810 resultados para Estratigrafia de sequências
Resumo:
Seja (X; t) um espaço topológico e seja F a família de todos os subconjuntos de X que satisfazem uma propriedade topológica dada P (invariante por homeomorfismos). Se acrescentarmos abertos novos à topologia e se F\' é a família de todos os subconjuntos do novo espaço que satisfazem a propriedade P, podemos ter que F ≠ F\'. Se isto sempre acontece, dizemos que o espaço (X; t) é maximal com respeito à família F. Neste trabalho estudaremos os espaços topológicos maximais com respeito a algumas famílias de subconjuntos: discretos, compactos, densos, conexos e das sequências convergentes.
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Em Bioinformática são frequentes problemas cujo tratamento necessita de considerável poder de processamento/cálculo e/ou grande capacidade de armazenamento de dados e elevada largura de banda no acesso aos mesmos (de forma não comprometer a eficiência do seu processamento). Um exemplo deste tipo de problemas é a busca de regiões de similaridade em sequências de amino-ácidos de proteínas, ou em sequências de nucleótidos de DNA, por comparação com uma dada sequência fornecida (query sequence). Neste âmbito, a ferramenta computacional porventura mais conhecida e usada é o BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) [1]. Donde, qualquer incremento no desempenho desta ferramenta tem impacto considerável (desde logo positivo) na atividade de quem a utiliza regularmente (seja para investigação, seja para fins comerciais). Precisamente, desde que o BLAST foi inicialmente introduzido, foram surgindo diversas versões, com desempenho melhorado, nomeadamente através da aplicação de técnicas de paralelização às várias fases do algoritmo (e. g., partição e distribuição das bases de dados a pesquisar, segmentação das queries, etc. ), capazes de tirar partido de diferentes ambientes computacionais de execução paralela, como: máquinas multi-core (BLAST+ 2), clusters de nós multi-core (mpiBLAST3J e, mais recentemente, co-processadores aceleradores como GPUs" ou FPGAs. É também possível usar as ferramentas da família BLAST através de um interface/sítio WEB5, que permite, de forma expedita, a pesquisa de uma variedade de bases de dados conhecidas (e em permanente atualização), com tempos de resposta suficientemente pequenos para a maioria dos utilizadores, graças aos recursos computacionais de elevado desempenho que sustentam o seu backend. Ainda assim, esta forma de utilização do BLAST poderá não ser a melhor opção em algumas situações, como por exemplo quando as bases de dados a pesquisar ainda não são de domínio público, ou, sendo-o, não estão disponíveis no referido sitio WEB. Adicionalmente, a utilização do referido sitio como ferramenta de trabalho regular pressupõe a sua disponibilidade permanente (dependente de terceiros) e uma largura de banda de qualidade suficiente, do lado do cliente, para uma interacção eficiente com o mesmo. Por estas razões, poderá ter interesse (ou ser mesmo necessário) implantar uma infra-estrutura BLAST local, capaz de albergar as bases de dados pertinentes e de suportar a sua pesquisa da forma mais eficiente possível, tudo isto levando em conta eventuais constrangimentos financeiros que limitam o tipo de hardware usado na implementação dessa infra-estrutura. Neste contexto, foi realizado um estudo comparativo de diversas versões do BLAST, numa infra-estrutura de computação paralela do IPB, baseada em componentes commodity: um cluster de 8 nós (virtuais, sob VMWare ESXi) de computação (com CPU Í7-4790K 4GHz, 32GB RAM e 128GB SSD) e um nó dotado de uma GPU (CPU Í7-2600 3.8GHz, 32GB RAM, 128 GB SSD, 1 TB HD, NVIDIA GTX 580). Assim, o foco principal incidiu na avaliação do desempenho do BLAST original e do mpiBLAST, dado que são fornecidos de base na distribuição Linux em que assenta o cluster [6]. Complementarmente, avaliou-se também o BLAST+ e o gpuBLAST no nó dotado de GPU. A avaliação contemplou diversas configurações de recursos, incluindo diferentes números de nós utilizados e diferentes plataformas de armazenamento das bases de dados (HD, SSD, NFS). As bases de dados pesquisadas correspondem a um subconjunto representativo das disponíveis no sitio WEB do BLAST, cobrindo uma variedade de dimensões (desde algumas dezenas de MBytes, até à centena de GBytes) e contendo quer sequências de amino-ácidos (env_nr e nr), quer de nucleótidos (drosohp. nt, env_nt, mito. nt, nt e patnt). Para as pesquisas foram 'usadas sequências arbitrárias de 568 letras em formato FASTA, e adoptadas as opções por omissão dos vários aplicativos BLAST. Salvo menção em contrário, os tempos de execução considerados nas comparações e no cálculo de speedups são relativos à primeira execução de uma pesquisa, não sendo assim beneficiados por qualquer efeito de cache; esta opção assume um cenário real em que não é habitual que uma mesma query seja executada várias vezes seguidas (embora possa ser re-executada, mais tarde). As principais conclusões do estudo comparativo realizado foram as seguintes: - e necessário acautelar, à priori, recursos de armazenamento com capacidade suficiente para albergar as bases de dados nas suas várias versões (originais/compactadas, descompactadas e formatadas); no nosso cenário de teste a coexistência de todas estas versões consumiu 600GBytes; - o tempo de preparação (formataçâo) das bases de dados para posterior pesquisa pode ser considerável; no nosso cenário experimental, a formatação das bases de dados mais pesadas (nr, env_nt e nt) demorou entre 30m a 40m (para o BLAST), e entre 45m a 55m (para o mpiBLAST); - embora economicamente mais onerosos, a utilização de discos de estado sólido, em alternativa a discos rígidos tradicionais, permite melhorar o tempo da formatação das bases de dados; no entanto, os benefícios registados (à volta de 9%) ficam bastante aquém do inicialmente esperado; - o tempo de execução do BLAST é fortemente penalizado quando as bases de dados são acedidas através da rede, via NFS; neste caso, nem sequer compensa usar vários cores; quando as bases de dados são locais e estão em SSD, o tempo de execução melhora bastante, em especial com a utilização de vários cores; neste caso, com 4 cores, o speedup chega a atingir 3.5 (sendo o ideal 4) para a pesquisa de BDs de proteínas, mas não passa de 1.8 para a pesquisa de BDs de nucleótidos; - o tempo de execução do mpiBLAST é muito prejudicado quando os fragmentos das bases de dados ainda não se encontram nos nós do cluster, tendo que ser distribuídos previamente à pesquisa propriamente dita; após a distribuição, a repetição das mesmas queries beneficia de speedups de 14 a 70; porém, como a mesma base de dados poderá ser usada para responder a diferentes queries, então não é necessário repetir a mesma query para amortizar o esforço de distribuição; - no cenário de teste, a utilização do mpiBLAST com 32+2 cores, face ao BLAST com 4 cores, traduz-se em speedups que, conforme a base de dados pesquisada (e previamente distribuída), variam entre 2 a 5, valores aquém do máximo teórico de 6.5 (34/4), mas ainda assim demonstradores de que, havendo essa possibilidade, compensa realizar as pesquisas em cluster; explorar vários cores) e com o gpuBLAST, realizada no nó com GPU (representativo de uma workstation típica), permite aferir qual a melhor opção no caso de não serem possíveis pesquisas em cluster; as observações realizadas indicam que não há diferenças significativas entre o BLAST e o BLAST+; adicionalmente, o desempenho do gpuBLAST foi sempre pior (aproximadmente em 50%) que o do BLAST e BLAST+, o que pode encontrar explicação na longevidade do modelo da GPU usada; - finalmente, a comparação da melhor opção no nosso cenário de teste, representada pelo uso do mpiBLAST, com o recurso a pesquisa online, no site do BLAST5, revela que o mpiBLAST apresenta um desempenho bastante competitivo com o BLAST online, chegando a ser claramente superior se se considerarem os tempos do mpiBLAST tirando partido de efeitos de cache; esta assunção acaba por se justa, Já que BLAST online também rentabiliza o mesmo tipo de efeitos; no entanto, com tempos de pequisa tão reduzidos (< 30s), só é defensável a utilização do mpiBLAST numa infra-estrutura local se o objetivo for a pesquisa de Bds não pesquisáveis via BLAS+ online.
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Tese de doutoramento (co-tutela), Geologia (Paleontologia e Estratigrafia), Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Université Claude Bernard Lyon 1, 2016
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O objeto de estudo desta dissertação é um pequeno tríptico do Palácio Nacional da Ajuda, provavelmente dos finais do séc. XV, sobre o qual existe pouca informação. A obra pertence ao acervo de pintura antiga deste palácio/museu (inv. 3540) e encontra-se exposta no “Atelier de Pintura de D. Luís”. Trata-se de uma pintura sobre tábua de carvalho, em mau estado de conservação, representando cinco episódios relativos à Paixão de Cristo: a Flagelação, a Coroação de Espinhos, o Caminho do Calvário e duas cenas relativas à Ressurreição. Apresenta uma iconografia singular, mas as suas características gerais indicam tratar-se de uma pintura tardo-gótica do Norte da Europa, nomeadamente da Alemanha. O objetivo desta tese de mestrado em História da Arte, Património e Teoria do Restauro, consiste na investigação histórica e material desta obra, sobre a qual existe pouca informação. Por ser desconhecida a sua cronologia, autoria e local de produção, além de não haver qualquer documentação ou bibliografia sobre a mesma, iremos estudar esta obra a partir da sua materialidade, iconografia e estilo, na medida em que a obra é um “documento vivo”. Tendo sido agora encontrada a única e a mais antiga referência documental relativa a esta obra, nos arrolamentos de 1913 do palácio (Inventário Judicial), este tríptico consta na "Galeria de Quadros”, indicando ter pertencido à coleção de pintura de D. Luís I. Interessa, então, focar a política de aquisições de pintura antiga nórdica desenvolvida pelo monarca, tentando perceber porque é que o tríptico não consta nos catálogos das exposições (duas edições dos catálogos, 1869 e 1872) da “Galeria de Pintura no Real Paço da Ajuda”, aberta ao público em1869. Porque a interdisciplinaridade entre arte e ciência é fundamental para um conhecimento mais profundo da História da Arte, esta obra foi objeto de um estudo material que consistiu no levantamento in situ da pintura (exames de área e de ponto), na análise laboratorial (estratigrafia, pigmentos e aglutinantes) e na integração dos resultados, para compreender a técnica pictórica, que se articula com a análise iconográfica e de filiação estilística, contribuindo para a integração da obra no seu contexto histórico-cultural de origem, como pintura devocional germânica.
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Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2014
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Tese de mestrado, Medicina Legal e Ciências Forenses, Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2016
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O film noir, embora seja reconhecido sem dificuldade na cultura cinéfila e até na cultura contemporânea de massas em geral, não pode ainda assim ser definido instantaneamente pelo seu ambiente ou pela presença de determinadas personagens. Por muito difícil que seja captar a essência do noir, tendo em conta apenas fatores estilísticos ou temáticos, é necessário focar a atenção em dados mais concretos e consistentes e tentar encontrar as singularidades que definam o film noir de forma mais objectiva e, ao mesmo tempo, matizada. Para desenvolver a investigação e a sua aplicação projetual associada ao cinema/ vídeo, foi este género cinematográfico e as suas influências, que foi o escolhido, por estar balizado num curto período temporal(de 1941 a 1958)mas com evidentes marcadores que subsistem para além deste período. O objetivo deste projeto é identificar e analisar os padrões e estereótipos do film noir, procurando seguir e interpretar a respectiva influência no universo da cultura visual atual. Para além de uma recolha preliminar de informação que permitiu elaborar uma definição concreta sobre o problema a estudar e as suas origens, analisou-se um número considerável de filmes referenciados como pertencentes ao modelo do film noir. O projeto de investigação culmina no vídeo “Film noir” que é uma recolha de sequências e imagens de diferentes filmes da era do film noir clássico, onde a junção destas cria uma história nova que se enquadra no estilo narrativo dos filmes noir. Por fim, o trabalho é ainda uma ode ainda uma ode e homenagem ao cinema noir.
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Many species have specialized to live in the most varied existing environments showing the remarkable adaptability of the microbial world the most diverse physicochemical conditions. Environments exposed to natural radiation and metals are scarce around the world, presenting a microbiota still unknown. With a total number estimated between 4 and 6 x 1030 microrganisms on earth, they constitute an enormous biological and genetic pool to be explored. Metagenomic approach independent of cultivation, provides a new form to access to the potential genomic environmental samples becoming a powerful tool for the elucidation of ecological functions, metabolic profiles, as well as to identify new biomolecules. In this context, the genetic material of environmental soil and water samples from Açude Boqueirao Parelhas-RN, under the influence of natural radiation and the presence of metals, was extracted, pirosequencing and the generated sequences were analyzed by bioinformatics programs (MG-RAST and STAMP). Taxonomic comparative profiles of both samples showed high abundance of Domain Bacteria, followed by a small portion attributable to Eucaryota Domains, Archaea and Viruses. Proteobacteria, Actinobacteria and Bacterioidetes phyla showed the greater dominance in both samples. Important genera and species associated with resistance to various stressors found in region were observed. Sequences related to oxidative and heat stress, DNA replication and repair, and resistance to toxic compounds were observed, suggesting a significant relationship between the microbiota and their metabolic profile, influenced by regional environmental variables. The results of this study add valuable and unpublished data on the composition of microbial communities in these regions
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The plant metabolism consists of a complex network of physical and chemical events resulting in photosynthesis, respiration, synthesis and degradation of organic compounds. This is only possible due to the different kinds of responses to many environmental variations that a plant could be subject through evolution, leading also to conquering new surroundings. The glyoxylate cycle is a metabolic pathway found in glyoxysomes plant, which has unique role in the seedling establishment. Considered as a variation of the citric acid cycle, it uses an acetyl coenzyme A molecule, derived from lipids beta-oxidation to synthesize compounds which are used in carbohydrate synthesis. The Malate synthase (MLS) and Isocitrate lyase (ICL) enzyme of this cycle are unique and essential in regulating the biosynthesis of carbohydrates. Because of the absence of decarboxylation steps as rate-limiting steps, detailed studies of molecular phylogeny and evolution of these proteins enables the elucidation of the effects of this route presence in the evolutionary processes involved in their distribution across the genome from different plant species. Therefore, the aim of this study was to establish a relationship between the molecular evolution of the characteristics of enzymes from the glyoxylate cycle (isocitrate lyase and malate synthase) and their molecular phylogeny, among green plants (Viridiplantae). For this, amino acid and nucleotide sequences were used, from online repositories as UniProt and Genbank. Sequences were aligned and then subjected to an analysis of the best-fit substitution models. The phylogeny was rebuilt by distance methods (neighbor-joining) and discrete methods (maximum likelihood, maximum parsimony and Bayesian analysis). The identification of structural patterns in the evolution of the enzymes was made through homology modeling and structure prediction from protein sequences. Based on comparative analyzes of in silico models and from the results of phylogenetic inferences, both enzymes show significant structure conservation and their topologies in agreement with two processes of selection and specialization of the genes. Thus, confirming the relevance of new studies to elucidate the plant metabolism from an evolutionary perspective
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The Cacimbinha and Madeiro beaches are located in the eastern coast of Rio Grande do Norte state, in the municipality of Tibau do Sul. Given the indicative of erosion in the coast of this district and the coastal processes acting on the beaches, the global aim of this project is comprehend the evolution of depositional environment on the Cacimbinha beach, moreover, the project seeks to characterize deposits from the Cacimbinha and Madeiro beaches, according to the geomorphologic compartments identified on these beaches; distinguish the coastal features which possibly interact with the Cacimbinha beach; identify the potential relationship between the sediments from the coastal features and the deposits from Cacimbinha beach; understand which depositional processes that prevail at each facies deposited on the beach; and identify the probable sedimentary environments and its energy of deposition through of the materials recorded on the Cacimbinha beach. This study was based on previous bibliographic and field research, both guided by academic works, laws, concepts and theories concerning the physical geography, geomorphology of the quaternary, sedimentary geology and stratigraphy. Thus, the methodology was divided in three steps: Prefield step: office work was performed; Field step: Sampling of facies of sedimentation; PosField step: analysis and integration of data obtained during the research period. Thus, the results showed deposicional facies with distinguished energy in the relief compartments, beach and terrace. After the sedimentary analysis and its interpretation linked to the architecture of the mounted sections based on drilling, it became possible to trace the evolutionary history of this stretch of beach. Therefore, it can be stated that studies performed on coastal areas are of great importance, as long as, around the world, the most part of urban zones are seated on deposits of quaternary age and, then this work improve the knowledge regarding the sedimentary dynamics of this beach, becoming scientific support for management and planning of this area which focus on, mainly, the foreign tourism
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The sugarcane is a monocot plant grown in tropical and subtropical regions, with Brazil being the largest producer. Despite its economic importance, little is known about the molecular flowering process in sugarcane. This physiological process can promote a loss up to 60% in sugar or bioethanol. Thus, this work had as objective characterize a HINT1 homologous gene previously identified in subtractive libraries of flowering. Genomic analysis of gene and promoter region structure allowed the observation that there are at least two distinct genes homologous to HINT on sugarcane. Bioinformatics analyses showed the conservation of the characteristic protein domain of HIT superfamily and indicate a phylogenetic relationship associated to cell location. Moreover, a possible relation with the SBTILISIN-like protein family through the information available in interatomas was observed. This suggests that the HINT gene of sugarcane can be related to plant development, there are several possibilities of interactions in the regulation of floral induction process, because the sequences present in regulatory regions indicate that differential expression of HINT was related to with climatic factors in the Northeast region of Brazil as well as to biotic stress and phytohormones. Furthermore, the sugarcane phenotypes indicate that the influence of HINT may happen due to product accumulation of its enzymatic activity. For these characteristics this gene can be used as a marker in the selection of new varieties.
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Over the past 30 years, Art Education in interface with disabilities has been a subject of increasing interest in research in academia, especially with regard to Special Education, but still has some shortages in terms of socialization studies to discuss this type of teaching from the perspective of inclusive education. In this scenario, this paper presents an analysis from the field of teaching Visual Arts in the context of school inclusion, with emphasis on teaching drawing to the visually impaired. The conducted literature indicates a number of authors who discuss teaching drawing to people with visual disabilities, who are dedicated primarily to the Special Education context. In this sense, the shortage of research that discuss this teaching from the perspective of inclusive education, this research aimed at the inclusive approach to teaching drawing in the school context. Thus, the aim of this study was to develop a proposal for a pedagogical intervention in Visual Arts, with reference to drawing and its construction process, with the participation of seeing and unseeing students. Therefore, the methodological approach, which was qualitative, was the intervention research, in the light of the Bakhtinian principles of dialogism and otherness, with exploratory study characteristics. The locus of the research was the State School Admiral Newton Braga Faria, which is located in Alecrim, on the East Zone of Natal / RN and is near the Institute for Education and Rehabilitation of the Blind - IERC / RN. The class chosen for intervention was the 7th grade “C” afternoon shift, which had children aged 12 to 16, with 27 students enrolled, three students with disabilities: 02 blind girls and 01 deafblind boy with light hearing and visual loss. As interlocutors of the research, we could also count on the Art teacher who served as a collaborator, as well as teacher in the school’s Multifunction Resource Room. The instruments and research procedures were observation, semi-structured interview, field diary and the photo / video recording. In the development of research, we conducted 10 workshops with multisensory teaching sequences, articulating the physical, tactile and graphical expressions as intrinsic to the reading and production of drawing for both seeing and unseeing students. The process and data built on research allowed for a reflection on cultural experiences with drawing in the school context and on the interactions between seeing and unseeing students in the production and analysis of tactile-visual drawings. They also point out the construction of a teaching approach to drawing, in the context of the common class, from educational workshops that enable artistic and aesthetic interactions from the perspective of school inclusiveness. Thus, we argued that the mobilization of the tactile, physical and graphical expressions can be adopted in a multisensory approach that enables a pedagogical focus that involves all students and is not restricted to the presence of students with visual impairment.
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This investigation aims at identifying, describing, analyzing and interpreting how textbooks on Portuguese Language approach, beginning with the linguistic material, the effects of sense in texts that predominately employ injunctives. The corpus of this study is comprised of six collections of textbooks on Portuguese Language, which are part of the National Program Guide for Textbooks (PNLD) from 2010, adopted by the public schools in the city of Natal and the object of study for the Read/Tell Project of the Educational Observatory of the Federal University of Rio Grande do Norte (UFRN). Textbooks from the 4th and 5th grades, Elementary School, were analyzed – 12 copies total. For the analysis, we selected 16 writing proposals of injunctive texts. Our study is based on theoretical discussions by Adam (2001a, 2001b) with regard to the genre of: inciting to action. In addition, we consider the work of Koch and Fávero (1987), Koch and Elias (2009), Marcuschi (2003, 2008) Pery-Woodly (2001), Rodrigues (2013), Travaglia (1992, 2007) and Rosa (2007). With respect to discussions on textbooks, we refer to Choppin (2004, 2009), Batista (2003, 2009), Rojo e Batista (2005), and with regard to Portuguese Language textbooks specifically, we consider Soares (1998, 2001, 2004) and Bunzen and Rojo (2005). The proposals for writing in injunctive texts, in the collections analyzed, are tips/recommendations, instructions on making toys and/or games, travel itineraries and cooking recipes, such that 69% of them appear in the 4 th grade textbooks and only 31% appear in the 5th grade textbooks. With respect to the linguistic elements responsible for the construction of directive speech acts and the effects on sense produced by them, the data shows that 50% of the writing proposals do not exploit linguistic categories that implicate the effects on sense using injunctives, or rather, there is no work done dealing with linguistic analysis, while 33% mention the imperative mode and 17% investigate infinitive verbs. In this dissertation, the textual plans of incitation to act genres were studied and in them the linguistic materiality that vehicles injunction. This study might contribute to the improvement of Portuguese language teaching in what concerns the articulation of grammatical studies to textual sequences/types, mainly in the case of Portuguese language textbooks for the 4th and 5th grades of Elementary School.
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3D Reconstruction is the process used to obtain a detailed graphical model in three dimensions that represents some real objectified scene. This process uses sequences of images taken from the scene, so it can automatically extract the information about the depth of feature points. These points are then highlighted using some computational technique on the images that compose the used dataset. Using SURF feature points this work propose a model for obtaining depth information of feature points detected by the system. At the ending, the proposed system extract three important information from the images dataset: the 3D position for feature points; relative rotation and translation matrices between images; the realtion between the baseline for adjacent images and the 3D point accuracy error found.
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The Acanthuridae family is a representative group from the marine fish that plays a key role in ecological dynamics of coral reefs. Three species are common along coastal reefs of Western Atlantic: Acanthurus coeruleus, Acanthurus bahianus and Acanthurus chirurgus. In the present study, cytogenetic data are presented for these three species Acanthurus based on classical cytogenetic methods and mapping of repetitive sequences such as ribosomal 18S and 5S rDNA and telomeric repeats to improve their karyotype evolutionary analyses. The cytogenetic pattern of these species indicated sequential steps of chromosomal rearrangements dating back 19 to 5 millions of years ago (M.a.) that accounted for their interspecific differences. A. coeruleus (2n=48; 2sm+4st+42a), A. bahianus (2n=36; 12m+2sm+4st+18a) and A. chirurgus (2n=34; 12m+2sm+4st+16a) share an older set of three chromosomal pairs that were originated through pericentric inversions. A set of six large metacentric pairs formed by Robertsonian (Rb) translocations found in A. bahianus and A. chirurgus and a putative in tandem fusion found in A. chirurgus are more recent events. The lack of interstitial telomeric sequences (ITS) in spite of several centric fusions in A. bahianus and A. chirurgus might be related to the long period of time after their occurrence (estimated in 5 M.a.). Furthermore, the homeologies among the chromosome pairs bearing ribosomal genes, in addition to other structural features, highlight large conserved chromosomal regions in the three species. Our findings indicate that macrostructural changes occurred during the cladogenesis of these species were not followed by conspicuous microstructural rearrangements in the karyotypes.