Identification de caractéristiques communes et rares dans les ARN structurés dans la base de données Rfam

Les ARN non codants (ARNnc) sont des transcrits d'ARN qui ne sont pas traduits en protéines et qui pourtant ont des fonctions clés et variées dans la cellule telles que la régulation des gènes, la transcription et la traduction. Parmi les nombreuses catégories d'ARNnc qui ont été découvertes, on trouve des ARN bien connus tels que les ARN ribosomiques (ARNr), les ARN de transfert (ARNt), les snoARN et les microARN (miARN). Les fonctions des ARNnc sont étroitement liées à leurs structures d’où l’importance de développer des outils de prédiction de structure et des méthodes de recherche de nouveaux ARNnc. Les progrès technologiques ont mis à la disposition des chercheurs des informations abondantes sur les séquences d'ARN. Ces informations sont accessibles dans des bases de données telles que Rfam, qui fournit des alignements et des informations structurelles sur de nombreuses familles d'ARNnc. Dans ce travail, nous avons récupéré toutes les séquences des structures secondaires annotées dans Rfam, telles que les boucles en épingle à cheveux, les boucles internes, les renflements « bulge », etc. dans toutes les familles d'ARNnc. Une base de données locale, RNAstem, a été créée pour faciliter la manipulation et la compilation des données sur les motifs de structure secondaire. Nous avons analysé toutes les boucles terminales et internes ainsi que les « bulges » et nous avons calculé un score d’abondance qui nous a permis d’étudier la fréquence de ces motifs. Tout en minimisant le biais de la surreprésentation de certaines classes d’ARN telles que l’ARN ribosomal, l’analyse des scores a permis de caractériser les motifs rares pour chacune des catégories d’ARN en plus de confirmer des motifs communs comme les boucles de type GNRA ou UNCG. Nous avons identifié des motifs abondants qui n’ont pas été étudiés auparavant tels que la « tetraloop » UUUU. En analysant le contenu de ces motifs en nucléotides, nous avons remarqué que ces régions simples brins contiennent beaucoup plus de nucléotides A et U. Enfin, nous avons exploré la possibilité d’utiliser ces scores pour la conception d’un filtre qui permettrait d’accélérer la recherche de nouveaux ARN non-codants. Nous avons développé un système de scores, RNAscore, qui permet d’évaluer un ARN en se basant sur son contenu en motifs et nous avons testé son applicabilité avec différents types de contrôles.

Lokalisation und Funktion von Mitgliedern der Familie der short-chain Dehydrogenasen/Reduktasen in Dictyostelium discoideum

Dictyostelium discoideum wird als Modellorganismus für diverse Krankheitsbilder benutzt. Darunter zählen lysosomale, neurodegenerative Störungen sowie Stoffwechselerkrankungen. Werden diese Amöben mit einer Fettsäure gefüttert, so wird die Biogenese von lipid droplets (LDs) initiiert. Diese dynamischen Organellen dienen der Neutrallipidspeicherung. Das Proteom der LDs konnte für D. discoideum entschlüsselt werden. Unter den rund 70 Proteinen, befinden sich ca. 15, die eine Funktion im Lipidstoffwechsel haben. Darunter befinden sich auch Mitglieder der Enzymklasse der short-shain Dehydrogenasen/Reduktasen. Diese zeigen, wie viele andere LD-Proteine auch, eine duale Lokalisation im Endoplasmatischen Retikulum (ER) und auf LDs. In dieser Arbeit konnten die Sequenzen, die den Wechsel von einer doppelte Phospholipidschicht (ER) auf eine einfache Membran (LDs) möglich machen, entschlüsselt werden. Im Fall der Proteine SdrB/C/D/E/F handelt es sich dabei um ein membranständiges N-terminales Peptid gefolgt von einer Membrandomäne. Helix-brechende Aminosäuren wie Prolin und Glycin in diesen Domänen erzeugen einen Knick, sodass sowohl die C- als auch N-Termini fusioniert an ein Reporterprotein cytoplasmatisch lokalisieren können. Direkt nach der Membrandomäne befindet sich ein kurzer Abschnitt mit basischen, positiv geladenen Aminosäuren, die mit der negativ geladenen Oberfläche der LDs interagieren. Die Membrandomäne allein ist zwar für eine ER-Lokalisation ausreichend, eine LD-Verteilung kann jedoch nur in Kombination mit dem basischen Abschnitt erfolgen. Des Weiteren konnte die Lokalisation von SdrG aufgeklärt werden. Dieses Protein lokalisiert sowohl im ER, als auch auf LDs und den Peroxisomen. Die knockouts einzelner Sdr-Gene zeigten keinen Phänotyp. Auch der Doppel-knockout von SdrB und SdrC blieb Phänotyp-frei. Aus diesem Grund wurden die tandemartig im Genom vorliegenden Gene SdrD-F in einem Triple-knockout untersucht, ebenso wie ein Penta-knockout der Gene SdrB-F. Weiterhin konnten keine Auswirkungen auf die Phagocytose bzw. auf die Verwertung von Fettsäuren und die Mitoserate festgestellt werden. Ebenfalls verläuft der Aufbau und die Degradation von lipid droplets wildtypisch. Mittels Gaschromatographie gekoppelter Massenspektrometrie konnte jedoch ein geringer Unterschied in der Fettsäurekomposition der LDs festgestellt werden. Sobald diese fünf Proteine nicht mehr vorhanden sind, werden 5% weniger 18:1 Δ11 Fettsäuren gebildet und es verbleiben mehr 16:0 Fettsäuren in den LDs. Eine Übernahme der Funktion als Δ9 Desaturase, nach dem Abschnüren der LDs vom Endoplasmatischen Retikulum ist wahrscheinlich.

La enseñanza desde la realidad del mundo productivo.

Aborda la adaptación de las capacidades terminales de los ciclos de Actividades Agrarias que tiene implantado el centro, al marco real de producción mediante la explotación de una finca, que gracias al esfuerzo del propio departamento, del centro docente y del Ayuntamiento ha cedido la Diputación de Córdoba al Departamento de Actividades Agrarias. Se plantea dentro de este proyecto la adaptación de las actividades de enseñanza-aprendizaje que se deben realizar en cada módulo profesional con la realización de todas las actividades que profesionalmente deben abordarse para la explotación de la finca. El proyecto se divide en cuatro fases muy bien definidas: 1.- Documentación: Recogida de toda la información de partida para llevar a cabo la explotación de la finca. 2.- Planificación de las actividades: Programación de las acciones a llevar a cabo con cada tipo de alumno en cada módulo profesional y establecimiento de un calendario acorde con el desarrollo curricular del ciclo. 3.- Ejecución: Realización de las actividades y valoración del grado de consecución de las capacidades terminales del ciclo. 4.- Valoración y revisión: Realización del modelo óptimo de explotación de la finca. Elaboración de material resultante del proyecto para su uso posterior en el aula.

MIDE : Método Integral de Diálogo Educativo.

Mejorar el rendimiento escolar con una formación integral del alumno de Formación Profesional, aprovechando al máximo la sistematización de las materias y asimilación razonada de contenidos, a través de la relación interdisciplinar de los mismos y de las interacciones profesor alumno y alumno profesor, que potencien el razonamiento. 42 alumnos varones, asistentes al primer curso, de primer ciclo de Formación Profesional, del Instituto Politécnico de Oviedo. Antes de aplicar el método se miden una serie de variables de carácter general: nivel social, situación académica previa, motivación, conocimiento de la profesión, nivel de partida operativo en cuanto a conocimientos matemáticos fundamentalmente. El método tiene dos fases, en la primera se exponen los objetivos y conductas terminales que se quieren alcanzar y los criterios de evaluación, en la segunda fase se pasa a la aplicación dialogada de los conocimientos. Hay un alumno que registra observaciones sobre la clase, un alumno moderador y el profesor que evalúa de forma continuada. Después de aplicar el método se aplica una encuesta sobre las actitudes y valoración del método usado. Encuesta de carácter general. Pruebas objetivas para determinar el nivel de partida operativo, sobre cálculo y problemas matemáticos; grabación en vídeo de las sesiones. Ficha de registro del alumno observador y del profesor. Se utilizan programas de ordenador secuenciales para evaluar a los alumnos. Encuesta sobre opiniones y actitudes hacia el método utilizado. Porcentajes para la descripción de los resultados de pruebas y encuestas. Se dan los resultados en función de las asignaturas en las que se ha aplicado el método. También se describen porcentualmente los resultados académicos en las asignaturas donde se aplicó el método tradicional, y los resultados de las mismas, cuando se usó el método MIDE. Sólo la mitad de los alumnos llegan a la FP en la edad correspondiente y con el título de Graduado Escolar. Las deficiencias de los alumnos en cálculo, que se detectaron en las pruebas previas, demostraron la necesidad de mejorar la comprensión de los conceptos aritméticos, y algebraicos, para que puedan alcanzar una mecánica operativa. Los porcentajes de aprobados en las asignaturas en las que se aplicó el método tradicional. Entre un 55 por ciento y un 45 por ciento opinan que con este método comprenden y asimilan mejor las asignaturas y consiguen un razonamiento mejor. En el área de Tecnología aplicada se observa que con la aplicación de este método los alumnos introvertidos, superan gradualmente el problema, y se consigue una mejora en el proceso de razonamiento. En la asignatura de técnicas de expresión gráfica se obtiene una mayor rapidez en el dominio y utilización de los instrumentos de dibujo. En las restantes áreas también se producen mejoras notables con la aplicación del método MIDE.

Estado actual de los conocimientos y manejo de tecnologías computacionales de los profesores de escuelas básicas en la Comuna de Valparaíso.

Conocer la disponibilidad de computadores que tienen los docentes en el colegio y el nivel de manejo que éstos tienen para realizar su trabajo tanto personal como con sus estudiantes, en la Comuna de Valparaíso, Quinta Región de Chile. 95 profesores de 27 colegios de Educación Básica con reconocimiento oficial en la región de Valparaíso (Chile). Para la recogida de información se confeccionó una encuesta de preguntas cerradas en dónde se indaga acerca del conocimiento de computadores en el centro escolar, los programas educativos informáticos y diversos aspectos referidos a su utilización y manejo. a) Hay un porcentaje importante del profesores que desconoce el número de computadores que existen en su escuela, si estos tienen conexión a Internet ni si existen programas educativos informáticos para trabajar con sus alumnos; b) La mitad de los profesores admite que dispone de computador en su casa, pero son pocos los que lo tienen en la escuela; c) 1 de cada 4 profesores no utiliza el computador para realizar tareas propias de su quehacer profesional; d) Más de la mitad sostienen que usan los computadores con sus alumnos; e) Más del veinte por ciento de los profesores tienen la posibilidad de conectarse a Internet en algún lugar; f) Casi el dieciséis por ciento de lo profesores cree no estar capacitado para usar computador en su trabajo personal; g) Un veintitrés por ciento de los profesores no se sienten capacitados para utilizar el computador como una herramienta didáctica; h) La gran mayoría de los profesores creen que necesitan capacitación para utilizar un computador en su trabajo personal y como herramienta didáctica. Existen algunos factores que influyen negativamente en los esfuerzos por lograr la incorporación de la tecnología al Sistema Educativo Chileno: calidad de la capacitación, disponibilidad real que tienen los docentes para acceder a lo que entregue el ministerio, el tiempo de que disponen los profesores para dedicarse a conocer y experimentar con las nuevas tecnologías, el grado de descontento o agrado con que los profesores están realizando su labor, la forma en que se administran los recursos, etc.

Tecnologia: Mesurant longituds. Les mesures de longitud des de la perspectiva de l'EPS

L’apartat TECNOLOGIA de la revista digital de l’EPS té com a objectiu presentar articles que tractin algun tema relacionat amb la tecnologia, i preferiblement amb un caràcter transversal. Així, dediquem aquest primer número a tractar amb caràcter divulgatiu aspectes relacionats amb el mesurament de longituds. S’han recollit sis articles que, des de diferents perspectives i tècniques, ens parlen d’aspectes relacionats amb la mesura de longituds. Les tècniques de mesura explicades estan relacionades amb activitats de recerca, transferència tecnològica i docència en l’àmbit de l’Escola Politècnica Superior de la Universitat de Girona. L’ordre de les magnituds mesurades, seguint les diverses tècniques exposades, pot anar des de mesures microscòpiques (“Aplicacions en la mesura de la microscòpia electrònica de rastreig”, “Les mesures de longitud en el món de la visió per computador”) fins a mesures quilomètriques (“Les mesures de longitud en el món de la visió per computador”, “Aplicacions i aparells en la mesura topogràfica”)

Autoestima infantil y su relación con otras variables psicosociofamiliares.

Conocer los factores asociados a la depresión infantil, para lo que se centra en la variable autoestima con un doble objetivo: comprobar si la autoestima puede ser considerada un factor de riesgo del síndrome depresivo y ampliar los conocimientos de la autoestima. 1070 escolares de ambos sexos con edades comprendidas entre 9 y 10 años, tanto de escuelas públicas como privadas, lo que supone un 10 por ciento de la población escolar malagueña de cuarto curso de EGB. Cuestionario de PNID, CDI, A-2, CABS, ELC, CBCL, ESDM, cuestionario de datos sociofamiliares, Children's Depression Rating Scale Revised, expedientes escolares de cada alumno. El sistema integrado de programas de computador para el análisis de datos de las Ciencias Sociales que incluye un análisis descriptivo y cruces de variables. Es evidente que la autoestima es un factor de riesgo del síndrome depresivo y por otra, el trabajo ha ido encaminado a un análisis y profundización de dicha variable, donde se ha comprobado qué variables influyen positiva o negativamente y, por tanto, hay que hacer hincapié, de cara a la prevención en aquellas variables que influyen negativamente en la autoestima ya que son factores de riesgo en la depresión.

Perquè hem tingut èxit en el disseny ECTS d'una assignatura de màster en un entorn multicultural

En aquest treball presentem la nostra experiència en el disseny d’una assignatura compartida entre el màster europeu Erasmus Mundus en Visió per Computador i Robòtica (VIBOT) i el màster local en Informàtica Industrial i Automàtica, ambdós oficials. En l’assignatura s’ha treballat amb estudiants procedents dels cinc continents, barrejant en grups de treball estudiants estrangers i nacionals. Els resultats han estat molt bons. Ens avalen tant les enquestes realitzades pels estudiants com els resultats acadèmics que han aconseguit. En aquest article presentem el disseny que vam fer de l’assignatura; detallem els objectius que ens vam marcar i descrivim el pla d’activitats que vam preveure perquè els estudiants no es poguessin escapar d’aprendre, i tot això en un entorn internacional. Finalment, reflexionem sobre, segons el nostre criteri, quina és la clau de l’èxit

Integració d’ una unitat inercial i d’ un giroscopi de fibra òptica en un robot submarí i desenvolupament d’ un sistema de posicionament dins una piscina

El Grup de Visió per Computador i Robòtica (VICOROB) del departament d'Electrònica, Informàtica i Automàtica de la Universitat de Girona investiga en el camp de la robòtica submarina. Al CIRS (Centre d’Investigació en Robòtica Submarina), laboratori que forma part del grup VICOROB, el robot submarí Ictineu és la principal eina utilitzada per a desenvolupar els projectes de recerca. Recentment, el CIRS ha adquirit un nou sistema de sensors d' orientació basat en una unitat inercial i un giroscopi de fibra òptica. Aquest projecte pretén realitzar un estudi d' aquests dispositius i integrar-los al robot Ictineu. D' altra banda, aprofitant les característiques d’aquests sensors giroscopics i les mesures d' un sonar ja integrat al robot, es vol desenvolupar un sistema de localització capaç de determinar la posició del robot en el pla horitzontal de la piscina en temps real

Pre-procés i segmentació en imatges d’ultrasons 2D i 3D de la pròstata

Aquest projecte s'ha dut a terme amb el Grup de visió per computador del departament d'Arquitectura i Tecnologia de Computadors (ATC) de la Universitat de Girona. Està enfocat a l'anàlisi d'imatges mèdiques, en concret s'analitzaran imatges de pròstata en relació a desenvolupaments que s'estan realitzant en el grup de visió esmentat. Els objectius fixats per aquest projecte són desenvolupar dos mòduls de processamentm d'imatges els quals afrontaran dos blocs important en el tractament d'imatges, aquests dos mòduls seran un pre-processat d'imatges, que constarà de tres filtres i un bloc de segmentació per tal de cercar la pròstata dintre de les imatges a tractar. En el projecte es treballarà amb el llenguatge de programació C++, concretament amb unes llibreries que es denominen ITK (Insight Toolkit ) i són open source enfocades al tractament d'imatges mèdiques. A part d'aquesta eina s'utilitzaran d'altres com les Qt que és una biblioteca d'eines per crear entorns gràfics

Sistema informàtic d’ajut a la detecció i al seguiment del melanoma

Mitjançant les tècniques de visió per computador aquest projecte pretén desenvolupar una aplicació capaç de segmentar la pell, detectar nevus (pigues i altres taques) i poder comparar imatges de pacients amb risc de contreure melanoma preses en moments diferents. Aquest projecte pretén oferir diferents eines informàtiques als dermatòlegs per a propòsits relacionats amb la investigació. L’ objectiu principal d’ aquest projecte és desenvolupar un sistema informàtic que proporcioni als dermatòlegs agilitat a l’hora de gestionar les dades dels pacients amb les sevesimatges corresponents, ajudar-los en la realització de deteccions dels nevus d’aquestes imatges, i ajudar-los en la comparació d’exploracions (amb les deteccions realitzades)de diferents èpoques d’un mateix pacient

Reconeixement i seguiment d’objectes en vídeo a partir del seu moviment

L’objectiu d’aquest PFC és estudiar la branca de la detecció d’objectes en vídeos segons el seu moviment. Per fer-ho es crearà un algorisme que sigui capaç de tractar un vídeo, calculant el nombre d’objectes de l’escena i quina és la posició de cada un d’aquests. L’algorisme ha de ser capaç de trobar un conjunt de regions útils i a partir d’aquest, separar-lo en diferents grups, cada un representant un objecte en moviment. La finalitat d’aquest projecte és l’estudi de la detecció d’objectes en vídeo. Intentarem crear un algorisme que ens permeti dur a terme aquest estudi i treure’n conclusions. Pretenem fer un algorisme, o un conjunt d’algorismes, en Matlab que sigui capaç de donat qualsevol vídeo, pugui retornar un conjunt de imatges, o un vídeo, amb els diferents objectes de l’escena destacats. Es faran proves en diferents situacions, des de objectes sintètics amb un moviment clarament definit, fins a proves en seqüències reals extretes de diferents pel•lícules. Per últim es pretén comprovar l’eficiència d’aquest. Ja que el projecte s’emmarca en la línia de recerca de robòtica i visió per computador, la tasca principal serà la manipulació d’imatges. Per tant farem servir el Matlab, ja que les imatges no son res més que matrius i aquest programa permet el càlcul vectorial i matricial d’una manera senzilla i realment eficient

Estudi i implementació d’un mètode de reconstrucció 3D basat en SfM i registre de vistes 3D parcials

Aquest projecte es basarà en reconstruir una imatge 3D gran a partir d’una seqüència d’imatges 2D capturades per una càmera. Ens centrem en l’estudi de les bases matemàtiques de la visió per computador així com en diferents mètodes emprats en la reconstrucció 3D d’imatges. Per portar a terme aquest estudi s’utilitza la plataforma de desenvolupament MatLab ja que permet tractar operacions matemàtiques, imatges i matrius de gran tamany amb molta senzillesa, rapidesa i eficiència, per aquesta raó s’usa en moltes recerques sobre aquest tema. El projecte aprofundeix en el tema descrit anteriorment estudiant i implementant un mètode que consisteix en aplicar Structure From Motion (SFM) a pocs frames seguits obtinguts d’una seqüència d’imatges 2D per crear una reconstrucció 3D. Quan s’han creat dues reconstruccions 3D consecutives i fent servir un frame com a mínim en comú entre elles, s’aplica un mètode de registre d’estructures 3D, l’Iterative Closest Point (ICP), per crear una reconstrucció 3D més gran a través d’unir les diferents reconstruccions obtingudes a partir de SfM. El mètode consisteix en anar repetint aquestes operacions fins al final dels frames per poder aconseguir una reconstrucció 3D més gran que les petites imatges que s’aconsegueixen a través de SfM. A la Figura 1 es pot veure un esquema del procés que es segueix. Per avaluar el comportament del mètode, utilitzem un conjunt de seqüències sintètiques i un conjunt de seqüències reals obtingudes a partir d’una càmera. L’objectiu final d’aquest projecte és construir una nova toolbox de MatLab amb tots els mètodes per crear reconstruccions 3D grans per tal que sigui possible tractar amb facilitat aquest problema i seguir-lo desenvolupant en un futur

Desenvolupament d’un sistema de visió estereoscòpica per a la reconstrucció tridimensional d’objectes

El projecte consisteix en analitzar, dissenyar i desenvolupar un sistema estèreo binocular (format per dues càmeres) sobre un suport que ofereixi la mobilitat i portabilitat necessària per utilitzar-lo de forma independent, és a dir, sense necessitat de connexió a un ordinador, ja que normalment, els sistemes de visió per computador solen incorporar un ordinador amb un frame grabber (placa de captura d’imatges). Per a dur a terme el sistema estèreo més adient, s’analitzaran els requeriments necessaris, s’estudiaran diferents alternatives, i finalment, es desenvoluparà i es demostrarà el funcionament del sistema en qüestió

Segmentació de teixit i lesions en imatges de MRI de malalts d'esclerosi múltiple

Actualment, en l'àmbit mèdic, la ressonància magnètica, MRI Magnetic Resonance Imaging, és un dels sistemes més utilitzats per a la realització de diagnòstics i el seguiment de l'evolució de malalties com l'esclerosi múltiple (EM). No obstant, la gran quantitat d'informació que proporciona aquesta modalitat té com a conseqüència una tasca feixuga d'anàlisi i d'interpretació per part dels radiòlegs i neuròlegs. L'objectiu general d'aquest projecte és desenvolupar un sistema per ajudar als metges a segmentar les imatges de MRI del cervell. S'ha implementat amb MATLAB. Durant tot el procés s'han utilitzat dades sintètiques, de la base de dades simulada BrainWeb, i reals, proporcionades pels grup de metges col•laboradors amb el grup VICOROB. El projecte s'emmarca dins d'un projecte de recerca del grup de Visió per Computador i Robòtica de la Universitat de Girona