Energetics of RecA-mediated recombination reactions. Without ATP hydrolysis RecA can mediate polar strand exchange but is unable to recycle.

We demonstrate that the step of DNA strand exchange during RecA-mediated recombination reaction can occur equally efficiently in the presence or absence of ATP hydrolysis. The polarity of strand exchange is the same when instead of ATP its non-hydrolyzable analog adenosine-5'-O-(3-thiotriphosphate) is used. We show that the ATP dependence of recombination reaction is limited to the post-exchange stages of the reactions. The low DNA affinity state of RecA protomers, induced after ATP hydrolysis, is necessary for the dissociation of RecA-DNA complexes at the end of the reaction. This dissociation of RecA from DNA is necessary for the release of recombinant DNA molecules from the complexes formed with RecA and for the recycling of RecA protomers for another round of the recombination reaction.

Biblioteca Digital de Catalunya: 10 anys d'activitats

El Consorci de Biblioteques Universitàries de Catalunya (CBUC) va ser creat el 1996 amb l'objectiu de fer i mantenir el catàleg col·lectiu de les universitats de Catalunya (CCUC) però aviat va ampliar les seves activitats amb el préstec interbibliotecari i les compres conjuntes d'informació electrònica. Aquesta darrera activitat va iniciar-se a finals de 1997 quan el CBUC va presentar als vicerectors de recerca de les universitats públiques de Catalunya el projecte de comprar bases de dades de manera consorciada. Aquests van estar-hi d'acord i van manifestar el seu interès de que en les compres conjuntes també s'incloguessin revistes electròniques. El CBUC va decidir englobar aquestes activitats sota el nom Biblioteca Digital de Catalunya (BDC) la qual naixia amb la "finalitat de proporcionar un conjunt nuclear comú d'informació electrònica per a la totalitat dels usuaris de les biblioteques del CBUC". A finals de 1998 el projecte de la BDC es va presentar a la Generalitat de Catalunya i es va obtenir un finançament per al projecte que cobria el període 1999-2001. Des de llavors la BDC ha passat per almenys tres fases: Una de formació, 1999-2001, que es va iniciar amb un ajut del llavors Departament d'Universitats, Recerca i Societat de la Informació (DURSI) de la Generalitat de Catalunya, ajut que es va traduir en una inversió de 180.000€/any i que va permetre l'inici de subscripcions conjuntes, principalment bases de dades. Una de creixement, 2002-2004, realitzada a partir d'un increment de l'ajut del DURSI, ajut que s'usa com a "capital llavor" per subscriure de forma especial revistes. En aquest moment la BDC s'amplia a universitats no membres del CBUC. Una d'estabilització, 2005-2009, en la que s'han fet algunes compres per a una part de les universitats (i no per a totes com fins llavors) i s'han iniciat alguns intents d'estendre la BDC a altres institucions de recerca. L'article caracteritza les diferents fases i mostra les causes de la seva evolució. Finalment, s'exposen els principals assoliments de la BDC així com els reptes de futur més immediats.

CAT (Curator Archiving Tool): improving access to web archives

PADICAT is the web archive created in 2005 in Catalonia (Spain ) by the Library of Catalonia (BC ) , the National Library of Catalonia , with the aim of collecting , processing and providing permanent access to the digital heritage of Catalonia . Its harvesting strategy is based on the hybrid model ( of massive harvesting . SPA top level domain ; selective compilation of the web site output of Catalan organizations; focused harvesting of public events) . The system provides open access to the whole collection , on the Internet . We consider necessary to complement the current search for new and visualization software with open source software tool, CAT ( Curator Archiving Tool) , composed by three modules aimed to effectively managing the processes of human cataloguing ; to publish directories where the digital resources and special collections ; and to offer statistical information of added value to end users. Within the framework of the International Internet Preservation Consortium meeting ( Vienna 2010) , the progress in the development of this new tool, and the philosophy that has motivated his design, are presented to the international community.

Variable phenotypic expressivity in a Swiss family with autosomal dominant retinitis pigmentosa due to mutation T494m in the Prpf3 gene

Purpose:to describe the clinical features in a five generations family segregating autosomal dominant retinitis pigmentosa and to identify the causative gene Patient and Methods:Twenty five individuals of a large five-generation family originating from Western Switzerland were ascertained for phenotypic and genotypic characterization. Ophthalmologic evaluations included color vision testing, Goldman perimetry and digital fundus photography. Some patients had autofluorescence (AF) imaging, ocular coherence tomography (OCT) and ISCEV-standard full-field electroretinography (ERG). Blood samples were collected from 10 affected (4 to 70 years of age) and 15 unaffected members after informed consent. DNA was isolated and exons and intron-exons junctions of known adRP genes were sequenced using a Big Dye sequencing kit 1.1. Results:Age of onset of nightblindness and severity of progression of the disease was variable between members of the family. Some patients had early onset of nightblindess aged 3, others at mid-twenties. Most patients had visual acuity above 0.6 for the first 4 decades. Two older patients still had good vision (0.4) in their seventies. Myopia (range: -2 to -5) was noticed in most affected subjects. Fundus findings showed areas of atrophy along the arcades. The AF imaging showed a large high density ring bilaterally. A T494M change was found in exon 11 of PRPF3 gene. The change segregates with the disease in the family. Conclusion: A mutation in the PRPF3 gene is rare compared with other genes causing ADRP. Although a T494M change has been reported, our family is the first one with a variable expressivity. Mutations in PRPF3 gene can cause a variable phenotype of ADRP unlike the previously described Danish and English families. Our report gives a better understanding as to the phenotype/genotype description of ADRP due to PRPF3 mutation.

Consolidació de la Plataforma COMalaWEB com a eina Web d'autoaprenentatge per a l'EEES

La plataforma d’e-learning: COMalaWEB és una eina multimedia de suport a l’estudi, l’experimentació i l’adquisició de tècniques d’autoaprenentatge. COMalaWEB s’ofereix com a punt de trobada entre estudiants, professors i altres professionals relacionats amb el mon de les telecomunicacions i/o de la docència universitària. Mitjançant el present projecte s’ha dut a terme la consolidació de la plataforma COMalaWEB com a eina WWW d'autoaprenentatge per a l'EEES (Estudis de Bachelor i de Màster): Dins de la plataforma s’hi ha integrat un Laboratori Virtual per a comunicacions analògiques i digitals (LaViCAD) que ofereix activitats experimentals amb un gran ventall de possibilitats que van des de les demostracions teòriques fins a l’emulació de sistemes de comunicacions quotidians com per exemple la televisió digital o el sistema Wifi dels sistemes WLAN. L’altre gran component de la plataforma es la base de dades de continguts empaquetada en unitats bàsiques anomenades objectes de coneixement, organitzada en cursos, integren tant continguts teòrics com un conjunt d’exercicis proposats per a aprofundir cadascun dels temes tractats. Amb l’actual projecte s’ha treballat en les següents línies d’actuació: - Integració dels simuladors del laboratori LAVICAD a la plataforma d’autoaprenentatge. - Creació de base de dades de recursos docents basats en paquets SCORM per a oferir materials docents de tipus teòric i col·leccions d’exercicis resolts en el marc de les diferents assignatures participants en el projecte. - Creació de base de dades de tipus qüestionari per a oferir exercicis a treballar en el marc de les diferents assignatures participants en el projecte. - Inserció de metodologies docents basades en els anteriors recursos en diferents assignatures d’estudis d’enginyeria i de màster.

Institucions polítiques de Catalunya : creació de materials docents en suport digital que fomentin la interacció amb l'estudiant a partir de la visualització de conceptes

Amb una plantilla, hem elaborat uns materials docents -l'objecte d'estudi dels quals és l’Estatut d'Autonomia de Catalunya de 2006, des d'una perspectiva jurídica -, que corresponen fonamentalment a l’assignatura “Institucions Polítiques de Catalunya” de 4rt. curs de la llicenciatura de Dret de la UAB. Els materials s’han penjat al web http://www.institucionspolitiques.com. L' objectiu de l’acció docent ha estat consolidar una eina interactiva, que fomenti la creativitat i el treball cooperatiu de l’estudiant, que permeti un rol més actiu del professorat, i finalment, es faciliti l’adaptació docent a l’espai europeu d’educació superior. L’experiència s'ha completat amb l’ús del mètode bimodal -campus virtual de la UAB -, amb visites a institucions públiques i amb l’assistència periòdica com a públic a programes de televisió de continguts relacionats amb la matèria. La plantilla per a desenvolupar els diversos temes del programa ha estat la següent: 1.- Redacció del tema; 2.- Visualització de conceptes: quadres sinòptics, esquemes, gràfics; 3.-Bibliografia bàsica. 4.-Legislació i jurisprudència. 5.-Text reproduït. 6.-Qüestions.7.-Temes per al debat. 8.-Test. 9.-Materials complementaris audiovisuals. 10.-Enllaços útils a la xarxa. L'experiència s’ha desenvolupat els dos darrers cursos acadèmics: 2006/07 i 2007/08, i ha girat entorn de l'elaboració i aplicació dels materials elaborats. Ha estat teòrica i pràctica a la vegada. S'ha prestat especial atenció a la feina de l'alumnat fora de l'aula, amb el conseqüent estudi previ i col·laboració en l’elaboració de materials. Cal destacar també que hem aconseguit augmentar la participació de l'alumnat a l’aula, i d'aquesta manera el rol del professor ha esdevingut més dinàmic. Els materials han permès un fàcil i ràpid accés dels estudiants, amb l’objectiu de gaudir d’unes sessions presencials més interactives, i s'ha connectat la Universitat amb la societat, a més de desenvolupar actituds cíviques o de consciència de país en una matèria tan sensible com és l'estudi del dret públic de Catalunya.

Simultaneous cell morphometry and refractive index measurement with dual-wavelength digital holographic microscopy and dye-enhanced dispersion of perfusion medium.

Digital holographic microscopy (DHM) allows optical-path-difference (OPD) measurements with nanometric accuracy. OPD induced by transparent cells depends on both the refractive index (RI) of cells and their morphology. This Letter presents a dual-wavelength DHM that allows us to separately measure both the RI and the cellular thickness by exploiting an enhanced dispersion of the perfusion medium achieved by the utilization of an extracellular dye. The two wavelengths are chosen in the vicinity of the absorption peak of the dye, where the absorption is accompanied by a significant variation of the RI as a function of the wavelength.

Ampliació i extensió en l'ús del portafolis digital en l'avaluació de l'alumnat

El treball realitzat amb l’ajuda MQD2006 està relacionat amb l’ús de portafolis electrònics en un context universitari. Els objectius que ens havíem traçat, eren: 1)Dissenyar una versió beta del portafolis digital desenvolupat adhoc pel grup 2)Implementar una metodologia avaluativa basada en el portafolis digital desenvolupat 3)Generar portafolis digitals com a model de bones pràctiques d’avaluació de l’alumnat 4)Recollir dades sobre el seu funcionament en relació a l’alumnat A més dels anteriors objectius, relacionats amb els aspectes pedagògics freuit de la implementació i ús dels portafolis digitals, hi ha dos objectius relacionats amb aspectes didàctics. Aquests són: 5) Anàlisi dels canvis en la metodologia didàctica i en els continguts curriculars 6) Anàlisi de criteris de sostenibilitat de la utilització continuada del portafolis digital. Almenys 5 d’aquests 6 objectius s’han complert de manera completa, i un (el nombre cinc) ha quedat solament esbossat. Per altra banda, alguns resultats inesperats s’han produït en aquests dos anys i es poden afegir a aquesta llista inicial: 7) Expansió i difusió de l’experiència cap a altres universitats. 8) Possibilitat de plantejar un projecte d’investigació bàsica sobre les conseqüències de l’ús de portafolis en la docència universitària basada en l’EEES. La Memòria seguirà de prop aquests objectius, si bé es distribuiran d’una manera diferent. Com a resultats i conclusions hem pogut veure que l’eina ha estat ben valorada en quant a la metodologia d’ús proposada, en quant al propi seguiment de l’aprenentatge i per una autoavaluació continuada. Hem vist una millora en les reflexions dels estudiants fent servir un diàleg on-line entre professor-estudiant. D’altra banda, hem detectat que es requereix millorar la seva usabilitat, un ús continuat més llarg i algunes recomanacions encarades al treball docent del professorat i no tant de l’eina.

Creació de material docent digital per l'assignatura transversal de Geoarqueologia

En aquest projecte hem seguit desenvolupant i ampliant els continguts d’una assignatura de caràcter transversal entre Geologia i Arqueologia Prehistòrica aplicada als estudis universitaris. Aquesta ampliació s’ha dut a terme amb la creació d'un recull de fitxes amb les dades més rellevants d’alguns sepulcres megalítics de Catalunya fent especial esment als materials petris utilitzats en la seva construcció de per tal de poder desenvolupar i contextualitzar els resultats que s’assoleixin durant el curs. Cadascuna de les fitxes inclou per cada megàlit: 1) una situació geogràfica, 2) una part de descripció des del punt de vista arqueològic i 3) una part geològica amb la situació, descripció dels elements petris de les lloses tant a visu com al microscopi petrogràfic i una localització probable de l’àrea de procedència de les lloses. Això suposa un aprofundiment i ampliació de l'oferta pedagògica proposada que permet experimentar una metodologia d’ensenyament universitari més pràctica, aplicada i interactiva i s’emmarca en l’eix temàtic al voltant del qual es desenvolupa l’assignatura.

Kiosk digital online

Internet se ha convertido en una clara referencia tecnológica; cada vez más las empresas apuestan por desarrollar aplicaciones en la red de redes y no quieren que su presencia pase desapercibida. Las Aplicaciones Ricas en Internet (RIA) son hasta la fecha la mejor opción para desarrollar estas aplicaciones. Este proyecto trata sobre el desarrollo de un Framework (conjunto de componentes orientados a una RIA en concreto: Silverlight) para el desarrollo de aplicaciones web.

Three Generation Family With Pattern Dystrophy and a Successful Treatment of Subfoveal Cnv Related to Pattern Dystrophy With Anti-vegf Intravitreal Injections

Purpose: To phenotype a large 3 generation Swiss family with pattern dystrophy and to report a successful result of treatment with ranibizumab of a subfoveal choroidal neovascularisation (CNV) associated with pattern dystrophy in 1 patient Patients and methods: 4 affected and 3 unaffected patients (3 female 4 male, age range: 19 - 80 years) were assessed with a complete ophthalmologic examination. AF images were taken using Heidelberg Retina Angiograph and the digital color photos, fluorescein angiogragraphy (FFA) using the same TOPCON 501 camera. Electroretinogram (full-field and multifocal) was performed in 1 affected patient. One 48 years old patient developed a subfoveal CNV, which was treated with 2 injections of ranibizumab, at 3 months interval. Blood sample was taken for molecular analysis (screening of the gene RDS). Results: Two patients had a typical fundoscopic appearance of pattern dystrophy with butterfly shaped deposit at the fovea and some peripheral flecks, as shown with AF imaging.. Two others affected patients had a more unusual appearance with some macular atrophy in one or both eyes, surrounded by flecks. The visual acuity ranged from 1.0 to 0.1 according to Snellen EDTRS chart. The patient with subfoveal CNV presented a drop of vision form 1.0 to 0.6 within 10 days prior to the diagnosis and also reported some metamorphopsia. FFA and optical computerized tomography (OCT) confirmed a classic CNV. After the 1st injection her vision improved to 1.0 but persistent metamorphopsia and fluid on OCT motivated a second injection. One month after the second injection the OCT was flat and the patient had no symptoms. The results of RDS screening will be presented at the meeting. Conclusion: We present a family with pattern dystrophy, with some members having an unusual fundus appearance, which was mistaken for an early onset dry AMD. The AF imaging is a useful tool in diagnosing this condition. A CNV associated with pattern dystrophy a rare. This is the first report of a successful treatment of the CNV with anti-VEGF intravitreal injections.

Quality assurance in the EORTC 22033-26033/CE5 phase III randomized trial for low grade glioma: the digital individual case review.

INTRODUCTION: The phase III EORTC 22033-26033/NCIC CE5 intergroup trial compares 50.4 Gy radiotherapy with up-front temozolomide in previously untreated low-grade glioma. We describe the digital EORTC individual case review (ICR) performed to evaluate protocol radiotherapy (RT) compliance. METHODS: Fifty-eight institutions were asked to submit 1-2 randomly selected cases. Digital ICR datasets were uploaded to the EORTC server and accessed by three central reviewers. Twenty-seven parameters were analysed including volume delineation, treatment planning, organ at risk (OAR) dosimetry and verification. Consensus reviews were collated and summary statistics calculated. RESULTS: Fifty-seven of seventy-two requested datasets from forty-eight institutions were technically usable. 31/57 received a major deviation for at least one section. Relocation accuracy was according to protocol in 45. Just over 30% had acceptable target volumes. OAR contours were missing in an average of 25% of cases. Up to one-third of those present were incorrectly drawn while dosimetry was largely protocol compliant. Beam energy was acceptable in 97% and 48 patients had per protocol beam arrangements. CONCLUSIONS: Digital RT plan submission and review within the EORTC 22033-26033 ICR provide a solid foundation for future quality assurance procedures. Strict evaluation resulted in overall grades of minor and major deviation for 37% and 32%, respectively.

Rapid and strong human CD8+ T cell responses to vaccination with peptide, IFA, and CpG oligodeoxynucleotide 7909.

The induction of potent CD8+ T cell responses by vaccines to fight microbes or tumors remains a major challenge, as many candidates for human vaccines have proved to be poorly immunogenic. Deoxycytidyl-deoxyguanosin oligodeoxynucleotides (CpG ODNs) trigger Toll-like receptor 9, resulting in dendritic cell maturation that can enhance immunogenicity of peptide-based vaccines in mice. We tested whether a synthetic ODN, CpG 7909, could improve human tumor antigen-specific CD8+ T cell responses. Eight HLA-A2+ melanoma patients received 4 monthly vaccinations of low-dose CpG 7909 mixed with melanoma antigen A (Melan-A; identical to MART-1) analog peptide and incomplete Freund's adjuvant. All patients exhibited rapid and strong antigen-specific T cell responses: the frequency of Melan-A-specific T cells reached over 3% of circulating CD8+ T cells. This was one order of magnitude higher than the frequency seen in 8 control patients treated similarly but without CpG and 1-3 orders of magnitude higher than that seen in previous studies with synthetic vaccines. The enhanced T cell populations consisted primarily of effector memory cells, which in part secreted IFN- and expressed granzyme B and perforin ex vivo. In vitro, T cell clones recognized and killed melanoma cells in an antigen-specific manner. Thus, CpG 7909 is an efficient vaccine adjuvant that promotes strong antigen-specific CD8+ T cell responses in humans.

The Digital Memory of Catalonia, Consortium of Academic Libraries of Catalonia

The Digital Memory of Catalonia, Consortium of Academic Libraries of Catalonia, contains open-access digitized collections of photographs, drawings, maps, posters, pamphlets, incunabula, ancient Catalan periodicals and many other items with a total of over two million documents related to Catalonia from 18 different institutions (universities, specialized libraries, institutes, archives, etc.).

Detailed DEM analysis of a rockslide scar to characterize the basal sliding surface of active rockslides

The basal sliding surfaces in large rockslides are often composed of several surfaces and possess a complex geometry. The exact morphology and location in three dimensions of the sliding surface remains generally unknown, in spite of extensive field and subsurface investigations, such as those at the Åknes rockslide (western Norway). This knowledge is crucial for volume estimations, failure mechanisms, and numerical slope stability modeling. This paper focuses on the geomorphologic characterization of the basal sliding surface of a postglacial rockslide scar in the vicinity of Åknes. This scar displays a stepped basal sliding surface formed by dip slopes of the gneiss foliation linked together by steeply dipping fractures. A detailed characterization of the rockslide scar by means of high-resolution digital elevation models permits statistical parameters of dip angle, spacing, persistence, and roughness of foliation surfaces and step fractures to be obtained. The characteristics are used for stochastic simulations of stepped basal sliding surfaces at the Åknes rockslide. These findings are compared with previous models based on geophysical investigations. This study discusses the investigation of rockslide scars and rock outcrops for a better understanding of potential rockslides. This work identifies possible basal sliding surface locations, which is a valuable input for volume estimates, design and location of monitoring instrumentation, and numerical slope stability modeling.