Length variation in HIV-1 gp120 as the product of DNA misalignment mechanism

Background: To determine whether misalignment structures such as duplications, repeats, and palindromes are associated to insertions/deletions (indels) in gp120, indicating that indels are indeed frameshift mutations generated by DNA misalignment mechanism. Methods: Cloning and sequencing of a fragment of HIV-1 gp120 spanning C2-C4 derived from plasma RNA in 12 patients with early chronic disease and naïve to antiretroviral therapy. Results: Indels in V4 involved always insertion and deletion of duplicated nucleotide segments, and AAT repeats, and were associated to the presence of palindromic sequences. No duplications were detected in V3 and C3. Palindromic sequences occurred with similar frequencies in V3, C3 and V4; the frequency of palindromes in individual genes was found to be significantly higher in structural (gp120, p ≤ 3.00E-7) and significantly lower in regulatory (Tat, p ≤ 9.00E-7) genes, as compared to the average frequency calculated over the full genome. Discussion: Indels in V4 are associated to misalignment structures (i.e. duplications repeat and palindromes) indicating DNA misalignment as the mechanism underlying length variation in V4. The finding that indels in V4 are caused by DNA misalignment has some very important implications: 1) indels in V4 are likely to occur in proviral DNA (and not in RNA), after integration of HIV into the host genome; 2) they are likely to occur as progressive modifications of the early founder virus during chronic infection, as more and more cells get infected; 3) frameshift mutations involving any number of base pairs are likely to occur evenly across gp120; however, only those mutants carrying a functional gp120 (indels as multiples of three base pairs) will be able to perpetuate the virus cycle and to keep spreading through the population.

Incidence of Garlic common latent virus in Argentina, and phylogenetic and recombination analyses of isolates

The objective of this work was to estimate the incidence and prevalence of Garlic common latent virus (GarCLV) in the main production regions of garlic (Allium sativum) in Argentina, and to perform phylogenetic and recombination analyses in isolates from these regions. Leaf samples (3,050) were taken from four garlic commercial types, in 13 departments of the four main garlic-producing provinces of Argentina, in a 1,175-ha sampling area. Virus infection was evaluated with DAS-Elisa test using specific antiserum, and the phylogenetic and recombination analyses were done with capsid protein (CP) nucleotide sequence of seven GarCLV isolates from the provinces. The incidence of GarCLV in the evaluated provinces varied between 6.7 and 22% of the samples, whereas the prevalence varied between 52.6 and 70%. In the analysis of garlic commercial types, Morado showed the highest incidence of the virus, in the province of San Juan, whereas Rosado Paraguayo had the lowest incidence, in the province of Cordoba. Nucleotide identity in the CP sequences ranged between 80.3 and 97.6%. The phylogenetic analysis shows the presence of two main groups of GarCLV and of a possible third group that would include only a German isolate. The recombination analysis between isolates from different parts of the world evidences the presence of recombinant isolates from Poland and Australia.

Review of the concept of digital literacy and its implications on the study of the gender digital divide

El concepte d'alfabetització digital ha evolucionat per diverses vies al llarg del temps pel que fa a l'enfocament teòric emprat per a investigar les seves implicacions en l'estudi de la divisió digital de gènere en diversos contextos de la vida real. L'objectiu principal d'aquest document consisteix a fer servir un enfocament interdisciplinari per a analitzar algunes de les llacunes teòriques i empíriques presents en l'estudi de la divisió digital de gènere. S'analitzen alguns dels estudis empírics existents sobre aquesta qüestió i es proposen futures línies de recerca, amb l'objectiu de cobrir algunes de les llacunes en la recerca relacionada amb les implicacions de l'alfabetització digital en l'anàlisi de la divisió digital de gènere.

Produtividade de genótipos de maracujazeiro azedo sob doses de potássio, no Distrito Federal

Objetivando avaliar o efeito de três diferentes níveis de adubação potássica sobre a produção do maracujazeiro azedo (Passiflora edulis Sims e P. edulis Sims f. flavicarpa Deg.), foi realizado um experimento na Fazenda Água Limpa da Universidade de Brasília de dezembro/1999 a maio/2001, utilizando-se o delineamento em blocos casualizados, em esquema fatorial 9x3, sendo nove genótipos e três níveis de adubação potássica, totalizando 27 tratamentos, quatro repetições e nove plantas úteis/parcela. Os genótipos avaliados foram: Híbrido EC-2-0; Marília Seleção Cerrado; F1 (Roxo Fiji x Marília); Porto Rico; Vermelhão (RC1); F1 (Marília x Roxo australiano); Redondão; IAC-273 e Itaquiraí. Os três níveis de adubação potássica aplicados foram de 0, 640 e 1280 kg de K2O ha-1, utilizando-se como fonte o cloreto de potássio. Ao final de cinco meses de colheita os genótipos híbrido EC-2-0 e Marília Seleção Cerrado foram os que apresentaram as maiores produções (21.675 e 21.577 kg ha-1) e maiores números de frutos por planta (155,28 e 149,24), respectivamente. O peso médio de fruto variou de 88g (Itaquiraí) até 103,42g (F1 - Marília x Roxo Australiano). As doses de adubação potássica influenciaram as seguintes variáveis estudadas: produção de frutos de primeira ha-1; produção frutos totais ha-1; peso médio de frutos de primeira e peso médio de frutos 1A. A interação genótipos x adubação potássica apresentou diferença estatística para o número de frutos de primeira/planta para uma dosagem de 640 kg K2O ha-1.

Características físicas e químicas em nove genótipos de maracujá-azedo cultivado sob três níveis de adubação potássica

Avaliou-se o efeito de três níveis de adubação potássica nas características físicas e químicas dos frutos de nove genótipos de maracujazeiro-azedo (Passiflora edulis Sins. var. flavicarpa Deg.). Utilizou-se o delineamento de blocos casualizados, em esquema fatorial 9 x 3, sendo nove genótipos de maracujazeiro e três níveis de adubação potássica (0; 640; 1280 kg de K2O ha-1.ano-1), totalizando 27 tratamentos, com quatro repetições. Verificou-se maior influência do potássio sobre as características físicas do maracujá-azedo. O rendimento total foi linear com a aplicação de potássio. Houve efeito quadrático das doses de potássio sobre o comprimento do fruto, na relação comprimento/diâmetro, na espessura de casca e no número médio de sementes por fruto.

Thermal energy storage with phase change materials in building envelopes

Els materials de canvi de fase (PCM) han estat considerats per a l’emmagatzematge tèrmic en edificis des de 1980. Amb la inclusió dels PCM en plaques de guix, guix, formigó o altres materials que s’utilitzen per a cobrir les parets, l’emmagatzematge tèrmic pot ser part de les estructures fins i tot en edificis lleugers. Les noves tècniques de microencapsulació han obert moltes possibilitats en aplicacions per a edificis. El treball que es presenta és el desenvolupament d’un formigó innovador mesclat amb PCM microencapsulat, amb un punt de fusió de 26 oC i una entalpia de canvi de fase de 110 kJ/kg. El primer experiment va ser la inclusió del PCM microencapsulat dins del formigó i la construcció d’una caseta amb aquest nou formigó-PCM. Es va construir una segona caseta al costat de la primera amb les mateixes característiques i orientació però amb formigó convencional que serveix com a referència. Durant els anys 2005 i 2006 es va analitzar el comportament d’ambdues casetes i més tard es va edificar un mur Trombe a la paret sud de totes dues per investigar la seva influència durant la tardor i l’hivern.

Análise discriminante múltipla do mercado varejista de açaí em Belém do Pará

O açaí é um dos principais alimentos da população paraense e de maior consumo per capita em 2010. A venda de açaí em Belém é realizada por diversas unidades que operam no mercado varejista. O objetivo deste trabalho foi identificar os segmentos de mercado: quitandas, microempreendedores e supermercados, a partir da análise de um conjunto de variáveis que definem as decisões dos consumidores de açaí. Utilizou-se do método stepwise da análise discriminante múltipla para estimar as funções discriminantes. Os resultados mostram que o segmento identificado com maior precisão foi o de quitandas, com 100%, seguido do segmento de supermercado com 96,5% dos casos classificados corretamente, e o segmento de microempreendedores, com 90,9%, apresentou a menor precisão no enquadramento dos consumidores. O modelo estimado apresentou elevada significância no processo de estimação, uma vez que as funções, incluindo as variáveis quantidade de açaí, renda dos consumidores, preço do açaí, qualidade do açaí, preço do peixe e preço da farinha, classificaram corretamente 95,6% dos elementos originais.

Evaluación de la formación del profesorado universitario novel

Durante el curso académico 2001-2002 se desarrolló en la Universidad de Barcelona el Curso de Postgrado 'Innovación en la Docencia Universitaria' dirigido al profesorado novel de la misma. Finalizado el programa se hacía imprescindible conocer su contribución a la mejora de la docencia del profesorado debutante. A través de este estudio se pretende, por tanto, identificar y valorar los cambios, transformaciones y mejoras acaecidas en la práctica docente del profesorado novel como consecuencia de su participación en el Postgrado. El presente trabajo recoge estos aspectos articulados en una evaluación diferida del impacto del Curso de Postgrado. El enfoque metodológico usado ha sido cualitativo-fenomenológico En lo que se refiere a los criterios de evaluación, dos han sido los utilizados en este estudio: la utilidad percibida por el profesorado y la transferibilidad del conocimiento elaborado en el curso.

Compound Heterozygous VSX2 Mutation Causing Bilateral Anophthalmia in a Consanguineous Egyptian Family

Purpose: To report the clinical and genetic study of a child with bilateral anophthalmia. Methods: A 14-year-old Egyptian boy, born from consanguineous parents, underwent a general and a full ophthalmological examination. Mutation screen of the A/M genes with recessive inheritance was done stepwise and DNA was analyzed by Sanger sequencing. Results: Bilateral anophthalmia, arachnodactyly of the feet and high arched palate were observed on general examination. The parents were first cousins and healthy. Sequencing analysis revealed a novel compound heterozygous mutation in one of the copy of exon 2 of VSX2 and a possible deletion of at least exon 2 on the other allele. Conclusions: A compound heterozygous VSX2 mutation associated with anophthalmia was identified in a patient from an Egyptian consanguineous family. This report brings the number of VSX2 mutation in anophthalmia/microphthalmia (A/M) to 13. Functional consequences of the reported changes still need to be characterized, as well as the percentage of A/M caused by mutations in the VSX2 gene. This family also shows that despite consanguinity, heterozygous mutations can also happen and one should not restrict the molecular analysis to homozygous mutations.

Portal cholangiopathy: case report

The present report describes the case of a child that after blunt abdominal trauma presented with portal thrombosis followed by progressive splenomegaly and jaundice. Ultrasonography and percutaneous cholangiography revealed biliary dilatation secondary to choledochal stenosis caused by dilated peribiliary veins, characterizing a case of portal biliopathy. The present case report is aimed at presenting an uncommon cause of this condition.

Where are women doing research in the field of ICTs?

Peer-reviewed

Identificação de componentes de óleos voláteis: Análise espectroscópica de misturas de sesquiterpenos

This paper describes a chromatographic method to fractionate volatile oils and to identify their sesquiterpenic constituents. The fractionation process includes flash chromatography over silica gel and chromatography over silica gel/AgNO3, utilising pentane, CH2Cl2 and/or acetone as eluents. GC chromatograms were obtained in order to get the relative percentage of each constituent in the volatile oils, to get the retention time value of them as well as to analyse and combine the fractions eluted from the columns. Such procedure afford mixtures of sesquiterpenes which are analysed by GC/MS, 13C and ¹H NMR.