Density estimates and conservation of Leopardus pardalis southernmost population of the Atlantic Forest

ABSTRACT Using camera traps and capture/recapture analyses we recorded the presence and abundance of cat species at Turvo State Park, in southern Brazil. Ocelot [Leopardus pardalis (Linnaeus, 1758)] population density was estimated for two areas of the park, with differing management profiles. Density estimates varied from 0.14 to 0.26 indiv. km2. Another five cat species were recorded at very low frequencies, precluding more accurate analyses. We estimate 24 to 45 ocelots occur in the reserve, which is probably too small for long-term maintenance of the population, if isolated. However, if habitat integrity and connectivity between the Park and the Green Corridor of Misiones is maintained, an estimated ocelot population of 1,680 individuals should have long-term viability.

Diseño de filtros con topología apilada mediante resonadores FBAR

Els continguts de la memòria es divideixen en dues parts fonamentals, precedides d’una breu explicació on s’introdueix al lector en el tema; primer s’exposen les bases d’un ressonador simple FBAR, d’on s’obtenen equacions de control vitals, i seguidament es plantegen les bases per a un ressonador apilat SCR, derivades de l’estudi previ d’un ressonador simple. La primera part fonamental del treball es centra en l’anàlisi d’un ressonador SCR. Aquest anàlisi es recolza sobre el punt de vista teòric dels paràmetres imatge, el nostre punt de sortida. Aquesta primera part és la més teòrica: obtenció i aplicació dels paràmetres imatge i obtenció dels elements discrets que conformen el circuit equivalent SCR, una xarxa de dos ports. Posteriorment, s’analitza què succeeix modificant els valors dels elements discrets sense variar determinats paràmetres imatge i finalment, es proposa una aproximació per a controlar determinades especificacions de disseny, com són l’ample de banda de transmissió de la xarxa i el factor de qualitat, en funció de les modificacions dels elements discrets. En la segona part s’analitzen, de forma qualitativa, xarxes compostes per diferents ressonadors apilats connectats en cascada. Aquest segon estudi es divideix en dues subparts. En la primera connectem N ressonadors idèntics, plantegem algunes equacions de control i analitzem les respostes. En la segona, es planteja la connexió de dos (N=2) ressonadors diferents amb freqüències de ressonància properes. Aquest segon anàlisi es també totalment qualitatiu, però ens aporta informació que amb la unió de N ressonadors iguals no aconseguíem. Finalitzant aquesta segona part, es planteja l’optimització dels resultats obtinguts per a N=2, mitjançant estructures N=3 ressonadors.

Métodos de extracción de parámetros de un circuito equivalente de pequeña señal para transistores LDMOS de potencia para aplicaciones de RF

En la actualidad, la gran cantidad de aplicaciones que surgen dentro del ámbito de la radiofrecuencia hacen que el desarrollo de dispositivos dentro de este campo sea constante. Estos dispositivos cada vez requieren mayor potencia para frecuencias de trabajo elevadas, lo que sugiere abrir vías de investigación sobre dispositivos de potencia que ofrezcan los resultados deseados para altas frecuencias de operación (GHz). Dentro de este ámbito, el objetivo principal de este proyecto es el de realizar un estudio sobre este tipo de dispositivos, siendo el transistor LDMOS el candidato elegido para tal efecto, debido a su buen comportamiento en frecuencia para tensiones elevadas de funcionamiento.

Dispositius nanoelectrònics a freqüències de THz : estudi de la propagació electromagnètica en les connexions

Per a altes freqüències, les connexions poden tenir un paper rellevant. Atès que la velocitat de propagació dels senyals electromagnètics, c, en el cable no és infinita, el voltatge i el corrent al llarg del cable varien amb el temps. Per tant, amb l’objectiu de reproduir el comportament elèctric de dispositius nanoelectrònics a freqüències de THz, en aquest treball hem estudiat la regió activa del dispositiu nanoelectrònic i les seves connexions, en un sistema global complex. Per a aquest estudi hem utilitzat un nou concepte de dispositiu anomenat Driven Tunneling Device (DTD). Per a les connexions, hem plantejat el problema a partir de tot el conjunt de les equacions de Maxwell, ja que per a les freqüències i longituds de cable considerats, la contribució del camp magnètic és també important. En particular, hem suposat que la propagació que és dóna en el cable és una propagació transversal electromagnètica (TEM). Un cop definit el problema hem desenvolupat un programa en llenguatge FORTRAN que amb l'algoritme de diferències finites soluciona el sistema global. La solució del sistema global s'ha aplicat a una configuració particular de DTD com a multiplicador de freqüència per tal de discutir quins paràmetres de les connexions permet maximitzar la potència real que pot donar el DTD.

PulseCath iVAC 3LTM hemodynamic performance for simple assisted flow.

The PulseCath iVAC 3L? left ventricular assist device is an option to treat transitory left heart failure or dysfunction post-cardiac surgery. Assisted blood flow should reach up to 3 l/min. In the present in vitro model exact pump flow, depending on various frequencies and afterload was examined. Optimal flow was achieved with inflation/deflation frequencies of about 70-80/min. The maximal flow rate was achieved at about 2.5 l/min with a minimal afterload of 22 mmHg. Handling of the device was easy due to the connection to a standard intra-aortic balloon pump console. With increasing afterload (up to a simulated mean systemic pressure of 66 mmHg) flow rate and cardiac support are in some extent limited.

Relación entre tiempo de atención al espejo y conductas indicadoras de autorreconocimiento en orangutanes (Pongo pygmaeus ) y siamangs (Symphalangus syndactylus)

Para medir la capacidad de autorreconocimiento en el espejo en primates no humanos, el procedimiento usualmente utilizado consiste en registrar la frecuencia de comportamientos autodirigidos y autorreferidos. Los resultados obtenidos muestran una alta variabilidad entre sujetos pertenecientes a la misma especie. Este tipo de diferencias individuales no han podido ser explicadas. La hipótesis de trabajo establecer si pueden ser consecuencia de diferencias en el tiempo de atención al espejo. En la primera parte, se registró la cantidad de tiempo que los sujetos prestan atención al espejo y la cantidad de indicadores de autorreconocimiento que muestran. Los individuos que muestran mayores tiempos de atención también muestran frecuencias más altas de indicadores de autorreconocimiento, de acuerdo con una relación lineal entre ambas variables. En la segunda parte, se enriqueció el espejo para provocar un incremento del tiempo de atención en todos los sujetos. La frecuencia de indicadores de autorreconocimiento crece en comparación con una condición control. Los resultados demuestran que la frecuencia absoluta de indicadores de autorreconocimiento está fuertemente afectada por el tiempo de atención al espejo en sujetos de las mismas especies. Un análisis ad hoc. de los datos revela que la frecuencia relativa de conductas de autorreconocimiento sobre el número total de conductas está sólo ligeramente influida por el tiempo de atención y es independiente del nivel de actividad global y, por tanto, podría ser una medida más robusta de autorreconocimiento. De acuerdo a los resultados, los cambios en el tiempo de atención podrían explicar parte de la variabilidad intraespecífica hallada en los estudios de autorreconocimiento en el espejo. Las posibles implicaciones para las diferencias interespecíficas han de ser exploradas en diferentes estudios. Los experimentos han sido realizados en el Parque Zoológico de Barcelona de Febrero de 2007 a Julio de 2007. El proyecto ha tenido una duración global de 14 meses.

Análisis y diseño de filtros apilados basados en resonadores acústicos

Durant els últims anys la demanda de filtres pas banda de ràdio freqüència, de reduïdes dimensions, lleugers i d'elevades prestacions destinats a sistemes de comunicacions inalàmbriques s'ha incrementat de forma significativa. Aquests sistemes principalment són els sistemes de telefonia mòbil de tercera generació UMTS y el sistema de navegació GPS. Els filtres actuals, basats en ressonadors SAW (Surface Acoustic Wave), tenen unes dimensions reduïdes però estan limitats en freqüència (3 GHz) i la seva tecnologia no és compatible amb les tecnologies estàndards de circuits integrats. Per aquestes raons s'espera que els filtres basats en ressonadors BAW (Bulk Acoustic Wave) substitueixin als SAW. Els dos tenen dimensions similars, però els filtres BAW poden funcionar a freqüències superiors a 3 GHz, poden treballar amb nivells de potència majors, i és important destacar el fet que la seva tecnologia és compatible amb les tecnologies estàndards de circuits integrats. La investigació en l'àmbit dels filtres BAW s'ha centrat en millorar els processos tecnològics i la qualitat dels materials, però s'ha treballat poc en l'adaptació de les tècniques sistemàtiques de disseny de filtres a les particularitats d'aquesta tecnologia, per tant el principal objectiu d'aquest treball és presentar mètodes sistemàtics per al disseny de filtres BAW, centrant-se en l'estudi d’estructures apilades.

Effect of single nucleotide polymorphisms in cytochrome P450 isoenzyme and N-acetyltransferase 2 genes on the metabolism of artemisinin-based combination therapies in malaria patients from Cambodia and Tanzania.

The pharmacogenetics of antimalarial agents are poorly known, although the application of pharmacogenetics might be critical in optimizing treatment. This population pharmacokinetic-pharmacogenetic study aimed at assessing the effects of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in cytochrome P450 isoenzyme genes (CYP, namely, CYP2A6, CYP2B6, CYP2C8, CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, CYP3A4, and CYP3A5) and the N-acetyltransferase 2 gene (NAT2) on the pharmacokinetics of artemisinin-based combination therapies in 150 Tanzanian patients treated with artemether-lumefantrine, 64 Cambodian patients treated with artesunate-mefloquine, and 61 Cambodian patients treated with dihydroartemisinin-piperaquine. The frequency of SNPs varied with the enzyme and the population. Higher frequencies of mutant alleles were found in Cambodians than Tanzanians for CYP2C9*3, CYP2D6*10 (100C → T), CYP3A5*3, NAT2*6, and NAT2*7. In contrast, higher frequencies of mutant alleles were found in Tanzanians for CYP2D6*17 (1023C → T and 2850C → T), CYP3A4*1B, NAT2*5, and NAT2*14. For 8 SNPs, no significant differences in frequencies were observed. In the genetic-based population pharmacokinetic analyses, none of the SNPs improved model fit. This suggests that pharmacogenetic data need not be included in appropriate first-line treatments with the current artemisinin derivatives and quinolines for uncomplicated malaria in specific populations. However, it cannot be ruled out that our results represent isolated findings, and therefore more studies in different populations, ideally with the same artemisinin-based combination therapies, are needed to evaluate the influence of pharmacogenetic factors on the clearance of antimalarials.

Modeling sequencing errors by combining Hidden Markov models.

Among the largest resources for biological sequence data is the large amount of expressed sequence tags (ESTs) available in public and proprietary databases. ESTs provide information on transcripts but for technical reasons they often contain sequencing errors. Therefore, when analyzing EST sequences computationally, such errors must be taken into account. Earlier attempts to model error prone coding regions have shown good performance in detecting and predicting these while correcting sequencing errors using codon usage frequencies. In the research presented here, we improve the detection of translation start and stop sites by integrating a more complex mRNA model with codon usage bias based error correction into one hidden Markov model (HMM), thus generalizing this error correction approach to more complex HMMs. We show that our method maintains the performance in detecting coding sequences.

Rare genomic structural variants in complex disease: lessons from the replication of associations with obesity.

The limited ability of common variants to account for the genetic contribution to complex disease has prompted searches for rare variants of large effect, to partly explain the 'missing heritability'. Analyses of genome-wide genotyping data have identified genomic structural variants (GSVs) as a source of such rare causal variants. Recent studies have reported multiple GSV loci associated with risk of obesity. We attempted to replicate these associations by similar analysis of two familial-obesity case-control cohorts and a population cohort, and detected GSVs at 11 out of 18 loci, at frequencies similar to those previously reported. Based on their reported frequencies and effect sizes (OR≥25), we had sufficient statistical power to detect the large majority (80%) of genuine associations at these loci. However, only one obesity association was replicated. Deletion of a 220 kb region on chromosome 16p11.2 has a carrier population frequency of 2×10(-4) (95% confidence interval [9.6×10(-5)-3.1×10(-4)]); accounts overall for 0.5% [0.19%-0.82%] of severe childhood obesity cases (P = 3.8×10(-10); odds ratio = 25.0 [9.9-60.6]); and results in a mean body mass index (BMI) increase of 5.8 kg.m(-2) [1.8-10.3] in adults from the general population. We also attempted replication using BMI as a quantitative trait in our population cohort; associations with BMI at or near nominal significance were detected at two further loci near KIF2B and within FOXP2, but these did not survive correction for multiple testing. These findings emphasise several issues of importance when conducting rare GSV association, including the need for careful cohort selection and replication strategy, accurate GSV identification, and appropriate correction for multiple testing and/or control of false discovery rate. Moreover, they highlight the potential difficulty in replicating rare CNV associations across different populations. Nevertheless, we show that such studies are potentially valuable for the identification of variants making an appreciable contribution to complex disease.

Harmonization guidelines for HLA-peptide multimer assays derived from results of a large scale international proficiency panel of the Cancer Vaccine Consortium.

PURPOSE: The Cancer Vaccine Consortium of the Cancer Research Institute (CVC-CRI) conducted a multicenter HLA-peptide multimer proficiency panel (MPP) with a group of 27 laboratories to assess the performance of the assay. EXPERIMENTAL DESIGN: Participants used commercially available HLA-peptide multimers and a well characterized common source of peripheral blood mononuclear cells (PBMC). The frequency of CD8+ T cells specific for two HLA-A2-restricted model antigens was measured by flow cytometry. The panel design allowed for participants to use their preferred staining reagents and locally established protocols for both cell labeling, data acquisition and analysis. RESULTS: We observed significant differences in both the performance characteristics of the assay and the reported frequencies of specific T cells across laboratories. These results emphasize the need to identify the critical variables important for the observed variability to allow for harmonization of the technique across institutions. CONCLUSIONS: Three key recommendations emerged that would likely reduce assay variability and thus move toward harmonizing of this assay. (1) Use of more than two colors for the staining (2) collect at least 100,000 CD8 T cells, and (3) use of a background control sample to appropriately set the analytical gates. We also provide more insight into the limitations of the assay and identified additional protocol steps that potentially impact the quality of data generated and therefore should serve as primary targets for systematic analysis in future panels. Finally, we propose initial guidelines for harmonizing assay performance which include the introduction of standard operating protocols to allow for adequate training of technical staff and auditing of test analysis procedures.

New Sorex araneus karyotypes from Germany and the postglacial recolonization of central Europe

New G-banded karyotypes from populations of the common shrew Sorex araneus Linnaeus, 1758 provide a clearer picture of the distribution of chromosome races in central Europe. As expected according to their occurrence in neighbouring countries, the Jutland (kq, no), Laska (k/o) and Drnholec (ko, nr) races are also found in Germany. A new chromosome race "Rugen" (kq) is described from this Baltic Island. Together with the previously recorded races Ulm and Mooswald (kr), six chromosome races are now known from Germany. The resulting distribution pattern is characterized by high frequencies of different race-specific metacentrics at the periphery of the country and clines with decreasing frequencies towards the centre which is occupied by the Ulm race. This race is acrocentric for all chromosome arms involved in the observed race-specific fusions and represents a buffer between the surrounding, more metacentric races. According to the present distribution of these metacentrics, a scenario for the postglacial recolonization of central Europe by S. araneus populations on three different routes is proposed: from the east along the northern slopes of the Carpathian Arc, from the south-east along the Danube Valley and from the south-west through the Upper Rhine Valley.

Endoscopic mucosal resection in the esophagus with a new rigide device : an animal study

Résumé: Introduction : L'utilisation de méthodes endoscopiques peu invasives est en constante augmentation pour le traitement des lésions tumorales précoces de l'oesophage. Le but du traitement comprend l'éradication complète de tous les foyers de dysplasie ou de carcinome in situ, notamment dans les métaplasies intestinales de l'oesophage de Barrett, qui peuvent dégénérer en adénocarcinome. Plusieurs techniques d'ablation de la muqueuse oesophagienne (laser, argon plasma, electrocoagulation, photothérapie dynamique, résection endoscopique) ont été utilisées jusqu'à présent, mais aucune n'a vraiment donné entière satisfaction. Les techniques actuelles de résections endoscopiques par fibroscopie sont entre autres limitées par le grand nombre de séances nécessaires à l'éradication complète de la lésion et par la petite taille des fragments de muqueuse obtenus, ce qui rend l'analyse histologique difficile. Dans notre étude animale, nous avons évalué la faisabilité, l'efficacité et la sécurité d'une méthode de résection endoscopique à l'aide d'un nouvel oesophagoscope rigide. Matériel et méthode : Le résectoscope est formé d'un oesophagoscope rigide avec une fenêtre distale transparente à travers laquelle la muqueuse et une partie de la sous-muqueuse sont aspirées et ensuite réséquées avec une anse thermique. Les diverses fenêtres utilisées ont une taille comprise entre 2.2 et 4.4 cm. Le mouton a été choisi en raison de la ressemblance de son oesophage avec celui de l'humain en ce qui concerne l'épaisseur de son oesophage et sa structure histologique. Nous avons effectué 55 résections hémi-circonférentielles sur 21 animaux et 11 résections circonférentielles sur 11 autres. La Mitomycine-C, une substance qui inhibe la prolifération fibroblastique, a été utilisée dans 8 résections circonférentielles à différents intervalles de temps afin d'empêcher la survenue de sténoses oesophagiennes. Résultats : Toutes les résections hémi-circonférentielles ont permis d'obtenir des fragments compacts de tissu avec des bords nets, ce qui permet une excellente étude histologique. La surface du tissu prélevé était en corrélation avec la taille de la fenêtre du resectoscope. Nous avons ainsi pu obtenir des fragments avec des dimensions comprises entre 6 et 12 cm2. Pour les résections circonférentielles, les tissus étaient obtenus en 2 parties, en inversant de 180° la position de l'appareil. La profondeur de la résection a été optimale dans 58 cas sur 65 avec une découpe précise au niveau de la sous-muqueuse sans lésion de la couche musculaire sous- jacente. Il n'y a pas eu de complications après les résections hémi-circonférentielles. Les complications engendrées par les résections circonférentielles (sténose, perforation) n'ont plus été rencontrées après application locale de Mitomycine-C administrée à des intervalles de temps bien précis. Conclusion : Notre méthode de résection endoscopique de la muqueuse oesophagienne offre une nouvelle approche très prometteuse par rapport aux options déjà disponibles. Elle apparaît supérieure en ce qui concerne la taille de tissu prélevé, la précision et régularité de la profondeur de résection, ainsi que la facilité et sûreté du diagnostic histologique et des marges de sécurité. Les résections hémi-circonférentielles se sont révélées sûres chez le modèle animal. Cette nouvelle technique mérite de plus amples investigations pour les résections circonférentielles avant son utilisation chez l'humain. Abstract: Background and Study Aims: We undertook this retrospective study to evaluate the frequency and prognosis of endoscopic treatment of laterally spreading tumors (LSTs) in the rectum. The recurrence rate for lesions of the lower rectum was compared with that of the upper rectum. Patients and Methods: During the period from July 1989 to June 2002, a total of 1237 rectal tumors were detected. LSTs accounted for 6.9% (85/1237) of all rectal tumors. A total of 224 tumors of the lower rectum were detected among the 1237 rectal tumors. LSTs accounted for 16.1 % (36/224) of all the lower rectal tumors. From 85 LST lesions, 67 were evaluated for their prognosis after endoscopic mucosal resection (EMR). Patients whose LSTs had been resected were followed up by endoscopy at the following frequencies: once 15 (22.4%); twice (more than 1 year), 20 (29.9%); three times (more than 3 years), 21(31.3%); and four times or more (more than 5 years), 11 (16.4%). Results: A total of 67 patients with endoscopically treated LSTs were followed up by endoscopy. We observed recurrences in two lesions of the upper rectum (2/38, 5.3%) and five lesions of the lower rectum (5/29, 17.2%) (P = 0.2364); all seven lesions were resected piecemeal. LSTs whose horizontal margin reached the pectinate line frequently recurred in the lower rectum, at a rate of 80% (4/5). However, all patients were completely cured by additional endoscopic resections, the greatest number of treatments being four. Conclusion: For early detection of recurrence and successful endoscopic cure, further colonoscopic examination within a few months after the first treatment is necessary.

In situ evaluation of single-cell lysis by cytosol extraction observation through fluorescence decay and dielectrophoretic trapping time

We present a new method for lysis of single cells in continuous flow, where cells are sequentially trapped, lysed and released in an automatic process. Using optimized frequencies, dielectrophoretic trapping allows exposing cells in a reproducible way to high electrical fields for long durations, thereby giving good control on the lysis parameters. In situ evaluation of cytosol extraction on single cells has been studied for Chinese hamster ovary (CHO) cells through out-diffusion of fluorescent molecules for different voltage amplitudes. A diffusion model is proposed to correlate this out-diffusion to the total area of the created pores, which is dependent on the potential drop across the cell membrane and enables evaluation of the total pore area in the membrane. The dielectrophoretic trapping is no longer effective after lysis because of the reduced conductivity inside the cells, leading to cell release. The trapping time is linked to the time required for cytosol extraction and can thus provide additional validation of the effective cytosol extraction for non-fluorescent cells. Furthermore, the application of one single voltage for both trapping and lysis provides a fully automatic process including cell trapping, lysis, and release, allowing operating the device in continuous flow without human intervention.

Estudio de sincronización cooperativa en redes de sensores

En este informe se estudia cómo es posible utilizar redes de sensores inalámbricos (WSN), para la localización de determinados eventos. Se hace un estudio previo de cómo una red de sensores puede llegar a estar sincronizada de una manera cooperativa, interactuando todos los sensores de la red entre sí. Primero se realiza el estudio para la sincronización de dos sensores con frecuencias diferentes, viéndose los parámetros que intervienen para que esta sincronización se realice con éxito, y también los efectos que en ella se produce al añadirle ruido. Seguidamente, se realiza el estudio para la sincronización de redes de N sensores, de manera que interactúen entre ellos de forma cooperativa. Se observan las características de la sincronización cuando todos los sensores llegan a consenso y, después, se busca la forma para que el consenso tienda hacia un valor determinado por mutuo acuerdo de los sensores. Finalmente, a partir de las características obtenidas en el consenso de N sensores, se realiza una aplicación práctica para la localización de eventos por medio del consenso de estas redes de sensores inalámbricos.