Kryoelektronenmikroskopie von Proteinen: 3D-Struktur (12 A) des Hämocyanins der Schnecke Haliotis

Zusammenfassung:Die Quartärstruktur des respiratorischen Proteins Hämocyanin (Isoform HtH1) aus der marinen Schnecke Haliotis tuberculata wurde vermittels Kryoelektronen-mikroskopie und 3D-Rekonstruktion untersucht. Das Molekül ist zylinderförmig, hat einen Durchmesser von ca. 35 nm und besteht aus einer Zylinderwand und einem internen Kragenkomplex. Dieser wiederum besteht aus einem Collar und einem Arc.Die kryoelektronenmikroskopischen Aufnahmen von in glasartigem Eis fixierten HtH1-Molekülen brachte eine enorme Verbesserung der Anzahl der zur Verfügung stehenden Ansichtswinkel gegenüber den negativkontrastierten Molekülen, die auf Karbonfilm präpariert waren.Die 3D-Rekonstruktion des HtH1 mittels Aufnahmen bei drei verschiedenen Defo-kuswerten verbesserte die Auflösung noch einmal deutlich gegenüber den Rekon-struktionen, die aus Aufnahmen bei einem festen Defokuswert gemacht wurden, und zwar auf 12 Å. Das Molekül besitzt eine D5-Symmetrie.Aus dieser bisher genausten Rekonstruktion eines Molluskenhämocyanins aus EM-Bildern ließen sich folgende neue Strukturdetails ableiten:· Ein Untereinheitendimer konnte als Repeating Unit im Dekamer des HtH1 beschrieben werden.· Das Untereinheitendimer konnte aus der 3D-Dichtekarte isoliert werden. Es be-steht eindeutig aus 16 Massen, die funktionellen Domänen entsprechen. Zwei dieser Massen bilden den Collar, zwei den Arc und 12 das Wandsegment.· Die gegenläufige Anordnung der beiden Untereinheiten innerhalb dieses Unte-reinheitendimers konnten bestätigt und auf zwei Möglichkeiten eingeschränkt werden.· Die Zahl der alternativen Anordnungen der 16 funktionellen Domänen (HtH1-a bis HtH1-h) im Untereinheitendimer konnten von 80 auf 2 eingeengt werden.· Es konnte über molekulares Modellieren mithilfe einer publizierten Kristallstruk-tur eine 3D-Struktur fastatomarer Auflösung der funktionellen Domäne HtH1-g berechnet werden.· Die funktionelle Domäne HtH1-g konnte als Domänenpaar plausibel in die 3D?Dichtekarte des Untereinheitendimers eingepasst werden, und zwar in die beiden Massen des Arc.Aus der elektronenmikroskopisch gewonnenen Dichtekarte wurde mit Hilfe des

Slope stability analysis by multi-temporal DEMs and 3D modelling: The 2002 and 2007 Stromboli landslide events

Natural hazard related to the volcanic activity represents a potential risk factor, particularly in the vicinity of human settlements. Besides to the risk related to the explosive and effusive activity, the instability of volcanic edifices may develop into large landslides often catastrophically destructive, as shown by the collapse of the northern flank of Mount St. Helens in 1980. A combined approach was applied to analyse slope failures that occurred at Stromboli volcano. SdF slope stability was evaluated by using high-resolution multi-temporal DTMMs and performing limit equilibrium stability analyses. High-resolution topographical data collected with remote sensing techniques and three-dimensional slope stability analysis play a key role in understanding instability mechanism and the related risks. Analyses carried out on the 2002–2003 and 2007 Stromboli eruptions, starting from high-resolution data acquired through airborne remote sensing surveys, permitted the estimation of the lava volumes emplaced on the SdF slope and contributed to the investigation of the link between magma emission and slope instabilities. Limit Equilibrium analyses were performed on the 2001 and 2007 3D models, in order to simulate the slope behavior before 2002-2003 landslide event and after the 2007 eruption. Stability analyses were conducted to understand the mechanisms that controlled the slope deformations which occurred shortly after the 2007 eruption onset, involving the upper part of slope. Limit equilibrium analyses applied to both cases yielded results which are congruent with observations and monitoring data. The results presented in this work undoubtedly indicate that hazard assessment for the island of Stromboli should take into account the fact that a new magma intrusion could lead to further destabilisation of the slope, which may be more significant than the one recently observed because it will affect an already disarranged deposit and fractured and loosened crater area. The two-pronged approach based on the analysis of 3D multi-temporal mapping datasets and on the application of LE methods contributed to better understanding volcano flank behaviour and to be prepared to undertake actions aimed at risk mitigation.

Scanner 3D con proiettore e videocamera

In questa dissertazione viene descritto un sistema sviluppato per ottenere una rappresentazione a tre dimensioni in real time di una superficie. Il sistema si avvale di alcune tecniche di ottimizza- zione e di trattamento dell’immagine e sfrutta dispositivi comuni e di facile reperibilita`: una videocamera e un proiettore.

OGRE: analisi di un motore grafico 3D

In questa tesi descriveremo e analizzeremo il motore grafico OGRE, acronimo di Object-Oriented Graphics Rendering Engine. La scelta di analizzare proprio questo motore grafico è legata a diverse considerazioni. Innanzitutto, OGRE è rilasciato con licenza open source e quindi rende disponibile il suo codice sorgente. Questo è molto importante, in un contesto di studio e sperimentazione come quello universitario, perché permette di comprendere e analizzare anche il funzionamento interno del motore grafico. Inoltre, OGRE è un progetto maturo e stabile con una vasta comunità di sviluppatori e utilizzatori alle spalle. Esiste molta documentazione a riguardo, tra wiki, libri e manuali, e un forum molto attivo per la richiesta di aiuto e consigli. A conferma, sia della bontà del progetto che delle ottime prestazioni del motore grafico, basta dire che OGRE è utilizzato anche da applicazioni commerciali, come videogame, editor 3D e simulatori. Infine, la caratteristica che contraddistingue OGRE da tutti gli altri motori grafici è il fatto di essere "solamente" un motore di rendering puro. Ciò significa che qualsiasi funzionalità non direttamente legata al rendering, come ad esempio la gestione degli input dell'utente, non è supportata da OGRE. Anche se questo può sembrare un difetto, in realtà ciò permetterà di concentrarci solamente sugli aspetti legati al rendering che, in un motore grafico, costituiscono la parte fondamentale.

Sviluppo di impianti ceramici biomimetici a porosità controllata per la rigenerazione del tessuto osseo

La presente ricerca si inquadra nell’ambito della risoluzione dei problemi legati alla chirurgia ossea, per la cura e la sostituzione di parti di osso in seguito a fratture, lesioni gravi, malformazioni e patologie quali osteoporosi, tumori, etc… Attualmente la progettazione di impianti per le sostituzioni/rigenerazioni ossee richiede che i materiali sviluppati siano in grado di “mimare” la composizione e la morfologia dei tessuti naturali, in modo da generare le specifiche interazioni chimiche esistenti nei tessuti dell’organismo con cui vengono a contatto e quindi di biointegrarsi e/o rigenerare l’osso mancante nel miglior modo possibile, in termini qualitativi e quantitativi. Per lo sviluppo di sostituti ossei porosi sono state sperimentate 2 tecnologie innovative: il freeze-casting ed il foaming. Gli impianti ceramici realizzati hanno presentano una dimensione dei pori ed un’interconnessione adeguata sia per l’abitazione cellulare che per la penetrazione dei fluidi fisiologici e la vascolarizzazione. In particolare l’elevata unidirezionalità nei campioni ottenuti mediante freeze-casting si presenta molto promettente poiché fornisce cammini guida che migliorano la vascolarizzazione dell’impianto e l’abitazione cellulare in tempi rapidi e nella parte più interna dello scaffold. D’altra parte, la tecnologia del foaming ha permesso l’ottenimento di materiali apatitici ad alta porosità multidimensionale ed interconnessa con proprietà meccaniche implementate rispetto a tipologie precedenti e, lavorabili dopo sinterizzazione mediante prototipazione rapida. Per questo motivo, questi materiali sono attualmente in corso di sperimentazione, con risultati preliminari adeguati promettenti per un’applicazione clinica, come sostituti ossei di condilo mandibolare, sito estremamente critico per gli sforzi meccanici presenti. È stata dimostrata la possibilità di utilizzare lo scaffold ceramico biomimetico con la duplice funzione di sostituto osseo bioattivo e sistema di rilascio in situ di ioni specifici e di antibiotico, in cui la cinetica di rilascio risulta fortemente dipendente dalle caratteristiche chimico-fisico morfologiche del dispositivo (solubilità, area di superficie specifica,…). Per simulare sempre di più la composizione del tessuto osseo e per indurre specifiche proprietà funzionali, è stata utilizzata la gelatina come fase proteica con cui rivestire/impregnare dispositivi porosi 3D a base di apatite, con cui miscelare direttamente la fase inorganica calcio-fosfatica e quindi realizzare materiali bio-ibridi in cui le due fasi contenenti siano intimamente interagenti. Inoltre al fine di ridurre gli innumerevoli problemi legati alle infezioni ossee alcuni dei materiali sviluppati sono stati quindi caricati con antibiotico e sono state valutate le cinetiche di rilascio. In questa maniera, nel sito dell’impianto sono state associate le funzioni di trasporto e di rilascio di farmaco, alla funzione di sostituzione/rigenerazione ossee. La sperimentazione con la gelatina ha messo in luce proprietà posatamente sfruttabili della stessa. Oltre a conferire allo scaffold un implementata mimesi composizionale del tessuto osseo, ha infatti consentito di aumentare le proprietà meccaniche, sia come resistenza a compressione che deformazione. Unitamente a quanto sopra, la gelatina ha consentito di modulare la funzionalità di dispensatore di farmaco; mediante controllo della cinetica di rilascio, tramite processi di reticolazione più o meno spinti.

Realisierung einer 3D-Kreuzkorrelationsanlage zur Untersuchung von Struktur und Dynamik hochkonzentrierter Kolloide

Realisierung einer 3D-Kreuzkorrelationsanlage zur Untersuchung von Struktur und Dynamik hochkonzentrierter Kolloide Im Rahmen dieser Arbeit wird eine neuartige 3D-Kreuzkorrelationsanlage zur mehrfachstreufreien Untersuchung des diffusiven Verhaltens hochkonzentrierter kolloidaler Suspensionen vorgestellt. Hierzu werden zwei Lichtstreuexperimente gleichzeitig am gleichen Streuvolumen und mit dem gleichen Streuvektor durchgeführt. Aus der so gewonnenen Kreuzkorrelationsfunktion kann das dynamische Verhalten der Kolloide bestimmt werden. Für die Diffusion der Partikel spielen neben der direkten Wechselwirkung elektroviskoser Effekt und die hydrodynamische Wechselwirkung eine entscheidende Rolle. Insbesondere bei hohen Konzentrationen kann keiner der drei Effekte vernachlässigt werden. Die zu messenden Unterschiede in den Diffusionskoeffizienten sind sehr klein. Daher wurde der experimentelle Aufbau detailliert charakterisiert. Hierbei konnten theoretische Überlegungen hinsichtlich des Nachpulsens und der Totzeit der verwendeten Si-Avalanche-Photodioden überprüft werden. Der Kurzzeitselbstdiffusionskoeffizient hochkonzentrierter geladener kolloidaler Suspensionen wurde gemessen. Um die Daten bei hohen Konzentrationen korrekt zu normieren, wurde der elektroviskose Effekt bei geringen Konzentrationen ausführlich untersucht. Hierbei zeigte sich, dass der elektroviskose Einzelteilcheneffekt zu einer monotonen Abnahme des Diffusionskoeffizienten bei abnehmender Ionenstärke führt. Anhand der volumenbruchabhängigen Daten des Kurzzeitselbstdiffusionskoeffizienten konnte zum ersten Mal gezeigt werden, dass die hydrodynamische Wechselwirkung einen geringeren Einfluss auf die Diffusion hat, falls das direkte Wechselwirkungspotential ein Coulomb-Potential anstelle eines Harte-Kugel-Potentials ist.

GIORNALISMO E GENOCIDIO. Discorsi, interpretazioni e memoria del caso Rwanda sulla stampa italiana

Cosa sappiamo del Genocidio? Cosa sappiamo del Rwanda? In che termini il giornalismo è elemento in comune di entrambi? La questione si fa più complicata in quanto vorremmo aggiungere a queste riflessioni il nodo della memoria. Che memoria abbiamo del Genocidio? Che memoria abbiamo del Rwanda? In che modo il giornalismo costruisce memoria? In questa tesi, abbiamo provato a rispondere a queste domande attraverso gli strumenti della semiotica del discorso e della cultura. Nella prima parte della ricerca abbiamo affrontato la nascita e l'affermazione della categoria di genocidio, l'invenzione e il Genocidio del Rwanda , indicando proposte per definire una possibile semiotica del genocidio. Nella seconda parte si è,invece, scesi nel particolare del discorso giornalistico, definendo i nodi teorici utili per mettere in luce i legami tra giornalismo e memoria e procedendo alle analisi della stampa italiana sul genocidio rwandese. Le conclusioni a cui si è giunti sono, rispetto alla costruzione giornalistica della realtà, che la stampa italiana ha ridotto quella complessità che ha caratterizzato ciò che abbiamo chiamato la biografia discorsiva del Rwanda. Questa stratificazione discorsiva viene risolta, o meglio, tradotta in enunciati che richiamano un odio tribale ancestrale, come se il Genocidio, laddove ne venisse descritta la pianificazione, non fosse altro che una conseguenza naturale di questo odio. Rispetto al rapporto tra memoria e giornalismo, abbiamo visto che è interrogabile rispetto alle dinamiche della cultura: si tratta, quindi, di considerare il ruolo di mediazione dei testi e la loro interpretazione. Ciò chiama in causa problemi di selezione e filtraggio, di inclusione ed esclusione, negoziazione di saperi condivisi, all’interno del problema più ampio della produzione del discorso e della cooperazione interpretativa.

Darstellung der Grenze zwischen dem rechten und linken Leberlappen mit 3D-Rekonstruktionen von Spiral-Computertomographien

Zusammenfassung:Hintergrund/Ziel: Die Beschreibung der funktionellen Einteilung der Leber basiert auf dem Schema von Claude de Couinaud. Die Grenze zwischen der rechten und linken Leberhälfte scheint leicht durch die Lage der mittleren Lebervene lokalisierbar. Nach der gängigen Meinung wird diese Grenze nicht durch die Trias aus Pfortader, Arterie und Gallengang überschritten. Es soll untersucht werden, ob die Lage dieser gefäßarmen Zone zwischen den Pfortaderästen benachbarter Segmente von der Lage der Grenzebene durch die mittlere Lebervene abweicht.Methode: Bei 73 Patienten wurden im Rahmen der normalen präoperativen Diagnostik dreiphasige Spiral-CT Untersuchungen durchgeführt. Aus diesen Daten wurden dreidimensionale Rekonstruktionen erzeugt und ausgewertet. Ergebnisse: In der vorliegenden Untersuchung konnte gezeigt werden, dass die mittlere Sektorengrenze unterschiedliche Positionen einnimmt, je nach welchem Gefäßsystem sie bestimmt wird. Die mittlere Sektorengrenze zeigt hierbei einen Unterschied in ihrer Lage von 14,2° im Median. An der ventralen Leberoberfläche liegt die Grenzebene nach der mittleren Lebervene damit rechts lateral der gefäßarmen Zone zwischen den Pfortaderästen.Schlussfolgerung: Der Unterschied der Grenzebenen ist in dreidimensionalen Rekonstruktionen demonstrierbar und findet Anwendung bei der Segmentzuordnung von Läsionen. Diese Rekonstruktionen erleichtern die interdisziplinäre Kommunikation und erlauben eine vereinfachte und möglicherweise präzisere Operationsplanung.

Un metodo multilivello per la semplificazione di mesh poligonali da scanner 3D

L'algoritmo di semplificazione proposto in questa tesi agisce in modo iterativo su due livelli, in una prima fase alla mesh viene applicato un operatore di smoothing e alla mesh così elaborata viene poi applicata la decimazione. L'alternanza di questi due operatori permette di avere mesh semplificate che mantengono però una qualità maggiore rispetto al risultato che si avrebbe invece applicando solo la decimazione. A partire da una mesh ad alta risoluzione, ad ogni iterazione viene quindi creata una mesh con una risoluzione inferiore fino all'ultima iterazione che produce la mesh coarse (a bassa risoluzione) desiderata. Si viene quindi a creare una struttura di semplificazione multilivello, utile in molte applicazioni di computer graphics.