Dynamics of turing patterns under spatiotemporal forcing

We study, both theoretically and experimentally, the dynamical response of Turing patterns to a spatiotemporal forcing in the form of a traveling-wave modulation of a control parameter. We show that from strictly spatial resonance, it is possible to induce new, generic dynamical behaviors, including temporally modulated traveling waves and localized traveling solitonlike solutions. The latter make contact with the soliton solutions of Coullet [Phys. Rev. Lett. 56, 724 (1986)] and generalize them. The stability diagram for the different propagating modes in the Lengyel-Epstein model is determined numerically. Direct observations of the predicted solutions in experiments carried out with light modulations in the photosensitive chlorine dioxide-iodine-malonic acid reaction are also reported.

Genome-wide association study identifies loci influencing concentrations of liver enzymes in plasma.

Concentrations of liver enzymes in plasma are widely used as indicators of liver disease. We carried out a genome-wide association study in 61,089 individuals, identifying 42 loci associated with concentrations of liver enzymes in plasma, of which 32 are new associations (P = 10(-8) to P = 10(-190)). We used functional genomic approaches including metabonomic profiling and gene expression analyses to identify probable candidate genes at these regions. We identified 69 candidate genes, including genes involved in biliary transport (ATP8B1 and ABCB11), glucose, carbohydrate and lipid metabolism (FADS1, FADS2, GCKR, JMJD1C, HNF1A, MLXIPL, PNPLA3, PPP1R3B, SLC2A2 and TRIB1), glycoprotein biosynthesis and cell surface glycobiology (ABO, ASGR1, FUT2, GPLD1 and ST3GAL4), inflammation and immunity (CD276, CDH6, GCKR, HNF1A, HPR, ITGA1, RORA and STAT4) and glutathione metabolism (GSTT1, GSTT2 and GGT), as well as several genes of uncertain or unknown function (including ABHD12, EFHD1, EFNA1, EPHA2, MICAL3 and ZNF827). Our results provide new insight into genetic mechanisms and pathways influencing markers of liver function.

Radarsat backscattering from an agricultural scene

Orbital remote sensing in the microwave electromagnetic region has been presented as an important tool for agriculture monitoring. The satellite systems in operation have almost all-weather capability and high spatial resolution, which are features appropriated for agriculture. However, for full exploration of these data, an understanding of the relationships between the characteristics of each system and agricultural targets is necessary. This paper describes the behavior of backscattering coefficient (sigma°) derived from calibrated data of Radarsat images from an agricultural area. It is shown that in a dispersion diagram of sigma° there are three main regions in which most of the fields can be classified. The first one is characterized by low backscattering values, with pastures and bare soils; the second one has intermediate backscattering coefficients and comprises well grown crops mainly; and a third one, with high backscattering coefficients, in which there are fields with strong structures causing a kind of double bounce effect. The results of this research indicate that the use of Radarsat images is optimized when a multitemporal analysis is done making the best use of the agricultural calendar and of the dynamics of different cultures.

Nullification of small knots

in the paper we consider the nullification number of small knots with at most 9 crossings. We establish two inequalities (Corollary 2.1) relating the nullification number to other knot invariants and properties of the knot diagram. We show that these inequalities allow us to settle the nullification number for all of the 84 prime knots with at most 9 crossings.

Analysis of sensitivity with respect to a compositional parameter : A comment on 'Local sensitivity analysis for compositional data with application to soil texture in hydrologic modelling' by L. Loosvelt and co-authors

A comment about the article “Local sensitivity analysis for compositional data with application to soil texture in hydrologic modelling” writen by L. Loosvelt and co-authors. The present comment is centered in three specific points. The first one is related to the fact that the authors avoid the use of ilr-coordinates. The second one refers to some generalization of sensitivity analysis when input parameters are compositional. The third tries to show that the role of the Dirichlet distribution in the sensitivity analysis is irrelevant

Decision-theoretic reflections on processing a fingermark

A recent publication in this journal [Neumann et al., Forensic Sci. Int. 212 (2011) 32-46] presented the results of a field study that revealed the data provided by the fingermarks not processed in a forensic science laboratory. In their study, the authors were interested in the usefulness of this additional data in order to determine whether such fingermarks would have been worth submitting to the fingermark processing workflow. Taking these ideas as a starting point, this communication here places the fingermark in its context of a case brought before a court, and examines the question of processing or not processing a fingermark from a decision-theoretic point of view. The decision-theoretic framework presented provides an answer to this question in the form of a quantified expression of the expected value of information (EVOI) associated with the processed fingermark, which can then be compared with the cost of processing the mark.

Structure function relationships of ENaC and its role in sodium handling.

The epithelial sodium channel (ENaC) in the apical membrane of polarized epithelial cells is the rate-limiting step for Na entry into the cell; in series with the basolateral Na pump, it allows the vectorial transepithelial transport of Na ions. ENaC is expressed in different epithelia like the distal nephron or colon, and the airways epithelium. In the lung ENaC controls the composition and the amount of pulmonary fluid, whereas in the distal nephron ENaC under the control of aldosterone and vasopressin, is essential to adapt the amount of Na+ reabsorbed with the daily sodium intake. Activating mutations of ENaC cause severe disturbances of Na+ homeostasis leading to hypertension in human and in mouse models. Functional expression of ENaC in different cell systems allowed the identification of structural domains of the protein that are essential for channel function and/or modulation of channel activity. Site-directed mutations in specific domains of the channel protein lead to channel hyperactivity or channel loss of function. Knowledge about ENaC structure-function relationships opens new opportunities for development of pharmacological tools for controlling ENaC activity, such as channel activators of potential benefit in the treatment of pulmonary edema, or highly potent ENaC blockers with natriuretic effects.

Paisatge, poblament, cultura material i història de l'Ager Tarraconensis. Resultats i comparacions

Síntesi dels primers resultats del Projecte Ager Tarraconensis i de les aportacions al simposi, de les quals s’extreuen reflexions i coneixements nous sobre el tema de l’estudi entorn del conjunt de l’espai de la ciutat romana, del paisatge, tractat com un sistema. Les aportacions se centren en la varietat de les primeres estratègies de control romà del territori, de les tipologies i evolució dels establiments, dels aspectes econòmics i de la dinàmica del poblament. Tot plegat fa referència molt especialment al territori de Tarraco, per bé que es fan nombroses comparacions amb altres territoris de l’àrea catalana i saguntina i també d’altres províncies romanes. Tarraco es va perfilant com una ciutat amb un territorium molt productiu, no sols en agricultura, sinó també en indústries, producció tèxtil, explotacions de recursos minerals com les pedreres i el ferro, i amb un comerç molt actiu que la devia convertir en un port important de la Mediterrània occidental romana. La jerarquia dels hàbitats rurals també s’està demostrant més complexa gràcies al coneixement de noves aglomeracions. L’evolució posterior al període romà també ha entrat en discussió, especialment pel que fa a l’època islàmica, sobre la qual es discuteix si el camp va quedar poblat o despoblat, tema que resol en sentit positiu el diagrama pol·línic realitzat dins del marc del projecte.

Ohutlevytuotteenvalmistusteknisten piirteiden tunnistaminen ja käyttö suunnittelun apuna

Suunnittelu- ja valmistustoiminnot ovat eriytymässä myös ohutlevyteollisuudessa. Kilpailukyvyn parantamiseksi, valmistusta siirretään alihankkijoille maihin, jossa työvoima on halpaa ja suuret markkinat lähellä, tuotekehityksen ja suunnittelun jäädessä Suomeen tai muualle Länsi-Eurooppaan. Tällöin vanhan lokaalin toimintamallin synergiaedut eivät ole enää mahdollisia ja tuotteen valmistettavuuden arviointi, laadunhallinta ja komponenttien yhteensopivuuden varmistaminen on erittäin haasteellista. Tässä tutkimuksessa etsittiin uuden toimintamallin tuomiin haasteisiin vastauksia piirrepohjaisesta mallintamisesta. Tavoitteen mukaisesti, tutkimuksessa tunnistettiin ohutlevytuotteen valmistusteknilliset piirteet ja luotiin niiden mukainen piirrekaavio. Piirteiden tunnistus vaati tutkimustyötä sekä nykyaikaisten suunnittelumetodien että valmistusmenetelmien ja ohutlevymateriaalien parissa. Lisäksitarkasteltiin, millaisia vaikutuksia piirteillä on tuotteen valmistettavuuteen ja miten nämä tulee huomioida tuotteen suunnittelussa.

Lämmöntalteenotto kosteasta poistoilmasta prosessiteollisuudessa

Tämän diplomityön päämääränä on tehdä prosessiteollisuuden tarpeisiin Excel-taulukkolaskentaohjelmassa toimiva putkilämmönsiirtimen mitoitusohjelma. Prosessiteollisuudessa lämmönvaihtimien toimintaympäristöt ja olosuhteet vaihtelevat merkittävästi ja niinpä jokaisen vaihtimen suunnittelu ja mitoitus on toteutettava tapauskohtaisesti. Työssä käsitellään rekuperatiivisen ristivirtaputkilämmönvaihtimen yleinen lämpötekninen mitoitus sisältäen putken sisäpinnalle tapahtuvan mahdollisen lauhtumisen. Mitoitettava vaihdinkoostuu pystysuorista putkista, joissa lämmin ja kostea ilma virtaa putkien sisäpuolella ja kylmä kuiva ilma vaippapuolella vaakasuoraan. Vaihdinmateriaalina käytetään ruostumatonta AISI 304 -tai haponkestävää AISI 316 terästä. Kuuman ilman tila vaihtelee tarkasteltavan kohteen mukaan. Paperiteollisuuden kuivausyksiköiltä poistuva ilma on usein lämmintä ja kosteaa, ja infrakuivaimilta poistuva ilma on kuumaa. Mitoitettavalle lämmönvaihtimelle tulevan kuuman ilman lämpötila tapauksesta riippuen voi vaihdella 30°C, maksimissaan +300°C:een saakka, vesisisällön ollessa välillä 0,010...0,200 kg/kg ki tai jopa tämän ylikin. Vaihtimen mitoitus perustuu energiataseyhtälöiden käyttöön. Laskennassa määritetään vaihtimen pintalämpötila sekä mahdollinen kostean ilman lauhtuminen putken sisäpinnalle. Lisäksi teoria käsittää molempien virtausten tilanmuutosten laskennan. Työssä on esitetty esimerkkilaskelma, jossa on laskettu ilma- kostea ilma lämmönsiirrinkonstruktio. Esimerkissä on tarkasteltu vaihtimen hyötysuhdetta, virtausten lämpö- ja kosteuskäyttäytymistä ulkoilman lämpötilan funktiona. Ohjelmasta saadaan tulostettua mitoitettavanvaihtimen dimensiot; putkien lukumäärät syvyys- ja pituussuunnassa sekä kokonaisputkilukumäärä, putkien väliset etäisyydet toisiinsa nähden sekä syvyys, että pituussuunnassa, putkipituus ja putken sisä- ja ulkohalkaisijat. Nämä tiedot suunnittelija itse syöttää ohjelmalle alkuarvoina. Laskettuna tietona ohjelma antaa molempien virtausten poistolämpötilat, kuuman ilman poistuvan absoluuttisen kosteuden, kondenssivesimäärän, vaihtimen tehon ja painehäviöt vaippa- ja putkipuolelle. Lisäksi ohjelma laskee kuuman ilman ominaisentalpiat vaihtimen sisään- ja ulostulossa. Tämä mahdollistaa ilman tilapisteiden piirtämisen Mollier-piirrokseen.

The Lin28/let-7 axis regulates glucose metabolism.

The let-7 tumor suppressor microRNAs are known for their regulation of oncogenes, while the RNA-binding proteins Lin28a/b promote malignancy by inhibiting let-7 biogenesis. We have uncovered unexpected roles for the Lin28/let-7 pathway in regulating metabolism. When overexpressed in mice, both Lin28a and LIN28B promote an insulin-sensitized state that resists high-fat-diet induced diabetes. Conversely, muscle-specific loss of Lin28a or overexpression of let-7 results in insulin resistance and impaired glucose tolerance. These phenomena occur, in part, through the let-7-mediated repression of multiple components of the insulin-PI3K-mTOR pathway, including IGF1R, INSR, and IRS2. In addition, the mTOR inhibitor, rapamycin, abrogates Lin28a-mediated insulin sensitivity and enhanced glucose uptake. Moreover, let-7 targets are enriched for genes containing SNPs associated with type 2 diabetes and control of fasting glucose in human genome-wide association studies. These data establish the Lin28/let-7 pathway as a central regulator of mammalian glucose metabolism.

Construction and performance of network codes

El principal objectiu d'aquest treball és implementar i exposar una descripció teòrica per a diferents esquemes de Physical Layer Network Coding. Utilitzant un esquema bàsic com a punt de partida, el projecte presenta la construcció i l'anàlisis de diferents esquemes de comunicació on la complexitat va augmentant a mesura que anem avançant en el projecte. El treball està estructurat en diferents parts: primer, es presenta una introducció a Physical Layer Network Coding i a Lattice Network Codes. A continuació, s'introdueixen les eines matemàtiques necessàries per entendre el CF System. Després, s'analitza i implementa el primer esquema bàsic. A partir del qual, implementem una versió vectorial del CF System i una versió codificada amb un Hamming q-ari. Finalment, s'estudien i implementen diferents estratègies per millorar la matriu de coeficients A.

Selluradan leijutus ja hallinta ilmakuivaimessa

Diplomityön tavoitteena oli tutkia selluradan leijutusta sekä hallintaa kapealla ja täysleveällä selluradalla ilmakuivaimessa. Työn sisältö on jaettu neljään osaan teoriaan, numeeriseen virtauslaskentaan, kokeelliseen osuuteen ja johtopäätöksiin. Työn alussa kiinnitettiin huomiota ilmakuivaimen ja selluradan rakenteeseen, selluradan lujuusominaisuuksiin ja niiden testaamiseen laboratorio-oloissa. Teoria osuudessa tarkasteltiin selluradan leijutusteoriaa ja siihen liittyvää virtaustekniikkaa. Leijutusta kuvattiin mekaniikasta tutun vapaakappalekuvan muodossa. Vapaakappalekuva auttaa ymmärtämään sellurataan vaikuttavia voimia ja niiden aiheuttajia. Numeerisessa virtauslaskennassa rakennettiin Fluent -virtauslaskentamalli. Malli kuvaa leijutussuuttimen alusta 0,2 metrin pituista pätkää. Laskennassa simuloitiin selluradan lei-jutusta 2, 5 ja 7 mm etäisyyksillä. Tuloksia tarkasteltiin paine- ja nopeusjakaumien muodossa. Kokeellisessa osuudessa tehtiin mittauksia yksittäisellä ylä- ja alasuuttimella sekä suutinpaketilla. Yksittäisistä suuttimista mitattiin ilmasuihkujen ulostulokulmaa, suuttimensisäistä painejakaumaa ja selluradan pintaan vaikuttavaa staattista painetta suuttimen pituuden funktiona. Suutinpaketilla tutkittiin ilmasuihkujen ja tasomaisen levyn välistä vuorovaikutusta. Ylä- ja alasuuttimen välissä leijutettiin levyä, josta mitattiin ilmasuihkujen aiheuttama z-suuntainen voima ja leijutuskorkeus. Työn lopussa arvioitiin teorian, numeerisen virtauslaskennan ja kokeellisen osuuden tuloksia. Näiden pohjalta tehtiin teknisiä parannusehdotuksia ilmakuivaimen toiminnan tehostamiseksi ja selluradan hallinnan parantamiseksi kapealla ja täysleveällä selluradalla.

Disc Filter External Models in an Integrated Simulation Environment

Työssä tutkittiin kiekkosuodattimeen liittyviä ulkoisia simulointimalleja integroidussa simulointiympäristössä. Työn tarkoituksena oli parantaa olemassa olevaa mekanistista kiekkosuodatinmallia. Malli laadittiin dynaamiseen paperiteollisuuden tarpeisiin tehtyyn simulaattoriin (APMS), jossa olevaan alkuperäiseen mekanistiseen malliin tehtiin ulkoinen lisämalli, joka käyttää hyväkseen kiekkosuodatinvalmistajan mittaustuloksia. Laitetiedon saatavuutta suodattimien käyttäjille parannettiin luomalla Internetissä sijaitsevalle palvelimelle kiekkosuodattimen laitetietomäärittelyt. Suodatinvalmistaja voi palvella asiakkaitaan viemällä laitetiedot palvelimelle ja yhdistämällä laitetiedon simulointimalliin. Tämä on mahdollista Internetin ylitse käytettävän integroidun simulointiympäristön avulla, jonka on tarkoitus kokonaisvaltaisesti yhdistää simulointi ja prosessisuunnittelu. Suunnittelijalle tarjotaan työkalut, joilla dynaaminen simulointi, tasesimulointi ja kaavioiden piirtäminen onnistuu prosessilaitetiedon ollessa saatavilla. Nämä työkalut on tarkoitus toteuttaa projektissa nimeltä Galleria, jossa luodaan prosessimalli- ja laitetietopalvelin Internetiin. Gallerian käyttöliittymän avulla prosessisuunnittelija voi käyttää erilaisia simulointiohjelmistoja ja niihin luotuja valmiita malleja, sekä saada käsiinsä ajan tasalla olevaa laitetietoa. Ulkoinen kiekkosuodatinmalli laskee suodosvirtaamat ja suodosten pitoisuudet likaiselle, kirkkaalle ja superkirkkaalle suodokselle. Mallin syöttöparametrit ovat kiekkojen pyörimisnopeus, sisään tulevan syötön pitoisuus, suotautuvuus (freeness) ja säätöparametri, jolla säädetään likaisen ja kirkkaan suodoksen keskinäinen suhde. Suotautuvuus kertoo mistä massasta on kyse. Mitä suurempi suotautuvuus on, sitä paremmin massa suodattuu ja sitä puhtaampia suodokset yleensä ovat. Mallin parametrit viritettiin regressioanalyysillä ja valmistajan palautetta apuna käyttäen. Käyttäjä voi valita haluaako hän käyttää ulkoista vai alkuperäistä mallia. Alkuperäinen malli täytyy ensin alustaa antamalla sille nominaaliset toimintapisteet virtaamille ja pitoisuuksille tietyllä pyörimisnopeudella. Ulkoisen mallin yhtälöitä voi käyttää alkuperäisen mallin alustamiseen, jos alkuperäinen malli toimii ulkoista paremmin. Ulkoista mallia voi käyttää myös ilman simulointiohjelmaa Galleria-palvelimelta käsin. Käyttäjälle avautuu näin mahdollisuus tarkastella kiekkosuodattimien parametreja ja nähdä suotautumistulokset oman työasemansa ääreltä mistä tahansa, kunhan Internetyhteys on olemassa. Työn tuloksena kiekkosuodattimien laitetiedon saatavuus käyttäjille parani ja alkuperäisen simulointimallin rajoituksia ja puutteita vähennettiin.

Sanomalehden lehtitilausprosessin kuvaus ja kehittäminen

Työn tavoitteena oli luoda selkeä kuvaus sanomalehden lehtitilausprosessin toiminnasta tilauksesta jakeluun sekä kartoittaa lehtitilausprosessiin liittyvät ongelmakohdat ja esittää alustavia parannus- ja kehittämisehdotuksia niiden ratkaisemiseksi. Kuvauksen rakenteen teoreettisen pohjan luo työn alussa esitetty strukturoitu analyysi eli SA-menetelmä (structured analysis), jota soveltaen varsinainen kuvaus pääosin henkilöhaastatteluista saatuihin tietoihin perustuen toteutettiin.Sanomalehden lehtitilausprosessi on hyvin laaja ja monivaiheinen prosessi. Työn yhtenä tarkoituksena olikin selventää henkilöstölle, mitä kyseisen prosessin sisällä oikein tapahtuu. Kuvausta tehtäessä havaittiin useita lehtitilausprosessiin liittyviä ongelma- ja kehittämiskohteita, joiden kuntoon saattamiseksi on työssä esitetty alustavia ratkaisuvaihtoehtoja. Diplomityön teettämisen perusteena oli halu kehittää lehtitilausprosessia tilauksesta jakeluun nykyprosessin laadun parantamiseksi.Toimenpide-ehdotuksena esitetään tutkimuksessa läpi käytyjen sekä sen pohjalta mahdollisesti ilmenevien uusien parannus- ja kehittämisehdotusten toteuttamista lähitulevaisuudessa. Näin kyetään takaamaan lehtitilausprosessin toimivuus sekä vastaamaan asiakkaiden kasvaviin tarpeisiin myös tulevaisuudessa.