Phytoplasma closely related to the pigeon pea witches`-broom phytoplasma (16Sr IX) is associated with citrus huanglongbing symptoms in the state of Sao Paulo, Brazil

In February 2007, sweet orange trees with characteristic symptoms of huanglongbing (HLB) were encountered in a region of Sao Paulo state (SPs) hitherto free of HLB. These trees tested negative for the three liberibacter species associated with HLB. A polymerase chain reaction (PCR) product from symptomatic fruit columella DNA amplifications with universal primers fDI/rPI was cloned and sequenced. The corresponding agent was found to have highest 16S rDNA sequence identity (99%) with the Pigeon pea witches`-broom phytoplasma of group 16Sr IX. Sequences of PCR products obtained with phytoplasma 16S rDNA primer pairs fU5/rU3, fU5/P7 confirm these result.,;. With two primers D7f2/D7r2 designed based oil the 16S rDNA Sequence of the cloned DNA fragment, positive amplifications were obtained from more than one hundred samples including symptomatic fruits and blotchy mottle leaves. Samples positive for phytoplasmas were negative for liberibacters, except for four samples, which were positive for both the phytoplasma and `Candidatus Liberibacter asiaticus`. The phytoplasma was detected by electron microscopy in the sieve tubes of midribs from symptomatic leaves. These results Show that a phytoplasma of group IX is associated with citrus HLB symptoms ill northern, central, and Southern SPs. This phytoplasma has very probably been transmitted to citrus from an external Source of inoculum, but the Putative insect vector is not yet known.

Braquiterapia prostática: morbilidade urinária e sexual

RESUMO: Objectivos 1. Avaliar a morbilidade urinária e sexual secundária à braquiterapia prostática com implante de I125. 2. Avaliar a influência da hormonoterapia neoadjuvante e adjuvante na morbilidade urinária e sexual secundária à braquiterapia(I125). 3. Avaliar a influência da associação da radioterapia externa na morbilidade urinária e sexual secundária à braquiterapia(I125). 4. Avaliar a morbilidade urinária dos doentes com contra-indicação relativa (próstatas volumosas, IPSS elevado).Material e métodos De Setembro de 2000 a Dezembro de 2004 foram recrutados 204 doentes com o diagnóstico de carcinoma da próstata localizado (T1 e T2) ou localmente avançado (T3) e expectativa de vida superior a 10 anos. Foram submetidos a braquiterapia, com implante transperineal de Iodo 125 (I125) em monoterapia ou combinada com hormonoterapia e/ou radioterapia externa (tratamento trimodal). Definiram-se diversos sub-grupos de pacientes, consoante algumas características habitualmente referidas como factores de risco para a morbilidade do tratamento de braquiterapia prostática, com o objectivo de analisar a sua influência sobre a morbilidade urinária e sexual: Grupo 1: Braquiterapia em monoterapia (MONO) versus braquiterapia associada a radioterapia externa (BCOMB) Grupo 2: Próstatas volumosas (>50ml) versus próstatas não volumosas (<50ml)Grupo 3: Braquiterapia associada a hormonoterapia (HORM) versus braquiterapia sem hormonoterapia (NHORM)Grupo 4: IPSS elevado versus IPSS baixo Avaliou-se a evolução do IPSS, QoL, taxa de RTU-P e retenção urinária pós implante, e evolução do BSFI durante todo o período de seguimento. Resultados Grupo 1: Para o grupo MONO o IPSS iniciou-se com 7.1, sofreu agravamento para 16.1 e 15.9 ao primeiro e terceiro meses. Aos 12 meses, o IPSS desceu para 10.1 enquanto que, aos 18 e 24 meses, o IPSS foi de 7.3 e 5.8. O grupo BCOMB iniciou com IPSS de 9.4. Sofreu agravamento ligeiro e pouco acentuado até aos 6 meses (IPSS de 14). A evolução do IPSS foi, então, flutuante com IPSS de 5.9 aos 12 meses e 9.5 aos 18 meses. Aos 24 meses apresentava IPSS de 6.7. A taxa de retenção urinária (6.4% e 0%) e de RTU-P (2.0% e 0%) foram semelhantes nos grupos MONO e BCOMB, respectivamente (p=0.375 e p=1). A evolução da qualidade das erecções foi semelhante nos dois grupos excepto aos 6 meses em que MONO apresentou o valor 6 e BCOMB 3.7 (p=0.029). A percentagem de doentes potentes foi significativamente inferior nos primeiros 6 meses após a braquiterapia para o grupo BCOMB relativamente ao grupo MONO: 36%–74%; 33%–73%; 33%–75%. Após os 6 meses os grupos foram homogéneos. Grupo 2: O IPSS evoluiu nas próstatas <50ml e >50ml de 7–9 para 15-19 ao primeiro mês e 15-18 ao 3.º mês. Apenas ao primeiro mês é que as diferenças no IPSS foram significativas (p=0.061). Após o 3.º mês os dois grupos foram semelhantes: IPSS de 8 e 12 ao 12.º mês e 5.7 e 6 ao 24.º mês. As taxas de retenção urinária e de RTU-P foram semelhantes (p=0.054 e p=0.286) Grupo 3: A evolução do IPSS, taxas de retenção urinária e de RTU-P foram sobreponíveis em ambos os grupos. A evolução da líbido, erecções, percentagem de doentes potentes, ejaculação, incómodo e satisfação foi significativamente inferior no grupo HORM relativamente ao grupo N HORM apenas ao primeiro mês (valores de p<0.0001; <0.0001; < 0.0001; 0.009 e 0.002 respectivamente) Grupo 4: A evolução do IPSS nos doentes com IPSS elevado foi a seguinte: 22.17(0M); 19.5(1M); 20.5(3M); 15.3(6M); 15.7(12M); 11(18M); 8(24M) A evolução do IPSS nos doentes com IPSS baixo foi a seguinte: 5.9(0M); 15.3(1M); 14.9(3M); 12.2(6M); 8.9(12M); 7.2(18M), 5.5(24M) As taxas de RTU-P (2.8% e 0%) e retenção urinária (5.1% e 5.9%) foram semelhantes em ambos os grupos de doentes (p=1). Conclusões 1. A radioterapia intersticial da próstata com implante transperineal e ecoguiado de Iodo 125 é frequentemente acompanhada de morbilidade urinária transitória e de intensidade moderada. A Morbilidade consiste em sintomatologia do aparelho urinário baixo (“LUTS – lower urinary tract symptoms”) que, na maioria dos doentes, sofre um agravamento máximo do primeiro ao 3.º mês. Segue-se uma melhoria ligeira até ao 6.º mês que é mais acentuada daí em diante. Por volta do 12.º e 18.º mês, a maior parte dos doentes apresenta sintomatologia urinária muito semelhante à que apresentava antes do tratamento. Após o 18.º mês, os doentes mantêm uma melhoria da sintomatologia urinária para além da que apresentavam previamente ao implante. As taxas de retenção urinária e de ressecção transuretral prostática após o implante de braquiterapia são muito baixas, inferiores a 10%. 2. A associação da braquiterapia prostática com radioterapia externa adjuvante influencia a evolução da sintomatologia urinária: o aparecimento da sintomatologia urinária é mais lento, demorando 6 meses a atingir o seu valor máximo que, por sua vez, é de intensidade menos acentuada do que quando a braquiterapia é utilizada em monoterapia. 3. O volume prostático superior a 50 ml não influencia a morbilidade urinária. 4. A terapêutica hormonal, neoadjuvante e adjuvante, não influencia a sintomatologia urinária. 5. Os doentes com sintomatologia urinária prévia muito acentuada não sofrem agravamento da referida sintomatologia. Pelo contrário, apresentam uma melhoria de sintomas urinários desde o primeiro mês, e que se mantém ao longo dos 24 meses de seguimento, apresentando, no final deste período, sintomatologia urinária ligeira e muito inferior à que apresentavam antes do implante. As taxas de retenção urinária e RTU-P após a braquiterapia são semelhantes às que ocorrem nos doentes assintomáticos previamente ao implante. 6. A vida sexual está preservada, em mais de 70% dos casos, ao fim dos 24 meses de seguimento. No entanto, imediatamente após o primeiro mês de seguimento, ocorre uma diminuição ligeira da qualidade das erecções que se mantém, sem melhoria ou agravamento, durante todo o período de seguimento. A hormonoterapia afecta todos os parâmetros da vida sexual, embora de forma apenas temporária. Após a suspensão da terapêutica hormonal este grupo de doentes recupera a actividade sexual e apresenta-se idêntico ao grupo de doentes que não foram sujeitos a essa terapêutica.----------------ABSTRACT: Objectives 1. To assess urinary and sexual morbility after prostatic brachytherapy with the implant of I125 seeds. 2. To assess the influence of neoadjuvant and adjuvant hormone therapy in urinary and sexual morbility after prostatic brachytherapy with the implant of I125 seeds. 3. To assess the effects, on urinary and sexual morbility, of associating external radiotherapy after prostatic brachytherapy with the implant of I125 seeds. 4. To assess the urinary morbility in patients with relative contraindications (voluminous prostates, high IPSS). Material and Methods From September, 2000 to December, 2004 a total of 204 patients were recruited with a diagnosis of localized (T1 and T2) or locally advanced (T3) carcinoma of the prostate and a life expectancy in excess of 10 years. The patients underwent brachytherapy with transperineal seed implant of iodine (I125) as a monotherapy or in combination with hormone therapy and/or external radiotherapy (trimodal treatment). With the aim of evaluating the treatment’s influence on urinary and sexual morbility, a number of patient sub-groups were defined in accordance with certain characteristics normally mentioned as morbility risk factors for prostatic brachytherapy treatment: Group 1: Brachytherapy as monotherapy (MONO) versus brachytherapy in combination with external radiotherapy (BCOMB) Group 2: Voluminous prostates (>50ml) versus non- voluminous prostates (<50ml) Group 3: Brachytherapy in combination with hormone therapy (HORM) versus brachytherapy without hormone therapy (NHORM)Group 4: High IPSS versus a low IPSS. The evolution of the IPSS, QoL, TURP rate and post-implant urinary retention as well as the BSFI were assessed throughout the entire follow-up period. Results Group 1: For the MONO group the IPSS began at 7.1, and then rose to 16.1 and 15.9 in the first and third months, respectively. At month 12, the IPSS had dropped to 10.1 and at month 18 and 24 the IPSS was registered at 7.3 and 5.8, respectively. The BCOMB group started out with an IPSS of 9.4. It underwent a slight and little-significant rise until month 6 (IPSS at 14). The evolution of the IPSS then began to fluctuate from an IPSS of 5.9 at month 12 and 9.5 at month 18. At month 24 we registered an IPSS of 6.7. The urinary retention rate (6.4% and 0%) and TURP rate (2.0% e 0%) were similar to those of the MONO and BCOMB groups, respectively (p=0.375 and p=1). The evolution regarding the quality of erections was similar for the two groups except at 6 months when the MONO group displayed a value of 6 and the BCOMB group 3.7 (p=0.029). The percentage of sexually potent patients was significantly lower in the first six months after brachytherapy for the BCOMB group when compared with the MONO group: 36%–74%; 33%–73%; 33%–75%. After six months, the results became more consistent. Group 2: IPSS results evolved in <50ml and >50ml prostates from 7–9 to 15-19 in the first month and from 15-18 after the third month. It was only in the first month that the differences in the IPSS were significant (p=0.061). After the third month, the two groups displayed similar outcomes: IPSS 8 and 12 at month 12 and 5.7 and 6 at month 24. Urinary retention and TURP rates were similar (p=0.054 e p=0.286). Group 3: IPSS evolution and rates of urinary retention and TURP were identical in both groups. Figures regarding libido, erections, percentage of sexually potent patients, ejaculation, discomfort and sexual satisfaction were always significantly lower for the HORM group, when compared to the NHORM group in the first month only (values of p<0.0001; <0.0001; <0.0001; 0.009 e 0.002, respectively). Group 4: IPSS evolution in patients with a high IPSS was as follows: 22.17(0M); 19.5(1M); 20.5(3M); 15.3(6M); 15.7(12M); 11(18M); 8(24M) IPSS evolution in patients with a low IPSS was as follows: 5.9(0M); 15.3(1M); 14.9(3M); 12.2(6M); 8.9(12M); 7.2(18M), 5.5(24M)TURP rates (2.8% e 0%) and those for urinary retention (5.1% e 5.9%) were similar in both patient groups (p=1). Conclusions 1. Interstitial radiotherapy of the prostate with transperineal, ultrasound-guided implant of Iodine-125 seeds is often followed by transitory urinary morbility of moderate intensity. The morbility involves symptoms of the lower urinary tract which, in most cases are at their worst from the first to the third months. There is a slight improvement up to the sixth month, at which point improvement becomes more accentuated. Around months 12 or 18, most patients display urinary symptoms that are very similar to those noted before treatment. After month 18, patients’ urinary symptoms continue to improve past the point they displayed prior to the implant. Urinary retention rates and those for transurethral resection of the prostate are very low (below 10%), after brachytherapy seed implant. 2. The combination of prostatic brachytherapy and adjuvant external radiotherapy affects the evolution of urinary symptoms: the appearance of urinary symptoms is much slower, taking six months to peak, and is less intense than when brachytherapy is employed as the only means of treatment. 3. The fact that the prostate displays a volume greater than 50 ml does not influence urinary morbility. 4. Neoadjuvant and adjuvant hormone therapy do not influence urinary symptomology. 5. Patients with severe, preexisting symptoms of the urinary tract do not experience a worsening of those symptoms. On the contrary, they exhibit an improvement in urinary symptoms as of the first month. This improvement continues for the 24 months, after which patients display symptoms of the urinary tract that are slight and a noticeable improvement over the urinary complaints registered before the implant. Urinary retention and TURP rates subsequent to brachytherapy are similar to those registered for asymptomatic patients. 6. The patient’s sexual performance is maintained in more than 70% of the cases, as noted after 24 months of follow-up. However, immediately after the first follow-up month there is a lessening in the quality of erections that continues, without improving or worsening, for the whole follow-up period. Hormone therapy affects all the parameters of sexual performance, albeit temporarily. After suspending hormone therapy, this group recovered with regard to sexual performance, and showed itself to be identical to the group of patients that had not undergone hormone therapy.-------------------RESUMÉ:Objectives 1. Évaluer la morbilité urinaire et sexuelle après la realisation la curiethérapie de la prostate avec implant de I125. 2. Évaluer l’ influence de la thérapie hormonale néoadjuvante et adjuvante en ce qui concerne la morbilité urinaire et sexuelle après la réalisation de la curiethérapie (I125). 3. Évaluer l’influence de l’association de la radiothérapie externe dans la morbilité urinaire et sexuelle après la réalisation de la curiethérapie (I125). 4. Évaluer la morbilité urinaire des malades avec des contre indications relatives (prostates volumineuses, IPSS élevé). Matériel et méthodologie De Septembre 2000 à Décembre 2004, on a recruté 204 patients ayant pour diagnostique un carcinome de la prostate localisé (T1 et T2) ou localement avancé (T3) et dont l’expectative de vie était de plus de 10 ans. Ils ont été soumis au traitement de la curiethérapie avec l’implantation transpérinéal de l’iode 125 (I125) en monothérapie ou en traitement combiné avec une thérapie hormonale et/ou radiothérapie externe (traitement trimodale). Il y a eu plusieurs sous-catégories de patients, et cela dépend de quelques caractéristiques normalement considérées comme des facteurs à risque en ce qui concerne la morbilité du traitement de la curiethérapie de la prostate, et l’objective étant d’analyser son influence sur la morbilité urinaire et sexuelle. Groupe 1: Curiethérapie en traitement unique (MONO) par rapport à la curiethérapie associée au traitement externe (BCOMB). Groupe 2: Prostates volumineuses (>50ml) par rapport au prostates qui ne sont pas volumineuses (<50ml). Groupe 3: Curiethérapie associée au traitement hormonale (HORM) par rapport à la curiethérapie sans traitement hormonale (NHORM). Groupe 4: IPSS élevé par rapport au IPSS diminué. Nous avons évalué l’evolution du IPSS, Qualité de vie, le taux de RTU-P et la retention de l’urine après l’implant, BSFI pendant toute la période du traitement. Résultats Groupe 1: Pour le groupe MONO l’IPSS a commençé avec un taux de 7.1, et les patients ont souffert d’un empirement allant jusqu’à 16.1 et 15.9 pendant le premier et le troisième mois. 12 mois après l’IPSS diminua jusqu’à 10.1 À 18 mois le taux fût de 7.3 et à 24 mois il diminua encore jusqu’à atteindre 5.8. Le groupe BCOMB commença avec un taux d’IPSS de 9.4. Ils souffrirent un empirement légér et peu accentué jusqu’aux 6 premiers mois (IPSS de 14). L’évolution de l’IPSS était fluctuante allant de 5.9 à 12 mois et 9.5 à 18 mois. À 24 mois, l’IPSS était de 6.7. Le taux de retention de l’urine (6.4% et 0%) et de la RTU-P (2.0% et 0%) étaient simmilaires dans les groupes MONO et BCOMB respectivement (p=0.375 et p=1). L’ évolution de la qualité des érections fût semblable dans les 2 groupes excepté le groupe MONO qui présenta une valeure de 6 à 6 mois et le groupe BCOMB qui présenta une valeure de 3.7 (p=0.029). Le pourcentage des malades sexuellement puissants a été significativement inférieur pendant les 6 premiers mois depuis la curiethérapie pour le groupe BCOMB si on le compare au groupe MONO: 36%–74%; 33%–73%; 33%–75%. Après cette période, les groupes eûrent des résultats homogénes. Groupe 2: L’ IPSS a évolué dans les prostates <50ml et >50ml de 7–9 jusqu’à 15-19 pendant le premier mois et jusqu’à 15-18 au 3ème mois. C’est seulement pendant le premier mois que les différences de l’IPSS ont été significatives (p=0.061). Après le 3ème mois les deux groupes ont eu des résultats semblables: IPSS 8 et 12 à 12.º mois et 5.7 et 6 à 24.º mois. Le taux de retention de l’urine et de la RTU-P ont été simmilaires (p=0.054 e p=0.286). Groupe 3: L’evolution de l’ IPSS, les taux de retention de l’urine et de la RTU-P pourraient se surposer pour les deux groupes. L’évolution de la libido, des érections, le pourcentage des malades sexuellements puissants, l’incommodité et la satisfaction ont été toujours significativement infériures dans le groupe HORM par rapport au groupe NHORM dès le premier mois (valeurs de p <0.0001; <0.0001; < 0.0001; 0.009 et 0.002 respectivement) Groupe 4: L’évolution de l’ IPSS pour les malades ayant un IPSS élevé fût ainsi: 22.17(0M); 19.5(1M); 20.5(3M); 15.3(6M); 15.7(12M); 11(18M); 8(24M)L’évolution de l’ IPSS pour les malades ayant un IPSS diminué fût ainsi:5.9(0M); 15.3(1M); 14.9(3M); 12.2(6M); 8.9(12M); 7.2(18M), 5.5(24M) Le taux de RTU-P (2.8% e 0%) et de retention de l’urine (5.1% et 5.9%) ont été semblables dans les 2 groupes de malades (p=1). Conclusions 1. La radiothérapie interstitielle de la prostate avec implant transpérinéal de l’iode 125 est fréquamment acompagnée d’une morbilité urinaire transitoire et d’intensité modérée. La morbilité consiste d’une symptomatologie de l’apparéil urinaire inférieure qui, dans la plupart des malades, empire gravement du premier au troisième mois. La situation s’améliore légèrement jusqu’au 6ème mois, l’amélioration étant plus accentuée à partir de là. Autour du 12ème jusqu’au 18ème mois, la majorité des malades présente une symptomatologie urinaire qui se ressemble beaucoup à celle qu’ils avaient avant le traitement. Après le 18ème mois l’amélioration de la symptomatologie urinaire est constante par rapport à celle qu’ils présentaient avant l’implant. Le taux de retention de l’urine et de RTU-P après l’implant de la curiethérapie sont très basses, au dessus de 10%. 2. L’association de la curiethérapie de la prostate avec la radiothérapie externe adjuvante a une influence sur l’évolution de la symptomatologie urinaire: l’apparition des symptômes est plus lente, prenant jusqu’à 6 mois pour atteindre son niveau maximum, qui à son tour, a une intensité moins accentuée que lorsque la curiethérapie est utilisée en monothérapie. 3. Le volume de la prostate supérieure à 50 ml n’a pas d’influence sur la morbilité urinaire. 4. La thérapie hormonale, néoadjuvante et adjuvante, n’a pas d’influence sur la symptomatologie urinaire. 5. Les malades ayant une symptomatologie urinaire préalable et très accentuée ne souffrent pas d’empirement de leur situation. Au contraire, ils présentent une amélioration des symptômes urinaires à partir du premier mois et ceci se maintient tout au long des 24 mois que dure le traitement, ayant à la fin de cette période une symptomatologie urinaire légère et beaucoup plus basse que celle qu’ils présentaient avant l’implant. Le taux de retention de l’urine et de la RTU-P après la curiethérapie est simmilaire à celui que les malades qui n’ont pas de symptômes présentent avant l’implant. 6. La vie sexuelle est préservée dans plus du 70% des cas à la fin de la période de traitement (24 mois). Entretemps, immédiatement après le premier mois d’étude, on note une légère diminution de la qualité des érections qui se maintient sans amélioration ou empirement tout au long du traitement. Le traitement à base d’hormones affecte tous les paramètres de la vie sexuelle, mais de façon temporaire. Après la suspension de la thérapie hormonale ce groupe de malades récupère l’activité sexuelle et se présente de façon égale au groupe de malades qui n’ont pas été soumis à ce traitement.

Comparative effects of sediments contaminated by carcinogenic and non-carcinogenic PAHs in Dicentrarchus labrax: a semi-quantitative histopathological approach

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia do Ambiente

Analysis of the interaction of polycyclic aromatic compounds in a model organism: integration of genotoxic and histopathological effects

Due to their toxicity, especially their carcinogenic potential, polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) became priority pollutants in biomonitoring programmes and environmental policy, such as the European Water Framework Directive. The model substances tested in this study, namely benzo[b]fluoranthene (B[b]F), considered potentially carcinogenic to humans and an effector carcinogenic PAH to wildlife, and phenanthrene (Phe), deemed a non-carcinogenic PAH, are common PAHs in coastal waters, owning distinct properties reflected in different, albeit overlapping, mechanisms of toxicity. Still, as for similar PAHs, their interaction effects remain largely unknown. In order to study the genotoxic effects of caused by the interaction of carcinogenic and non-carcinogenic PAHs, and their relation to histopathological alterations, juvenile sea basses, Dicentrarchus labrax, a highly ecologically- and economically-relevant marine fish, were injected with different doses (5 and 10 μg.g-1 fish ww) of the two PAHs, isolated or in mixture, and incubated for 48 h. Individuals injected with B[b]F and the PAH mixture exhibited higher clastogenic/aneugenic effects and DNA strand breakage in blood cells, determined through the erythrocytic nuclear abnormalities (ENA) and Comet assays, respectively. Also, hepatic histopathological alterations were found in all animals, especially those injected with B[b]F and the PAH mixture, relating especially to inflammation. Still, Phe also exhibited genotoxic effects in sea bass, especially in higher doses, revealing a very significant acute effect that was accordant with the Microtox test performed undergone in parallel. Overall, sea bass was sensitive to B[b]F (a higher molecular weight PAH), likely due to efficient bioactivation of the pollutant (yielding genotoxic metabolites and reactive oxygen species), when compared to Phe, the latter revealing a more significant acute effect. The results indicate no significant additive effect between the substances, under the current experimental conditions. The present study highlights the importance of understanding PAH interactions in aquatic organisms, since they are usually present in the aquatic environment in complex mixtures.

Toxicity of carcinogenic and non-carcinogenic Polycyclic Aromatic Hydrocarbons and their mixtures to aquatic organisms under ecologically-relevant scenarios

Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) are ubiquitous priority pollutants that tend to be trapped in aquatic sediments due to their high hydrophobicity. Nonetheless, the differential toxicological effects and mechanisms between the various classes of PAHs and their mixtures, as they invariably occur in the environment, are scarcely known, especially under ecologically-relevant scenarios. This thesis aimed at establishing a bridge between the study of mechanistic pathways and environmental monitoring of carcinogenic and non-carcinogenic PAHs, by introducing ecological-relevance in the research with model PAHs. A first bioassay conducted in situ with the mussel Mytilus edulis demonstrated that, dredging operations in harbours increase PAH bioavailability, eliciting genotoxicity, and showed that established environmental guidelines underestimate risk. Subsequent ex situ bioassays were performed with the carcinogenic benzo[b]fluoranthene (B[b]F) and non-carcinogenic phenantrene (Phe), selected following preceding results, and revealed that low-moderate concentrations of these PAHs in spiked sediments induce genotoxic effects to the clam Ruditapes decussatus, therefore contradicting the general notion that bivalves are less sensitive to PAHs than vertebrates due to inefficient bioactivation. Also, it was demonstrated that passive samplers permit inferring on PAH bioavailability but not on bioaccumulation or toxic effects. On the other hand, sea basses (Dicentrarchus labrax), yielded a complex pattern of effects and responses, relatively to genotoxicity, oxidative stress and production of specific metabolites, especially when exposed to mixtures of the PAHs which led to additive, if not synergistic, effects. It was shown that Phe may elicit significant genotoxicity especially in presence of B[b]F, even though the low, albeit realistic, exposure concentrations diluted dose- and time-independent relationships. The present work demonstrated that environmental quality guidelines underestimate the effects of PAHs in realistic scenarios and showed that the significant genotoxic and histopathological effects caused by mixed PAHs may not be reflected by oxidative stress- or CYP-related biomarkers. Besides important findings on the metabolism of PAH mixtures, the work calls for the need to re-evaluate the criteria for assessing risk and for the disclosure of more efficient indicators of toxicological hazard.

Estudi i revalorització dels paisatges culturals de l'alta muntanya pirinenca: la vall del Madriu (Andorra), patrimoni de la humanitat de la UNESCO

Estudi arqueològic integrat de la vall del Madriu-Perafita-Claror (Andorra) iniciat al 2004 sota la coordinació de l’ICAC. L’estudi s’insereix en la declaració de la vall com a Patrimoni de la Humanitat (UNESCO). Las recerques s’enfoquen des de l’Arqueologia del Paisatge, de manera diacrònica i pluridisciplinar, fent especial atenció a les relacions de les societats amb el medi. Les restes arqueològiques treballades s’associen a activitats ramaderes, metal•lúrgiques i de carboneig. La recerca paleoecològica se centra en sediments lacustres, torbosos i arqueològics. L’any 2006, s’han analitzat a alta resolució temporal dues seqüencies palinològiques: l’estany Blau (2471 m) i la torbera de Bosc dels Estanyons (2180 m), obtenint les principals fases d’explotació i antropització d’aquest espai altimontà, així com l’evolució del paisatge en els darrers 11000 anys . La campanya de camp s’ha centrat en l’obtenció de mostres de pluja pol•línica referencial a la vall i en el sondatge de l’estany Forcat (2539 m). Un total de tres mostres han estat enviades a datar per C14. Els treballs arqueològics s’han centrat en l’excavació de sondejos de diagnòstic als jaciments de Basses de Setut (2325 m) i Pleta de les Bacives ( 2530 m) i en la realització de prospeccions a les capçaleres de les valls de Madriu, Perafita i Claror. S’han documentat estructures arqueològiques i s’han realitzat estudis antracològics dels sediments excavats en aquestes. S’ha realitzat un transecte altitudinal de carboneres al llarg de la vall per tal de enregistrar una major diversitat cronològica dels espais de carboneig. S’han enviat datacions C14 per tal de determinar la cronologia de les estructures. Les datacions del 2005 mostren una intensa ocupació ramadera i de carboneig a partir del segle XIV, en època baixmedieval i moderna, així com un establiment metal·lúrgic d’època romana.

La gestió dels residus a Catalunya en el marc de la justícia ambiental

En aquest estudi s'analitza la relació entre la distribució de les instal•lacions de gestió de residus, com ara els dipòsits controlats, plantes de compostatge, plantes incineradores, basses de purins, etc., i la població catalana, pel que fa als residus d'origen municipal, industrial o ramader, per tal de determinar si aquesta respon a condicions d'equitat ambiental. El marc de l'estudi és el de la justícia ambiental i la hipòtesi sota la qual es du a terme la investigació és que, a Catalunya, la localització de les instal•lacions de gestió de residus no respon a criteris d'equitat ambiental.

Estudi de la bassa de l'institut com un ecosistema

Treball de recerca realitzat per un alumne d'ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit cientí­fic del Jovent l'any 2009. L'IES Sant Andreu té una bassa que fa tres anys es va omplir i que s'ha anat poblant de vegetals aquàtics provinents de Banyoles i altres basses naturals a part de la colonització natural pròpia de qualsevol ecosistema. L'estudi de la bassa com un ecosistema és un tema molt interessant ja que es fonamenta bàsicament en l'observació. El treball està estructurat en dues parts. La primera part s'encarrega de l'estudi de les característiques de l'aigua, aquesta part del treball és més experimental. La segona part consisteix en l'observació dels habitants de la bassa. En general el treball tracta de l'ecologia de la bassa de al llarg del semestre Juliol- Desembre 2009. S'han estudiat les característiques físico-químiques de l'aigua i els organismes aquàtics que l'habiten. També s'ha confeccionat un DVD que recull les observacions en viu dels microorganismes més representatius.

Un problema d'excés: l'eutrofització

Treball de recerca realitzat per un alumne d'ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l'any 2009. L’objectiu del treball era el de comprovar si era possible provocar un procés d'eutrofització en unes peixeres, com a simulació del procés que es dóna de forma natural en alguns llacs i basses del nostre país. Mantenint una peixera de control, en les altres dues hi provocàvem un excés de nutrients abocant fertilitzant sintètic en diferents concentracions per tal de comprovar les diferències causades per aquest procés de contaminació ambiental. Una vegada fet l'experiment, tot i que no s’ha aconseguit un alt grau d’eutrofització i per tant, no s’ha pogut demostrar moltes de les conseqüències d’aquest procés, sí que s’ha aconseguit dur a terme una contaminació i s’ha pogut observar com evoluciona un medi alterat per l’home respecte un ecosistema amb òptimes condicions. Al comparar aquest experiment amb la realitat actual s’observa que tots els canvis que han succeït a petita escala en aquests ecosistemes, en la natura, es produeixen en un major grau i amb unes conseqüències molt més adverses pels organismes.

On the use of reporter bacteria for measuring availability of organic contaminants

Natural environments are constantly challenged by the release of hydrophobic organic contaminants, which represent a threat for both the ecosystem and human health. Despite a substantial degradation by naturally occurring micro-organisms, a non negligible fraction of these pollutants tend to persist in soil and sediments due to their reduced accessibility to microbial degraders. This lack of 'bioavailability' is acknowledged as a key parameter for the natural and stimulated clean-up (bioremediation) of contaminated sites. We developed a bacterial bioreporter that responds to the presence of polyaromatic hydrocarbons (PAHs) by the production of the green fluorescent protein (GFP), based on the PAH-degrading bacterium Burkholderia sartisoli. We showed in this study that the bacterial biosensor B. sartisoli strain RP037 was faithfully reporting the degradation of naphthalene and phenanthrene (two PAHs of low molecular weight) via the production of GFP. What is more, the magnitude of GFP induction was influenced by change in the PAH flux triggered by a variety of physico-chemical parameters, such as the contact surface between the pollutant and the aqueous suspension. Further experiments permitted to test the influence of dissolved organic matter, which is an important component of natural habitats and can interact with organic pollutants. In addition, we tested the influence of two types of biosurfactants (tensio-active agents produced by living organisms) on phenanthrene's degradation by RP037. Interestingly, the surfactant's effects on the biodegradation rate appeared to depend on the type of biosurfactant and probably on the type of bacterial strain. Finally, we tagged B. sartisoli strain RP037 with a constitutively expressed mCherry fluorescent protein. The presence of mCherry allowed us to visualize the bacteria in complex samples even when GFP production was not induced. The new strain RP037-mChe embedded in a gel patch was used to detect PAH fluxes from a point source, such as a non-aqueous liquid or particles of contaminated soil. In parallel, we also developed and tested a so-called multiwell bacterial biosensor platform, which permitted the simultaneous use of four different reporter strains for the detection of major crude oil components (e.g., saturated hydrocarbons, mono- and polyaromatics) in aqueous samples. We specifically constructed the strain B. sartisoli RP007 (pPROBE-phn-luxAB) for the detection of naphthalene and phenanthrene. It was equipped with a reporter plasmid similar to the one in strain RP037, except that the gfp gene was replaced by the genes luxAB, which encoded the bacterial luciferase. The strain was implemented in the biosensor platform and detected an equivalent naphthalene concentration in oil spilled-sea water. We also cloned the gene for the transcriptional activator AlkS and the operator/promoter region of the operon alkSB1GHJ from the alkane-degrader bacterium Alcanivorax borkumensis strain SK2 in order to construct a new bacterial biosensor with higher sensitivity towards long-chain alkanes. However, the resulting strain showed no increased light emission in presence of tetradecane (C14), while it still efficiently reported low concentrations of octane (C8). RÉSUMÉ : Les écosystèmes naturels sont constamment exposés à nombre de contaminants organiques hydrophobes (COHs) d'origine industrielle, agricole ou même naturelle. Les COHs menacent à la fois l'environnement, le bien-être des espèces animales et végétales et la santé humaine, mais ils peuvent être dégradés par des micro-organismes tels que les bactéries et les champignons, qui peuvent être capables des les transformer en produits inoffensifs comme le gaz carbonique et l'eau. La biodégradation des COHs est cependant fréquemment limitée par leur pauvre disponibilité envers les organismes qui les dégradent. Ainsi, bien que la biodégradation opère partiellement, les COHs persistent dans l'environnement à de faibles concentrations qui potentiellement peuvent encore causer des effets toxiques chroniques. Puisque la plupart des COHs peuvent être métabolisés par l'activité microbienne, leur persistance a généralement pour origine des contraintes physico-chimiques plutôt que biologiques. Par exemple, leur solubilité dans l'eau très limitée réduit leur prise par des consommateurs potentiels. De plus, l'adsorption à la matière organique et la séquestration dans les micropores du sol participent à réduire leur disponibilité envers les microbes. Les processus de biodisponibilité, c'est-à-dire les processus qui gouvernent la dissolution et la prise de polluants par les organismes vivants, sont généralement perçus comme des paramètres clés pour la dépollution (bioremédiation) naturelle et stimulée des sites contaminés. Les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAPs) sont un modèle de COH produits par les activités aussi bien humaines que naturelles, et listés comme des contaminants chroniques de l'air, des sols et des sédiments. Ils peuvent être dégradés par un vaste nombre d'espèces bactériennes mais leur taux de biodégradation est souvent limité par les contraintes mentionnées ci-dessus. Afin de comprendre les processus de biodisponibilité pour les cellules bactériennes, nous avons décidé d'utiliser les bactéries elles-mêmes pour détecter et rapporter les flux de COH. Ceci a été réalisé par l'application d'une stratégie de conception visant à produire des bactéries `biocapteurs-rapporteurs', qui littéralement s'allument lorsqu'elles détectent un composé cible pour lequel elles ont été conçues. En premier lieu, nous nous sommes concentrés sur Burkholderia sartisoli (souche RP007), une bactérie isolée du sol et consommatrice de HAP .Cette souche a servi de base à la construction d'un circuit génétique permettant la formation de la protéine autofluorescente GFP dès que les cellules détectent le naphtalène ou le phénanthrène, deux HAP de faible masse moléculaire. En effet, nous avons pu montrer que la bactérie obtenue, la souche RP037 de B. sartisoli, produit une fluorescence GFP grandissante lors d'une exposition en culture liquide à du phénanthrène sous forme cristalline (0.5 mg par ml de milieu de culture). Nous avons découvert que pour une induction optimale il était nécessaire de fournir aux cellules une source additionnelle de carbone sous la forme d'acétate, ou sinon seul un nombre limité de cellules deviennent induites. Malgré cela, le phénanthrène a induit une réponse très hétérogène au sein de la population de cellules, avec quelques cellules pauvrement induites tandis que d'autres l'étaient très fortement. La raison de cette hétérogénéité extrême, même dans des cultures liquides mélangées, reste pour le moment incertaine. Plus important, nous avons pu montrer que l'amplitude de l'induction de GFP dépendait de paramètres physiques affectant le flux de phénanthrène aux cellules, tels que : la surface de contact entre le phénanthrène solide et la phase aqueuse ; l'ajout de surfactant ; le scellement de phénanthrène à l'intérieur de billes de polymères (Model Polymer Release System) ; la dissolution du phénanthrène dans un fluide gras immiscible à l'eau. Nous en avons conclu que la souche RP037 détecte convenablement des flux de phénantrène et nous avons proposé une relation entre le transfert de masse de phénanthrène et la production de GFP. Nous avons par la suite utilisé la souche afin d'examiner l'effet de plusieurs paramètres chimiques connus dans la littérature pour influencer la biodisponibilité des HAP. Premièrement, les acides humiques. Quelques rapports font état que la disponibilité des HAP pourrait être augmentée par la présence de matière organique dissoute. Nous avons mesuré l'induction de GFP comme fonction de l'exposition des cellules RP037 au phénanthrène ou au naphtalène en présence ou absence d'acides humiques dans la culture. Nous avons testé des concentrations d'acides humiques de 0.1 et 10 mg/L, tandis que le phénanthrène était ajouté via l'heptamethylnonane (HMN), un liquide non aqueux, ce qui au préalable avait produit le plus haut flux constant de phénanthrène aux cellules. De plus, nous avons utilisé des tests en phase gazeuse avec des concentrations d'acides humiques de 0.1, 10 et 1000 mg/L mais avec du naphtalène. Contrairement à ce que décrit la littérature, nos résultats ont indiqué que dans ces conditions l'expression de GFP en fonction de l'exposition au phénanthrène dans des cultures en croissance de la souche RP037 n'était pas modifiée par la présence d'acides humiques. D'un autre côté, le test en phase gazeuse avec du naphtalène a montré que 1000 mg/L d'acides humiques abaissent légèrement mais significativement la production de GFP dans les cellules de RP037. Nous avons conclu qu'il n'y a pas d'effet général des acides humiques sur la disponibilité des HAP pour les bactéries. Par la suite, nous nous sommes demandé si des biosurfactants modifieraient la disponibilité du phénanthrène pour les bactéries. Les surfactants sont souvent décrits dans la littérature comme des moyens d'accroître la biodisponibilité des COHs. Les surfactants sont des agents tensio-actifs qui augmentent la solubilité apparente de COH en les dissolvant à l'intérieur de micelles. Nous avons ainsi testé si des biosurfactants (des surfactants produits par des organismes vivants) peuvent être utilisé pour augmenter la biodisponibilité du phénanthrène pour la souche B. sartisoli RP037. Premièrement, nous avons tenté d'obtenir des biosurfactants produits par une autre bactérie vivant en co-culture avec les biocapteurs bactériens. Deuxièmement, nous avons utilisé des biosurfactants purifiés. La co-cultivation en présence de la bactérie productrice de lipopeptide Pseudomonas putida souche PCL1445 a augmenté l'expression de GFP induite par le phénanthrène chez B. sartisoli en comparaison des cultures simples, mais cet effet n'était pas significativement différent lorsque la souche RP037 était co-cultivée avec un mutant de P. putida ne produisant pas de lipopeptides. L'ajout de lipopeptides partiellement purifiés dans la culture de RP037 a résulté en une réduction de la tension de surface, mais n'a pas provoqué de changement dans l'expression de GFP. D'un autre côté, l'ajout d'une solution commerciale de rhamnolipides (un autre type de biosurfactants produits par Pseudomonas spp.) a facilité la dégradation du phénanthrène par la souche RP037 et induit une expression de GFP élevée dans une plus grande proportion de cellules. Nous avons ainsi conclu que les effets des biosurfactants sont mesurables à l'aide de la souche biocapteur, mais que ceux-ci sont dépendants du type de surfactant utilisé conjointement avec le phénanthrène. La question suivante que nous avons abordée était si les tests utilisant des biocapteurs peuvent être améliorés de manière à ce que les flux de HAP provenant de matériel contaminé soient détectés. Les tests en milieu liquide avec des échantillons de sol ne fournissant pas de mesures, et sachant que les concentrations de HAP dans l'eau sont en général extrêmement basses, nous avons conçu des tests de diffusion dans lesquels nous pouvons étudier l'induction par les HAPs en fonction de la distance aux cellules. Le biocapteur bactérien B. sartisoli souche RP037 a été marqué avec une seconde protéine fluorescente (mCherry), qui est constitutivement exprimée dans les cellules et leur confère une fluorescence rouge/rose. La souche résultante RP037-mChe témoigne d'une fluorescence rouge constitutive mais n'induit la fluorescence verte qu'en présence de naphtalène ou de phénanthrène. La présence d'un marqueur fluorescent constitutif nous permet de visualiser les biocapteurs bactériens plus facilement parmi des particules de sol. Un test de diffusion a été conçu en préparant un gel fait d'une suspension de cellules mélangées à 0.5 % d'agarose. Des bandes de gel de dimensions 0.5 x 2 cm x 1 mm ont été montées dans des chambres d'incubation et exposées à des sources de HAP (soit dissouts dans du HMN ou en tant que matériel solide, puis appliqués à une extrémité de la bande). En utilisant ce montage expérimental, le naphtalène ou le phénanthrène (dissouts dans du HMN à une concentration de 2.5 µg/µl) ont induit un gradient d'intensité de fluorescence GFP après 24 heures d'incubation, tandis que la fluorescence mCherry demeurait comparable. Un sol contaminé par des HAPs (provenant d'un ancien site de production de gaz) a induit la production de GFP à un niveau comparable à celui du naphtalène. Des biocapteurs bactériens individuels ont également détecté un flux de phénanthrène dans un gel contenant des particules de sol amendées avec 1 et 10 mg/g de phénanthrène. Ceci a montré que le test de diffusion peut être utilisé pour mesurer des flux de HAP provenant de matériel contaminé. D'un autre côté, la sensibilité est encore très basse pour plusieurs sols contaminés, et l'autofluorescence de certains échantillons rend difficile l'identification de la réponse de la GFP chez les cellules. Pour terminer, un des points majeurs de ce travail a été la production et la validation d'une plateforme multi-puits de biocapteurs bactériens, qui a permis l'emploi simultané de plusieurs souches différentes de biocapteurs pour la détection des constituants principaux du pétrole. Pour cela nous avons choisi les alcanes linéaires, les composés mono-aromatiques, les biphényls et les composés poly-aromatiques. De plus, nous avons utilisé un capteur pour la génotoxicité afin de détecter la `toxicité globale' dans des échantillons aqueux. Plusieurs efforts d'ingénierie ont été investis de manière à compléter ce set. En premier lieu, chaque souche a été équipée avec soit gfp, soit luxAB en tant que signal rapporteur. Deuxièmement, puisqu'aucune souche de biocapteur n'était disponible pour les HAP ou pour les alcanes à longues chaînes, nous avons spécifiquement construit deux nouveaux biocapteurs. L'un d'eux est également basé sur B. sartisoli RP007, que nous avons équipé avec le plasmide pPROBE-phn-luxAB pour la détection du naphtalène et du phénanthrène mais avec production de luciférase bactérienne. Un autre est un nouveau biocapteur bactérien pour les alcanes. Bien que nous possédions une souche Escherichia coli DHS α (pGEc74, pJAMA7) détectant les alcanes courts de manière satisfaisante, la présence des alcanes à longues chaînes n'était pas rapportée efficacement. Nous avons cloné le gène de l'activateur transcriptionnel A1kS ainsi que la région opérateur/promoteur de l'opéron alkSB1GHJ chez la bactérie dégradant les alcanes Alcanivorax borkumensis souche SK2, afin de construire un nouveau biocapteur bactérien bénéficiant d'une sensibilité accrue envers les alcanes à longues chaînes. Cependant, la souche résultante E. coli DHSα (pAlk3} n'a pas montré d'émission de lumière augmentée en présence de tétradécane (C14), tandis qu'elle rapportait toujours efficacement de basses concentrations d'octane (C8). De manière surprenante, l'utilisation de A. borkumensis en tant que souche hôte pour le nouveau plasmide rapporteur basé sur la GFP a totalement supprimé la sensibilité pour l'octane, tandis que la détection de tétradécane n'était pas accrue. Cet aspect devra être résolu dans de futurs travaux. Pour calibrer la plateforme de biocapteurs, nous avons simulé une fuite de pétrole en mer dans une bouteille en verre ouverte de 5L contenant 2L d'eau de mer contaminée avec 20 ml (1%) de pétrole brut. La phase aqueuse a été échantillonée à intervalles réguliers après la fuite durant une période allant jusqu'à une semaine tandis que les principaux contaminants pétroliers étaient mesurés via les biocapteurs. L'émission de bioluminescence a été mesurée de manière à déterminer la réponse des biocapteurs et une calibration intégrée faite avec des inducteurs types a servi à calculer des concentrations d'équivalents inducteurs dans l'échantillon. E. coli a été utilisée en tant que souche hôte pour la plupart des spécificités des biocapteurs, à l'exception de la détection du naphtalène et du phénanthrène pour lesquels nous avons utilisé B. sartisoli. Cette souche, cependant, peut être employée plus ou moins selon la même procédure. Il est intéressant de noter que le pétrole répandu a produit une apparition séquentielle de composés dissouts dans la phase aqueuse, ceux-ci .étant détectables par les biocapteurs. Ce profil contenait d'abord les alcanes à courtes chaînes et les BTEX (c'est-à dire benzène, toluène, éthylbenzène et xylènes), apparaissant entre des minutes et des heures après que le pétrole a été versé. Leurs concentrations aqueuses ont par la suite fortement décru dans l'eau échantillonnée après 24 heures, à cause de la volatilisation ou de la biodégradation. Après quelques jours d'incubation, ces composés sont devenus indétectables. Les HAPs, en revanche, sont apparus plus tard que les alcanes et les BTEX, et leur concentration a augmenté de pair avec un temps d'incubation prolongé. Aucun signal significatif n'a été mis en évidence avec le biocapteur pour le biphényl ou pour la génotoxicité. Ceci démontre l'utilité de ces biocapteurs, spécifiquement pour la détection des composés pétroliers, comprenant les alcanes à courtes chaînes, les BTEX et les HAPs légers.

A peripheral dose calculation model for estimating second cancer risk after breast radiotherapy

AbstractBreast cancer is one of the most common cancers affecting one in eight women during their lives. Survival rates have increased steadily thanks to early diagnosis with mammography screening and more efficient treatment strategies. Post-operative radiation therapy is a standard of care in the management of breast cancer and has been shown to reduce efficiently both local recurrence rate and breast cancer mortality. Radiation therapy is however associated with some late effects for long-term survivors. Radiation-induced secondary cancer is a relatively rare but severe late effect of radiation therapy. Currently, radiotherapy plans are essentially optimized to maximize tumor control and minimize late deterministic effects (tissue reactions) that are mainly associated with high doses (» 1 Gy). With improved cure rates and new radiation therapy technologies, it is also important to evaluate and minimize secondary cancer risks for different treatment techniques. This is a particularly challenging task due to the large uncertainties in the dose-response relationship.In contrast with late deterministic effects, secondary cancers may be associated with much lower doses and therefore out-of-field doses (also called peripheral doses) that are typically inferior to 1 Gy need to be determined accurately. Out-of-field doses result from patient scatter and head scatter from the treatment unit. These doses are particularly challenging to compute and we characterized it by Monte Carlo (MC) calculation. A detailed MC model of the Siemens Primus linear accelerator has been thoroughly validated with measurements. We investigated the accuracy of such a model for retrospective dosimetry in epidemiological studies on secondary cancers. Considering that patients in such large studies could be treated on a variety of machines, we assessed the uncertainty in reconstructed peripheral dose due to the variability of peripheral dose among various linac geometries. For large open fields (> 10x10 cm2), the uncertainty would be less than 50%, but for small fields and wedged fields the uncertainty in reconstructed dose could rise up to a factor of 10. It was concluded that such a model could be used for conventional treatments using large open fields only.The MC model of the Siemens Primus linac was then used to compare out-of-field doses for different treatment techniques in a female whole-body CT-based phantom. Current techniques such as conformai wedged-based radiotherapy and hybrid IMRT were investigated and compared to older two-dimensional radiotherapy techniques. MC doses were also compared to those of a commercial Treatment Planning System (TPS). While the TPS is routinely used to determine the dose to the contralateral breast and the ipsilateral lung which are mostly out of the treatment fields, we have shown that these doses may be highly inaccurate depending on the treatment technique investigated. MC shows that hybrid IMRT is dosimetrically similar to three-dimensional wedge-based radiotherapy within the field, but offers substantially reduced doses to out-of-field healthy organs.Finally, many different approaches to risk estimations extracted from the literature were applied to the calculated MC dose distribution. Absolute risks varied substantially as did the ratio of risk between two treatment techniques, reflecting the large uncertainties involved with current risk models. Despite all these uncertainties, the hybrid IMRT investigated resulted in systematically lower cancer risks than any of the other treatment techniques. More epidemiological studies with accurate dosimetry are required in the future to construct robust risk models. In the meantime, any treatment strategy that reduces out-of-field doses to healthy organs should be investigated. Electron radiotherapy might offer interesting possibilities with this regard.RésuméLe cancer du sein affecte une femme sur huit au cours de sa vie. Grâce au dépistage précoce et à des thérapies de plus en plus efficaces, le taux de guérison a augmenté au cours du temps. La radiothérapie postopératoire joue un rôle important dans le traitement du cancer du sein en réduisant le taux de récidive et la mortalité. Malheureusement, la radiothérapie peut aussi induire des toxicités tardives chez les patients guéris. En particulier, les cancers secondaires radio-induits sont une complication rare mais sévère de la radiothérapie. En routine clinique, les plans de radiothérapie sont essentiellement optimisées pour un contrôle local le plus élevé possible tout en minimisant les réactions tissulaires tardives qui sont essentiellement associées avec des hautes doses (» 1 Gy). Toutefois, avec l'introduction de différentes nouvelles techniques et avec l'augmentation des taux de survie, il devient impératif d'évaluer et de minimiser les risques de cancer secondaire pour différentes techniques de traitement. Une telle évaluation du risque est une tâche ardue étant donné les nombreuses incertitudes liées à la relation dose-risque.Contrairement aux effets tissulaires, les cancers secondaires peuvent aussi être induits par des basses doses dans des organes qui se trouvent hors des champs d'irradiation. Ces organes reçoivent des doses périphériques typiquement inférieures à 1 Gy qui résultent du diffusé du patient et du diffusé de l'accélérateur. Ces doses sont difficiles à calculer précisément, mais les algorithmes Monte Carlo (MC) permettent de les estimer avec une bonne précision. Un modèle MC détaillé de l'accélérateur Primus de Siemens a été élaboré et validé avec des mesures. La précision de ce modèle a également été déterminée pour la reconstruction de dose en épidémiologie. Si on considère que les patients inclus dans de larges cohortes sont traités sur une variété de machines, l'incertitude dans la reconstruction de dose périphérique a été étudiée en fonction de la variabilité de la dose périphérique pour différents types d'accélérateurs. Pour de grands champs (> 10x10 cm ), l'incertitude est inférieure à 50%, mais pour de petits champs et des champs filtrés, l'incertitude de la dose peut monter jusqu'à un facteur 10. En conclusion, un tel modèle ne peut être utilisé que pour les traitements conventionnels utilisant des grands champs.Le modèle MC de l'accélérateur Primus a été utilisé ensuite pour déterminer la dose périphérique pour différentes techniques dans un fantôme corps entier basé sur des coupes CT d'une patiente. Les techniques actuelles utilisant des champs filtrés ou encore l'IMRT hybride ont été étudiées et comparées par rapport aux techniques plus anciennes. Les doses calculées par MC ont été comparées à celles obtenues d'un logiciel de planification commercial (TPS). Alors que le TPS est utilisé en routine pour déterminer la dose au sein contralatéral et au poumon ipsilatéral qui sont principalement hors des faisceaux, nous avons montré que ces doses peuvent être plus ou moins précises selon la technTque étudiée. Les calculs MC montrent que la technique IMRT est dosimétriquement équivalente à celle basée sur des champs filtrés à l'intérieur des champs de traitement, mais offre une réduction importante de la dose aux organes périphériques.Finalement différents modèles de risque ont été étudiés sur la base des distributions de dose calculées par MC. Les risques absolus et le rapport des risques entre deux techniques de traitement varient grandement, ce qui reflète les grandes incertitudes liées aux différents modèles de risque. Malgré ces incertitudes, on a pu montrer que la technique IMRT offrait une réduction du risque systématique par rapport aux autres techniques. En attendant des données épidémiologiques supplémentaires sur la relation dose-risque, toute technique offrant une réduction des doses périphériques aux organes sains mérite d'être étudiée. La radiothérapie avec des électrons offre à ce titre des possibilités intéressantes.

Anàlisi del sistema agroecològic de Vila-seca: proposta de guia per a la descoberta del medi

S’ha elaborat una anàlisi del sistema agroecològic del municipi de Vila-seca (Tarragonès) per tal de realitzar en segon lloc, una proposta de guia per a la descoberta del medi per a infants d’entre 8 i 10 anys. A partir del treball de camp realitzat a la zona d’estudi s’han inventariat diferents elements del patrimoni socioecològic que es consideren de rellevada importància al terme. Entre ells destaquen oliveres, garrofers, avellaners, arbres singulars, masos, basses, marges de pedra seca i trones, els quals s’integren en el medi formant un veritable sistema agroecològic, fruit de la interacció entre vectors biofísics i socioeconòmics. D’altra banda, per tal de donar a conèixer aquest sistema s’ha realitzat una proposta de descoberta del medi agrícola a partir d’un itinerari d’educació ambiental per la zona estudiada, on s’engloben tots aquells elements d’especial interès en un recorregut de 2,9 quilòmetres. La guia disposa a més d’una sèrie d’activitats a realitzar a l’entorn per tal de motivar el sentiment de descoberta d’aquest sistema. D’aquesta manera, considerant les fortes pressions que aquest territori pateix per part de les infraestructures i les urbanitzacions és destriable la necessitat de conservació i l’addició dels elements inventariats al catàleg del Patrimoni del municipi.

Les produits de coupage de la cocaïne et de l'héroïne: partie 2. Une étude de la composition des saisies suisses

La première partie de cette recherche, consistant en une revue critique de la littérature, a mis en évidence le manque de connaissances relatives au phénomène de coupage des produits stupéfiants, la cocaïne et l'héroïne en particulier (Broséus et al., 2014). La seconde partie s'attelle alors à améliorer l'état des connaissances sur le phénomène de coupage des produits stupéfiants et, pour ce faire, se base sur les résultats d'analyses d'environ 6000 spécimens de cocaïne et 3000 d'héroïne saisis en Suisse ent 2006 et 2013. Le type de produits de coupage détectés (adultérant ou diluant) avec leurs fréquences d'apparition respectives, le degré de coupage des spécimens et finalement les niveaux de la chaine de distribution auxquels se produirait le coupage ont été tout particulièrement investigués. L'ensemble des renseignements obtenus permettent de mieux comprendre le marché de distribution et de consommation des produits stupéfiants et s'avèrent utiles pour la mise en place de politiques efficaces, que ce soit dans le cadre de démarches de prévention, de réduction des risques ou de dépression.

La personnalité comme facteur prédictif des symptômes comportementaux et psychologiques chez les patients qui présentent des troubles cognitifs légers

Background and Aims: Both personality changes and behavioural and psychological symptoms (BPS) may be associated with mild cognitive impairment (MCI) in later life and help identify incipient dementia. We wished to investigate the links between personality and BPS in MCI. Method: We studied premorbid personality traits as estimated five years back and their changes in 83 control subjects and 52 MCI patients using the NEO-PI-R for the Five-Factor Model completed by a proxy. Information on BPS was obtained using the Neuropsychiatrie Inventory (NPI). Analyses were controlled for current depression and anxiety. Results: premorbid neuroticism and openness to experience were associated with the total NPI score. The changes in neuroticism, extraversion, openness to experiences, and conscientiousness were associated with apathy and affective symptoms. Conclusions: Personality changes and BPS occur in MCI. The occurrence of affective BPS and apathy is associated with both premorbid personality and their changes. - Cette thèse a eu pour objectif d'étudier l'impact des traits de la personnalité sur le développement de symptômes comportementaux et psychologiques (SCP) chez des personnes qui présentent de troubles cognitifs légers (Mild Cognitive Impairment ou MCI) par rapport à un groupe de sujets contrôle en bonne santé sans troubles cognitifs. Cette thèse s'est s'inserite dans une étude plus large regroupant des aspects neuropsychologiques, génétiques et des marqueurs structuraux cérébraux d'imagerie chez les mêmes participants. La découverte d'un MCI a un impact important en soulevant la question d'éventuels traitements préventifs et de modification du cours d'un trouble ou d'une maladie sous-jacente. Les manifestations cliniques, notamment les SCP, sont source de souffrance chez le patient et les proches et la première cause d'institutionnalisation. Connaître les liens entre la personnalité et les SCP chez les patients qui présentent un MCI s'avère primordial si l'on veut les détecter précocement et favoriser un traitement mieux adapté, tant pharmacologique que psychothérapeutique, pour tenter de freiner leur impact sur l'évolution de la maladie. Nous avons comparé 52 patients MCI avec 83 sujets contrôles. La personnalité au moment de l'étude et estimée rétrospectivement à cinq ans en arrière a été évalué par un proche à l'aide du NEO-PI-R, principal instrument basé sur le Five Factor Model. Pour évaluer la présence de SCP nous avons utilisé l'inventaire neuropsychiatrique (NPI-Q). Les analyses ont étés contrôlées en tenant compte des principales variables confondantes. Le groupe MCI présente des traits de personnalité prémorbide différents de ceux des participants contrôles avec des niveaux inférieurs d'ouverture à l'expérience, d'agréabilité et de conscience. Les changements de personnalité sont marqués chez les MCI avec une augmentation du névrosisme et une diminution de l'extraversion et de la conscience. La personnalité est restée stable chez le groupe contrôle. Le groupe MCI présente souvent des SCP, en particulier des symptômes affectifs (dépression, anxiété, irritabilité, troubles du sommeil) et de l'apathie tandis que les SCP sont presqu'inexistantes chez le groupe contrôle. Les valeurs de névrosisme plus élevés et l'ouverture à l'expérience plus basses sont associées à la présence de SCP. En plus, le changement de la personnalité, à savoir l'augmentation du névrosisme et la diminution de conscience sont associées à la présence de SCP, aux symptômes affectifs et à l'apathie. La diminution d'extraversion et d'ouverture à l'expérience sont associées à la présence de SCP, aux symptômes affectifs mais pas à l'apathie. Cette étude montre que la personnalité change déjà au stade de MCI et que l'apparition des SCP affectifs et de l'apathie est précoce. Certains profils prémorbides et changements de personnalité sont associés à la présence de SCP. L'évaluation de ces changements peut favoriser le diagnostic précoce des troubles cognitifs. Des études prospectives sur des patients MCI sont essentielles afin d'approfondir la compréhension des facteurs de risque liés à la personnalité sur le déclin cognitif et les SCP associés.

Characterization of tumor antigen specific CD8+ T cells and semi-invariant Vα24/Vβ11 NKT cells in tumor invaded liver

Summary: Detailed knowledge on tumor antigen expression and specific immune cells is required for a rational design of immunotherapy for patients with tumor invaded liver. In this study, we confirmed that Cancer/Testis (CT) tumor-associated antigens are frequently expressed in hepatocellular carcinoma (HCC) and searched for the presence of CD8+ T cells specific for these antigens. In 2/10 HLA-A2+ patients with HCC, we found that MAGE-A10 and/or SSX-2 specific CD8+ T cells naturally responded to the disease, since they were enriched in tumor lesions but not in non-tumoral liver. Isolated T cells specifically and strongly killed tumor cells in vitro, suggesting that these CTL were selected in vivo for high avidity antigen recognition, providing the rational for specific immunotherapy of HCC, based on immunization with CT antigens such as MAGE-Al 0 and SSX-2. Type 1 NKT cells express an invariant TCR α chain (Vα24.1α18, paired with Vβ11 in human) and share a specific reactivity to αGalactosylceramide (αGC) presented by CD1d. These cells can display paradoxical immuno-regulatory properties including strong anti-tumor effects upon αGC administration in murine models. To understand why NKT cells were not sufficiently protective against tumor development in patients with tumor invaded liver, we characterized the diversity of Vα24/Vβ11 NKT cells in healthy donors (HD) and cancer patients: NKT cells from HD and patients were generally diverse in terms of TCR β chain (Vβ11) variability and NKT cells from HD showed a variable recognition of αGC loaded CD 1 d multimers. Vα24/ Vβ11 NKT cells can be divided in 3 populations, the CD4, DN (CD4-/CD8-) and CD8 NKT cell subsets that show distinct ability of cytokine production. In addition, our functional analysis revealed that DN and CD8 subsets displayed a higher cytolytic potential and a weaker IFNγ release than the CD4 NKT cell subset. NKT cell subsets were variably represented in the blood of HD and cancer patients. However, HD with high NKT cell frequencies displayed an enrichment of the DN and CD8 subsets, and few of them were suggestive of an oligoclonal expansion in vivo. Comparable NKT cell frequencies were found between blood, non-tumoral liver and tumor of patients. In contrast, we identified a gradual enrichment of CD4 NKT cells from blood to the liver and to the tumor, together with a decrease of DN and CD8 NKT cell subsets. Most patient derived NKT cells were unresponsive upon αGalactosylceramide stimulation ex vivo; NKT cells from few patients displayed a weak responsiveness with different cytokine polarization. The NKT cell repertoire was thus different in tumor tissue, suggesting that CD4 NKT cells infiltrating tumors may be detrimental for protection against tumors and instead may favour the tumor growth/recurrence as recently reported in mice. Résumé en français scientifique : Afin de développer le traitement des patients porteurs d'une tumeur dans le foie par immunothérapie, de nouvelles connaissances sont requises concernant l'expression d'antigènes par les tumeurs et les cellules immunitaires spécifiques de ces antigènes. Nous avons vérifié que des antigènes associés aux tumeurs, tels que les antigènes « Cancer-Testis » (CT), sont fréquemment exprimés par le carcinome hepatocéllulaire (CHC). La recherche de lymphocytes T CD8+ spécifiques (CTL) de ces antigènes a révélé que des CTL spécifiques de MAGE-A10 et/ou SSX-2 ont répondu naturellement à la tumeur chez 2/10 patients étudiés. Ces cellules étaient présentes dans les lésions tumorales mais pas dans le foie adjacent. De plus, ces CTL ont démontré une activité cytolytique forte et spécifique contre les cellules tumorales in vitro, ce qui suggère que ces CTL ont été sélectionnés pour une haute avidité de reconnaissance de l'antigène in vivo. Ces données fournissent une base pour l'immunothérapie spécifique du CHC, en proposant de cibler les antigènes CT tels que MAGE-A10 ou SSX-2. Les cellules NKT de type 1 ont une chaîne α de TCR qui est invariante (chez l'homme, Vα24Jα18, apparié avec Vβ11) et reconnaissent spécifiquement l'αGalactosylceramide (αGC) présenté par CD1d. Ces cellules ont des propriétés immuno¬régulatrices qui peuvent être parfois contradictoires et leur activation par l'αGC induit une forte protection anti-tumorale chez la souris: Afin de comprendre pourquoi ces cellules ne sont pas assez protectrices contre le développement des tumeurs dans le foie chez l'homme, nous avons étudié la diversité des cellules NKT Vα24/Vβ11 d'individus sains (IS) et de patients cancéreux. Les cellules NKT peuvent être sous-divisées en 3 populations : Les CD4, DN (CD4- /CD8-) ou CDS, qui ont la capacité de produire des cytokines différentes. Nos analyses fonctionnelles ont aussi révélé que les sous-populations DN et CD8 ont un potentiel cytolytique plus élevé et une production d'IFNγ plus faible que la sous-population CD4. Ces sous-populations sont représentées de manière variable dans le sang des IS ou des patients. Cependant, les IS avec un taux élevé de cellules NKT ont un enrichissement des sous- populations DN ou CDS, et certains suggèrent qu'il s'agit d'une expansion oligo-clonale in vivo. Les patients avaient des fréquences comparables de cellules NKT entre le sang, le foie et la tumeur. Par contre, la sous-population CD4 était progressivement enrichie du sang vers le foie et la tumeur, tandis que les sous-populations DN ou CD8 était perdues. La plupart des cellules NKT des patients ne réagissaient pas lors de stimulation avec l'αGC ex vivo et les cellules NKT de quelques patients répondaient faiblement et avec des polarisations de cytokines différentes. Ces données suggèrent que les cellules NKT CD4, prédominantes dans les tumeurs, sont inefficaces pour la lutte anti-tumorale et pourraient même favoriser la croissance ou la récurrence tumorale. Donc, une mobilisation spécifique des cellules NKT CD4 négatives par immunothérapie pourrait favoriser l'immunité contre des tumeurs chez l'homme. Résumé en français pour un large public Au sein des globules blancs, les lymphocytes T expriment un récepteur (le TCR), qui est propre à chacun d'entre eux et leur permet d'accrocher de manière très spécifique une molécule appelée antigène. Ce TCR est employé par les lymphocytes pour inspecter les antigènes associés avec des molécules présentatrices à la surface des autres cellules. Les lymphocytes T CD8 reconnaissent un fragment de protéine (ou peptide), qui est présenté par une des molécules du Complexe Majeur d'Histocompatibilité de classe I et tuent la cellule qui présente ce peptide. Ils sont ainsi bien adaptés pour éliminer les cellules qui présentent un peptide issu d'un virus quand la cellule est infectée. D'autres cellules T CD8 reconnaissent des peptides comme les antigènes CT, qui sont produits anormalement par les cellules cancéreuses. Nous avons confirmé que les antigènes CT sont fréquemment exprimés par le cancer du foie. Nous avons également identifié des cellules T CD8 spécifiques d'antigènes CT dans la tumeur, mais pas dans le foie normal de 2 patients sur 10. Cela signifie que ces lymphocytes peuvent être naturellement activés contre la tumeur et sont capables de la trouver. De plus les lymphocytes issus d'un patient ont démontré une forte sensibilité pour reconnaître l'antigène et tuent spécifiquement les cellules tumorales. Les antigènes CT représentent donc des cibles intéressantes qui pourront être intégrés dans des vaccins thérapeutiques du cancer du foie. De cette manière, les cellules T CD8 du patient lui-même pourront être induites à détruire de manière spécifique les cellules cancéreuses. Un nouveau type de lymphocytes T a été récemment découvert: les lymphocytes NKT. Quand ils reconnaissent un glycolipide présenté par la molécule CD1d, ils sont capables, de manière encore incomprise, d'initier, d'augmenter, ou à l'inverse d'inhiber la défense immunitaire. Ces cellules NKT ont démontré qu'elles jouent un rôle important dans la défense contre les tumeurs et particulièrement dans le foie des souris. Nous avons étudié les cellules NKT de patients atteints d'une tumeur dans le foie, afin de comprendre pourquoi elles ne sont pas assez protectrice chez l'homme. Les lymphocytes NKT peuvent être sous-divisés en 3 populations: Les CD4, les DN (CD4-/CD8-) et les CD8. Ces 3 classes de NKT peuvent produire différents signaux chimiques appelés cytokines. Contrairement aux cellules NKT DN ou CDS, seules les cellules NKT CD4 sont capables de produire des cytokines qui sont défavorables pour la défense anti-tumorale. Par ailleurs nous avons trouvé que les cellules NKT CD4 tuent moins bien les cellules cancéreuses que les cellules NKT DN ou CD8. L'analyse des cellules NKT, fraîchement extraites du sang, du foie et de la tumeur de patients a révélé que les cellules NKT CD4 sont progressivement enrichies du sang vers le foie et la tumeur. La large prédominance des NKT CD4 à l'intérieur des tumeurs suggère que, chez l'homme, ces cellules sont inappropriées pour la lutte anti-tumorale. Par ailleurs, la plupart des cellules NKT de patients n'étaient pas capables de produire des cytokines après stimulation avec un antigène. Cela explique également pourquoi ces cellules ne protègent pas contre les tumeurs dans le foie.