Understanding Subsystems in Biology through Dimensionality Reduction, Graph Partitioning and Analytical Modeling

Biological systems exhibit rich and complex behavior through the orchestrated interplay of a large array of components. It is hypothesized that separable subsystems with some degree of functional autonomy exist; deciphering their independent behavior and functionality would greatly facilitate understanding the system as a whole. Discovering and analyzing such subsystems are hence pivotal problems in the quest to gain a quantitative understanding of complex biological systems. In this work, using approaches from machine learning, physics and graph theory, methods for the identification and analysis of such subsystems were developed. A novel methodology, based on a recent machine learning algorithm known as non-negative matrix factorization (NMF), was developed to discover such subsystems in a set of large-scale gene expression data. This set of subsystems was then used to predict functional relationships between genes, and this approach was shown to score significantly higher than conventional methods when benchmarking them against existing databases. Moreover, a mathematical treatment was developed to treat simple network subsystems based only on their topology (independent of particular parameter values). Application to a problem of experimental interest demonstrated the need for extentions to the conventional model to fully explain the experimental data. Finally, the notion of a subsystem was evaluated from a topological perspective. A number of different protein networks were examined to analyze their topological properties with respect to separability, seeking to find separable subsystems. These networks were shown to exhibit separability in a nonintuitive fashion, while the separable subsystems were of strong biological significance. It was demonstrated that the separability property found was not due to incomplete or biased data, but is likely to reflect biological structure.

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Graph Theory and Social Networks Tutorial

For COMP60

Can children with autism spectrum disorders be helped to acquire a theory of mind?. '¿Se puede ayudar a los niños con trastornos del espectro autista a adquirir una teoría de la mente?'.

Resumen en español

Language therapy results with children of the autism spectrum. 'Resultados de terapia de lenguaje con niños del espectro autista'.

Resumen en español. Resumen basado en el de la publicación

Speak to me graph.

Se compone de diez actividades destinadas a ayudar a los profesores a desarrollar las capacidades de análisis e interpretación de datos de los alumnos de ciencias. Cada actividad incluye una hoja de preguntas y una hoja de datos, ésta última, disponible en archivos de Excel, para que los estudiantes utilicen las nuevas tecnologías para crear gráficos. Los ejercicios están pensados para el nivel superior de la etapa 2 (key stage 2) del currículo nacional inglés y para la etapa 3, es decir, para primaria y secundaria, y se centran en el contenido de 'Sc2 Life and Living Proceses'.

100 ideas for supporting pupils on the autistic spectrum.

Guía que proporciona a los que trabajan con niños autistas mayores de cinco años cien ideas de cómo apoyar y desarrollar su aprendizaje. Las ideas van desde el desarrollo de la comprensión de los alumnos a las habilidades de comunicación para garantizar que estén bien en su entorno de aprendizaje.

The teaching assistant's guide to autistic spectrum disorders.

Guía práctica para comprender el efecto que el autismo tiene tanto en la vida de los niños como en la de sus familias y la mejor manera de apoyarlos. Muestra cómo desarrollar estrategias para la integración de estos niños en la escuela, producir técnicas de gestión de un comportamiento eficaz y crear métodos para el éxito en la enseñanza y en el aprendizaje. Cada capítulo ofrece una gama de actividades y estudios de casos reales que ayuda a consolidar el aprendizaje.

Reaching and teaching the child with autism spectrum disorder : using learning preferences and strengths.

Manual que ofrece un enfoque positivo a la comprensión y la educación de los niños con autismo. Ofrece una mayor comprensión de la perspectiva y el comportamiento de un niño con autismo y explora cómo pueden utilizarse sus preferencias de aprendizaje, fortalezas e intereses para facilitar el aprendizaje y aumentar la motivación. La autora ha utilizado una mezcla de teorías de la personalidad, inteligencias múltiples y aprendizaje para crear un método de trabajo, Aprendizaje Preferencias y Fortalezas (LPS), para el desarrollo de habilidades de aprendizaje para la vida independiente en niños con autismo entre dos y doce años. Describe los principios básicos, preferencias de aprendizaje y los puntos fuertes típicos de los niños con autismo y ofrece una estructura de programa detallado, pero flexible, basada en estos conceptos. Fácil de seguir, se describen en cada capítulo actividades y orientaciones junto con ejemplos e ilustraciones.

Autistic spectrum disorders : practical strategies for teachers and other professionals.

El espectro autista, a veces también se conoce como trastorno generalizado del desarrollo, se caracteriza por presentar la persona déficit en la interacción social, la comunicación y en la restricción de actividades e intereses. Se han identificado seis áreas principales en las que los niños con este trastorno tienen más dificultad en las escuelas: comportamiento, aprendizaje y pensamiento, conversación, experiencias sensoriales y motoras, lenguaje y comunicación y habilidades sociales. Este manual ofrece ayuda a los adultos interesados en identificar, comprender la razón de esta conducta particular y da consejos prácticos para cambiar, moderar o administrar estas dificultades dentro de escuelas normales. Tiene recursos fotocopiables.