Développement d’une méthode SPRi-MALDI-IMS pour la quantification et l’identification des protéines dans des empreintes de tissus biologiques

Plusieurs tests médicaux, comme celui du dépistage du cancer du sein, se basent sur l’observation de section tissulaire sous un microscope. Ces tests se basent sur l’interprétation d’un spécialiste et les résultats peuvent varier d’un expert à un autre dû la subjectivité des observations. L’utilisation d’une technique analytique offrant une quantification et une identification de cibles moléculaires dans une section tissulaire permettrait aux experts de produire des diagnostics plus objectifs et diminuerait possiblement le nombre de faux diagnostics. Les travaux présentés dans ce mémoire portent sur le développement d’une technique SPRi-MALDI-IMS permettant l’imagerie en deux dimensions de protéines contenues dans une section tissulaire. La MALDI-IMS est la technique de choix pour l’imagerie de biomolécules dans les sections tissulaires. Par contre, elle ne parvient pas à elle seule à quantifier de façon absolue le matériel adsorbé à la surface. Donc, le couplage de la MALDI-IMS avec la SPRi permet la quantification absolue de protéines en deux dimensions et crée une technique répondant aux besoins des experts médicaux. Pour ce faire, nous avons étudié, l’effet de la chimie de surface sur la nature et la quantité de matériel adsorbé à la surface du capteur. De plus, la cinétique de transfert des protéines du tissu vers le capteur a dû être optimisée afin de produire des empreintes correspondant au tissu d’origine, afin d’atteindre la gamme dynamique des instruments SPRi et MALDI-IMS. La technique résultante de ces optimisations permet d’obtenir les premières images quantitatives et qualitatives de protéines en deux dimensions d’une seule section tissulaire.

Développement d'une méthode de quantification des varicosités synaptiques et asynaptiques établies par les neurones dopaminergiques

Les neurones dopaminergiques (DA) de la substance noire compacte (SNc) et de l’aire tegmentaire ventrale (ATV) développent des contacts de type synaptique et non synaptique. Malgré de nombreux travaux sur la synaptogénèse en général, aucune méthode autre que la microscopie électronique, n’a été développée pour quantifier les varicosités synaptiques et asynaptiques issues des neurones DA. L’objectif principal de ce projet était de développer une méthode d’analyse et de quantification des varicosités synaptiques et asynaptiques des neurones DA. L’hypothèse proposée est qu’il devait être possible de détecter la présence de synapses en visualisant la colocalisation d’une protéine présynaptique telle que synaptotagmine 1 (SYT1) avec un marqueur post-synaptique tel que la postsynaptic density protein 95 (PSD95). Pour ce faire, nous avons préparé des cultures primaires de neurones DA à l’aide d’une lignée de souris transgéniques exprimant la protéine fluorescente verte (GFP) sous le contrôle du promoteur de la tyrosine hydroxyalse (TH). Nous avons ensuite visualisé les terminaisons axonales à l'aide de marquages immunocytochimiques de protéines pré et post-synaptiques. L’analyse quantitative des images a été effectuée avec le logiciel de traitement d’image Image-J. Nos résultats montrent que, via l’association d’un marqueur présynaptique tel que SYT1 avec un marqueur postsynaptique tel que PSD95, seule une minorité des terminaisons établies par les neurones DA sont de type synaptique. En contraste, des neurones glutamatergiques du cortex, établissent une majorité de terminaisons associées à un marqueur postsynaptique. Nos résultats valident donc la mise en place d'une technique d'analyse permettant de quantifier la proportion de terminaisons synaptiques et asynaptiques établies par les neurones DA.

Développement d’une méthode bio-informatique permettant de relier les gènes aux métabolites

L’objectif de ce projet était de faire le lien entre gènes et métabolites afin d’éventuellement proposer des métabolites à mesurer en lien avec la fonction de gènes. Plus particulièrement, nous nous sommes intéressés aux gènes codant pour des protéines ayant un impact sur le métabolisme, soit les enzymes qui catalysent les réactions faisant partie intégrante des voies métaboliques. Afin de quantifier ce lien, nous avons développé une méthode bio-informatique permettant de calculer la distance qui est définie comme le nombre de réactions entre l’enzyme encodée par le gène et le métabolite dans la carte globale du métabolisme de la base de données Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Notre hypothèse était que les métabolites d’intérêt sont des substrats/produits se trouvant à proximité des réactions catalysées par l’enzyme encodée par le gène. Afin de tester cette hypothèse et de valider la méthode, nous avons utilisé les études d’association pangénomique combinées à la métabolomique (mGWAS) car elles rapportent des associations entre variants génétiques, annotés en gènes, et métabolites mesurés. Plus précisément, la méthode a été appliquée à l’étude mGWAS par Shin et al. Bien que la couverture des associations de Shin et al. était limitée (24/299), nous avons pu valider de façon significative la proximité entre gènes et métabolites associés (P<0,01). En somme, cette méthode et ses développements futurs permettront d’interpréter de façon quantitative les associations mGWAS, de prédire quels métabolites mesurer en lien avec la fonction d’un gène et, plus généralement, de permettre une meilleure compréhension du contrôle génétique sur le métabolisme.

Une nouvelle méthode pour estimer la torsion géométrique en scoliose idiopathique de l’adolescent

La scoliose idiopathique de l’adolescent (SIA) est une déformation tridimensionnelle (3D) de la colonne vertébrale. Pour la plupart des patients atteints de SIA, aucun traitement chirurgical n’est nécessaire. Lorsque la déformation devient sévère, un traitement chirurgical visant à réduire la déformation est recommandé. Pour déterminer la sévérité de la SIA, l’imagerie la plus utilisée est une radiographie postéroantérieure (PA) ou antéro-postérieure (AP) du rachis. Plusieurs indices sont disponibles à partir de cette modalité d’imagerie afin de quantifier la déformation de la SIA, dont l’angle de Cobb. La conduite thérapeutique est généralement basée sur cet indice. Cependant, les indices disponibles à cette modalité d’imagerie sont de nature bidimensionnelle (2D). Celles-ci ne décrivent donc pas entièrement la déformation dans la SIA dû à sa nature tridimensionnelle (3D). Conséquemment, les classifications basées sur les indices 2D souffrent des mêmes limitations. Dans le but décrire la SIA en 3D, la torsion géométrique a été étudiée et proposée par Poncet et al. Celle-ci mesure la tendance d’une courbe tridimensionnelle à changer de direction. Cependant, la méthode proposée est susceptible aux erreurs de reconstructions 3D et elle est calculée localement au niveau vertébral. L’objectif de cette étude est d’évaluer une nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique par l’approximation de longueurs d’arcs locaux et par paramétrisation de courbes dans la SIA. Une première étude visera à étudier la sensibilité de la nouvelle méthode présentée face aux erreurs de reconstructions 3D du rachis. Par la suite, deux études cliniques vont présenter la iv torsion géométrique comme indice global et viseront à démontrer l’existence de sous-groupes non-identifiés dans les classifications actuelles et que ceux-ci ont une pertinence clinique. La première étude a évalué la robustesse de la nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique chez un groupe de patient atteint de la SIA. Elle a démontré que la nouvelle technique est robuste face aux erreurs de reconstructions 3D du rachis. La deuxième étude a évalué la torsion géométrique utilisant cette nouvelle méthode dans une cohorte de patient avec des déformations de type Lenke 1. Elle a démontré qu’il existe deux sous-groupes, une avec des valeurs de torsion élevées et l’autre avec des valeurs basses. Ces deux sous-groupes possèdent des différences statistiquement significatives, notamment au niveau du rachis lombaire avec le groupe de torsion élevée ayant des valeurs d’orientation des plans de déformation maximales (PMC) en thoraco-lombaire (TLL) plus élevées. La dernière étude a évalué les résultats chirurgicaux de patients ayant une déformation Lenke 1 sous-classifiées selon les valeurs de torsion préalablement. Cette étude a pu démontrer des différences au niveau du PMC au niveau thoraco-lombaire avec des valeurs plus élevées en postopératoire chez les patients ayant une haute torsion. Ces études présentent une nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique et présentent cet indice quantitativement. Elles ont démontré l’existence de sous-groupes 3D basés sur cet indice ayant une pertinence clinique dans la SIA, qui n’étaient pas identifiés auparavant. Ce projet contribue dans la tendance actuelle vers le développement d’indices 3D et de classifications 3D pour la scoliose idiopathique de l’adolescent.

Laisser s'imposer l'être : appartenance et métaphysique des transcendantaux dans Vérité et méthode de H.-G. Gadamer.

L’herméneutique de Gadamer s’inscrit-elle dans la foulée de la critique heideggérienne de la métaphysique ? Devrait-on, par surcroit, la considérer comme une forme de nihilisme, où l’être serait réduit au langage et partant, à la pluralité des interprétations ? La présente étude vise plutôt à montrer, sous la conduite des indications de Gadamer lui-même, qu’il est impératif de reconnaître à son maître-ouvrage une dimension métaphysique certaine et cruciale et dont la portée consiste précisément à s’opposer aux interprétations nihiliste et nominaliste de notre rapport à l’être. Pour ce faire il sera d’abord établi que le concept d’appartenance (Zugehörigkeit) est le maître-concept de Vérité et méthode, comme l’avait vu Ricoeur, puis comment Gadamer rattache explicitement celui-ci à la métaphysique médiévale des transcendantaux, métaphysique qui demeure visible jusque dans les dernières conclusions de l’ouvrage qui traitent de la métaphysique de la lumière (Lichtmetaphysik). Nous verrons que c’est précisément à la lumière de cette proximité constante avec la métaphysique des transcendantaux qu’il faut comprendre la thèse de Gadamer à l’effet que l’être susceptible d’être compris est langage, de manière à y voir une affirmation soutenue de l’intelligibilité de l’être, comme l’avait d’ailleurs saisi Heidegger lui-même. Notre intention est ainsi de rendre perceptibles les sources et le cadre de cette métaphysique des transcendantaux, qui ont été négligés dans la réception de Gadamer. Nous porterons donc notre regard sur les sources médiévales de sa pensée que Gadamer connaît et commente, soit Thomas d’Aquin et Nicolas de Cues, mais aussi sur des auteurs moins connus de la tradition herméneutique, dont Philippe le Chancelier, auteur indispensable lorsqu’il s’agit de traiter de la métaphysique des transcendantaux à laquelle Gadamer se réfère. Cette enquête nous amènera à démontrer comment l’herméneutique de Gadamer s’inscrit dans la conception traditionnelle de la vérité comme adaequatio rei et intellectus, définition dont nous devons surtout à Thomas de l’avoir léguée à la postérité mais qu’ont aussi reprise les modernes, incluant Kant et Heidegger. C’est ainsi une nouvelle lecture du rapport de Gadamer à son maître Heidegger et à sa critique de la métaphysique qui résultera de cette archéologie des sources métaphysiques du concept d’appartenance ; il sera en effet démontré que l’héritage de Gadamer est à comprendre, de son propre aveu, en continuité et non en rupture avec la métaphysique. Enfin, fidèle à l’esprit herméneutique de l’application, nous éprouverons cette compréhension renouvelée du concept d’appartenance à l’aune d’une discussion de nature plus théologique, de manière à jeter un éclairage nouveau sur la fécondité de l’herméneutique gadamérienne dans le contexte de la théologie moderne. C’est ainsi que le concept de foi, compris habituellement dans le cadre imposé par la métaphysique moderne de la subjectivité qui le réduit à une « croyance » ou à un « choix personnel », sera mis à l’épreuve du tournant ontologique pris par l’herméneutique avec Gadamer et qui incite à dépasser la dichotomie entre le sujet et son objet en pensant le sujet à partir de l’être. C’est une compréhension de la foi comme appartenance, au sens précis que Gadamer donne à ce concept, qui sera ici mise au jour.

Le standpoint theory : en faveur d’une nouvelle méthode épistémologique

Cet article est avant tout une présentation générale du standpoint theory mais vise tout particulièrement à souligner la relation épistémologique qui unit cette théorie féministe à la théorie marxiste. Ainsi il y sera démontré que l’expérience de l’oppression, et donc de la souffrance qui l’accompagne, est en mesure de représenter un avantage épistémique que les groupes subissant l’oppression peuvent tourner à leur avantage. Il sera donc question d’un nouveau type d’objectivité délaissant le concept de neutralité en faveur d’une subjectivité pleinement assumée.

La méthode axiomatique durant la crise des fondements

Ce texte examine la méthode axiomatique durant la période de l’histoire des mathématiques correspondant à la crise des fondements. Il a pour objectif de montrer que la méthode axiomatique changea, mais aussi de comprendre la nature de ces changements. À cette fin, les conceptions de Frege, Hilbert et Noether sont analysées.

Diagnostic de sécurité d’une entreprise brésilienne à partir de l’analyse des accidents du travail par la méthode de l’arbre des causes

We present here the results of a study of 21 work-related accidents that occurred in a Brazilian manufacturing company. The aim was to assess the safety level of the company to improve its work accident prevention policy. In the last 6 months of 1992 and 1993, all accidents resulting in 15 days' absence from work, reported for social security purposes, were analyzed using the INRS causal tree method (ADC) and a questionnaire completed on site. Potential risk factors for accidents were identified based on the specific factors highlighted by the ADC. More universal trees were also compiled for the safety assessment. Three hundred and thirty specific accident factors were recorded (mean of 15.71 per accident). This is consistent with there being multiple causes of accidents rather than the assertion of Brazilian business safety departments that accidents are due to dangerous or unsafe behavior. Introducing the idea of culpability into accidents prevents the implementation of an appropriate information feedback process, essential for effective prevention. However, the large number of accidents related to material (78%) and environment (70%) indicates that working conditions are poor. This shows that the technical risks, mostly due to unsafe machinery and equipment are not being dealt with. Seventy-five potential accident factors were identified. Of these, 35% were organizational, a high proportion for the company studied. Improvisation occurs at all levels, particularly at the organizational level. This is thus a major determinant for entire series of, if not most, accident situations. The poor condition of equipment also plays a major role in accidents. The effects of poor equipment on safety exacerbate the organizational shortcomings. The company's safety intervention policy should improve the management of human resources (rules designating particular workers for particular workstations; instructions for the safe operation of machines and equipment; training of operators, etc.) and introduce programs to detect risks and to improve the safety of machines and equipment. We also recommend the establishment of a program to follow the results of any preventive measures adopted.

Nouvelle méthode d’analyse de l’exploration visuelle

The term visual field corresponds to the angular field of view that is seen by the eyes when they are fixed on a point straight-ahead. In neurological patients--e.g. stroke, trauma, or tumour patients--visual field function can be restricted, depending on lesion site and size. In contrast, the term "functional visual field" describes the area of visual field responsiveness under more ordinary viewing conditions. The visual exploration, i.e. the capacity to explore and analyze our visual world, is dependent on the integrity of the visual system and the oculomotor system which has to move the fovea from one object of interest to the next. In this paper, we present a new method to assess the functional visual field, conceptualized as the area that a patient actively scans with eye movements to detect predefined targets placed on everyday scenes. This method allows us to compare three levels of visual field function: (a) the spatial distribution of successful search (hits, i.e. which targets did the patient find?), (b) the spatial distribution of fixations (i.e. where did the patient preferentially search for targets?), and (c) the retinotopic level (i.e. the visual field assessed by perimetry). By integrating these three levels, one can evaluate functional outcomes of visual field disorders. Of particular importance is the question of how a patient compensates for a visual field loss with appropriate eye movements. A further clinical application of this method is the comparison of pre- with post-treatment data. Patients with visual field disorders usually undergo specific exploration trainings, aimed at enhancing the number and amplitude of saccades towards the region of the visual field deficit. The first experiences and clinical application with this method are presented here.