Probabilité de fixation dans des modèles génétiques de populations à plusieurs allèles

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Probabilité et temps de fixation à l’aide de processus ancestraux

Ce mémoire analyse l’espérance du temps de fixation conditionnellement à ce qu’elle se produise et la probabilité de fixation d’un nouvel allèle mutant dans des populations soumises à différents phénomènes biologiques en uti- lisant l’approche des processus ancestraux. Tout d’abord, l’article de Tajima (1990) est analysé et les différentes preuves y étant manquantes ou incomplètes sont détaillées, dans le but de se familiariser avec les calculs du temps de fixa- tion. L’étude de cet article permet aussi de démontrer l’importance du temps de fixation sur certains phénomènes biologiques. Par la suite, l’effet de la sé- lection naturelle est introduit au modèle. L’article de Mano (2009) cite un ré- sultat intéressant quant à l’espérance du temps de fixation conditionnellement à ce que celle-ci survienne qui utilise une approximation par un processus de diffusion. Une nouvelle méthode utilisant le processus ancestral est présentée afin d’arriver à une bonne approximation de ce résultat. Des simulations sont faites afin de vérifier l’exactitude de la nouvelle approche. Finalement, un mo- dèle soumis à la conversion génique est analysé, puisque ce phénomène, en présence de biais, a un effet similaire à celui de la sélection. Nous obtenons finalement un résultat analytique pour la probabilité de fixation d’un nouveau mutant dans la population. Enfin, des simulations sont faites afin de détermi- nerlaprobabilitédefixationainsiqueletempsdefixationconditionnellorsque les taux sont trop grands pour pouvoir les calculer analytiquement.

Une nouvelle approche computationnelle pour la découverte des sites de fixation de facteurs de transcription à l’ADN, adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage

Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP.

La littérature camerounaise en quête d’autonomie : analyse du rôle de l’association La ronde des poètes

Notre analyse du rôle de l’association La ronde des poètes dans la lutte pour l’autonomie de la littérature camerounaise s’est appuyée sur l’approche sociologique de Pierre Bourdieu pour qui la société est constituée de champs spécifiques en lutte les uns contre les autres pour atteindre un statut privilégié dans le champ social, ce qui constitue un aspect de leur autonomie. Selon Bourdieu, l’étude des manifestations de l’autonomie des champs littéraires devrait tenir compte de toutes les actions entreprises par les agents dudit champ. En effet, ces différentes actions ne sont que des stratégies de lutte. Seulement, d’après Jacques Dubois, l’autonomie des littératures nationales n’est acquise que lorsque celles-ci possèdent un appareil institutionnel propre capable d’assurer seul la production et la diffusion des œuvres, la légitimation et la consécration des écrivains. Si toutes ces conditions réunies échappent encore à plusieurs littératures de l’Afrique subsaharienne, il n’en demeure pas moins que ces dernières sont engagées dans un processus de lutte pour leur autonomie, ce que prouve l’exemple de La ronde des poètes, notre prétexte pour observer les manifestations de l’autonomie au sein du champ littéraire camerounais. Les stratégies de lutte de La ronde des poètes sont d’émergence et de fonctionnement. Pour le premier cas, la formule associative qui donne plus de possibilités que ne pourrait avoir un auteur isolé, le choix de la poésie aussi qui est un genre dont la production des œuvres ne nécessite pas de gros moyens financiers, nous sont apparus comme des stratégies ayant permis aux membres de La ronde des poètes de devenir des écrivains dans un contexte de production défavorable. De plus, par leurs textes fondateurs, ils se définissent comme un groupe ayant un programme d’action bien établi. Par ailleurs, ils attirent sur eux l’attention en se proclamant avant-gardistes et, pour le montrer, publient des manifestes et se détournent, idéologiquement parlant, de la poétique de la négritude dont la fixation sur la race a dominé la création littéraire pendant plusieurs décennies en Afrique. Les stratégies d’émergence de La ronde des poètes ont travaillé à l’identification de cette association comme un élément du champ littéraire camerounais ayant sa place aux côtés d’autres acteurs existant déjà dans ce champ. Pour ce qui est des stratégies de fonctionnement, La ronde des poètes s’est dotée d’un statut légal en se faisant enregistrer auprès des autorités camerounaises, ce qui la consolide dans son champ social. Sur le plan littéraire, ses membres lui confèrent un caractère institutionnel en créant en son sein des formes d’instances littéraires. Leurs ateliers d’écriture assurent la création des œuvres, les instances de diffusion prennent chez eux la forme d’un bulletin hebdomadaire, « Le rondin », mais surtout d’une revue, Hiototi : Revue camerounaise de poésie, de lettres et de culture. Cette revue recueille les articles de critiques littéraires formés à La ronde des poètes et de ceux du Cameroun. Le « Prix de la poésie rondine » est leur instance de consécration interne. Cette association réussit ainsi à obtenir la reconnaissance de pairs, poètes et écrivains camerounais et étrangers, celle aussi d’autorités camerounaises et internationales. En somme, la réunion de ces instances institutionnelles montre combien la marche vers l’autonomie de la littérature camerounaise en général est réelle.

Développement d’une approche quantitative pour l’étude du poumon équin : fixation et échantillonnage pour l’application des principes de la stéréologie

La présente étude visait à développer un protocole de fixation et d'échantillonnage pour le poumon équin suivant les directives publiées sur l’utilisation d’une approche stéréologique de type « design-based ». Les poumons gauches de chevaux contrôles et atteints du souffle ont été fixés avec du formaldéhyde 10% pendant 48h à une pression constante de 25-30 cm d’H2O. Les poumons ont été sectionnés en 20-21 tranches d’une épaisseur d'environ 2,5 cm chacune; de 10-11 tranches ont été sélectionnées de façon aléatoire et systématique pour la mesure du volume de référence avec la méthode de Cavalieri. Un protocole d’échantillonnage systématique, aléatoire et uniforme utilisant le principe du « smooth fractionator » et un poinçon à biopsie de 17 mm ont été utilisés pour échantillonner une fraction représentative de chaque poumon. Les méthodes d’échantillonnage de sections verticales, uniformes et aléatoires (VUR) et d’échantillonnage isotropique, uniforme et aléatoire (IUR) ont toutes deux été effectuées pour comparer le nombre de voies respiratoires en coupe perpendiculaire obtenues à partir de chaque méthode. L'architecture globale et la qualité des tissus fixés ont également été évaluées. Des spécimens pulmonaires équins ont été échantillonnés avec succès selon un protocole visant à produire des données morphométriques valides. Les tissus ont été fixés avec un minimum d'artéfacts et contenaient une quantité suffisante de voies respiratoires en coupe perpendiculaire dans les deux types d’échantillons. En conclusion, un protocole de fixation et d'échantillonnage adapté au poumon équin permettant l'utilisation d'une approche stéréologique de type « design-based » a été élaboré pour l’étude du remodelage des voies respiratoires.

Integrated internal PIFA for UMTS operation of clamshell mobile phones

novel design of at internal PIFA integrated with an RF-shielding metal case for application in a clamshell or fielder-tvpe mobile phone is presented. The integrated PIFA has a bent and tapered radiating arm in order to easily fit in the casing of the clamshell mobile phone as an internal antenna. The integrated PlEA can also provide a wide operating bandwidth fir UM7S (1920-2170 MHz) operation. In addition, for the clamshell mobile phone in either the talk or standby condition, only a small effect on the operating bandwidth of the integrated PIFA is obtained. The experimental results of the proposed design are presented

Smallholder group certification in Uganda - Analysis of internal control systems in two organic export companies

The organic agricultural sector of Uganda is among the most developed in Africa in terms of its professional institutional network and high growth rates of number of certified farmers and land area. Smallholder farmers are certified organic through contract production for export companies using a group certification scheme (internal control system - ICS). The ICS is a viable and well-accepted tool to certify small-scale producers in developing countries all over the world. Difficulties in certification are still stated to be among the main constraints for Uganda’s organic sector development. Therefore, this paper reports a qualitative case study comprising 34 expert interviews in two organic fresh-produce export companies in central Uganda, aiming to explore the challenges which underlie organic certification with ICS. The study shows that farmers cannot be labelled as ‘organic by default’ but deliberately engage in organic production as a marketing strategy. The small quantities purchased by the organic companies lead to a difficult marketing situation for the farmers, causing production and infiltration risks on the farm level. These risks require increased control that challenges the companies organizationally. The risks and control needs are a reason to involve farmers in ICS procedures and innovatively adapt the ICS by means of a bypass around formal perspective restrictions. The paper discusses different perspectives on risks, risk control and certification.

Robot Motion Vision by Fixation

In many motion-vision scenarios, a camera (mounted on a moving vehicle) takes images of an environment to find the "motion'' and shape. We introduce a direct-method called fixation for solving this motion-vision problem in its general case. Fixation uses neither feature-correspondence nor optical-flow. Instead, spatio-temporal brightness gradients are used directly. In contrast to previous direct methods, fixation does not restrict the motion or the environment. Moreover, fixation method neither requires tracked images as its input nor uses mechanical tracking for obtaining fixated images. The experimental results on real images are presented and the implementation issues and techniques are discussed.

Internal Camera Calibration Using Rotation and Geometric Shapes

This paper describes a simple method for internal camera calibration for computer vision. This method is based on tracking image features through a sequence of images while the camera undergoes pure rotation. The location of the features relative to the camera or to each other need not be known and therefore this method can be used both for laboratory calibration and for self calibration in autonomous robots working in unstructured environments. A second method of calibration is also presented. This method uses simple geometric objects such as spheres and straight lines to The camera parameters. Calibration is performed using both methods and the results compared.

Relative Contributions of Internal and External Features to Face Recognition

The central challenge in face recognition lies in understanding the role different facial features play in our judgments of identity. Notable in this regard are the relative contributions of the internal (eyes, nose and mouth) and external (hair and jaw-line) features. Past studies that have investigated this issue have typically used high-resolution images or good-quality line drawings as facial stimuli. The results obtained are therefore most relevant for understanding the identification of faces at close range. However, given that real-world viewing conditions are rarely optimal, it is also important to know how image degradations, such as loss of resolution caused by large viewing distances, influence our ability to use internal and external features. Here, we report experiments designed to address this issue. Our data characterize how the relative contributions of internal and external features change as a function of image resolution. While we replicated results of previous studies that have shown internal features of familiar faces to be more useful for recognition than external features at high resolution, we found that the two feature sets reverse in importance as resolution decreases. These results suggest that the visual system uses a highly non-linear cue-fusion strategy in combining internal and external features along the dimension of image resolution and that the configural cues that relate the two feature sets play an important role in judgments of facial identity.

Tratamiento del deslizamiento epifisiario capital femoral con fijación in situ versus luxación quirúrgica

Introducción: El Deslizamiento Epifisiario Capital Femoral es la enfermedad de la cadera más común en adolescentes entre los 9 y 16 años. Es de causa idiopática, más frecuente en hombres, se clasifica en 4 estadios según criterios clínicos y radiológicos. Se buscó evaluar la evolución de los deslizamientos moderados y severos tratados con una de las dos técnicas propuestas. Metodología Se realizó un estudio descriptivo con pacientes que fueron llevados a fijación in situ o luxación controlada entre 2008 y 2011. Resultados: Se incluyeron 26 pacientes, los cuales el 65.4% se les realizó luxación quirúrgica controlada y el 34.6% fijación in situ. El 70,6% de pacientes tenían DECF inestable y 70,5% tenían desplazamiento severo. La evaluación de la escala WOMAC para dolor, rigidez y capacidad funcional encontró mejores beneficios para el grupo de fijación in situ, estadísticamente significativos (p<0,05), no solo en términos de dolor, rigidez y capacidad funcional sino menor frecuencia de complicaciones. Las complicaciones más frecuentes en el grupo de luxación quirúrgica controlada fueron un caso de infección, 7 casos (41,2%) de necrosis avascular de cabeza femoral, 5 casos (29,4%) de condrolisis y 2 casos (11,8%) de pseudoartrosis; En el grupo de fijación in situ, solo 1 (11,1%) presentó Infección del Sitio Operatorio y 1 (11,1%) Condrolisis. Resultados significativos solo para necrosis avascular. Discusión: Los pacientes con deslizamientos moderados y severos manejados con fijación in situ tuvieron una mejor resultado con menor proporción de complicaciones.

Internal Displacement, the Guiding Principles on Internal Displacement, the Principles Normative Status, and the Need for their Effective Domestic Implementation in Colombia.

El artículo analiza el fenómeno del desplazamiento forzado alrededor del mundo, así como la génesis del mandato de las Naciones Unidas para luchar contra este problema. Examina las conclusiones clave del estudio de la ONU que encontró que las normas existentes del derecho internacional tienen varios vacíos y zonas grises relativos a las necesidades de los desplazados internos. También analiza los orígenes y el contenido de los principios guía del desplazamiento interno, así como el estatus normativo de los mismos. Así mismo, sugiere que, a pesar de no ser vinculante para los Estados, estos principios guía se convirtieron en la expresión más autorizada de los estándares mínimos aplicables a los desplazados internos como consecuencia de la práctica estatal, es decir, que la mayoría de estos principios se volverán costumbre internacional. El artículo también señala la necesidad de que haya una implementación efectiva en el derecho interno de estos principios guía; examina cómo las autoridades gubernamentales, la Corte Constitucional y la sociedad civil en Colombia, así como las entidades intergubernamentales, respondieron a la crisis del desplazamiento interno en el país. Observando el marco legal colombiano en desplazamiento interno, el artículo concluye que el Estado no ha tomado las medidas necesarias requeridas para prevenir futuros desplazamientos o para asegurar una protección y asistencia efectivas para resolver las necesidades de los desplazados internos.

Comprobando la integridad del trayecto pedicular torácico: ¿es valido el uso del palpador pedicular? Técnica en cadáveres

Introducción: En la práctica neuroquirurgica el uso de tornillos pediculares torácicos ha venido en aumento en el tratamiento de diferentes patologías de la espinales. Desde la descripción original, se confirma la adecuada canalización del trayecto mediante el uso del palpador, sin embargo la validez y seguridad de dicho instrumento es limitada y existe riesgo de complicaciones complejas. En este estudio se comprueba la seguridad y validez del uso del palpador para diagnosticar la integridad del trayecto pedicular torácico. Metodología: Se canalizaron pedículos torácicos en especímenes cadavéricos los cuales de manera aleatoria se clasificaron como normales (íntegros) o anormales (violados). Posteriormente cuatro cirujanos de columna, con diferentes grados de experticia, evaluaron el trayecto pedicular. Se realizaron estudios de concordancia obteniendo coeficiente Kappa, porcentaje total de precisión, sensibilidad, especificidad, VPP y VPN y el área bajo la curva ROC para determinar la precisión de la prueba. Resultados: La precisión y validez en el diagnostico del trayecto pedicular y localización del sitio de violación tienen relación directa con la experiencia y entrenamiento del cirujano, el evaluador con mayor experiencia obtuvo los mejores resultados. El uso del palpador tiene una buena precisión, área bajo la curva ROC 0.86, para el diagnostico de las lesiones pediculares. Discusión: La evaluación precisa del trayecto pedicular, presencia o ausencia de una violación, es dependiente del grado de experiencia del cirujano, adicionalmente la precisión diagnostica de la violación varía según la localización de esta.

Beyond the mincer equation: the internal rate of return to higher education in Colombia

In order to present an estimation of the Internal Rate of Return (IRR) to higher education in Colombia we take advantage of the methodological approach provided by Heckman, Lochner and Todd (2005). Trying to overcome the criticism that surrounds interpretations of the education coefficient of Mincer equations as being the rate of return to investments in education we develop a more structured approach of estimation, which controls for selection bias, includes more accurate measures of labor income and the role of education costs and income taxes. Our results implied a lower rate of return than the ones found in the Colombian literature and show that the Internal Rate of Return for higher education in Colombia lies somewhere between 0.074 and 0.128. The results vary according to the year analyzed and individual’s gender. This last result reinforces considerations regarding gender discrimination in the Colombian labor market.