Advanced mapping of environmental data: Geostatistics, Machine Learning and Bayesian Maximum Entropy

This book combines geostatistics and global mapping systems to present an up-to-the-minute study of environmental data. Featuring numerous case studies, the reference covers model dependent (geostatistics) and data driven (machine learning algorithms) analysis techniques such as risk mapping, conditional stochastic simulations, descriptions of spatial uncertainty and variability, artificial neural networks (ANN) for spatial data, Bayesian maximum entropy (BME), and more.

Institucions polítiques de Catalunya : creació de materials docents en suport digital que fomentin la interacció amb l'estudiant a partir de la visualització de conceptes

Amb una plantilla, hem elaborat uns materials docents -l'objecte d'estudi dels quals és l’Estatut d'Autonomia de Catalunya de 2006, des d'una perspectiva jurídica -, que corresponen fonamentalment a l’assignatura “Institucions Polítiques de Catalunya” de 4rt. curs de la llicenciatura de Dret de la UAB. Els materials s’han penjat al web http://www.institucionspolitiques.com. L' objectiu de l’acció docent ha estat consolidar una eina interactiva, que fomenti la creativitat i el treball cooperatiu de l’estudiant, que permeti un rol més actiu del professorat, i finalment, es faciliti l’adaptació docent a l’espai europeu d’educació superior. L’experiència s'ha completat amb l’ús del mètode bimodal -campus virtual de la UAB -, amb visites a institucions públiques i amb l’assistència periòdica com a públic a programes de televisió de continguts relacionats amb la matèria. La plantilla per a desenvolupar els diversos temes del programa ha estat la següent: 1.- Redacció del tema; 2.- Visualització de conceptes: quadres sinòptics, esquemes, gràfics; 3.-Bibliografia bàsica. 4.-Legislació i jurisprudència. 5.-Text reproduït. 6.-Qüestions.7.-Temes per al debat. 8.-Test. 9.-Materials complementaris audiovisuals. 10.-Enllaços útils a la xarxa. L'experiència s’ha desenvolupat els dos darrers cursos acadèmics: 2006/07 i 2007/08, i ha girat entorn de l'elaboració i aplicació dels materials elaborats. Ha estat teòrica i pràctica a la vegada. S'ha prestat especial atenció a la feina de l'alumnat fora de l'aula, amb el conseqüent estudi previ i col·laboració en l’elaboració de materials. Cal destacar també que hem aconseguit augmentar la participació de l'alumnat a l’aula, i d'aquesta manera el rol del professor ha esdevingut més dinàmic. Els materials han permès un fàcil i ràpid accés dels estudiants, amb l’objectiu de gaudir d’unes sessions presencials més interactives, i s'ha connectat la Universitat amb la societat, a més de desenvolupar actituds cíviques o de consciència de país en una matèria tan sensible com és l'estudi del dret públic de Catalunya.

Simultaneous cell morphometry and refractive index measurement with dual-wavelength digital holographic microscopy and dye-enhanced dispersion of perfusion medium.

Digital holographic microscopy (DHM) allows optical-path-difference (OPD) measurements with nanometric accuracy. OPD induced by transparent cells depends on both the refractive index (RI) of cells and their morphology. This Letter presents a dual-wavelength DHM that allows us to separately measure both the RI and the cellular thickness by exploiting an enhanced dispersion of the perfusion medium achieved by the utilization of an extracellular dye. The two wavelengths are chosen in the vicinity of the absorption peak of the dye, where the absorption is accompanied by a significant variation of the RI as a function of the wavelength.

trEST, trGEN and Hits: access to databases of predicted protein sequences.

High throughput genome (HTG) and expressed sequence tag (EST) sequences are currently the most abundant nucleotide sequence classes in the public database. The large volume, high degree of fragmentation and lack of gene structure annotations prevent efficient and effective searches of HTG and EST data for protein sequence homologies by standard search methods. Here, we briefly describe three newly developed resources that should make discovery of interesting genes in these sequence classes easier in the future, especially to biologists not having access to a powerful local bioinformatics environment. trEST and trGEN are regularly regenerated databases of hypothetical protein sequences predicted from EST and HTG sequences, respectively. Hits is a web-based data retrieval and analysis system providing access to precomputed matches between protein sequences (including sequences from trEST and trGEN) and patterns and profiles from Prosite and Pfam. The three resources can be accessed via the Hits home page (http://hits. isb-sib.ch).

Functional mapping of the human visual cortex with intravoxel incoherent motion MRI.

Functional imaging with intravoxel incoherent motion (IVIM) magnetic resonance imaging (MRI) is demonstrated. Images were acquired at 3 Tesla using a standard Stejskal-Tanner diffusion-weighted echo-planar imaging sequence with multiple b-values. Cerebro-spinal fluid signal, which is highly incoherent, was suppressed with an inversion recovery preparation pulse. IVIM microvascular perfusion parameters were calculated according to a two-compartment (vascular and non-vascular) diffusion model. The results obtained in 8 healthy human volunteers during visual stimulation are presented. The IVIM blood flow related parameter fD* increased 170% during stimulation in the visual cortex, and 70% in the underlying white matter.

Ampliació i extensió en l'ús del portafolis digital en l'avaluació de l'alumnat

El treball realitzat amb l’ajuda MQD2006 està relacionat amb l’ús de portafolis electrònics en un context universitari. Els objectius que ens havíem traçat, eren: 1)Dissenyar una versió beta del portafolis digital desenvolupat adhoc pel grup 2)Implementar una metodologia avaluativa basada en el portafolis digital desenvolupat 3)Generar portafolis digitals com a model de bones pràctiques d’avaluació de l’alumnat 4)Recollir dades sobre el seu funcionament en relació a l’alumnat A més dels anteriors objectius, relacionats amb els aspectes pedagògics freuit de la implementació i ús dels portafolis digitals, hi ha dos objectius relacionats amb aspectes didàctics. Aquests són: 5) Anàlisi dels canvis en la metodologia didàctica i en els continguts curriculars 6) Anàlisi de criteris de sostenibilitat de la utilització continuada del portafolis digital. Almenys 5 d’aquests 6 objectius s’han complert de manera completa, i un (el nombre cinc) ha quedat solament esbossat. Per altra banda, alguns resultats inesperats s’han produït en aquests dos anys i es poden afegir a aquesta llista inicial: 7) Expansió i difusió de l’experiència cap a altres universitats. 8) Possibilitat de plantejar un projecte d’investigació bàsica sobre les conseqüències de l’ús de portafolis en la docència universitària basada en l’EEES. La Memòria seguirà de prop aquests objectius, si bé es distribuiran d’una manera diferent. Com a resultats i conclusions hem pogut veure que l’eina ha estat ben valorada en quant a la metodologia d’ús proposada, en quant al propi seguiment de l’aprenentatge i per una autoavaluació continuada. Hem vist una millora en les reflexions dels estudiants fent servir un diàleg on-line entre professor-estudiant. D’altra banda, hem detectat que es requereix millorar la seva usabilitat, un ús continuat més llarg i algunes recomanacions encarades al treball docent del professorat i no tant de l’eina.

Creació de material docent digital per l'assignatura transversal de Geoarqueologia

En aquest projecte hem seguit desenvolupant i ampliant els continguts d’una assignatura de caràcter transversal entre Geologia i Arqueologia Prehistòrica aplicada als estudis universitaris. Aquesta ampliació s’ha dut a terme amb la creació d'un recull de fitxes amb les dades més rellevants d’alguns sepulcres megalítics de Catalunya fent especial esment als materials petris utilitzats en la seva construcció de per tal de poder desenvolupar i contextualitzar els resultats que s’assoleixin durant el curs. Cadascuna de les fitxes inclou per cada megàlit: 1) una situació geogràfica, 2) una part de descripció des del punt de vista arqueològic i 3) una part geològica amb la situació, descripció dels elements petris de les lloses tant a visu com al microscopi petrogràfic i una localització probable de l’àrea de procedència de les lloses. Això suposa un aprofundiment i ampliació de l'oferta pedagògica proposada que permet experimentar una metodologia d’ensenyament universitari més pràctica, aplicada i interactiva i s’emmarca en l’eix temàtic al voltant del qual es desenvolupa l’assignatura.

MR MAQ: algorisme de Read Mapping utilitzant la plataforma Hadoop

L’èxit del Projecte Genoma Humà (PGH) l’any 2000 va fer de la “medicina personalitzada” una realitat més propera. Els descobriments del PGH han simplificat les tècniques de seqüenciació de tal manera que actualment qualsevol persona pot aconseguir la seva seqüència d’ADN complerta. La tecnologia de Read Mapping destaca en aquest tipus de tècniques i es caracteritza per manegar una gran quantitat de dades. Hadoop, el framework d’Apache per aplicacions intensives de dades sota el paradigma Map Reduce, resulta un aliat perfecte per aquest tipus de tecnologia i ha sigut l’opció escollida per a realitzar aquest projecte. Durant tot el treball es realitza l’estudi, l’anàlisi i les experimentacions necessàries per aconseguir un Algorisme Genètic innovador que utilitzi tot el potencial de Hadoop.

Analysis of Respiratory Syncytial Virus in Clinical Samples by Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction Restriction Mapping

The aim of this study was to develop a polymerase chain reaction (PCR) for the detection of respiratory syncytial virus (RSV) genomes. The primers were designed from published sequences and selected from conserved regions of the genome encoding for the N protein of subgroups A and B of RSV. PCR was applied to 20 specimens from children admitted to the respiratory ward of "William Soler" Pediatric Hospital in Havana City with a clinical diagnosis of bronchiolitis. The PCR was compared with viral isolation and with an indirect immunofluorescence technique that employs monoclonal antibodies of subgroups A and B. Of 20 nasopharyngeal exudates, 10 were found positive by the three assayed methods. In only two cases, samples that yielded positive RNA-PCR were found negative by indirect immunofluorescence and cell culture. Considering viral isolation as the "gold standard" technique, RNA-PCR had 100% sensitivity and 80% specificity. RNA-PCR is a specific and sensitive technique for the detection of the RSV genome. Technical advantages are discussed

Kiosk digital online

Internet se ha convertido en una clara referencia tecnológica; cada vez más las empresas apuestan por desarrollar aplicaciones en la red de redes y no quieren que su presencia pase desapercibida. Las Aplicaciones Ricas en Internet (RIA) son hasta la fecha la mejor opción para desarrollar estas aplicaciones. Este proyecto trata sobre el desarrollo de un Framework (conjunto de componentes orientados a una RIA en concreto: Silverlight) para el desarrollo de aplicaciones web.

Utilització de la hipertextualitat a la premsa digital a Catalunya i a Espanya

Internet és, probablement, la via de comunicació que menys temps ha necessitat per fer-se imprescindible en les nostres vides, una eina en constant evolució que ens permet aprendre i comunicar-nos a qualsevol hora. A més, Internet ha permès al periodisme créixer més enllà de les fronteres del paper i la tinta. Gràcies al ciberespai, el periodisme tradicional ha anat evolucionant i ha donat lloc al periodisme digital o ciberperiodisme, permetent així el naixement de nous mitjans de comunicació amb unes característiques, un llenguatge i uns gèneres periodístics propis. El present Treball de Fi de Carrera consisteix en l’anàlisi empírica i la posterior interpretació d’un dels principals símptomes de maduresa del periodisme digital: la utilització dels recursos hipertextuals. D’aquesta manera i durant un mes, s’han analitzat quatre diaris digitals pure player, dos catalans (www.vilaweb.cat i www.e-noticies.cat) i dos espanyols (www.elplural.com i www.elconfidencial.com), amb l’objectiu de determinar la utilització i l’evolució de l’ús de la hipertextualitat a la premsa digital a Catalunya i a Espanya. A través de totes les dades obtingudes gràcies a l’anàlisi realitzada es podrà conèixer quin tipus d’enllaç és el més utilitzat, quins mitjans són els que utilitzen més la hipertextualitat o quina és la mitjana d’enllaços per notícia, entre d’altres aspectes. A més, tota la informació resultant permetrà validar o refutar les hipòtesis plantejades durant la elaboració d’aquest treball.

Separation and Mapping of Chromosomes of Parasitic Protozoa

Many protozoan parasites represent an important group of human pathogens. Pulsed Field Gradient Gel Electrophoresis (PFGE) analysis has been an important tool for fundamental genetic studies of parasites like Trypanosoma, Leishmania, Giardia or the human malaria parasite Plasmodium falciparum. We present PFGE conditions allowing a high resolution separation of chromosomes ranging from 500 to 4000 kb within a two day electrophoresis run. In addition, we present conditions for separating large chromosomes (2000-6000 kb) within 36 hr. We demontrate that the application of two dimentional PFGE (2D-PFGE) technique to parasite karyotypes is a very useful method for the analysis of dispersed gene families and comparative studies of the intrachomosomal genome organization

The Trypanosoma cruzi Genome Project: Nuclear Karyotype and Gene Mapping of Clone CL Brener

By using improved pulsed field gel electrophoresis conditions, the molecular karyotype of the reference clone CL Brener selected for Trypanosoma cruzi genome project was established. A total of 20 uniform chromosomal bands ranging in size from 0.45 to 3.5 Megabase pairs (Mbp) were resolved in a single run. The weighted sum of the chromosomal bands was approximately 87 Mbp. Chromoblots were hybridized with 39 different homologous probes, 13 of which identified single chromosomes. Several markers showed linkage and four different linkage groups were identified, each comprising two markers. Densitometric analysis suggests that most of the chromosomal bands contain two or more chromosomes representing either homologous chromosomes and/or heterologous chromosomes with similar sizes