Hypoxia and vasculature in models of lung cancer: implications for targeted therapeutics

Estudi realitzat a partir d’una estada a la Stanford University School of Medicine. Division of Radiation Oncology, Estats Units, entre 2010 i 2012. Durant els dos anys de beca postdoctoral he estat treballant en dos projectes diferents. En primer lloc, i com a continuació d'estudis previs del grup, volíem estudiar la causa de les diferències en nivells d'hipòxia que havíem observat en models de càncer de pulmó. La nostra hipòtesi es basava en el fet que aquestes diferències es devien a la funcionalitat de la vasculatura. Vam utilitzar dos models preclínics: un en què els tumors es formaven espontàniament als pulmons i l'altre on nosaltres injectàvem les cèl•lules de manera subcutània. Vam utilitzar tècniques com la ressonància magnètica dinàmica amb agent de contrast (DCE-MRI) i l'assaig de perfusió amb el Hoeschst 33342 i ambdues van demostrar que la funcionalitat de la vasculatura dels tumors espontanis era molt més elevada comparada amb la dels tumors subcutanis. D'aquest estudi, en podem concloure que les diferències en els nivells d'hipòxia en els diferents models tumorals de càncer de pulmó podrien ser deguts a la variació en la formació i funcionalitat de la vasculatura. Per tant, la selecció de models preclínics és essencial, tant pels estudi d'hipòxia i angiogènesi, com per a teràpies adreçades a aquests fenòmens. L'altre projecte que he estat desenvolupant es basa en l'estudi de la radioteràpia i els seus possibles efectes a l’hora de potenciar l'autoregeneració del tumor a partir de les cèl•lules tumorals circulants (CTC). Aquest efecte s'ha descrit en alguns models tumorals preclínics. Per tal de dur a terme els nostres estudis, vam utilitzar una línia tumoral de càncer de mama de ratolí, marcada permanentment amb el gen de Photinus pyralis o sense marcar i vam fer estudis in vitro i in vivo. Ambdós estudis han demostrat que la radiació tumoral promou la invasió cel•lular i l'autoregeneració del tumor per CTC. Aquest descobriment s'ha de considerar dins d'un context de radioteràpia clínica per tal d'aconseguir el millor tractament en pacients amb nivells de CTC elevats.

Esfingolipids i senyal•lització cel.lular: l'(E)-2-hexadecenal com a possible lípid bioactiu

L’esfingosina-1-fosfat (S1P) és un lípid bioactiu amb funcions crucials en la biologia cel•lular. Entre aquestes, la seva activitat mitogènica i citoprotectora són les més estudiades. L’S1P és catabolitzada intracel•lularment mitjançant l’esfingosina-1-fosfat liasa (SGPL1) per generar (E)-2-hexadecenal i fosforiletanolamina. L’objectiu d’aquest projecte és explorar si l’(E)-2-hexadecenal és realment un catabòlit innocu o bé si, pel seu caràcter acceptor de Michael, és capaç de reaccionar amb pèptids o proteïnes específics. Aquesta interacció podria traduïr-se en funcions biològiques determinades, algunes de les quals són possiblement atribuïdes a l’esfingosina-1-fosfat com a tal. Per poder explorar el potencials adductes proteïcs amb l’aldehid, s’han emprat, sobre cèl•lules HeLa que sobreexpressen SGPL1, sondes anàlegs a esfingosina i esfinganina (i els seus derivats fosforil•lats) que presenten una funció azida en la posició omega de la cadena esfingoide. Aquestes, mitjançant química click sense coure, s’han fet reaccionar amb una molècula que presenta un dibenzociclooctí unit a biotina DBCObiotina). Després d’aïllar les proteïnes així biotinilades amb una reïna d’estreptavidina, aquestes es van separar per electroforesi. Les bandes proteïques observades es van extreure del gel i es van digerir amb tripsina, per posteriorment analitzar els pèptids per MALDI-TOF, el que permetria l’identificació de proteïnes a partir de “peptide mass fingerprinting”. Lamentablement, a la fi d’aquest contracte, encara no s’ha pogut identificar cap proteïna que s’uneixi a l’aldehid alliberat per la reacció de l’esfingosina-1- fosfat liasa. No obstant, durant aquest temps s’ha millorat el mètode per detectar aquests adductes proteïcs. Per això, si la recerca continua en aquesta línia, properament es podria saber amb certesa si existeixen o no aquestes interaccions covalents entre determinades proteïnes i l’(E)-2-hexadecenal.

Estabilitat i diagènesis dels fitòlits de silici en els jaciments arqueològics

Estudi realitzat a partir d’una estada al Kimmel Center for Archaeological Research, Israel, entre 2010 i 2012. Els fitòlits són un dels components principals dels sediments arqueològics. Són relativament estables i menys propensos a la degradació biològica que altres restes vegetals, però també poden ser afectats per la diagènesis. Per entendre com la diagènesis afecta als fitòlits hem desenvolupat una aproximació experimental utilitzant solucions alcalines per determinar l’estabilitat individual de fitòlits fòssils i moderns. L’experimentació ha estat completada amb un estudi de camp a Izbet Sartah. Els resultats mostren com la diagènesis canvia la composició dels conjunts de fitòlits, i per tant afecta la interpretació arqueològica. Conseqüentment, hem desenvolupat un mètode per determinar l’estat de preservació dels fitòlits en els jaciments arqueològics. L’experimentació mostra com els fitòlits moderns són més solubles que els fitòlits fòssils. Tant els fitòlits fòssils com els moderns són menys estables si són cremats. No totes les morfologies es preserven igual, indicant així que hi ha unes morfologies més estables que unes altres. Els fitòlits amb decoracions delicades, especialment aquells formats a la inflorescència de gramínies, són més propensos a la dissolució que els de les fulles. L’avaluació de l’estat de preservació dels fitòlits en jaciments arqueològics es pot realitzar utilitzant un conjunt de tècniques com ara: l’Index de Variació de Fitòlits, el mètode de dissolució ràpida, la identificació de morfologies delicades i la utilització del FTIR. Proposem que la diagènesis dels fitòlits depèn directament de la quantitat inicial de fitòlits en els sediments, la velocitat de sedimentació, i la presència o absència de fitòlits i plantes modernes en l’àrea estudiada. Els resultats d’aquesta investigació han estat publicats en dos articles afegits al final de l’informe (Cabanes et al., 2011 i Cabanes et al., in press), presentats en congressos internacionals i utilitzats indirectament en altres investigacions.

Disseny i implementació d'un marc de treball (framework) de presentació per aplicacions J2EE

Disseny d'un framework per a la capa de presentació en projectes Java Empresarials J2EE.

Mòdul d'autenticació SAML2 per a Dokuwiki

En el projecte s'elabora un mòdul que permet l'autenticació federada de wikis amb un proveïdor d'identitat SAML 2.0. L'aplicació utilitzada per la gestió de les wikis és Dokuwiki i la llibreria utilitzada per aconseguir wikis federades en el protocol SAML 2.0 és simpleSAMLphp. El mòdul permet integrar Dokuwiki i simpleSAMLphp de manera que els usuaris no s'autentiquen en Dokuwiki sinò en el proveïdor d'identitat (IdP). El protocol SAML2 és un mètode d'autenticació Single Sign-On en què Dokuwiki demana autenticació al proveïdor d'identitat (IdP) mitjançant un proveïdor de servei (SP), que també està integrat en simpleSAMLphp. El mòdul es prova en tres situacions: I) El proveïdor d'identitat és extern, Feide OpenIdP. II) El proveïdor d'identitat és local i la font d'autenticació és estàtica. III) El proveïdor d'identitat és local i la font d'autenticació és un servidor OpenLDAP.

Identificació de marcadors biològics amb potencial per a l’optimització sensorial i tecnològica de la carn de porc i pernil curat

L’aplicació de tecnologies innovadores per a l’anàlisi de la qualitat (proteòmica) i per al processat de productes carnis (envasament actiu i altes pressions hidrostàtiques) amb la finalitat d’optimitzar la qualitat i la seguretat de productes carnis llestos per al consum fou evaluat. Els resultats obtinguts amb l’anàlisi proteòmic van permetre la detecció de pèptids/ proteïnes candidats a marcadors proteics de la qualitat dels lloms i dels pernils. La detecció d’aquests marcadors a la matèria primera (llom i pernil fresc) ajudaria a predir la qualitat final dels productes carnis processats (llom cuit i pernil curat), i proporcionaria una eina per al control de la qualitat de la carn de porc. No obstant, la validació del paper d’aquestes proteïnes a la qualitat final dels productes carnis és necessària abans de poder-los considerar marcadors proteics. Per altra banda, es va estudiar la possiblitat de millorar la seguretat alimentària de llonganissa sense sal afegida obtinguda amb el procés QDS® process a través l’ús de tecnologies innovadores (envasament actiu i altes pressions hidrostàtiques). La llonganissa sense sal afegida no va permetre el creixement de L. monocytogenes. No obstant, el patogen seria capaç de sobreviure durant la vida útil del producte en cas de recontaminació. L’envasament antimicrobià amb la inclusió de nisina com a antimicrobià natural es pot considerar un mètode efectiu per a millorar la seguretat de la llonganissa estudiada. L. monocytogenes va sobreviure al tractament d’alta pressió hidrostàtica (600 MPa, 5 min, 12ºC) gràcies a les característiques del producte de baixa activitat d’aigua i presència de lactat a la seva formulació. Per aquest motiu, la APH no es consideraria un tractament apropiat per a reduir la presència de L. monocytogenes en aquest tipus de producte.

Avaluació de l’estructuració genètica humana a la Península Ibèrica i a d’altres regions del sudoest europeu: implicacions poblacionals i epidemiològiques

Els avenços en tècniques de genotipat de polimorfismes genètics a gran escala estan liderant una revolució en el camp de l’epidemiologia genètica i la genètica de poblacions humanes. La informació aportada per aquestes tècniques ha evidenciat l’existència d’estructuracions poblacionals que poden augmentar l’error en els estudis d’associació a escala genòmica (GWAS, genome-wide association studies). Estudis recents han demostrat la presència d’aquestes estructuracions a nivell interregional i intrarregional a Europa. El present projecte ha avaluat el grau d’estructuració genètica en poblacions de la Península Ibèrica i altres regions del sudoest europeu (Itàlia i França) per quantificar l’impacte que aquesta potencial estructuració pot tenir en el disseny d’estudis d’associació GWAS i reconstruir la història demogràfica de les poblacions de la Mediterrània. Per aconseguir aquests objectius, s’han analitzat mostres de DNA de 770 individus de 26 poblacions de la Península Ibèrica, França, Itàlia i d’altres països de la Mediterrània. Aquestes mostres van ser genotipades per 240000 SNPs utilitzant l’array 250K StyI d’Affymetrix en el marc d’aquest projecte o mitjançant altres arrays d’Affymetrix en els projectes internacionals HapMap i POPRES. S’han realitzat anàlisis estadístiques incloent anàlisis de components principals, Fst, identitat per descendència, desequilibri de lligament, barreres genètiques, etc. Aquests resultats han permés construir un marc de referència de la variabilitat en aquesta regió, avaluar el seu impacte en estudis d’associació i proposar mesures per evitar l’increment de qualsevol tipus d’error (tipus I i II) en estudis nacionals i internacionals. A més, també han permés reconstruir la història de les poblacions humanes de la Mediterrània així com analitzar les seves relacions demogràfiques. Donada la duració limitada d’aquesta acció (24 mesos, d’octubre de 2010 a setembre de 2012), els resultats d’aquest projecte es troben actualment en fase de redacció i conduiran a diverses publicacions en revistes internacionals i a la preparació de comunicacions a congressos.

Nanostructuració d'òxids mitjançant mètodes de solució química avançats i nanolitografia tova

Un dels reptes tecnològics més importants del segle XXI és el desenvolupament i organització de materials funcionals a escala nanomètrica ja que permet modificar-ne les propietats fonamentals i generar-ne de noves. En el cas dels òxids complexos aquesta tecnologia ha generat grans perspectives en diferents àrees d’estudi perquè presenten propietats molt interessants com la magnetoresistència colossal, superconductivitat o multiferroicitat. En particular, en l’òxid complex superconductor YBa2Cu3O7 (YBCO) s’ha demostrat que la formació de capes superconductores sobre plantilles nanoestructurades o bé la formació de nanocompostos en una matriu superconductora permet millorar de manera espectacular les seves propietats (corrent crític). Aquests resultats introduiran canvis paradigmàtics en la tecnologia de l’energia elèctrica (cables, motors, generadors) i en totes aquelles aplicacions que requereixin camps magnètics intensos. Ara bé, cal aconseguir-ho mitjançant tècniques de baix cost i que permetin un fàcil escalat. Durant els 4 mesos que s’ha disfrutat de l’ajut BP s’han preparat amb èxit noves capes primes superconductores nanoestructurades mitjançant la introducció d’una fase secundària nanomètrica complexa, Ba2YTaO6 (BYTO), dins la matriu d’YBCO pel mètode de baix cost de deposició de solucions químiques. Aquesta nova composició ha donat lloc a un augment significatiu de les propietats superconductores comparat amb la fase tradicional d’YBCO i per tant tenen gran potencial per fabricar futures cintes superconductores.

Sistemes d’identificació unívoca d’investigadors

El present informe exposa alguns exemples dels projectes més rellevants en l’àmbit de la identificació unívoca dels investigadors a l’hora de crear una plataforma d’accés a la informació científica. S’estructura el treball en quatre parts: la descripció de tres iniciatives internacionals per a la identificació unívoca d’autors (VIAF, ISNI i ORCID), l’anàlisi de sis projectes similars d’abast nacional, l’exemple de tres iniciatives lligades a bases de dades comercials, i les conclusions finals derivades de l’anàlisi comparatiu dels projectes descrits.

Gestors culturals en l’àmbit penitenciari

Programa que pretén canviar l’estereotip de l’educador com a simple animador i oferir una altra visió sobre la manera de treballar i entendre el lleure en l’àmbit penitenciari, molt més en consonància amb la pràctica educativa. Es basa en les experiències que des de fa tres anys duen a terme als centres Brians 1, Brians 2 i Figueres els educadors de cap de setmana i que ens parlen de cogestió del temps de lleure. A aquests centres, cal afegir-hi Quatre Camins, que també ha iniciat un projected’aquestes característiques. Els professionals i els interns que hi han participat han demostrat que treballar en el lleure va molt més enllà d’entretenir. Els resultats de la seva experiència ens mostren el lleure com una eina educativa que els educadors hem d’aprofitar i que permet dur a terme amb èxit programacions culturals i dinamitzar projectes col·lectius des del diàleg, la qual cosa és imprescindible per arribar a l’entesa, i afavoreix la participació, l’assumpció de responsabilitat i el compromís personal. Aquest grup d´interns que formarem com a gestors culturals seran els que gestionin, conjuntament amb els educadors i els altres professionals del centre, les activitats socioculturals que han d’arribar a la població interna. L’educador haurà de formar grups d’interns que, treballant en equip, siguin capaços de dinamitzar la vida social i cultural dels centres. Amb aquest projecte es pretén que el grup de gestors culturals participi en la decisió de com gestionar i organitzar el seu temps de lleure i a què volen dedicar-lo. Entès així, el lleure ofereix un marc d’aprenentatge important ja que aporta espais de relació amb els altres i amb l’entorn. Un entorn que per als participants és la presó, però que més endavant serà el barri, el poble o la ciutat. Després de tot, els gestors culturals estan posant en pràctica competències tan bàsiques com analitzar, detectar, planificar, organitzar... amb tot el que això comporta de negociació, d’acceptació, de renúncia, de respecte, de saber argumentar, de comunicació i de treball en equip. Té també una important dimensió de reflexió i de formació crítica. Entenem el lleure com un espai inclusiu perquè és el millor lloc per trencar tòpics, prejudicis i estereotips.

Edició de vídeo

Aquest manual és el resultat d’una demanda constant dels monitors. La voluntat de tenir més recursos per millorar la feina del dia a dia va comportar elaborar durant l’any 2009 petits manuals relacionats amb les noves tecnologies. No obstant això, teníem com a antecedent els treballs, de qualitat excel·lent, de la nostra companya Rocío Naranjo, monitora d’audiovisuals del CP Brians 2. Després d’ensenyar-nos els treballs que havia fet (El barco de papel) i els projectes que tenia en curs, vam veure clar que era ella qui ens havia d’il·luminar en el tema de l’edició de vídeo. A partir d’aquí vam decidir fer petits manuals, de poca extensió, però molt pràctics, de manera que els puguin fer servir fàcilment tots els monitors artístics dels centres i vam convidar Rocío Naranjo com a experta a les reunions. Amb la voluntat d’aprofitar els recursos i despertar l’interès de tots els companys, vam obrir la sessió d’experts de Rocío Naranjo a tot el col·lectiu, la qual va tenir un gran èxit de participació i va despertar l’interès que preteníem. El fet que la sessió fos molt clara i útil ens va incentivar a preparar un manual aprofitant, amb el seu permís, la seva presentació, el qual és el resultat d’aquesta sessió d’experts, però també el resultat d’una demanda constant d’eines relacionades amb les noves tecnologies aplicades a la nostra feina diària.

Auditoria ètica en un centre d’atenció gerontològica per a gent gran amb dependència

L’ atenció a les persones grans en un establiment residencial ha experimentat una evolució important en els darrers anys: hem passat de l’atenció per beneficència dels ‘asils’ (marcada per un model clarament assistencialista, on l’usuari era un receptor passiu del servei) a l’atenció gerontològica integral (marcada per un model professionalitzat de servei, on l’usuari esdevé un consumidor actiu informat). Hi ha força acord que aquesta maduresa i professionalització ha de tenir en compte els aspectes ètics en l’atenció a la gent gran amb dependència, tant pel que fa a l’ètica assistencial pròpiament dita com a l’ètica de l’organització. Així, l’ètica esdevé un aspecte més a gestionar en aquestes organitzacions. Això requereix planificar com abordar els aspectes ètics en la dinàmica de l’organització, desenvolupar el treball planificat, avaluar els resultats i introduir millores a partir dels resultats obtinguts. En primer lloc hem de tenir identificats els temes ètics a contemplar en un centre gerontològic, que són diferents dels que es puguin plantejar en un centre sanitari, o en un centre educatiu, per exemple. Tot això, però, requereix un mètode i uns elements de mesura. Seria útil poder confeccionar una mena de radiografia de l’organització amb identificació del grau d’assoliment dels aspectes ètics. Es fa necessari disposar d’un instrument per mesurar la qualitat ètica en una residència. Una eina per assolir-ho seria l’auditoria ètica. Caldria disposar d’un model d’auditoria ètica adaptat a les necessitats d’un centre gerontològic d’atenció a persones grans amb dependència (popularment conegut per una ‘residència d’avis’). En aquest treball em proposo els següents objectius: 2.1.- Recerca documental per identificar sistemes d’auditoria ètica específics per a residències de gent gran; 2.2.- Si n’existeixen, fer una anàlisi i comparació dels diferents sistemes trobats, amb el punts forts i punts febles de cadascun d’ells i 2.3.- Valorar la seva idoneïtat en una residència per a gent gran

Avaluació del projecte "Nightingale/Rossinyol": projecte de mentoria amb estudiants universitaris adreçat a alumnes d'origen estranger

La recerca que aquí es presenta es centra en tres objectius. Primerament, obtenir informació d’altres experiències de mentoria d’alumnat immigrat desenvolupades en altres països (Alemanya, Àustria, Eslovènia, Estats Units, Israel, Noruega, Suècia, Suïssa, etc.) amb l’objectiu d’elaborar un marc teòric sòlid que ajudi a argumentar científicament el projecte "Rossinyol". Aquest objectiu s’ha treballat mitjançant la recerca bibliogràfica i documental a nivell nacional, estatal i internacional. Posteriorment, realitzar una primera anàlisi dels ímputs que aporta el projecte Rossinyol al territori on es porta a terme. Mitjançant l’elaboració i passi d’una entrevista a mentors, mestres (dels mentorats) i enllaços territorials (persones del territori que es posen en contacte amb les escoles per seleccionar els mentorats –entre d’altres tasques-) s’ha analitzat: els punts forts i febles del projecte, els possibles efectes de la mentoria en el mentorat i el tipus de relacions que s’han establert entre els agents que participen en el projecte. Finalment, establir uns criteris d’avaluació que permetin donar pautes per desenvolupar aquest projecte –o projectes similars de mentoria- en altres llocs del nostre país. En aquest apartat del treball s’ha elaborat una proposta d’indicadors amb el conseqüent instrument per, en una fase posterior, recollir informació que permetin fer un seguiment acurat, objectiu i extens del projecte.

DIC.CAT. Dona, immigració i ciutadania: les dones marrquines com a generadores de ciutadania a Catalunya

DIC.CAT es centra en les contribucions a la ciutadania que realitzen les dones immigrants marroquines, sobre les quals recauen forts estereotips i imatges que, sovint, les vinculen a la passivitat i a la submissió. Partint d'aquest fet, el projecte analitza el paper d'aquetes dones com a generadores de noves formes de ciutadania a Catalunya, a partir de les seves accions en les esferes pública i privada. El projecte contribueix, d'una banda a ampliar el coneixement teòric sobre la noció de ciutadania, incorporant la dimensió del gènere i partint de la realitat multicultural actual; i de l'altra a aprofundir sobre el rol que estan exercint les doens marroquines estudiades, com agents actius de xsocialització i generadores de canvis en els formes d'exercir la ciutadania en la societat catalana. Destaquen les accions que desenvolupen des de la seva quotidianitat en relació a aspectes com el procés de reagrupació, la incorporació al mercat laboral, la transmissio de valores dins la familia, la relació amb la comunitat d'origen, les motivacions, aspiracions o els projectes professionals i personals propis. Alhora, el projecte vincula aquestes accions amb les que desenvolupen des dels espais públics en els que participen, especialment dins l'àmbit associatiu.

Multiuser detection in a dynamic environment — Part II: Joint user identification and parameter estimation

The problem of jointly estimating the number, the identities, and the data of active users in a time-varying multiuser environment was examined in a companion paper (IEEE Trans. Information Theory, vol. 53, no. 9, September 2007), at whose core was the use of the theory of finite random sets on countable spaces. Here we extend that theory to encompass the more general problem of estimating unknown continuous parameters of the active-user signals. This problem is solved here by applying the theory of random finite sets constructed on hybrid spaces. We doso deriving Bayesian recursions that describe the evolution withtime of a posteriori densities of the unknown parameters and data.Unlike in the above cited paper, wherein one could evaluate theexact multiuser set posterior density, here the continuous-parameter Bayesian recursions do not admit closed-form expressions. To circumvent this difficulty, we develop numerical approximationsfor the receivers that are based on Sequential Monte Carlo (SMC)methods (“particle filtering”). Simulation results, referring to acode-divisin multiple-access (CDMA) system, are presented toillustrate the theory.