eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

With the increasing availability of various 'omics data, high-quality orthology assignment is crucial for evolutionary and functional genomics studies. We here present the fourth version of the eggNOG database (available at http://eggnog.embl.de) that derives nonsupervised orthologous groups (NOGs) from complete genomes, and then applies a comprehensive characterization and analysis pipeline to the resulting gene families. Compared with the previous version, we have more than tripled the underlying species set to cover 3686 organisms, keeping track with genome project completions while prioritizing the inclusion of high-quality genomes to minimize error propagation from incomplete proteome sets. Major technological advances include (i) a robust and scalable procedure for the identification and inclusion of high-quality genomes, (ii) provision of orthologous groups for 107 different taxonomic levels compared with 41 in eggNOGv3, (iii) identification and annotation of particularly closely related orthologous groups, facilitating analysis of related gene families, (iv) improvements of the clustering and functional annotation approach, (v) adoption of a revised tree building procedure based on the multiple alignments generated during the process and (vi) implementation of quality control procedures throughout the entire pipeline. As in previous versions, eggNOGv4 provides multiple sequence alignments and maximum-likelihood trees, as well as broad functional annotation. Users can access the complete database of orthologous groups via a web interface, as well as through bulk download.

0 AND 02 ADSORPTION ON Ag/Cu[100]

In this work the adsorption mechanisms of atomic and molecular oxygen on Cu(100) surface are studied using ab initio simulation methods. Through the atomistic scale under-standing of the elementary oxidation processes we can further understand the large-scale oxidation. Copper is a material widely used in industry which makes it an interesting subject, and also understanding the oxidation of copper helps us understand the oxidation mechanism of other metals. First we have a look on some theory on surface alloys in general and behaviour of Ag on Cu(100) surface. After that the physical background there is behind the methods of density functional calculations are discussed, and some methods, namely potential energy surfaces and molecular dynamics, are introduced. Then there is a brief look on the numerical details used in the calculations, and after that, the results of the simulations are exhibited.

Nou portal d'accés als materials en obert de la UdG : DUGi 2.0

La Biblioteca de la Universitat de Girona és l'encarregada de coordinar els repositoris digitals de la Universitat. A l'inici el repositori neix de la necessitat de difondre i preservar tota la recerca de la Universitat, però mica en mica el projecte va creixent i es creen diferents repositoris per a diferents tipus de continguts. Així es creen els repositoris DUGiDocs, DUGiMedia i DUGiFonsEspecials.L'objectiu d'aquest PFC és desenvolupar un portal web amb un sistema d'indexació que permeti la cerca per diferents criteris com, per exemple, autor, matèria i títol. L'entorn ha de tenir un disseny agradable per a l'usuari final i ha de permetre obtenir les dades del repositori que se li indiquin. També ha de ser capaç de detectar els possibles duplicats en els criteris de cerca i notificar-ho a l'administrador

Manual de la técnica de rejilla mediante el programa RECORD ver. 2.0: Capítulos I (introducció), II (Etapa de diseño) y III (Fase de administración)

La técnica de rejilla es un instrumento de evaluación de las dimensiones y estructura del significado personal que se deriva de la teoría de los constructos personales. Tanto en la versión original de G. A. Kelly (1955) como en sus continuas actualizaciones, esta técnica pretende captar la forma en que una persona da sentido a su experiencia en sus propios términos. No se trata, por tanto, de un test convencional, sino de una forma de entrevista estructurada orientada a explicitar y analizar los constructos con los que la persona organiza su mundo. De la entrevista se genera una matriz de datos que se somete a varios análisis para revelar su estructura implícita. El programa RECORD ofrece los resultados de una forma clara y proporciona además una serie de gráficos de fácil interpretación. Todo ello permite dibujar la estructura del mapa cognitivo del sujeto desde su propia semántica, culminando así, con rigor metodológico, una vieja aspiración fenomenológica. Se trata de un instrumento muy 'flexible que puede adaptarse a diversas áreas de aplicación: evaluación individual, grupal, familiar y de pareja, intervención psicoeducativa, asesoramiento vocacional, investigación de mercados, asesoramiento empresarial, investigación terapéutica, estudio de la estructura cognitiva de la personalidad, etc.

Manual de la técnica de rejilla mediante el programa RECORD ver. 2.0: Capítulos I (introducció), II (Etapa de diseño) y III (Fase de administración)

La técnica de rejilla es un instrumento de evaluación de las dimensiones y estructura del significado personal que se deriva de la teoría de los constructos personales. Tanto en la versión original de G. A. Kelly (1955) como en sus continuas actualizaciones, esta técnica pretende captar la forma en que una persona da sentido a su experiencia en sus propios términos. No se trata, por tanto, de un test convencional, sino de una forma de entrevista estructurada orientada a explicitar y analizar los constructos con los que la persona organiza su mundo. De la entrevista se genera una matriz de datos que se somete a varios análisis para revelar su estructura implícita. El programa RECORD ofrece los resultados de una forma clara y proporciona además una serie de gráficos de fácil interpretación. Todo ello permite dibujar la estructura del mapa cognitivo del sujeto desde su propia semántica, culminando así, con rigor metodológico, una vieja aspiración fenomenológica. Se trata de un instrumento muy 'flexible que puede adaptarse a diversas áreas de aplicación: evaluación individual, grupal, familiar y de pareja, intervención psicoeducativa, asesoramiento vocacional, investigación de mercados, asesoramiento empresarial, investigación terapéutica, estudio de la estructura cognitiva de la personalidad, etc.

Nou portal d'accés als materials en obert de la UdG : DUGi 2.0

La Biblioteca de la Universitat de Girona és l'encarregada de coordinar els repositoris digitals de la Universitat. A l'inici el repositori neix de la necessitat de difondre i preservar tota la recerca de la Universitat, però mica en mica el projecte va creixent i es creen diferents repositoris per a diferents tipus de continguts. Així es creen els repositoris DUGiDocs, DUGiMedia i DUGiFonsEspecials.L'objectiu d'aquest PFC és desenvolupar un portal web amb un sistema d'indexació que permeti la cerca per diferents criteris com, per exemple, autor, matèria i títol. L'entorn ha de tenir un disseny agradable per a l'usuari final i ha de permetre obtenir les dades del repositori que se li indiquin. També ha de ser capaç de detectar els possibles duplicats en els criteris de cerca i notificar-ho a l'administrador

Blind docking of 260 protein-ligand complexes with EADock 2.0.

Molecular docking softwares are one of the important tools of modern drug development pipelines. The promising achievements of the last 10 years emphasize the need for further improvement, as reflected by several recent publications (Leach et al., J Med Chem 2006, 49, 5851; Warren et al., J Med Chem 2006, 49, 5912). Our initial approach, EADock, showed a good performance in reproducing the experimental binding modes for a set of 37 different ligand-protein complexes (Grosdidier et al., Proteins 2007, 67, 1010). This article presents recent improvements regarding the scoring and sampling aspects over the initial implementation, as well as a new seeding procedure based on the detection of cavities, opening the door to blind docking with EADock. These enhancements were validated on 260 complexes taken from the high quality Ligand Protein Database [LPDB, (Roche et al., J Med Chem 2001, 44, 3592)]. Two issues were identified: first, the quality of the initial structures cannot be assumed and a manual inspection and/or a search in the literature are likely to be required to achieve the best performance. Second the description of interactions involving metal ions still has to be improved. Nonetheless, a remarkable success rate of 65% was achieved for a large scale blind docking assay, when considering only the top ranked binding mode and a success threshold of 2 A RMSD to the crystal structure. When looking at the five-top ranked binding modes, the success rate increases up to 76%. In a standard local docking assay, success rates of 75 and 83% were obtained, considering only the top ranked binding mode, or the five top binding modes, respectively.

[Magnificentiores selectioresque Urbis Venetiarum prospectus quos olim Michael Marieschi, Venetus pictor et architectus in plerisque tabulis depinxit, nunc vero ab ipsomet acurate delineante, incidente, tyspisque mandante, iterum in sexdecim aereis tabulis in lucem aeduntur]. [0], [Frontispice] : [estampe] / [Michele Marieschi]

Référence bibliographique : Toledano, Marieschi, HC

Construction and performance of network codes

El principal objectiu d'aquest treball és implementar i exposar una descripció teòrica per a diferents esquemes de Physical Layer Network Coding. Utilitzant un esquema bàsic com a punt de partida, el projecte presenta la construcció i l'anàlisis de diferents esquemes de comunicació on la complexitat va augmentant a mesura que anem avançant en el projecte. El treball està estructurat en diferents parts: primer, es presenta una introducció a Physical Layer Network Coding i a Lattice Network Codes. A continuació, s'introdueixen les eines matemàtiques necessàries per entendre el CF System. Després, s'analitza i implementa el primer esquema bàsic. A partir del qual, implementem una versió vectorial del CF System i una versió codificada amb un Hamming q-ari. Finalment, s'estudien i implementen diferents estratègies per millorar la matriu de coeficients A.

Modelado, simulación y control digital de autogiros

Este proyecto consiste en diseñar el algoritmo de control de un autogiro no tripulado. Su aplicación principal es llevar a cabo tareas rutinarias o peligrosas para el piloto como, por ejemplo, extinción de incendios, evaluación de riesgo químico o vigilancia de lugares de acceso restringido. Se realiza un estudio del movimiento del vehículo para obtener su modelo dinámico. A partir de las ecuaciones que describen su movimiento, se realiza una simulación numérica del vehículo. Se incorpora el controlador diseñado y se evalúa su funcionamiento. Finalmente, se implementa el sistema en un microcontrolador.