Special Investigation of the Johnson County Mental Health/Developmental Disabilities Department, June 30, 2002

County Audit Report - Special Investigation

Genetic loci influencing kidney function and chronic kidney disease.

Using genome-wide association, we identify common variants at 2p12-p13, 6q26, 17q23 and 19q13 associated with serum creatinine, a marker of kidney function (P = 10(-10) to 10(-15)). Of these, rs10206899 (near NAT8, 2p12-p13) and rs4805834 (near SLC7A9, 19q13) were also associated with chronic kidney disease (P = 5.0 x 10(-5) and P = 3.6 x 10(-4), respectively). Our findings provide insight into metabolic, solute and drug-transport pathways underlying susceptibility to chronic kidney disease.

[Stade] R[ue] Olivier de Serres [Paris, 15e arrondissement], 1-2-20, [football] association, équipe [de] l'Olympique Lillois : [photographie de presse] / [Agence Rol]

Référence bibliographique : Rol, 57846

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy.

In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.

Implantació ERP SAP R/3 a l'empresa Quimiwork

Implantació ERP SAP R/3 a una organització del sector químic.

Projecte d'implantació del sistema de gestió empresarial SAP R/3

Projecte d'implantació del sistema SAP R/3 que inclou les fases d'anàlisi i de disseny funcional.

Protective Efficacy of Individual CD8+ T Cell Specificities in Chronic Viral Infection.

Specific CD8(+) T cells (CTLs) play an important role in resolving protracted infection with hepatitis B and C virus in humans and lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) in mice. The contribution of individual CTL specificities to chronic virus control, as well as epitope-specific patterns in timing and persistence of antiviral selection pressure, remain, however, incompletely defined. To monitor and characterize the antiviral efficacy of individual CTL specificities throughout the course of chronic infection, we coinoculated mice with a mixture of wild-type LCMV and genetically engineered CTL epitope-deficient mutant virus. A quantitative longitudinal assessment of viral competition revealed that mice continuously exerted CTL selection pressure on the persisting virus population. The timing of selection pressure characterized individual epitope specificities, and its magnitude varied considerably between individual mice. This longitudinal assessment of "antiviral efficacy" provides a novel parameter to characterize CTL responses in chronic viral infection. It demonstrates remarkable perseverance of all antiviral CTL specificities studied, thus raising hope for therapeutic vaccination in the treatment of persistent viral diseases.

Implantació de SAP R/3 a una empresa del sector cerveser

L'objectiu d'aquest TFC és la realització d'un estudi del projecte sobre la implantació d'un sistema de gestió integrat ERP (Enterprise Resource Planning) a una empresa fictícia del sector cerveser CePe (Cerveses Penedès) d'acord amb els objectius estratègics de l'empresa.

Implantació d'un sistema SAP R/3 en una empresa química farmacèutica

Projecte d'implantació d'un sistema de gestió ERP SAP R/3.

Cross-species and cross-platform gene expression studies with the Bioconductor-compliant R package 'annotationTools'.

Background: The variety of DNA microarray formats and datasets presently available offers an unprecedented opportunity to perform insightful comparisons of heterogeneous data. Cross-species studies, in particular, have the power of identifying conserved, functionally important molecular processes. Validation of discoveries can now often be performed in readily available public data which frequently requires cross-platform studies.Cross-platform and cross-species analyses require matching probes on different microarray formats. This can be achieved using the information in microarray annotations and additional molecular biology databases, such as orthology databases. Although annotations and other biological information are stored using modern database models ( e. g. relational), they are very often distributed and shared as tables in text files, i.e. flat file databases. This common flat database format thus provides a simple and robust solution to flexibly integrate various sources of information and a basis for the combined analysis of heterogeneous gene expression profiles.Results: We provide annotationTools, a Bioconductor-compliant R package to annotate microarray experiments and integrate heterogeneous gene expression profiles using annotation and other molecular biology information available as flat file databases. First, annotationTools contains a specialized set of functions for mining this widely used database format in a systematic manner. It thus offers a straightforward solution for annotating microarray experiments. Second, building on these basic functions and relying on the combination of information from several databases, it provides tools to easily perform cross-species analyses of gene expression data.Here, we present two example applications of annotationTools that are of direct relevance for the analysis of heterogeneous gene expression profiles, namely a cross-platform mapping of probes and a cross-species mapping of orthologous probes using different orthology databases. We also show how to perform an explorative comparison of disease-related transcriptional changes in human patients and in a genetic mouse model.Conclusion: The R package annotationTools provides a simple solution to handle microarray annotation and orthology tables, as well as other flat molecular biology databases. Thereby, it allows easy integration and analysis of heterogeneous microarray experiments across different technological platforms or species.

Revisió de la Guia d’avaluació del testimoni en violència de gènere (GAT-VIG-R)

L’actual document és el resultat final d’un treball engegat l’any 2009 per la comunitat de pràctica dels Psicòlegs dels equips d’assessorament tècnic penal arran de la implementació progressiva del programa Compartim, de gestió del coneixement al Departament de Justícia. És en aquest marc de treball col·laboratiu que els psicòlegs dels equips d’assessorament tècnic penal vam decidir que el contingut del producte de coneixement a elaborar havia de centrar-se en una tasca en què tots i totes ens hi sentíssim vinculats i motivats perquè respongués a una necessitat tècnica important: l’anàlisi de la credibilitat dels testimonis en violència de gènere atesa l’increment demanda per part dels òrgans judicials sobre el testimoni en violència de gènere, des de la creació l’any 2004 del Jutjat de Violència vers la Dona. Així és en aquest camp en què decidim, l’any 2009, fer un pas endavant i analitzar en profunditat les tècniques que hi ha actualment sobre l’anàlisi de la credibilitat del testimoni adult en violència de gènere per tal de valorar la seva possible eficàcia i la seva posterior administració mitjançant la revisió de la Guia d’avaluació del testimoni en violència de gènere, instrument de Juárez, J.R., Mateu, A. i Sala, E. el 2007 (publicat pel CEJFE, Departament de Justícia, 2007). Ja el novembre de 2010 publicàvem un primer estudi on es presentaven unes primeres conclusions fetes arran de la revisió de la Guia d’avaluació del testimoni en violència de gènere esmentada. Després d’aquests 3 anys, a hores d’ara ja estem en disposició de poder presentar els resultats d’un treball que, independentment dels seus resultats, de la seva futura aplicació i de la seves possibles repercussions en l’àmbit de la justícia, volem remarcar que és fruit d’un treball conjunt, col·laboratiu i cooperatiu, fruit del debat, de l’intercanvi de coneixements, de la reflexió i de l’optimització tècnica de professionals especialitzats en l’àmbit com són el conjunt dels psicòlegs dels equips d’assessorament tècnic penal de Catalunya. Així en aquest espai s’ha aconseguit el que ja s’havia iniciat a l’anterior estudi: convertir el coneixement implícit en explícit, l’informal en formal, de privat a públic, en definitiva socialitzar i compartir el coneixement dels membres individuals de la comunitat per tal de poder dotar la nostra organització d’un patrimoni intel·lectual col·lectiu de més qualitat i, finalment, poder donar un millor servei públic des de la globalitat del territori. D’aquesta manera, i en la mateixa línia de treball, des de la publicació de l’anterior estudi (novembre 2010) i fins ara, es va continuar amb l’ampliació de la mostra incrementat aquesta de 31 a 83 casos cosa que ja ens permet amb més seguretat dibuixar un perfil sociodemogràfic, psicològic i del testimoni en casos de violència de gènere sobre els quals els òrgans judicials demanen pericials psicològiques de la denunciant.