismos con los métodos proporcionados, buscan generar nuevos modelos para la toma de decisiones clínicas. Dentro de este proyecto existen diversas herramientas para integración de datos heterogéneos, diseño y gestión de ensayos clínicos, simulación y visualización de tumores y análisis estadístico de datos. Precisamente en el ámbito de la integración de datos heterogéneos surge la necesidad de añadir información externa al sistema proveniente de bases de datos públicas, así como relacionarla con la ya existente mediante técnicas de integración semántica. Para resolver esta necesidad se ha creado una herramienta, llamada Term Searcher, que permite hacer este proceso de una manera semiautomática. En el trabajo aquí expuesto se describe el desarrollo y los algoritmos creados para su correcto funcionamiento. Esta herramienta ofrece nuevas funcionalidades que no existían dentro del proyecto para la adición de nuevos datos provenientes de fuentes públicas y su integración semántica con datos privados.---ABSTRACT---Over the last few years, there has been a huge growth of biomedical data sources. The emergence of new techniques of genomic data generation and data base generation that contain this information, has created the need of storing it in order to access and work with its data. The information employed in the biomedical research field is stored in databases. This is due to the capability of databases to allow storing and managing data in a quick and simple way. Within databases there is a variety of formats, such as Excel, CSV or RDF. Currently, these biomedical investigations are based on data analysis, which lead to the discovery of correlations that allow inferring, for example, new treatments or more effective therapies for a specific disease or ailment. The volume of data handled in them is very large and dissimilar, which leads to the need of developing new methods for automatically integrating and homogenizing the heterogeneous data. The p-medicine (FP7-ICT-2009-270089) European project aims to assist medical researchers, in this case related to cancer research, providing them with new tools for managing and creating new knowledge from the analysis of the managed data. The ingestion of data into the platform and its subsequent processing with the provided tools aims to enable the generation of new models to assist in clinical decision support processes. Inside this project, there exist different tools related to areas such as the integration of heterogeneous data, the design and management of clinical trials, simulation and visualization of tumors and statistical data analysis. Particularly in the field of heterogeneous data integration, there is a need to add external information from public databases, and relate it to the existing ones through semantic integration methods. To solve this need a tool has been created: the term Searcher. This tool aims to make this process in a semiautomatic way. This work describes the development of this tool and the algorithms employed in its operation. This new tool provides new functionalities that did not exist inside the p-medicine project for adding new data from public databases and semantically integrate them with private data.

Metodología de integración de actividades de adaptación al cambio climático en proyectos de desarrollo rural

Hoy en día, ya no se puede pasar por alto la necesidad de una agricultura climáticamente más inteligente para los 500 millones de pequeños agricultores del mundo (Wheeler, 2013). Estos representan aproximadamente el 60 % de la agricultura mundial y proporcionan hasta el 80 % de los alimentos en los países en vías de desarrollo, los pequeños agricultores gestionan vastas extensiones de tierra y lamentablemente incluyen los grupos con mayor proporción de personas en estado de inseguridad alimentaria. El cambio climático está transformando el contexto para la agricultura en pequeña escala. Durante siglos, los pequeños agricultores desarrollaron la capacidad de adaptarse a los cambios ambientales y la variabilidad del clima, pero la velocidad y la intensidad del cambio climático está superando su capacidad de respuesta. Si no se cambia la manera que tenemos de lidiar con el cambio climático, tanto en acciones locales como globales, es muy probable que las personas rurales de entornos vulnerables tengan que adaptarse a un calentamiento global promedio de 4 °C por encima de los niveles preindustriales para el año 2100. Esta alza de las temperaturas aumentará aún más la incertidumbre y provocará desastres naturales como las sequías, la erosión del suelo, la pérdida de biodiversidad y la escasez agua sean mucho más frecuentes. Uno de los factores más importantes para los pequeños agricultores es que ya no pueden depender de los promedios históricos, por lo que es más difícil para ellos para planificar y gestionar la producción debido a los cambios en los patrones climáticos. Algunos de los principales cultivos de cereales (trigo, arroz, maíz, etc.) han alcanzado su umbral de tolerancia al calor y un aumento de la temperatura en torno a 1,5-2 °C podría ser muy perjudicial. Estos efectos a corto plazo podrían ser agravados por otros a medio y largo plazo, los que se refieren al impacto socioeconómico en términos de oportunidades y estabilidad política. El cambio climático está haciendo que el desarrollo de la pequeña agricultura resulte mucho más caro. A nivel de proyectos, los programas resistentes al clima tienen, normalmente, unos costos iniciales más altos, tanto de diseño como de implementación. Por ejemplo, es necesario incluir gastos adicionales en infraestructura, operación y mantenimiento; desarrollo de nuevas capacidades y el intercambio de conocimientos en torno al cambio climático. También se necesita mayor inversión para fortalecer las instituciones frente a los nuevos retos que propone el cambio climático, o generar información que pueda ser de escala reducida y con enfoques que beneficien a la comunidad, el cambio climático es global pero los efectos son locales. Es, por tanto, el momento de redefinir la relación entre agricultura y medio ambiente, ya que se hace cada vez más necesario buscar mejores y más eficientes maneras para responder al cambio climático. Es importante señalar que la respuesta al cambio climático no significa reinventar todo lo que se ha aprendido sobre el desarrollo, significa aplicar un esfuerzo renovado para hacer frente a los cambios en el trabajo de cooperación al desarrollo de una manera más sistemática y más amplia. Una respuesta coherente al cambio climático requiere que la comunidad internacional reconozca la necesidad de aumentar el apoyo financiero para la adaptación así como un mayor énfasis en proporcionar soluciones diseñadas para aumentar la resiliencia1 de los pequeños agricultores a las crisis relacionadas con el clima. Con el fin de responder a algunos de los desafíos mencionados anteriormente, esta investigación pretende contribuir a fortalecer las capacidades de los pequeños productores, aquellos que actualmente están la primera línea frente a los desafíos del cambio climático, promoviendo un desarrollo que tenga un impacto positivo en sus medios de vida. La tesis se compone de cuatro capítulos. El primero define y analiza el marco teórico de las interacciones entre el cambio climático y el impacto en los proyectos de desarrollo rural, especialmente los que tienen por objetivo mejorar la seguridad alimentaria de los pequeños productores. En ese mismo capítulo, se presenta una revisión global de la financiación climática, incluyendo la necesidad de asignar suficientes recursos para la adaptación. Con el fin de lograr una mayor eficacia e impacto en los proyectos de desarrollo, la investigación desarrolla una metodología para integrar actividades de adaptación al cambio climático, presentada en el segundo capítulo. Esta metodología fue implementada y validada durante el periodo 2012-14, trabajando directamente con diferentes equipos gubernamentales en diez proyectos del Fondo Internacional de Desarrollo Agrícola ). El tercero presenta, de manera detallada, la aplicación de la metodología a los estudios de caso de Bolivia y Nicaragua, así como un resumen de las principales conclusiones en la aplicación de los ocho países restantes. Finalmente, en el último capítulo se presentan las conclusiones y un esbozo de futuras líneas de investigación. Actualmente, el tema de la sostenibilidad ambiental y el cambio climático está ganando terreno en la agenda de desarrollo. Es por ello que se alumbra esta investigación, para que a través de los resultados obtenidos y la implementación de la metodología propuesta, sirva como herramienta estratégica para la planificación y la gestión operativa a la hora de integrar iniciativas de adaptación en los proyectos de desarrollo rural. ABSTRACT The need for climate-smart agriculture for the world’s 500 million smallholder farms cannot be overlooked: they account for 60 per cent of global agriculture, provide up to 80 per cent of food in developing countries, manage vast areas of land and make up the largest share of the developing world’s undernourished. Climate change is transforming the context for smallholder agriculture. Over centuries smallholders have developed the capacity to adapt to environmental change and climate variability, but the speed and intensity of climate change is outpacing the speed of historically autonomous actions. In the absence of a profound step-change in local and global action on climate change, it is Increasingly likely that poor rural people would need to contend with an average global warming of 4 degrees above pre-industrial levels by 2100, if not sooner. Such substantial climatic change will further increase uncertainty and exacerbate weather –related disasters, droughts, biodiversity loss, and land and water scarcity. Perhaps most significantly for smallholder farmers, they can no longer rely on historical averages, making it harder for them to plan and manage production when planting seasons and weather patterns are shifting. The major cereal crops (wheat, rice, maize, etc.) are at their heat tolerance threshold and with a 1.5-2°C temperature increase could collapse. These “first-round” effects will be compounded by second-round socio-economic impacts in terms of economic opportunities and political stability. Climate change is making the development of smallholder agriculture more expensive. At project level, climate-resilient programmes typically have higher up-front design and implementation costs – e.g. infrastructure costs and initially increased asset management, operation and maintenance, more capacity-building and knowledge sharing, strengthening institutions, greater project development costs (downscaled data generation and community-based approaches), and greater costs from enhancing cross sectorial and stakeholders collaboration. Consequently it’s time to redefine the relationship between agriculture and environment as we need to look better and more efficient ways to respond to climate change. It is important to note that responding to climate change does not mean to throwing out or reinventing everything that has been learnt about development. It means a renewed effort to tackle wider and well-known development changes in a more systematic way. A coherent response to climate change requires acknowledge of the need to increase the financial support for adaptation and a continued emphasis on provided solutions designed to increase the resilience of smallholders and poor communities to shocks, which are weather related. In order to respond to some of the challenges mentioned before, this research aims to contribute to strengthen the capacities of the smallholders and to promote a development that will positively impact in the rural livelihoods of the most vulnerable smallholders farmers; those who currently are in the first line facing the challenges of climate change. The thesis has four chapters. Chapter one describes and analyses the theoretical framework of the interactions between climate change and the impact on rural development projects, especially those aimed at improving the food security of smallholders producers. In this chapter a comprehensive review of climate financing is presented, including the need to allocate sufficient resources for adaptation. In order to achieve greater effectiveness and impact on development projects, the research develops in the second chapter a methodology to integrate adaptation activities for climate change. This methodology was implemented and validated during the 2012-14 period, working directly with various government teams in ten projects of the International Fund for Agricultural Development (IFAD). The third chapter presents in detail the application of the methodology to the case studies of Bolivia and Nicaragua, as well as a summary of the main conclusions of its implementation in the remaining eight countries. The final chapter exposes the main conclusions and future research topics. At a time when environmental sustainability and climate change issues are gaining more attention, the research and obtained results through the implementation of the model methodology proposed, can be considered a strategic tool for planning and operational management to integrate adaptation initiatives in rural development projects. The use of the proposed methodology will boost incentives to scale up climate resilience programmes and integrate adaptation to climate change into wider smallholder development programmes.

Sistema computacional com geração de dados e visualização de resultados para estrutura de edifícios

Este trabalho trata do desenvolvimento de um sistema computacional, para a geração de dados e apresentação de resultados, específico para as estruturas de edifícios. As rotinas desenvolvidas devem trabalhar em conjunto com um sistema computacional para análise de estruturas com base no Método dos Elementos Finitos, contemplando tanto as estruturas de pavimentos; com a utilização de elementos de barra, placa/casca e molas; como as estruturas de contraventamento; com a utilização de elementos de barra tridimensional e recursos especiais como nó mestre e trechos rígidos. A linguagem computacional adotada para a elaboração das rotinas mencionadas é o Object Pascal do DELPHI, um ambiente de programação visual estruturado na programação orientada a objetos do Object Pascal. Essa escolha tem como objetivo, conseguir um sistema computacional onde alterações e adições de funções possam ser realizadas com facilidade, sem que todo o conjunto de programas precise ser analisado e modificado. Por fim, o programa deve servir como um verdadeiro ambiente para análise de estruturas de edifícios, controlando através de uma interface amigável com o usuário uma série de outros programas já desenvolvidos em FORTRAN, como por exemplo o dimensionamento de vigas, pilares, etc.

Embedding reflexivity within experiential qualitative psychology

In this article, it is argued that reflexivity is integral to experiential qualitative research in psychology. Reflexivity has been defined in many ways. Woolgar’s continuum of reflexivity though provides a useful gauge by which to judge whether a researcher is involved in simple reflection or reflexivity. The article demonstrates the benefits of adopting a reflexive attitude by presenting “challenge-to-competency.” The author’s encounter with Sarah will help illustrate the role of reflexivity both in data generation and in interpretative analysis. To close, it is proposed that reflexivity as hermeneutic reflection, with its grounding in hermeneutics and phenomenology, is a useful construct for guiding our engagement in reflexivity in experiential qualitative research.

Extracting Business Rules through Static Analysis of the Source Code

Красимир Манев, Нели Манева, Хараламби Хараламбиев - Подходът с използване на бизнес правила (БП) беше въведен в края на миналия век, за да се улесни специфицирането на фирмен софтуер и да може той да задоволи по-добре нуждите на съответния бизнес. Днес повечето от целите на подхода са постигнати. Но усилията, в научно-изследователски и практически аспект, за постигане на „’формална основа за обратно извличане на БП от съществуващи системи “продължават. В статията е представен подход за извличане на БП от програмен код, базиран на методи за статичен анализ на кода. Посочени са някои предимства и недостатъци на такъв подход.

Living well to the end:a phenomenological analysis of life in extra care housing

OBJECTIVES: To understand older adults' experiences of moving into extra care housing which offers enrichment activities alongside social and healthcare support. DESIGN: A longitudinal study was conducted which adopted a phenomenological approach to data generation and analysis. METHODS: Semi-structured interviews were conducted in the first 18 months of living in extra care housing. Interpretative phenomenological analysis was used because its commitment to idiography enabled an in-depth analysis of the subjective lived experience of moving into extra care housing. Themes generated inductively were examined against an existential-phenomenological theory of well-being. RESULTS: Learning to live in an extra care community showed negotiating new relationships was not straightforward; maintaining friendships outside the community became more difficult as capacity declined. In springboard for opportunity/confinement, living in extra care provided new opportunities for social engagement and a restored sense of self. Over time horizons began to shrink as incapacities grew. Seeking care illustrated reticence to seek care, due to embarrassment and a sense of duty to one's partner. Becoming aged presented an ontological challenge. Nevertheless, some showed a readiness for death, a sense of homecoming. CONCLUSIONS: An authentic later life was possible but residents required emotional and social support to live through the transition and challenges of becoming aged. Enhancement activities boosted residents' quality of life but the range of activities could be extended to cater better for quieter, smaller scale events within the community; volunteer activity facilitators could be used here. Peer mentoring may help build new relationships and opportunities for interactive stimulation. Acknowledging the importance of feeling-empathic imagination-in caregiving may help staff and residents relate better to each other, thus helping individuals to become ontologically secure and live well to the end.