Evaluation of the microbial diversity of denitrifying bacteria in batch reactor

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Reproductive biology of two macrourid fish, Nezumia aequalis and Coelorinchus mediterraneus, inhabiting the NW Mediterranean continental margin (400-2000m)

Nezumia aequalis and Coelorinchus mediterraneus are abundant species on the upper and lower continental slopes, respectively, in the Mediterranean Sea. A study on the reproductive strategy of the two species was conducted on the Catalan margin (NW Mediterranean). The reproductive cycle of both species was investigated using visual analyses of gonads and histological screening. The shallower species, N. aequalis, showed continuous reproduction with a peak of spawning females in winter months. In contrast, the deeper-living species, C. mediterraneus, showed semi-continuous reproduction with a regression period during the spring. Juveniles of N. aequalis were present in all seasons, but most abundant in the spring. Only two juveniles of C. mediterraneus were found. Both species had asynchronous oocyte development. The average fecundity of N. aequalis was 10,630 oocytes per individual, lower than known for the same species in the Atlantic Ocean. The fecundity of C. mediterraneus was measured for the first time in this study, with an average of 7693 oocytes per individual. Males of both species appear to have semi-cystic spermatogenesis. © 2013 Elsevier Ltd.

The role of prophage in plant-pathogenic bacteria

A diverse set of phage lineages is associated with the bacterial plant-pathogen genomes sequenced to date. Analysis of 37 genomes revealed 5,169 potential genes (approximately 4.3 Mbp) of phage origin, and at least 50 had no function assigned or are nonessential to phage biology. Some phytopathogens have transcriptionally active prophage genes under conditions that mimic plant infection, suggesting an association between plant disease and prophage transcriptional modulation. The role of prophages within genomes for cell biology varies. For pathogens such as Pectobacterium, Pseudomonas, Ralstonia, and Streptomyces, involvement of prophage in disease symptoms has been demonstrated. In Xylella and Xanthomonas, prophage activity is associated with genome rearrangements and strain differentiation. For other pathogens, prophage roles are yet to be established. This review integrates available information in a unique interface (http://propnav.esalq.usp.br) that may be assessed to improve research in prophage biology and its association with genome evolution and pathogenicity. © Copyright ©2013 by Annual Reviews. All rights reserved.

Análise da resistência a cobre e zinco sobre o crescimento e expressão gênica em Xylella fastidiosa em condições de biofilme

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Expressão diferencial de genes em laranja doce (Citrus sinensis L. Osb) em tangerina (Citrus reticulata blanco) em resposta à infecção por Xylella fastidiosa

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Ecomorphological patterns of the fishes inhabiting the tide pools of the Amazonian Coastal Zone, Brazil

Identificamos padrões ecomorfológicos que refletem a ecologia de espécies encontradas em poças de maré na Zona Costeira Amazônica (ZCA). Indivíduos de 19 espécies foram coletados no estado do Pará durante duas expedições em 2011. Foram estabelecidas dominância, grau de residência, guildas tróficas e tomadas medidas morfométricas de até 10 indivíduos de cada espécie. Calculou-se 23 atributos ecomorfológicos relacionados à locomoção, posição e forrageio, utilizados para o cálculo da distância ecomorfológica. Foram utilizadas Análises de Componentes Principais (PCA) para avaliar que atributos ecomorfológicos explicaram a variação entre as espécies. O teste de Mantel foi utilizado para testar a correlação da distância taxonômica com a morfologia das espécies e um teste de Mantel parcial para avaliar a correlação das guildas tróficas com os padrões ecomorfológicos, controlando-se o efeito da distância taxonômica entre as espécies. Nas análises formaram-se dois eixos principais para variação em relação aos padrões de locomoção, correlacionados à largura do pedúnculo caudal e formato da nadadeira anal, ocorrendo influência da distância taxonômica entre as espécies nos padrões ecomorfológicos. Espécies dominantes e residentes apresentaram menor capacidade de natação contínua. Quanto à posição na coluna d'água, formaram-se dois eixos principais da variação, correlacionados à posição do olho, área da nadadeira pélvica e formato do corpo, ocorrendo influência da distância taxônomica entre as espécies nas dissimilaridades morfológicas. A PCA agrupou espécies de hábito pelágico com espécies de hábito bentônico. Em relação ao forrageio, formaram-se dois eixos principais da variação, correlacionados ao tamanho da boca, tamanho do olho e comprimento do trato digestório. Espécies de diferentes guildas permaneceram agrupadas, sugerindo fraca relação da morfologia com o forrageio e não houve influência da distância taxonômica nas dissimilaridades nas guildas tróficas. Espécies residentes e dominantes em poças de maré na ZCA apresentam hábito sedentário, ocorrendo pouca influência da distância taxonômica nos padrões ecomorfológicos que se referem à posição na coluna d'água e locomoção, demonstrando que espécies distantes filogeneticamente podem apresentar padrões ecomorfológicos similares, e a morfologia demonstrou-se como fraca preditora das táticas de forrageio.

Prevalence of HTLV-I antibody among two distinct ethnic groups inhabiting the Amazon region of Brazil

Soroprevalências para HTLV-I de 3,63% (02/55), 12,9% (10/82) e 13,88% (10/72) foram demonstradas entre os Tiryió, Mekranoiti e Xicrin, respectivamente - indígenas habitantes da Amazônia -, utilizando-se a técnica de "Western Blot" (WBEI). Por outro lado, a imunomicroscopia eletrônica indireta (IIME) revelou como positivos 2 Tiryió, 9 Mekranoiti e 6 Xicrins. Das 44 amostras de soro oriundas de migrantes japoneses, nenhuma resultou positiva pelas duas técnicas antes mencionadas. Foram reativos por ambos os métodos, 1, 8 e 6 amostras dos índios Tiryió, Mekranoiti e Xicrin, respectivamente. Nossos resultados representam uma forte evidência de que o HTV-I e/ou variante(s) antigenicamente similar(es) circula(m) entre populações que habitam a região amazônica do Brasil.

Reação de genótipos de feijoeiro a Curtobacterium flaccumfaciens PV. flaccumfaciens, agressividade e variabilidade molecular de isolados

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Process for genetically engineering acidophilic bacteria and constructing a transformation vector

The present invention describes a method for transforming chemolithotrophic acidophilic bacteria using electroporation technology. The proposed method allows transforming a bacterial line using a transformation vector, the pAF vector, which contains an origin of vegetative replication that allows the vector to replicate inside the bacteria without altering the natural physiological functions of the latter. Also disclosed is the use of the bacteria modified according to the invention in bioleaching processes of sulphated copper, gold, uranium, nickel, zinc and cobalt ore, inter alia.

Plant growth promoting bacteria in Brachiaria brizantha

Brachiaria brizantha is considered one of the preferred fodders among farmers for having high forage yield and large production of root mass. The association of beneficial bacteria with these grasses can be very valuable in the recovery of the pasture areas with nutritional deficiency. With the aim of studying this possibility, we carried out the sampling of soil and roots of B. brizantha in three areas (Nova Odessa-SP, So Carlos-SP and Campo Verde-MT, Brazil). Seventy-two bacterial strains were isolated and used in tests to evaluate their biotechnological potential. Almost all isolates presented at least one positive feature. Sixty-eight isolates produced analogues of indole-3-acetic acid, ten showed nitrogenase activity when subjected to the method of increasing the concentration of total nitrogen (total N) in the culture medium and sixty-five isolates showed nitrogenase activity when subjected to acetylene reduction technique. The partial sequencing of 16S rRNA of these isolates allowed the identification of seven main groups, with the prevalence of those affiliated to the genus Stenotrophomonas (69 %). At the end, this work elected the strains C4 (Pseudomonadaceae) and C7 (Rhodospirillaceae) as promising organisms for the development of inoculants due to their higher nitrogenase activity.

A meta-analysis of the feed intake and growth performance of broiler chickens challenged by bacteria

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Phyllosphere Bacteria Improve Animal Contribution to Plant Nutrition

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Clinical Comparison of the Effectiveness of Single-file Reciprocating Systems and Rotary Systems for Removal of Endotoxins and Cultivable Bacteria from Primarily Infected Root Canals

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

One-Visit Versus Two-Visit Root Canal Treatment: Effectiveness in the Removal of Endotoxins and Cultivable Bacteria

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)