Contamination of genomic databases by HIV-1 and its possible consequences. A study in Bioinformatics.

Peer-reviewed

PhylomeDB v4: zooming into the plurality of evolutionary histories of a genome

Phylogenetic trees representing the evolutionary relationships of homologous genes are the entry point for many evolutionary analyses. For instance, the use of a phylogenetic tree can aid in the inference of orthology and paralogy relationships, and in the detection of relevant evolutionary events such as gene family expansions and contractions, horizontal gene transfer, recombination or incomplete lineage sorting. Similarly, given the plurality of evolutionary histories among genes encoded in a given genome, there is a need for the combined analysis of genome-wide collections of phylogenetic trees (phylomes). Here, we introduce a new release of PhylomeDB (http://phylomedb.org), a public repository of phylomes. Currently, PhylomeDB hosts 120 public phylomes, comprising >1.5 million maximum likelihood trees and multiple sequence alignments. In the current release, phylogenetic trees are annotated with taxonomic, protein-domain arrangement, functional and evolutionary information. PhylomeDB is also a major source for phylogeny-based predictions of orthology and paralogy, covering >10 million proteins across 1059 sequenced species. Here we describe newly implemented PhylomeDB features, and discuss a benchmark of the orthology predictions provided by the database, the impact of proteome updates and the use of the phylome approach in the analysis of newly sequenced genomes and transcriptomes.

eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

With the increasing availability of various 'omics data, high-quality orthology assignment is crucial for evolutionary and functional genomics studies. We here present the fourth version of the eggNOG database (available at http://eggnog.embl.de) that derives nonsupervised orthologous groups (NOGs) from complete genomes, and then applies a comprehensive characterization and analysis pipeline to the resulting gene families. Compared with the previous version, we have more than tripled the underlying species set to cover 3686 organisms, keeping track with genome project completions while prioritizing the inclusion of high-quality genomes to minimize error propagation from incomplete proteome sets. Major technological advances include (i) a robust and scalable procedure for the identification and inclusion of high-quality genomes, (ii) provision of orthologous groups for 107 different taxonomic levels compared with 41 in eggNOGv3, (iii) identification and annotation of particularly closely related orthologous groups, facilitating analysis of related gene families, (iv) improvements of the clustering and functional annotation approach, (v) adoption of a revised tree building procedure based on the multiple alignments generated during the process and (vi) implementation of quality control procedures throughout the entire pipeline. As in previous versions, eggNOGv4 provides multiple sequence alignments and maximum-likelihood trees, as well as broad functional annotation. Users can access the complete database of orthologous groups via a web interface, as well as through bulk download.

Local alignment refinement using structural assessment.

Homology modeling is the most commonly used technique to build a three-dimensional model for a protein sequence. It heavily relies on the quality of the sequence alignment between the protein to model and related proteins with a known three dimensional structure. Alignment quality can be assessed according to the physico-chemical properties of the three dimensional models it produces.In this work, we introduce fifteen predictors designed to evaluate the properties of the models obtained for various alignments. They consist of an energy value obtained from different force fields (CHARMM, ProsaII or ANOLEA) computed on residue selected around misaligned regions. These predictors were evaluated on ten challenging test cases. For each target, all possible ungapped alignments are generated and their corresponding models are computed and evaluated.The best predictor, retrieving the structural alignment for 9 out of 10 test cases, is based on the ANOLEA atomistic mean force potential and takes into account residues around misaligned secondary structure elements. The performance of the other predictors is significantly lower. This work shows that substantial improvement in local alignments can be obtained by careful assessment of the local structure of the resulting models.

A user-friendly web portal for T-Coffee on supercomputers

Background: Parallel T-Coffee (PTC) was the first parallel implementation of the T-Coffee multiple sequence alignment tool. It is based on MPI and RMA mechanisms. Its purpose is to reduce the execution time of the large-scale sequence alignments. It can be run on distributed memory clusters allowing users to align data sets consisting of hundreds of proteins within a reasonable time. However, most of the potential users of this tool are not familiar with the use of grids or supercomputers. Results: In this paper we show how PTC can be easily deployed and controlled on a super computer architecture using a web portal developed using Rapid. Rapid is a tool for efficiently generating standardized portlets for a wide range of applications and the approach described here is generic enough to be applied to other applications, or to deploy PTC on different HPC environments. Conclusions: The PTC portal allows users to upload a large number of sequences to be aligned by the parallel version of TC that cannot be aligned by a single machine due to memory and execution time constraints. The web portal provides a user-friendly solution.

Un nuevo problema en espacios verdes urbanos: el pulgón Myzocallis (Lineomyzocallis) walshii (Hemiptera: Aphididae) y el roble americano (Quercus rubra)

Myzocallis (Lineomyzocallis) walshii (Monell) es un pulgón nativo del este de Nor- teamérica que se detectó por primera vez en España en 1995 y cuyo principal huésped es el roble americano (Quercus rubra L.). Los robles americanos se emplean como árbol ornamental en ambientes urbanos en diversas ciudades españolas, donde las proliferaciones del pulgón generan gran cantidad de melaza provocando daños estéticos y de confort. Durante 2008 y 2009 se efectuó el seguimiento de la fenología y de la densidad de población de M. walshii y de otros pulgones en robles americanos plantados en alineación en la ciudad de Girona y se estimaron los daños producidos. Asimismo se valoró la relación entre la abundancia de pulgones y los daños ocasionados. Finalmente se identificaron los principales grupos de enemigos naturales, a la vez que se cuantificó su abundancia. M. walshii fue la única especie de pulgón que afectó a los robles americanos. Este pulgón pasa el invierno en forma de huevo, las primeras ninfas surgen a la salida de hojas y las distintas generaciones de individuos partenogenéticos se mantienen a niveles variables hasta mediados de otoño, cuando aparecen las formas sexuales. Existe una correlación positiva entre la abundancia del pulgón y los daños de confort, incluso cuando la densidad es baja. Parasitoides y coccinélidos fueron los enemigos naturales más frecuentemente registrados, aunque su abundancia fue relativamente escasa. Se discute el papel de las condiciones climáticas y de los enemigos naturales en la determinación de la abundancia de M. walshii.

T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Structural and optical properties of high quality zinc-blende/wurtzite GaAs nanowire heterostructures

The structural and optical properties of three different kinds of GaAs nanowires with 100% zinc-blende structure and with an average of 30% and 70% wurtzite are presented. A variety of shorter and longer segments of zinc-blende or wurtzite crystal phases are observed by transmission electron microscopy in the nanowires. Sharp photoluminescence lines are observed with emission energies tuned from 1.515 eV down to 1.43 eV when the percentage of wurtzite is increased. The downward shift of the emission peaks can be understood by carrier confinement at the interfaces, in quantum wells and in random short period superlattices existent in these nanowires, assuming a staggered band offset between wurtzite and zinc-blende GaAs. The latter is confirmed also by time-resolved measurements. The extremely local nature of these optical transitions is evidenced also by cathodoluminescence measurements. Raman spectroscopy on single wires shows different strain conditions, depending on the wurtzite content which affects also the band alignments. Finally, the occurrence of the two crystallographic phases is discussed in thermodynamic terms.

Statistical Methods for Conservation and Alignment Quality in Proteins

Construction of multiple sequence alignments is a fundamental task in Bioinformatics. Multiple sequence alignments are used as a prerequisite in many Bioinformatics methods, and subsequently the quality of such methods can be critically dependent on the quality of the alignment. However, automatic construction of a multiple sequence alignment for a set of remotely related sequences does not always provide biologically relevant alignments.Therefore, there is a need for an objective approach for evaluating the quality of automatically aligned sequences. The profile hidden Markov model is a powerful approach in comparative genomics. In the profile hidden Markov model, the symbol probabilities are estimated at each conserved alignment position. This can increase the dimension of parameter space and cause an overfitting problem. These two research problems are both related to conservation. We have developed statistical measures for quantifying the conservation of multiple sequence alignments. Two types of methods are considered, those identifying conserved residues in an alignment position, and those calculating positional conservation scores. The positional conservation score was exploited in a statistical prediction model for assessing the quality of multiple sequence alignments. The residue conservation score was used as part of the emission probability estimation method proposed for profile hidden Markov models. The results of the predicted alignment quality score highly correlated with the correct alignment quality scores, indicating that our method is reliable for assessing the quality of any multiple sequence alignment. The comparison of the emission probability estimation method with the maximum likelihood method showed that the number of estimated parameters in the model was dramatically decreased, while the same level of accuracy was maintained. To conclude, we have shown that conservation can be successfully used in the statistical model for alignment quality assessment and in the estimation of emission probabilities in the profile hidden Markov models.

Liiketoimintastrategisten vaatimusten syntyminen ja niiden toteutumisen arviointi keskisuurten yritysten toiminnanohjausjärjestelmähankkeissa. Tapaustutkimus kolmesta teollisuusyrityksestä ja aineistolähtöinen teoria

Tietojärjestelmien strateginen kehittäminen on ollut niin liike-elämän kiinnostuksen kuin akateemisen tutkimuksenkin kohteena jo pitkään. Aihe on edelleen ajankohtainen, eikä ajankohtaisuus osoita laantumisen merkkejä. Valtaosa tutkimuksesta on kohdistunut suuryrityksiin ja jonkin verran pk-yrityksiin yhtenä ryhmänä. Tutkimus on kohdistunut aiheeseen tarkastelemalla onko tietojärjestelmien ja liiketoimintastrategian välillä yhteyttä, ja jos, onko sillä merkitystä yrityksen menestykselle. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli pureutua syvemmälle siihen tapaan, jolla yritys kytkee liiketoimintastrategiansa tietojärjestelmähankintaan. Kohdetietojärjestelmäksi tutkimuksessa valittiin toiminnanohjausjärjestelmät ja yrityskooksi keskisuuret yritykset. Toiminnanohjausjärjestelmän valintaa voidaan perustella sen kattavuudella yrityksen toiminnassa eri sidosryhmien suunnasta katsottaessa. Keskisuuret yritykset valittiin osittain sen vuoksi, koska niistä ei ole paljoakaan omaa tutkimusta, osittain sen vuoksi, että niiden luonne kehityspolun epäjatkumokohdassa haluttiin nostaa esille. Tutkimuksen empiirinen osa pohjautuu kolmeen tutkimustapaukseen, kolmen keskisuuren yrityksen toiminnanohjaushankkeeseen. Tapausyritysten liiketoiminta- ja ITjohtoa haastateltiin, ja lisäksi käytettiin kaikkea saataville ollutta kirjallista arkistoaineistoa. Tutkimuksen päämenetelmä oli Grounded Theory (GT). Tutkimustavassa ei, poiketen useista muista laadullisista tutkimustavoista, ole ennalta määrättyä viitekehystä, vaan tutkimus lähtee liikkeelle ns. puhtaalta pöydältä ilman esioletuksia luoden tutkimusprosessin kuluessa uutta teoriaa. Tutkimustavan etuna voidaan pitää ennakkoluulottomuutta. Aikaisemman tutkimuksen rooli tässä tutkimuksessa oli ensinnäkin kartoittaa tutkimusaluetta ja olla johdantona tutkimukselle, toisaalta tuloksia vertailtiin aikaisempaan tutkimukseen. Tutkimusaineisto analysoitiin tarkasti. Ensin aineisto käytiin läpi koodaamalla se aineistosta esille nousseiden käsitteiden alle. Seuraavaksi saatu tulos luokiteltiin aineistosta nousseisiin luokkiin sekä muodostettiin käsitteiden ja luokkien väliset yhteydet. Lopuksi muodostumassa oleva teoria konkretisoitiin 18 hypoteesin ja hypoteesit yhdistävän mallin avulla. Tutkimuksessa saatiin uutta tietoa siitä, miten vaatimusprosessi etenee ja miten keskisuuren yrityksen ominaispiirteet vaikuttavat vaatimusprosessiin. Lisäksi saatiin uutta tietoa siitä, mitkä ovat kriittisiä menestystekijöitä keskisuuren yrityksen toiminnanohjaushankkeessa. Keskisuuretyritykset näyttävät tämän tutkimuksen aineiston perusteella osaavan asettaa vaatimuksia toiminnanohjausjärjestelmälle liiketoimintastrategian, prosessikuvausten ja toiminnanohjausjärjestelmien tarjoamien mahdollisuuksien suunnista. Vaatimusten toteutumisenarviointi on keskisuurilla yrityksillä epäsystemaattista, kuten aikaisemmassa tutkimuksessa on todettu olevan myös suurilla yrityksillä. Resurssivaje vaikeuttaa toiminnanohjausjärjestelmän liiketoimintastrategisten vaatimusten toteutumista. Tutkimusaineiston perusteella voidaan päätellä, että keskisuurissa yrityksissä – huolimatta siitä, että niissä on olemassa prosessikuvaukset – ei ole varsinaista prosessiajattelua tai prosessijohtamista. Keskisuuret yritykset eivät tämän tutkimuksen aineiston perusteella näytä muodostavan poikkeusta, vaan mittariston käyttö on epäkypsää, eikä mittaristoa pystytä hyödyntämään tietojärjestelmähankkeen tukena. Tulosten pohjalta voidaan arvioida, että strategisen johtamisen komponentit ovat keskisuuressa yrityksessä toisistaan irrallisia. Vaikka toiminnanohjaushankkeen vaatimuksia asetettaessa liiketoimintastrategia on vahvasti mukana, jää vaatimuksenasettelu karkealle tasolle, eikä konkretisoidu prosesseihin ja mittarointiin. Sen seurauksena toiminnanohjausjärjestelmästä ei saada kaikkea sitä hyötyä ja tukea liiketoimintastrategialle, mikä olisi mahdollista. Tutkimuksessa tuli myös esille resurssi- ja osaamispuutteen haittavaikutuksia keskisuurten yritysten toiminnanohjaushankkeiden vaatimusprosessissa. Puutteet yhdistettynä hajallaan oleviin strategisen johtamisen komponentteihin muodostavat yhdessä vaikean lähtökohdan strategiselle toiminnanohjaushankkeelle.

Yhdessä tuumin kohti turvallisempaa liikkumista : Loimaan seudun liikenneturvallisuussuunnitelma

Loimaan seudun liikenneturvallisuussuunnitelma on laadittu seudun kuntien ja Varsinais-Suomen ELY-keskuksen yhteistyönä. Liikenneturvallisuussuunnitelman tavoitteena on edistää kokonaisvaltaisella tavalla nykyistä vastuullisempaa ja turvallisuushakuisempaa liikkumista seudulla. Suunnitelmassa esitetyillä toimenpiteillä pyritään merkittävästi vähentämään seudulla tapahtuvien liikennekuolemien ja liikenteessä loukkaantuneiden määrää. Tavoitteena on myös edistää nykyistä kestävämpää liikkumista, jolla terveys- ja ympäristövaikutusten ohella on myönteinen vaikutus myös liikenneturvallisuuskehitykseen. Loimaan seudulla tapahtuu vuosittain keskimäärin viisi kuolemaan ja 70 loukkaantumiseen johtanutta onnettomuutta. Asukaslukuun suhteutettuna Loimaan seudulla tapahtuu selvästi enemmän henkilövahinko-onnettomuuksia kuin maakunnassa tai koko maassa keskimäärin. Myös liikenneonnettomuuksien vakavuusaste on maakunnan ja koko maan keskitasoa korkeampi. Kulkutavoittain tarkasteltuna korostuvat erityisesti henkilöauto-onnettomuudet. Liikennekuolemista peräti kolme neljäsosaa on tapahtunut autoilijoille. Ikäryhmittäin tarkasteltuna suurin onnettomuusriski on 15–24-vuotiailla, jotka muodostavat seudun liikenteen uhreista 39 prosenttia (ikäryhmän osuus seudun väestöstä on 11 prosenttia). Liikenneonnettomuuksista aiheutuu seudun kunnille vuosittain lähes kahdeksan miljoonan euron kustannukset – yli 200 euroa asukasta kohden. Nykytilan kuvausten pohjalta ja valtakunnalliset linjaukset huomioiden seudun liikenneturvallisuustyölle on asetettu pitkän aikavälin visio, määrälliset liikenneonnettomuuksien vähentämistavoitteet sekä lähivuosien toimintaa suuntaavat kärkitehtävät. Tavoitteiden mukaan seudun liikennekuolemien määrän tulee vähentyä nykyisestä viidestä hengestä1-2 henkeen vuoteen 2020 mennessä. Loukkaantumisten määrän tulee vähentyä nykyisestä 95 henkilöstä vähintään 71 henkilöön vuoteen 2020 mennessä (-25 %). Suunnitelmassa asetettujen tavoitteiden saavuttamiseen pyritään monipuolisen ja toimien vaikuttavuuden perusteella kohdennetun toimenpidejoukon keinoin sekä kehittämällä eri toimijoiden välistä yhteistyötä ja työnjakoa toimenpiteiden edistämisessä. Suunnitelmassa on esitetty 14 kärkitehtäväkokonaisuutta, joihin toiminta tulee vaikuttavuuden perusteella ensisijaisesti kohdistaa. Suunnitelman vaikutustenarvioinnin perusteella voidaan todeta, että keinot asetettujen tavoitteiden saavuttamiseksi ovat olemassa, mutta tavoitteisiin pääseminen edellyttää erittäin suuria panostuksia kaikilla liikenneturvallisuustyön osa-alueilla, ja erityisesti liikennekäyttäytymiseen ja yhteistyöhön kohdistuvien toimenpiteiden osalta. Liikennekuolemien puolittamisen tavoite nykytasosta vuoteen 2020 on tehtyjen tarkastelujen perusteella mahdollista. Myös loukkaantumisten määrän vähentäminen on saavutettavissa esitetyin toimenpitein.

Productizing of advanced service for power plants

Työn tavoitteena on kehittää ABB:lle palvelutuote, jota voidaan tarjota voimalaitosasiakkaille. Uuden palvelutuotteen tulee vastata ABB:n uuden strategian linjauksiin. Palvelulla tarjotaan asiakkaille 1.1.2015 voimaan tulleen energiatehokkuuslain määrittelemien pakollisten toimenpiteiden suoritusta. Työssä kerätään, käsitellään ja analysoidaan tietoa voimalaitosasiakkaille suunnatun palvelun tuotteistamisprosessin päätöksenteon tueksi. Palvelutuotteen kehittämistä varten tutkitaan ABB:n nykyisiä palvelutuotteita, osaamista ja referenssi projekteja, energiatehokkuuslakia, voimalaitosten energiatehokkuus-potentiaalia ja erilaisia energiakatselmusmalleja. Päätöksenteon tueksi tehdään referenssiprojektina energia-analyysi voimalaitokselle, jossa voimalaitoksesta tehdään ipsePRO simulointiohjelmalla mallinnus. Mallinnuksen ja koeajojen avulla tutkitaan voimalaitoksen minimikuorman optimointia. Markkinatutkimuksessa selvitetään lainsäädännön vaikutusta, nykyistä markkinatilannetta, potentiaalisia asiakkaita, kilpailijoita ja ABB:n mahdollisuuksia toimia alalla SWOT–analyysin avulla. Tutkimuksen tulosten perusteella tehdään päätös tuotteistaa voimalaitoksille palvelutuote, joka sisältää kaikki toimet energiatehokkuuslain asettamien vaatimusten täyttämiseen yrityksen energiakatselmuksen vastuuhenkilön, energiakatselmuksen ja kohdekatselmuksien teon osalta. Lisäksi työn aikana Energiavirasto myönsi ABB:lle pätevyyden toimia yrityksen energiakatselmuksen vastuuhenkilönä, mikä on edellytyksenä palvelun tarjoamiselle.

Genetic analysis of the porcine group B rotavirus NSP2 gene from wild-type Brazilian strains

Group B rotaviruses (RV-B) were first identified in piglet feces, being later associated with diarrhea in humans, cattle, lambs, and rats. In human beings, the virus was only described in China, India, and Bangladesh, especially infecting adults. Only a few studies concerning molecular analysis of the RV-B NSP2 gene have been conducted, and porcine RV-B has not been characterized. In the present study, three porcine wild-type RV-B strains from piglet stool samples collected from Brazilian pig herds were used for analysis. PAGE results were inconclusive for those samples, but specific amplicons of the RV-B NSP2 gene (segment 8) were obtained in a semi-nested PCR assay. The three porcine RV-B strains showed the highest nucleotide identity with the human WH1 strain and the alignments with other published sequences resulted in three groups of strains divided according to host species. The group of human strains showed 92.4 to 99.7% nucleotide identity while the porcine strains of the Brazilian RV-B group showed 90.4 to 91.8% identity to each other. The identity of the Brazilian porcine RV-B strains with outer sequences consisting of group A and C rotaviruses was only 35.3 to 38.8%. A dendrogram was also constructed to group the strains into clusters according to host species: human, rat, and a distinct third cluster consisting exclusively of the Brazilian porcine RV-B strains. This is the first study of the porcine RV-B NSP2 gene that contributes to the partial characterization of this virus and demonstrates the relationship among RV-B strains from different host species.

Sequence analysis of the 5′ third of glycoprotein C gene of South American bovine herpesviruses 1 and 5

Bovine herpesviruses 1 (BoHV-1) and 5 (BoHV-5) share high genetic and antigenic similarities, but exhibit marked differences in tissue tropism and neurovirulence. The amino-terminal region of glycoprotein C (gC), which is markedly different in each of the viruses, is involved in virus binding to cellular receptors and in interactions with the immune system. This study investigated the genetic and antigenic differences of the 5′ region of the gC (5′ gC) gene (amino-terminal) of South American BoHV-1 (n=19) and BoHV-5 (n=25) isolates. Sequence alignments of 374 nucleotides (104 amino acids) revealed mean similarity levels of 97.3 and 94.2% among BoHV-1 gC (gC1), respectively, 96.8 and 95.6% among BoHV-5 gC (gC5), and 62 and 53.3% between gC1 and gC5. Differences included the absence of 40 amino acid residues (27 encompassing predicted linear epitopes) scattered throughout 5′ gC1 compared to 5′ gC5. Virus neutralizing assays testing BoHV-1 and BoHV-5 antisera against each isolate revealed a high degree of cross-neutralization between the viruses, yet some isolates were neutralized at very low titers by heterologous sera, and a few BoHV-5 isolates reacted weakly with either sera. The virus neutralization differences observed within the same viral species, and more pronounced between BoHV-1 and BoHV-5, likely reflect sequence differences in neutralizing epitopes. These results demonstrate that the 5′ gC region is well conserved within each viral species but is divergent between BoHV-1 and BoHV-5, likely contributing to their biological and antigenic differences.

DNA-Directed DNA Polymerases Evolve From Reverse Transcriptase

Scientists have been debating for decades the origin of life on earth. A number of hypotheses were proposed as to what emerged first RNA or DNA; with most scientists are in favour of the "RNA World" hypothesis. Assuming RNA emerged first, it fellow that the RNA polymerases would've appeared before DNA polymerases. Using recombinant DNA technology and bioinformatics we undertook this study to explore the relationship between RNA polymerases, reverse transcriptase and DNA polymerases. The working hypothesis is that DNA polymerases evolved from reverse transcriptase and the latter evolved from RNA polymerases. If this hypothesis is correct then one would expect to find various ancient DNA polymerases with varying level of reverse transcriptase activity. In the first phase of this research project multiple sequence alignments were made on the protein sequence of 32 prokaryotic DNA-directed DNA polymerases originating from 11 prokaryotic families against 3 viral reverse transcriptase. The data from such alignments was not very conclusive. DNA polymerases with higher level of reverse transcriptase activity were non-confined to ancient organisms, as one would've expected. The second phase of this project was focused on conditions that may alter the DNA polymerase activity. Various reaction conditions, such as temperature, using various ions (Ni2+, Mn2+, Mg2+) were tested. Interestingly, it was found that the DNA polymerase from the Thermos aquatics family can be made to copy RNA into DNA (i.e. reverse transcriptase activity). Thus it was shown that under appropriate conditions (ions and reactions temperatures) reverse transcriptase activity can be induced in DNA polymerase. In the third phase of this study recombinant DNA technology was used to generate a chimeric DNA polymerase; in attempts to identify the region(s) of the polymerase responsible for RNA-directed DNA polymerase activity. The two DNA polymerases employed were the Thermus aquatic us and Thermus thermophiles. As in the second phase various reaction conditions were investigated. Data indicated that the newly engineered chimeric DNA polymerase can be induced to copy RNA into DNA. Thus the intrinsic reverse transcriptase activity found in ancient DNA polymerases was localized into a domain and can be induced via appropriate reaction conditions.