Deletions within COL11A1 in Type 2 Stickler Syndrome Detected by Multiplex Ligation - Syndrome Detected by Multiplex Ligation Dependent Probe Amplification (MLPA)

Background: COL11A1 is a large complex gene around 250 kb in length and consisting of 68 exons. Pathogenic mutations in the gene can result in Stickler syndrome, Marshall syndrome or Fibrochondrogenesis. Many of the mutations resulting in either Stickler or Marshall syndrome alter splice sites and result in exon skipping, which because of the exon structure of collagen genes usually leaves the message in-frame. The mutant protein then exerts a dominant negative effect as it co-assembles with other collagen gene products. To date only one large deletion of 40 kb in the COL11A1, which was detected by RT-PCR, has been characterized. However, commonly used screening protocols, utilizing genomic amplification and exon sequencing, are unlikely to detect such large deletions. Consequently the frequency of this type of mutation is unknown. Case presentations: We have used Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) in conjunction with exon amplification and sequencing, to analyze patients with clinical features of Stickler syndrome, and have detected six novel deletions that were not found by exon sequencing alone. Conclusion: Exon deletions appear to represent a significant proportion of type 2 Stickler syndrome. This observation was previously unknown and so diagnostic screening of COL11A1 should include assays capable of detecting both large and small deletions, in addition to exon sequencing.

Type-based protocol conformance and aliasing control in concurrent java programs

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Evolution of the Human Immunodeficiency Virus Type 2 Envelope in the First Years of Infection is Associated with the Dynamics of the Neutralizing Antibody Response

Background: Differently from HIV-1, HIV-2 disease progression usually takes decades without antiretroviral therapy and the majority of HIV-2 infected individuals survive as elite controllers with normal CD4+ T cell counts and low or undetectable plasma viral load. Neutralizing antibodies (Nabs) are thought to play a central role in HIV-2 evolution and pathogenesis. However, the dynamic of the Nab response and resulting HIV-2 escape during acute infection and their impact in HIV-2 evolution and disease progression remain largely unknown. Our objective was to characterize the Nab response and the molecular and phenotypic evolution of HIV-2 in association with Nab escape in the first years of infection in two children infected at birth. Results: CD4+ T cells decreased from about 50% to below 30% in both children in the first five years of infection and the infecting R5 viruses were replaced by X4 viruses within the same period. With antiretroviral therapy, viral load in child 1 decreased to undetectable levels and CD4+ T cells recovered to normal levels, which have been sustained at least until the age of 12. In contrast, viral load increased in child 2 and she progressed to AIDS and death at age 9. Beginning in the first year of life, child 1 raised high titers of antibodies that neutralized primary R5 isolates more effectively than X4 isolates, both autologous and heterologous. Child 2 raised a weak X4-specific Nab response that decreased sharply as disease progressed. Rate of evolution, nucleotide and amino acid diversity, and positive selection, were significantly higher in the envelope of child 1 compared to child 2. Rates of R5-to-X4 tropism switch, of V1 and V3 sequence diversification, and of convergence of V3 to a β-hairpin structure were related with rate of escape from the neutralizing antibodies. Conclusion: Our data suggests that the molecular and phenotypic evolution of the human immunodeficiency virus type 2 envelope are related with the dynamics of the neutralizing antibody response providing further support for a model in which Nabs play an important role in HIV-2 pathogenesis.

Relatório de estágio em Ensino do 1.º Ciclo do Ensino Básico

Relatório E1CEB - Relatório de estágio em Ensino do 1.º Ciclo do Ensino Básico: Atualmente, a sociedade encontra-se em constante mutação, pelo que urge formar profissionais de educação capazes de responder aos seus desafios, assim como formar cidadãos críticos e responsáveis e estimular a sua participação ativa na sociedade. Desta forma e, no âmbito das unidades curriculares (UC) de Prática Pedagógica Supervisionada na Educação Pré – Escolar e no 1º Ciclo do Ensino Básico (CEB), parte integrante dos 1.º e 2.º anos do Mestrado em Educação Pré-Escolar e Ensino do 1.º CEB, respetivamente, surge o presente relatório que apresenta o processo de desenvolvimento pessoal e profissional da mestranda. Assim, o presente documento pretende ser uma reflexão crítica sobre o processo formativo da formanda, revelando mobilização de conhecimentos teóricos e práticos e uma metodologia construtivista de Investigação – ação, que sustentou as práticas educativas e permitiu um conhecimento sólido e sustentável. Realça, ainda, o desenvolvimento da prática em díade de formação que estimulou o crescimento e a reconstrução de novos conhecimentos enriquecidos por uma reflexão sistemática e contínua. Este trabalho colaborativo promoveu um ambiente educativo profundo, significativo e agradável, contribuindo para a formação individual e coletiva dos vários intervenientes do contexto educativo. Acresce que, ao longo das práticas, a mestranda teve em consideração tudo o que foi aprendendo e desenvolvendo nas diversas UC’s, construindo a sua conceção de educadora e de professora, num contexto relacional e de consciência reflexiva que permitiu uma formação articulada com a ação pedagógica e organizacional, a partir da experiência e transformação dos saberes, eixos fundamentais para a profissionalidade docente.

Artefacts induced on c-type haem proteins by electrode surfaces

J Biol Inorg Chem (2011) 16:209–215 DOI 10.1007/s00775-010-0717-z

Kinetics studies of the superoxide-mediated electron transfer reactions between rubredoxin-type proteins and superoxide reductases

J Biol Inorg Chem (2006) 11: 433–444 DOI 10.1007/s00775-006-0090-0

Structural and functional studies of PpcA: a key protein in the electron transfer pathways of Geobacter sulfurreducens

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Bioquímica, ramo de Biotecnologia

Vascular Malformation and Common Keratinocytic Nevus of the Soft Type: Phacomatosis Pigmentovascularis Revisited

Phacomatosis pigmentovascularis is a rare syndrome characterized by the coexistence of a pigmented nevus and a cutaneous vascular malformation. We report a 5-year-old boy with all the typical findings of phacomatosis pigmentovascularis type Ia. Although its existence according to the traditional classification has been questioned, this case represents a very rare association of a capillary vascular malformation and a common keratinocytic nevus of the soft type.

Molecular determinants of ligand specificity in carbohydrate-binding modules: an NMR and X-ray crystallography integrated study

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Bioquímica – Ramo Bioquímica Estrutural

Conhecimento acerca dos benefícios e recomendações para a prática de atividade física: relação com o nível de atividade física autorreportada em indivíduos com diabetes tipo 2

RESUMO: Atualmente a prática de regular de atividade física é mencionada na literatura como uma estratégia fundamental no tratamento da diabetes tipo 2, com influencia positiva na redução das comorbilidades associadas a esta doença. (Sigal et al., 2006; Praet & van Loon, 2009). No entanto, e apesar deste reconhecimento, a maioria da população com diabetes tipo 2, apresenta baixos níveis de atividade física que na literatura têm sido relacionados com conhecimento deficitário ou inadequado acerca dos benefícios e das recomendações para a mesma (Madden, et. al., 2009). Este estudo foi realizado com o objetivo de determinar o nível de atividade física e de avaliar a sua associação com o conhecimento acerca dos benefícios da atividade física e recomendações específicas para a sua prática. Trata-se de um estudo observacional, de natureza descritiva e do tipo Survey (estudo de levantamento) realizado com uma amostra de 50 indivíduos recrutados a partir da consulta de diabetes de uma Unidade de Saúde Familiar da região de Setúbal. A recolha de dados foi feita através da aplicação conjunta, e de uma só vez, de três questionários (Questionário de caracterização sócio-demográfica; versão portuguesa do International Physical Activity Questionnaire - IPAQ; Questionário de Avaliação de Conhecimentos acerca dos benefícios e recomendações específicas da prática regular de atividade física), adaptados ao método de entrevista telefónica. Os resultados revelaram que a maioria dos participantes tinham baixos níveis de atividade física (60%), apesar de demonstrarem bons conhecimentos acerca dos benefícios da sua prática regular (67%). Nas analises exploratórias verificou-se uma associação estatisticamente significativa entre as variáveis, “género” (p= 0,045) e “existência de recomendação para a prática do exercício por parte de um profissional de saúde” (p=0,017), com os conhecimentos acerca dos benefícios da prática regular de atividade física. São os indivíduos do género feminino e com a existência de recomendação para o exercício por parte dos profissionais de saúde, que tendem a demonstrar um nível mais elevado de conhecimento acerca dos benefícios da atividade física. Os resultados mostram igualmente que apesar de não existir uma associação estatisticamente significativa entre o conhecimento acerca das recomendações específicas para a prática da atividade física (recomendações para o modo, frequência duração e intensidade da atividade física), e o nível de atividade física autorreportada, a maioria dos participantes desconhece estas recomendações (70,3%). Estes resultados sugerem a necessidade de realizar programas educativos dirigidos a este aspeto ou de incluir este tipo de informação nas recomendações dos profissionais de saúde para a prática regular de atividade física em indivíduos com diabetes do tipo 2. -----------ABSTRACT:The practice of physical activity has been referred in the research literature as a key strategy in the management of type 2 diabetes mellitus (T2DM), with positive influence in reducing its associated complications (Sigal et al., 2006; Praet & van Loon, 2009). However, the majority of people with T2DM, presents low levels of physical activity, which has been associated, with poor knowledge about its benefits and/or about the current guidelines’ recommendations for that practice (Madden, et. al., 2009). The purpose of this study was to determine the level of physical activity, in a sample of T2DM patients, and to assess its relationship with knowledge of physical activity benefits and knowledge about specific recommendations for the practice of physical activity. An observational descriptive study was carried out with a sample of 50 T2DM participants, recruited from the medical consultation of one of the Familiar Health Units in the Setúbal Region. Three aggregated questionnaires (sociodemographic questionnaire, Portuguese version of the International Physical Questionnaire- IPAQ; Knowledge evaluation about physical activity benefits and specific recommendations for regular physical activity practice Questionnaire) were administrated by telephone interview, all at the same time. The study’s findings showed that the majority of the participants had low levels of physical activity (60%), regardless their appropriate knowledge concerning the benefits of regular physical activity (67%). The results of this study have also shown that participants have a poor and/ or inappropriate knowledge concerning the specific physical activity recommendations that have a positive impact in this specific condition. The exploratory analyses revealed a statistically significant association between an appropriate knowledge about the benefits of physical activity and both “gender” (p=0,045) and “recommendation for physical activity practice by an health professional” (p=0,017). Female participants, who received recommendations for regular physical activity, showed higher levels of knowledge concerning the benefits of being physically ative. The study’s findings suggest that T2DM patients need appropriate information and knowledge about how they should practice physical activity. Practising physical activity following current specific recommendations about the mode, frequency, intensity and duration has a positive effect on the management of T2DM.

Gain-of-Function Mutations in IFIH1 Cause a Spectrum of Human Disease Phenotypes Associated with Upregulated Type I Interferon Signaling

The type I interferon system is integral to human antiviral immunity. However, inappropriate stimulation or defective negative regulation of this system can lead to inflammatory disease. We sought to determine the molecular basis of genetically uncharacterized cases of the type I interferonopathy Aicardi-Goutières syndrome, and of other patients with undefined neurological and immunological phenotypes also demonstrating an upregulated type I interferon response. We found that heterozygous mutations in the cytosolic double-stranded RNA receptor gene IFIH1 (MDA5) cause a spectrum of neuro-immunological features consistently associated with an enhanced interferon state. Cellular and biochemical assays indicate that these mutations confer a gain-of-function - so that mutant IFIH1 binds RNA more avidly, leading to increased baseline and ligand-induced interferon signaling. Our results demonstrate that aberrant sensing of nucleic acids can cause immune upregulation.

Qualidade no Serviço Nacional de Saúde : evolução recente e perspectivas futuras

RESUMO - A qualidade é um pilar fundamental de qualquer sector de actividade. No sector da saúde, a qualidade deixou de ser um factor opcional e tornou-se uma prioridade, uma exigência e um requisito de enorme importância na gestão das organizações de saúde, representando a sua responsabilidade, ética e respeito pelos cidadãos que a elas recorrem. O crescente interesse pelas questões da qualidade segue, ao longo das últimas décadas, uma tendência mundial nos sistemas de saúde, sendo um dos temas mais presentes no debate político e nas estratégias de saúde um pouco por todo o mundo. Porém, as abordagens à qualidade são díspares, reflectindo a sua dinâmica e o pouco consenso nesta área, o que justifica a necessidade de reflectir sobre o tema e de estudar as estratégias actualmente implementadas. Objectivos Este trabalho pretendeu apresentar uma perspectiva integrada e completa da qualidade em saúde em Portugal, contribuindo para o seu entendimento global e reflexão. Teve como finalidade estudar a sua evolução, nomeadamente a nível das políticas, das práticas e dos seus resultados, e conhecer a situação actual da qualidade nas organizações públicas de saúde nacionais, podendo assim contribuir para novas medidas nesta área. Metodologia Foram realizadas entrevistas semi-estruturadas a oito peritos portugueses na área da qualidade em saúde, seleccionados diante critérios de diversidade profissional, formação de base, tipo de instituição e localização geográfica onde exercem a sua actividade. Para as entrevistas foi elaborado um guião com perguntas sobre vários temas relacionados com a área da qualidade em saúde. As entrevistas foram gravadas e a informação foi transcrita e organizada em categorias através de uma análise de conteúdo. Para o segundo objectivo do estudo, foi construído e proposto um questionário, como projecto para investigações futuras. Resultados e Conclusões Os resultados mostraram que a qualidade é um tema muito valorizado e presente nos quadros da administração de saúde portuguesa. A sua evolução sofreu diversas mudanças, com fases de grande progresso e outras de grande indefinição. No entanto, ficou evidente que a grande divergência de opiniões justifica a necessidade de uma maior discussão e consenso a nível nacional e internacional nesta área. O futuro da qualidade em saúde em Portugal irá depender da capacidade do Departamento da Qualidade na Saúde e das organizações gerirem esta complexa área.

Hemocromatose Hereditária do Tipo 1 e Porfíria Cutânea Tarda - Relato de Caso de um Doente Heterozigoto Composto para as Mutações C282Y e H63D

A porfíria cutânea tarda (PCT) é uma doença do metabolismo das porfirinas caracterizada por fotossensibilidade intensa, associada a lesões bolhosas cobertas por crosta de difícil cicatrização, cicatrizes atróficas e hipertricose em áreas fotoexpostas assim como alterações da função hepática. A hemocromatose hereditária (HH) é a doença genética autossómica recessiva mais frequente na população. Apresentamos o caso de um doente saudável de 38 anos, referenciado por vesículas na face, superfícies extensoras dos braços e dorso das mãos, associadas com hipertricose na região zigomática e quistos de mília no dorso das mãos. Análises laboratoriais mostraram um aumento dos níveis séricos e urinários das porfirinas, do ferro sérico e ferritina elevada. Um diagnóstico de porfíria cutânea tarda foi inferido com base na apresentação clínica, exame histopatológico e resultados laboratoriais. O estudo genético para as mutações do gene da hemocromatose hereditária revelou um doente heterozigoto composto para as mutações mais comuns: C282Y, H63D. A porfíria cutânea tarda pode ser um importante marcador cutâneo para pacientes com mutações do gene HH. A hemocromatose hereditária, se não tratada pode levar à cirrose hepática e carcinoma hepatocelular. Os sinais cutâneos podem ter um papel fundamental no diagnóstico precoce, evitando complicações futuras e possibilitando o aconselhamento genético e teste genético aos filhos dos doentes afectados.

Clinical and Genetic Characterization of Portuguese Patients with Pseudohypoparathyroidism Type Ib

Patients with pseudohypoparathyroidism type Ib (PHP-Ib) present hypocalcemia and hyperphosphatemia, as a consequence of a resistance to PTH action, through its G-protein-coupled receptor, in the renal tubules. This resistance results from tissue-specific silencing of the G-protein alpha-subunit (G(s)α), due to imprinting disruption of its encoding locus--GNAS. In familial PHP-Ib, maternally inherited deletions at the STX16 gene are associated to a regional GNAS methylation defect. In sporadic PHP-Ib, broad methylation changes at GNAS arise from unknown genetic causes. In this study, we describe the clinical presentation of PHP-Ib in four Portuguese patients (two of whom were siblings), and provide further insight for the management of patients with this disease. The diagnosis of PHP-Ib was made after detection of GNAS imprinting defects in each of the cases. In the siblings, a regional GNAS methylation change resulted from a known 3.0 kb STX16 deletion. In the other two patients, the broad methylation defects at GNAS, which were absent in their relatives, resulted from genetic alterations that remain to be identified. We report the first clinical and genetic study of Portuguese patients with PHP-Ib. The genetic identification of a hereditary form of this rare disease allowed an early diagnosis, and may prevent hypocalcemia-related complications.