T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Dispatch centres: what is the right population catchment size?

Literature on medical dispatch is growing, focusing mainly on efficiency (under and overtriage) and dispatch-assisted CPR. But the issue of population catchment size, functional costs and rationalization is rarely addressed. If we can observe a trend toward a decreasing number of dispatch centres in many European countries, there is today no evidence on what is the right catchment size to reach the best balance between quality of services and costs.

Brain dynamics of meal size selection in humans.

Although neuroimaging research has evidenced specific responses to visual food stimuli based on their nutritional quality (e.g., energy density, fat content), brain processes underlying portion size selection remain largely unexplored. We identified spatio-temporal brain dynamics in response to meal images varying in portion size during a task of ideal portion selection for prospective lunch intake and expected satiety. Brain responses to meal portions judged by the participants as 'too small', 'ideal' and 'too big' were measured by means of electro-encephalographic (EEG) recordings in 21 normal-weight women. During an early stage of meal viewing (105-145ms), data showed an incremental increase of the head-surface global electric field strength (quantified via global field power; GFP) as portion judgments ranged from 'too small' to 'too big'. Estimations of neural source activity revealed that brain regions underlying this effect were located in the insula, middle frontal gyrus and middle temporal gyrus, and are similar to those reported in previous studies investigating responses to changes in food nutritional content. In contrast, during a later stage (230-270ms), GFP was maximal for the 'ideal' relative to the 'non-ideal' portion sizes. Greater neural source activity to 'ideal' vs. 'non-ideal' portion sizes was observed in the inferior parietal lobule, superior temporal gyrus and mid-posterior cingulate gyrus. Collectively, our results provide evidence that several brain regions involved in attention and adaptive behavior track 'ideal' meal portion sizes as early as 230ms during visual encounter. That is, responses do not show an increase paralleling the amount of food viewed (and, in extension, the amount of reward), but are shaped by regulatory mechanisms.

Genome-wide meta-analysis identifies six novel loci associated with habitual coffee consumption

Coffee, a major dietary source of caffeine, is among the most widely consumed beverages in the world and has received considerable attention regarding health risks and benefits. We conducted a genome-wide (GW) meta-analysis of predominately regular-type coffee consumption (cups per day) among up to 91 462 coffee consumers of European ancestry with top single-nucleotide polymorphisms (SNPs) followed-up in ~30 062 and 7964 coffee consumers of European and African-American ancestry, respectively. Studies from both stages were combined in a trans-ethnic meta-analysis. Confirmed loci were examined for putative functional and biological relevance. Eight loci, including six novel loci, met GW significance (log10Bayes factor (BF)>5.64) with per-allele effect sizes of 0.03-0.14 cups per day. Six are located in or near genes potentially involved in pharmacokinetics (ABCG2, AHR, POR and CYP1A2) and pharmacodynamics (BDNF and SLC6A4) of caffeine. Two map to GCKR and MLXIPL genes related to metabolic traits but lacking known roles in coffee consumption. Enhancer and promoter histone marks populate the regions of many confirmed loci and several potential regulatory SNPs are highly correlated with the lead SNP of each. SNP alleles near GCKR, MLXIPL, BDNF and CYP1A2 that were associated with higher coffee consumption have previously been associated with smoking initiation, higher adiposity and fasting insulin and glucose but lower blood pressure and favorable lipid, inflammatory and liver enzyme profiles (P<5 × 10-8).Our genetic findings among European and African-American adults reinforce the role of caffeine in mediating habitual coffee consumption and may point to molecular mechanisms underlying inter-individual variability in pharmacological and health effects of coffee.

Application Size Optimisation in Mobile Environment

Työssä tutkitaan menetelmiä, käytäntöjä ja oliosuunnittelumalleja jotka johtavat ohjelmistojen koon pienentymiseen. Työssä tutkitaan konkreettisia keinoja ohjelmistojen koon optimointiin Symbian-alustalla. Työ keskityy C++ ohjelmistoihin jotka on suunniteltu toimimaan matkapuhelimissa ja muissa langattomissa laitteissa. Työssä esitellään, analysoidaan ja optimoidaan todellinen, loppukäyttäjille suunnattu, langaton sovellus. Käytetyt optimointimenetelmät sekä saadut tulokset esitellään ja analysoidaan. Esimerkkisovelluksen toteuttamisesta kertyvien kokemusten perusteella esitetään suosituksia langattomaan sovelluskehitykseen. Hyvän teknisen arkkitehtuurisuunnitelman todettiin olevan merkittävässä roolissa. C++ -kielen luokkaperinnän huomattiin yllättäen olevan suurin ohjelmatiedostojen kokoon vaikuttava tekijä Symbian-käyttöjärjestelmässä. Pienten ohjelmien tuottamisessa vaaditaan taitoa ja kurinalaisuutta. Ohjelmistokehittäjien asenteet ovat yleensä suurin este sille. Monet ihmiset eivät vain välitä kirjoittaminen ohjelmiensa koosta.

Fruit size and quality of pineapples cv. Vitória in response to micronutrient doses and way of application and to soil covers

The objective of this study was to evaluate the effects of foundation and leaf fertilization with micronutrients on fruit size and quality of pineapple cv. Vitória under the environmental conditions of the Baixo Acaraú irrigated perimeter in Northern Ceará State, Brazil, under two covers (bagana and black plastic) of the sandy soil of low fertility. The experimental design was a randomized split blocks one with four levels of soil dressing and four levels of foliar fertilization, with five replications. Micronutrient soil dressing was studied as FTE-12 at doses of 0, 60, 120 and 180 kg ha-1. The four levels of foliar fertilization were: LF0 (without fertilizer), LF 1 (15 leaf fertilization, using the amount of 1158.75 g Fe ha-1, 844.65 g Mn ha-1, 391.5 g ha-1 Zn, 322.65 g ha-1 Cu and 216 g ha-1 B), LF2 (15 leaf fertilization, using twice the quantities of level LF1) and LF3 (15 leaf fertilization, using three times the amount of level LF1). At 13 months after planting the micropropagated plantlets was carried out the floral induction treatment and five months later the fruit harvest determining the following variables: fruit weight and median diameter, soluble solids content (SS) and titratable acidity (TA). Both fruit weight and diameter increased with increasing doses of micronutrients applied to the soil and to the leaves, of plants grown both on bagana soil cover and plastic mulch. On the other hand fruit pulp quality was little affected by the treatments studied. There were a small increase of SS contents for plants grown on bagana soil cover and a small decrease of titratable acidity for those grown on plastic mulch, in both cases just in response to micronutrient foliar application.

Rheology of high solids surface size starches

Tämän diplomityön tarkoituksena oli tutkia pintaliimatärkkelysten reologista käyttäytymistä korkeissa kuiva-ainepitoisuuksissa. Tarve työn suorittamiselle syntyi kun tutkittiin pintaliimausta filminsiirtopuristimella tavallista korkeammissa kuiva-ainepitoisuuksissa, sileän sauvan ollessa applikointilaitteena. Koska applikointi sileällä sauvalla tapahtuu hydrodynaamisten periaatteiden mukaisesti, sen käyttö edellyttää pintaliimojen reologisten ominaisuuksien tarkkaa tuntemusta ja hallintaa.Kiinnostuksen kohteena olevat ominaisuudet olivat tärkkelysten kuiva-ainepitoisuuden (8 – 30 %) vaikutus viskositeettiin eri lämpötiloissa (20, 30, 40 ja 50 ºC), leikkausnopeus alueella 1 s-1 - 700 000 s-1. Myös tärkkelysten myötörajat määritettiin tutkimuksessa. Viskositeetti eri leikkausnopeusalueilla mitattiin seuraavilla laitteilla: Bohlin VOR (matalat leikkausnopeudet ja myötöraja) ja Hercules HiShear (keskitason leikkausnopeudet) reometrit sekä Eklund kapillaariviskometri (korkeat leikkausno-peudet). Analysoidut tärkkelykset olivat kaksi anionista matalaviskoottista peruna (tärkkelys A) ja ohra (tärkkelys C) tärkkelystä, sekä yksi kationinen korkeaviskoottinen peruna tärkkelys (tärkkelys B). Tutkittujen tärkkelysten Brookfield viskositeetit (100 rpm) olivat (10 % liuos, 60 °C:ssa) tärkkelys A ja C: 25 ± 5 mPas ja tärkkelys B: 100 ± 20 mPas.Tärkkelysliuosten kuiva-ainepitoisuuden noustessa muuttui virtauskäyttäytyminen Newtoniaalisesta leikkausohenevaksi. Leikkausoheneva käyttäytyminen oli voimakkainta tärkkelys B:n kohdalla. Viskositeetti – lämpötila riippuvuus korkeissa leikkausnopeuksissa (esim. 500 000 s-1) oli vähäisempää, mitä oli oletettavissa Brookfield viskositeettiarvojen perusteella. Kaikki tarkkelykset osoittautuivat tiksotrooppisiksi, myös tiksotrooppisuus lisääntyi kuiva-ainepitoisuuden kasvaessa. Tärkkelysten myötörajat osoittautuivat odottamattoman alhaisiksi, kuitenkin varsinkin tärkkelys B:n myötörajat olivat selvästi riippuvaisia lämpötilasta ja kuiva-ainepitoisuudesta. Tutkittujen tärkkelysten virtauskäyttäytyminen oli kirjallisuudessa esitetyn kaltaista. Tärkkelysmolekyylien ketjun pituus oli tärkein tärkkelyksen reologisia ominaisuuksia määrittävä tekijä; mitä matalampi on tärkkelyksen molekyylimassa, sitä matalammat ovat viskositeetti ja myötöraja. Pintaliimauksessa tärkkelysmolekyylien ketjunpituudella on suuri vaikutus ajettavuuteen ja lopputuotteen ominaisuuksiin. Haasteellista pintaliimatärkkelyksen valinnassa on sellaisen yhdistelmän löytäminen, jossa sopivan reologisen käyttäytymisen omaava tärkkelys ja pintaliimatulle paperille tai kartongille asetetut vaatimukset kohtaavat.

Family Size Evolution in Drosophila Chemosensory Gene Families: A Comparative Analysis with a Critical Appraisal of Methods

Gene turnover rates and the evolution of gene family sizes are important aspects of genome evolution. Here, we use curated sequence data of the major chemosensory gene families from Drosophila-the gustatory receptor, odorant receptor, ionotropic receptor, and odorant-binding protein families-to conduct a comparative analysis among families, exploring different methods to estimate gene birth and death rates, including an ad hoc simulation study. Remarkably, we found that the state-of-the-art methods may produce very different rate estimates, which may lead to disparate conclusions regarding the evolution of chemosensory gene family sizes in Drosophila. Among biological factors, we found that a peculiarity of D. sechellia's gene turnover rates was a major source of bias in global estimates, whereas gene conversion had negligible effects for the families analyzed herein. Turnover rates vary considerably among families, subfamilies, and ortholog groups although all analyzed families were quite dynamic in terms of gene turnover. Computer simulations showed that the methods that use ortholog group information appear to be the most accurate for the Drosophila chemosensory families. Most importantly, these results reveal the potential of rate heterogeneity among lineages to severely bias some turnover rate estimation methods and the need of further evaluating the performance of these methods in a more diverse sampling of gene families and phylogenetic contexts. Using branch-specific codon substitution models, we find further evidence of positive selection in recently duplicated genes, which attests to a nonneutral aspect of the gene birth-and-death process.

Particle Size Analysis of Pharmaceutical Powders by Laser Diffraction

Raaka-aineen hiukkaskoko on lääkekehityksessä keskeinen materiaaliparametri. Lääkeaineen partikkelikoko vaikuttaa moneen lääketuotteen tärkeään ominaisuuteen, esimerkiksi lääkkeen biologiseen hyväksikäytettävyyteen. Tässä diplomityössä keskityttiin jauhemaisten lääkeaineiden hiukkaskoon määrittämiseen laserdiffraktiomenetelmällä. Menetelmä perustuu siihen, että partikkeleista sironneen valon intensiteetin sirontakulmajakauma on riippuvainen partikkelien kokojakaumasta. Työn kirjallisuusosassa esiteltiin laserdiffraktiomenetelmän teoriaa. PIDS (Polarization Intensity Differential Scattering) tekniikka, jota voidaan käyttää laserdiffraktion yhteydessä, on myös kuvattu kirjallisuusosassa. Muihin menetelmiin perustuvista analyysimenetelmistä tutustuttiin mikroskopiaan sekä aerodynaamisen lentoajan määrittämiseen perustuvaan menetelmään. Kirjallisuusosassa esiteltiin myös partikkelikoon yleisimpiä esitystapoja. Työn kokeellisen osan tarkoituksena oli kehittää ja validoida laserdiffraktioon perustuva partikkelikoon määritysmenetelmä tietylle lääkeaineelle. Menetelmäkehitys tehtiin käyttäen Beckman Coulter LS 13 320 laserdiffraktoria. Laite mahdollistaa PIDS-tekniikan käytön laserdiffraktiotekniikan ohella. Menetelmäkehitys aloitettiin arvioimalla, että kyseinen lääkeaine soveltuu parhaiten määritettäväksi nesteeseen dispergoituna. Liukoisuuden perusteella väliaineeksi valittiin tällä lääkeaineella kyllästetty vesiliuos. Dispergointiaineen sekä ultraäänihauteen käyttö havaittiin tarpeelliseksi dispergoidessa kyseistä lääkeainetta kylläiseen vesiliuokseen. Lopuksi sekoitusnopeus näytteensyöttöyksikössä säädettiin sopivaksi. Validointivaiheessa kehitetyn menetelmän todettiin soveltuvan hyvin kyseiselle lääkeaineelle ja tulosten todettiin olevan oikeellisia sekä toistettavia. Menetelmä ei myöskään ollut herkkä pienille häiriöille.

Population Size and Civil Conflict Risk: Is There A Causal Link?

[spa] La estimación del impacto del tamaño de la populación sobre la probabilidad de conflicto civil se complica por el sesgo de endogeneidad y las variables omitidas. Este artículo trata el problema de causalidad utilizando métodos de variables instrumentales en un panel de 37 países del África Sub-sahariana en el período 1981-2004. Encontramos que un aumento de la población en un 1% aumenta la probabilidad de conflicto civil por un 5.2%.

Coffee polyphenols change the expression of STAT5b and ATF-2 modifying cyclin D1 levels in cancer cells

Background: Epidemiological studies suggest that coffee consumption reduces the risk of cancer, but the molecular mechanisms of its chemopreventive effects remain unknown. Objective: To identify differentially expressed genes upon incubation of HT29 colon cancer cells with instant caffeinated coffee (ICC) or caffeic acid (CA) using whole genome microarrays. Results: ICC incubation of HT29 cells caused the overexpression of 57 genes and the underexpression of 161, while CA incubation induced the overexpression of 12 genes and the underexpression of 32. Using Venn-Diagrams, we built a list of five overexpressed genes and twelve underexpressed genes in common between the two experimental conditions. This list was used to generate a biological association network in which STAT5B and ATF-2 appeared as highly interconnected nodes. STAT5B overexpression was confirmed at the mRNA and protein levels. For ATF-2, the changes in mRNA levels were confirmed for both ICC and CA, whereas the decrease in protein levels was only observed in CA-treated cells. The levels of cyclin D1, a target gene for both STAT5B and ATF-2, were dowregulated by CA in colon cancer cells and by ICC and CA in breast cancer cells. Conclusions: Coffee polyphenols are able to affect cyclin D1 expression in cancer cells through the modulation of STAT5B and ATF-2.

Cooperative games with size-truncated information

[Eng] We study the marginal worth vectors and their convex hull, the socalled Weber set, from the original coalitional game and the transformed one, which is called the Weber set of level k. We prove that the core of the original game is included in each of the Weber set of level k, for any k, and that the Weber sets of consecutive levels form a chain if and only if the original game is 0-monotone. Even if the game is not 0-monotone, the intersection of the Weber sets for consecutive levels is always not empty, what is not the case for non-consecutive ones. Spanish education system.

Cooperative games with size-truncated information

[Eng] We study the marginal worth vectors and their convex hull, the socalled Weber set, from the original coalitional game and the transformed one, which is called the Weber set of level k. We prove that the core of the original game is included in each of the Weber set of level k, for any k, and that the Weber sets of consecutive levels form a chain if and only if the original game is 0-monotone. Even if the game is not 0-monotone, the intersection of the Weber sets for consecutive levels is always not empty, what is not the case for non-consecutive ones. Spanish education system.

Multisensory stimulation can induce an illusion of larger belly size in immersive virtual reality

Body change illusions have been of great interest in recent years for the understanding of how the brain represents the body. Appropriate multisensory stimulation can induce an illusion of ownership over a rubber or virtual arm, simple types of out-of-the-body experiences, and even ownership with respect to an alternate whole body. Here we use immersive virtual reality to investigate whether the illusion of a dramatic increase in belly size can be induced in males through (a) first person perspective position (b) synchronous visual-motor correlation between real and virtual arm movements, and (c) self-induced synchronous visual-tactile stimulation in the stomach area.

Segmentation model for small and medium size business sector: Case Oy Compaq Computer Ab

Markkinasegmentointi nousi esiin ensi kerran jo 50-luvulla ja se on ollut siitä lähtien yksi markkinoinnin peruskäsitteistä. Suuri osa segmentointia käsittelevästä tutkimuksesta on kuitenkin keskittynyt kuluttajamarkkinoiden segmentointiin yritys- ja teollisuusmarkkinoiden segmentoinnin jäädessä vähemmälle huomiolle. Tämän tutkimuksen tavoitteena on luoda segmentointimalli teollismarkkinoille tietotekniikan tuotteiden ja palveluiden tarjoajan näkökulmasta. Tarkoituksena on selvittää mahdollistavatko case-yrityksen nykyiset asiakastietokannat tehokkaan segmentoinnin, selvittää sopivat segmentointikriteerit sekä arvioida tulisiko tietokantoja kehittää ja kuinka niitä tulisi kehittää tehokkaamman segmentoinnin mahdollistamiseksi. Tarkoitus on luoda yksi malli eri liiketoimintayksiköille yhteisesti. Näin ollen eri yksiköiden tavoitteet tulee ottaa huomioon eturistiriitojen välttämiseksi. Tutkimusmetodologia on tapaustutkimus. Lähteinä tutkimuksessa käytettiin sekundäärisiä lähteitä sekä primäärejä lähteitä kuten case-yrityksen omia tietokantoja sekä haastatteluita. Tutkimuksen lähtökohtana oli tutkimusongelma: Voiko tietokantoihin perustuvaa segmentointia käyttää kannattavaan asiakassuhdejohtamiseen PK-yritys sektorilla? Tavoitteena on luoda segmentointimalli, joka hyödyntää tietokannoissa olevia tietoja tinkimättä kuitenkaan tehokkaan ja kannattavan segmentoinnin ehdoista. Teoriaosa tutkii segmentointia yleensä painottuen kuitenkin teolliseen markkinasegmentointiin. Tarkoituksena on luoda selkeä kuva erilaisista lähestymistavoista aiheeseen ja syventää näkemystä tärkeimpien teorioiden osalta. Tietokantojen analysointi osoitti selviä puutteita asiakastiedoissa. Peruskontaktitiedot löytyvät mutta segmentointia varten tietoa on erittäin rajoitetusti. Tietojen saantia jälleenmyyjiltä ja tukkureilta tulisi parantaa loppuasiakastietojen saannin takia. Segmentointi nykyisten tietojen varassa perustuu lähinnä sekundäärisiin tietoihin kuten toimialaan ja yrityskokoon. Näitäkään tietoja ei ole saatavilla kaikkien tietokannassa olevien yritysten kohdalta.