Multi-scale support vector algorithms for hot spot detection and modelling

The algorithmic approach to data modelling has developed rapidly these last years, in particular methods based on data mining and machine learning have been used in a growing number of applications. These methods follow a data-driven methodology, aiming at providing the best possible generalization and predictive abilities instead of concentrating on the properties of the data model. One of the most successful groups of such methods is known as Support Vector algorithms. Following the fruitful developments in applying Support Vector algorithms to spatial data, this paper introduces a new extension of the traditional support vector regression (SVR) algorithm. This extension allows for the simultaneous modelling of environmental data at several spatial scales. The joint influence of environmental processes presenting different patterns at different scales is here learned automatically from data, providing the optimum mixture of short and large-scale models. The method is adaptive to the spatial scale of the data. With this advantage, it can provide efficient means to model local anomalies that may typically arise in situations at an early phase of an environmental emergency. However, the proposed approach still requires some prior knowledge on the possible existence of such short-scale patterns. This is a possible limitation of the method for its implementation in early warning systems. The purpose of this paper is to present the multi-scale SVR model and to illustrate its use with an application to the mapping of Cs137 activity given the measurements taken in the region of Briansk following the Chernobyl accident.

Targeting the undruggable: immunotherapy meets personalized oncology in the genomic era.

Owing to recent advances in genomic technologies, personalized oncology is poised to fundamentally alter cancer therapy. In this paradigm, the mutational and transcriptional profiles of tumors are assessed, and personalized treatments are designed based on the specific molecular abnormalities relevant to each patient's cancer. To date, such approaches have yielded impressive clinical responses in some patients. However, a major limitation of this strategy has also been revealed: the vast majority of tumor mutations are not targetable by current pharmacological approaches. Immunotherapy offers a promising alternative to exploit tumor mutations as targets for clinical intervention. Mutated proteins can give rise to novel antigens (called neoantigens) that are recognized with high specificity by patient T cells. Indeed, neoantigen-specific T cells have been shown to underlie clinical responses to many standard treatments and immunotherapeutic interventions. Moreover, studies in mouse models targeting neoantigens, and early results from clinical trials, have established proof of concept for personalized immunotherapies targeting next-generation sequencing identified neoantigens. Here, we review basic immunological principles related to T-cell recognition of neoantigens, and we examine recent studies that use genomic data to design personalized immunotherapies. We discuss the opportunities and challenges that lie ahead on the road to improving patient outcomes by incorporating immunotherapy into the paradigm of personalized oncology.

Tuotelanseerausprosessin kehittäminen

Työn lähtökohtana on vuonna 2009 case-yksikölle luotu stage-gate-malli, jonka ymmärtäminen ja käyttö ei ole ollut toivotulla tasolla. Asenteet ja perehdytys tämän mallin käyttöön ovat aiheuttaneet sen, että osa yksikön henkilöstöstä ei tunnista mallin käyttöä omassa työssään, vaikka sitä käytetään jokaisessa tuotekehitysprojektissa. Työn tavoitteena on kuvata case-yksikön stage-gate-mallin etenemistä selkeämmin, jotta se saataisiin tehokkaammin käyttöön koko henkilöstölle, sekä tutkia ovatko eri toimintojen roolitukset mallin mukaan optimaaliset. Tavoitteena on myös tutkia kuinka tiedon tulisi kulkea toimintojen välillä, jotta se olisi mahdollisimman tehokasta. Työtä varten on kerätty kirjallisuusmateriaalia teorian pohjustamiseksi ja haastateltu 14 yksikön toimihenkilöä nykyisten ongelmakohtien kartoittamiseksi. Lisäksi työhön liittyen tehtiin benchmark-haastattelu mahdollisimman lähellä case-yksikön liiketoimintaa olevasta saman yrityksen yksiköstä. Yksikölle luodun stage-gate-mallin tuntemus oli haastattelujen perusteella suhteellisen heikolla tasolla. Vain noin puolet tunnisti sen jokapäiväisessä työskentelyssään. Ongelmakohtia mallin käyttämiseen liittyen ilmeni paljon ja niistä iso osa kohdistui myyntiin, markkinointiin sekä projektipäällikön toimintaan. Havaittujen ongelmien perusteella yksikön roolituksista tehtiin selventävä kaavio, jotta jokaisen on helpompi hahmottaa prosessia. Lisäksi henkilöstön osallistamiseen ja tiedonjakamiseen annettiin kehitysehdotuksia. Näin ollen koko henkilöstö saadaan ymmärtämään mallin vaiheet ja tärkeimpänä, ymmärtämään oman roolinsa kussakin stage-gate-mallin vaiheessa.

Formalizing affordances in situation

The representation of a perceptual scene by a computer is usually limited to numbers representing dimensions and colours. The theory of affordances attempted to provide a new way of representing an environment, with respect to a particular agent. The view was introduced as part of an entire field of psychology labeled as 'ecological,' which has since branched into computer science through the field of robotics, and formal methods. This thesis will describe the concept of affordances, review several existing formalizations, and take a brief look at applications to robotics. The formalizations put forth in the last 20 years have no agreed upon structure, only that both the agent and the environment must be taken in relation to one another. Situation theory has also been evolving since its inception in 1983 by Barwise & Perry. The theory provided a formal way to represent any arbitrary piece of information in terms of relations. This thesis will take a toy version of situation theory published in CSLI lecture notes no. 22, and add to the given ontologies. This thesis extends the given ontologies to include specialized affordance types, and individual object types. This allows for the definition of semantic objects called environments, which support a situation and a set of affordances, and niches which refer to a set of actions for an individual. Finally, a possible way for an environment to change into a new environment is suggested via the activation of an affordance.

Individual Differences in Global/Local Processing Bias and the Attentional Blink

When the second of two targets (T2) is presented temporally close to the first target (T1) in rapid serial visual presentation, accuracy to detect/identify T2 is markedly reduced as compared to longer target separations. This is known as the attentional blink (AB), and is thought to reflect a limitation of selective attention. While most individuals show an AB, research has demonstrated that individuals are variously susceptible to this effect. To explain these differences, Dale and Arnell (2010) examined whether dispositional differences in attentional breadth, as measured by the Navon letter task, could predict individual AB magnitude. They found that individuals who showed a natural bias toward the broad, global level of Navon letter stimuli were less susceptible to the AB as compared to individuals who showed a natural bias toward the detailed, local aspects of Navon letter stimuli. This suggests that individuals who naturally broaden their attention can overcome the AB. However, it was unclear how stable these individual differences were over time, and whether a variety of global/local tasks could predict AB performance. As such, the purpose of this dissertation was to investigate, through four empirical studies, the nature of individual differences in both global/local bias and the AB, and how these differences in attentional breadth can modulate AB performance. Study 1 was designed to examine the stability of dispositional global/local biases over time, as well as the relationships among three different global/local processing measures. Study 2 examined the stability of individual differences in the AB, as well as the relationship among two distinct AB tasks. Study 3 examined whether the three distinct global/local tasks used in Study 1 could predict performance on the two AB tasks from Study 2. Finally, Study 4 explored whether individual differences in global/local bias could be manipulated by exposing participants to high/low spatial frequencies and Navon stimuli. In Study 1, I showed that dispositional differences in global/local bias were reliable over a period of at least a week, demonstrating that these individual biases may be trait-like. However, the three tasks that purportedly measure global/local bias were unrelated to each other, suggesting that they measure unique aspects of global/local processing. In Study 2, I found that individual variation in AB performance was also reliable over a period of at least a week, and that the two AB task versions were correlated. Study 3 showed that dispositional global/local biases, as measured by the three tasks from Study 1, predicted AB magnitude, such that individuals who were naturally globally biased had smaller ABs. Finally, in Study 4 I demonstrated that these dispositional global/local biases are resistant to both spatial frequency and Navon letter manipulations, indicating that these differences are robust and intractable. Overall, the results of the four studies in this dissertation help clarify the role of individual differences in attentional breadth in selective attention.

Inter-temporal Price Discrimination when Imports are Restricted by Quotas

A dominant firm holding import quota engages in inter-temporal price discrimination when facing a competitive fringe engaged in seasonal production. This causes a welfare loss that comes in addition the loss attributable to limitation of imports below the free trade level.

Impacts de l'action du groupe environnemental Eau Secours! sur les politiques québécoises relatives à l'eau

Cet essai vise à mesurer la portée, sur les décisions politiques, de l’action d’un groupe environnemental qui se préoccupe de dossiers liés à l’eau. Le groupe à l’étude, appelé Eau Secours! est un groupe d’intérêt public qui a vu le jour en 1997. Nous proposons de vérifier si les actions du groupe lui permettent d’atteindre ses objectifs et nous tenterons ensuite d’examiner son répertoire d’actions. L’analyse de quatre dossiers est privilégiée : la privatisation de la gestion des eaux municipales, l’exportation massive d’eau à l’extérieur du Québec, le programme de construction de mini-centrales hydroélectriques privées, et l’élaboration d’une politique de l’eau en accord avec les principes du développement durable. Les résultats de l’étude montrent que l’utilisation par le groupe environnemental des médias de masse et le recours à des réseaux lui ont permis d’obtenir des effets positifs en ce qui a trait aux décisions gouvernementales. Cependant la participation du groupe à une consultation publique a entraîné des résultats mitigés. De manière générale, cette étude de cas montre la complexité de la relation entre un groupe environnemental et des acteurs gouvernementaux engagés à différents niveaux.

Juger les lois la légitimité démocratique et la fonction du contrôle judiciaire de constitutionnalité

"Thèse présentée à la Faculté des études supérieures en vue de l'obtention du grade de doctorat en droit (LL.D.)"

Optimisation de la domiciliation des cellules CD34+ de sang de cordon ombilical: élucider les mécanismes en cause dépendant du CXCR4.

Le sang provenant d’un cordon ombilical (SCO) représente une bonne source de cellules souches hématopoïétiques (CSH) pour des transplantations. Cependant, le nombre de cellules souches contenues dans ce sang est souvent insuffisant pour greffer un adulte. Le mécanisme intervenant dans la domiciliation de ces cellules au sein de la moelle osseuse (MO) est encore mal compris. On sait que l’interaction entre la chimiokine SDF-1 et le récepteur CXCR4, présent sur les cellules CD34+ de SCO, mène à la migration de ces cellules en direction de la MO. Nous pensons que l’augmentation de la proportion de cellules qui réussit à se greffer pourra pallier au problème du nombre. Les produits de dégradation, C3a et le C3desarg,, issus du système du complément, sont connus pour favoriser la réponse de cellules exprimant CXCR4 vers SDF-1. Nous avons analysé l’effet du C3adesarg, molécule non anaphylatoxique, sur la migration cellulaire vers SDF-1, de même que sur la prise de greffe des cellules CD34+ issues de SCO suite à une transplantation sur des souris NOD/SCIDyC-. Nos expériences ont démontré que le C3a ainsi que le C3adesarg augmentaient tous les deux la réponse des cellules CD34+ vers SDF-1. Toutefois, nous n’avons pas pu démontrer que ces molécules liaient directement le récepteur CXCR4. Par contre, le composé C3adesarg favorise la prise de greffe des cellules CD34+ de SCO. Il serait donc un bon candidat pour poursuivre une optimisation de ses propriétés. Nous avons également constaté que suite à une transplantation chez la souris, les cellules CD34+ de SCO subissent une hausse d’expression transitoire de leur CXCR4 environ quatre jours après la greffe. Cette hausse d’expression coïncide avec la multiplication des cellules CD34+ dans la MO. Nous avons également confirmé qu’une cellule CD34+ avec une forte expression de CXCR4 était dans un état prolifératif. Nos données suggèrent que l’interaction directe avec les cellules stromales soit responsable de cette hausse d’expression de CXCR4.

Didactique des grandeurs en mesure et élèves en difficulté d'apprentissage du 2e cycle du primaire

Le programme -Une école adaptée à tous ses élèves-, qui s'inscrit dans la réforme actuelle de l'éducation au Québec, nous a amenée à nous intéresser aux représentations dans les grandeurs en mesure en mathématiques des élèves en difficulté d'apprentissage. Nous nous sommes proposés de reconduire plusieurs paramètres de la recherche de Brousseau (1987, 1992) auprès de cette clientèle. La théorie des champs conceptuels (TCC) de Vergnaud (1991), appliquée aux structures additives, a été particulièrement utile pour l'analyse et l'interprétation de leurs représentations. Comme méthode de recherche, nous avons utilisé la théorie des situations didactiques en mathématiques (TSDM), réseau de concepts et de méthode de recherche appuyé sur l'ingénierie didactique qui permet une meilleure compréhension de l'articulation des contenus à enseigner. Grâce à la TSDM, nous avons observé les approches didactiques des enseignants avec leurs élèves. Notre recherche est de type exploratoire et qualitatif et les données recueillies auprès de 26 élèves de deux classes spéciales du deuxième cycle du primaire ont été traitées selon une méthode d'analyse de contenu. Deux conduites ont été adoptées par les élèves. La première, de type procédural a été utilisée par presque tous les élèves. Elle consiste à utiliser des systèmes de comptage plus ou moins sophistiqués, de la planification aux suites d'actions. La deuxième consiste à récupérer directement en mémoire à long terme le résultat associé à un couple donné et au contrôle de son exécution. L'observation des conduites révèle que les erreurs sont dues à une rupture du sens. Ainsi, les difficultés d'ordre conceptuel et de symbolisation nous sont apparues plus importantes lorsque l'activité d'échange demandait la compétence "utilisation" et renvoyait à la compréhension de la tâche, soit les tâches dans lesquelles ils doivent eux-mêmes découvrir les rapports entre les variables à travailler et à simuler les actions décrites dans les énoncés. En conséquence, les problèmes d'échanges se sont révélés difficiles à modéliser en actes et significativement plus ardus que les autres. L'étude des interactions enseignants et élèves a démontré que la parole a été presque uniquement le fait des enseignants qui ont utilisé l'approche du contrôle des actes ou du sens ou les deux stratégies pour aider des élèves en difficulté. Selon le type de situation à résoudre dans ces activités de mesurage de longueur et de masse, des mobilisations plurielles ont été mises en oeuvre par les élèves, telles que la manipulation d'un ou des étalon(s) par superposition, par reports successifs, par pliage ou par coupure lorsque l'étalon dépassait; par retrait ou ajout d'un peu de sable afin de stabiliser les plateaux. Nous avons également observé que bien que certains élèves aient utilisé leurs doigts pour se donner une perception globale extériorisée des quantités, plusieurs ont employé des procédures très diverses au cours de ces mêmes séances. Les résultats présentés étayent l'hypothèse selon laquelle les concepts de grandeur et de mesure prennent du sens à travers des situations problèmes liées à des situations vécues par les élèves, comme les comparaisons directes. Eles renforcent et relient les grandeurs, leurs propriétés et les connaissances numériques.

Étude du rôle de la dopamine et de la sérotonine dans l’effet atténuateur des antipsychotiques et de l’OSU-6162 sur la récompense induite par la stimulation du faisceau médian prosencéphalique chez le rongeur

La voie mésocorticolimbique est constitutée d’un ensemble d’éléments nerveux issus de l’aire tegmentaire ventrale mésencéphalique et projettant vers des régions corticales et sous-corticales. Les neurones à dopamine (DA) qui en font partie modulent plusieurs fonctions cognitives dont l’attention, l’apprentissage et la récompense. L’activité nerveuse des cellules à DA augmente lorsque l’organisme anticipe et reçoit une récompense, ainsi qu’au cours de la phase d’apprentissage des comportements d’appétence. Or, si l’activité dopaminergique de la voie mésocorticolimbique est désordonnée, voire aberrante, des stimuli neutres deviennent saillants et prennent une signification erronée. Cette anomalie fonctionnelle du système dopaminergique pourrait être à l’origine des symptômes psychotiques observés dans la schizophrénie. Cette hypothèse est renforcée par le fait que les médicaments antipsychotiques efficaces ont tous une activité antagoniste aux récepteurs à DA de type 2 (D2); les antipsychotiques dits classiques (i.e. halopéridole) possèdent une forte affinité pour les récepteurs D2 tandis que les antipsychotiques dits atypiques (i.e. clozapine) présentent une plus forte affinité pour les récepteurs à sérotonine de type 2a (5-HT2a) que pour les récepteurs D2. Les antipsychotiques atypiques semblent plus efficaces contre les symptômes négatifs (i.e. anhédonie) de la schizophrénie et induisent moins d’effets moteurs extrapyramidaux et de dysphorie que les antipsychotiques classiques. Il a été proposé que l’efficacité des antipsychotiques atypiques soit expliqué par leur double action antagoniste aux récepteurs 5-HT2a et D2. Afin de mieux comprendre les mécanismes de ces médicaments, nous avons étudié leurs effets sur la récompense en utilisant le modèle d’autostimulation intracérébrale (ASI) chez le rongeur. Le but de la première étude était d’évaluer l’effet d’un antagoniste sélectif des récepteurs 5-HT2a, le M100907, sur la récompense et sur l’atténuation de la récompense induite par l’halopéridole. L’hypothèse était que l’atténuation de la récompense induite par l’ajout du M100907 à l’halopéridole serait similaire à celle induite par la clozapine. Dans une seconde étude, l’effet sur la récompense d’un agoniste partiel aux récepteurs D2, l’OSU-6162, a été caractérisé sous deux conditions : i) en condition de base et ii) lorsque la neurotransmission dopaminergique est altérée par l’administration systémique de quinpirole, un agoniste des récepteurs D2/D3. Les hypothèses étaient que l’OSU-6162 i) atténuerait la récompense induite par la stimulation et ii) empêcherait l’atténuation et la facilitation de la récompense induites par le quinpirole. Les données obtenues montrent que le M100907 n’altère pas la récompense par lui-même mais réduit l’atténuation de la récompense induite par l’halopéridole. La co-administration du M100907 et de l’halopéridole induit une atténuation de la récompense d’amplitude similaire à celle induite par la clozapine, ce qui suggère que l’activité antagoniste aux récepteurs 5-HT2a de la clozapine contribue à son efficacité. Les données de la seconde étude montrent que l’OSU-6162 atténue la récompense, de manière dose-dépendante, ainsi que la facilitation, mais pas l’atténuation de la récompense induite par le quinpirole. Cette dernière observation suggère que l’OSU-6162 agit comme un antagoniste fonctionnel aux récepteurs D2 post-synaptiques. Un ensemble de données suggèrent que le comportement d’ASI constitue un modèle valide permettant d’évaluer l’efficacité antipsychotique potentielle de nouvelles molécules. Le comportement d’ASI est atténué par les antipsychotiques cliniquement efficaces mais est peu ou pas modifié par des molécules dépourvues d’activité antipsychotique. Les données obtenues dans cette thèse permettent de supposer que l’OSU-6162 possède une activité antipsychotique de nature atypique, et cela sans altérer la neurotransmission sérotoninergique.

Pour un dialogue entre transcendance et immanence : une analyse du concept de justice chez Lévinas

Plusieurs critiques ont été adressées à Lévinas quant à la difficulté de conjuguer le caractère infini de la responsabilité éthique, qu’il présente comme condition de possibilité de l’expérience, et la mesure de l’obligation envers autrui qui naît inévitablement dans le politique. En effet, la distinction semble si prononcée entre l’obligation éthique transcendante envers l’autre et la logique politique, univers de sens associé à l’ontologie et présenté comme violent et immanent, que l’éthique peut apparaître compromise dès qu’elle est exprimée dans un contexte social. En réponse à ces difficultés, ce mémoire vise à démontrer qu’en dépit de leur opposition fondamentale, l’ordre éthique et l’ordre ontologico-politique font partie d’une structure unique. À la lumière de l’entrée en scène du tiers et de la nécessité de justice qui l’accompagne, l’existence d’un carrefour entre ces couches de significations distinctes, mais interdépendante, peut être illustrée. De fait, la justice constitue un concept amphibologique chez Lévinas qui, participant à la fois de l’éthique et du politique, permet de mettre au jour l’ancrage a priori social de l’éthique. Cette étude présentera des réflexions critiques reliées à la discipline juridique et aux droits de l’homme, qui démontreront comment la pensée de Lévinas non seulement peut, mais doit s’ouvrir à une expression sociale.

Une urbanisation de corps et d'esprit : sécurité, civilisation et rendement dans une favela de Rio de Janeiro

Ce mémoire interroge l’histoire, l’articulation pratique et les effets de ce que l’on appelle actuellement au Brésil «l’urbanisation intégratrice», un type d’intervention étatique dans les favelas (bidonvilles) de Rio de Janeiro. Il s’agit d’une énième tentative de régler le «problème de la favela», consistant en l’urbanisation de son territoire (insertion d’infrastructure publique, consolidation du cadre bâti) et la légalisation de son statut et de ses pratiques (octroi de droits de propriété foncière et insertion de règlementation publique). Officiellement, c’est une manière de mettre fin à l’exclusion dont les populations faveladas sont victimes depuis l’apparition des favelas à Rio. L’analyse est faite à partir de l’étude du PAC-Favelas, un programme du gouvernement fédéral lancé en 2008, et son application dans la favela Rocinha. Il est proposé de considérer l’urbanisation intégratrice en tant que dispositif sécuritaire ou biopolitique, c’est-à-dire en tant qu’appareil de gouvernement de la population locale. À travers le projet, on planifie de formaliser les conduites, d’accroître la circulation des ressources, de transformer les perceptions des résidents, de contenir les excès et les risques associés à la favela et de tendre vers la prise en charge entièrement planifiée – en un mot, d’assurer le passage vers l’intervention permanente. Concrètement, cela revient pour l’État à procéder à une sélection, par des moyens légitimés ou indirects (le plan, la loi, le marché), des individus et des pratiques désormais admissibles sur le territoire. L’espace se raréfie, le contrôle augmente et les prix montent : ne peut demeurer que celui qui a déjà atteint un certain niveau de stabilité, reléguant les plus précaires à devoir progressivement quitter le territoire. Urbaniser la Rocinha, c’est un peu forcer son embourgeoisement en la rendant enfin sécurisée, civilisée et rentable.

Vers une politique de conciliation travail- famille au Québec : des enjeux complexes et en évolution

Au cours des dernières décennies, le thème de la conciliation travail-famille s’est taillé une place importante dans le discours populaire, médiatique et politique tant au Québec, dans les pays industrialisés que dans les organismes internationaux. L’expression désigne les défis que posent pour les individus, les couples, les familles, les milieux de travail et la société en général la relation nouvelle qui s’est développée entre ces deux sphères de vie avec le passage d’une société industrielle à une société dite postindustrielle. Ces défis perçus, ressentis, identifiés et définis différemment par l’un ou l’autre de ces acteurs se sont traduits par l’inscription de cette question à l’agenda politique des gouvernements, ici comme ailleurs. L’objet de la recherche est de comprendre les dynamiques entourant le développement des actions de l’État québécois sur le thème de la conciliation travail-famille. La recherche s’intéresse aux acteurs (Intérêts) qui ont participé aux processus de développement des mesures de conciliation travail-famille et au contexte Institutionnel qui encadre leurs interactions avec les décideurs. À ce titre, la recherche permet de vérifier si le développement de la politique familiale québécoise peut être situé dans ce qui a été désigné comme le « modèle québécois de développement ». La variable « Idée » complète le cadre théorique de l’analyse du développement de la politique de conciliation travail-famille au Québec selon l’approche dite « des 3 I ».

Amélioration de l'exactitude de l'inférence phylogénomique

L’explosion du nombre de séquences permet à la phylogénomique, c’est-à-dire l’étude des liens de parenté entre espèces à partir de grands alignements multi-gènes, de prendre son essor. C’est incontestablement un moyen de pallier aux erreurs stochastiques des phylogénies simple gène, mais de nombreux problèmes demeurent malgré les progrès réalisés dans la modélisation du processus évolutif. Dans cette thèse, nous nous attachons à caractériser certains aspects du mauvais ajustement du modèle aux données, et à étudier leur impact sur l’exactitude de l’inférence. Contrairement à l’hétérotachie, la variation au cours du temps du processus de substitution en acides aminés a reçu peu d’attention jusqu’alors. Non seulement nous montrons que cette hétérogénéité est largement répandue chez les animaux, mais aussi que son existence peut nuire à la qualité de l’inférence phylogénomique. Ainsi en l’absence d’un modèle adéquat, la suppression des colonnes hétérogènes, mal gérées par le modèle, peut faire disparaître un artéfact de reconstruction. Dans un cadre phylogénomique, les techniques de séquençage utilisées impliquent souvent que tous les gènes ne sont pas présents pour toutes les espèces. La controverse sur l’impact de la quantité de cellules vides a récemment été réactualisée, mais la majorité des études sur les données manquantes sont faites sur de petits jeux de séquences simulées. Nous nous sommes donc intéressés à quantifier cet impact dans le cas d’un large alignement de données réelles. Pour un taux raisonnable de données manquantes, il appert que l’incomplétude de l’alignement affecte moins l’exactitude de l’inférence que le choix du modèle. Au contraire, l’ajout d’une séquence incomplète mais qui casse une longue branche peut restaurer, au moins partiellement, une phylogénie erronée. Comme les violations de modèle constituent toujours la limitation majeure dans l’exactitude de l’inférence phylogénétique, l’amélioration de l’échantillonnage des espèces et des gènes reste une alternative utile en l’absence d’un modèle adéquat. Nous avons donc développé un logiciel de sélection de séquences qui construit des jeux de données reproductibles, en se basant sur la quantité de données présentes, la vitesse d’évolution et les biais de composition. Lors de cette étude nous avons montré que l’expertise humaine apporte pour l’instant encore un savoir incontournable. Les différentes analyses réalisées pour cette thèse concluent à l’importance primordiale du modèle évolutif.