Modulaarisen työasemaohjelmiston Testauksen automatisointi

Opinnäytetyön aiheena oli tutkia modulaarisen työasemaohjelmiston automatisoinnin mahdollisuuksia ja niiden toteuttamista käytännössä. Teoriaosuudessa käsitellään ohjelmistotestauksen ja automatisoinnin peruskäsitteitä. Suurin osa työstä keskittyy testitapausten suunnitteluun, toteutukseen ja automatisointiin. Varsinaiset automatisointitoimet keskittyvät ohjelmiston laskennan toteuttavien moduulien testauksen automatisointiin. Testaustyökaluna käytettiin TestReflector nimistä apuohjelmaa, joka on yrityksen kehittämä työkalu ohjelmistokomponenttien testaukseen. Jokaisen laskentatyypin testausta varten luotiin oma testiympäristö, joka kirjoitettiin C#- kielellä. Testiympäristön tärkein tehtävä oli alustaa tarvittavat tietorakenteet mittaustuloksilla ennen laskentojen suorittamista. Laskentojen testaukseen tarvittavat mittaustulokset saatiin laboratorioinstrumentilta. Mittaustulokset tuotiin testiympäristöön ohjelmiston käyttämästä tietokannasta XML-tiedostona.

Paljon puhuttu AJAX

Web 2.0 viittaa toisen polven rikkaisiin verkkosovelluksiin, jotka lähestyvät käytettävyydeltään työpöydän ohjelmia. AJAX (Asyncrhonous JavaScript and XML) on ryhmä tekniikoita, joilla rakennetaan rikkaita verkkosovelluksia. AJAX on saanut valtavasti huomiota mullistavien ominaisuuksiensa ansiosta ja se on syrjäyttämässä tuttuja malleja verkkoympäristössä. Kaikki puhuvat AJAXista, mutta harva todella tietää mistä on kyse. Tämän opinnäytteen tavoitteena on selvittää mistä AJAXissa oikein on kyse, miten se on mullistanut verkkosovelluksia ja mihin suuntaan se on menossa tulevaisuudessa. Tutkimuksen kohteena olivat myös AJAXin kilpailijat, joita verrattiin tähän teoreettisella tasolla. Alan kirjallisuuteen nojautuvassa teknisessä selvityksessä esiteltiin AJAX-tekniikat ja niiden toimintatavat AJAX-sovelluksissa. Median esille tuomien AJAXin uraauurtavien hyvien ominaisuuksien lisäksi käytiin tutkimuksessa läpi kriittisesti myös sen heikkoja puolia. SWOT-analyysissä selvisi, että AJAXin vahvuuksia ovat nopeus ja asynkronisuus ja heikkouksista suurimpia olivat tietoturva-aukot ja navigointimallin muutoksen mukanaan tuomat ongelmat. Analyysin tuloksena AJAXin mahdollisuuksiksi nähtiin laajempi levinneisyys ja kehittyminen sekä näiden mukanaan tuomat hyödyt. Uhkina nähtiin kilpailijat ja AJAXin suosion lasku. Tuloksissa selvisi myös, että kilpailijat esiintyvät kuitenkin AJAXin kanssa yhteiskäytössä, minkä vuoksi niiden vertailu kilpailijoina on hankalaa. Kilpailu on tärkeää, sillä se lisää tekniikoiden kehittymistä ja standardien muodostumista ja johtaa entistä parempiin rikkaisiin verkkosovelluksiin. Heikkouksistaan huolimatta AJAX on käyttöominaisuuksiltaan varteenotettava malli ja säilyttää varmasti paikkansa muiden WWW-sovellustekniikoiden joukossa.

Pharmacokinetic and pharmacogenetic factors influencing plasma and cellular antiretroviral drug disposition

Abstract: The improvement in antiretroviral drug therapy has transformed HIV infection into a chronic disease. However, treatment failure and drug toxicity are frequent. Inadequate response to treatment is clearly multifactorial and, therefore, dosage individualisation based on demographic factors, genetic markers and measurement of cellular and plasma drug level may enhance both drug efficacy and tolerability. At present, antiretroviral drugs levels are monitored in plasma, whereas only drugs penetrating into cells are able to exert an antiviral activity, suggesting that cellular drug determination may more confidently reflect drug exposure at the site of pharmacological action. The overall objective of this thesis is to provide a better understanding of the Pharmacokinetic and pharmacogenetic factors influencing the plasma and cellular disposition of antiretroviral drugs. To that endeavour, analytical methods for the measurements of plasma and cellular drug levels have been developed and validated using liquid chromatography methods coupled with ultraviolet and tandem mass spectrometry detection, respectively. Correlations between plasma and cellular exposures were assessed during observational and experimental studies. Cytochrome (CYP) 2B6, efflux transporters (ABCB1, ABCC1, ABCC2 and ABCG2) and orosomucoid (ORM) polymorphisms were determined and were related to plasma and cellular exposures, as well as toxicity of antiretroviral drugs. A Pharmacokinetic population model was developed to characterise inter- and intra-patient variability of atazanavir pharmacokinetics, and to identify covariates influencing drug disposition. In that context, a Pharmacokinetic interaction study between atazanavir and lopinavir, both boosted with ritonavir, has beén conducted to assess the safety and pharmacokinetics of this boosted double-protease inhibitors regimen. Well to moderately-correlated cellular and plasma drug levels are .observed or protease inhibitors, whereas for efavirenz and nevirapine these correlations are weak. Cellular exposure, and CYP2B6 genotype (516G>T) are predictors of efavirenz neuropsychological toxicity. Nevirapine plasma exposure is also influenced by CYPZB6 polymorphism. Nelfinavir cellular exposure appears to be significantly associated only with ABCB1 genotype (3435C>T and intron 26 + 80T>C). Indinavir and lopinavir clearance and lopinavir cellular/plasma exposure ratio are influenced by the concentration of the variant S of ORM, suggesting-a specific binding of these drugs to this variant. Nelfinavir and efavirenz are not influenced by ORM concentration and phenotype. The Pharmacokinetic parameters of atazanavir are adequately described by our population model. The atazanavir-lopinavir interaction study indicates no influence on plasma and cellular atazanavir pharmacokinetics, while limited decrease in lopinavir concentrations was observed after atazanavir addition. The residual variability unexplained by the considered variables suggests that other covariates either uncontrolled at present or remaining to be identified, such as genetic and environmental factors influence antiretroviral drug pharmacokinetics, with substantial impact on treatment efficacy and tolerability. In that context, a comprehensive approach taking into account drug pharmacokinetics and patient genetic background is expected to contribute to increase treatment success, and to reduce the occurrence of adverse drug reactions by stratifying patients in an individualised antiretroviral therapy approach. Résumé Facteurs pharmacocinétiques et pharmacogénétiques influençant l'exposition plasmatique et cellulaire des antirétroviraux Les progrès de la thérapie antirétrovirale ont transformé l'infection par le VIH d'une affection mortelle à une maladie chronique. En dépit de ce succès, l'échec thérapeutique et la toxicité médicamenteuse restent fréquents. Une réponse inadéquate au traitement est clairement multifactorielle et une individualisation de la posologie des médicaments qui se baserait sur les facteurs démographiques et génétiques des patients et sur les taux sanguins des médicaments pourrait améliorer à la fois l'efficacité et la tolérance de la thérapie. Par ailleurs, seules les concentrations plasmatiques sont actuellement considérées pour le suivi thérapeutique des médicaments, alors que les taux cellulaires pourraient mieux refléter l'activité de ses médicaments qui agissent au niveau intracellulaire. L'objectif global de cette thèse était de mieux comprendre les facteurs pharmacocinétiques et pharmacocénétiques influençant l'exposition plasmatique et cellulaire des médicaments antirétroviraux. A cet effet, des méthodes pour quantifier les concentrations plasmatiques et cellulaires des antirétroviraux ont été développées et validées en utilisant la chromatographie liquide couplée à la détection ultraviolette et la spectrométrie de masse en tandem, respectivement. La corrélation entre l'exposition cellulaire et plasmatique de ces médicaments a été étudiée lors d'études observationnelles et expérimentales. Les polymorphismes du cytochrome (CYP) 2B6, ainsi que des transporteurs d'efflux (ABCB1, ABCC1, ABCC2 et ABCG2) et de l'orosomucoïde (ORM) ont été déterminés et corrélés avec l'exposition plasmatique et cellulaire des antirétroviraux, ainsi qu'à leur toxicité. Un modèle de pharmacocinétique de population a été établi afin de caractériser la variabilité inter- et intra-individuelle de l'atazanavir, et d'identifier les covariables pouvant influencer le devenir de ce médicament. Dans ce contexte, une étude d'interaction entre l'atazanavir et le lopinavir a été effectuée afin de déterminer la sécurité et le profil pharmacocinétique de ce régime thérapeutique. Des corrélations modérées à bonnes ont été observées entre les taux cellulaires et plasmatiques des inhibiteurs de protéase, alors que pour l'efavirenz et la névirapine ces corrélations sont faibles. L'exposition cellulaire, ainsi que le génotype du CYP2B6 (516G>T) sont des indices de la toxicité neuropsychologique de l'efavirenz. L'exposition plasmatique de la névirapine est également influencée par le polymorphisme du CYPZB6. L'exposition cellulaire du nelfinavir est significativement associée au génotype du ABCB1 (3435C>T et intron 26 + 80T>C). La clairance de l'indinavir et du lopinavir, ainsi que le rapport entre exposition cellulaire et plasmatique du lopinavir sont influencés par la concentration du variant S de l'ORM, suggérant une liaison spécifique de ces médicaments à ce variant. La clairance du nelfinavir et de l'efavirenz n'est pas influencée ni par la concentration ni par le phénotype de l'ORM. Les paramètres pharmacocinétiques de l'atazanavir ont été décrits de façon adéquate par le modèle de population proposé. De plus, le lopinavir n'influence pas les concentrations plasmatiques et cellulaires de l'atazanavir; alors que celui-ci conduit à une baisse limitée des taux de lopinavir. L'importante variabilité pharmacocinétique des antirétroviraux suggère que d'autres facteurs génétiques et environnementaux -qui restent encore à découvrir- influencent également leur disponibilité. Dans un proche futur, une prise en charge qui tienne. compte de la pharmacocinétique des médicaments et des caractéristiques génétiques du patient devrait permettre d'individualiser le traitement, contribuant certainement à une amélioration de la réponse thérapeutique et à une diminution de la toxicité. Résumé grand public Facteurs pharmacocinétiques et pharmacogénétiques influençant l'exposition plasmatique et cellulaire des antirétroviraux Les progrès effectués dans le traitement de l'infection par le virus de l'immunodéficience humaine acquise (VIH), ont permis de transformer une maladie avec un pronostic sombre, en une maladie chronique traitable avec des médicaments de plus en plus efficaces. Malgré ce succès, de nombreux patients ne répondent pas de façon optimale à leur traitement et/ou souffrent d'effets indésirables médicamenteux entraînant fréquemment une modification de leur thérapie. Actuellement, le suivi de la réponse au traitement s'effectue par la mesure chez les patients de la quantité de virus et du nombre des cellules immunitaires dans le sang, ainsi que par la concentration sanguine des médicaments administrés. Cependant, comme le virus se réplique à l'intérieur de la cellule, la mesure des concentrations médicamenteuses au niveau intracellulaire pourrait mieux refléter l'activité pharmacologique au site d'action. De plus, il a été possible de mettre en évidence la grande variabilité des concentrations plasmatiques de médicaments chez des patients prenant pourtant la même dose de médicament. Comme cette variabilité est notamment due à des facteurs génétiques qui sont susceptibles d'influencer la réponse au traitement antirétroviral, des analyses génétiques ont été également effectuées chez ces patients. Cette thèse a eu pour objectif de mieux comprendre les facteurs pharmacologiques et génétiques influençant l'activité et la toxicité des médicaments antirétroviraux afin de réduire la variabilité de la réponse thérapeutique. A cet effet, une méthode de dosage permettant la quantification des médicaments anti-HIV au niveau intracellulaire a été développée. Par ailleurs, nos études ont également porté .sur les variations génétiques influençant la quantité et l'activité des protéines impliquées dans le métabolisme et dans le transport des médicaments antirétroviraux. Enfin, les conséquences de ces variations sur la réponse clinique et la toxicité du traitement ont été évaluées. Nos études ont mis en évidence des associations significatives entre les variations génétiques considérées et la concentration sanguine, cellulaire et la toxicité de quelques médicaments antirétroviraux. La complémentarité des connaissances pharmacologiques, génétiques et virales pourrait aboutir à une stratégie globale permettant d'individualiser le traitement et la dose administrée, en fonction des caractéristiques propres de chaque patient. Cette approche pourrait contribuer à une optimisation du traitement antirétroviral dans la perspective d'une meilleure- efficacité thérapeutique à long terme et d'une diminution des effets indésirables rencontrés.

The achievable region approach to the optimal control of stochastic systems

The achievable region approach seeks solutions to stochastic optimisation problems by: (i) characterising the space of all possible performances(the achievable region) of the system of interest, and (ii) optimisingthe overall system-wide performance objective over this space. This isradically different from conventional formulations based on dynamicprogramming. The approach is explained with reference to a simpletwo-class queueing system. Powerful new methodologies due to the authorsand co-workers are deployed to analyse a general multiclass queueingsystem with parallel servers and then to develop an approach to optimalload distribution across a network of interconnected stations. Finally,the approach is used for the first time to analyse a class of intensitycontrol problems.

Gestão de Conteúdo: Site do “Parque Natural da ilha do Fogo”

A crescente utilização das tecnologias da informação, em especial dos sistemas de informação, nas mais diversas áreas, torna-se aos poucos um elemento tão importante à sociedade quanto o trabalho humano. Não que ela irá substituí-lo, mas mostra-se cada vez mais uma ferramenta primordial no desenvolvimento de qualquer actividade. A evolução do ambiente de globalização, aliado ao desenvolvimento de novas tecnologias e novas técnicas de organização da informação, provocam inúmeras transformações na gestão dos conteúdos para Web. Nesse sentido, o presente relatório trata-se do desenvolvimento do Web Site do Parque Natural da ilha do Fogo e a Gestão do seu Conteúdo utilizando o Joomla que é um CMS (Content Management System) em maior expansão, sendo provavelmente o CMS mais procurado, com a maior comunidade e recursos disponíveis. Este trabalho apresenta um tema de grande relevância, principalmente para as organizações que querem disponibilizar informações para Web. Tendo um sistema de gestão de conteúdo fica mais fácil de actualização dos seus conteúdos, visto que muitos sites disponíveis na Web carecem da sua actualização.

Swiss consensus statement: Recommendations for optimising re-treatment with MabThera (rituximab) in rheumatoid arthritis.

Rituximab is an effective treatment of rheumatoid arthritis (RA), which has been approved for the treatment of moderate to severe disease in patients with an inadequate response to anti-TNF therapies. Rituximab differs from other available biological agents for RA by way of its unique mode of action and unrivalled long dosing interval. The efficacy of rituximab subsides progressively over time and re-therapy is generally required to maintain long term disease control. The timing of re-treatment is currently not well established and varies widely in clinical practice. The present document is a concise recommendation regarding re-treatment with rituximab, based on validated outcomes such as the DAS28 and the EULAR response criteria. The recommendation was established through consensus between practitioners familiar with rituximab therapy in RA. Optimisation of the rituximab re-treatment schedule may improve patient outcomes and balance risks and benefits for the individual patient.

Female labour supply in Spain: The importance of behavioural assumptions and unobserved heterogeneity specification

We estimate four models of female labour supply using a Spanish sampleof married women from 1994, taking into account the complete form of theindividual s budget set. The models differ in the hypotheses relating tothe presence of optimisation errors and/or the way non-workers contributeto the likelihood function. According to the results, the effects of wagesand non-labour income on the labour supply of Spanish married women dependon the specification used. The model which has both preference andoptimisation errors and allows for both voluntarily and involuntarilyunemployed females desiring to participate seems to better fit the evidencefor Spanish married women.

Signalling, mating success and paternal investment in sticklebacks (Gasterosteus aculeatus): A theoretical model

I present an optimisation model that links paternal investment, male display and female choice. Although deviced for sticklebacks, it readily applies to other fish with male guarding behaviour. It relies on a few basic assumptions on the ways hatching success depends on paternal investment and clutch size, and male survival on paternal investment and signaling. Paternal investment is here a state-dependent decision, and signal a condition-dependent handicap by which males inform females of how much they are willing to invest. Series of predictions are derived on female and male breeding strategies, including optimal levels of signaling and paternal investment as functions of clutch size, own condition, and residual reproductive value, as well as alternative strategies such as egg kleptoparasitism. Some predictions already have empirical support, for which the present model provides new interpretations. Other might readily be tested, e.g. by simple clutch-size manipulations.

Interfaz Siebel ‐ Intranet

Una empresa que da servicios de asistencia a usuarios para una entidad bancaria gestiona y registra las incidencias que los empleados u oficinas puedan tener mediante un software CRM. Los empleados del banco no tienen acceso a dicho software, con lo que necesitan alguna forma de poder llegar a cierta información. Este proyecto rellena dicho hueco, estableciendo una conexión extremo a extremo de forma segura y eficaz. Por medio de ficheros XML se envían las solicitudes y las respuestas desde la intranet del banco (mediante un formulario de registro de incidencias) hasta los sistemas CRM.

SOS Mindelo - Aplicação Móvel de Apoio a Serviços de Emergências de Saúde

O Android é um sistema operativo de código fonte aberto desenvolvido com foco principal nos dispositivos móveis. Este trabalho pretende aplicar os recursos disponíveis no Android, nomeadamente os serviços de geolocalização (GPS), API do Google Maps, suporte a dados, entre outros para desenvolver uma aplicação móvel de apoio a serviços de emergências de saúde na cidade do Mindelo denominada de SOS Mindelo. A aplicação SOS Mindelo é uma ferramenta que permite localizar as farmácias, hospitais, clínicas e centros de saúde que estejam mais próximos geograficamente da posição do utilizador no momento da utilização da aplicação. As classes que compõe o código fonte da aplicação foram implementadas com uso da linguagem de programação JAVA enquanto que para as interfaces de utilizador se baseou na linguagem XML. A base de dados foi desenvolvida com recurso às linguagens PHP e MySql e o mesmo se encontra alojado na internet no servidor online Hostinger. Para a interligação entre a base de dados remota e a aplicação instalada no dispositivo do utilizador se recorreu á ferramenta Java Script Object Notation. Para a estimação da distância e a selecção de rotas entre a posição do dispositivo do utilizador e os possíveis destinos se recorreu ao API do Google Maps para além da implementação de um método para o cálculo da distância euclidiana entre dois pontos. Tendo em conta os parcos recursos que caracterizam os dispositivos móveis em termos de poder de processamento, espaço de armazenamento e eficiência energética as imagens, textos e outros recursos são guardados na base de dados online e acessados pelo terminal do utilizador quando necessário. O presente relatório está organizado da seguinte forma: na introdução são descritos os objectivos do desenvolvimento desta aplicação, bem como as vantagens da sua implementação. O primeiro capítulo apresenta a fundamentação teórica e as tecnologias utilizadas para o desenvolvimento da aplicação. O segundo capítulo descreve o processo de desenvolvimento da aplicação, nomeadamente a especificação dos requisitos, a apresentação dos diagramas de casos de usos e de classes, a implementação da base de dados remota, as implementações em código e as correspondentes interfaces de utilizador. Finalmente serão apresentados as conclusões finais do projecto e as perspectivas para trabalhos futuros.

Extremity exposure in nuclear medicine: preliminary results of a European study.

The Work Package 4 of the ORAMED project, a collaborative project (2008-11) supported by the European Commission within its seventh Framework Programme, is concerned with the optimisation of the extremity dosimetry of medical staff in nuclear medicine. To evaluate the extremity doses and dose distributions across the hands of medical staff working in nuclear medicine departments, an extensive measurement programme has been started in 32 nuclear medicine departments in Europe. This was done using a standard protocol recording all relevant information for radiation exposure, i.e. radiation protection devices and tools. This study shows the preliminary results obtained for this measurement campaign. For diagnostic purposes, the two most-used radionuclides were considered: (99m)Tc and (18)F. For therapeutic treatments, Zevalin(®) and DOTATOC (both labelled with (90)Y) were chosen. Large variations of doses were observed across the hands depending on different parameters. Furthermore, this study highlights the importance of the positioning of the extremity dosemeter for a correct estimate of the maximum skin doses.

Uso de wikis semánticas

En el presente PFC vamos a estudiar a fondo las wikis semánticas, para tratar de plasmar primeramente el estado del arte de éstas, su aprovechamiento y uso real, más allá de su concepción teórica o prototípica. Posteriormente utilizaremos una de ellas para realizar un ejercicio práctico, cargando una ontología nueva desarrollada para ésta y probando la potencia de las consultas sobre ésta.

Visualitzador de molècules d'ADN per laboratori virtual

RESUM Com a continuació del treball de final de carrera “Desenvolupament d’un laboratori virtual per a les pràctiques de Biologia Molecular” de Jordi Romero, s’ha realitzat una eina complementaria per a la visualització de molècules integrada en el propi laboratori virtual. Es tracta d’una eina per a la visualització gràfica de gens, ORF, marques i seqüències de restricció de molècules reals o fictícies. El fet de poder treballar amb molècules fictícies és la gran avantatge respecte a les solucions com GENBANK que només permet treballar amb molècules pròpies. Treballar amb molècules fictícies fa que sigui una solució ideal per a l’ensenyament, ja que dóna la possibilitat als professors de realitzar exercicis o demostracions amb molècules reals o dissenyades expressament per a l’exercici a demostrar. A més, permet mostrar de forma visual les diferents parts simultàniament o per separat, de manera que ofereix una primera aproximació interpretació dels resultats. Per altra banda, permet marcar gens, crear marques, localitzar seqüències de restricció i generar els ORF de la molècula que nosaltres creem o modificar una ja existent. Per l’implementació, s’ha continuat amb l’idea de separar la part de codi i la part de disseny en les aplicacions Flash. Per fer-ho, s’ha utilitzat la plataforma de codi lliure Ariware ARPv2.02 que proposa un marc de desenvolupament d’aplicacions Flash orientades a objectes amb el codi (classes ActionScript 2.0) separats del movieclip. Per al processament de dades s’ha fet servir Perl per ser altament utilitzat en Bioinformàtica i per velocitat de càlcul. Les dades generades es guarden en una Base de Dades en MYSQL (de lliure distribució), de la que s’extreuen les dades per generar fitxers XML, fent servir tant PHP com la plataforma AMFPHP com a enllaç entre Flash i la resta de parts.

Uncertainty Quantification with Support Vector Regression Prediction Models

Uncertainty quantification of petroleum reservoir models is one of the present challenges, which is usually approached with a wide range of geostatistical tools linked with statistical optimisation or/and inference algorithms. The paper considers a data driven approach in modelling uncertainty in spatial predictions. Proposed semi-supervised Support Vector Regression (SVR) model has demonstrated its capability to represent realistic features and describe stochastic variability and non-uniqueness of spatial properties. It is able to capture and preserve key spatial dependencies such as connectivity, which is often difficult to achieve with two-point geostatistical models. Semi-supervised SVR is designed to integrate various kinds of conditioning data and learn dependences from them. A stochastic semi-supervised SVR model is integrated into a Bayesian framework to quantify uncertainty with multiple models fitted to dynamic observations. The developed approach is illustrated with a reservoir case study. The resulting probabilistic production forecasts are described by uncertainty envelopes.