Two component systems: physiological effect of a third component

Signal transduction systems mediate the response and adaptation of organisms to environmental changes. In prokaryotes, this signal transduction is often done through Two Component Systems (TCS). These TCS are phosphotransfer protein cascades, and in their prototypical form they are composed by a kinase that senses the environmental signals (SK) and by a response regulator (RR) that regulates the cellular response. This basic motif can be modified by the addition of a third protein that interacts either with the SK or the RR in a way that could change the dynamic response of the TCS module. In this work we aim at understanding the effect of such an additional protein (which we call ‘‘third component’’) on the functional properties of a prototypical TCS. To do so we build mathematical models of TCS with alternative designs for their interaction with that third component. These mathematical models are analyzed in order to identify the differences in dynamic behavior inherent to each design, with respect to functionally relevant properties such as sensitivity to changes in either the parameter values or the molecular concentrations, temporal responsiveness, possibility of multiple steady states, or stochastic fluctuations in the system. The differences are then correlated to the physiological requirements that impinge on the functioning of the TCS. This analysis sheds light on both, the dynamic behavior of synthetically designed TCS, and the conditions under which natural selection might favor each of the designs. We find that a third component that modulates SK activity increases the parameter space where a bistable response of the TCS module to signals is possible, if SK is monofunctional, but decreases it when the SK is bifunctional. The presence of a third component that modulates RR activity decreases the parameter space where a bistable response of the TCS module to signals is possible.

Self-navigated isotropic three-dimensional cardiac T2 mapping.

PURPOSE: To implement and characterize an isotropic three-dimensional cardiac T2 mapping technique. METHODS: A self-navigated three-dimensional radial segmented balanced steady-state free precession pulse sequence with an isotropic 1.7-mm spatial resolution was implemented at 3T with a variable T2 preparation module. Bloch equation and Monte Carlo simulations were performed to determine the influence of the heart rate, B1 inhomogeneity and noise on the T2 fitting accuracy. In a phantom study, the accuracy of the pulse sequence was studied through comparison with a gold-standard spin-echo T2 mapping method. The robustness and homogeneity of the technique were ascertained in a study of 10 healthy adult human volunteers, while first results obtained in patients are reported. RESULTS: The numerical simulations demonstrated that the heart rate and B1 inhomogeneity cause only minor deviations in the T2 fitting, whereas the phantom study showed good agreement of the technique with the gold standard. The volunteer study demonstrated an average myocardial T2 of 40.5 ± 3.3 ms and a <15% T2 gradient in the base-apex and anterior-inferior direction. In three patients, elevated T2 values were measured in regions with expected edema. CONCLUSION: This respiratory self-navigated isotropic three-dimensional technique allows for accurate and robust in vitro and in vivo T2 quantification. Magn Reson Med 73:1549-1554, 2015. © 2014 Wiley Periodicals, Inc.

Mise en pratique d'un support de cours dans le cadre d'une formation spécialisée en santé au travail à la Faculté des sciences de la santé, Université d'Abomey Calavi, Cotonou, Bénin

La promotion de la santé au travail, le transfert de connaissances et l'échange d'expériences font partie, entre autres, des missions de l'Institut universitaire romand de Santé au Travail (IST). La collaboration entre un pays industrialisé et un pays en voie de développement peut fortement contribuer à la prise de conscience d'un concept important comme celui de la santé au travail. Au Bénin, une formation spécialisée en santé au travail a été mise en place depuis une dizaine d'années. Pour soutenir ses activités de coopération, l'IST a développé, avec le soutien de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) et avec le concours du Service de toxicologie industrielle et des pollutions intérieures de l'Etat de Genève (STIPI), le livre « Introduction à l'hygiène du travail ». Ce document représente un support de cours utile pour former des spécialistes et des intervenants en santé et sécurité au travail qui ne sont pas hygiénistes du travail. Il a été imprimé en 2007 à grande échelle dans la série « Protecting workers' health » de l'OMS et est accessible électroniquement sur le site de l'OMS. Le but de ce travail de diplôme est de mettre en pratique et d'évaluer ce support de cours dans le cadre d'une formation spécialisée en Santé au Travail à la Faculté des Sciences de la Santé de l'Université d'Abomey Calavi à Cotonou, Bénin. Le module d'hygiène du travail a été donné sur une semaine de cours. La semaine était composée de cours théoriques, de visites d'entreprises ainsi que d'un examen d'évaluation en fin de semaine. Globalement, malgré la densité du cours, les messages importants du module ont été acquis. Le support du cours est un outil permettant de transmettre les bases d'une discipline importante dans le domaine de la santé au travail, notamment dans un pays où la législation est encore balbutiante.

Feministisen tutkimuksen ja valtavirran sukulaisuussuhteet kansanivälisen politiikan tieteenalalla

English abstract: Familiar relationships between feminist and mainstream IR

UMTS-radioverkon ja GSM-runkoverkon yhdistävän moduulin järjestelmätestaus

Tämän diplomityön aiheena oli tutkia ATM-moduulin järjestelmätestaustarpeita. ATM-moduuli on osa Nokian kolmannen generaation matkapuhelinverkkoarkkitehtuuria. Työ tehtiin Nokia Networks Oyj:lle MSC&HLR-tuotelinjan järjestelmätestausjaokselle. Työssä käsitellään aluksi GSM- ja UMTS-verkkojen arkkitehtuureja, protokollia ja toimintoja, sekä tutustutaan ATM-tekniikkaan, jota käytetään UMTS-liityntäverkon tiedonvälityksessä. Tämän jälkeen perehdytään ATM-moduulin rakenteeseen ja toimintoihin. Työssä perehdytään järjestelmätestauksen eri osa-alueisiin, niiden testilaitteille asettamiin vaatimuksiin sekä hahmotellaan järjestelmätestauksen päälinjoja.

Ostoreskontra –moduulin suunnittelu ja toteutus Sähkömies –taloushallinto-ohjelmistoon

Sähkömies -taloushallinto-ohjelmisto on pienille sähköalan yrityksille suunnattu valmisohjelmisto. Se on tarkoitettu tehostamaan talous- ja materiaalihallinnon tehtäviä yrityksessä. Tämän työn tavoitteena oli suunnitella ja toteuttaa ostoreskontra –moduuli Sähkömies –taloushallinto-ohjelmistoon. Ostoreskontra -ominaisuuden lisääminen ohjelmistoon on saanut alkunsa useiden asiakkaiden palautteesta saada automatisoitua yrityksen ostoreskontra -toiminto. Samalla ohjelmistosta saadaan kilpailukykyisempi tuote sähköalalla. Työssä on ensiksi tutkittu ostoreskontran yleistä toimintamallia. Ohjelmiston kehitysprosessissa on sovellettu vesiputous –ohjelmistoprosessimallia. Ostoreskontra –moduulin vaatimukset on määritelty yhdessä avainasiakkaiden kanssa. Ohjelmiston toiminnallisuuden määrittelyssä on käytetty use case –menetelmää. Vaatimusmäärittelyyn ja toiminnalliseen määrittelyyn perustuen on suunniteltu tietokantataulut, käyttöliittymälomakkeet sekä tehty ohjelmamäärittelyt. Ohjelmiston toteutukseen on käytetty Visual Basic –sovelluskehitintä sekä Access 2000 –tietokanta-ohjelmistoa.Työn lopullista onnistumista on vielä aikaista arvioida, koska ohjelmiston ostoreskontra –moduulin sisältävää versiota ei ole vielä toimitettu asiakkaille. Lupaavaa palautetta on kuitenkin tullut projektissa tiiviisti mukana olleilta asiakkailta.

Tuotetiedon hallinta tuotekehitysprosessissa

Kilpailukyvyn ylläpitäminen alati kiristyvässä markkinatilanteessa asettaa uusia vaatimuksia yritysten tuotestrategian muodostamisen ohella niiden tuotetiedon hallintaan. Tuotetietoon ja sen hallintaan sekä tiedon kulkuun täytyy kiinnittää yhä enemmän huomiota, jotta pystytään takaamaan markkinoinnin ja tuotannon ajantasaisen ja virheettömän tiedon saanti. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tehdä esiselvitys teollisuustuotantoa harjoittavan yrityksen tuotetiedon hallinnan tarpeista tuotetiedon kartoituksesta saadun tiedon ja teoriatiedon avulla. Esiselvityksen on tarkoitus toimia päätöksenteon apuna päätettäessä uudesta tuotestrategiasta ja tuotetiedon hallinnan organisoimisesta sekä tarvittavien järjestelmien hankinnoista. Tutkimuksen tarkoituksena ei ole antaa yksityiskohtaisia ohjeita yritykselle, vaan suosituksia tuotestrategiaa päätettäessä sekä huomioon otettavia seikkoja CAD- ja PDM-järjestelmien valintoja suoritettaessa.

Educational intervention for parents of adolescents with chronic illness: a pre-post test pilot study.

OBJECTIVE: This pilot experimental study tested the feasibility and intended effect of an educational intervention for parents to help them assist their adolescent child with chronic illness (CI) in becoming autonomous. METHODS: A two-phase pre-post pilot intervention study targeting parents of adolescents with CI was conducted. Parents were allocated to group 1 and 2 and received the four-module intervention consecutively. Intended effect was measured through online questionnaires for parents and adolescents before, at 2 months after, and at 4-6 months after the intervention. Feasibility was assessed through an evaluation questionnaire for parents. RESULTS: The most useful considered modules concerned the future of the adolescent and parents and social life. The most valued aspect was to exchange with other parents going through similar problems and receiving a new outlook on their relationship with their child. For parents, improvement trends appeared for shared management, parent protection, and self-efficacy, and worsening trends appeared for coping skills, parental perception of child vulnerability, and parental stress. For adolescents, improvement trends appeared for self-efficacy and parental bonding and worsening trends appeared for shared management and coping skills. CONCLUSION: Parents could benefit from peer-to-peer support and education as they support the needed autonomy development of their child. Future studies should test an online platform for parents to find peer support at all times and places.

Palkanlaskentajärjestelmän kehittäminen

Työn tavoitteena oli selvittää palkanlaskennan nykytilaa ja sen uudistamisen mahdollisuuksia etenkin SAP HR-ohjelmiston valossa. Ensin selvitettiin palkanlaskentaan ja sovellushankintaan liittyviä vaatimuksia kirjallisuuden avulla. Tämän jälkeen tutustuttiin palkanlaskennan nykytilaan haastattelujen, prosessikuvausten ja sisäisten dokumenttien avulla. SAP HR-ohjelmistoon tutustuttiin siihen liittyneiden työtehtävien, erilaisten koulutusmateriaalien ja esittelyiden avulla. Yrityksessä on jo aiemmin yritetty korvata henkilöstö- ja palkanlaskentajärjestelmiä, mutta projekti keskeytettiin. SAP HR-ohjelmiston henkilöstöhallinto-osuutta ollaan ottamassa käyttöön koko yrityksen laajuudessa. Palkanlaskentajärjestelmä vaatii pikaista uusintaa vanhan teknologian ja suuren henkilöriippuvuuden takia. Nykyiset työajanhallinnan ja palkanlaskennan prosessit yrityksessä ovat tiukasti sidottuja nykyisten järjestelmien kanssa ja uuden järjestelmän käyttöönotto vaatii muutoksia koko ketjuun työvuorojen suunnittelusta palkanlaskentaan ja raportointiin asti. Johtopäätöksenä todetaan SAP HR:n palkanlaskennan soveltuvan yrityksen palkanlaskentaan ja tarjoavan monia uusia mahdollisuuksia. Suurimmat mahdollisuudet liittyvät kokonaisten prosessiketjujen läpinäkyvyyteen ja parempaan ohjailtavuuteen. Tämä kuitenkin vaatii nykyistä tarkempaa sisäisten prosessien selvittämistä, SAP HR-palkanlaskennan kyvykkyyden tarkempaa tutkimisia, vaihtoehtoisten ohjelmien vertailua sekä ennen kaikkea valmiutta muuttaa nykyisiä prosesseja.

IP Multicast in Future Mobile Networks

Erilaisten IP-pohjaisten palvelujen käyttö lisääntyy jatkuvasti samalla, kun käyttäjistä tulee yhä liikkuvaisempia. Tästä syystä IP- protokolla tulee väistämättä myös mobiiliverkkoihin. Tässä diplomityössä tutkitaan mobiliteetin IP multcastingiin tuomia ongelmia ja simuloidaan niitä Network Simulatoria käyttäen. Pääpaino on ongelmalla, joka aiheutuu multicast- ryhmänmuodostusviiveestä. Tätä ongelmaa simuloidaan, jotta viiveen, mobiilikäyttäjien palveluunsaapumistaajuuden ja Scalable Reliable Multicast (SRM) protokollan ajastinarvojen asetusten vaikutus repair request- pakettien määrään ja sitä kautta suoritettavien uudelleenlähetysten määrään selviäisi. Eri parametrien vaikutuksen tutkimiseksi esitetään simulaatiotuloksia varioiduilla parametreillä käyttäen CDF- käyriä. Tulosten perusteella merkittävin tekijä uudelleenlähetyspyyntöjen kannalta on protokollan ajastimien arvot ja haluttu palvelun taso, viiveen merkityksen jäädessä vähäiseksi. Työn lopuksi tutkitaan SRM- protokollan soveltuvuutta mobiiliverkkoihin ja pohditaan vaihtoehtoja toiminnan parantamiseksi.

Web user interface architecture for advanced planning and scheduling systems Case: Nokia Demand / Supply Planning Applications

In modem hitec industry Advanced Planning and Scheduling (APS) systems provide the basis for e-business solutions towards the suppliers and the customers. One objective of this thesis was to clarify the modem supply chain management with the APS systems and especially concentrate on the area of Collaborative Planning. In order Advanced Planning and Scheduling systems to be complete and usable, user interfaces are needed. Current Visual Basic user interfaces have faced many complaints and arguments from the users as well as from the development team. This thesis is trying to analyze the reasons and causes for the encountered problems and also provide ways to overcome them. The decision has been made to build the new user interfaces to be Web-enabled. Therefore another objective of this thesis was to research and find suitable technologies for building the Web-based user interfaces for Advanced Planning and Scheduling Systems in Nokia Demand/Supply Planning business area. Comparison between the most suitable technologies is made. Usability issues of Web-enabled user interfaces are also covered. The empirical part of the thesis includes design and implementation of a Web-based user interface with the chosen technology for a particular APS module that enables Collaborative Planning with suppliers.

Teollisuusyrityksen ekstranet –ratkaisut asiakaspalvelutoiminnan kehittämiseksi

Työssä tarkastellaan sähköisen liiketoiminnan ja asiakaspalvelutoiminnan työvälineenä käytettävän ekstranet–verkon sovellus- ja hyötypotentiaalia teollisuusyrityksissä. Lisäksi selvityksen kohteena ovat ekstranet –palvelu-kanavien strateginen suunnittelu ja kehitys yrityksissä sekä niiden liike-toiminnalliset vaikutukset. Tarkastelun kohteena on esimerkkiyrityksen ekstranet–palvelujärjestelmä ja siinä toimivat sovellukset toiminta-ominaisuuksineen. Lähitarkastelussa on yrityksen yhden ekstranet –moduulin konseptin kehittäminen, joka liittyy uuden sovelluksen pilottikehitys-hankkeeseen, jossa asiakkaalle on tarkoitus tarjota teknistä tukea ns. etädiagnostiikan avulla. Etäseurannan kohteena tässä moduulissa ovat asiakkaan liimausprosessin parametrit, jotka kuvaavat toimittajan liima-aineiden käyttäytymistä asiakkaan prosessissa. Parametritietojen siirtämisen relevanttiutta sekä asiakkaan prosessin problematiikkaa on selvitetty haastattelemalla yrityksen tuotekehityksen ja teknisen asiakaspalvelun avainhenkilöitä. Välittämällä asiakkaan prosessia koskevia tietoja ekstranetiin ja hyväksikäyttämällä niitä päästään merkittäviin molemminpuolisiin tehokkuus- ja kilpailuetuihin sekä kasvavaan asiakasuskollisuuteen. Työn tuloksena on esitetty kehitettävän sovelluksen konsepti, joka voi määritellä ennakkotiedot sitä rakentavalle ASP-toimittajalle sekä toimia vakiomallina sovelluksen käyttökohteita laajennettaessa.

Kalvojen vertailu heran nanosuodatuksessa

Työssä verrattiin kaupallisia nanosuodatuskalvoja heran konsentroinnissa. Tutkitut kalvot olivat Desal-5 DK, NF45 ja Koch SR1. NF45-kalvosta tutkittiin kahta eri sukupolven kalvoa. Konsentrointiajoja tehtiin sekä laboratoriomittakaavan levysuotimella että pilot-mittakaavan spiraalimoduulilaitteella. Lisäksi tutkittiin juoksute- ja happoheran konsentrointien eroja. Erityistä huomiota kiinnitettiin permeaattivuon arvoihin konsentroinnissa ja kalvojen suolojen ja laktoosin pidätyskykyyn. NF45-kalvon uuden sukupolven malli osoittautui mittauksissa samankaltaiseksi suolojen ja laktoosin pidätyskyvyltään kuin Desal-5 DK. Koch SR1-kalvo, jonka suolojen ja laktoosin pidätyskyky on Desal-5 DK-kalvoa heikompi, puolestaan vastaa ominaisuuksiltaan NF45 vanhan sukupolven kalvoa. Vanhan sukupolven NF45-kalvon valmistus on loppunut keväällä 2000. Vaihdettaessa vanhan sukupolven NF45-kalvot uuden sukupolven kalvoihin on odotettavissa pienemmät permeaattivuot ja suuremmat suolojen ja laktoosin retentiot kuin aiemmin NF45-kalvolla. Juoksuteheran konsentroinnissa suurimmat permeaattivuot saatiin Koch SR1-kalvolla. Levysuotimella ja spiraalimoduulilla saadaan koostumukseltaan samanlainen juoksuteheratiiviste. Levysuotimella permeaattivuot ovat samalla konsentrointikertoimella suuremmat kuin spiraalimoduulilla. Tämä johtuu spiraalimoduuliin jäävistä kuolleista alueista, joissa ei ole virtausta. Uutta prosessia suunniteltaessa voidaan käyttää laboratoriomittakaavan levysuodinkokokeita, kun halutaan tietoa saatavan tuotteen koostumuksesta. Prosessin tuotantokapasiteetin arvioimiseen tarvitaan pilot-mittakaavan spiraalimoduulikokeita. Happoheratiiviste sisältää enemmän suoloja kuin samalla kalvolla valmistettu juoksuteheratiiviste. Tämä johtuu happoheran juoksuteheraa suuremmasta suolapitoisuudesta. Lisäksi happoheran konsentroinnin permeaattivuo on pienempi kuin juoksuteheran permeaattivuo, sillä happoheran alhainen pH, noin 4,5, vaikuttaa kalvon permeabiliteettiin heikentävästi.

Asiakaslähtöisen kombipatatuotannon tehostaminen tuotevalikoimaa moduloimalla

Työn tavoitteena oli tehostaa asiakaslähtöistä kombipatatuotantoa moduloimalla tuotevalikoimaa. Työ tehtiin Hackman Metos Oy:lle Keravalla, liittyen Innovative Cooking-osaston tuotannon tehostamishankkeeseen. Työssä lähdettiin liikkeelle tutustuen yrityksen nykyisiin tuotteisiin sekä tuotantoon. Perehtymisen jälkeen etsittiin sopivia modulointimenetelmiä, joilla työn tavoitteena oleva perusmoduulien määrittäminen pystyttäisiin toteuttamaan. Modulointimenetelmien vertailu ja modulointityökalun valinta perustui kirjallisuuteen ja kirjallisuudessa esitettyihin tuloksiin. Valittuja modulointimenetelmiä vertailtiin keskenään ja niistä pyrittiin valitsemaan parhaiten soveltuva vaihtoehto. Työn monipuolisen tarkastelun vuoksi päädyttiin etenemään käyttäen kahta menetelmää, MFD-menetelmää sekä moduuliheuristiikkaa. Nämä menetelmät täydensivät hyvin toisiaan suurien moduulijakojen tekemistä silmällä pitäen. Diplomityön tuloksena syntyi moduloinnille ratkaisuehdotus, jossa on esitetty jako perusmoduuleihin sekä ratkaisut tuotannon tehostamiseen. Lisäksi on paneuduttu tarkastelemaan kokoonpanon pullonkaulakohtia ja niiden toimivuuden kehittämistä.

Particle Size Analysis of Pharmaceutical Powders by Laser Diffraction

Raaka-aineen hiukkaskoko on lääkekehityksessä keskeinen materiaaliparametri. Lääkeaineen partikkelikoko vaikuttaa moneen lääketuotteen tärkeään ominaisuuteen, esimerkiksi lääkkeen biologiseen hyväksikäytettävyyteen. Tässä diplomityössä keskityttiin jauhemaisten lääkeaineiden hiukkaskoon määrittämiseen laserdiffraktiomenetelmällä. Menetelmä perustuu siihen, että partikkeleista sironneen valon intensiteetin sirontakulmajakauma on riippuvainen partikkelien kokojakaumasta. Työn kirjallisuusosassa esiteltiin laserdiffraktiomenetelmän teoriaa. PIDS (Polarization Intensity Differential Scattering) tekniikka, jota voidaan käyttää laserdiffraktion yhteydessä, on myös kuvattu kirjallisuusosassa. Muihin menetelmiin perustuvista analyysimenetelmistä tutustuttiin mikroskopiaan sekä aerodynaamisen lentoajan määrittämiseen perustuvaan menetelmään. Kirjallisuusosassa esiteltiin myös partikkelikoon yleisimpiä esitystapoja. Työn kokeellisen osan tarkoituksena oli kehittää ja validoida laserdiffraktioon perustuva partikkelikoon määritysmenetelmä tietylle lääkeaineelle. Menetelmäkehitys tehtiin käyttäen Beckman Coulter LS 13 320 laserdiffraktoria. Laite mahdollistaa PIDS-tekniikan käytön laserdiffraktiotekniikan ohella. Menetelmäkehitys aloitettiin arvioimalla, että kyseinen lääkeaine soveltuu parhaiten määritettäväksi nesteeseen dispergoituna. Liukoisuuden perusteella väliaineeksi valittiin tällä lääkeaineella kyllästetty vesiliuos. Dispergointiaineen sekä ultraäänihauteen käyttö havaittiin tarpeelliseksi dispergoidessa kyseistä lääkeainetta kylläiseen vesiliuokseen. Lopuksi sekoitusnopeus näytteensyöttöyksikössä säädettiin sopivaksi. Validointivaiheessa kehitetyn menetelmän todettiin soveltuvan hyvin kyseiselle lääkeaineelle ja tulosten todettiin olevan oikeellisia sekä toistettavia. Menetelmä ei myöskään ollut herkkä pienille häiriöille.