Reconocimiento de objetos a partir de imágenes termográficas

La termografía es un método de inspección y diagnóstico basado en la radiación infrarroja que emiten los cuerpos. Permite medir dicha radiación a distancia y sin contacto, obteniendo un termograma o imagen termográfica, objeto de estudio de este proyecto. Todos los cuerpos que se encuentren a una cierta temperatura emiten radiación infrarroja. Sin embargo, para hacer una inspección termográfica hay que tener en cuenta la emisividad de los cuerpos, capacidad que tienen de emitir radiación, ya que ésta no sólo depende de la temperatura del cuerpo, sino también de sus características superficiales. Las herramientas necesarias para conseguir un termograma son principalmente una cámara termográfica y un software que permita su análisis. La cámara percibe la emisión infrarroja de un objeto y lo convierte en una imagen visible, originalmente monocromática. Sin embargo, después es coloreada por la propia cámara o por un software para una interpretación más fácil del termograma. Para obtener estas imágenes termográficas existen varias técnicas, que se diferencian en cómo la energía calorífica se transfiere al cuerpo. Estas técnicas se clasifican en termografía pasiva, activa y vibrotermografía. El método que se utiliza en cada caso depende de las características térmicas del cuerpo, del tipo de defecto a localizar o la resolución espacial de las imágenes, entre otros factores. Para analizar las imágenes y así obtener diagnósticos y detectar defectos, es importante la precisión. Por ello existe un procesado de las imágenes, para minimizar los efectos provocados por causas externas, mejorar la calidad de la imagen y extraer información de las inspecciones realizadas. La termografía es un método de ensayo no destructivo muy flexible y que ofrece muchas ventajas. Por esta razón el campo de aplicación es muy amplio, abarcando desde aplicaciones industriales hasta investigación y desarrollo. Vigilancia y seguridad, ahorro energético, medicina o medio ambiente, son algunos de los campos donde la termografía aportaimportantes beneficios. Este proyecto es un estudio teórico de la termografía, donde se describen detalladamente cada uno de los aspectos mencionados. Concluye con una aplicación práctica, creando una cámara infrarroja a partir de una webcam, y realizando un análisis de las imágenes obtenidas con ella. Con esto se demuestran algunas de las teorías explicadas, así como la posibilidad de reconocer objetos mediante la termografía. Thermography is a method of testing and diagnosis based on the infrared radiation emitted by bodies. It allows to measure this radiation from a distance and with no contact, getting a thermogram or thermal image, object of study of this project. All bodies that are at a certain temperature emit infrared radiation. However, making a thermographic inspection must take into account the emissivity of the body, capability of emitting radiation. This not only depends on the temperature of the body, but also on its surface characteristics. The tools needed to get a thermogram are mainly a thermal imaging camera and software that allows analysis. The camera sees the infrared emission of an object and converts it into a visible image, originally monochrome. However, after it is colored by the camera or software for easier interpretation of thermogram. To obtain these thermal images it exists various techniques, which differ in how heat energy is transferred to the body. These techniques are classified into passive thermography, active and vibrotermografy. The method used in each case depends on the thermal characteristics of the body, the type of defect to locate or spatial resolution of images, among other factors. To analyze the images and obtain diagnoses and defects, accuracy is important. Thus there is a image processing to minimize the effects caused by external causes, improving image quality and extract information from inspections. Thermography is a non-­‐destructive test method very flexible and offers many advantages. So the scope is very wide, ranging from industrial applications to research and development.Surveillance and security, energy saving, environmental or medicine are some of the areas where thermography provides significant benefits. This project is a theoretical study of thermography, which describes in detail each of these aspects. It concludes with a practical application, creating an infrared camera from a webcam, and making an analysis of the images obtained with it. This will demonstrate some of the theories explained as well as the ability to recognize objects by thermography.

Análisis y clasificación de maderas mediante técnicas no invasivas de baja energía

El estudio de materiales, especialmente biológicos, por medios no destructivos está adquiriendo una importancia creciente tanto en las aplicaciones científicas como industriales. Las ventajas económicas de los métodos no destructivos son múltiples. Existen numerosos procedimientos físicos capaces de extraer información detallada de las superficie de la madera con escaso o nulo tratamiento previo y mínima intrusión en el material. Entre los diversos métodos destacan las técnicas ópticas y las acústicas por su gran versatilidad, relativa sencillez y bajo coste. Esta tesis pretende establecer desde la aplicación de principios simples de física, de medición directa y superficial, a través del desarrollo de los algoritmos de decisión mas adecuados basados en la estadística, unas soluciones tecnológicas simples y en esencia, de coste mínimo, para su posible aplicación en la determinación de la especie y los defectos superficiales de la madera de cada muestra tratando, en la medida de lo posible, no alterar su geometría de trabajo. Los análisis desarrollados han sido los tres siguientes: El primer método óptico utiliza las propiedades de la luz dispersada por la superficie de la madera cuando es iluminada por un laser difuso. Esta dispersión produce un moteado luminoso (speckle) cuyas propiedades estadísticas permiten extraer propiedades muy precisas de la estructura tanto microscópica como macroscópica de la madera. El análisis de las propiedades espectrales de la luz laser dispersada genera ciertos patrones mas o menos regulares relacionados con la estructura anatómica, composición, procesado y textura superficial de la madera bajo estudio que ponen de manifiesto características del material o de la calidad de los procesos a los que ha sido sometido. El uso de este tipo de láseres implica también la posibilidad de realizar monitorizaciones de procesos industriales en tiempo real y a distancia sin interferir con otros sensores. La segunda técnica óptica que emplearemos hace uso del estudio estadístico y matemático de las propiedades de las imágenes digitales obtenidas de la superficie de la madera a través de un sistema de scanner de alta resolución. Después de aislar los detalles mas relevantes de las imágenes, diversos algoritmos de clasificacion automatica se encargan de generar bases de datos con las diversas especies de maderas a las que pertenecían las imágenes, junto con los márgenes de error de tales clasificaciones. Una parte fundamental de las herramientas de clasificacion se basa en el estudio preciso de las bandas de color de las diversas maderas. Finalmente, numerosas técnicas acústicas, tales como el análisis de pulsos por impacto acústico, permiten complementar y afinar los resultados obtenidos con los métodos ópticos descritos, identificando estructuras superficiales y profundas en la madera así como patologías o deformaciones, aspectos de especial utilidad en usos de la madera en estructuras. La utilidad de estas técnicas esta mas que demostrada en el campo industrial aun cuando su aplicación carece de la suficiente expansión debido a sus altos costes y falta de normalización de los procesos, lo cual hace que cada análisis no sea comparable con su teórico equivalente de mercado. En la actualidad gran parte de los esfuerzos de investigación tienden a dar por supuesto que la diferenciación entre especies es un mecanismo de reconocimiento propio del ser humano y concentran las tecnologías en la definición de parámetros físicos (módulos de elasticidad, conductividad eléctrica o acústica, etc.), utilizando aparatos muy costosos y en muchos casos complejos en su aplicación de campo. Abstract The study of materials, especially the biological ones, by non-destructive techniques is becoming increasingly important in both scientific and industrial applications. The economic advantages of non-destructive methods are multiple and clear due to the related costs and resources necessaries. There are many physical processes capable of extracting detailed information on the wood surface with little or no previous treatment and minimal intrusion into the material. Among the various methods stand out acoustic and optical techniques for their great versatility, relative simplicity and low cost. This thesis aims to establish from the application of simple principles of physics, surface direct measurement and through the development of the more appropriate decision algorithms based on statistics, a simple technological solutions with the minimum cost for possible application in determining the species and the wood surface defects of each sample. Looking for a reasonable accuracy without altering their work-location or properties is the main objetive. There are three different work lines: Empirical characterization of wood surfaces by means of iterative autocorrelation of laser speckle patterns: A simple and inexpensive method for the qualitative characterization of wood surfaces is presented. it is based on the iterative autocorrelation of laser speckle patterns produced by diffuse laser illumination of the wood surfaces. The method exploits the high spatial frequency content of speckle images. A similar approach with raw conventional photographs taken with ordinary light would be very difficult. A few iterations of the algorithm are necessary, typically three or four, in order to visualize the most important periodic features of the surface. The processed patterns help in the study of surface parameters, to design new scattering models and to classify the wood species. Fractal-based image enhancement techniques inspired by differential interference contrast microscopy: Differential interference contrast microscopy is a very powerful optical technique for microscopic imaging. Inspired by the physics of this type of microscope, we have developed a series of image processing algorithms aimed at the magnification, noise reduction, contrast enhancement and tissue analysis of biological samples. These algorithms use fractal convolution schemes which provide fast and accurate results with a performance comparable to the best present image enhancement algorithms. These techniques can be used as post processing tools for advanced microscopy or as a means to improve the performance of less expensive visualization instruments. Several examples of the use of these algorithms to visualize microscopic images of raw pine wood samples with a simple desktop scanner are provided. Wood species identification using stress-wave analysis in the audible range: Stress-wave analysis is a powerful and flexible technique to study mechanical properties of many materials. We present a simple technique to obtain information about the species of wood samples using stress-wave sounds in the audible range generated by collision with a small pendulum. Stress-wave analysis has been used for flaw detection and quality control for decades, but its use for material identification and classification is less cited in the literature. Accurate wood species identification is a time consuming task for highly trained human experts. For this reason, the development of cost effective techniques for automatic wood classification is a desirable goal. Our proposed approach is fully non-invasive and non-destructive, reducing significantly the cost and complexity of the identification and classification process.

Methodology for reconstructing early zebrafish development from in vivo multiphoton microscopy

Investigating cell dynamics during early zebrafish embryogenesis requires specific image acquisition and analysis strategies. Multiharmonic microscopy, i.e., second- and third-harmonic generations, allows imaging cell divisions and cell membranes in unstained zebrafish embryos from 1- to 1000-cell stage. This paper presents the design and implementation of a dedicated image processing pipeline (tracking and segmentation) for the reconstruction of cell dynamics during these developmental stages. This methodology allows the reconstruction of the cell lineage tree including division timings, spatial coordinates, and cell shape until the 1000-cell stage with minute temporal accuracy and micrometer spatial resolution. Data analysis of the digital embryos provides an extensive quantitative description of early zebrafish embryogenesis.

Monitoring leafy vegetables through packaging films with

Fresh-cut or minimally processed fruit and vegetables have been physically modified from its original form (by peeling, trimming, washing and cutting) to obtain a 100% edible product that is subsequently packaged (usually under modified atmosphere packaging –MAP) and kept in refrigerated storage. In fresh-cut products, physiological activity and microbiological spoilage, determine their deterioration and shelf-life. The major preservation techniques applied to delay spoilage are chilling storage and MAP, combined with chemical treatments antimicrobial solutions antibrowning, acidulants, antioxidants, etc.). The industry looks for safer alternatives. Consequently, the sector is asking for innovative, fast, cheap and objective techniques to evaluate the overall quality and safety of fresh-cut products in order to obtain decision tools for implementing new packaging materials and procedures. In recent years, hyperspectral imaging technique has been regarded as a tool for analyses conducted for quality evaluation of food products in research, control and industries. The hyperspectral imaging system allows integrating spectroscopic and imaging techniques to enable direct identification of different components or quality characteristics and their spatial distribution in the tested sample. The objective of this work is to develop hyperspectral image processing methods for the supervision through plastic films of changes related to quality deterioration in packed readyto-use leafy vegetables during shelf life. The evolutions of ready-to-use spinach and watercress samples covered with three different common transparent plastic films were studied. Samples were stored at 4 ºC during the monitoring period (until 21 days). More than 60 hyperspectral images (from 400 to 1000 nm) per species were analyzed using ad hoc routines and commercial toolboxes of MatLab®. Besides common spectral treatments for removing additive and multiplicative effects, additional correction, previously to any other correction, was performed in the images of leaves in order to avoid the modification in their spectra due to the presence of the plastic transparent film. Findings from this study suggest that the developed images analysis system is able to deal with the effects caused in the images by the presence of plastic films in the supervision of shelf-life in leafy vegetables, in which different stages of quality has been identified.

La videovigilancia : tecnologías actuales y aspectos sociopolíticos

En este Proyecto de fin de carrera titulado: LA VÍDEOVIGILANCIA: TECNOLOGÍAS ACTUALES Y ASPECTOS SOCIOPOLÍTICOS, tiene como objetivo hacer un estudio en los sistemas de Vídeovigilancia basado en cámaras-IP, con fines de seguridad, control o supervisión. Nos basaremos en exponer los sistemas Vídeovigilancia basados en cámara-IP actuales de ultima generación, cuya principal virtud de estos sistemas, es la comunicación con otros lugares, o espacios públicos como privados y poder visualizar tanto en vivo como en diferido lo que este pasando en ese lugar y en ese momento o haya pasado a través del protocolo de comunicación-IP. Se explicara desde el más básico al más complejo sistema de videovigilancia-IP, también explicaremos su puesta en practica mediante los múltiples interconexiones que estos conlleven. Llegando a este punto, se nos plantea las siguientes cuestiones que da origen a este PFC. Estos sistemas de Vídeovigilancia-IP, captan las imágenes por medio de las cámaras-IP, proporcionando su facilidad tanto de visionado/grabacion, como de control, ya que no es necesario estar presente e interactuando con otros sistemas digitales de diverso índole actuales, gracias al protocolo-IP. Estos sistemas-IP, tienen su puesta en práctica mediante las instalaciones requeridas ,estas podrán ser sencillas o muy complejas de todos los sistemas-IP. Debido al gran aumento masivo, las tecnologías actuales de diverso índole de cámaras-IP en materia de la vídeovigilancia en lugares públicos, y privados en nuestra sociedad actual, lo hace un medio particularmente invasivo y por ello resulta necesario tanto la concurrencia de condiciones que legitimen los tratamientos de datos de personas identificables, como la definición de los principios y garantías que deban aplicarse ya que estas, repercutirán sobre los derechos de las personas, lo que obligara a fijar ciertas garantías. Se nos plantea los casos en los que la captación y/o tratamiento de imágenes con fines de Vídeovigilancia que pertenezcan a personas identificadas o identificables, ha obligado a España, y según dispuesto por la Directiva 95/46/CE del Parlamento Europeo, a regularizar esta situación mediante la Ley Orgánica de Protección de Datos (LOPD) 15/1999 de 13 de diciembre, bajo los procedimientos del Estado español en materia sociopolítica, y dando vigor a esta ley, mediante la aprobación de la Instrucción 1/2006 de 8 de noviembre de 2006, cuyo máximo organismo es la Agencia española de Protección de Datos (AGPD). Una vez planteada la motivación y justificación del proyecto, se derivan unos objetivos a cumplir con la realización del mismo. Los objetivos del proyecto se pueden diferenciar en dos clases principalmente. Los objetivos principales y objetivos secundarios. Los objetivos principales de este PFC, nacen directamente de las necesidades planteadas originalmente en materia de Vídeovigilancia, tanto tecnológicamente basado en las cámaras-IP en la captación y/o tratamiento de imágenes, así como sociopolíticamente donde trataremos de describirlo mediante las indicaciones y criterios con casos prácticos y de cómo deben de aplicarse según la instrucción 1/2006 mediante la LOPD en materia de Vídeovigilancia, en cuanto a la protección de datos que puedan repercutir sobre el derecho de las personas. Por otra parte los objetivos secundarios, son la extensión del objetivo primario y son de orden cuantificador en este PFC, dando una explicación más exhaustiva del objetivo principal. ABSTRACT In this final year project, entitled: THE VIDEOSURVEILLANCE: CURRENT TECHNOLOGIES AND POLITICALSOCIALS ASPECTS, aims to make a study of video surveillance systems based on IP cameras, for security, control or supervision. We will rely on to expose the camera based video surveillance systems IP-current last generation, whose main virtue of these systems, is communication with other places, or public and private spaces and to view both live and time so this happening in that place and at that time or passed through-IP communication protocol. He explained from the most basic to the most complex-IP video surveillance system, also explain its implementation into practice through multiple interconnections that these entail. Arriving at this point, we face the following issues which gave rise to this PFC. These IP-video surveillance systems, captured images through IP-cameras, providing both ease of viewing / recording, as a control, since it is not necessary to be present and interacting with other digital systems such diverse today, thanks IP-protocol. These systems-IP, have their implementation through the facilities required, these can be simple or very complex all-IP video surveillance systems. Due to the large increase in mass, current technologies of different kinds of IP cameras for video surveillance in public places, and private in our society, it makes a particularly invasive and therefore attendance is necessary both conditions that legitimize data processing of identifiable people, as the definition of the principles and safeguards to be applied as these will impact on the rights of the people, which forced to set certain guarantees. We face those cases in which the uptake and / or image processing video surveillance purposes belonging to identified or identifiable, has forced Spain, and as required by Directive 95/46/EC of the European Parliament, to regularize this situation by the Organic Law on Data Protection (LOPD) 15/1999 of December 13, under the procedures of the Spanish State in sociopolitical, and giving effect to this Act, with the approval of the Instruction 1/2006 of 8 November 2006, the governing body is the Spanish Agency for Data Protection (AGPD). Once raised the motivation and justification for the project, resulting in meeting targets to achieve the same. Project objectives can be differentiated into two main classes, the main objectives and secondary objectives: The main objectives of this PFC, born directly from requirements originally raised for capturing both technologically imaging me and try to describe where sociopolitically, the details and criteria as case studies and should be applied according to the instruction 1 / 2006 by the LOPD on video surveillance system in terms of data protection that could impact on the right people. Moreover the secondary objectives are the extension of the primary and are of a quantifier in this PFC, giving a fuller explanation of the main objective.

Minimal template size for Iris-Recognition

A method to achieve improvement in template size for an iris-recognition system is reported. To achieve this result, the biological characteristics of the human iris have been studied. Processing has been performed by image processing techniques, isolating the iris and enhancing the area of study, after which multi resolution analysis is made. Reduction of the pattern obtained has been obtained via statistical study.

Mejoras en el procesamiento de imágenes de TC para el tratamiento con radioterapia adaptativa del cáncer de próstata

El cáncer de próstata es el tipo de cáncer con mayor prevalencia entre los hombres del mundo occidental y, pese a tener una alta tasa de supervivencia relativa, es la segunda mayor causa de muerte por cáncer en este sector de la población. El tratamiento de elección frente al cáncer de próstata es, en la mayoría de los casos, la radioterapia externa. Las técnicas más modernas de radioterapia externa, como la radioterapia modulada en intensidad, permiten incrementar la dosis en el tumor mientras se reduce la dosis en el tejido sano. Sin embargo, la localización del volumen objetivo varía con el día de tratamiento, y se requieren movimientos muy pequeños de los órganos para sacar partes del volumen objetivo fuera de la región terapéutica, o para introducir tejidos sanos críticos dentro. Para evitar esto se han desarrollado técnicas más avanzadas, como la radioterapia guiada por imagen, que se define por un manejo más preciso de los movimientos internos mediante una adaptación de la planificación del tratamiento basada en la información anatómica obtenida de imágenes de tomografía computarizada (TC) previas a la sesión terapéutica. Además, la radioterapia adaptativa añade la información dosimétrica de las fracciones previas a la información anatómica. Uno de los fundamentos de la radioterapia adaptativa es el registro deformable de imágenes, de gran utilidad a la hora de modelar los desplazamientos y deformaciones de los órganos internos. Sin embargo, su utilización conlleva nuevos retos científico-tecnológicos en el procesamiento de imágenes, principalmente asociados a la variabilidad de los órganos, tanto en localización como en apariencia. El objetivo de esta tesis doctoral es mejorar los procesos clínicos de delineación automática de contornos y de cálculo de dosis acumulada para la planificación y monitorización de tratamientos con radioterapia adaptativa, a partir de nuevos métodos de procesamiento de imágenes de TC (1) en presencia de contrastes variables, y (2) cambios de apariencia del recto. Además, se pretende (3) proveer de herramientas para la evaluación de la calidad de los contornos obtenidos en el caso del gross tumor volumen (GTV). Las principales contribuciones de esta tesis doctoral son las siguientes: _ 1. La adaptación, implementación y evaluación de un algoritmo de registro basado en el flujo óptico de la fase de la imagen como herramienta para el cálculo de transformaciones no-rígidas en presencia de cambios de intensidad, y su aplicabilidad a tratamientos de radioterapia adaptativa en cáncer de próstata con uso de agentes de contraste radiológico. Los resultados demuestran que el algoritmo seleccionado presenta mejores resultados cualitativos en presencia de contraste radiológico en la vejiga, y no distorsiona la imagen forzando deformaciones poco realistas. 2. La definición, desarrollo y validación de un nuevo método de enmascaramiento de los contenidos del recto (MER), y la evaluación de su influencia en el procedimiento de radioterapia adaptativa en cáncer de próstata. Las segmentaciones obtenidas mediante el MER para la creación de máscaras homogéneas en las imágenes de sesión permiten mejorar sensiblemente los resultados de los algoritmos de registro en la región rectal. Así, el uso de la metodología propuesta incrementa el índice de volumen solapado entre los contornos manuales y automáticos del recto hasta un valor del 89%, cercano a los resultados obtenidos usando máscaras manuales para el registro de las dos imágenes. De esta manera se pueden corregir tanto el cálculo de los nuevos contornos como el cálculo de la dosis acumulada. 3. La definición de una metodología de evaluación de la calidad de los contornos del GTV, que permite la representación de la distribución espacial del error, adaptándola a volúmenes no-convexos como el formado por la próstata y las vesículas seminales. Dicha metodología de evaluación, basada en un nuevo algoritmo de reconstrucción tridimensional y una nueva métrica de cuantificación, presenta resultados precisos con una gran resolución espacial en un tiempo despreciable frente al tiempo de registro. Esta nueva metodología puede ser una herramienta útil para la comparación de distintos algoritmos de registro deformable orientados a la radioterapia adaptativa en cáncer de próstata. En conclusión, el trabajo realizado en esta tesis doctoral corrobora las hipótesis de investigación postuladas, y pretende servir como cimiento de futuros avances en el procesamiento de imagen médica en los tratamientos de radioterapia adaptativa en cáncer de próstata. Asimismo, se siguen abriendo nuevas líneas de aplicación futura de métodos de procesamiento de imágenes médicas con el fin de mejorar los procesos de radioterapia adaptativa en presencia de cambios de apariencia de los órganos, e incrementar la seguridad del paciente. I.2 Inglés Prostate cancer is the most prevalent cancer amongst men in the Western world and, despite having a relatively high survival rate, is the second leading cause of cancer death in this sector of the population. The treatment of choice against prostate cancer is, in most cases, external beam radiation therapy. The most modern techniques of external radiotherapy, as intensity modulated radiotherapy, allow increasing the dose to the tumor whilst reducing the dose to healthy tissue. However, the location of the target volume varies with the day of treatment, and very small movements of the organs are required to pull out parts of the target volume outside the therapeutic region, or to introduce critical healthy tissues inside. Advanced techniques, such as the image-guided radiotherapy (IGRT), have been developed to avoid this. IGRT is defined by more precise handling of internal movements by adapting treatment planning based on the anatomical information obtained from computed tomography (CT) images prior to the therapy session. Moreover, the adaptive radiotherapy adds dosimetric information of previous fractions to the anatomical information. One of the fundamentals of adaptive radiotherapy is deformable image registration, very useful when modeling the displacements and deformations of the internal organs. However, its use brings new scientific and technological challenges in image processing, mainly associated to the variability of the organs, both in location and appearance. The aim of this thesis is to improve clinical processes of automatic contour delineation and cumulative dose calculation for planning and monitoring of adaptive radiotherapy treatments, based on new methods of CT image processing (1) in the presence of varying contrasts, and (2) rectum appearance changes. It also aims (3) to provide tools for assessing the quality of contours obtained in the case of gross tumor volume (GTV). The main contributions of this PhD thesis are as follows: 1. The adaptation, implementation and evaluation of a registration algorithm based on the optical flow of the image phase as a tool for the calculation of non-rigid transformations in the presence of intensity changes, and its applicability to adaptive radiotherapy treatment in prostate cancer with use of radiological contrast agents. The results demonstrate that the selected algorithm shows better qualitative results in the presence of radiological contrast agents in the urinary bladder, and does not distort the image forcing unrealistic deformations. 2. The definition, development and validation of a new method for masking the contents of the rectum (MER, Spanish acronym), and assessing their impact on the process of adaptive radiotherapy in prostate cancer. The segmentations obtained by the MER for the creation of homogenous masks in the session CT images can improve significantly the results of registration algorithms in the rectal region. Thus, the use of the proposed methodology increases the volume overlap index between manual and automatic contours of the rectum to a value of 89%, close to the results obtained using manual masks for both images. In this way, both the calculation of new contours and the calculation of the accumulated dose can be corrected. 3. The definition of a methodology for assessing the quality of the contours of the GTV, which allows the representation of the spatial distribution of the error, adapting it to non-convex volumes such as that formed by the prostate and seminal vesicles. Said evaluation methodology, based on a new three-dimensional reconstruction algorithm and a new quantification metric, presents accurate results with high spatial resolution in a time negligible compared to the registration time. This new approach may be a useful tool to compare different deformable registration algorithms oriented to adaptive radiotherapy in prostate cancer In conclusion, this PhD thesis corroborates the postulated research hypotheses, and is intended to serve as a foundation for future advances in medical image processing in adaptive radiotherapy treatment in prostate cancer. In addition, it opens new future applications for medical image processing methods aimed at improving the adaptive radiotherapy processes in the presence of organ’s appearance changes, and increase the patient safety.

Transductor óptico-sonoro basado en procesado de imagen

En este proyecto se aborda la transducción óptico-sonora utilizando métodos de tratamiento digital de imagen. Para llevar a cabo el proyecto se consideran únicamente métodos de bajo presupuesto, por lo que para realizar todo el proceso de conversión óptico-sonora se utilizan un ordenador y un escáner doméstico. Como el principal objetivo del proyecto es comprobar si es viable utilizar el tratamiento digital de imagen como conversor no se ha contemplado la utilización de equipamiento profesional. La utilidad de este proyecto está en la restauración del sonido de material fílmico con importantes degradaciones, tales que no sea posible su reproducción en un proyector. Con el prototipo que se propone, realizado con el software de programación Matlab, se consigue digitalizar el audio analógico de las películas en malas condiciones ya que la captura de audio se efectúa de manera óptica sobre las bandas sonoras. Lo conseguido en este proyecto cobra especial importancia si se tiene en cuenta la cantidad de material cinematográfico que hay en películas de celulosa. La conservación de dicho material requiere unas condiciones de almacenamiento muy específicas para que el soporte no se vea afectado, pero con el paso del tiempo es habitual que las bobinas de película presenten deformaciones o incluso ruptura. Aplicando métodos de tratamiento digital de imagen es posible restaurar el audio de fragmentos de película que no puedan ser expuestos a la tensión producida por los rodillos de los proyectores, incluso es posible recuperar el audio de fotogramas concretos ya que la digitalización del audio se realiza capturando la imagen de la forma de onda. Por ello, el procedimiento seguido para digitalizar la película debe ser poco intrusivo para garantizar la conservación del soporte fílmico. Cabe destacar que en este proyecto se ha realizado la conversión óptico-sonora sobre las bandas de sonido analógicas de área variable presentes en la película, pero el procedimiento es aplicable también a las bandas de área variable realizando modificaciones en el prototipo. Esto último queda fuera del objetivo de este proyecto, pero puede ser un trabajo futuro. ABSTRACT This project addresses optical to sound conversion using digital image processing methods. To carry out the project are considered only low-budget methods , so for all optical to sound conversion process using a computer and a home scanner . As the main application of this project is to test the feasibility of using the digital image processing as a converter does not contemplate the use of professional equipment. The main objective of this project is the restoration of sound film material with significant impairments , such is not possible playback on a projector. With the proposed prototype , made with Matlab programming software , you get digitize analog audio bad movies because the audio capture is performed optically on the soundtracks. The achievements in this project is especially important if you consider the amount of film material is in cellulose films . The preservation of such material requires a very specific storage conditions to which the support is not affected , but over time it is common for film reels presenting deformations or even rupture. Applying methods of digital image processing is possible to restore the audio from movie clips that can not be exposed to the tension produced by the rollers of the projectors , it is even possible to retrieve specific frames audio and audio that digitization is done by capturing the image of the waveform. Therefore, the procedure used to digitize the film should be bit intrusive to ensure the conservation of the film medium. Note that in this project was carried out optical to sound conversion on analog variable area soundtracks present in the film, but the procedure is applicable to variable-area bands making changes to the prototype. The latter is beyond the scope of this project, but can be a future work.

Metodología del análisis de imágenes digitales para el estudio del contenido de humedad en vertisoles

Desde finales del siglo pasado, el procesamiento y análisis de imágenes digitales, se ha convertido en una poderosa herramienta para la investigación de las propiedades del suelo a múltiples resoluciones, sin embargo todavía no existen los mejores resultados en cuanto a estos trabajos. El principal problema para investigar el drenaje vertical a partir de la distribución de humedad en un perfil de vertisol es la búsqueda de métodos factibles que usen este procedimiento. El objetivo general es implementar una metodología para el procesamiento y análisis de imágenes digitales, que permita caracterizar la distribución del contenido de humedad de un perfil de vertisol. Para el estudio, doce calicatas fueron excavadas en un Mazic Pellic Vertisol, seis de ellas en mayo 13/2011 y el resto en mayo 19/2011 después de moderados eventos de lluvia. Las imágenes RGB de los perfiles fueron tomadas con una cámara Kodak™; con tamaños seleccionados de 1600 x 945 píxeles cada una fue procesada para homogeneizar el brillo y se aplicaron filtros suavizadores de diferentes tamaños de ventana, hasta obtener el óptimo. Cada imagen se dividió en sus matrices componentes, seleccionando los umbrales de cada una para ser aplicado y obtener el patrón digital binario. Este último fue analizado a través de la estimación de dos exponentes fractales: dimensión de conteo de cajas (DBC) y dimensión fractal de interfase húmedo seco (Di). Además, fueron determinados tres coeficientes prefractales a la máxima resolución: número total de cajas interceptados en el plano del patrón (A), la lagunaridad fractal (λ1) y la entropía de Shannon (S1). Para todas las imágenes obtenidas, basado en la entropía, los análisis de clúster y de histogramas, el filtro espacial de 9x9 resultó ser el de tamaño de ventana óptimo. Los umbrales fueron seleccionados a partir del carácter bimodal de los histogramas. Los patrones binarios obtenidos mostraron áreas húmedas (blancas) y secas (negras) que permitieron su análisis. Todos los parámetros obtenidos mostraron diferencias significativas entre ambos conjuntos de patrones espaciales. Mientras los exponentes fractales aportan información sobre las características de llenado del patrón de humedad, los coeficientes prefractales representan propiedades del suelo investigado. La lagunaridad fractal fue el mejor discriminador entre los patrones de humedad aparente del suelo. ABSTRACT From last century, digital image processing and analysis was converted in a powerful tool to investigate soil properties at multiple resolutions, however, the best final procedure in these works not yet exist. The main problem to study vertical drainage from the moisture distribution, on a vertisol profile, is searching for suitable methods using these procedures. Our aim was to design a digital image processing methodology and its analysis to characterize the moisture content distribution of a vertisol profile. In this research, twelve soil pits were excavated on a bare Mazic Pellic Vertisol, six of them in May 13/2011 and the rest in May 19/2011 after a moderate rainfall event. Digital RGB images were taken from each vertisol pit using a Kodak™ camera selecting a size of 1600x945 pixels. Each soil image was processed to homogenized brightness and then a spatial filter with several window sizes was applied to select the optimum one. The RGB image obtained were divided in each matrix color selecting the best thresholds for each one, maximum and minimum, to be applied and get a digital binary pattern. This one was analyzed by estimating two fractal scaling exponents: box counting dimension (DBC

A new method to analyse the perception of size

In living bodies, the correct perceptual representation of size constancy requires that an object's size appear the same when it changes its location with respect to the observer. At the same time, it is necessary that objects at different locations appear to be the same size if they are. In order to do that, the perceptual system must recover from the stimuli impinging on the individual, from the light falling on the retina, a representation of the relative sizes of objects in the environment. Moreover, at the same time, image perception is related to another type of phenomena. It corresponds to the well known perceptual illusions. To analyze this facts, we propose a system based on a particular arrays of receptive points composed by optical fibers and dummy fibers. The structure is based on the first layers of the mammalians primary visual cortex. At that part of the brain, the neurons located at certain columns, respond to particular directions. This orientation changes in a systematic way as one moves across the cortical surface. In our case, the signals from the above-mentioned array are analyzed and information concerning orientation and size of a particular line is obtained. With this system, the Muelle-Lyer illusion has been studied and some rules to interpret why equal length objects give rise to different interpretations are presented.

MIA - a free and open source software for gray scale medical image analysis

Background Gray scale images make the bulk of data in bio-medical image analysis, and hence, the main focus of many image processing tasks lies in the processing of these monochrome images. With ever improving acquisition devices, spatial and temporal image resolution increases, and data sets become very large. Various image processing frameworks exists that make the development of new algorithms easy by using high level programming languages or visual programming. These frameworks are also accessable to researchers that have no background or little in software development because they take care of otherwise complex tasks. Specifically, the management of working memory is taken care of automatically, usually at the price of requiring more it. As a result, processing large data sets with these tools becomes increasingly difficult on work station class computers. One alternative to using these high level processing tools is the development of new algorithms in a languages like C++, that gives the developer full control over how memory is handled, but the resulting workflow for the prototyping of new algorithms is rather time intensive, and also not appropriate for a researcher with little or no knowledge in software development. Another alternative is in using command line tools that run image processing tasks, use the hard disk to store intermediate results, and provide automation by using shell scripts. Although not as convenient as, e.g. visual programming, this approach is still accessable to researchers without a background in computer science. However, only few tools exist that provide this kind of processing interface, they are usually quite task specific, and don’t provide an clear approach when one wants to shape a new command line tool from a prototype shell script. Results The proposed framework, MIA, provides a combination of command line tools, plug-ins, and libraries that make it possible to run image processing tasks interactively in a command shell and to prototype by using the according shell scripting language. Since the hard disk becomes the temporal storage memory management is usually a non-issue in the prototyping phase. By using string-based descriptions for filters, optimizers, and the likes, the transition from shell scripts to full fledged programs implemented in C++ is also made easy. In addition, its design based on atomic plug-ins and single tasks command line tools makes it easy to extend MIA, usually without the requirement to touch or recompile existing code. Conclusion In this article, we describe the general design of MIA, a general purpouse framework for gray scale image processing. We demonstrated the applicability of the software with example applications from three different research scenarios, namely motion compensation in myocardial perfusion imaging, the processing of high resolution image data that arises in virtual anthropology, and retrospective analysis of treatment outcome in orthognathic surgery. With MIA prototyping algorithms by using shell scripts that combine small, single-task command line tools is a viable alternative to the use of high level languages, an approach that is especially useful when large data sets need to be processed.

Refined facial disparity maps for automatic creation of 3D avatars

We propose a new method to automatically refine a facial disparity map obtained with standard cameras and under conventional illumination conditions by using a smart combination of traditional computer vision and 3D graphics techniques. Our system inputs two stereo images acquired with standard (calibrated) cameras and uses dense disparity estimation strategies to obtain a coarse initial disparity map, and SIFT to detect and match several feature points in the subjects face. We then use these points as anchors to modify the disparity in the facial area by building a Delaunay triangulation of their convex hull and interpolating their disparity values inside each triangle. We thus obtain a refined disparity map providing a much more accurate representation of the the subjects facial features. This refined facial disparity map may be easily transformed, through the camera calibration parameters, into a depth map to be used, also automatically, to improve the facial mesh of a 3D avatar to match the subjects real human features.

Automatic expert system based on images for accuracy crop row detection in maize fields

This paper proposes an automatic expert system for accuracy crop row detection in maize fields based on images acquired from a vision system. Different applications in maize, particularly those based on site specific treatments, require the identification of the crop rows. The vision system is designed with a defined geometry and installed onboard a mobile agricultural vehicle, i.e. submitted to vibrations, gyros or uncontrolled movements. Crop rows can be estimated by applying geometrical parameters under image perspective projection. Because of the above undesired effects, most often, the estimation results inaccurate as compared to the real crop rows. The proposed expert system exploits the human knowledge which is mapped into two modules based on image processing techniques. The first one is intended for separating green plants (crops and weeds) from the rest (soil, stones and others). The second one is based on the system geometry where the expected crop lines are mapped onto the image and then a correction is applied through the well-tested and robust Theil–Sen estimator in order to adjust them to the real ones. Its performance is favorably compared against the classical Pearson product–moment correlation coefficient.

Análisis del software ImageJ para el análisis científico de imágenes

ImageJ es un programa informático de tratamiento digital de imagen orientado principalmente hacia el ámbito de las ciencias de la salud. Se trata de un software de dominio público y de código abierto desarrollado en lenguaje Java en las instituciones del National Institutes of Health de Estados Unidos. Incluye por defecto potentes herramientas para editar, procesar y analizar imágenes de casi cualquier tipo y formato. Sin embargo, su mayor virtud reside en su extensibilidad: las funcionalidades de ImageJ pueden ampliarse hasta resolver casi cualquier problema de tratamiento digital de imagen mediante macros, scripts y, especialmente, plugins programables en lenguaje Java gracias a la API que ofrece. Además, ImageJ cuenta con repositorios oficiales en los que es posible obtener de forma gratuita macros, scripts y plugins aplicables en multitud de entornos gracias a la labor de la extensa comunidad de desarrolladores de ImageJ, que los depura, mejora y amplia frecuentemente. Este documento es la memoria de un proyecto que consiste en el análisis detallado de las herramientas de tratamiento digital de imagen que ofrece ImageJ. Tiene por objetivo determinar si ImageJ, a pesar de estar más enfocado a las ciencias de la salud, puede resultar útil en el entorno de la Escuela Técnica Superior de Ingeniería y Sistemas de Telecomunicación de la Universidad Politécnica de Madrid, y en tal caso, resaltar las características que pudieran resultar más beneficiosas en este ámbito y servir además como guía introductoria. En las siguientes páginas se examinan una a una las herramientas de ImageJ (versión 1.48q), su funcionamiento y los mecanismos subyacentes. Se sigue el orden marcado por los menús de la interfaz de usuario: el primer capítulo abarca las herramientas destinadas a la manipulación de imágenes en general (menú Image); el segundo, las herramientas de procesado (menú Process); el tercero, las herramientas de análisis (menú Analyze); y el cuarto y último, las herramientas relacionadas con la extensibilidad de ImageJ (menú Plugins). ABSTRACT. ImageJ is a digital image processing computer program which is mainly focused at the health sciences field. It is a public domain, open source software developed in Java language at the National Institutes of Health of the United States of America. It includes powerful built-in tools to edit, process and analyze almost every type of image in nearly every format. However, its main virtue is its extensibility: ImageJ functionalities can be widened to solve nearly every situation found in digital image processing through macros, scripts and, specially, plugins programmed in Java language thanks to the ImageJ API. In addition, ImageJ has official repositories where it is possible to freely get many different macros, scripts and plugins thanks to the work carried out by the ImageJ developers community, which continuously debug, improve and widen them. This document is a report which explains a detailed analysis of all the digital image processing tools offered by ImageJ. Its final goal is to determine if ImageJ can be useful to the environment of Escuela Tecnica Superior de Ingenierfa y Sistemas de Telecomunicacion of Universidad Politecnica de Madrid, in spite of being focused at the health sciences field. In such a case, it also aims to highlight the characteristics which could be more beneficial in this field, and serve as an introductory guide too. In the following pages, all of the ImageJ tools (version 1.48q) are examined one by one, as well as their work and the underlying mechanics. The document follows the order established by the menus in ImageJ: the first chapter covers all the tools destined to manipulate images in general (menu Image); the second one covers all the processing tools (menu Process); the third one includes analyzing tools (menu Analyze); and finally, the fourth one contains all those tools related to ImageJ extensibility (menu Plugins).

Moiré-Fourier deflectometry for local heat transfer measurement over a backward-facing step

This paper explores the possibility of using the Moire-Fourier deflectometry for measuring the local heat transfer coefficient inside small confined flows (micro-channels) and their relevance for checking theoretical models. This optical technique, supplemented with a digital image processing method of fringes, is applied for studying the local heat transfer over a backward facing step. The experimental results are compared with numerical results obtained from a commercial code, which has been contrasted with relevant solutions from the literature and bulk fluid temperature measurements at the inlet and outlet sections. In order to show the possibilities of the experimental technique, the influence of assuming an adiabatic wall on the numerical heat-transfer model is examined and the degree of agreement is discussed. As a result, the paper shows that the proposed Moiré-Fourier technique is a simple experimental setup suitable for temperature measurements with an accuracy similar to the thermocouples but with a spatial resolution near 0.01 mm.Moiré-Fourier deflectometry for local heat transfer measurement over a backward-facing step