Development and use of a multiplex real-time quantitative polymerase chain reaction assay for detection and differentiation of Porcine circovirus-2 genotypes 2a and 2b in an epidemiological survey.

By the end of 2004, the Canadian swine population had experienced a severe 2 increase in the incidence of Porcine circovirus-associated disease (PCVAD), a problem that was 3 associated with the emergence of a new Porcine circovirus-2 genotype (PCV-2b), previously 4 unrecovered in North America. Thus it became important to develop a diagnostic tool that could 5 differentiate between the old and new circulating genotypes (PCV-2a and -2b, respectively). 6 Consequently, a multiplex real-time quantitative polymerase chain reaction (mrtqPCR) assay that 7 could sensitively and specifically identify and differentiate PCV-2 genotypes was developed. A 8 retrospective epidemiological survey that used the mrtqPCR assay was performed to determine if 9 cofactors could affect the risk of PCVAD. From 121 PCV-2–positive cases gathered for this 10 study, 4.13%, 92.56% and 3.31% were positive for PCV-2a, PCV-2b, and both genotypes, 11 respectively. In a data analysis using univariate logistic regressions, PCVAD compatible 12 (PCVAD/c) score was significantly associated with the presence of Porcine reproductive and 13 respiratory syndrome virus (PRRSV), PRRSV viral load, PCV-2 viral load, and PCV-2 14 immunohistochemistry (IHC) results. Polytomous logistic regression analysis revealed that 15 PCVAD/c score was affected by PCV-2 viral load (P = 0.0161) and IHC (P = 0.0128), but not by 16 the PRRSV variables (P > 0.9); suggesting that mrtqPCR in tissue is a reliable alternative to IHC. 17 Logistic regression analyses revealed that PCV-2 increased the odds ratio of isolating 2 major 18 swine pathogens of the respiratory tract, Actinobacillus pleuropneumoniae and Streptococcus 19 suis serotypes 1/2, 1, 2, 3, 4, and 7, which are serotypes commonly associated with clinical 20 diseases.

Chicken Caecal Microbiome Modifications Induced by Campylobacter jejuni Colonization and by a Non-Antibiotic Feed Additive

Campylobacter jejuni is an important zoonotic foodborne pathogen causing acute gastroenteritis in humans. Chickens are often colonized at very high numbers by C. jejuni, up to 109 CFU per gram of caecal content, with no detrimental effects on their health. Farm control strategies are being developed to lower the C. jejuni contamination of chicken food products in an effort to reduce human campylobacteriosis incidence. It is believed that intestinal microbiome composition may affect gut colonization by such undesirable bacteria but, although the chicken microbiome is being increasingly characterized, information is lacking on the factors affecting its modulation, especially by foodborne pathogens. This study monitored the effects of C. jejuni chicken caecal colonization on the chicken microbiome in healthy chickens. It also evaluated the capacity of a feed additive to affect caecal bacterial populations and to lower C. jejuni colonization. From day-0, chickens received or not a microencapsulated feed additive and were inoculated or not with C. jejuni at 14 days of age. Fresh caecal content was harvested at 35 days of age. The caecal microbiome was characterized by real time quantitative PCR and Ion Torrent sequencing. We observed that the feed additive lowered C. jejuni caecal count by 0.7 log (p<0.05). Alpha-diversity of the caecal microbiome was not affected by C. jejuni colonization or by the feed additive. C. jejuni colonization modified the caecal beta-diversity while the feed additive did not. We observed that C. jejuni colonization was associated with an increase of Bifidobacterium and affected Clostridia and Mollicutes relative abundances. The feed additive was associated with a lower Streptococcus relative abundance. The caecal microbiome remained relatively unchanged despite high C. jejuni colonization. The feed additive was efficient in lowering C. jejuni colonization while not disturbing the caecal microbiome.

La tagatose-1,6-bisphosphate aldolase et la fructose-1,6-bisphosphate aldolase de classe I : mécanisme et stéréospécificité

La tagatose-1,6-biphosphate aldolase de Streptococcus pyogenes est une aldolase qui fait preuve d'un remarquable manque de spécificité vis à vis de ses substrats. En effet, elle catalyse le clivage réversible du tagatose-1,6-bisphosphate (TBP), mais également du fructose-1,6-bisphosphate (FBP), du sorbose-1,6-bisphosphate et du psicose-1,6-bisphosphate, quatre stéréoisomères, en dihydroxyacétone phosphate (DHAP) et en glycéraldéhyde-3-phosphate (G3P). Aldolase de classe I, qui donc catalyse sa réaction en formant un intermédiaire covalent obligatoire, ou base de Schiff, avec son susbtrat, la TBP aldolase de S. pyogenes partage 14 % d’identité avec l’enzyme modèle de cette famille, la FBP aldolase de muscle de mammifère. Bien que le mécanime catalytique de la FBP aldolase des mammifères ait été examiné en détails et qu’il soit approprié d’en tirer des renseignements quant à celui de la TBP aldolase, le manque singulier de stéréospécificité de cette dernière tant dans le sens du clivage que celui de la condensation n’est toujours pas éclairci. Afin de mettre à jour les caractéristiques du mécanisme enzymatique, une étude structurale de la TBP aldolase de S. pyogenes, un pathogène humain extrêmement versatile, a été entreprise. Elle a permis la résolution des structures de l’enzyme native et mutée, en complexe avec des subtrats et des inhibiteurs compétitifs, à des résolutions comprises entre 1.8 Å et 2.5 Å. Le trempage des cristaux de TBP aldolase native et mutante dans une solution saturante de FBP ou TBP a en outre permis de piéger un authentique intermédiaire covalent lié à la Lys205, la lysine catalytique. La determination des profils pH de la TBP aldolase native et mutée, entreprise afin d'évaluer l’influence du pH sur la réaction de clivage du FBP et TBP et ìdentifier le(s) résidu(s) impliqué(s), en conjonction avec les données structurales apportées par la cristallographie, ont permis d’identifier sans équivoque Glu163 comme résidu responsable du clivage. En effet, le mode de liaison sensiblement différent des ligands utilisés selon la stéréochimie en leur C3 et C4 permet à Glu163, équivalent à Glu187 dans la FBP aldolase de classe I, d’abstraire le proton sur l’hydroxyle du C4 et ainsi d’amorcer le clivage du lien C3-C4. L’étude du mécanimse inverse, celui de la condensation, grâce par exemple à la structure de l’enzyme native en complexe avec ses substrats à trois carbones le DHAP et le G3P, a en outre permis d’identifier un isomérisme du substrat G3P comme possible cause de la synthèse des isomères en C4 par cette enzyme. Ce résultat, ainsi que la decouverte d’un possible isomérisme cis-trans autour du lien C2-C3 de la base de Schiff formée avec le DHAP, identifié précedemment, permet de cerner presque complètement les particularités du mécanisme de cette enzyme et d’expliquer comment elle est capable de synthétiser les quatres stéréoisomères 3(S/R), 4(S/R). De plus, la résolution de ces structures a permis de mettre en évidence trois régions très mobiles de la protéine, ce qui pourrait être relié au rôle postulé de son isozyme chez S. pyogenes dans la régulation de l’expression génétique et de la virulence de la bactérie. Enfin, la résolution de la structure du mutant Lys229→Met de la FBP aldolase de muscle en complexe avec la forme cyclique du FBP, de même que des études cristallographiques sur le mutant équivalent Lys205→Met de la TBP aldolase de S. pyogenes et des expériences de calorimétrie ont permis d’identifier deux résidus particuliers, Ala31 et Asp33 chez la FBP aldolase, comme possible cause de la discrimination de cette enzyme contre les substrats 3(R) et 4(S), et ce par encombrement stérique des substrats cycliques. La cristallographie par rayons X et la cinétique enzymatique ont ainsi permis d'avancer dans l'élucidation du mécanisme et des propriétés structurales de cette enzyme aux caractéristiques particulières.

Probiotic Effects of Lactic Acid Bacteria Against Vibrio Alginolyticus in Penaeus (Fenneropenaeus) Indicus (H. Milne Edwards)

Cell free extracts of four strains of Lactic acid bacteria (LAB) viz. Lactobacillus. acidophilus, Streptococcus.cremoris, Lactobacillus bulgaricus –56 and Lactobacillus bulgaricus –57 inhibited growth of Vibrio alginolyticus in nutrient broth. The antagonism of LAB to Vibrio alginolyticus was further confirmed by streak plating wherein suppression of growth of Vibrio was obtained. Juveniles of Penaeus indicus (average weight 0.985 ± 0.1 g) on administering orally a moist feed base containing 5 × 106 cells·g of the four LAB probionts for a period of four weeks showed better survival (56 to 72%) when challenged with V. alginolyticus by intra-muscular injection of 0.1 ml containing 3 × 109 cells·ml. Animals maintained on a diet devoid of bacterial biomass exhibited 80% mortality. No external or internal pathological changes were observed in shrimp fed with the LAB incorporated diets. Results showed inhibition of V. alginolyticus by LAB and stimulation of the non-specific immune response resulting in resistance to disease in the shrimp fed on LAB incorporated diets.

Infección perinatal por estreptococo del Grupo B

Objetivo: Determinar la prevalencia de colonización vagino-rectal materna por Estreptococo Hemolítico del grupo B (SßG) entre la semana 35 y 37 de gestación, en la población obstétrica de la Clínica Universitaria Colombia, Bogotá, Colombia. Diseño: Estudio descriptivo de prevalencia Métodos: Entre abril y septiembre de 2008 se tomó la totalidad de pacientes obstétricas con parto atendido en la Clínica Universitaria Colombia y con tamizaje de colonización por SßG entre las semanas 35 y 37 de gestación, empleando cultivo vaginal y/o rectal. Se discriminó el sitio de toma del cultivo, se determinó la prevalencia de colonización vagino-rectal materna por SßG y se evaluó la presencia de infección neonatal temprana en la población estudio. Resultados: Se estudiaron 928 pacientes, encontrándose una prevalencia de colonización por SGB entre la semana 35 y 37 de gestación de 7,8%. Dentro de las pacientes colonizadas el 12,5% fueron detectadas por cultivo vaginal y el 87,5 % por cultivo vaginal – rectal. Conclusiones: La prevalencia de colonización vagino-rectal por SGB entre la semana 35 y 37 de gestación en las pacientes de la Clínica Universitaria Colombia, se encuentra en el rango reportado en Norteamérica y otras poblaciones latinas. La colonización por Streptococcus agalactiae encontrada con cultivo vaginal fue menor a la colonización encontrada por cultivo vaginal y rectal; lo cual está en relación con la importancia en la realización de cultivo vaginal y rectal reportada en la literatura, ya que el tracto gastrointestinal es un reservorio mayor de SGB.

Detección de portadores de gérmenes multiresisttentes en la unidad de cuidado intensivo medico fundación cardioinfantil

Introducción: En Colombia la prevalencia de Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (SARM) oscila entre 6% y 15% para el personal medico, entre el 13 % y el 26 % de SARM en pacientes atendidos en la unidades de cuidado intensivo, no se reportan gérmenes productores de Betalactamasas de espectro extendido (ESBL) en fosas nasales y se reportan cifras alarmantes para Enterococcus resistente a la Vancomicina (VRE). Objetivo: Determinar la prevalencia de portadores de microorganismos multiresistentes en pacientes que ingresan a la unidad de cuidado intensivo médico, y en personal asistencial dedicado su cuidado. Metodología: estudio descriptivo de corte transversal, se estudiaron 114 sujetos, se llevo a cabo toma de muestra nasal, faringe y rectal. Resultados: se encontró una prevalencia de 18 % en los pacientes (muestra nasal) y 12.5 % (muestra nasal) en el personal medico y paramédico para el SARM, y en muestra faringe para el personal asistencial una prevalencia de 6.3 % y 25.6 % para los pacientes, la prevalencia de ESBL fue 0% en muestra nasal y faringe para los dos grupos, en la muestra rectal se encontró una prevalencia de 7.3 % y 13.4 % para Klebsiella pneumoniae ESBL positivo y Escherichia coli ESBL respectivamente. Discusión: Las prevalencias encontradas en este estudio en comparación con datos publicados reflejan el uso racional de los antibióticos en la FCI-IC y la adherencia a los protocolos de vigilancia epidemiológica; lo cual no significa que no pueda existir una exposición del personal medico y paramédico al paciente colonizado. Palabras claves: Gérmenes multiresistentes – Infecciones Intrahospitalarias – SARM – ERV- BLEE Key words : multiresistant germs, hospital infections, ESBL, VRE, MRSA

Comportamiento epidemiológico de la sepsis nosocomial en la Unidad de Recién Nacidos de la Fundación Cardioinfantil

Objetivo. Se realizó un estudio retrospectivo que describe las características demográficas, la etiología, los factores asociados, la mortalidad, la sensibilidad y la resistencia de los microorganismos a los antibióticos usados en sepsis nosocomial. Diseño del estudio. Se realizó la recolección de datos desde el 2004 hasta el primer trimestre del 2006. Se definió infección nosocomial probada como la infección diagnosticada después de 72 horas de hospitalización y que recibe manejo antibiótico mayor a 3 días. Resultados. Se revisaron 60 historias clínicas, en las cuales los gérmenes Gram negativos fueron los principales causantes de sepsis nosocomial, tanto intra como extrainstitucional; de ellos la k. pneumoniae fue el germen más frecuentemente encontrado. Conclusiones. Los gérmenes Gram negativos son los microorganismos predominantemente causantes de sepsis nosocomial en la Unidad de Recién Nacidos (URN) de la Fundación Cardioinfantil (FCI).

Mediastinitis post revascularización miocárdica: impacto del cambio de profilaxis antibiótica en la fundación Cardioinfantil 2012 - 2013

INTRODUCCIÓN. La mediastinitis posterior a cirugía de revascularización miocárdica es una infección infrecuente, pero potencialmente fatal. En la Fundación Cardioinfantil se ha observado una tendencia al incremento de la misma en los últimos años, obligando a un cambio en las medidas de profilaxis antimicrobiana, pasando de cefalosporinas a vancomicina – gentamicina, sin embargo no se conoce aún el impacto de estas medidas. OBJETIVO: Determinar si el cambio de la profilaxis antibiótica en pacientes sometidos a revascularización miocárdica influye en una disminución de la incidencia de mediastinitis durante los años 2012 – 2013. METODOLOGÍA: Estudio de cohortes retrospectivo, evaluando la incidencia de mediastinitis post revascularización miocárdica, en pacientes expuestos a 2 diferentes tipos de profilaxis antimicrobiana (cefalosporinas vs vancomicina-gentamicina). Se describieron los patrones de susceptibilidad y resistencia de los patógenos encontrados en mediastinitis y la mortalidad de esta patología. RESULTADOS: Los patógenos más frecuentemente aislados en la mediastinitis fueron Staphylococcus aureus y Klebsiella pneumoniae, en la mayoría monomicrobiano. Se encontraron patógenos con perfiles de resistencia como betalactamasas de espectro extendido en Gram negativos y resistencia a la meticilina en cocos Gram positivos. El RR de mediastinitis del grupo expuesto a vancomicina-gentamicina respecto al grupo de cefalosporinas fue de 0,9 con IC 95% 0,28 – 3,28. CONCLUSIÓN: la epidemiologia microbiana de la mediastinitis no difiere de la reportada en otras series. La profilaxis antimicrobiana con vancomicina - gentamicina en pacientes sometidos a revascularización miocárdica, no redujo la incidencia de mediastinitis. Se propone regresar a la terapia de profilaxis con cefalosporinas.

Perfil microbiológico, prevalencia de resistencia antibiótica y patrones de susceptibilidad en infección urinaria en una población pediátrica

Introducción: El incremento de la resistencia antibiótica se considera un problema de salud pública con consecuencias clínicas y económicas, por lo tanto se determinará la prevalencia de resistencia antibiótica en Infección del Tracto Urinario (ITU, el perfil microbiológico y los patrones de susceptibilidad en una población pediátrica atendida en la Fundación Cardioinfantil. Materiales y métodos: Estudio observacional de corte transversal, retrospectivo, entre 1 mes a 18 años de edad, con diagnóstico de ITU comunitaria atendidos entre Enero de 2011 y Diciembre de 2013. Se excluyeron pacientes con dispositivos en la vía urinaria, instrumentación quirúrgica previa, trayectos fistulosos entre la vía urinaria y sistema digestivo, ITU luego de 48 horas de hospitalización y recaída clínica en tratamiento. Se estableció la prevalencia de ITU resistente y se realizó un análisis descriptivo de la información. Resultados: Se evaluaron 385 registros clínicos, con una mediana de 1.08 años (RIQ 0.8 – 4.08), el 73.5% eran niñas. La fiebre predominó (76.5%), seguido de emesis (32.0%), disuria (23.7%) y dolor abdominal (23.1%). El uropatógeno más frecuente fue E.coli (75%), seguido de Proteus mirabilis (8.5%) y Klebsiella spp. (8.3%). La Ampicilina, el Trimetropim sulfametoxazol, la Ampicilina sulbactam y el ácido nalidixico tuvieron mayor tasa de resistencia. La prevalencia de BLEE fue 5.2% y AmpC 3.9%. La prevalencia de resistencia antimicrobiana fue de 11.9%. Conclusiones: La E.coli es el uropatogeno más frecuentemente aislado en ITU, con resistencia a la ampicilina en 60.2%, cefalosporinas de primera generación en 15.5%, trimetropin sulfametoxazol en 43.9%, cefepime 4.8%. La prevalencia de resistencia antimicrobiana fue de 11.9%.

Tipificación y perfiles de resistencia antibiótica en unidades neonatales de Bogotá durante los años 2008-2012

La sepsis neonatal ha sido un problema en las unidades de cuidado intensivo al rededor del mundo. Su incidencia aumenta diez veces cuando el recién nacido es de muy bajo peso. El aislamiento de gérmenes resistentes en los cultivos tomados a los recién nacidos ha permitido identificar el comportamiento de los antibióticos de uso común. El presente estudio analítico de corte transversal realizado durante los años 2008 al 2012 en diez unidades de cuidados intensivos neonatales de la ciudad de Bogotá analizó la base de datos de los laboratorios de microbiología, obteniendo un total de 22.153 muestras de las cuales 7.132 ( 32.9%) fueron elegibles. Utilizando el software Whonet 5.6 y tomando solo el primer aislamiento por año y por paciente se realizaron análisis descriptivos y de resistencia bacteriana. Los resultados obtenidos fueron similares a los reportados en la literatura donde los gérmenes gran positivos son los más comúnmente aislados con un 53.2%, seguidos en importancia por los gérmenes gran negativos. Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli en conjunto aportan 27.22%, presentando un aumento en el porcentaje de BLEE (Betalactamasa de Espectro Extendido) y aparición de carbapenemasas durante los años de estudio. El Acinetobacter baumannii ha duplicado la resistencia a ampicilina sulbactam llegando al 66.7%. Las candidas fueron aisladas en un porcentaje muy bajo sin documentarse resistencias. El Estafilococo aureus no presenta resistencias que sugiera la aparición de nuevos clones.

Incidencia y factores asociados a infecciones bacterianas en el primer mes postrasplante hepático en la Fundación Cardioinfantil

Introducción: El trasplante hepático ortotópico es la colocación de un nuevo hígado en la misma ubicación del explantado. El objetivo es prolongar la duración y la calidad de vida en pacientes con enfermedades hepáticas terminales. Sin embargo, las infecciones bacterianas son una complicación en los pacientes receptores del trasplante, comprometiendo el éxito del procedimiento. El objetivo fue determinar los factores asociados a infecciones bacterianas en el primer mes tras realizada la intervención y describir las características demográficas de esa población. De 332 trasplantes realizados, que 262 cumplieron criterios para el análisis. Métodos: Se realizó un estudio observacional analítico de casos y controles anidado en una cohorte, en mayores de 18 años, receptores de trasplante hepático primario, de la FCI-IC de 2005 a 2014; excluyendo trasplante combinado hígado riñón, retrasplantes o fallecidos por causa diferente a la infecciosa durante el primer mes. Resultados: Se encontró que la ventilación mecánica por más de 1 día, el catéter venoso central mayor de 3 días son los principales factores de riesgo para infecciones bacterianas. La albúmina mayor de 2,6gr/dl se asoció a menor infección. Los agentes etiológicos predominantes fueron gérmenes gram negativos como E. coli, K. pneumonia y E. cloacae. Mientras que bacteremia, infección urinaria y peritonitis fueron las infecciones más frecuentes. La incidencia de infección bacteriana en esta población fue 24%. Discusión: Se recomienda por tanto extubación antes de 24 horas, uso de catéter central menor de 3 días y limitar el uso del catéter vesical.

Discoespondilite Canina : Estudo Retrospectivo de 10 Casos Clínicos

A discoespondilite é uma doença infecciosa rara que afecta, de forma crónica, os discos intervertebrais e as extremidades adjacentes dos corpos vertebrais. Geralmente advém de uma infecção disseminada por via hematógena e os agentes mais frequentes são bacterianos e são principalmente Staphylococcus spp., Streptococcus spp., E. Coli e Brucella spp. Também pode ser devida a infecções fúngicas, parasitárias ou migração de corpos estranhos. É caracterizada pela degenerescência do disco intervertebral e lesões escleróticas e proliferativas das extremidades dos corpos vertebrais. O principal sinal clínico desta doença é a hiperestesia paravertebral e alterações da marcha ou relutância ao movimento. Febre e anorexia são menos frequentes do que seria de esperar e os sinais neurológicos são considerados raros. O diagnóstico desta doença é geralmente radiográfico e a determinação do agente pode ser conseguida por cultura de material discal, hemocultura ou urocultura. Podem ser usados meios de imagiologia avançada como TAC e RM para melhor avaliar a extensão das lesões e o envolvimento dos tecidos circunvizinhos. A realização de hemogramas raramente revela alterações significativas embora possa existir leucocitose. O tratamento médico é eficaz em aproximadamente 76% dos casos e deve ser feito com base em cultura e TSA mas, de forma empírica, as cefalosporinas de primeira geração são frequentemente utilizadas. Em alguns casos pode ser necessária a estabilização ou desbridamento cirúrgicos. O estudo retrospectivo realizado no âmbito deste trabalho, teve como objectivo avaliar os sinais clínicos, radiográficos e laboratoriais , assim como o maneio médico e cirúrgico de 10 casos de discoespondilite confirmada radiográfica e clinicamente, num período de 2 anos. Observou-se maior prevalência da doença em machos, em cães jovens e adultos, e raças de grande porte. A região mais afectada foi a junção lombossagrada, e o sinal mais observado foi a dor paraespinhal. No entanto os sinais neurológicos foram mais frequentes do que o descrito. Os agentes isolados em cultura de material discal não foram os mais comuns. O tratamento médico instituído pelos veterinários foi eficaz em 6 dos casos, Foi necessária intervenção cirúrgica em 3 e 1 animal não recuperou totalmente até à conclusão deste estudo.

Avaliação da relação entre contagens de células somáticas e os agentes mais prevalentes de mastite em explorações leiteiras da região de entre Douro e Vouga

Quando um microrganismo patogénico invade a glândula mamária, através do canal do teto, pode ocorrer infecção intramamária, desencadeando uma resposta inflamatória – a mastite. Esta possui diversas etiologias, sendo normalmente de origem bacteriana. Na resposta inflamatória, actuam as células somáticas presentes no leite. O presente estudo teve como principal objectivo avaliar a relação entre as contagens de células somáticas e os agentes causadores de mastite em amostras de leite. Foram utilizados dados referentes aos resultados de análises de leite para diagnóstico de mastite realizadas em amostras de explorações de Entre Douro e Vouga. Os resultados consistem em identificação dos agentes e respectivo antibiograma, CCS, sendo ainda registado o objectivo da análise (Secagem ou Tratamento). Determinaram-se as prevalências dos agentes, avaliando de seguida a relação entre as seguintes variáveis: agentes e CCS; CCS e objectivo da análise; e entre agentes e objectivo da análise. Concluiu-se que os Staphylococcus coagulase-negativa são os mais prevalentes, 14,5%, seguindo, Streptococcus uberis, 7,6%; Escherichia coli, 6,3%; Lactococcus garviae, 5,8% e Staphylococcus aureus, 4,1%. Concluiu-se ainda, a existência de diferenças estatisticamente significativas nas análises realizadas, confirmando a relação entre as demais variáveis.

Allobaculum stercoricanis gen. nov., sp nov., isolated from canine feces

Morphological, biochemical, and molecular genetic studies were performed on an unknown anaerobic, catalase-negative, nonspore-forming, rod-shaped bacterium isolated from dog feces. The unknown bacterium was tentatively identified as a Eubacterium species, based on cellular morphological and biochemical tests. 16S rRNA gene sequencing studies, however, revealed that it was phylogenetically distant from Eubacterium limosum, the type species of the genus Eubacterium. Phylogenetically, the unknown species forms a hitherto unknown sub-line proximal to the base of a cluster of organisms (designated rRNA cluster XVI), which includes Clostridium innocuum, Streptococcus pleomorphus, and some Eubacterium species. Based on both phenotypic and phylogenetic criteria, it is proposed that the unknown bacterium be classified as a new genus and species, Allobaculum stercoricanis. Using a specific rRNA-targeted probe designed to identify Allobacultan stercoricanis, in situ hybridisation showed this novel species represents a significant organism in canine feces comprising between 0.1% and 3.7% of total cells stained with DAPI (21 dog fecal samples). The type strain of Allobaculum stereoricanis is DSM 13633(T) = CCUG 45212(T). (C) 2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Antigenotoxicity of probiotics and prebiotics on faecal water-induced DNA damage in human colon adenocarcinoma cells

Six strains of lactic acid producing bacteria (LAB) were incubated (1 x 10(8)cfu/ml) with genotoxic faecal water from a human subject. HT29 human adenocarcinoma cells were then challenged with the resultant samples and DNA damage measured using the single cell gel electrophoresis (comet) assay. The LAB strains investigated were Bifidobacterium sp. 420, Bifidobacterium Bb12, Lactobacillus plantarum, Streptococcus thermophilus, Lactobacillus bulgaricus and Enterococcus faecium. DNA damage was significantly decreased by all bacteria used with the exception of Strep. thermophilus. Bif. Bb12 and Lact. plantarum showed the greatest protective effect against DNA damage. Incubation of faecal water with different concentrations of Bif. Bb12 and Lact. plantarum revealed that the decrease in genotoxicity was related to cell density. Non-viable (heat treated) probiotic cells had no effect on faecal water genotoxicity. In a second study, HT29 cells were cultured in the presence of supernatants of incubations of probiotics with various carbohydrates including known prebiotics; the HT29 cells were then exposed to faecal water. Overall, incubations involving Lact. plantarum with the fructooligosaccharide (FOS)-based prebiotics Inulin, Raftiline, Raftilose and Actilight were the most effective in increasing the cellular resistance to faecal water genotoxicity, whereas fermentations with Elixor (a galactooligosaccharide) and Fibersol (a maltodextrin) were less effective. Substantial reductions in faecal water-induced DNA damage were also seen with supernatants from incubation of prebiotics with Bif. Bb12. The supernatant of fermentations involving Ent. faecium and Bif. sp. 420 generally had less potent effects on genotoxicity although some reductions with Raftiline and Elixor fermentations were apparent.