Analysis of classification algorithms for crop detection using LANDSAT 8 images

Remote sensing - the acquisition of information about an object or phenomenon without making physical contact with the object - is applied in a multitude of different areas, ranging from agriculture, forestry, cartography, hydrology, geology, meteorology, aerial traffic control, among many others. Regarding agriculture, an example of application of this information is regarding crop detection, to monitor existing crops easily and help in the region’s strategic planning. In any of these areas, there is always an ongoing search for better methods that allow us to obtain better results. For over forty years, the Landsat program has utilized satellites to collect spectral information from Earth’s surface, creating a historical archive unmatched in quality, detail, coverage, and length. The most recent one was launched on February 11, 2013, having a number of improvements regarding its predecessors. This project aims to compare classification methods in Portugal’s Ribatejo region, specifically regarding crop detection. The state of the art algorithms will be used in this region and their performance will be analyzed.

Production and characterization of Chitin-Glucan Complex by Komagataella pastoris

This thesis was focused on the production, extraction and characterization of chitin:β-glucan complex (CGC). In this process, glycerol byproduct from the biodiesel industry was used as carbon source. The selected CGC producing yeast was Komagataella pastoris (formerly known as Pichia pastoris), due the fact that to achieved high cell densities using as carbon source glycerol from the biodiesel industry. Firstly, a screening of K. pastoris strains was performed in shake flask assays, in order to select the strain of K. pastoris with better performance, in terms of growth, using glycerol as a carbon source. K. pastoris strain DSM 70877 achieved higher final cell densities (92-97 g/l), using pure glycerol (99%, w/v) and in glycerol from the biodiesel industry (86%, w/v), respectively, compared to DSM 70382 strain (74-82 g/l). Based on these shake flask assays results, the wild type DSM 70877 strain was selected to proceed for cultivation in a 2 l bioreactor, using glycerol byproduct (40 g/l), as sole carbon source. Biomass production by K. pastoris was performed under controlled temperature and pH (30.0 ºC and 5.0, respectively). More than 100 g/l biomass was obtained in less than 48 h. The yield of biomass on a glycerol basis was 0.55 g/g during the batch phase and 0.63 g/g during the fed-batch phase. In order to optimize the downstream process, by increasing extraction and purification efficiency of CGC from K. pastoris biomass, several assays were performed. It was found that extraction with 5 M NaOH at 65 ºC, during 2 hours, associated to neutralization with HCl, followed by successive washing steps with deionised water until conductivity of ≤20μS/cm, increased CGC purity. The obtained copolymer, CGCpure, had a chitin:glucan molar ratio of 25:75 mol% close to commercial CGC samples extracted from A. niger mycelium, kiOsmetine from Kitozyme (30:70 mol%). CGCpure was characterized by solid-state Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy and Differential Scanning Calorimetry (DCS), revealing a CGC with higher purity than a CGC commercial (kiOsmetine). In order to optimize CGC production, a set of batch cultivation experiments was performed to evaluate the effect of pH (3.5–6.5) and temperature (20–40 ºC) on the specific cell growth rate, CGC production and polymer composition. Statistical tools (response surface methodology and central composite design) were used. The CGC content in the biomass and the volumetric productivity (rp) were not significantly affected within the tested pH and temperature ranges. In contrast, the effect of pH and temperature on the CGC molar ratio was more pronounced. The highest chitin: β-glucan molar ratio (> 14:86) was obtained for the mid-range pH (4.5-5.8) and temperatures (26–33 ºC). The ability of K. pastoris to synthesize CGC with different molar ratios as a function of pH and temperature is a feature that can be exploited to obtain tailored polymer compositions.(...)

Human herpesvirus 8 (HHV-8) and the etiopathogenesis of Kaposi's sarcoma

OBJECTIVE: To review the current literature on human herpesvirus 8 with particular attention to the aspects related to the etiopathogenesis of Kaposi's sarcoma. MATERIALS AND METHODS: The authors searched original research and review articles on specific aspects of human herpesvirus 8 infection, including virology, epidemiology, transmission, diagnosis, natural history, therapy, and Kaposi's sarcoma etiopathogenesis. The relevant material was evaluated and reviewed. RESULTS: Human herpesvirus 8 is a recently discovered DNA virus that is present throughout the world but with major geographic variation. In the Western world, the virus, transmitted mainly by means of sexual contact, is strongly associated with Kaposi's sarcoma and body cavity-based lymphoma and more controversially with multiple myeloma and other non-proliferative disorders. There is no specific effective treatment, but HIV protease inhibitors may play an indirect role in the clearance of human herpesvirus 8 DNA from peripheral blood mononuclear cells of HIV-infected patients. Human herpesvirus 8 DNA is present in saliva, but there are as yet no documented cases of nosocomial transmission to health care workers. The prevalence of human herpesvirus 8 among health care workers is probably similar to that in the general population. CONCLUSION: Human herpesvirus 8 appears to be, at least in Western Europe and United States, restricted to a population at risk of developing Kaposi's sarcoma. Human herpesvirus 8 certainly has the means to overcome cellular control and immune responses and thus predispose carriers to malignancy, particularly Kaposi's sarcoma. The wide diffusion of Human herpesvirus 8 in classic Kaposi's sarcoma areas appears to represent an important factor in the high incidence of the disease. However, additional co-factors are likely to play a role in the development of Kaposi's sarcoma.

Adrenocortical tumors: results of treatment and study of Weiss's score as a prognostic factor

PURPOSE: The differential diagnosis between benign and malignant adrenal cortical tumors circumscribed to the gland is controversial. One hundred and seven patients with adrenal cortex tumors (excluding those with primary hyperaldosteronism) were studied to assess the 5-year survival rate of adults, children, patients stratified by pathological stage, and patients stratified according to Weiss's score of <3 or >3. METHODS: The patients were evaluated both clinically and biochemically. One hundred and five patients underwent surgery and were classified pathologically as stages I, II, III, or IV. The tumors were weighed, measured, and classified according to Weiss's criteria and divided into 2 groups: <3 and >3. RESULTS: After 5 years, the survival rate was 77.5% for the whole group, 74.61% for the adults, 84.3% for the children, 100% for stage I, 83.9% for stage II, 33% for stage III, and 11.7% for stage IV groups. Additionally, after 5 years, 100% of the patients with tumors with Weiss's score <3 were alive compared to 61.65% of those with Weiss's score >3. The average weights of the tumors of score <3 and >3 were 23.38 g ± 41.36 g and 376.3 ± 538.76 g, respectively, which is a statistically significant difference. The average sizes of tumors of Weiss's score <3 and >3 were 3.67 ± 2.2 cm and 9.64 ± 5.8 cm, respectively, which is also a statistically significant difference. CONCLUSIONS: Weiss's score may be a good prognostic factor for tumors of the adrenal cortex. Additionally, there was a statistically significant difference between the average weight and size of tumors with benign behavior (Weiss's score <3) and those with malignant behavior (Weiss's score >3).

Alimentação e estado nutricional de grupos da população do concelho de Lisboa

RESUMO - Objectivo: descrever o estado nutricional e o padrão alimentar de grupos da população de Lisboa. Delineamento, locais e participantes: estudo transversal do estado nutricional e do padrão alimentar de homens com 38 anos e mulheres e homens com 50-65 anos que vivem na freguesia do Lumiar, do concelho de Lisboa; estudo transversal dos hábitos alimentares e do estado nutricional de adolescentes com 12 a 19 anos estudantes de escolas secundárias de Lisboa; estudo transversal da excreção de sódio em urina de 24 horas de rapazes de 7 a 8 anos de escolas primárias do Lumiar. Métodos: o estado nutricional foi avaliado com metodologias padronizadas tal como propostas pela OMS. A ingestão alimentar foi medida pelo método das 24 horas anteriores no primeiro estudo e pelo método da história alimentar no segundo estudo. Resultados: nas crianças, a excreção urinária de sódio foi uma das mais altas da Europa. Nos adolescentes, a prevalência de excesso de peso/obesidade foi de 19% nos rapazes e 16% nas raparigas. 16% dos adolescentes não tomam pequeno-almoço, mas mais de 30% comem bolos a meio da manhã. A proporção de adolescentes com uma ingestão diária de certos alimentos é de 44% para guloseimas, 43% para bolos, 29% para refrigerantes e 16% para chocolates e gelados. Por outro lado, a frequência de ingestão diária de fruta e produtos hortícolas é baixa, principalmente nos adolescentes de menor nível sócio-económico. Nos adultos, 57% dos homens com 38 anos e 80% e 74% dos homens e mulheres com 50-65 anos, respectivamente, têm excesso de peso ou obesidade. A hipertensão arterial foi detectada em mais de 20% dos homens jovens e a sua prevalência aumenta com a idade. Foi observado um colesterol sérico superior a 200 mg/dL em perto de metade dos adultos e maior do que 240 mg/dL em 28% dos homens com 38 anos, em 24% dos homens com 50-65 anos e 44% das mulheres do mesmo grupo etário. 20% dos adultos jovens têm colesterol HDL inferior a 35 mg/dL, mais do que um terço são fumadores e a ingestão de álcool representa 13% da sua ingestão calórica total. Conclusões: foram observados estilos de vida não saudáveis, nomeadamente padrões alimentares não equilibrados, uma elevada prevalência de obesidade, hipertensão e dislipidemias, e, por isso, uma percentagem relativamente elevada da população de Lisboa tem um risco elevado de doenças cárdio-vasculares e outras doenças crónicas, bem como de morte prematura.

Essências papeleiras de reflorestamento: 8 madeiras nativas da Amazônia.

Relatam-se. os ensaios de laboratório sobre 8 espécies florestais amazônicas,visando a sua utilização como Essências Papeleiras de Reflorestamento. Inicialmente,analisam-se as suas distuibuições geográficas na Amazônia brasileira, bem como mencionam-se as informacões silviculturais sobre elas existentes. Descrevem-se os ensaios realizados sobre a composição química, densidade, classificação dos cavacos e picagem das madeiras. Relatam-se as metodologias empregadas na fabricação de pastas químicas alcalinas e polpas semiquímicas NSSC. Descrevem—se os vários métodos utilizados nos alvejamentos dessas pastas. Citam-se as metodologias empregadas para a caracterização físico-mecânicas dos papéis e cartões fabricados dessas pastas. Discutem-se os resultados dos ensaios. Fazem-se várias influências sobre eles . Conclui-se que as espécies pesquisadas são recomedodas a nível de pesquisa de Laboratório como Estância Papeleira para Reflotestamento.

A onda de calor de Agosto de 2003 e os seus efeitos sobre a mortalidade da população portuguesa

RESUMO - Portugal continental, como outros países europeus, foi afectado por uma onda de calor de grande intensidade no Verão de 2003, com efeitos na mortalidade da população. O excesso de óbitos associados à onda de calor foi estimado pela comparação do número de óbitos observados entre 30 de Julho e 15 de Agosto de 2003 e o número de óbitos esperados se a população tivesse estado exposta às taxas de mortalidade médias do biénio 2000-2001 no respectivo período homólogo. Os óbitos esperados foram calculados com ajustamento para a idade. O número de óbitos observados (O) foi superior ao número esperado (E) em todos os dias do período estudado e o seu excesso global foi estimado em 1953 óbitos (excesso relativo de 43%), dos quais 1317 (61%) ocorreram no sexo feminino e 1742 no grupo de 75 e + anos (89%). A nível distrital, Portalegre teve o maior aumento relativo do número de óbitos (+89%) e Aveiro o menor (+18%). Numa área geográfica contínua do interior do território (Guarda, Castelo Branco, Portalegre e Évora) houve aumentos relativos superiores a 80%. Em termos absolutos, o maior excesso de óbitos ocorreu no distrito de Lisboa (mais cerca de 396) e no do Porto (mais cerca de 183). As causas de morte «golpe de calor» e «desidratação e outros distúrbios metabólicos» tiveram os aumentos relativos mais elevados (razões O/E de, respectivamente, 70 e 8,65). Os maiores aumentos absolutos do número de óbitos ocorreram no grupo das «doenças do aparelho circulatório» (mais 758), nas «doenças do aparelho respiratório» (mais 255) e no conjunto de «todas as neoplasias malignas» (mais 131). No período da onda de calor e no período de comparação, a percentagem dos óbitos que ocorreu nos hospitais (52% e 56%), no domicílio (32 e 33%) e em «outros locais» foi semelhante. A discussão sobre os factores que condicionaram a obtenção dos valores apresentados, relativos ao excesso de óbitos por sexo, grupo etário, distrito, causa e local da morte, permite concluir que os mesmos se afiguram adequados para medir a ordem de grandeza e caracterizar o efeito da onda de calor na mortalidade. O erro aleatório, medido pelos intervalos de confiança, e alguns possíveis erros sistemáticos associados ao período de comparação escolhido não deverão afectar de modo relevante as estimativas.

Análise do setor madeireiro do Estado de Roraima

Analisa a estrutura do setor madeireiro do estado de Roraima tomando por base os dados oriundos dos períodos produtivos de 1984 e 1988. Os parâmetros analisados vão desde a aquisição da matéria-prima pelas empresas até o processo de produção e comercializaçãodos produtos finais. Em 1981, 74,7% da produção local foi destinada a exportação. Este quadro foi modificado gradativamente desde 1984, com um percentual de 13,7% até chegar a 1988, com um índice de apenas 1,14 da produção conseguindo aringir o mercado externo. A partir de 1987 observou-se um aumento na produção, com destaque para a região sul do estado que indicou um crescimento, em 1988, 6,6 vezes maior em relação a 1984. Das 25 espécies florestais utilizadas pelas serrarias, em 1984. Das 25 espécies florestais utilizadas pelas serrarias em 1984, cupíuba (Goupia glabra), cedro-doce (Bombacopsis quinata), jatobá (Hygenea sp.) e ipê-amarelo (Tabbuia serratifolia), representaram 71,4% do volume total consumido. Em 1988, detectou-se um aumento na seletividade com a região sul do estado baseando seu consumo em apenas 8 espécies, sendo que angelim-pedra (Dinizia excelsa), cupíuba (Goupia glabra) e caferana (Erisma uncinatum) representaram 97,4% do total consumido nessa região. A primeira fábrica de compensados e laminados foi instalada nomunicípio de Boa Vista. Sua produção efetiva teve início em 1989, tendo como principal espécie utilizada, a samaúma (Ceiba pentranda). Os índices encontrados em Roraima para consumo, produção e exportação ainda xão muito reduzidos se comparados com outros estados da região norte.

Mapping the Pasture Steppe in Bayankhongor, Mongolia: comparison of classification methods, using Landsat-8 and geophysical data

Grasslands in semi-arid regions, like Mongolian steppes, are facing desertification and degradation processes, due to climate change. Mongolia’s main economic activity consists on an extensive livestock production and, therefore, it is a concerning matter for the decision makers. Remote sensing and Geographic Information Systems provide the tools for advanced ecosystem management and have been widely used for monitoring and management of pasture resources. This study investigates which is the higher thematic detail that is possible to achieve through remote sensing, to map the steppe vegetation, using medium resolution earth observation imagery in three districts (soums) of Mongolia: Dzag, Buutsagaan and Khureemaral. After considering different thematic levels of detail for classifying the steppe vegetation, the existent pasture types within the steppe were chosen to be mapped. In order to investigate which combination of data sets yields the best results and which classification algorithm is more suitable for incorporating these data sets, a comparison between different classification methods were tested for the study area. Sixteen classifications were performed using different combinations of estimators, Landsat-8 (spectral bands and Landsat-8 NDVI-derived) and geophysical data (elevation, mean annual precipitation and mean annual temperature) using two classification algorithms, maximum likelihood and decision tree. Results showed that the best performing model was the one that incorporated Landsat-8 bands with mean annual precipitation and mean annual temperature (Model 13), using the decision tree. For maximum likelihood, the model that incorporated Landsat-8 bands with mean annual precipitation (Model 5) and the one that incorporated Landsat-8 bands with mean annual precipitation and mean annual temperature (Model 13), achieved the higher accuracies for this algorithm. The decision tree models consistently outperformed the maximum likelihood ones.

Relação entre aptidão física e sucesso académico: em alunos de final de ciclo: 8º e 9º ano de escolaridade

Relatório de estágio de mestrado em Ensino de Educação Física nos Ensinos Básico e Secundário

Métodos para superação da dormência e biometria de frutos e sementes de Parkia nitida Miquel. (Leguminosae - Mimosoideae)

Foram realizadas avaliações biométricas em frutos e sementes de Parkia nitida e estudado o efeito dos tratamentos escarificação mecânica sem (T2) e com (T3) aplicação do fungicida Benomyl; imersão em Η2Ο a 80°C (T4) e a 100°C (T5); imersão em H2SO4 durante 10 (T6), 20 (T7), 40 (T8) e 80 (T9) minutos, na superação da dormência das sementes. Foram totalizadas as sementes germinadas aos 10, 20, 30 e 40 dias após a semeadura. O ensaio foi instalado com quatro repetições de 50 sementes, semeadas em substrato de vermiculita. O número de frutos/inflorescência variou de um a oito. O comprimento e largura dos frutos e o número de sementes/fruto variaram de 36,0 a 80,0 cm, de 4,6 a 6,5 cm e de 17 a 37 sementes, respectivamente. O comprimento, a largura e a espessura das sementes variaram de 16,1 a 24,0 mm, de 8,1 a 14,0 mm e de 5,1 a 9,0 mm, respectivamente. Houve interação significativa entre métodos para superação da dormência e dias decorridos após a semeadura na germinação das sementes. As análises de regressão mostraram significância para os tratamentos T2, T3, T4, T6 e T8. O T4 proporcionou apenas 10,0% de germinação; entretanto os tratamentos T2 e T3 tiveram efeito satisfatório, com 50,0% e 72,5% de germinação, respectivamente. Os tratamentos com H2SO4 estiveram entre os mais eficientes, com 80,0%, 82,5%, 80,5% e 74,5%, durante 10, 20, 40 e 80 minutos de imersão, respectivamente. As percentagens de germinação para o T1 (testemunha) e T5 foram inferiores a 2,5%. Concluiu-se que sementes de P. nitida apresentam dormência devido à impermeabilidade do tegumento à água; é necessária a escarificação das sementes para se obter elevada percentagem de germinação; tratamentos com H2SO4, por 20 minutos, e escarificação mecânica + fungicida constituem-se métodos eficientes para superação da dormência.

Measurement of the top pair production cross-section in 8 TeV proton-proton collisions using kinematic information in the lepton+jets final state with ATLAS

A measurement is presented of the tt¯ inclusive production cross section in pp collisions at a center-of-mass energy of s√=8  TeV using data collected by the ATLAS detector at the CERN Large Hadron Collider. The measurement was performed in the lepton+jets final state using a data set corresponding to an integrated luminosity of 20.3  fb−1. The cross section was obtained using a likelihood discriminant fit and b-jet identification was used to improve the signal-to-background ratio. The inclusive tt¯ production cross section was measured to be 260±1(stat)+22−23(stat)±8(lumi)±4(beam)  pb assuming a top-quark mass of 172.5 GeV, in good agreement with the theoretical prediction of 253+13−15  pb. The tt¯→(e,μ)+jets production cross section in the fiducial region determined by the detector acceptance is also reported.

Evidence of Wγγ production in pp collisions at s√=8 TeV and limits on anomalous quartic gauge couplings with the ATLAS detector

This Letter reports evidence of triple gauge boson production pp→W(ℓν)γγ+X, which is accessible for the first time with the 8 TeV LHC data set. The fiducial cross section for this process is measured in a data sample corresponding to an integrated luminosity of 20.3 fb−1, collected by the ATLAS detector in 2012. Events are selected using the W boson decay to eν or μν as well as requiring two isolated photons. The measured cross section is used to set limits on anomalous quartic gauge couplings in the high diphoton mass region.

Measurement of Spin Correlation in Top-Antitop Quark Events and Search for Top Squark Pair Production in pp Collisions at s√=8 TeV Using the ATLAS Detector

A measurement of spin correlation in tt¯ production is presented using data collected with the ATLAS detector at the Large Hadron Collider in proton-proton collisions at a center-of-mass energy of 8 TeV, corresponding to an integrated luminosity of 20.3 fb−1. The correlation between the top and antitop quark spins is extracted from dilepton tt¯ events by using the difference in azimuthal angle between the two charged leptons in the laboratory frame. In the helicity basis the measured degree of correlation corresponds to Ahelicity=0.38±0.04, in agreement with the Standard Model prediction. A search is performed for pair production of top squarks with masses close to the top quark mass decaying to predominantly right-handed top quarks and a light neutralino, the lightest supersymmetric particle. Top squarks with masses between the top quark mass and 191 GeV are excluded at the 95% confidence level.

Measurements of Higgs boson production and couplings in the four-lepton channel in pp collisions at center-of-mass energies of 7 and 8 TeV with the ATLAS detector

The final ATLAS Run 1 measurements of Higgs boson production and couplings in the decay channel H→ZZ∗→ℓ+ℓ−ℓ′+ℓ′−, where ℓ,ℓ′=e or μ, are presented. These measurements were performed using pp collision data corresponding to integrated luminosities of 4.5 fb−1 and 20.3 fb−1 at center-of-mass energies of 7 TeV and 8 TeV, respectively, recorded with the ATLAS detector at the LHC. The H→ZZ∗→4ℓ signal is observed with a significance of 8.1 standard deviations at 125.36 GeV, the combined ATLAS measurement of the Higgs boson mass from the H→γγ and H→ZZ∗→4ℓ channels. The production rate relative to the Standard Model expectation, the signal strength, is measured in four different production categories in the H→ZZ∗→4ℓ channel. The measured signal strength, at this mass, and with all categories combined, is 1.44 +0.40−0.33. The signal strength for Higgs boson production in gluon fusion or in association with tt¯ or bb¯ pairs is found to be 1.7 +0.5−0.4, while the signal strength for vector-boson fusion combined with WH/ZH associated production is found to be 0.3 +1.6−0.9.