A rapid and effective vignetting correction for quantitative microscopy

Images acquired using optical microscopes are inherently subject to vignetting effects due to imperfect illumination and image acquisition. However, such vignetting effects hamper accurate extraction of quantitative information from biological images, leading to less effective image segmentation and increased noise in the measurements. Here, we describe a rapid and effective method for vignetting correction, which generates an estimate for a correction function from the background fluorescence without the need to acquire additional calibration images. We validate the usefulness of this algorithm using artificially distorted images as a gold standard for assessing the accuracy of the applied correction and then demonstrate that this correction method enables the reliable detection of biologically relevant variation in cell populations. A simple user interface called FlattifY was developed and integrated into the image analysis platform YeastQuant to facilitate easy application of vignetting correction to a wide range of images.

Iowa Interstate Rest Area Stabilization Ponds, September 1979

This report is presented in two parts . P a r t I takes a new look at the design of rest area stabilization ponds after nearly 10 years' experience with some of the existing ponds and in the light of new design standards issued by Iowa DEQ. The Iowa DOT is embarking on improvements t o the ponds a t some of the r e s t areas. These improvements may include installation of drainage tile around the ponds to lower the water table below the pond bottom, sealing of the ponds with bentonite clay to reduce the infiltration to limits recently established by Iowa DEQ, and the enlargement of the ponds installation of aeration equipment t o increase the pond capacity. As the Iowa DOT embarks on this improvement program, it behooves them t o make only the improvements that are absolutely necessary to achieve waste water treatment goals. These ponds are subject to an extremely seasonal load and thus the ordinary standards used for pond design are not appropriate. Thus, Part I of the report presents a rationale for design and operation of the ponds which is deemed appropriate for t h e i r unique seasonally loaded character. Part I1 of the report looks a t the feasibility of using wind power for the aeration of the ponds, if and when aeration is deemed necessary.

Automated scoring of AFLPs using RawGeno v 2.0, a free R CRAN library.

Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLPs) are a cheap and efficient protocol for generating large sets of genetic markers. This technique has become increasingly used during the last decade in various fields of biology, including population genomics, phylogeography, and genome mapping. Here, we present RawGeno, an R library dedicated to the automated scoring of AFLPs (i.e., the coding of electropherogram signals into ready-to-use datasets). Our program includes a complete suite of tools for binning, editing, visualizing, and exporting results obtained from AFLP experiments. RawGeno can either be used with command lines and program analysis routines or through a user-friendly graphical user interface. We describe the whole RawGeno pipeline along with recommendations for (a) setting the analysis of electropherograms in combination with PeakScanner, a program freely distributed by Applied Biosystems; (b) performing quality checks; (c) defining bins and proceeding to scoring; (d) filtering nonoptimal bins; and (e) exporting results in different formats.

Bridge to life: the Lifebridge B2T extracorporeal life support system in an in vitro trial.

Extracorporeal life support systems (ECLS) have become common in cardiothoracic surgery, but are still "Terra Incognita" in other medical fields due to the fact that perfusion units are normally bound to cardiothoracic centres. The Lifebridge B2T is an ECLS that is meant to be used as an easy and fast-track extracorporeal cardiac support to provide short-term perfusion for the transport of a patient to a specialized centre. With the Lifebridge B2T it is now possible to provide extracorporeal bypass for patients in hospitals without a perfusion unit. The Lifebridge B2T was tested on three calves to analyze the handling, performance and security of this system. The Lifebridge B2T safely can be used clinically and can provide full extracorporeal support for patients in cardiac or pulmonary failure. Flows up to 3.9 +/- 0.2l/min were reached, with an inflow pressure of -103 +/- 13mmHg, using a 21Fr. BioMedicus (Medtronic, Minneapolis, MN, USA) venous cannula. The "Plug and Play" philosophy, with semi-automatic priming, integrated check-list, a long battery time of over two hours and instinctively designed user interface, makes this device very interesting for units with high-risk interventions, such as catheterisation labs. If a system is necessary in an emergency unit, the Lifebridge can provide a high security level, even in centres not acquainted with cardiopulmonary bypass.

R functions for quantifying nonindependence in standard dyadic and SRM designs

Interdependence is the main feature of dyadic relationships and, in recent years, various statistical procedures have been proposed for quantifying and testing this social attribute in different dyadic designs. The purpose of this paper is to develop several functions for this kind of statistical tests in an R package, known as nonindependence, for use by applied social researchers. A Graphical User Interface (GUI) is also developed to facilitate the use of the functions included in this package. Examples drawn from psychological research and simulated data are used to illustrate how the software works.

Tap&Go: Gamificant l'esport en dispositius Android amb NFC

El contingut d'aquest projecte, consisteix en desenvolupar una solució per a dispositius mòbils Android amb NFC, amb la finalitat de motivar i incrementar el nombre de ciutadans que practiquen esport a la ciutat de Barcelona. El projecte inclou disseny de la interfície mòbil, la creació d'una base de dades, un servei d'API Rest per accedir a les dades des dels dispositius, l'ús del servei de mapes de Google i diferents llibreries i eines per a dissenyar l'arquitectura del sistema. Es tindran en compte les restriccions en disseny i funcionalitat per part del client (ajuntament).

Instal•lació d'un parc eòlic de microgeneració juntament amb l'enllumenat d'una via pública

L’objectiu del projecte és realitzar la instal•lació d’enllumenat per a un tram del’autovia de Palafrugell a Calella de Palafrugell, aquesta instal•lació també disposaràd’una instal•lació de microgeneració. On a cada farola s’hi acoblarà un aerogeneradord’eix vertical de 4 kW per a la producció d’energia elèctrica.Com no es disposa de faroles prefabricades que compleixin aquesta funció desuport per a lluminàries i un aerogenerador, en aquest projecte també es faràal disseny de la farola.L’actuació prevista és la instal•lació de 12 faroles de nou dissenyamb un aerogenerador d’eix vertical acoblat a cada farola, en l’ espai de la mitjana de l’autovia

Efficacy of modern antipsychotics in placebo-controlled trials in bipolar depression: a meta-analysis.

Randomized, controlled trials have demonstrated efficacy for second-generation antipsychotics in the treatment of acute mania in bipolar disorder. Despite depression being considered the hallmark of bipolar disorder, there are no published systematic reviews or meta-analyses to evaluate the efficacy of modern atypical antipsychotics in bipolar depression. We systematically reviewed published or registered randomized, double-blind, placebo-controlled trials (RCTs) of modern antipsychotics in adult bipolar I and/or II depressive patients (DSM-IV criteria). Efficacy outcomes were assessed based on changes in the Montgomery-Asberg Depression Rating Scale (MADRS) during an 8-wk period. Data were combined through meta-analysis using risk ratio as an effect size with a 95% confidence interval (95% CI) and with a level of statistical significance of 5% (p<0.05). We identified five RCTs; four involved antipsychotic monotherapy and one addressed both monotherapy and combination with an antidepressant. The two quetiapine trials analysed the safety and efficacy of two doses: 300 and 600 mg/d. The only olanzapine trial assessed olanzapine monotherapy within a range of 5-20 mg/d and olanzapine-fluoxetine combination within a range of 5-20 mg/d and 6-12 mg/d, respectively. The two aripiprazole placebo-controlled trials assessed doses of 5-30 mg/d. Quetiapine and olanzapine trials (3/5, 60%) demonstrated superiority over placebo (p<0.001). Only 2/5 (40%) (both aripiprazole trials) failed in the primary efficacy measure after the first 6 wk. Some modern antipsychotics (quetiapine and olanzapine) have demonstrated efficacy in bipolar depressive patients from week 1 onwards. Rapid onset of action seems to be a common feature of atypical antipsychotics in bipolar depression. Comment in The following popper user interface control may not be accessible. Tab to the next button to revert the control to an accessible version.Destroy user interface controlEfficacy of modern antipsychotics in placebo-controlled trials in bipolar depression: a meta-analysis--results to be interpreted with caution.

CR1Dmod: A Matlab program to model 1D complex resistivity effects in electrical and electromagnetic surveys

We have constructed a forward modelling code in Matlab, capable of handling several commonly used electrical and electromagnetic methods in a 1D environment. We review the implemented electromagnetic field equations for grounded wires, frequency and transient soundings and present new solutions in the case of a non-magnetic first layer. The CR1Dmod code evaluates the Hankel transforms occurring in the field equations using either the Fast Hankel Transform based on digital filter theory, or a numerical integration scheme applied between the zeros of the Bessel function. A graphical user interface allows easy construction of 1D models and control of the parameters. Modelling results are in agreement with other authors, but the time of computation is less efficient than other available codes. Nevertheless, the CR1Dmod routine handles complex resistivities and offers solutions based on the full EM-equations as well as the quasi-static approximation. Thus, modelling of effects based on changes in the magnetic permeability and the permittivity is also possible.

Improving Searching and Browsing Capabilities of Learning Object Repositories

Learning object repositories are a basic piece of virtual learning environments used for content management. Nevertheless, learning objects have special characteristics that make traditional solutions for content management ine ective. In particular, browsing and searching for learning objects cannot be based on the typical authoritative meta-data used for describing content, such as author, title or publicationdate, among others. We propose to build a social layer on top of a learning object repository, providing nal users with additional services fordescribing, rating and curating learning objects from a teaching perspective. All these interactions among users, services and resources can be captured and further analyzed, so both browsing and searching can be personalized according to user pro le and the educational context, helping users to nd the most valuable resources for their learning process. In this paper we propose to use reputation schemes and collaborative filtering techniques for improving the user interface of a DSpace based learning object repository.

Laitteen elinkaaritietoon perustuvien asiakasarvopohjaisten palveluiden kehittäminen

Työssä tutkitaan asiakasarvopohjaisten elinkaaritietoon perustuvien palveluiden kehittämistä. Tavoitteena on löytää asiakasarvo tuulivoimaliiketoiminnassa, selvittää mitä palveluja voidaan tuottaa elinkaaritietoon pohjautuen ja millainen kehitysprosessi palveluille ABB:n ympäristössä voidaan kuvata. Tutkimusongelmaa on tarkasteltuLCB-tutkimusprojektin tulosten ja kirjallisuuden pohjalta. Teoriat voidaan jakaa kolmeen osaan, asiakasarvoon, dataan ja kehitysprosessiin. Ensimmäisessä osassa keskitytään tarjoaman muutokseen, rooleihin liiketoimintaverkostossa ja asiakasarvon laskennalliseen määritykseen. Toisessa osassa keskitytään datan palveluksi jalostamiseen ja kolmannessa palvelun kehitysprosessin tutkimiseen. Tutkimustuloksia on verifioitu case-tutkimuksen avulla ja erästä asiakasta on lähestytty case-tapauksena haastattelun avulla. Asiakas on profiloitu haastattelun perusteella tavoitteena löytää asiakasarvo ja kiinnostus uusia palveluja kohtaan. Uusia palveluita on kehitetty sekä eksplisiittisen että hiljaisen tiedon pohjalta. Näiden pohjalta on luotu toimivia palvelukonsepteja ja ideointivaiheen kehitysprosessi on dokumentoitu. Työstä on tehty kaksi eri versiota, joista tämä on suppeampi.

Kontekstitietoisen mobiilipelin suunnittelu ja toteutus

Kontekstitietoisuuden katsotaan voivan parantaa sovellusten ja palvelujen käytettävyyttä matkapuhelimissa. Kontekstitietoisuuden tekniikoita voidaan käyttää myös peleissä, joko siksi, että ne mahdollistavat uudenlaisia pelejä, tai siksi, että peleillä voidaan havainnollistaa ja testata eri tekniikoiden toimintaa. Diplomityössä esitellään prototyyppi monen pelaajan kontekstitietoisesta mobiilipelistä, jossa pelivälineinä käytetään kamerapuhelimella luettavia tavallisia viivakoodeja. Viivakoodit on yhdistetty palvelimella sijaitsevan pelimaailman kohteisiin, joiden omistuksesta pelaajat kilpailevat. Peliä on tarkoitus arvioida myöhemmin pelattavuuden ja idean kiinnostavuuden kannalta. Prototyypin toinen tehtävä on havainnollistaa Multi-User Publishing Environment (MUPE) -sovellusalustan tukea kontekstitietoisuudelle. Työ kuvaa pelin suunnittelun, toteutuksen ja arvioinnin alkaen varhaisimmista ideoista ja päättyen osittaiseen prototyyppiin. Prototyypissä on toteutettu osa pelilogiikasta ja käyttöliittymästä, mutta sitä ei ole integroitu kontekstitietoa kerääviin sensoreihin. Pelin suunnittelussa käytettiin apuna heuristista arviointia ja kahta fokusryhmähaastattelua.

Vaihtokenttämagnetometrin suunnittelu ja rakentaminen

Tämän työn tavoitteena oli suunnitella ja rakentaa vaihtokenttämagnetometri, jolla voidaan tutkia näytteen magneettisia ominaisuuksia eri lämpötiloissa ja eri taajuuksilla. Menetelmänä käytettiin keskinäisinduktiotekniikkaa, joka on hyvin yleinen tapa tutkia aineen magneettista suskeptibiliteettiä. Magnetometriä ohjataan LabVIEW:lla tehdyllä käyttöliittymällä, joka suunniteltiin yksinkertaiseksi ja helpoksi käyttää. Ohjelma sisältää ohjeet, jotka auttavat parametrien ja toimintojen valinnoissa. LabVIEW:lla ohjataan askelmoottoria, näytteen lämmitintä, lämpötilan mittausta ja lukitusvahvistinta, jolta mittaustulokset saadaan. Laitteen testauksessa käytettiin korkean lämpötilan suprajohdetta YBa2Cu3O6+x, koska sillä saadaan aikaan suurisignaali. Mittaukset tehtiin nestemäisen typen lämpötilassa kahdella eri taajuuden arvolla. Laite antoi oikeanlaisen signaalin ulos eli todettiin laitteen toimivan. Laite toimii hyvin korkeammilla taajuuksilla. Mentäessä hyvin matalille taajuuksille, lukitusvahvistin ei pystynyt lukittumaan, eikä siis siten antanut oikeanlaisia tuloksia.

Hallintasovellus M2M-tiedonsiirtoon GPRS-verkossa

Pääosa matkapuhelinjärjestelmien liikenteestä on toistaiseksi puhetta. Dataliikenteen osuus on kuitenkin jatkuvasti kasvamassa uusien tekniikoiden myötävaikutuksella. Langattoman dataliikenteen kehittämiselle tuo myös lisäpainetta internetin nopeasti yleistynyt käyttö. Eräs lupaavimmista sovellusalueista on konekommunikaatio, M2M, minkä läpilyöntiä on ennustettu jo vuosia. Viime vuosina markkinoille tulleet M2M-laitteet tarjoavat aiemmista laitteista poiketen myös mahdollisuuden sovellusten suorittamiseen itse laitteessa ja niiden päivittämisen langattomasti. Työssä vertaillaan kolmea markkinoilla olevaa konekommunikaatioon soveltuvaa laitetta ja tarkastellaan niiden ominaisuuksia ja sovellusten päivitettävyyttä GPRS-verkkoa käyttäen. Tarkastelussa havaitaan, että teleoperaattoreiden asettamat rajoitukset ja käytössä olevat päivitysmenetelmät aiheuttavat tiettyjä ongelmia päivitysten käytettävyydelle. Työn tuloksena kehitettiin hallintasovellusohjelmisto, mikä mahdollisti etäällä sijaitsevien M2M-laitteiden sovellusten päivittämisen helppokäyttöisen käyttöliittymän avulla. Hallintasovellusta käyttäen useita, maantieteellisesti hajallaan olevia laitteita oli mahdollista päivittää samanaikaisesti automatisoidusti. Hallintasovellus osoittautui käyttökelpoiseksi työkaluksi M2Mlaitteiden sovellusten hallintaan jo, kun laitemäärä kasvoi muutamista kappaleista muutamaan kymmeneen.

Rakennus- ja talotekniikkaurakoitsijoille kehitettyjen CADsovellusten markkinapotentiaali Baltian maissa

Tutkimuksen päätavoitteena oli selvittää maakohtainen markkinapotentiaali urakoitsijoille kehitetyille CAD-sovelluksille eri Baltian maissa. Tämän laskemiseksitarvittiin tietoa rakentamisen arvoketjusta ja urakointimallista näillä alueilla. Näihin teemoihin liittyi myös läheisesti teoriakehykset markkinapotentiaalista, kansainvälistymisestä sekä arvoketjuajattelusta. Lisätavoitteena oli selvittää tarvittavat lokalisointi muutokset sovelluksiin. Nämä voivat liittyä esimerkiksi käytettäviin tuotemalleihin, kieleen, symboliikkaan, käyttöliittymään tai rekistereihin. Näihin kysymyksiin pyrittiin löytämään vastauksia urakointi- ja tukkuliikkeisiin suunnatuissa teemahaastatteluissa. Tutkimuksen tulosten pohjalta saatiin laskettua karkea arvio markkinapotentiaalista näillä markkina-alueilla, sekä kerättyä tietoa tarvittavista lokalisoinneista. Johtopäätöksissä esitetään suositus kansainvälistymismuodosta ja lisätutkimuksista.