Ultraconserved elements in insect genomes: A highly conserved intronic sequence implicated in the control of homothorax mRNA splicing

Recently, we identified a large number of ultraconserved (uc) sequences in noncoding regions of human, mouse, and rat genomes that appear to be essential for vertebrate and amniote ontogeny. Here, we used similar methods to identify ultraconserved genomic regions between the insect species Drosophila melanogaster and Drosophila pseudoobscura, as well as the more distantly related Anopheles gambiae. As with vertebrates, ultraconserved sequences in insects appear to Occur primarily in intergenic and intronic sequences, and at intron-exon junctions. The sequences are significantly associated with genes encoding developmental regulators and transcription factors, but are less frequent and are smaller in size than in vertebrates. The longest identical, nongapped orthologous match between the three genomes was found within the homothorax (hth) gene. This sequence spans an internal exon-intron junction, with the majority located within the intron, and is predicted to form a highly stable stem-loop RNA structure. Real-time quantitative PCR analysis of different hth splice isoforms and Northern blotting showed that the conserved element is associated with a high incidence of intron retention in hth pre-mRNA, suggesting that the conserved intronic element is critically important in the post-transcriptional regulation of hth expression in Diptera.

A Note on Elementary Derivations

2000 Mathematics Subject Classification: Primary: 14R10. Secondary: 14R20, 13N15.

Dimensions, discourses and differences : trainees conceptualising health care leadership and followership

© 2015 John Wiley & Sons Ltd.

Effektivisering av en tjänsteleverantörs processer : Genomfört som en fallstudie på köksprojekt

Produktionskostnaderna i byggbranschen ökar ständigt och i en rapport utgiven av Sveriges byggindustrier kartläggs att uppemot 30-35 % av den totala produktionskostnaden i ett byggprojekt kan betraktas som slöseri. Slöseri kan beskrivas som de förbrukade resurser som inte skapar något värde för kunden, såsom förflyttning av material, väntan, avbrott, lagerhållning och överproduktion. Studien är genomförd på köksprojekt där Peab byggservice agerar tjänsteleverantör och bistår Ikea med monteringstjänster. Studien baseras på ett rikstäckande avtal som rör all typ av montering av Ikeas sortiment, dock har i denna studie endast monteringen av kök studerats. De förbättringsområden som har identifierats i rapporten har sedan analyserats och diskuterats med hjälp av verktyg från Lean. I rapporten benämns Peab byggservice som tjänsteleverantör och Ikea som leverantör. Syfte: Syftet med arbetet är att effektivisera en byggtjänsteleverantörs processer för att uppnå en ökad lönsamhet. Metod: För att uppnå målet och besvara frågeställningarna har arbetet utförts som en fallstudie av köksprojekt. Kvalitativa intervjuer och dokumentinsamling har använts som metoder och har varit en del av fallstudien. För att inhämta stöd i teorin och metoder som lämpar sig i det aktuella fallet har en litteraturstudie gjorts. För att identifiera slöseri i den befintliga processen har en värdeflödesanalys uppförts, det är ett verktyg från Lean med syfte att synliggöra köer, och andra icke värdeskapande aktiviteter. Resultat: I rapporten har: ● Processen gällande ett köksprojekt kartlagts. ● Olika former av slöseri identifierats. ● Verktyg från Lean analyserats för att minimera slöseri. Detta har lett till förslag på: ● Reducerade ledtider genom kombinerade aktiviteter. ● Kortare processtider genom effektivisering. ● Metoder för långsiktiga lösningar för att på sikt uppnå en effektivare process. Konsekvenser: Utifrån rapportens resultat konstateras möjlighet till förbättring. Slöseri har identifierats och förbättringsåtgärder med hjälp av framtagna teorier bedöms vara möjligt. Begränsningar: Resultatet är kopplat till generella problem och ger förslag på förbättringsarbete i de fall där en entreprenör agerar tjänsteleverantör åt en leverantör. Nyckelord: Processeffektivisering, Lean Production, Slöseri, Värdeflödesanalys.

Setting the agenda for dental education in Scotland: a priority setting exercise including multiple stakehiolders

Introduction The Scottish Oral Health Research Collaboration identified dental education research (DER) as a key strand of their strategy,(1) leading to the formation of the Dental Education Research Group. The starting point for this group was to understand various stakeholders’ perceptions of research priorities, yet no existing studies were found. The aim of the current study was to identify DER priorities for Scotland in the next 3-5 years. Methods The study utilised a similar methodology to that of Dennis et al,(2) in medical education. Data were collected sequentially using two online questionnaires with multiple dental stakeholders represented at undergraduate and postgraduate levels across urban and rural Scotland. 85 participants completed questionnaire 1 (qualitative) and 649 participants completed questionnaire 2 (quantitative). Qualitative and quantitative data analysis approaches were used. Results Of the 24 priorities identified, the top priorities were: role of assessments in identifying competence; undergraduate curriculum prepares for practice; and promoting teamwork within the dental team. Following factor analysis, the priorities loaded on four factors: teamwork and professionalism, measuring and enhancing performance, personal and professional development challenges, and curriculum integration and innovation. The top barriers were lack of time, funding, staff motivation, valuing of DER, and resources/ infrastructure. Discussion There were many similarities between the identified priorities for dental and medical education research2, but also some notable differences, which will be discussed. Overwhelmingly, the identified priorities in dentistry related to fitness for practice and robust assessment practices. Take home message Priority setting exercises with multiple stakeholders are an important first step in developing a national research strategy. References 1. Bagg J, Macpherson L, Mossey P, Rennie J, Saunders B, Taylor M (2010) Strategy for Oral Health Research in Scotland. Edinburgh: The Scottish Government. 2. Dennis A A, Cleland J A, Johnston P, Ker JS, Lough, M Rees CE (2014) Exploring stakeholders’ views of medical education research priorities: a national study. Medical Education, 48(11): 1078-1091.

Molecular and biological characterisation of orthobunyaviruses

Orthobunyaviruses are the largest genus within the Bunyaviridae family, with over 170 named viruses classified into 18 serogroups (Elliott and Blakqori, 2001; Plyusnin et al., 2012). Orthobunyaviruses are transmitted by arthropods and have a tripartite negative sense RNA genome, which encodes 4 structural proteins and 2 non-structural proteins. The non-structural protein NSs is the primary virulence factor of orthobunyaviruses and potent antagonist of the type I interferon (IFN) response. However, sequencing studies have identified pathogenic viruses that lack the NSs protein (Mohamed et al., 2009; Gauci et al., 2010). The work presented in this thesis describes the molecular and biological characterisation of divergent orthobunyaviruses. Data on plaque morphology, growth kinetics, protein profiles, sensitivity to IFN and activation of the type I IFN system are presented for viruses in the Anopheles A, Anopheles B, Capim, Gamboa, Guama, Minatitlan, Nyando, Tete and Turlock serogroups. These are complemented with complete genome sequencing and phylogenetic analysis. Low activation of IFN by Tete serogroup viruses, which naturally lack an NSs protein, was also further investigated by the development of a reverse genetics system for Batama virus (BMAV). Recombinant viruses with mutations in the virus nucleocapsid protein amino terminus showed higher activation of type I IFN in vitro and data suggests that low levels of IFN are due to lower activation rather than active antagonism. The anti-orthobunyavirus activity of IFN-stimulated genes IFI44, IFITMs and human and ovine BST2 were also studied, revealing that activity varies not only within the orthobunyavirus genus and virus serogroups but also within virus species. Furthermore, there was evidence of active antagonism of the type I IFN response and ISGs by non-NSs viruses. In summary, the results show that pathogenicity in man and antagonism of the type I IFN response in vitro cannot be predicted by the presence, or absence, of an NSs ORF. They also highlight problems in orthobunyavirus classification with discordance between classical antigen based data and phylogenetic analysis.

A joint electromagnetic and seismic study of an active pockmark within the hydrate stability field at the Vestnesa Ridge, West Svalbard margin

We acquired coincident marine controlled-source electromagnetic (CSEM), high-resolution seismic reflection and ocean-bottom seismometer (OBS) data over an active pockmark in the crest of the southern part of the Vestnesa Ridge, to estimate fluid composition within an underlying fluid-migration chimney. Synthetic model studies suggest resistivity obtained from CSEM data can resolve gas or hydrate saturation greater than 5% within the chimney. Acoustic chimneys imaged by seismic reflection data beneath the pockmark and on the ridge flanks, were found to be associated with high-resistivity anomalies (+2-4 m). High-velocity anomalies (+0.3 km/s), within the gas hydrate stability zone (GHSZ) and low-velocity anomalies (-0.2 km/s) underlying the GHSZ, were also observed. Joint analysis of the resistivity and velocity anomaly indicates pore saturation of up to 52% hydrate with 28% free gas, or up to 73% hydrate with 4% free gas, within the chimney beneath the pockmark assuming a non-uniform and uniform fluid distribution respectively. Similarly, we estimate up to 30% hydrate with 4% free gas or 30% hydrate with 2% free gas within the pore space of the GHSZ outside the central chimney assuming a non-uniform and uniform fluid distribution respectively. High levels of free-gas saturation in the top part of the chimney are consistent with episodic gas venting from the pockmark.

Die Gleichnisse Jesu, zum Gebrauch für Kinderlehrer /

Mode of access: Internet.

Neurofilaments and NFL-TBS.40-63 peptide penetrate oligodendrocytes through clathrin-dependent endocytosis to promote their growth and survival in vitro.

International audience

Att slänga sökord : studerandes informationssökningsbeteende med fokus på ämnesord

Syftet med avhandlingen var att undersöka hurdan roll ämnesord har i studerandes naturliga informationssökningsbeteende och om studerandena förstår vad ämnesord och indexering är och har som funktion. Studerandes informationsbeteende undersöktes allmänt för att kunna se vilka egenskaper i informationssökningsbeteendet bidrar till hur ämnesord används. Ämnesord i informationssökning har tidigare undersökts enbart lite. Studerandes informationsbeteende har också blivit allt ytligare och otåligare, medan användning av ämnesord kräver djupare kunskaper. Undersökningen genomfördes kvalitativt. Sex logopedistuderande som skrev på sin pro gradu-avhandling intervjuades. Under intervjuerna visade studerandena informationssökningsuppdrag som baserade sig på deras egna informationsbehov. Det visade sig att studerande använder relativt lite ämnesordssökningar. Om de söker på ämnesord använder de ingen kontrollerad vokabulär, och de väljer sökfunktionen intuitivt när det inte finns andra lämpliga alternativ. De använder ämnesord ändå inte konsekvent. Studerande tycks delvis förstå vad ämnesord är men inte tillräckligt bra för att kunna skickligt använda dem i informationssökning. De har inte kunskap att ifrågasätta eller evaluera indexering. Studerande litar mycket på intuition när de fattar beslut under informationssökning. De evaluerar inte konsekvent sina resultat eller informationssökningar. De söker på så enkla sätt som behövs för att hitta tillräckligt med relevant information. Dessa egenskaper kan förklara varför ämnesord och ämnesordssökningar, som studerande kan uppleva som för krångliga eller främmande, används relativt lite. Studerandes informationssökningsbeteende påverkas av undervisning i informationssökning, användargränssnitt och ämne. Genom att utveckla undervisning och samarbete med ämnet samt användargränssnittsdesign kan deras informationskompetens förbättras. En del av informationskompetensen är att vara medveten om hur information organiseras och vad man själv gör under informationssökning. Undervisning i tekniska kunskaper räcker därför inte, utan informationssökning som en process och tillämpning av kunskaper bör understrykas. Databaser kunde ha inbyggda kontrollerade vokabulärer som föreslår termer, men bättre databaser gör studerande inte automatiskt mer informationskompetenta. Det märktes speciellt att terminologin som används i databaser och i indexering kan vara svår för studerande. Om de inte förstår begrepp kan de också ha problem med att använda olika sökfunktioner. Därför är det viktigt att ta i beaktande vad studerandena är medvetna om och hur denna medvetenhet kan ökas.

Design and synthesis of novel quinolones directed to the Plasmodium falciparum bc1 protein complex

Tese de Doutoramento, Química, Especialização em Química Orgânica, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2016

Distribuição espaço - temporal da malária no Piauí de 2002 a 2013.

A malária é uma doença infecciosa, aguda, febril transmitida pela picada da fêmea de mosquito do gênero Anopheles. O estudo teve como objetivo realizar análise da distribuição espaço-temporal dos casos de malária no Piauí entre 2002 a 2013. Nesta pesquisa foi utilizada a taxa de incidência cumulativa para análise dos casos e o Sistema de Informação Geográfico (SIG) para mapeamento espacial. Os resultados obtidos por meio do cálculo da taxa de Incidência Cumulativa (IC) demonstraram que os municípios de Campo Largo do Piauí, Matias Olímpio, Luzilândia, Madeiro e Porto foram os que apresentaram maior IC de malária (>15,4/100.000 hab.). As pessoas mais acometidas foram as residentes na área rural, sendo pouquíssimos os casos ocorridos na zona urbana dos municípios. Através da utilização do SIG identificou-se que o padrão de distribuição espaçotemporal dos surtos de casos de malária está concentrado na porção noroeste do estado, na fronteira com o Maranhão. Após as análises, conclui-se que todos os 74 municípios que registraram malária no Piauí na série temporal do estudo, estão localizados e aglomerados em área vulnerável e receptiva para a transmissão da doença.

Fósforo remanescente em argila e silte retirados de Latossolos após pré-tratamentos na análise textural.

Alguns Latossolos podem apresentar problemas de dispersão, devido a grupamentos de microagregados de alta estabilidade. Esses grupamentos, muito argilosos, são parcialmente desagregados pela dispersão química e mecânica, contribuindo, pelo seu tamanho, para superestimar a proporção de silte do solo analisado. Para reduzir a proporção de pseudo-componentes aplicam-se pré-tratamentos, cuja eficiência pode ser testada pela capacidade de retenção de fosfatos. Assim, realizou-se um ensaio em laboratório com objetivo de verificar o uso da determinação do fósforo remanescente (Prem) como medida da eficiência de pré-tratamentos na análise textural de Latossolos. Os tratamentos corresponderam a um arranjo fatorial 7 x 22, num delineamento em blocos casualizados, com quatro repetições. Os fatores em estudo foram as amostras de sete Latossolos dispersos com NaOH 0,1 mol L-1, sem e com (22) pré-tratamentos para a remoção da matéria orgânica (-MO) e dos óxidos de Fe e Al mal cristalizados (-Ox). Determinou-se o Prem em amostras da fração argila e silte dispersas uma vez e da fração silte dispersa uma segunda vez. A determinação do Prem é eficiente em mostrar diferenças entre os tratamentos aplicados, evidenciando alterações na capacidade de retenção de fosfatos, que foi incrementada no tratamento -MO, por maior exposição de componentes inorgânicos, e reduzida no tratamento ?Ox, por diminuir a proporção de óxidos mal cristalizados.